MOLECULAR DOCKING TURUNAN PENISILIN TERHADAP

RESEPTOR ENZIM LISOSIM SEBAGAI ANTIBIOTIK

MAKALAH
Memenuhi Tugas Matakuliah
KIMIA MEDISINAL
yang dibina oleh Dr. Edi Priyo Utomo, MS.

Oleh :
Nofiyanti

(125090207111026)

Puspita Diah P.

(125090207111029)

Fanani Lestari

(125090207111031)

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2015

ABSTRAK
Penisilin merupakan antibiotik -laktam yang paling banyak diproduksi dan digunakan di
dunia.Namun seiring perkembangan teknologi permintaan akan obat yang efektif terhadap penyakit
semakin tinggi. Sehingga dibutuhkan rancangan obat yang efektif, murah dan efisien dengan
menggunakan metode perangkat lunak. Metode yang dapat digunakan adalah molecular docking yang
dapat memprediksikan orientasi ikatan antara kandidat inhibitor dengan enzim target sehingga dapat
diketahui afinitas dari rancangan inhibitor.Metode docking yang digunakan antara ligan dengan
makromolekul dimana ligan yang digunakan yaitu Ampisilin, Amoksisilin, Azlosilin, Metisilin,
Penisilin G, dan Penisilin V diunduh dan disimpan dalam bentuk konformasi tiga dimensi. Optimasi
struktur geometri molekul ligan dilakukan dengan perhitungan semiempirik AM1 menggunakan
HyperCheml. Molekul protein reseptor enzim lisosim diunduh dari www.chemspider.com.Setelah
diperoleh model struktur tiga dimensi dengan derajat homologi protein selanjutnya dilakukan
prosesdocking. Proses docking antara keenam ligan dengan protein reseptormenggunakan program
Autodock Tools 1.5.6. Parameter docking yang digunakan antara lainpenentuan parameter docking
yaitu menggunakan Genetic Algorithm, dan penentuan outputdocking dengan parameter Lamarckian
GA(4.2.).Berdasarkan hasil docking yang telah dilakukan hasil interaksi antara makromolekul dengan
keenam ligan dari Penicillin dan derivatnya memiliki harga Ki yang bervariasi. Penentuan konformasi
hasil docking yang memiliki nilai Ki terkecil adalah interaksi Ampisilin dengan makromolekul
lipoenzim lisozim. Interaksi makromolekul dengan ligan turunan penisilin ditemukan sisi aktif residu
asam amino interaksi langsung dengan ligan metisilin, penisilin V dan penisilin G dengan nilai energy
vdw yang berbeda namun tidak terjadi interaksi pada ligan amoksisilin, ampisilin dan azosilin.
Kata kunci: antibiotik,docking, interaksi, ligan, makromolekul, Penisilin.
ABSTRACT
Penicillin is a -lactam antibiotics are the most widely produced and used in the world. But with
the development of technology will demand effective drugs against the disease is increasing. So it
takes the design of drugs that are effective, cheap and efficient by using the software. The method can
be used is molecular docking to predict the orientation of the bond between the candidate inhibitor
with enzyme targets that can be known affinity of the inhibitor design. The method used between
ligand docking with macromolecules which ligands used are Ampicillin, Amoxicillin, Azlosilin,
Methicillin, Penicillin G, and Penicillin V downloaded and stored in the form of three-dimensional
conformation. Optimization of the geometrical structure of the ligand molecule is done by using the
AM1 semiempirical calculations HyperCheml. Lysozyme enzyme receptor protein molecule
downloaded from www.chemspider.com. Having obtained a three-dimensional model of the structure
of the degree of homology protein docking process is then performed. Process between the sixth
ligand docking with the receptor protein using the program Autodock Tools 1.5.6. Docking
parameters are used, among others, the determination of parameters of docking is to use Genetic
Algorithm, and the determination of the parameters outputdocking Lamarckian GA (4.2.). Based on
the results that have been carried out docking result of interaction between macromolecules with a
sixth ligand of penicillin and its derivatives have varying Ki price. Determination conformation
docking results that have the smallest Ki values are Ampicillin interaction with macromolecules
lipoenzim lysozyme. Macromolecular interactions with ligands derived discovered penicillin active
site amino acid residues of direct interaction with the ligand methicillin, penicillin V and penicillin G
with different VDW energy value but does not occur in the ligand interaction amoxicillin, ampicillin
and azlocillin.
Keywords: antibiotics, docking, interactions, ligand, macromolecules, Penicillin.

BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Antibiotika dalam dunia kedokteran digunakan sebagai obat untuk mengurangi
infeksi yang disebabkan oleh bakteri. Antibiotik yang akan digunakan sebagai pembasmi
mikroba yang menyebabkan infeksi pada manusia, harus memiliki sifat toksisitas yang
selektif setinggi mungkin. Artinya antibiotik tersebut haruslah bersifat sangat toksik
untuk mikroba tetapi relatif tidak toksik untuk manusia. Oleh sebab itu, penyakit yang
dapat diobati adalah penyakit-penyakit infeksi yang disebabkan oleh bakteri (Lay, 1994).
Penisilin merupakan jenis antibiotik -laktam yang paling banyak diproduksi dan
digunakan di dunia, sekitar 19% dari pasar antibiotik dunia. Hal ini karena penisilin
memiliki daya hambat yang kuat terhadap dinding sel bakteri, spektrum aktivitas
antibakteri yang luas dengan toksisitas rendah, dan merupakan antibiotik yang efektif
untuk berbagai jenis bakteri gram positif (Wattimena, 1991). Penisilin asilase merupakan
enzim serin hidrolase dengan mekanisme aksi transfer gugus asil dari satu nukleofil ke
lainnya, mengkatalisis reaksi deasilasi penisilin menjadi 6-APA. Enzim penisilin asilase
diklasifikasikan menjadi tiga kelompok, yaitu penisilin G asilase, penisilin V asilase dan
ampisilin asilase yang dikelompokkan berdasarkan spesifisitas substratnya.
Metode yang dapat digunakan adalah molecular docking yang dapat
memprediksikan orientasi ikatan antara kandidat inhibitor (drug) dengan enzim target
sehingga dapat diketahui afinitas dari rancangan inhibitor tersebut. Untuk melakukan
molecular docking, hal utama yang dibutuhkan adalah struktur tiga dimensi dari inhibitor
dan enzim target yang dapat diperoleh dari database maupun melalui teknik Molecular
modelling (Lucientes, 2004).
Uraian tersebut mengantarkan penulis untuk mengetahui lebih jauh mengenai
metode molecular docking yang meliputi harga KI terbaik, sisi aktif, interaksi
vanderwalls, interaksi hydrogen bonding, serta interaksi phi-phi dan gugus pada ligan dan
pemperngaruhnya terhadap harga KI dari Penicillin dan derivatnya.

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah yang diangkat pada masalah ini adalah :
1. Berapakah harga KI terbaik dari Penicillin dan derivatnya?
2. Bagaimanakah sisi aktif, interaksi vanderwalls, interaksi hydrogen bonding, serta
interaksi phi-phi dari Penicillin dan derivatnya?
3. Apa saja gugus pada ligan dan bagaimana pemperngaruhnya terhadap harga KI dari
Penicillin dan derivatnya?
1.3 Tujuan
Tujuan dari pembuatan makalah ini adalah:
1. Untuk mengetahui harga KI terbaik dari Penicillin dan derivatnya.

2. Untuk mengetahui sisi aktif, interaksi vanderwalls, interaksi hydrogen bonding dan
interaksi phi-phi Penicillin dan derivatnya.
3. Untuk mengetahui gugus-gugus pada ligan dan pengaruhnya terhadap harga K I dari
Penicillin dan derivatnya.

