Anda di halaman 1dari 7

PEMODELAN

Hampir semua teori kimia kontemporer melibatkan pemodelan, deskripsi tidak


langsung dan analisis fenomena kimia dengan cara pemodelan. Dari abad ke-19 dan
seterusnya, kimia yang sering diajarkan dan dipelajari dengan model fisik struktur molekul.
Dimulai pada abad ke-20, model matematika berdasarkan cara klasik dan mekanika kuantum
berhasil diterapkan pada sistem kimia. Bagian ini membahas beberapa pertanyaan filosofis
yang muncul ketika kita mempertimbangkan pemodelan dalam kimia lebih langsung.
Pemodelan molekul mencakup semua metode teoritis dan teknik komputasi yang digunakan
untuk memodelkan atau meniru perilaku molekul. Pemodelan molekuler suatu cara untuk
mengambarkan atau menampilkan perilaku suatu sistem molekul semirip aslinya (Da Silva,
2008) pemodelan merupakan teknik yang digunakan dalam bidang kimia komputasi, desain
obat, biologi komputasi dan ilmu material
A. Pemodelan Fisik
Tradisi pemodelan kimia dimulai dengan model fisik atom dan molekul. Dalam
pendidikan kimia kontemporer, banyak penekanan ditempatkan pada konstruksi dan
manipulasi model tersebut. Siswa di kelas kimia organik diharuskan untuk membeli model kit
molekul plastik, dan tidak jarang untuk melihat struktur molekul kompleks yang dibangun
dari kit tersebut dalam pengaturan laboratorium profesional. Penggunaan model molekul
menjadi terkenal khusus di tengah-tengah abad ke-19, membantu kimiawan untuk memahami
makna bentuk molekul (Brock, 2000). Sementara struktur tersebut dapat diwakili di atas
kertas, model fisik memberikan kedekatan dan kemudahan visualisasi yang tidak di berikan
oleh sketsa Di tengah-tengah abad kedua puluh, penemuan struktur heliks ganda DNA
dibantu oleh manipulasi model fisik (Watson, 1968). Berikut adalah macam macam model
fisik

Model Bola Bidang

Model Komposit

Model Bola - Tongkat

Model Kerangka

Model Polyhedral

B. Pemodelan Matematika
Model matematika didefinisikan secara luas sebagai rumus atau persamaan yang
menyatakan ciri pokok sistem fisik atau proses dalam bahasa matematika; dengan kata lain
sebuah model matematika adalah sebuah model abstrak yang menggunakan bahasa matematis
untuk menjelaskan perilaku dari sebuah sistem. Contoh dari sistem antara lain: partikel, atom,
molekul, sel, organ, perseorangan, komunitas, negara, bangsa, dunia, sistem tata surya,
galaksi, dan alam semesta.
Model matematika dalam kimia meliputi persamaan, grafik, matriks, sistem koordinat
atau aplikasi dari matematika dan komputer, yang dikenal dengan istilah komputasi. Proses
Problem-Solving menggunakan model matematika ditunjukkan seperti pada bagan berikut:

Model matematika diklasifikasikan menjadi tiga, yaitu:


a. Model teoritis: dikembangkan menggunakan prinsip kimia dan fisika.
b. Model empiris: diperoleh dari analisa matematika (statistika) data operasi proses.
c. Model semiempiris: satu atau lebih parameter dievaluasi dari data eksperimen.

Manfaat Modeling Matematika


1. Riset dan pengembangan
Menentukan mekanisme kinetika kimiadan parameterparameter dar i data reaksi
laboratorium atau pilot plant, mengeksplorasi pengaruh kondisi operasi yang berbeda
untuk optimisasi dan satu dipengendalian membantu dalam perhitungan scaleup.
2. Desain
Mengeksplorasi ukuran dan susunan peralatan proses untuk unjuk kerjadinamis;
mempelajari interaksi bermacammacam bagian proses, khususnya ketika digunakan

recycle bahan atau integrasi panas; mengevaluasi proses alternatif dan struktur pengendali
dan strategi; mensimulasi kanstartup, shutdown, dan situasi dan prosedur darurat.
3. Operasi pabrik
Trouble shooting masalah pengendali dan proses; membantu dalams tartup dan training
operator; mempelajari pengaruh dari dan kebutuhan untuk proyek
ekspansi
(menghilangkan bottleneck); mengoptimalkan operasi pabrik.
Aplikasi Model Matematis dalam Kimia
Dalam kimia, hampir selalu menggunakan model matematika seperti, bentuk orbital,
reaksi, bagan suatu proses, dan untuk menjelaskan hasil eksperimen dengan menggunakan
grafik, diagram, atau tabel.
a. Produksi Amonia
Dalam menjelaskan produksi amonia (NH3) dapat menggunakan pemodelan
matematis, yaitu dalam bentuk bagan. Menggunakan bagan dalam proses pembuatan suatu
zat atau senyawa akan dapat dipahami dengan mudah karena dijelaskan alur dan prosesproses yang terjadi dan biasanya menggunakan tanda panah dari awal proses sampai
terbentuknya produk dalam hal ini amonia. Bagan proses pembuatan ammonia sebagai
berikut:

b. Reaksi Oksidasi-Reduksi
Mekanisme suatu reaksi juga merupakan pemodelan matematis. Dalam menentukan
reaksi redoks menggunakan penyelesaian dengan proses eliminasi yang sering digunakan
dalam matematika.

c.

