A.

Pengertian Rekombinasi
Peristiwa yang sering terjadi di dunia genetika sebagai pemicu terjadinya

evolusi adalah rekombinasi, rekombinasi merupakan suatu peristiwa yang dapat

menjelaskan bagaimana suatu makhluk hidup terbentuk. Dugaan tentang
rekombinasi sudah diajukan sejak 1911, tetapi hukti fisik pertama tentang
rekombinasi baru ditemukan pada 1931. Sudah ada pendapat yang menyatakan
bahwa rekombinasi merupakan proses seluler esensial; dan dinyatakan pula
bahwa semua molekul DNA merupakan DNA rekombinan.
Rekombinasi antara lain diartikan sebagai peristiwa pembentukan asosiasi
baru molekul-molekul DNA atau kromosom. Antara rekombinasi dan mutasi tidak
ada hubungan, sekalipun sama-sama menimbulkan perubahan materi genetik. Di
dalam proses evolusi, rekombinasi merupakan salah satu cumber variasi genetik.
Peran rekombinasi yang lain adalah memungkinkan sel memperbaiki urut-urutan
nukleotida yang hilang mislnya akibat radiasi atau senyawa kimia. Rekombinasi
tertentu juga ikut mengatur ekspresi gen. Salah satu model kejadian rekombinasi
yang umum dikenal adalah model Holliday, yang berlaku bagi makhluk hidup
prokariotik, eukariotik bahkan fag. Selain pertukaran unting-unting resiprok pada
model Holliday, di lingkungan makhluk hidup eukariotik diketahui ada juga
pertukaran unting yang tidak resiprok (asimetrik).
Dapat juga dejelaskan bahwa rekombinasi genetik adalah proses
pertukaran elemen genetik yang dapat terjadi antara untaian DNA yang berlainan
(interstrand), atau antara bagian-bagian gen yang terletak dalam satu untaian DNA
(intrastrand). Dalam pengertian yan lebih sederhana, rekombinasi genetik
didefinisikan menjadi penggabungan gen dari satu atau lebih sel ke sel target. Sel
yang disisipi atau dimasuki gen dari luar atau dari sel lain disebut biakan
rekombinan. Penyusunan kembali informasi genetik dalam dan antara molekul
DNA yang meliputi berbagai macam proses yang terletak secara kolektif dibawah
rekombinasi genetik.
B. Pindah Silang pada Meiosis Makhluk Hidup Eukariotik
Peristiwa pindah silang sudah jelas diketahui terjadi selama sinapsis dari
kromosom-kromosom homolog pada zygoten dan pachiten dari profane I meiosis
(Gardner, dkk., 1984). Dalam ini tentu saja yang dimaksud adalah pindah silang
1

pada makhluk hidup yang pembelahan reduksinya berlangsung selama meiosis I.

Gardner dkk. (1984) menyatakan pula bahwa karena replikasi kromosom
berlangsung selama interfase,maka peristiwa pindah silang itu terjadi pada tahap
tetrad pasca replikasi pada saat tiap kromosom telah mengganda, sehingga telah
terbentuk empat kromatid untuk tiap pasang kromosom homolog.
Peristiwa pindah silang terjadi antara keempat kromatid itu, tetapi yang
terjadi antara dua kromosom sesaudara (dari satu kromosom) jarang dapat
dideteksi. Bcrkenaan dengan hal ini, Gardner dkk. (1984) menyatakan "Pindah
silang juga mencakup kromati-kromatid sesaudara (dua kromatid dari satu
kromosom), tetapi pindah silang tersebut secara genetik jarang dapat dideteksi
karena kromatid-kromatid sesaudara biasanya identik". Jelaslah peristiwa pindah
silang yang secara genetik mudah dideteksi adalah yang berlangsung antara dua
kromatid bukan sesaudara (non-sister chromatids).
Beberapa fungsi rekombinasi genetik adalah memelihara perbedaan
genetik, sistem perbaikan DNA khusus, regulasi ekspresi gen tertentu, dan
penyusunan kembali genetik yang diprogram selama perkembangan.

C. Tipe Rekombinasi Genetik

Secara garis besar ada tiga tipe rekombinasi genetik yang sudah banyak
diketahui, yaitu (1) rekombinasi homolog/ umum, (2) rekombinasi khusus (sitespecific rekombination), dan (3) rekombinasi transposisi/ replikatif pada makhluk
hidup.
1.

Rekombinasi Homolog
Rekombinasi homolog menyebabkan terjadinya pertukaran antarmolekul

DNA yang merupakan homologi urutan nukleotida cukup besar. Ciri khusus
rekombinasi homolog adalah bahwa proses tersebut dapat terjadi setiap titik di
daerah homologi. Rekombinasi terjadi melalui tahap pemotongan untaian DNA
yang kemudian diikuti dengan proses penggabungan kembali. Rekombinasi
antarkromosom melibatkan proses pertukaran sekara fisik antara bagian-bagian
kromosom.
Proses rekombinasi terjadi sekara akurat sehingga tidak ada satupun
pasangan basa nukleotida yang hilang atau ditambahkan ke dalam kromosom
2