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Antibakteri merupakan sifat dari suatu bahan yang menunjukkan efek penghambatan
terhadap pertumbhan bakteri. Penghambatan pertumbuhan bakteri dibedakan menjadi 2 sifat,
yaitu bakterisidal dan bakteriostatistik. Suatu bahan disebut bersifat bakterisidal jika mampu
membnh bakteri, sedangkan sifat bakteriostatik hanya menghambat pertumbhan bakteri.
Bahan antibakteri dpat bersifat bakteriostatik pada konsentrasi rendah, namun bersifat
bakterisidal pada konsentrasi tinggi (Lay, 1994).
Aktivitas bahan antibakteri dalam menghambat bakteri dipengarhi beberapa faktor,
seperti kepadatan populasi bakteri, kepekaan terhadap bahan antibakteri, volme bahan
antibakteri, lamanya bahan antibakteri yang diaplikasikan, konsentrasi bahan antibakteri, suh
dan kandungan bahan organik (Lay, 1994). Menurut Neal (2002), mekanisme kerja bahan
antibakteri dibagi menjadi 3 jenis, yaitu antibakteri yang menghambat sintesis asam nukleat,
menghambat sintesis dinding sel dan menghambat sintesis protein.
Penisilin adalah istilah generik ntk kelompok antibiotik yang sama-sama memiliki
nukleus cincin -laktam. Obat ini efektif melawan sebagian besar bakteri gram positif tetapi
tidk aktif jika cincin -laktamnya dipecah oleh -laktamase (Wattimena, 1991). Penisilin
memiliki efek bakterisid dengan menghambat pembentukan mukopeptida yang diperlukan
untuk sintesis dinding sel mikroba. Diantara semua penisilin, penisilin G mempunyai
aktivitas terbaik terhadap mikroba gram positif yang sensitif. Walaupun kelompok ampisilin
memiliki spektrum antibiotik yang lebar, tetapi aktivitasnya terhadap mikroba gram positif
tidak sekuat penisilin G. Namun demikian, kelompok ampisilin efektif terhadap beberapa
mikroba gram negatif dan tahan asam, sehingga dapat diberikan per oral (Wattimena, 1991).
Desain obat menggunakan bantuan komputer telah banyak dikembangkan. Senyawa
obat dapat dihitung aktivitas ikatannya secara komputasi pada protein terhadap suatu
penyakit. Beberapa penelitian telah dilaporkan diantaranya adalah HIV-1 protease (protein
retrovirus Human Immunodeficiency Virus yang menyebabkan Acquired Immune Deficiency
Syndrome atau AIDS), sintase timidilat (antikanker), dan fosforilasa nukleosida purin
(gangguan autoimun) (Trylska, 2007 ; Kubinyi, 1998; Goodsell, 1996; Touroutoglou, 1996)
bahkan ada yang sudah mampu membuat dalam bentuk permodelan aktivitas ikatan
vernakalant (ligan) dengan Kv1,5 channels (protein) (Eldstrom and Fedida, 2009).
Salah satu program komputasi untuk senyawa obat adalah AutoDock. AutoDock
merupakan program docking otomatis yang dirancang untuk memprediksi energi bebas dan
konformasi ikatan antara flexible ligand dan makromolekul target (stuktur kimia 3 dimensi)
yang telah diketahui. Begitu pula dengan Autodock Vina yang merupakan program docking
lainnyadengan kemampuan dalam penemuan obat, molecular docking, dan skrining senyawa
baru secara virtual (Trott and Olson, 2010; Morris, 2009; Goodsell, 1996).

BAB III
METODA PENELITIAN
3.1 Bahan dan Alat
Bahan bahan yang digunakan dalam penelitian ini antara lain struktur molekul ligan
ampisilin, amoksisilin, azlosilin, metisilin, penisilin g, dan penisilin v yang diunduh dari
www.chemspider.com. Struktur molekul dari reseptor enzim lisosim yang diunduh dari bank
data protein (PDB) (www.pdb.org).
Alat alat yang digunakan pada penelitian ini antara lain perangkat keras yaitu
Notebook bermerk hp dengan spesifikasi processor Intel(R) Dual Core dengan RAM 2.00GB,
perangkat lunak HyperChem, perangkat lunak AutoDock Tools 1.5.6, perangkat lunak
Autodock Vina dan perangkat lunak Accelrys Discovery Studio 3.5.
3.2 Prosedur
Ligan yang digunakan yaitu ampisilin, amoksisilin, azlosilin, metisilin, penisilin g,
dan penisilin v diunduh dan disimpan dalam bentuk konformasi tiga dimensi. Optimasi
struktur geometri molekul ligan dilakukan dengan perhitungan semiempirik AM1
menggunakan perangkat lunak HyperChem untuk diperoleh struktur geometri yang paling
stabil. Molekul protein reseptor yang merupakan enzim lisosim diunduh dari
www.chemspider.com. Setelah diperoleh model struktur tiga dimensi dengan derajat
homologi protein yang dikehendaki, selanjutnya dilakukan proses docking. Proses docking
antara molekul ampisilin, amoksisilin, azlosilin, metisilin, penisilin g, dan penisilin v dengan
protein reseptor menggunakan program Autodock Tools 1.5.6. Proses docking dilakukan pada
ukuran dan posisi grid box dengan kondisi default. Parameter docking yang digunakan antara
lain penentuan parameter docking yaitu menggunakan Genetic Algorithm, dan penentuan
output docking dengan parameter Lamarckian GA(4.2.). Analisis hasil docking meliputi
analisis interaksi yang terjadi, penentuan konformasi hasil docking yang memiliki harga ki
terkecil, pengumpulan data hasil docking yang meliputi binding energy, dan elecktrostatic
energy.

