Anda di halaman 1dari 6

TUGAS

EKSPRESI GEN PADA MITOKONDRIA DAN


KLOROPLAS

Disusun untuk memenuhi tugas mata kuliah Biomolekular

disusun oleh :
Afifah Eka Putri (S831408002)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN SAINS


PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2014

Struktur Genom Mitokondria


Mitokondria merupakan organel yang juga terdapat di dalam sitoplasma dari semua
hewan aerob dan sel tanaman. Fungsi utama mitokondria adalah sebagai sumber energi
di dalam sel. Mitokondria mengandung enzim untuk siklus Kreb, melakukan fosforilasi
oksidatif dan juga terlibat dalam biosintesis asam lemak. Struktur DNA mitokondria
ditemukan dalam keadaaan rantai ganda dan melingkar tertutup ( Close Circular DNA ),
linear DNA dan keadaan linearcircular DNA . Pada genom ini banyak terjadi sekuen
berulang sehingga rekombinasi sel pada genom mitokondria tinggi. Organisasi genom
mitokondria lebih kompleks daripada genom kloroplas. Dengan terdapatnya banyak
sekuen DNA berulang menyebabkan pemanfaatan DNA di dalam mitokondria tidak
seefisien genom kloroplas. Seperti halnya DNA kloroplas, genom mitokondria juga
berasosiasi dengan protein histon. Mitokondria dari semua organisme mengandung gen
fungsional atau DNA copy tunggal yang sama jumlahnya. Pada tanaman, ukuran
genomnya besar di samping DNA copy tunggal, diketahui genom mitokondria
mengandung pula sekuen DNA yang tidak mengkode protein. Genom mitokondria
merupakan poliploid dengan jumlah sampai ratusan copy sel. Studi mengenai genom
mitokondria dapat digunakan untuk pengembangan varietas-varietas hibrida melalui
pembentukan mandul jantan sitoplasma (cytoplasmatic male sterility-CMS). C M S
merupakan peristiwa gagalnya organ bunga jantan menghasilkan serbuk sari karena
interaksi gen yang ada pada genom inti dengan gen pada sitoplasma yang berada pada
mitokondria. Sterilitas diwariskan secara maternal.
Struktur genom mitokondria akan berbeda pada setiap spesies berkisar 208-2400 kb.
Genom mitokondria terdiri dari gen-gen yang digunakan pada proses respirasi
rantai protein, protein ribosom rRNAs dan tRNA. Genom mitokondria memiliki dua
bagian umum yaitu bagian pengkodean (coding region) yang bertanggungjawab dalam
produksi berbagai molekul biologis pada respirasi selular dan bagian kontrol (control
region) yang bertanggungjawab pada regulasi molekul DNA mitokondria (mtDNA). mt
DNA dari saudara sekandung akan cocok sama lain dan ditemukan dalam keadaan
single berbentuk melingkar dengan ukuran 120-160 kb. mtDNA dapat ditemukan
berkali-kali dan pada sel manusia dapat terdiri dari

ratusan sampai ribuan

mitokondria. Genom mitokondria terdiri dari bagian large single copy (LSC) dan
bagian small single copy (SSC).

DNA mitokondria manusia mengandung 44% (G+C). Walaupun merupakan rantai


ganda pada DNAmt terdapat rantai tripel yang dikenal sebagai daerah D-loop yang
didalamnya terdapat origin of replication (ORI) rantai berat dan kedua promoter untuk
rantai berat dan rantai ringan. D-loop tidak menyandi protein, merupakan daerah control
utama ekspresi DNAmt selain berfungsi sebagai leading strand replication serta
promoter utama untuk transkripsi DNAmt tidak mengandung intron bahkan terdapat
gen-gen yang saling tumpang tindih serta umumnya urutan penyandi antara gen-gen
yang bersebelahan saling bersambung atau hanya dipisahkan satu atau dua basa bukan
penyandi. Produk-produk genom mitokondria berfungsi dalam reaksi fosforilasi
oksidatif yang menghasilkan energi berupa ATP bagi sel dan jaringan.
Terdapat perbedaan karakteristik antara DNAmt dengan DNA inti yaitu pewarisan
DNAmt secara maternal, memiliki laju mutasi tinggi (5-10 kali) dibandingkan dengan
DNA inti karena tidak ada sistem perbaikan (repair), memiliki kodon yang berbeda,
tidak memiliki intron, bereplikasi dan diekspresikan oleh aparatusnya sendiri. Beberapa
kode genetik pada DNAmt berebda dengan DNA inti, missal UGA pada DNA inti
meruapakan stop kodon, tetapi pada DNAmt UGA menyandi triptofan, AUA menyandi
methionin bukan isoleusin. Demikian pula AGA dan AGG sebagai stop kodon dan
bukan menyandi arginin.
Genom Kloroplas
Pada tanaman, selain terdapat di inti sel, DNA juga terdapat dalam kloroplas. Genom
kloroplas ini adalah unik untuk organisme eukariot tanaman. Kloroplas berasal dari
protoplastid kecil (plastid yang belum dewasa, kecil dan hampir tak berwarna, dengan
sedikit atau tanpa membran dalam). Protoplastid membelah pada saat embrio
berkembang menjadi kloroplas ketika daun dan batang terbentuk. Tiap kloroplas
dikelilingi oleh sistem atau selimut membran ganda yang mengatur lalu lintas molekul
keluar masuk kloroplas. Pada bagian tertentu kloroplas terdapat tumpukan tilakoid yang
disebut grana. Kloroplas memiliki genomnya sendiri yang disebut plastome tetapi juga
tetap memerlukan informasi genetik tambahan dari genom inti sel. Secara konvensional
gen-gen yang ada pada genom inti diwariskan dari generasi ke generasi mengikuti pola
penurunan Mendel sedangkan sifat-sifat yang dikendalikan oleh gen yang ada pada
genom