rekombinan. Proses pertukaran tersebut menyebabkan terbentuknya struktur yang

dapat terlihat sebagai kiasma (chiasma) pada waktu meiosis. Kiasma merupakan
tempat pemotongan dan penggabungan kembali untai DNA, yaitu ketika dua
kromatid yang berbeda (non-sister chromatids) terpotong dan tergabungkan satu
sama lain. Rekombinasi homolog dimulai ketika dua kromosom homolog terletak
berdekatan satu sama lain sehingga urutan nukleotida yang homolog dapat
dipertukarkan. Kontak antara dua pasang kromosom tersebut, disebut sebagai
proses sinapsis, terjadi pada awal meiosis yaitu pada profase.
Rekombinasi genetik homolog melibatkan pertukaran genetik antara dua
molekul DNA (atau segmen molekul yang sama) yang mendiami wilayah yang
luas dengan susunan homolog. Susunan basa yang sebenarnya pada DNA tidak
sesuai sepanjang susunan dua DNA yang sama. Daerah rekombinasi khusus
berbeda dalam hal pertukaran yang hanya terjadi pada susunan DNA yang
terdefinisi. Perubahan DNA adalah berbeda dalam hal perubahan ini melibatkan
segment pendek DNA dengan kapasitas yang luar biasa untuk berpindah dari satu
lokasi kromosom ke lokasi yang lain. gen hopping ini merupakan gen yang
pertama kali diamati pada maizena oleh Barbara McClintock pada tahun 1950.
Tambahan lagi tentang kelas terkarakterisasi ini, ada jarang yang lebar
penyusunan kembali yang tidak biasa dimana tidak ada mekanisme dan tujuan
yang diajukan. Pembahasan

dari mekanisme rekombinasi harus selalu

menyertakan stuktur DNA yang luar biasa. Pada rekombinasi genetik homolog,
dua molekul DNA berinteraksi dan meluruskan susunannya yang sama pada
beberapa tahapan reaksi. Proses pelurusan ini bisa melibatkan formasi DNA
menengah barudima tiga atau bahkan empat strand dilepaskan. Cabang struktur
DNA juga ditemukan sebagai rekombinan menengah. Pertukaran informasi antara
dua makromolekul helix besar sering melibatkan jalinan strand kompleks.

Skema rekombinasi menurut Holliday. Rekombinasi dimulai dengan adanya

pemotongan pada salah satu dari dua untaian DNA homolag (langkah 3)
yang diikuti oleh invasi pada untaian DNA homolog (langkah 4-6), sampai
akhirnya terbentu persimpangan Holliday

Rekombinasi genetik homolog (juga disebut rekombinasi umum)

dihubungkan secara kuat dengan divisisel pada eukaryotik. Proses yang terjadi
dalam frekuensi tinggi selama meiosis, proses yang mana sel germline dengan dua
pasangan kromosom yang cocok (sel diploid) membagi untuk memproduksi satu
set gametsel sperma atau ovum pada eukaryotik yang lebih tinggi masingmasing gamet memiliki satu anggota untuk masing-masing pasangan kromosom
(sel haploid). Proses pada meiosis dimulai dengan replikasi DNA pada sel germ
sehingga masing-masing molekul DNA ada pada empat salinan. Sel kemudian
berkembang sepanjang proses dua divisi sel meiotik yang mengurangi kandungan
DNA pada level haploid pada masing-masing empat sel inang. Setelah DNA
direplikasi selama profase I (profase divisi meiotik pertama), hasil salinan DNA
terasosiasi dengan sentromernya dan disebut sebagai kromatid saudara. Masingmasing set molekul DNA homolog disusun sebagai dua pasang kromatid.
Informasi genetik ditukar antara kromatid genetik homolog terdekat pada tahap
meiosis dengan alat rekombinasi genetik homolog. Proses ini melibatkan
kerusakan dan penggabungan kembali DNA. Pertukaran juga disebut pindah
silang, pindah silang menghubungkan dua pasang kromatid saudara bersama-sama
pada titik yang disebut chiasmata (tunggal, chiasma). Hal ini secara efektif
menghubungkan keempat kromatid homolog bersama-sama, dan hubungan ini
sangat esensial untuk segregasi kromosm yang tepat pada divisi sel meiotik
berikutnya. Pendekatan awal, rekombinasi atau pindah silang dapat terjadi dengan
kemungkinan yang sama pada hampir semua titik sepanjang kromosom homolog.
Frekuensi rekombinasi pada daerah yang memisahkan dua titik pada kromosom
sebanding dengan jarak antar titik. Fakta ini digunakan selama penerapan dekade
untuk memetakan posisi relatif dan jarak antara gen; rekombinasi homolog
merupakan proses molekuler yang underpin banyak penerapan ilmiah genetik.
2.

Rekombinasi Khusus
Berbeda dari proses rekombinasi homolog, rekombinasi khusus hanya

terjadi pada tempat khusus di dalam segmen molekul DNA. Pertukaran materi
genetik dilakukan oleh protein khusus yang mengkatalisis pemotongan dan
penggabungan molekul DNA sekara tepat pada tempat terjadinya rekombinasi.

Proses rekombinasi semakam ini tidak tergantung pada protein recA.

