Nama

: Syfa Fauziah

Fakultas

: Bahasa dan Sain

Jurusan

: Pendidikan biologi

NPM

: 11640012

Matakuliah

: Mikrobiologi

1. Mekanisme Pewarnaan Ziehl Neelsen

Pewarnaan Ziehl Neelsen, termasuk pewarnaan tahan asam. Biasanya dipakai

untuk mewarnai golongan Mycobacterium (M. tuberculosis dan M. leprae)
dan Actinomyces.
Bakteri genus Mycobacterium dan beberapa spesies nocardia pada dinding
selnya mengandung banyak zat lipid (lemak) sehingga bersifat permeable
dengan pewarnaan biasa. Bakteri tersebut bersifat tahan asam (+) terhadap
pewarnaan tahan asam. Pewarnaan tahan asam dapat digunakan untuk
membantu menegakkan diagnosa tuberculosis. Pewarnaan ini merupakan

prosedur untuk membedakan bakteri menjadi 2 kelompok tahan asam dan

tidak tahan asam. Bila zat warna yang telah terpenetrasi tidak dapat dilarutkan
dengan alkohol asam, maka bakteri tersebut disebut tahan asam sedangkan
sebaliknya disebut tidak tahan asam. Bahan pemeriksaan TB biasanya berupa
sputum yang diambil dari pasien tersangka KP (Koch pulmonum), tetapi dapat
pula diambil dari lokasi lain seperti cairan otak (Liquor Cerebro Spinalis),
getah lambung, urine, ulkus, dll.
Prinsip Pewarnaan
Bakteri tahan asam (BTA) akan memberikan warna merah, sedangkan yang
tidak tahan asam akan berwarna biru.
Cara Pewarnaan Ziehl Neelsen
A. Alat dan Bahan:
1. Object glass
2. Carbol fuchsin 0,3%
3. Alkohol asam 3% (Alkohol + konsentrasi HCl 3%)
4. Methylen-blue 0,3%
5. Air
6. Ose
7. Lampu bunsen/spiritus
B. Cara Membuat Sediaan:
1.

Bersihkan objek gelas, beri label

2.

Sterilkan ose, dinginkan

3. Ambil 1 ose sputum yang kental (hijau kuning) letakkan diatas objek
gelas, ratakan.
4.

Sediaan biarkan kering pada suhu kamar.

5.

Setelah kering fiksasi denga melewatkkan diatas nyala api sebanyak 3 x,

sediaan siap untuk diwarnai.

C. Cara Pewarnaan ZN:
1.

Sediaan dituangi Carbol Fuchsin sampai penuh

2.

Panaskan selama 3-5 menit, jangan sampai mendidih

3.

Biarkan dingin selama 5 menit, cuci dengan air

4.

Dekolorisasi dengan alkohol asam 10-30 detik, cuci dengan air

5. Tuangi dengan methylen blue selama 20-30 detik, cuci dengan air

2. A. Sampel air
Langkah 1: Persiapan wadah sampel untuk pengambilan sampel. Wadah ini
tidak boleh mengandung salah satu senyawa yang sama dengan sampel yang akan
dianalisa. Pengambilan sampel bahan botol harus sesuai untuk pengambilan sampel
air tanpa mempengaruhi senyawa tersebut.

Material
Sample bottle: 250 mL atau 500 mL
Cooler
Labels
Permanent marker
Dalam pengambilan sample, botol yang paling cocok untuk digunakan adalah
yang terbuat dari polietilena atau gelas dan dapat memuat satu liter.
Langkah 2:
Prosedur pengambilan sampel.
Hal ini harus ketat, memastikan bahwa sampel yang dikumpulkan ialah sample yang
representatif dan diusahakan tidak ada botol sampel terkontaminasi oleh kolektor. Ini
bukanlah hal yang sepele ketika mengumpulkan sampel dengan senyawa tingkat
rendah seperti fosfor. Tergantung pada senyawa yang akan dianalisis, pengawet yang
mungkin diperlukan.
Langkah 3: Pengangkutan ke laboratorium untuk analisis.
Hal ini perlu dilakukan dengan kondisi yang sesuai, biasanya pada pendingin gelap
dengan bungkus es.

Langkah 4: Pengolahan sampel air.

