Pendahuluan
Dalam tubuh manusia , protein merupakan salah satu kandungan terpenting selain
lemak dan karbohidrat. Hal ini dikarenakan proteinlah yang banyak berperan penting
dalam berbagai proses yang berhubungan dengan DNA dan RNA. Selain itu protein
berperan dalam sistem genetika, yang di dalamnya terjadi proses ysng mempengaruhi
adanya beberapa penyakit seperti diabetes melitus. Diabetes Mellitus ini diakibatkan
karena adanya perubahan fungsi pada sel target dan menyebakan adanya produksi
hormon insulin yang tidak sempurna yang pada akhirnya glukosa dalam tubuh tidak dapat
di pecah dengan baik sehingga kadar gula dalam tubuh menjadi meningkat.
Pembuatan tinjauan pustaka ini bertujuan agar pembaca dapat lebih memahami
dan mengerti tentang struktur dan fungsi protein dalam tubuh manusia. Sehingga dengan
mengetahui tentang struktur dan fungsi protein pembaca dapat memahami lebih dalam
mengenai proses berlangsungnya sintesis protein maupun mengenai pengaruh protein
dalam kode-kode genetika..
Pembahasan
A. Protein
Protein adalah sumber-sumber asam amino yang mengandung unsur C, H, O dan
N yang tidak dimiliki oleh lemak atau karbohidrat. Protein adalah makromolekul
polipeptida yang tersusun dari sejumlah L-asam amino yang dihubungkan oleh ikatan
peptida, berbobot molekul tinggi dari 5000 sampai berjuta-juta. Selain itu protein juga
memiliki berbagai macam struktur,jenis dan fungsi masing-masing sesua proses
kerjanya.1
1. Struktur protein
Protein, seperti halnya suatu molekul DNA, merupakan polimer yang linear
dan tidak bercabang. Subunit protein monomeriknya disebut asam amino dan
polimer yang dihasilkan atau polipeptidanya, jarang yang panjangnya melebihi
2000 unit. Struktur protein bersifat hirarki, yaitu protein disusun setahap demi
setahap dan setiap tingkatan tergantung dari tahapan di bawahnya. Adapun protein
terdiri dari empat struktur yaitu :
a. Struktur Primer
Struktur primer protein ini merupakan struktur protein yang dibentuk
dengan menggabungkan asam amino ke dalam polipeptida. Asam amino
dihubungkan dengan ikatan peptida yang terbentuk dengan reaksi
kondensasi antara gugus karboksil pada satu asam amino dengan gugus
amino pada asam amino kedua. Ujung dari polipeptida yang terbentuk
mempunyai sifat kimia yang berbeda. urutan asam amino penyusun
protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Deret asam
amino pada protein, dengan penggunaan beberapa enzim protease yang
mengiris ikatan antara asam amino tertentu, menjadi fragmen peptida yang
lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas
Alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asamasam amino berbentuk seperti spiral;
2. Fungsi protein
Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua
kelompok besar, yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja
pada tingkat molekular. Apabila tulang dan kitin adalah beton, maka protein
struktural adalah dinding batu-batanya. Beberapa protein struktural, fibrous
protein, berfungsi sebagai pelindung, sebagai contoh a dan b-keratin yang terdapat
pada kulit, rambut, dan kuku. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang
berfungsi sebagai perekat, seperti kolagen.
Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti
halnya polimer lain, protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat
mengalami cross-linking dan lain-lain. Selain itu protein juga dapat berperan
sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup.
Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks
untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisme. Suatu sistem metabolisme
akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami
kerusakan
Fungsi protein bagi tubuh antara lain sebagai berikut.
a.Menyusun sel dan jaringan tubuh.
b.Menyusun enzim, hormon, dan pigmen.
c. Penghasil tenaga.
d. Memperbaiki dan mengganti sel-sel tubuh yang telah rusak.
e. Berperan utama dalam proses pertumbuhan.
f. Membantu meningkatkan daya tahan tubuh.
3. Jenis Protein
Semua jenis protein terdiri dari rangkaian dan kombinasi dari 20 asam amino.
Setiap jenis protein mempunyai jumlah dan urutan asam amino yang khas. Di dalam
sel, protein terdapat baik pada membran plasma maupun membran internal yang
menyusun organel sel seperti mitokondria, retikulum endoplasma, nukleus dan
badan golgi dengan fungsi yang berbeda-beda tergantung pada tempatnya. Proteinprotein yang terlibat dalam reaksi biokimia sebagian besar berupa enzim banyak
terdapat di dalam sitoplasma dan sebagian terdapat pada kompartemen dari organel
sel. Protein merupakan kelompok biomakromolekul yang sangat heterogen. Ketika
berada
di
luar
makhluk
hidup
atau
sel,
protein
sangat
tidak
stabil.