Rekombinasi khusus mempunyai beberapa kirri, yaitu: (i) proses rekombinasi
terjadi di tempat khusus pada kedua fragmen DNA, (ii) rekombinasi berlangsung
timbal balik (reciprocal), artinya kedua hasil pertukaran genetik tersebut dapat
diperoleh kembali, (iii) rekombinasi terjadi sekara konservatif, artinya proses
pertukaran genetik tersebut dilakukan melalui pemotongan dan penyambungan
kembali bagian DNA yang berekombinasi tanpa ada sintesis nukleotida baru, dan
(iv) bagian yang mengalami rekombinasi tersebut mempunyai homologi dalam
hal urutan nukleotida. Proses rekombinasi khusus dimulai dengan terjadinya
pemotongan bagian DNA yang akan berekombinasi pada daerah yang mempunyai
homologi sehingga dihasilkan ujung lekat (sticky end). Kedua ujung lekat pada
kedua fragmen DNA yang berekombinasi tersebut kemudian mengalami
pertukaran untai DNA sehingga akan terbentuk konfigurasi rekombinan.

Skema jalur RecBCD dalam proses rekombinasi

3.

Rekombinasi Meiotik,
Rekombinasi meiotik adalah proses rekombinasi yang terjadi pada jasad

eukaryotik pada saat terjadi proses meiosis. Dalam beberapa hal mekanisme
rekombinasi meiotik menunjukkan kemiripan dengan proses rekombinasi
homolog pada bakteri meskipun beberapa tahapan awalnya berbeda. Proses
rekombinasi meiotik pada eukariot dimulai dengan adanya pemotongan dua untai
DNA (double-strand break) yang ada pada salah satu kromosom.
Pada

organisme

eukariot,

rekombinasi

genetik

terjadi

melalui

penggabungan seksual sel telur dan sel sperma. Di dalam proses ini, kromosom
sel sperma dan sel telur mengalami pemotongan pada titik homolog, dari
potongan-potongan kromosom dari kedua sel induk lagi bertukar dan bergabung
bersama-sama, menghasilkan gen kombinasi baru menghasilkan progeny yang
mengandung berbagai sifat fenotip yang diturunkan dari kedua induk.
Pemotongan, penyusunan kembali, dan bersatunya gen dan serangkaian gen
selama konjugasi seksual pada eukariot terjadi dengan ketepatan yang tinggi tanpa
mengganggu kerangka pembacaan atau isyarat pada urutan DNA. Pada bakteri
yang tidak menjalani meiosis, rekombinasi genetik terjadi pada seperti konjugasi
antara dua kromosom homologous yang terjadi selama atau segera setelah
replikasi.

D.

Enzim-Enzim pada Rekombinasi

Analisis genetik sudah mengungkap enzim-enzim yang berperan pada

proses rekombinasi yang umum atau lazim pada E. coli. Dalam hal ini skrining
sel-sel F- E coliyang sudah mengalami mutasi dengan bantuan teknik replica
plating memungkinkan orang mengidentifikasi koloni-koloni mutan pada cawan
mula-mula yang tidak dapat membentuk rekombinan setelah berkonjugasi dengan
sel-sel Hfr pada replica plate. Mutan-mutan yang tidak dapat melakukan
rekombinasi tersebut ternyata bersangkut paut dengan tiga gen yang disebut recA,
recB dan recC.
Enzim-enzim yang Dikode Gen recA, recB dan recC
Protein recA merupakan suatu enzim yang berperan pada rekombinasi
umum

(lazim)

maupun

pada

perbaikan

DNA

(Ayala,dkk.,

1984).

Gen recA memang dibutuhkan untuk peristiwa rekombinasi umum pada E. Coli.
Pada kondisi in vitro protein tersebut yang telah dimurnikan mengkatalisasi
(membantu) pembentukan struktur Holliday (Ayala, dkk., 1984, Watson, dkk.,
1987). Dalam hal ini protein-protein recA berikatan pada molekul DNA unting
ganda maupun unting tunggal. Protein-protein tersebut juga menggunakan energi
yang diperoleh dari hidrolisis ATP untuk membuka DNA unting ganda, sehingga
memungkinkan terjadinya perpasangan dengan suatu DNA unting tunggal. Hal ini
memungkinkan terjadinya sinapsis molekul DNA yang memiliki urut-urutan
pasangan nukleotida yang mirip. Protein recA juga mengkatalisasi suatu transfer
unting berikutnya sehingga terbentuklah suatu jembatan silang (struktur Holliday)
yang selanjutnya diikuti dengan migrasi jembatan silang tadi
Fungsi gen recB+ dan recC+ sudah diketahui juga. Dalam hal ini
gen recB+ danrecC+ mengkode dua subunit suatu nuclease yang tergantung ATP
(Ayala, dkk., 1984). Diduga bahwa nuclease itu berperan sebagai suatu
resolvase yang memotong jembantan silang pada struktur Holliday untuk
menyempurnakan proses rekombinasi.
Protein recA juga memegang suatu peran utama dalam perbaikan DNA,
fungsi perbaikan ini diaktifasi oleh DNA unting tunggal. Protein recA memiliki
suatu aktivitas proteolitik yang distimulasi oleh DNA unting tunggal. Aktivitas
proteolitik itu memotong sekurang-kurangnya dua macam molekul repressor.
Salah satu repressor itu adalah represor profag lambda, yang menyebabkan
induksi profag. Molekul repressor lain adalah suatu produk dari gen lex A.
Represor kedua ini mengatur tingkat eksperi gen recAmaupun sejumlah gen yang
terlibat pada mekanisme perbaikan DNA serta fungsi survival yang disebut
sebagai fungsi SOS. Produksi protein recA yang meningkat juga membantu
pemulihan sel, mungkin dengan cara memperantarai perbaikan oleh rekombinasi
antara daerah yang rusak dan yang tidak rusak dari molekul DNA turunan
pascareplikasi.
Informasi tentang peranan enzim pada proses rekombinasi khususnya yang
terkait

dengan

struktur holliday sebagaimana

yang

telah

dikemukakan

menunjukkan bahwa pembentukan maupun resolusi (pembongkaran) struktur

tersebut dibawah control genetic.

