Selamat Datang di dunia

Biokimia
****
Pengantar Biokimia
****
Mengajar tidak bertujuan mengisi botol kosong,
tetapi mengajar adalah untuk menyulut api dari suatu obor"
Michel de Montaigne

29 Jan 2006

Bahan Acuan
Lehningers

Principles of
Biochemistry 4rd Edition (2004) - by
David Nelson & Michael Cox.

29 Jan 2006

Tujuan Perkuliahan

Memperkenalkan bahasa biokimia: Kosakata (istilah

dan struktur), tatabahasa (reaksi-reaksi), struktur
kalimat (jalur-jalur metabolisme), dan pengertian
(hubungan-hubungan metabolisme)
Mengajarkan cara mengambil intisari proses
kehidupan
Menyarikan kesatuan konsep yang mendasari proses
kehidupan
Menularkan hasrat mencari tahu atas hal yang akan
dipelajari dan hal yang perlu diketahui
3

29 Jan 2006

Cara Belajar
Baca

bab yang akan dikuliahkan

sebelum perkuliahan
Belajar 3-5 jam untuk setiap jam
perkuliahan
Latihan pemecahan masalah
Ingat istilah-istilah, struktur, dan
jalur-jalur metabolisme
Belajar berkelompok
4

29 Jan 2006

Filosofi Pembelajaran
Menjelaskan,

bukan mengindoktrinasi
Menunjukkan hal yang perlu diketahui dan
yang tidak perlu diketahui
Menghargai pertanyaan tentang hal yang
belum diketahui
Mempelajari semua hal adalah tidak
mungkin, tetapi yang lebih penting adalah
mengorganisir hal yang kita ketahui agar
dapat digunakan
5

29 Jan 2006

Tentang Struktur

Struktur biokimia yang rumit tidak akan pernah

dapat ditiru, akan tetapi hal yang perlu dipikirkan
tentang struktur tersebut adalah:
Bagaimana konsentrasinya berubah sebagai tanggapan

atas kondisi metabolisme tertentu

Bagaimana struktur tersebut berperan terhadap aktifitas
biologisnya
Dalam jalur metabolisme mana senyawa dengan struktur
tersebut ditemukan (dari apa/mana asal senyawa
tersebut dan menjadi apa selanjutnya?)

29 Jan 2006

Ciri-Ciri Kehidupan

Keragaman biologis: mikroba, ganggang,

lumut, tanaman, serangga, burung,
monyet, kamu

Kesatuan kimiawi: sistem kehidupan (di

bumi) mengikuti hukum fisika-kimia
organik tidak ada aturan khusus
7

29 Jan 2006

3 Kebutuhan
Kehidupan:
(1) ENERGI, perlu
diketahui bagaimana:

Memperolehnya
Mengubahnya
Menggunakannya
Fig. 1-28

29 Jan 2006

(2) MOLEKUL SEDERHANA,

perlu diketahui bagaimana:

Mengubahnya
Mempolimerasinya
Menghancurkannya

29 Jan 2006

(3) MEKANISME KiMIA,

untuk:

Memperoleh energi
Mengendalikan reaksi kimia yang berurutan
Mensintesis & mendegradasi makromolekul
Mempertahankan kesetimbangan yang dinamis
Swa-susun struktur yang kompleks
Mengganda secara akurat & efisien
Mempertahankan keteraturan proses biokimia
dalam lingkungan yang berubah-ubah
10

29 Jan 2006

Strategi 1: Mahluk hidup menggunakan pasangan

kimia untuk mengendalikan proses kimia yang
normalnya tidak dapat terjadi

11

Fig. 1-26b

29 Jan 2006

Strategi 2: Mahluk hidup menggunakan enzim

untuk memacu reaksi yang biasanya lambat

12

29 Jan 2006

Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan

termodinamikanya?

13

Fig. 1-11

29 Jan 2006

Bagaimana enzim memacu reaksi, penjelasan

mekanismenya??

14

Fig. 1-22

29 Jan 2006

Biomolekul - Komposisi
99% dari sel tersusun dari unsur
H, O, N, and C
Unsur

Elektron tanpa
pasangan

Jumlah relatif

2/3

1/4

1/70

1/10

15

29 Jan 2006

Atom Karbon yang Fleksibel adalah

Tulang Punggung Kehidupan

Fig. 1-14

16

29 Jan 2006

Isomer Kimia
Rumus kimia sama, bentuk berbeda

17

Fig. 1-18a

29 Jan 2006

Molekul Khiral
bentuk putaran berbeda dengan bentuk bayangan

18

Fig. 1-19a

29 Jan 2006

Stereoisomer
Rumus dan bentuk kimia sama fungsi biologis

19

Fig. 1-23a

29 Jan 2006

Perubahan Biokimia
Dapat Dikelompokkan dalam 5 kategori

20

Reaksi pemindahan gugus

Reaksi oksidasi-reduksi
Penataan kembali (isomerisasi)
Reaksi pemotongan
Reaksi kondensasi
29 Jan 2006