B.
C. Sintesis Protein
Gen pada suatu sel terdiri dari semua informasi genetik yang dimiliki nya, yang
dikode dalam DNA (asam deoksiribonukleat). Pada eukariotik, DNA utama terletak di
inti tetapi juga terdapat di mitokondria dalam jumlah kecil. Gen inti terkemas dalam
kromosom yang mengandung DNA dan protein dalam struktur berbentuk kumparan yang
sangat rapat.2
Gen ini juga yang memberi perintah untuk membuat protein tertentu. Tetapi gen tidak
membangun protein secara langsung. Jembatan antara DNA engan sintesis protein aalah
RNA. Secara kimiawi RNA serupa dengan DNA terkecuali RNA mengandung ribosa,
bukan deoksiribosa sebagai gulanya dan mempunyai basa nitrogen urasil bukan timin.
Linguistik merupakan aliran informasi dari gen ke protein, hal ini isebut sebagai
linguistik karena baik asam nukleat maupun protein merupak polimer dengan urutan
monomer spesifik yang menyampaikan informasi. Dalam DNA atau RNA, monomernya
merupakan keempat jenis nukleotia yang berbeda dalam basa nitrogennya. Gen biasanya
panjangnya mencapai ratusan atau ribuan nukleotida, masing-masing memiliki urutan
basa yang spesifik. Setiap polipeptida dari suatu protein juga memiliki monomer yang
tersusun dalam tatanan linear tersebut.3
Dalam mekanisme molekuler, sintesis protein terdiri dari beberapa bentuk tahap yaitu
replikasi,transkripsi dan translasi.3-5
1. Replikasi
Pada tahap pertama dalam pewarisan melibatkan proses yang dikenal sebagai
replikasi, dimana untai DNA induk berfungsi sebagai cetakan intuk sintesis salinan
DNA. Setelah replikasi DNA, sel membelah dan salinan DNA ini diwariskan ke sel-sel
anak. Perubahan bahan genetik terjadi melalui rekombinasi (pertukaran gen antara
kromosom), dan melalui mutasi (akibat perubahan pada DNA). Mekanisme perbaikan
DNA memperbaiki sebagia besar dari kerusakan DNA, tetapi banyak perubahan gen
yang siwariskan kepada sel anak.3
Dalam proses ini, DNA memiliki kemampuan untuk mengadakan replikasi yaitu
memperbanyak atau menggandakan diri. Dengan kata lain DNA mampu mebentuk
DNA baru yang sama persis dengan DNA awal. Replikasi DNA berlangsung paa sel-sel
muda saat interfase(mitosis) yaitu saat sel siap melakukan pembelahan. Replikasi DNA
adalah suatu proses menurunkan sifat genetik sehingga suatu jasaf hiup tetap
menurunkan jenisnya. Dasar bangunan yang digunakan dalam replikasi DNA adalah
deokksiribonukleosida (dNTP), yang meliputi adenin (A),sitosin (C),guanin(G),dan
timin(T). Deoksinulkeotida yang akan membentuk DNA baru ini membawa kelompok
fosfat ekstra dan kaya energi.4
Pada tahap awal rplikasi ini diawai dengan membuka pilinan salah satu unujng
DNA karena kerja enzim. Pilinan memisah menjadi benang atau untaian tunggal karena
ikatan hidrogen yang lemah. Selanjutnya masing-masing benang ini berlaku sebagai
cetakan tempat menempel benang kedua berikutnya. Jadi benang pertama menjadi
cetakan benang baru dan benang kedua menjadi cetakan benang kedua yang baru
juga.kedua untai helix ganda membuka dan masing masing menentukan anak yang baru
dengan memasang basanya.Sementara pilinan benang rangkap ini terurai, nukleotida
baru (A,C,G,T), terpasang berjajar sepanjang tiap benang (untaian). Nukleotidanukleotida ini digabungkan satu per satu dengan cara saling melengkapi secara tepat,
timin berseberangan dengan adenin dan sitosin dengan guanin. Polimerisasi nukleotidanukleotida ini dikatalisis oleh enzim DNA polimerase dan secra bersamaan
dibebaskannya difosfat.4
Karena tiap untaian benang baru merupakan komplemen salah satu komponen lama,
untaian baru yang menempel ini mempunyai susunan tepat sama seperti untaian
semula. Hasilnya aalah sepasang spiral yang identik. Dengan cara ini,sifat-sifat gen
diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Secara sederhana dapat dijelaskan
dengan gagasan bahwa sebuah sel dapat membelah diri menjadi manusia yang
berfungsi penuh dengan bahan genetik yang sama di seluruh selnya menunjukkan
bahwa replikasi DNA dari sel induk ke sel anak berlangsung secara akurat dan jitu.