BAB IV
PEMBAHASAN
4.1 Data Tabel Pengamatan

Senyawa

Polari
sabilit
as
(A3)

Volum
(A3)

IC50

Log
1/IC50

KA

0,140

-1,77

-8,427

36,94

979,32

0,28

-0,55

3,571

4,6

Enzim
Lisosim

0,181

-0,18

-7,635

34,41

926,02

0,36
2

-0,44

2,762

6,124

Enzim
Lisosim

0,607

-0,62

-8,254

34,47

877,32

1,21
4

-0,08

1,647

6,441

Enzim
Lisosim

0,814

0,18

-8,029

44,62

1096,26

1,62
8

-0,21

1,228

5,746

Enzim
Lisosim

1,27

-0,63

-8,052

35,18

846,70

2,54

-0,40

0,787

4,760

Enzim
Lisosim

4,83

-1,65

-8,613

35,82

868,82

9,66

-0,98

0,103

2,740

Ki
(M)

Enzim
Lisosim

Momen Literat
dipol
ur

4.2 Perhitungan dan kurva

4.2.1 Perhitungan
4.2.1.1 Perhitungan IC50
L+R

LR

, karena ukuran makromolekul sangat besar dibandingkan dengan ukuran

ligan, maka diasumsikan bahwa Kd = L , sehingga
, maka
a)
b)
c)
d)
e)
f)

, jadi

Metisilin IC50 = 2 x 0,140 = 0,28

Penisilin G IC50 = 2 x 0,181 = 0,362
Penisilin IC50 = 2 x 0,607 = 1,214
Azlosilin IC50 = 2 x 0,814 = 1,628
Ampisilin IC50 = 2 x 1,27 = 2,54
Amoksisilin IC50 = 2 x 4,83 = 9,66

www.pdb.org& www.chemspider.com

Metisilin
C17H20N2O6
S
Penisilin G
C16H17N2Na
O4S
Penisilin
VC16H18N2O
5S
Azlosilin
C20H23N5O6
S
Ampisilin
C16H19N3O4
S
Amoksisilin
C16H19N3O5
S

log P

Homo
Lumo
(eV)

Resepto
r

4.2.1.2 Perhitungan Konstanta Afinitas (KA)

a)
b)
c)
d)
e)
f)

Metisilin KA = 1/0,28 = 3,571

Penisilin G KA = 1/ 0,362 = 2,762
Penisilin KA = 1/ 0,607 = 1,647
Azlosilin KA = 1/0,814 = 1,228
Ampisilin KA =1/1,27 = 0,787
Amoksisilin KA = 1/9,66 = 0,103

4.2.2 Kurva

Grafik Ki Vs Log P
0.15

Grafik Ki Vs HomoLumo

y = -0.02x + 0.0933
R = 0.4286
Grafik Ki
Vs Log P

0.05
Linear
(Grafik Ki
Vs Log P)

0
0
-0.05

10

-9

log P

Grafik 1. Ki vs Log P

Grafik 2. Ki (M) vs Homo Lumo (eV)

Grafik Ki Vs
Polarisabilitas
4
2
0
0

50

y = -0.0407x +
2.8105
R = Grafik
0.008 Ki
Vs
Polarisabili
tas

Polarisabilitas

Grafik 3 Ki (M) vs Polaristabilitas (A3)

Grafik Ki Vs Volume
6
Ki (M)

6
Ki (M)

Grafik Ki Vs
Homo4
Lumo
y
=
-3.1869x
- 24.725
2
R = 0.3794
Linear
0
(Grafik Ki
-8
-7
Vs Homo-2
Homo-Lumo
Lumo)

Ki (M)

Ki (M)

0.1

y = -0.0071x +
7.963
R = 0.1406

Grafik Ki Vs
Volume

2
0
0

1000

2000

Linear
(Grafik Ki
Vs Volume)

Volume

Grafik 4 Ki (M)vs Volume (A3)

Grafik Ki Vs Momen
dipol
y = -1.1017x +
Ki (M)

4
2
0
0

-2

10

Momen dipol

Linear
(Grafik Ki Vs
Momen
dipol)

0
-2

-1

Grafik 6 Log 1/IC50 vs Log P

1000

2000

-0.4
-0.6

Linear
(Grafik Log
1/IC50 Vs
Volume)