Aktivitas

kedua

dari

enzim recBC (aktivitas

nuclease)

yang

bekerja/berfungsi selama enzim tersebut membuka lilitan DNA sangat penting

(vital) fungsinya bagi rekombinasi. Eksperimen genetic menunjukkan bahwa
enzim reBC paling sering mendorong terjadinya rekombinasi pada DNA yang
mengandung suatu tapak yang disebut sebagai Chi, telah diketahui bahwa tapak
tersebut mempunyai urut-urutan 5-GTCGGTGG-3. Dalam hubungan ini DNA
yang sedang membuka lilitannya, suatu aktivitas nuclease spesifik dari
enzim recBC memotong unting tunggal DNA di dekat tapak Chi yang sedang
terbuka. Terputusnya DNA itu menyebabkan unting tunggal DNA tidak melilit
kembali pada saat enzim recBC bergerak menyusuri molekul DNA (perhatikan
kembali Gambar 9.2). Sebagai akibat terbentuklah suatu untaian unting tunggal
berujung bebas unting tunggal DNA itulah kemudian enzim recA berikatan dan
mulai mendorong terjadinya pertukaran unting DNA dengan suatu urut-urutan
yang homolog.
Selain enzim integrase, insersi genom fag ke dalam genom E.coli juga
membutuhkan protein IHF (Integration Host Factor) serta ion-ion magnesium
(Watson,dkk., 1987). Tapak-tapak spesifik yang menjadi tempat berlangsungnya
rekombinasi dalam rangka insersi itu adalah attP (pada genom fag ) dan attB
(pada genom E. coli).
Enzim integrase pada kenyataannya dapat berperan sebagai suatu enzim
topoisomerase. Dalam hal ini enzim integrase membuat suatu pemutusan dalam
posisi menyamping (tidak berhadap-hadapan), jarak antara kedua tempat yang
terpotong adalah sejauh 7 nukleotida. Pemutusan unting DNA itu terjadi pada
tapak attP maupun tapakattB. Perhatikan Gambar 9.5.
Kajian terhadap jumlah pasangan nukleotida (pasangan basa) pada tapak
attP danattB memperlihatkan bahwa tapak attP terdiri dari 250 pasang nukleotida,
sedangkan tapak attB terdiri dari sekitar 20 pasang nukleotida (Watsonk, dkk.,
1987). Diketahui pula bahwa baik enzim integrase maupun protein IHF berikatan
pada posisi yang berbeda sepanjang tapak attP. Segmen attP sepanjang 250
pasang nukleotida itu tampaknya melingkari enzim integrase membentuk
semacam struktur seperti suatu nukleosom yang terkondensasi, dan struktur itu
dapat mengandung sebanyak delapan monomer integrase yang masing-masing

berukuran 40.000 dalton. Kebanyakan daerah inti tapak attBmaupun attP terdiri
dari 15 pasang nukleotida.
E.

Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri

Rekombinasi genetic di kalangan fag bakteri ditemukan selama percobaan-

percobaan infeksi campuran (Klug dan Cummings, 2000 dalam Corebima, 2000).
Pada percobaan infeksi campuran itu dua strain mutan dibiarkan menginfeksi satu
biakan bakteri yang sama secara simultan. Oleh karena pada percobaan ini
dilibatkan dua lokus (dua strain yang berbeda) maka rekombinasi yang terjadi
tergolong bersifat intergenik.
Mari kita perhatikan satu contoh percobaan yang menggunakan system
E.coli T2 (Klug dan Cummings, 2000 dalam Corebima, 2000). Fag induk yang
digunakan bergenotif h+r (rentang inang wild type), lisis cepat) dan hr+ (rentang
inang lebar, lisis normal). Percobaan itu dilakukan oleh Hersley dan Rotman pada
1949. Sebenarnya pada percobaan itu digunakan pula strain-stain induk fag T2
yang lain, tidak terbatas hanya yang bergenotif h+r dan hr+. Pada rangkaian
percobaan itu, jumlah fag yang diintroduksi cukup untuk menginfeksi tiap bakteri
dengan jumlah sekitar lima buah.
Setelah satu jam, sebagian besar atau seluruh bakteri sudah pecah dan
sampel turunan fag yang berasal dari 40.000 bakteri di tiap persilangan
selanjutnya dibiakkan dalam cawan petri yang telah mengandung suatu
campuran E. coli strain B dan B/2. Jika pada percobaan tersebut tidak terjadi
rekombinasi maka kedua genotif induk inilah yang dijumpai pada genotif turunan.
Namun demikian ternyata pada percobaan itu ditemukan juga genotif
rekombinan h+r+, dan hr, di samping genotif-genotif induk. Bagan percoaan itu
ditunjukkan pada Gambar 2.1. Hasil percobaan tersebut yang berupa tampilan
plak turunan pada cawan petri ditunjukkan pada gambar 2.2. Sebagaimana yang
telah dikemukakan, cawan petri tersebut sebelumnya sudah mengandung biakan
bakteri E. colicampuran strain B dan B/2.
Pertukaran genetik yang menyebabkan bcrlangsungnya rekombinasi
intergenik yang terjadi pada fag bakteri T2 yang sebagian datanya ditunjukkan
pada Tabel 2.1, tampaknya bersifat resiprok. Data selengkapnya hasil percobaan
rekombinasi fag bakteri T2 memanfaatkan infeksi simultan yang dilakukan
10