Replikasi DNA berlangsung di nukleus sel. Pada awalnya, enzim-enzim yang
memungkinkan setiap untai berfungsi sebagai cetakan untuk replikasi, harus
memutuskan ikatan hidrogen yang menyatukan DNA untai ganda. Enzim DNA
polimerase berperan membentuk untai baru. sewaktu enzim ini bergerak di sepanjang
untai
cetakan
dalam
arah
3-5,
terjadi
penambahan
nukleotida-nukleotida
komplementer ke untai baru DNA yang sedang terbentuk. Untai baru ini terbentuk
dalam arah 5-3, yang berarti bahwa nukleotida-nukleotida bebas ditambahkan ke
ujung 3 untai yang sedang terbentuk. Karena genom manusia panjang, maka replikasi
dimulai secara simultan di ribuan tempat.3
Ketatnya pembentukan pasangan basa memeastikan bahwa setiap nukleotida di
masing-masing untai hanya akan menarik basa komplementer yang tepat. DNA
polimerase juga memiliki peran mempertahankan tingkat akurasi replikasi DNA. Enzim
ini sedikit banyak mengoreksi untai baru. Apabila ditemukan nukleotida yang salah,
maka nukleotida tersebut dipotong dan diganti dengan nukleotida komplementer yang
benar. Kesalan replikasi terjadi dengan laju kurang dari 1 per sejuta nukleotida.
Kesalahan- kesalahan ini walaupun jarang, akan menyebabkan mutasi pada untai DNA.
Mutasi DNA adalah salah satu penyebab penyakit genetik.5
Replikasi DNA ini bersifat semikonservatif yaitu : molekul induk membuka
gulungannya, dan setiap untai kemudian berfngsi sebagai cetakan untuk sintesis
setengah molekul yang baru sesuai dengan aturan-aturan pemasangan basa.2
2. Transkripsi
Transkripsi RNA adalah pembentukan atau pencetakan mRNA oleh salah satu utas
atau pita DNA. Proses ini berlangsung di dalam inti sel, dibawah pengaruh enzim RNA
polimerase.4 Seperti DNA polimerase yang berfungsi dalam replikasi DNA, RNA
polimerase dapat menambahkan nukleotida hanya ke ujung 3 dari polimer yang sedang
tumbuh. Dengan demikian, molekul RNA memanjang dari 5 ke 3. Pada bakteri
prokariotik, hanya memiliki satu tipe RNA polimerase yang mensintesis tidak saja
mRNA saja tetapi juga tipe RNA yang lain yang berfungsi dalam sintesis protein.
Sebaliknya pada eukariota memiliki tiga tipe RNA [olimerase dalam nukleusnya, diberi
nama I,II,dan III. Tipe yang digunakan untuk sintesis mRNA ialah RNA polimerase II.
Pada prose transkripsi ini terdapat tiga tahapan yaitu Inisiasi (initiation = permulaan),
elongasi (elongation = pemanjangan), dan terminasi ( termination = pengakhiran) rantai
RNA.3-5
a. Inisiasi (initiation = permulaan)
Pada proses atau tahap inisiasi ini enzim RNA polimerase II menginisiasi
sintesis RNA pada promoter yang biasanya mencakup boks TATA, suatu urutan
nukleotida yang biasanya menyerupai TATAAAA (berdasarkan konvensi,urutan
nukleotida diberikan pada saat urutan ini muncul paa untai non-cetakan). Di
dalam promoternya boks TATA ini diletakkan kira-kira 25 nukleotida upstream
jauhnya dari titik-awal transkripsi. RNA polimerase II secara sendirian tidak dapat
mengenali boks TATA dan tanda-tanda khusus lain pada promotor. Protein lain,
faktor transkripsi yang mengenali boks TATA ini, mengikatkan diri pada DNA
sebelum RNA polimerase melakukan hal yang sama. Faktor transkripsi tambahan
bergabung dengan polimerase pada DNA. Interaksi protein-protein merupakan
hal yang kritis dalam pembentukan kompleks inisiasi transkripsi eukariotik.