kloroplas

(juga

genom

mitokondria)

diwariskan

dengan

pola

pewarisan cytoplasmic atau uniparental atau pola pewarisan maternal. Gen-gen pada

genom ini diwariskan melalui tetua betina. Kloroplas mengandung peralatan biokimia
lengkap yang diperlukan dalam replikasi dan ekspresi dari plastom, termasuk DNA dan
RNA polimerase, ribosom, tRNA dan rRNA sintase. Namun ukuran plastom tidak
cukup besar untuk mengkode semua protein yang diketahui ada pada kloroplas. Hal ini
membuktikan bahwa organel masih tetap tergantung dari genom inti untuk bisa
menjalankan fungsinya.

Kedua genom (genom inti dan plastom) bisa mengkode

protein yang berbeda menjadi subunit dari satu enzim yang sama. Sebagai contoh
adalah

enzim

Rubisco

(ribulose

1,5-biphosphate

carboxylase-oxygenase)

yang berfungsi dalam fiksasi karbon dan mengkontribusi sampai 50% dari total protein
dapat larut yang ada di daun. Subunit terkecilnya dikode oleh gen yang ada di
genom inti, sedangkan subunit besarnya dikode oleh gen yang ada di plastom. Di
kloroplas terdapat DNA, RNA,

ribosom dan berbagai enzim. Semua molekul ini

sebagian besar terdapat di stroma, tempat berlangsungnya transkripsi dan translasi.


Seperti diketahui, DNA tersusun atas utas ganda, berpilin dan terdiri dari struktur
protein DNA kloroplas lebih besar dari pada DNA mitokondria hewan, dengan ukuran
antara 80 kb hingga 600 kb. Barisan DNA dari genom kloroplas dari setiap individu
sudah terdeteksi. Semua genom kloroplas terdiri dari banyak barisan DNA yang tidak
bertanda. DNA kloroplas, dapat diperoleh dari suatu jenis tanaman hijau, dari alga
sampai tumbuhan angiospermae, perbedaannya sangat kecil dari mtDNA kecuali dari
bentuknya. Biasanya berbentuk bundar atau lingkaran, dengan panjang sekitar 37 m 44 m, ukuran dari berat molekul kira-kira 1 x 107 dalton. Ekstrak atau sari dari DNA
kloroplas

dari selada, kacang polong, gandum,

Euglena, dan Chlamidomonas

menunjukkan kesamaan ukuran dalam bentuk lingkaran, tetapi untuk alga


laut, Acetabularia mediterranea, dihasilkan panjang molekul di atas 200 m dan dengan
berat molekul kira-kir a 1 x 109 dalton. Molekul lurus sudah ditemukan dalam
pengujian seluruh spesies, tetapi itu kelihatannya merupakan hasil dari siklus
pemecahan.
Pada tanaman tingkat tinggi, DNA kloroplas berbentuk molekul melingkar tertutup
(close circular DNA) berutas ganda. DNA kloroplas (genom) terdapat dalam 50 atau
lebih lingkaran jalur-ganda melilit dalam tiap plastid. Pada keadaan yang lebih
kompleks, genom kloroplas akan membentuk Supercoiled Close Circular DNA.
Genom kloroplas memiliki ukuran paling kecil di antara DNA tanaman. Berbagai gen