Hershey dan Rotman ditunjukkan pada Tabel 2.2 (gen penanda r terdiri dari
tiga mutan). E.coli dengan

gen

penanda h dan r(Strickberger,

1985

dalam

Corebima, 2000).
Data yang terlihat pada tabel 14.2 jelas memperlihatkan bahwa pada tiap
persilangan itu, kedua kelompok tipe rekombinan mempunyai frekuensi yang
hampir sama. Itulah alasannya bahwa tampaknya rekombinasi yang terjadi itu
bersifat resiprok. Selain itu data pada Tabel 14.2 itu juga memperlihatkan adanya
pola kelompok pautan tertentu. Sebagai contoh misalnya frekuensi rekombinasi
pada persilangan h-r13 sebesar antara 25-30 % di satu pihak, dan pada
persilangan h-r sebesar 1-2 % di pihak lain. Dalam hubungan ini mutanmutan r yang terletak di daerah kromosom fag yang berbeda diberi notasi
tersendiri misalnya rl, r7, dan sebagainya.
Berkenaan dengan adanya kelompok pautan tertentu seperti yang telah
dikcmukakan, atas dasar percobaan-percobaan yang telah dilakukan, Hershey dan
Rotman menemukan bahwa, mengacu kepada frekuensi rekombinan yang kecil
banyak gen yang terangkai bersama (berdekatan) sebagai satu kelompok, selalu
menunjukkan jarak kelompok pautan yang sama sebesar 30% (Strickberger,
1985). Daiam hubungan ini Hershey mengajukan hipotesis yang menyatakan
bahwa ada tiga kelompok pautan pada fag T2; dinyatakan pula bahwa proses
penggabungan

(kombinasi)

secara

bebas(independent

assortment) antara

kelompok-kelompok pautan itu ditandai oleh frekuensi rekombinasi sebesar 30%,

dan bukan sebesar 50% sebagaimana yang biasanya diharapkan pada makhluk
hidup yang lebih tinggi.
Atas dasar hasil percobaan-percobaan yang dilakukan Hershey dan
Rotman (yang menggunakan strain-strain fag T2 memang terungkap bahwa,
sekalipun ditemukan berbagai jarak pautan (frekuensi rekombinasi), tidak ada satu
pun yang pernah melampaui frekuensi 30%.
tersebut sudah dilakukan dengan menggunakan sejumlah besar gen mutan
berbagai fag bakteri, tidak hanya terbatas pada fag T2. Dalam hubungan ini
dilakukan juga percobaan rekombinasi fag bakteri yang memanfaatkan infeksi
simultan tiga strain yang melibatkan tiga gen. Hasil percobaan yang
memanfaatkan infeksi simultan tiga strain itu bahkan digunakan untuk pemetaan

11

gen fag. Hershey dan Chase sudah melakukan upaya itu, dengan menggunakan
tiga strain fag T2 (Strickberger, 1985 dalam Corebima, 2000). Tiap strain tersebut
melibatkan gen h, m, dan r. Hasil percobaan itu ditunjukkan pada tabel 2.3
Kejadian rekombinasi yang datanya terlihat pada tabel 14.3 hanya dapat
terjadi karena ada pertukaran genetik antara ketiga strain; pertukaran genetik itu
berlangsung melalui dua alternatif cara: 1) terjadi dua rekombinasi berturutan
dalam sel yang sama; rekombinasi pertama berlangsung antara kromosom dua
strain, sedangkan rekombinasi kcdua berlangsung antara strain rekombinan yang
telah terbentuk dan strain ketiga; 2) terjadi "perkawinan serempak" antara ketiga
kromosom dari ketiga strain pada suatu waktu yang sama. Di antara kedua
alternatif cara itu, manakah yang sesungguhnya terjadi belum diketahui.
Kejadian unik yang menyebabkan berlangsungnya rekombinasi pada fag,
temyata juga berdampak terhadap nilai interferensi genetik, yang bersangkut paut
dengan perhitungan frekuensi rekombinasi pada daerah kromosom fag yang
berdekatan. Pada kebanyakan makhluk hidup, nilai interferensi genetik positif
(akibat nilai koefisien koinsidensi kurang dari 1) yang berarti bahwa peristiwa
pindah silang yang terjadi pada suatu daerah kromosom akan menghambat pindah
silang pada suatu daerah kromosom di dekatnya. Sebagai contoh misalnya pada
persilangan abc >< abc, jika interfensi genetik positif berarti bahwa pindah silang
yang berarti bahwa pindah silang yang terjadi pada daerah kromosom antara ab
akan menghambat pindah silang yang terjadi antara bc. Pada kondisi semacam itu
nilai frekuensi rekombinasi ganda (akibat pindah silang ganda) yang diobservasi
lebih rendah disbanding nilai harapan.
Pada banyak persilangan antara fag, dan lain pihak nilai, interverensi
genetic justru negative, akibat nilai koovisien koinsidensi lebih besar dari 1. Hal
itu berarti bahwa pindah silang pada suatu daerah kromosom akan
meningkatkatkan kejadian pindah silang kromosom di dekatnya. Pada kondisi
semacam ini nilai frekuensi rekombinasi ganda (akibat pindah silang ganda) yang
diobservasi lebih tinggi dibandingkan nilai harapan. Mari kita perhatikan hasil
suatu persilangan tiga gen (factor) antara strain-strain fag yang dilakukan oleh
Kaizer (Strickberger, 1985). Hasil persilangan fakta factor tersebut ditunjuk pada
table berikut Tabel 2.4.