Sampel harus disaring sebelum pengujian. Dalam beberapa kasus, langkah
penyaringan harus segera dilakukan di lapangan setelah sampel telah dikumpulkan.
Analisis sampel perlu dilakukan sesuai dengan protokol yang tidak memasukkan
kontaminan atau membahayakan sampel. Setelah pengolahan yang sesuai, sampel
tersebut siap untuk dianalisis.
Langkah 5: Analisis.
Langkah kelima ini juga dapat menimbulkan masalah. Laboratorium harus memiliki
pengendalian mutu/prosedur jaminan di tempat sehingga nilai-nilai analisis tidak
diragukan.
Langkah 6: Interpretasi.
Lembaga atau individu pengamat sample tersebut perlu untuk meninjau kembali
dengan baik angka dan mengira-iranya. Karena timbulnya kesalahan kemungkinan
tetap ada baik satu atau dua langkah dalam urutan, angka akan memberikan
keterangan.
b. Sampel Tanah
Pengambilan contoh tanah tidak terusik
a. Membersihkan bagian permukaan tubuh tanah yang akan diambil dari
penutupan tumbuhan, seresah dan batu.
b. Meletakkan tabung silinder pada permukaan tanah yang akan disidik dengan
bagian tajam berada disisi yang bersinggungan.
c. Menekan pelan-pelan dengan tekanan merata sampai terbenam nya.
d. Meletakkan tabung silinder kedua di atasnya, kemudian tekan sampai tabung
pertama mencapai kedalaman yang diinginkan.
e. Menggali tanah disekeliling tabung hingga tabung-tabung tersebut dapat
diambil secara bersamaan dalam keadaan bertautan.
f. Merapikan tanah lebihan disisi depan dan belakang dengan menggunakan
pisau tajam.

g. Menandai tabung silinder dengan label.

c. Sampel udara
Di dalam pengambilan sampel laju alir udara harus dibuat konstan atau tetap
yaitu sebesar 1,70 m3/menit selama 24 jam. Udara yang masuk dilewatkan melalui
sebuah filter dengan ukuran 10 m (PM10) Konsentrasi partikulat (g/m3) di dalam
udara ambient ditentukan dengan mengukur berat partikulat yang tertampung pada
penyaring dan volume sampel udara yang masuk. Setelah itu partikulat yang
tertampung pada fiber glass dihitung dan selanjutnya diekstrak dengan menggunakan
asam nitrat pekat.
Identifikasi mikroba :
Metode kuantitatif dilakukan dengan beberapa tahap yaitu :

Homogenisasi sampel, sebagai tahap pendahuluan dalam pengujian yang

berguna untuk membebaskan sel bakteri yang mungkin terlindung partikel sampel
dan untuk memperoleh distribusi bakteri sebaik mungkin. Homogenisasi dapat
dilakukan menggunakan alat seperti stainless steel blender atau stomaker. Sedang
sampel bentuk cair tidak perlu menggunakan alat, cukup langsung dicampur
dengan pengencer dan dikocok sampai homogen.

Tahap pengenceran, menggunakan larutan pengencer yang berfungsi untuk

menggiatkan kembali sel-sel bakteri yang mungkin kehilangan vitalitasnya karena
kondisi di dalam sampel yang kurang menguntungkan. Pengenceraan suspensi
sampel dilakukan untuk mendapatkan koloni yang tumbuh secara terpisah dan
dapat dihitung dengan mudah, hal ini akan sangat membantu terutama untuk
sampel dengan cemaran yang sangat tinggi. Umumnya pengencer yang
digunakanadalah peptone water 0,1%, buffer fosfat atau larutan ringers (4 kali
kuat), dan peptone 0,1% plus NaCL 0,85% (ISO 6887:1983)

Tahap pencampuran dengan media (padat/ cair), media padat yang digunakan
umumnya adalah Plate Count Agar (PCA) atau Nutrient Agar (NA) sedangkan
untuk inokulasi suspensi homogenat sampel ke dalam media, tergantung dengan
metode yang telah dipilih dan kesesuaian dengan sifat sampel dan mikroba yang
mungkin ada dalam sampel. Pada keadaan tertentu, media perlu ditambah dengan

bahan lain seperti glukosa untuk Enterococcus, atau serum untuk Mycoplasma dan
egg yolk. Untuk bakteri tertentu misalnya yang tidak tahan panas terutama untuk
pencampuran dengan media dengan suhu kira-kira 450C, dilakukan dengan
metode sebar atau tetes dan suhu inkubasi rendah (misal. bakteri Psychrotroph dan
Psychrophiles)

Tahap inkubasi dan pengamatan. Inkubasi dilakukan pada suhu dan lama yang
sesuai dan kondisi dibuat sedemikian rupa disesuaikan dengan sifat mikroba
(kondisi aerob atau anaerob)(ISO 4833:1991) :
o

0 -100C untuk bakteri Psikrotrof dan Psikrofil

20-320C untuk bakteri Saprophtic mesophiles

35-370C (atau 450C) untuk bakteri parasites mesofil

55-630C atau lebih tinggi untuk bakteri Termofilik

30-320C

Interpretasi hasil.