Heliks-ganda DNA membuka, dan sintesis RNA dimulai pada titik-awal dari untai
cetakannya.
b. Elongasi (elongation = pemanjangan)
Pada saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA itu terus membuka pilinan
heliks-ganda tersebut, memperlihatkan kira-kirA 10-20 basa DNA sekaligus untuk
berpasangan dengan nukleotida RNA. Enzim menambahkan nukleotida ke ujung
3 dari molekul RNA yang sedang tum buh begitu enzim itu berlanjut di sepanjang
3. Translasi
Dalam
prose
translasi,
suatu
sel
menginterprestasikan
pesan
genetik
untuk mentranslasi pesan genetik menjadi urutan asam amino spesifik adalah stiap
molekul tRNA menghubungkan kodon mRNA tertentu dengan asam amino tertentu.
Ketika tiba di ribosom, molekul tRNA membawa asam amino spesifik pada salah satu
ujung. Pada ujung lainnya terdapat triplet nukleotida yang isebut antikodon yang
berdasarkan aturn pemasangan bas, mengikatkan diri pada kodon komplementer di
mRNA.
Kita dapat membagai translasi, sintesis rantai polipeptida, menjadi tiga tahap
sama seperti transkripsi, yaitu inisiai,elongasi, dan terminasi. Semua tahap ini
memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA,tRNA, dan ribososm
selama proses translasi. Untuk inisiasi dan elongasi rantai dibutuhkan sejumlah
energi. Energi ini disediakan oleh GTP (Guanin Triphospate).
a. Inisiasi
Tahap inisiasi dari translasi membawa bersama-sama mRNA, sebuah tRNA
yang membuat asam amino pertama dari polipeptida, dan ua sub unit ribosom.
Pertama, subunit ribososm kecil melekat pada segmen leader pada ujung 5
(upstream) dari mRNA. Pada bakteri, rRNA dari subunit membentuk pasangan
basa dengan urutan nukleotida spesifik dalam leader mRNA; pada eukariota,
ujung 5 pertama kali memerintahkan subunit kecil untuk melekat pada ujung 5
dari mRNA. Pada arah downstream dari mRNA terdapat kodon inisiasi, AUG
yang memberikan sinyal dimulainya proses translasi, tRNA inisiator, yang
membawa asam amino metionin, melekat pada kodon inisiasi.
Penyatuan mRNA,tRNA inisiator dan subunit ribososm kecil dikuti oelh
perlekatan subunit ribososm besar, menyerpurnakan kompleks inisiasi translasi.
Protein yang disebut faktor inisiasi dibutuhkan untuk membawa semua komponen
tersebut bersama-sama. Sel juga mengeluarkan enrgi dalam bentuk molekul GTP
untuk membentuk kompleks inisiasi. Saat menyelesaikan proses inisiasi, tRNA
inisiator berada pada tempat P (Tempat pengikatan RNAt-Peptidil) dari ribosom,
dan tempat A (tempat pengikatan RNAt-Aminoasil) yang kosong siap untuk
tRNA aminoasil berikutnya. Sintesis polipeptida dimulai pada ujung aminonya.
b. Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam-asam amino ditambahakan satu per
satu pada asam amino pertama. Tiap penambahan melibatkan partisipasi
beberapa protein yang disebut faktor elongasi dan terjadi dalam siklus tiga
tahap.
1. Pengenalan Kodon. Kodon RNAm pda tempat A dari ribosom
membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul RNAt yang
baru masuk membawa asam amino yang tepat.
Faktor elongasi
terus iulang saat tiap asam amino ditambahkan pada rantai hingga
polipeptida lengkap.
c. Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga kodon
stop mencapai tempat A di ribosom. Triplet basa yang istimewa ini
(UAA,UAG,UGA) tidak mengkode suatu asam amino melainkan bertindak
sebagai sinyal untuk menghentikan translasi. Suatu proses protein yang
disebut faktor pelepas (release factor) langsung mengikatkan diri pada kodon
stop di tempat A. Faktor pelepas ini menyebabkan penambahan molekul air ,
bukan asam amino pada rantai polipeptia. Reaksi ini menhidrolisis yang sudah
selesai dari RNAt yang berada i tempaat P, melepaskan polipeptida dari
ribososm. Sisa-sisa penyusunan translasi kemudian terpisah-pisah.
D. Mutasi Gen