12

Data pada table 14.4 memperlihatkan bahwa frekuensi rekombinasi ganda

harapan adalah 0,0239 X 0,0529 = 0,00126 atau 0,126 %. Di lain pihak frekuensi
rekombinasi ganda hasil observasi adalah sebesar 0,005 atau 0,5 %, atau sekitar 4
kali lebih tinggi disbanding frekuensi harapan.
Penjelasan

tentang nilai

interferensi

genetic

negative

pada

fag

bersangkutan paut dengan dua keunikan reproduksi kromosom fag (Strikberger,

1985 dalam Corebima, 2000). Salah satu alas an atau penjelasan itu adalah karena
lebih dari satu kali putaran perkawinan dapat terjadi antara kromosomkromosom fag. Dalam hal ini satu kromosom yang sebelumnya telah mengalami
satu kejadian rekombinasi dapat kawin lagi dan dapat mengalami rekombinasi
kembali pada suatu daerah (interfal) kromosom yang berdekatan. Sebagai contoh
suatu kromosom a b c atau a + bc sehingga terbentuk rekombinan ganda ab+c.
Namun demikian peningkatan frekuensi rekombinasi ganda pada fag
sebagaimana yang telah dikemukakan, tampaknya tidak terjadi karena ada
peningkatan penukaran genetic simultan yang riil pada dua interfal kromosom
berdekatan (Strikberger, 1985dalam Corebima, 2000). Fenomena semacam itu
pertama kali dicatat oleh Visconti bersama Delbruk dan disebut sebagai
interferensi negative rendah atau low negative interferencekarena mempunyai
efek yang relative kecil.
Berkenaan dengan peningkatan frekuensi rekombinasi ganda pada fag,
sebenarnya ada fenomena lain yang disebut sebagai interferensi negative tinggi
atau high negative interference (Strikberger, 1985 dalam Corebima, 2000). Pada
fenomena ini frekuensi rekombinasi ganda dapat meningkatkan mencapai nilai
yang 30 kali lebih tinggi daripada frekuensi harapan. Fenomena interferensi
negative tinggi tersebut sebenarnya lebih sulit dijelaskan. Salah satu contooh yang
berkenaan dengan fenomena ini adalah data yang terungkap pada persilangan tiga
gen (titik) atau three-poin crosses yang dilakukan oleh Chase dan Daermann.
Rekombinasi Intragenik.
Dewasa ini rekombinasi intragenik sebagaimana yang ditemukan di
lingkup mahluk hidup seluler termasuk yang eukariotik, ternyata juga ditemukan
pada fag. Rekombinasi intragenik pada fag ini dilaporkan pada fag T4, yang
merupakan buah karya kesohor dari Seymour Benzer.
13

Pada awal decade 1950 Benzer melakuka pengamatan dan pengkajian rinci
terhadap lokus rII fag T4 (Klug dan Cummings, 2000 dalam Corebima, 2000).
Dalam hal ini Benzer berhasil melaksanakan percobaan yang mengungkap
keberadaan rekombinan-rekombinan genetic yang sangat jarang yang terjadi
akibat pertukaran yang langsung dalam gen, bukan antar gen sebagaimana yang
dipaparkan sebelumnya. Benzer juga berhasil menunjukan bahwa peristiwa
rekombinasi semacam itu terjadi antar DNA fag-fag bateri selama infeksi simultan
terhadap E.coli.
Hasil akhir dari kerja Benzer adalah terungkapnya peta rinci dari lokus rII.
Oleh karena informasi yang terungkap sangat rinci, kerja Benzer tersebut disebut
juga sebagai analisis struktur halus dari gen. karya inipun tidak ternilai harganya
karena terungkap melalui percobaan yang dilaksanakan sebelum teknik DNA
sequencing dikembangkan.
Dalam proses kerjanya upaya pertama yang dilaksanakan Benzer
adalah melakukan isolasi atas sejumlah besar (sebanyak-banyaknya) muatan di
dalam lokus rllfag T4 (Klug dan Cummings; 2000 dalam Corebima, 2000). Dalam
hal ini ternyata mutan-mutan dalam lokus rll tersebut menghasilkan plak-plak
yang berlainan jika dibiarkan pada cawan yang mengandung E-colt strain B.
kenyataan tersebut sangat mempermudah upaya isolasi muatan-muatan itu. Dalam
upayanya tersebut sangat mempermudah upaya isolasi muatan-muatan itu. Dalam
upayanya itu Benzer berhasil mengisolasikan sekitar 20.000 mutan di dalam
lokus rll fag T4.
Kunci analisis Benzer terletak pada kenyataan bahwa mutanmutan rll tidak dapat melakukan lisis secara berhasil terhadap suatu strain Ecoli yang lain,
fag

meskipun mutan-mutan itu mampu menginfeksi dan melakukan lisis

terhadap E-coli B (Klug dan Cummings, 2000). Di lain pihak, fag strain wild
type mampu melakukan lisis terhadap kedua strain E-coli tersebut, yaitu strain B

rekombinasi

di

dalam

lokus rll yang

menghasilkan

rekombinasi wild

type(betapapun jarangnya) maka rekombinasi wuld type itu dapat hidup di dalam
sel E-coliK1