Penggambaran Orbital
Penggambaran orbital dapat digambarkan dengan menggunakan garis cartesius yang
biasa digunakan dalam matematika, yaitu seperti dibawah ini:

d.

Grafik Hasil Eksperimen Asam-Basa


Menjelaskan hasil eksperimen asam-basa biasanya menggunakan grafik. Grafik ini
digunakan untuk menjelaskan perubahan pH yang terajadi dengan menggunakan volume
larutan basa yang berbeda-beda.

C. Kimia Komputasi
Komputasi adalah cara pemecahan masalah yang menggunakan program komputer.
Pengertian Kimia Komputasi
Kimia

komputasi adalah

cabang kimia yang

menggunakan

hasil kimia

teori yang

diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan


perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul
seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan
menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.
Komputasi akan memberikan hasil yang lebih akurat, sehingga para kimiawan tidak perlu
melakukan try dan error dalam pengembangan ilmu kimia.
Metode Komputasi Molekul
Metode komputasi molekul dapat digambarkan dalam beberapa pendekatan berikut:
1. Metode Mekanika Molekul yaitu metode yang menggunakan dasar-dasar hukum
fisika klasik dalam perhitungannya.
2. Metode Mekanika Quantum yaitu metode yang menggunakan dasar-dasar hukum
fisika quantum dalam perhitungannya.
Metode Mekanika Quantum terdiri dari:
a. Pendekatan Teori Struktur Elektron

Metode ab initio
Ab initio berasal dari bahasa latin yang diberikan untuk menandai
perhitungan yang diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip
teoritis, tanpa memasukkan data eksperimen. Ab initio mengacu pada
perhitungan

mekanika

kuantum

melalui

beberapa

pendekatan

matematis, seperti penggunaan persamaan yang disederhanakan (Born

Oppenheimer approximation) atau pendekatan untuk penyelesaian


persamaan

differensial.

Metode

ab

initio

digunakan

untuk

memprediksi sifat sistem kimia yang melibatkan jumlah atom yang


kecil.

Metode semiempirik
Dalam metode semiempirik perhitungan ditetapkan dengan struktur
umum yang sama sebagai perhitungan Hartree Fock. Dalam kerangka
ini, potongan informasi tertentu, seperti dua integral elektron, yang
didekati atau sama sekali dihilangkan. Dalam rangka untuk mengoreksi
kesalahan

diperkenalkan

dengan

menghilangkan

bagian

dari

perhitungan, metode ini parameter, dengan melakukan suaian kurva


dalam beberapa parameter atau nomor, untuk memberikan kesepakatan
yang terbaik dengan data eksperimen. Metode semiempiris mampu
melakukan perhitungan sistem kimia lebih besar.
b. Pendekatan Teori Fungsional Kerapatan (DFT= Density Functional Teory)
Teori fungsi kerapatan (DFT, Density functional theory) merupakan salah satu
dari beberapa pendekatan populer untuk perhitungan struktur elektron banyakpartikel secara mekanika kuantum untuk sistem molekul dan bahan rapat.
Teori ini digunakan dalam fisikadan kimia untuk mengamati keadaan dasar
dari sistem banyak partikel
Manfaat Komputasi Kimia
1. Mendesain awal proses reaksi sintesis
2. Mempelajari dan menjelajahi mekanisme reaksi
3. Mendesain sintesis obat
4. Dapat menghitung dengan berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen
5. Menentukan sifat-sifat dari molekul pereaksi maupun produk yang dihasilkan
6. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi

Penerapan Metode Komputasi

Dalam bidang farmasi


Penerapan kimia komputasi dalam bidang farmasi adalah pada desain obat. Desain obat adalah
proses iterasi yang dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukkan sifat biologi yang
penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa

kimia. Hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan
pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif. Untuk mensintesis dan menguji aktivitasnya dapat
menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampai pada pemanfaatan obat.
Untuk itu dikembangkan pendekatan teoritis yang dapat menghitung secara kuantitatif tentang
hubungan antara aktivitas biologis terhadap perubahan struktur senyawa yang dikenal dengan
istilah QSAR Perkembangan lanjut dari QSAR adalah QSAR tiga dimensi, CoMFA (Comparative
Molecular Field Analysis). Dalam metoda CoMFA, efek sterik, elektrostatik, luas permukaan dari
molekul dihubungkan pada deskripsi molekular spesifik (substituen).
Untuk mendapatkan perhitungan efisien, dikembangkan metode hibrid QM/MM (Quantum
Mechanics/Molecular Mechanics hybrid) yang mampu menghitung secara teliti sisi aktif dari suatu
sistem kimia karena dihitung secara mekanika kuantum, sedangkan bagian sistem kimia yang
jumlahnya besar dan tidak mengalami perubahan terlalu besar dihitung dengan metode Mekanika
Molekuler. Teknik QM/MM banyak digunakan untuk mengkaji interaksi obat dengan reseptor
dalam docking molekular dengan cara penerapan perhitungan QM pada sisi interaksi aktif, dan MM
pada bagian reseptor yang tidak berinteraksi aktif (Hofer dkk., 2004).