Struktur Biomolekul
Anabolik

Senyawa penyusun
Gula sederhana
Asam amino
Nukleotida
Asam lemak

Makromolekul
Polisakarida
Protein (peptida)
RNA atau DNA
Lipida

Katabolik

21

29 Jan 2006

Biosintesis
Membutuhkan
Molekul
Sederhana
untuk Digabung
secara Kovalen
melalui
Berbagai Cara

3eFig. 3-25

22

29 Jan 2006

Kekuatan ikatan kimia tergantung pada

1. Kelektronegativan relatif dari dua atom yang
berikatan
Keelectronegativan tinggi = Afinitas elektron tinggi

3.5

2.1

Cl

3.0

2.1

3.0

Na

0.9

2.5

0.8

23

From 3eTable 3-4

29 Jan 2006

2. Jumlah elektron pengikat

24

See Fig. 1-13

29 Jan 2006

Kekuatan ikatan yang umum

Approx. Avg.
Triple:

820 kJ/mole

Double: 610 kJ/mole

Single: 350 kJ/mole

25

29 Jan 2006

Gugus Fungsional yang Umum *

26

Fig. 1-15

29 Jan 2006

*
Nukleofil
Biologis yang
Penting:
gugus fungsional
kaya elektron

3eTable 3-4

27

29 Jan 2006

Ringkasan

Atom karbon tetrahedral memiliki sifat

ikatan yang fleksibel
Senyawa-senyawa beratom banyak dapat
memiliki beberapa bentuk isomerik
Pengubahan bentuk membutuhkan
pemutusan ikatan-ikatan kimia
Molekul-molekul besar disusun dari molekulmolekul kecil melalui pembentukan ikatan
kimia baru
28

29 Jan 2006

Staf Pengajar

Drs. Winarto Hariadi, M.Si.

Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D.

Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.

Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng., Ph.D.

29

29 Jan 2006

No.

Topik Perkuliahan

Tanggal

Pengajar

1.

Pendahuluan
1.
Konsep dasar biokimia
2.
Reaksi-reaksi biokimia

29-08-2006

Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,

Ph.D.

2.

Air dan Buffer

05-09-2006

Drs. Winarto Hariadi, M.Si.

3.

Karbohidrat I
Tinjauan umum
Monosakarida
Disakarida
Polisakarida

12-09-2006

Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.

4.

Karbohidrat II
Reaksi monosakarida
Ikatan glikosida
Fungsi karbohidrat

19-09-2006

Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.

5.

Asam Amino dan Protein I

Tinjauan umum
Asam amino
Biosintesis asam amino

26-09-2006

Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.

6.

Asam Amino dan Protein II

Peptida
Struktur protein
Fungsi asam amino dan protein
Biosintesis protein

03-10-2006

Dr. Ir. Arman Wijonarko, M.Sc.

7.

UJIAN SISIPAN

10-10-2006

Semua dosen (topik 1 s/d 6)

30

29 Jan 2006

No.

Topik Perkuliahan

Tanggal

Pengajar

7.

Lipida I
1.Tinjauan umum
2.Asam lemak jenuh dan tak jenuh
3.Reaksi asam lemak

07-11-2006

Drs. Winarto Hariadi, M.Si.

8.

Lipida II
1.Fungsi asam lemak dan lipida
2.Biosintesis asam lemak

14-11-2006

Drs. Winarto Hariadi, M.Si.

10.

Asam nukleat I
Tinjauan umum
Nukleosida dan nukleotida

21-11-2006

Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D.

11.

Asam nukleat II
Struktur DNA dan RNA
Nukleosida dan nukleotida

28-11-2006

Ir. Sedyo Hartono, M.P., Ph.D.

12.

Enzim
Tinjauan umum
Klasifikasi enzim
Koenzim dan kofaktor
Mekanisme dan kinetika kerja enzim
Penghambatan kerja enzim

05-12-2006

Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,

Ph.D.

14.

Metabolisme I
Tinjauan umum
Jalur metabolisme

12-12-2006

Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,

Ph.D.

15.

Metabolisme II
Bioenergetika
Pengendalian metabolisme

19-12-2006

Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng.,

Ph.D.

16.

UJIAN AKHIR

Jadual Fakultas

Semua dosen (topik 8 s/d 14)

31

29 Jan 2006

Tugas

Tuliskan 5 hal yang sebelumnya tidak kamu

ketahui atau lupa dan dipelajari hari ini

29 Jan 2006