plastid menyandi semua molekul RNA-pemindah (sekitar 30), dan molekul RNAribosom (empat) yang digunakan oleh plastid untuk translasi. Kira-kira 85 gen seperti
ini menyandi protein yang terlibat dalam transkripsi, translasi, dan fotosintesis, tetapi
sebagian besar protein di plastid di sandi oleh gen nukleus. Plastom tidak membentuk
kompleks dengan protein histon. DNA kloroplas dapat berjumlah beberapa kopi
sehingga bersifat poliploid. DNA plastome direplikasi secara semi konservatif.
Pembelahan kloroplas berhubungan dengan ukuran sel dan pada waktu ekspansi sel
berlangsung cepat selama perkembangan daun, jumlah kloroplas per sel bertambah
seiring perkembangan volume sel. Sintesa DNA kloroplas tidak secepat proses
pembelahan plastid. Jumlah kopi kloroplas DNA juga berbeda pada masing-masing
spesies yang berbeda. Jumlah kopi umumnya dapat mencapai 10-20 per kloroplas dan
satu sel bisa mengandung sampai 40 kloroplas. Kelebihan dari genom kloroplas adalah
sangat efisien dalam memanfaatkan DNA. Hal ini dikarenakan hampir semua DNA
merupakan bagian dari gen tertentu sehingga mempunyai fungsi tertentu. Total
nukleotida dibandingkan dengan nukleotida yang menjadi bagian dari gen sekitar 90%
sehingga hampir tidak terdapat DNA berulang pada genom kloroplas. Genom kloroplas
terdiri dari dua gen, pada setiap kloroplas terdapat RNA ribosom (16 S; 23 S; 4,5 S; 5
S). Berbeda dengan DNA mitokondria yang hanya memiliki satu tiruan gen. Genom
juga terdiri dari gen untuk RNA transfer, dan gen untuk yang lainnya, tetapi bukan
semuanya. Susunan protein untuk transkripsi dan translasi dari gen yang sudah ditandai
pada kloroplas (seperti protein ribosom, sub unit RNA polimerase, dan faktor-faktor
translasi) atau untuk proses fotosintesis. Intron ditemukan pada beberapa daerah
pengkodean protein dan gen RNA transfer pada DNA kloroplas. Plastid (juga
mitokondria) mempunyai alat produksi ribosomal sendiri. Dalam sel eukariot kadangkadang perbandingannya rangkaian 28S dan 18S rDNA yang bersebelahan satu sama
lainnya, sedangkan rangkaian 5S rDNA ditempatkan di mana saja di dalam gen.
Ekspresi gen pada DNA mitokondria dan kloroplas
Struktur DNA pada mitokondria dan kloroplas hampir sama dengan DNA pada bakteri,
yaitu berbentuk sirkular. Oleh karena itu, proses transkripsi dan translasinya juga mirip
dengan bakteri. Sub unit RNA polymerase dan beberapa faktor transkripsi juga
mempunyai kemiripan dengan bakteri. Walaupun mitokondria dan kloroplas merupakan
organel sel, namun dalam melakukan proses transkripsi dan translasi DNA mitokondria

dan kloroplas tidak bergantung pada inti sel. Keduanya bersifat independen. DNA
mitokondria dan kloroplas mempunyai daerah awal untuk transkripsi atau ORI (Origin
of replication). Ekspresi gen pada kloroplas mempunyai kemiripan dengan bakteri. Unit
tanskripsi bersifat polisistronik seperti pada operon bakteri mendominasi bagian dari
kloroplas. Protein dan tingkat kesensitifan terhadap antibiotic pada ribosom kloroplas
juga mirip dengan ribosom pada bakteri. RNA polymerase seperti pada bakteri berperan
dalam transkripsi di kloroplas. Analisis dari nonphotosynthetic mutant di tanaman
jagung, Arabidopsis, dan Chlamydomonas menunjukkan beberapa nucleus mengkode
RNA-binding protein yang berperan dalam ekspresi gen di kloroplas. Protein yang
dihasilkan pada umumnya spesifik pada organel sel tersebut. Pada kloroplas terdapat
pentatricopeptide repeat (PPR) family. PPR merupakan sebuah sekuen dari RNAbinding yang spesifik mengikat single strand RNA di sepanjang permukaan.
Hal yang membedakan antara ekspresi gen kloroplas dan bakteri yaitu dimana ekspresi
gen tersebut dikontrol. Pada bakteri tahap inisiasi merupakan tahap paling penting
dalam proses pengaturan, sedangkan pada kloroplas tahap yang paling penting adalah
posttranskripsional. RNA kloroplas mengalami beberapa tahapan yaitu RNA
cleavage/trimming, RNA splicing, RNA editing, dan RNA stabilization.

Daftar pustaka
American Society of Plant Biologists. 2011. Expression of plastid genes: Organellespesific elaborations on a Procaryotic Scaffold. Download at
http://m.plantphysiol.org [tanggal 23 Oktober 2014]
Briat JF, Lescure AM, Mache R. 1986. Transcription of the chloroplast DNA: a review.
Download at http://ncbi.nlm.nih.gov [tanggal 23 Oktober 2014]
Darmawan AK. 2012. Organisasi Genom. Download at http://taniyoook.blogspot.com
[tanggal 22 Oktober 2014]
_________. Pewarisan Ekstra Kromosomal. Download at http://taniyoook.blogspot.com
[tanggal 23 Oktober 2014]
Sugita M, Sugiura M. 1996. Regulation of gene expression in chloroplasts of higher
plants. Download at http://ncbi.nlm.nih.gov [tanggal 23 Oktober 2014]
Tuti W, Ulung A. 2010. Buku Ajar Biologi Molekular. Jurusan Biologi FMIPA UNNES