14

rekombinasi tidak mampu melakukannya. Perhatikan Gambar 2.6. Dalam

hubungan ini dibayangkan, bahwa jika populasi fag yang terdiri atas lebih dari
99,9 persen mutan rll serta kurang dari 0,1% strain wild type dibiarkan
menginfeksi stain K12, maka strain rekombian wild typeberhasil bereproduksi
serta menghasilkan plak-plak wild type; dan inilah kritis dalam upaya
menemukan dan menghitung rekombinn-rekombinan yang sangat jarang.
Upaya lain perlu dilakukan Banzer agar dapat mengitung jumlah total
turunan mutan maupun jumlah total rekombinan wild type, dalam rangka
mengungkap frekuensi rekombinan. Dalam hubungan ini Benzer memanfaatkan
teknik pengenceran serial (Klug dan Cummings, 2000 dalam Corebima, 2000);
dan dengan teknik ini Benzer mampu menentukan mutan rll yang dihasilkan
oada E-coli
Benzer memang sangat peka. Demikian pekanya rancangan percobaan tersebut
terbukti

dari

kenyataan

bahwa

Benzer

mampu

menemukan

satu

fag

rekombinan wild-type yang tercampur diantara sekitar 100 juta fag turunan mutan.
Selain cara-cara yang telah dilakukan itu, Benzer juga melakukan
suatu upaya lagi dalam rangka lebih mengamankan pelaksanaan percobaan
sekaligus menjaga ketelitian data/hasil percobaan. Satu upaya yang juga dilakukan
itu adalah uji komplementasi.
Uji komplementasi itu dilakukan karena selama melakukan kontrol
terhadap percobaannya terutama di saat E-coli
diinfeksi oleh pasangan strain mutan yang berbeda, Benzer kadang-kadang
menemukan bahwa E-coli
Cummings, 2000). Pada mulanya kenyataan itu sangat membingungkan, karena
seharusnya hanya strain rll wild-type yang dapat menyebabkan E-coli
mengalami lisis. Bagaimana penjelasannya, sehingga strain-strain mutan rll justru
dapat menyebabkan E-coli
sangat membingngkan itu diperoleh melalui uji komplementasi, karena Benzer
berpendapat bahwa selama melakukan infeksi secara bersamaan, tiap strain mutan
itu memberikan sesuatu yang tidak dimiliki oleh strain lainnya. Dan jika hal itu
terjadi maka fungsi atau kemampuan strain wild-type akan pulih.

15

Bilamana banyak pasangan mutan diperlakukan pada uji komplementasi,

maka tiap mutan pasti terkelompok ke dalam salah satu dari dua kelompok
komplementasi, yang disebut saja sebagai A dan B. Pasangan-pasangan mutan uji
yang melakukan komplementasi satu sama lain dikelompokkan ke dalam
kelompok komplementasi yang lain (Gambar 2.7a). di lain pihak pasanganpasangan mutan uji yang tidak melakukan komplementasi satu sama lain,
dikelompokkan ke dalam kelompok-kelompok komplementasi yang sama
(Gambar 2.7b). Tiap kelompok komplementasi ini disebut sebagai cistron oleh
Benzer. Cistron A dan B (Gambar 2.7) pada lokus rII fag T4, dewasa ini sudah
diketahui sebagai dua buah gen yang berlainan. Melalui uji komplementasi
akhirnya seluruh mutan pada lokus rII dapat dipisahkan menjadi dua, yaitu yang
merupakan bagian dari cistron A dan yang merupakan bagian dari cistron B. Dari
sekitar 20.000 mutan rII, secara garis besar separuh merupakan bagian cistron A,
separuhnya lagi adalah bagian cistron B, dan pada tahap inilah percobaan tentang
rekombinasi intragenik siap dilaksanakan, dalam arti mengungkap rekombinasirekombinasi intragenik dalam cistron A serta mengungkap rekombinasi
rekombinasi intragenik dalam cistron B, memanfaatkan mutan-mutan yang berada
dalam masing-masing cistron.
Sebagaimana yang telah dikemukakan, percobaan untuk mengungkap
rekombinan intragenik dilakukan sendiri-sendiri pada cistron A maupun B. Dalam
hubungan ini silih berganti digunakan dua mutan setiap kali. Dua mutan itu
diupayakan melakukan infeksi simultan terhadap E. coli B dalam kultur cair.
Melalui prosedur yang telah dikemukakan sebelumnya, setiap kali dapat dihitung
jumlah plak rekombinan wild-type dalam rangka menentukan jumlah fag
rekombinan yang tergolong wild-type, total jumlah turunan fag juga dapat
ditentukan berdasarkan jumlah plak.
Atas dasar contoh protokol percobaan yang diperlihatkan pada gambar 2.8
itu, secara operasional persentase rekombinan dapat ditentukan pertama kali
dengan menghitung jumlah plak pada pengenceran yang tepat di tiap kasus. Lebih
lanjut jika misalnya atas dasar jumlah plak, jumlah rekombinan adalah sebanyak 4
x /ml sedangkan total jumlah turunan adalah 8 x /ml, maka frekuensi rekombinan
antara dua mutan adalah

16

2 = 2 (0,5 x ) = = 0,000001 = 0,0001%

Seperti halnya pada makhluk hidup eukariotik, nilai frekuensi rekombinan
(dalam persen) itu dipandang setara dengan jarak antara dua mutan (pada saat ini
keduanya sama-sama merupakan bagian dari cistron yang sama). Bahwa
perhitungan itu perlu dikali dua, hal itu disebabkan karena tiap peristiwa
rekombinan

menghasilkan

dua

produk

yang

resiprok;

hanya

satu

di

antaranya wild-type yang dideteksi.