Metode Kualitatif (Pengkayaan)

Pada metode kualitatif dilakukan perbanyakan (enrichment/ pengkayaan)
terlebih dahulu dari sel mikroba yang umumnya dalam jumlah yang sangat sedikit
dan bahkan kadang-kadang dalam kondisi lemah. Ada beberapa tahap yang dilakukan
yaitu tahap pengkayaan (enrichment), tahap isolasi pada media selektif, tahap
identifikasi dengan reaksi biokimia, dan dilanjutkan dengan analisa antigenik atau
serologi atau immunologi dan bila diperlukan dapat juga dilakukan identifikasi DNA
bakteri dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction).

Tahap pengkayaan
Umumnya digunakan media cair yang berguna untuk memberi kesempatan supaya
bakteri dapat tumbuh pada media pengkaya, karena bakteri lain juga dapat
tumbuh, maka dapat ditambahkan inhibitor untuk mencegah atau menghambat
pertumbuhan bakteri lain dan dilanjutkan dengan menumbuhkan kembali bakteri

dalam media selektif atau differensial. Pada keadaan tertentu dimana bakteri
sangat lemah perlu dilakukan terlebih dahulu tahap pra-pengkayaan (preenrichment) misalnya pada uji Salmonella ataupun Enterobacter sakazaki, dimana
media ini mengandung cukup gizi yang non selektif. Tahap ini dimaksudkan
untuk menyembuhkan/ menguatkan sel bakteri yang sangat lemah atau sakit
disebabkan oleh proses pengolahan makanan. Umumnya pada tahap prapengkayaan digunakan media Lactose Broth atau Buffered Pepton Water,
walaupun kadang-kadang media ini belum tentu sesuai untuk semua jenis sampel.
Pada makanan kering seperti yeast dan susu bubuk, sampel hanya memerlukan
rekonstitusi dalam air suling yang mengandung Brilliant Green. Sedangkan untuk
sampel yang sangat berlemak seperti hasil olahan jeroan maka ke dalam media
pra-pengkaya ditambahkan Tergitol 7 sehingga memudahkan dispersi lemak pada
media.

Tahap isolasi
Setiap koloni atau galur mikroba yang akan diidentifikasi harus benar benar murni
dan untuk mendapatkan biakan murni digunakan media selektif yang
memungkinkan untuk isolasi koloni mikroba tersangka berdasarkan pada karakter
biokimia dari mikroba yang akan mempengaruhi sifat pertumbuhan bakteri pada
suatu media spesifik. Identitas mikroba dapat dilihat dari pembentukan koloni
yang spesifik pada media. Saat ini, perkembangan metode pengujian cepat (rapid
test) dengan menggunakan media selektif sudah makin berkembang dimana pada
media sudah ditambahkan suatu indikator/ bahan kimia tertentu yang dapat
menandai adanya hasil reaksi enzimatis sehingga terbetuk warna atau fluoresensi
sehingga media tersebut lebih spesifik lagi (misalnya media kromokult dan
fluorokult). Contohnya media fluorogenik untuk deteksi E.coli dan kromogenik
untuk deteksi E.sakazakii yang sangat spesifik. Hal ini berdasarkan pada enzim
yang berasal dari bakteri tersebut misalnya E.coli (-D- galaktosidase) dengan
penambahan fluorogenic substrat 4-methylumbellliferylD- glucoronide akan
suatu ikatan kompleks yang akan menghasilkan fluoresensi bila dilihat dibawah
cahaya ultraviolet dan E.sakazakii (-D- glukosidase) dengan substrat 5- Bromo4-choloro-3-indolylD-glucopyranoside) akan menghasilkan koloni dengan
warna hijau torquise .

