Anda di halaman 1dari 2

SKOR FUNGSI

Fungsi skore ranking adalah perkiraan metode matematika yang cepat digunakan untuk
memprediksi kekuatan interaksi non-kovalen antara dua molekul setelah mereka saling
merapat atau berdekatan. Paling umum salah satu molekul adalah senyawa organik kecil
seperti obat dan kedua adalah target biologis obat seperti reseptor protein.
Fungsi rerank juga telah dikembangkan untuk memprediksi kekuatan jenis lain dari interaksi
antarmolekul, misalnya antara dua protein atau antara protein dan DNA. Sebagian besar
fungsi penilaian adalah berbasis fisika
molekuler medan gaya mekanika yang
memperkirakan energi; energi yang rendah (negatif) menunjukkan sistem yang stabil dan
dengan demikian kemungkinan mengikat interaksi. Sebuah pendekatan alternatif adalah
untuk menurunkan potensi statistik untuk interaksi dari database besar kompleks proteinligan, seperti Protein Data Bank, dan mengevaluasi fit dari posisinya menurut
potential.Scoring disimpulkan terdiri dari tiga aspek yang berbeda relevan dengan docking
dan desain:
1. Ranking dari konfigurasi yang dihasilkan oleh pencarian docking untuk satu ligan
berinteraksi dengan protein tertentu; Aspek ini sangat penting untuk mendeteksi modus
mengikat terbaik yang mendekati eksperimental Situasi yang diamati.
2. ligan berbeda Ranking sehubungan dengan mengikat satu protein, yaitu, memprioritaskan
ligan menurut afinitas mereka; ini Aspek penting dalam skrining virtual.
3. Peringkat satu atau berbeda ligan sehubungan dengan mengikat mereka afinitas untuk
protein yang berbeda; Aspek ini sangat penting untuk pertimbangan selektivitas dan
spesifisitas.
Metode penilaian dapat berkisar dari mekanika molekul medan gaya seperti AMBER, OPLS
atau CHARMM melalui empiris, fungsi scoring energi atau fungsi berbasis pengetahuan.
Saat ini metode docking yang tersedia memanfaatkan fungsi mencetak gol di salah satu dari
dua cara. Pendekatan pertama menggunakan fungsi penilaian penuh untuk peringkat
konformasi ligan protein. Sistem ini kemudian dimodifikasi olehalgoritma pencarian, dan
fungsi penilaian yang sama lagi diterapkan untuk menentukan peringkat struktur
baru.(Mukesh and Rakesh 2011)
Nilai Rerank Score menggambarkan kestabilan ikatan ligan dan reseptor. Semakin kecil nilai
Rerank Score maka semakin stabil ikatan obat reseptor. Dari data Rerank Score dapat
disimpulkan bahwa ikatan antara active ligand dengan reseptor lebih stabil dibandingkan
ikatan urea dan benzoilurea dengan reseptor. (Pangaribowo 2014)

Mukesh, Bachwani, and Kumar Rakesh. 2011. Molecular Docking: A Review. Int. J. Res.
Ayurveda Pharm, 174651.

Pangaribowo, Dian Agung. 2014. MOLECULAR DOCKING, SINTESIS Dan UJI


AKTIVITAS SITOTOKSIK. CAKRA KIMIA (Indonesian E-Journal of Applied
Chemistry) 2 (1): 6.