Sebenarnya ada permasalahan lain yang muncul di saat pelaksanaan
percobaan rekombinasi intragenik pada cistron A maupun B lokus rII fag T4.
Sangat banyak percobaan rekombinasi intragenik yang sama sekali tidak
memunculkan rekombinanwild-type, ternyata hal itu bersangkut paut dengan
mutan dalam daerah cistron A atau B yang disebabkan oleh delesi. Rekombinasi
intragenik yang memunculkan rekombinanwild-type hanya terjadi antara mutanmutan yang mempunyai latar belakang mutasi titik. Dalam hubungan ini sangat
penting diperhatikan bahwa jika suatu mutan berlatar mutasi titik yang justru
terletak dalam daerah cistron itu yang mengalami delesi, maka rekombinan wildtype tidak akan pernah muncul (Gambar 2.9). Fenomena semacam ini juga perlu
dijernihkan terlebih dahulu untuk mengamankan percobaan rekombinasi
intragenik dalam cistron A maupun B tersebut. Dalam hal ini dilakukan uji delesi
untuk memastikan sesuatu mutan itu berlatar mutasi titik atau delesi.
Setelah beberapa tahun melakukan percobaan rekombinasi genetik dalam
daerahcistron A maupun B lokus rII fag T4, Benzer berhasil mengungkap
gambaran peta genetik kedua cistron itu. Peta genetik cistron A dan B itu
ditunjukan pada gambar 14.10. secara operasional Benzer telah menganalisis
sekitar 20000 mutan yang terletak dalam daerah cistron A dan B; dan 307 di
antaranya berhasil dipetakan. Pada gambar 14.10 itu terlihat bahwa ada tapaktapak yang mengalami banyak mutasi (sehingga mempunyai banyak mutan).
Tapak-tapak semacam itu disebut sebagai titik panas atauhots spots (Klug dan
Cummings,2000 dalam Corebima, 2000). Di lain pihak ada pula tapak-tapak yang
tidak pernah mengalami mutasi (sehingga tidak mempunyai mutan).
Hasil karya Benzer ini amat spektakuler karena berhasil diungkap
mendahului kajian molekuler gen rinci yang baru mampu dilaksanakan pada

17

decade 1960. Pada masanya Benzer memang berhasil membuktikan (1955)bahwa

suatu gen bukanlah suatu partikel yang tidak dibagi; dibuktikan bahwa gen adalah
unit-unit mutasi dan rekombinasi yang tersusun dalam suatu susunan spesifik,
betapapun saat ini kita memandang bahwa hal itu memang yang demikian adanya,
karena sudah jelas diketahui bahwa gen atau per unit-unit itu adalah bagian dari
molekul DNA yang tersusun dari nukleotida-nukleotida.
Teknologi rekombinasi gen telah memberikan banyak manfaat bagi kehidupan
manusia sehari-hari misalnya untuk membuat insulin dan organisme transgenik.
F. Penggunaan rekombinasi gen dalam kehidupan
Membuat insulin
Insulin digunakan untuk mengobati penyakit diabetes. Penyakit diabetes
pada manusia diobeti dengan insulin manusia. Sebelumnya, insulin dibuat untuk
mengekstraknya dari pankreas hewan. Masalahnya, insulin hewan tidak sama
dengan insulin manusia sehingga sering ditolak oleh sistem pertahanan tubuh.
Untuk mendapatkan insulin yang sama dengan manusia, digunakan teknik
rekombinasi gen. Contohnya, gen pembentuk insulin dari sel pankreas manusia
dimasukkan ke dalam gen bakteri sehingga bakteri mampu menghasilkan insulin
manusia. Saat ini insulin manusia telah berhasil diproduksi secara massal dengan
menggunakan bakteri Escherichia coli.

Gambar Proses Pembuatan Insulin

18

Rekombinasi gen dalam pembuatan insulin ini mempunyai keunggulan

sebagai berikut.
1. Insulin yang dihailkan lebih murni karena menghasilkan protein manusia.
Protein manusia lebih dapat diterima oleh tubuh manusia dan jarang
ditolak sistem pertahanan tubuh.
2. Dapat dibuat dalam jumlah besar sehingga biayanya lebih murah dan
mudah diperoleh. Biaya pembuatan insulin dengan pembuatan insulin
menggunakan pankreas hewan.
3. Proses dapat dilakukan atau dihentikan kapan saja karena bakteri dapat
disimpan sampai diperlukan lagi.

19

DAFTAR PUSTAKA
Kamriantiramli.

2010.

Fungsi

rekombinasi

gen.

(online).

http://kamriantiramli.wordpress.com/tag/fungsi-rekombinasi-genetik.
Diakses tanggal 7 Desember2014
Yuwono,T. 2007. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga.

20