-0.8
-1
-1.2

Volume

Grafik 7 Log 1/IC50 vs Volume

Grafik Log 1/IC50 Vs

Polarisabilitasy = 0.0186x 0
-0.2
Log 1/IC50

Log 1/IC50

-0.2 0

-0.8

-1.2

-1

Momen dipol

Grafik 9 Log 1/IC50 vs Momen dipole

Polarisabilitas

Grafik 8 Log 1/IC50 vs Polaristabilitas

Grafik Log 1/IC50

Vs+ 3.3602
y = 0.4656x
R = 0.262
Homo-Lumo
0
-9

Grafik Log
1/IC50 Vs
Momen
dipol

-0.5

-1.5

10

1.13
R = 0.0538
Grafik Log
1/IC50 Vs
Polarisabilit
as
Linear
(Grafik Log
1/IC50 Vs
Polarisabilit
as)

-1

Log 1/IC50

Log 1/IC50

50

-0.6

1.5165
R = 0.845

-0.4

Grafik Log 1/IC50 Vs

Momen dipol y = 0.2117x 0

R = 0.4981
Grafi Log
1/IC50 Vs
Log P
Linear
(Grafi Log
1/IC50 Vs
Log P)

-1.5
Log P

Grafik Log 1/IC50 Vs

Volume y = 0.001x 1.3777
R = 0.0896
Grafik Log
1/IC50 Vs
Volume

-0.5

Grafik 5 Ki (M)vs Momen Dipol (d)

Log 1/IC50

6.891
R = 0.7073
Grafik Ki Vs
Momen
dipol

Grafi Log 1/IC50 Vs

Log P y = 0.2815x - 0.2243

-8

-7
-0.5
-1

Grafik Log
1/IC50 Vs
HomoLumo

-1.5
Homo-Lumo

Grafik 10 Log 1/IC50 vs Homo Lumo

4.3 Harga Ki Terbaik Molecular Docking antara 6 Ligan Turunan Penisilin dengan
Makromolekul Enzim Lisosim 4ML7
Metode yang dapat digunakan adalah molecular docking yang dapat
memprediksikan orientasi ikatan antara kandidat inhibitor (drug) dengan enzim target
sehingga dapat diketahui afinitas dari rancangan inhibitor tersebut. Untuk melakukan
molecular docking, hal utama yang dibutuhkan adalah struktur tiga dimensi dari inhibitor
dan enzim target yang dapat diperoleh dari database maupun melalui teknik Molecular
modelling (Lucientes, 2004).Optimasi struktur geometri molekul ligan dilakukan dengan
perhitungan semiempirik AM1 menggunakan perangkat lunak HyperChem untuk
diperoleh struktur geometri yang paling stabil. Molekul protein reseptor yang merupakan
enzim lisosim diunduh dari www.chemspider.com. Dari optimasi struktur geometri
tersebut akan menghasilkan konformasi ligan dengan struktur geometri yang paling
stabil. Konformasi struktur geometri ligan yang paling stabil ditunjukan oleh beberapa
parameter, yaitu G yang paling rendah dan momen dipol yang dihasilkan. Momen dipol
menunjukkan nilai kepolaran dari ligan tersebut. Sedangkan Parameter log P
menunjukan kemampuan ligan dalam menembus membran sel,Pemodelan struktur 3D
ligan dilakukan dengan mengoptimasi ligan yang menghasilkan energi bebas paling
rendah, momen dipole, serta memberikan informasi log P. Log P menyatakan distribusi
ligan. Jika log P semakin besar maka ligan semakin mudah larut dalam lemak atau ligan
semakin mudah menembus target obat atau drug target sehingga semakin besar jumlah
atom C, maka nilai log P dan sifat hidrofobisitasnya akan semakin besar pula (Utomo, et
al, 2014).