3. Pertama, melakukan evaluasi terhadap kondisi kelayakan persyaratan dasar atau good
manufacturing practice (GMP) di perusahaan X sebelum mengimplementasikan
sistem HACCP; kedua, menyusun rencana HACCP untuk produksi mi kering pada X
sesuai dengan SNI 01. 4852-1998 yang terdiri dari 7 prinsip HACCP dan 12 langkah
penerapan sistem HACCP; dan terakhir memberikan rekomendasi rencana
pengembangan sistem HACCP di perusahaan yang akan diimplementasikan dan
disertifikasikan ke lembaga akreditasi sistem HACCP. Berdasarkan pengamatan dan
inspeksi yang dilakukan di lapangan atas penerapan cara produksi pangan yang baik
atau GMP, masuk dalam tingkat (rating) kategori B (baik) dan ditemukan 13
penyimpangan atau ketidaksesuaian, yaitu 1 kategori serius, 6 kategori mayor dan 6
kategori minor. Penyimpanganpenyimpangan tersebut perlu diperbaiki terlebih dahulu
sebelum menerapkan HACCP. Bahaya kimia seperti logam-logam berat (Pb, Cu, Hg
dan As) berasal dari bahan baku tepung terigu dan garam perlu dikendalikan sebagai
control point (CP) dengan cara kontrol terhadap pemasok/supplier karena pada
perusahaan tidak ada tahap untuk mengeliminasi bahaya kimia pada proses
produksinya; sedangkan bahaya biologis pada bahan baku tepung terigu dan tepung
telur (E. coli, coliform group, Salmonella dan Staphylococcus) akan dikendalikan
pada tahap pengeringan sebagai titik kendali kritis atau CCP; dan untuk air perlu
dikendalikan dengan penerapan sanitation standard operating procedure (SSOP).
Bahaya mikrobiologi (Staphylococcus dan biofilm) karena adanya kontaminasi juga
dikendalikan pada proses dan peralatan produksi, terutama yang berasal dari
kontaminasi alat dan karyawan. Semua bahaya pada tahapan proses produksi dan
peralatan yang berasal dari kontaminasi alat dan karyawan ini dikendalikan dengan
SSOP dan GMP (higiene karyawan). Berdasarkan penelitian di atas dapat disimpulkan
bahwa untuk menerapkan dan mengembangkan sistem HACCP di perusahaan adalah
program kelayakan persyaratan dasar atau GMP perlu diperbaiki terlebih dahulu
sebelum implementasi sistem HACCP, dan rencana HACCP (HACCP Plan) yang
telah disusun perlu difinalisasi dan diimplementasikan di perusahaan sebelum
disertifikasikan ke Lembaga/Badan Sertifikasi HACCP.
4. Pendinginan. Dilakukan dengan memasukkan ke lemari pendingin, dapat diterapkan
untuk daging dan susu pada protein pengasapan. Perpaduan teknik pengasinan dan
pengeringan, untuk pengawetan jangka panjang, biasa diterapkan pada daging pada

lemak pembuatan tepung. Teknik ini sangat banyak diterapkan pada bahan
karbohidrat
5. Selain bakteri, mikroorganisme yang dapat memacu pertumbuhan tanaman yaitu
cendawan. Cendawan Endokomikoriza contohnya yang mampu bersimbiosis dengan
perakaran tanaman dan berfungsi untuk meningkatkan kemampuan tanaman
menyerap unsur hara. Cendawan Endomikoriza tidak memiliki inang yang spesifik
sehingga cocok untuk macam jenis tanaman , membentuk perakaran yang spesifik
menyerupai pohon-pohon akar baik pada tanaman pangan , holtikultura maupun
perkebunan. Cendawan mikoriza dapat medukung dan meningkatkan pertumbuhan
serta jumlah akar, terutama akar serabut . Selanjutnya meningkatkan kemampuan
tanaman dalam menyerap nutrisi sehingga dapat mengurangi kehilangan pupuk akibat
resapan air tanah serta luas permukaan yang tinggi untuk proses penyerapan unsur
hara. Cendawan mikoriza mampu bersimbiosis dengan perakaran tanaman dan
berfungsi untuk meningkatkan kemampuan tanaman menyerap unsur hara. Cendawan
mikoriza untuk semua tanaman baik tanaman pangan , holtikultura , perkebunan
maupun kehutanan . Cendawan mikoriza dapat membentuk organ-organ khusus dan
mempunyai perakaran yang spesifik berbentuk pohon-pohon akar. Cendawan
mikoriza sangat bermanfaat bagi tanaman terutama pada tanah kering antara lain
meningkatkan transportasi air ke akar, Ketersediaan unsur P tanaman meningkat, Hifa
eksternal ( jamur mikoriza ) membuat tanaman lebih mampu mendapatkan air dan P,
Kebutuhan air untuk memproduksi bobot kering lebih sedikit, tanaman lebih tahan
kekeringan, dan secara tidak langsung meningkatkan kemampuan tanah menyimpan
air.
Simbiosis Mutualisme, yaitu Interaksi antara dua organisme atau lebihyang
menguntungkan kedua belah pihak dan tidak ada pihak yang dirugikan. Simbiosis
yang saling menguntungkan. Misalnya simbiosis Mutualisme antara tanaman
Leguminosae (tanaman buah polong) dan Bakteri Rhizobium, dimana bakteri
Rhizobium yang hidup dan berkembang dengan baik dalam bintil-bintil akar tanaman
kacang polong tersebut, Simbiosis Mutualisme antara rayap dan Flagellata, Ketan
merah dan Iguana, semut dan kutu buah, alga dan jamur membentuk lumut kerak
(Likenes) serta Tumbuhan berbunga dan lebah.
6. a. Protein MHC kelas I

Protein MHC kelas I ditemukan pada semua permukaan sel berinti[1]. Protein ini
bertugas mempresentasikan antigen peptida ke sel T sitotoksik (Tc) yang secara
langsung akan menghancurkan sel yang mengandung antigen asing tersebut[2]. Protein
MHC kelas I terdiri dari dua polipeptida, yaitu rantai membrane integrated alfa ()
yang disandikan oleh gen MHC pada kromosom nomor 6, dan non-covalently
associated beta-2 mikroglobulin(2m). Rantai akan melipat dan membentuk alur
besar antara domain 1 dan 2 yang menjadi tempat penempelan molekul MHC
dengan antigen protein[2]. Alur tersebut tertutup pada pada kedua ujungnya dan
peptida yang terikat sekitar 8-10 asam amino[2]. MHC kelas satu juga memiliki dua
heliks yang menyebar di rantai beta sehingga dapat berikatan dan berinteraksi dengan
reseptor sel T.
b. Protein MHC kelas II
Protein MHC kelas II terdapat pada permukaan sel B, makrofag, sel dendritik, dan
beberapa sel penampil antigen (antigen presenting cell atau APC) khusus[3]. Melalui
protein MHC kelas II inilah, APC dapat mempresentasikan antigen ke sel-T penolong
(Th) yang akan menstimulasi reaksi inflamatori atau respon antibodi.[3] MHC kelas II
ini terdiri dari dua ikatan non kovalen polipeptida integrated-membrane yang disebut
dan . Biasanya, protein ini akan berpasangan untuk memperkuat kemampuannnya
untuk berikatan dengan reseptor sel T. Domain 1 dan 1 akan membentuk tempat
untuk pengikatan MHC dan antigen
7. a. Colony counter merupakan alat yang berfungsi sebagai penghitung jumlah mikroba pada
cawan petri menggunakan sinar dan luv. Perhitungan mikroba dapat dilakukan dengan
perbesaran menggunakan luv atau dengan menandai beberapa koloni yang terdapat pada
cawan petri menggunakan bulpoint yang terdapat pada coloni counter dan juga menggunakan
tombol check . Cara menggunakannya yaitu memencet tombol on, kemudian meletakkan
cawan petri yang berisi bakteri atau jamur ke dalam kamar hitung, dan mengatur alat
penghitung pada posisi dan mulai menghitung dengan menggunakan jarum penunjuk sambil
melihat jumlah pada layar hitung .
b. Langkah menghitung bakteri menggunakan spektrofotometer
a. Dibuat larutan standar Mc Farland
b. Dinyalakan alat spektrofotometer.
c. Diukur absorbansi dari masing-masing larutan Mc Farland pada panjang

gelombang 550-600.

d. Dibuat kurve regresi dimana Y= kepadatan bakteri (sel/ml) dan X= absorbansi

(gunakan kalkulator Casio).

e. Diukur absorbansi suspensi bakteri pada panjang gelombang 550-600 nm.
f. Dimasukkan hasil absorbansi suspensi bakteri ke dalam rumus regresi,
hasilnya adalah jumlah kepadatan semua sel bakteri dalam suspensi dengan
satuan sel/ml.
Prinsip kerja spektrofotometer adalah bila cahaya (monokromatik maupun
campuran) jatuh pada suatu medium homogen, sebagian dari sinar masuk
akan dipantulkan, sebagian di serap dalam medium itu, dan sisanya
diteruskan. Nilai yang keluar dari cahaya yang diteruskan dinyatakan
dalam nilai absorbansi karena memiliki hubungan dengan konsentrasi
sampel. Studi spektrofotometri dianggap sebagai perluasan suatu
pemeriksaan visual yang lebih mendalam dari absorbsi energi. Hukum
Beer menyatakan absorbansi cahaya berbanding lurus dengan dengan
konsentrasi dan ketebalan bahan/medium.