(A)

(B)

(C)

(D)

(E)

(F)

Gamabar 2. Optimasi ligan turunana Penisilin (a) Amoksisilin, (b) Ampisilin, (c)
Azlosilin, (d) Metisilin, (e) Penisilin G, (f) Penisilin V.
Docking ligan dengan makromolekul yang telah dilakukan akan menghasilkan 6
model konformasi interaksi ligan dengan makromolekul. Dari 6 model yang dihasilkan
tersebut dipilih salah satu model dengan konformasi yang paling stabil yaitu model
dengan harga ki terendah dan nilai. Model konformasi tersebut digunakan sebagai
sampel yang akan dianalisis untuk mengetahui berbagai interaksi yang terjadi antara

ligan dengan makromolekul berdasarkan parameter parameter pendukung Interaksi

yang dihasilkan dari docking antara makromolekul dengan keenam ligan turunan dari
senyawa penisilin yaitu metisilin, penisilin G, penisilin V, azlosilin, ampisilin, dan
amoksilin memiliki harga Ki yang bervariasi. Harga Ki tersebut berhubungan dengan
derajat efikasi atau tingkat kemanjuran yang diperoleh dari suatu ligan senyawa bahan
alam (Lead Compound) yang akan berinteraksi langsung dengan makromolekul (Drug
Target). Semakin kecil harga Ki maka semakin manjur obat yang kita buat.
Molecular docking merupakan suatu metode untuk nmemprediksikan formasi
dan orientasi ligan terhadap struktur target. Pencarian konformasi ligand dilakukan
dengan menempatkan ligan di dalam reseptor dengan orientasi yang berbeda untuk
memperoleh binding mode reseptor-ligan yang paling sesuai dan aktual. Fungsi scoring
digunakan untuk menghitung energy dari tiap pose interaksi reseptor-ligan. Score yang
diperoleh menggambarkan interaksi danaktivitas biologis dari ligan terhadap reseptor.
Dari keenam hasil docking yang telah dilakukan terdapat 2 ligan yang tidak dapat
berinteraksi dengan makro molekul yaitu amoksilin, ampisilin,dan azlosilin.

Amoksilin

Ampisilin

Azlosilin

Metisilin

Penisilin G

Penisilin V

Gambar 3. Interaksi dari keseluruhan model konformasi yang dihasilkan dari

docking antara makromolekul dengan ligan turunana penisilin
Interaksi antara ligan dan makromolekul tersebut akan menghasilkan harga G
dan nilai ki yang bervariasi dari masing-masing ligan. G dan ki menunjukkan kemampuan
ligan untuk berinteraksi dengan sisi aktif dari porotein reseptor tersebut. Semakin rendah
harga G dan nilai ki yang dihasilkan maka semakin stabil konformasi yang terbentuk
sehingga dari masing-masing nilai ki dan G yang dihasilkan dari bebrapa interaksi antara
ligan dan makromolekul maka diambil nilai ki dan G yang terendah. Dari interaksi antara
ligan amoksilin dengan makromolekul enzim lisosim menghasilkan nilai ki sebesar 4,83
M dan harga G sebesar -6,92 kkal/mol, untuk interaksi ligan ampisilin dengen
makromolekul enzim lisosim menghasilkan nilai kI sebesar 1,27 M dan G sebesar -7,64
kkal/mol, sedangkan interaksi antara ligan azlosilin dengan makromolekul enzim lisosim
menghasilkan kI sebesar 0,814 M dan harga G sebesar -8,25 kkal/mol. 0,140 M dan 8, 04 kkal/mol adalah nilai ki dan G yang dihasilkan dari interaksi antar ligan metisilin
dengan makromolekul enzim lisosim. Interaksi ligan penisilin G dan penisilin V dengan
makromolekul enzim lisosim masing-masing menghasilkan nilai ki sebesar 0,181 M dan
0,607 M, sedangkan harga Gnya sebesar -7,8 kkal/mol untuk ligan penisilin G dan -8,25
kkal/mol untuk ligan penisilin V.
4.4 Sisi Aktif Residu Asam Amino yang Berinteraksi Langsung dengan 6 Ligan
Turunan Penisilin.
Ligan

Data

Amoksisilin

Energy elektrostatik = -2,08, Energy vdw = 6,33, Free energy of binding = -6,92

Ampisilin

Energy elektrostatik = -2,21, Energy vdw = 6,62, Free energy binding = -7,64

Azlosilin

Energy elektrostatik = -2,02, Energy vdw = -

7,43, Free energy binding = -8,25

Metisilin

Energy elektrostatik = -1,78, Energy vdw = 8,06, Free energy binding = -8,04

Penisilin G

Energy elektrostatik = -1,73, Energy vdw = 7,56, Free energy binding = -7,8

Penisilin V

Energy elektrostatik = -1,35, Energy vdw = 8,09, Free energy binding = -8,25.

Tabel 2. Hasil Dockimg Makromolekul dengan Ligan Turunan Penisilin

Hasil dari 6 pola docking yang dihasilkan dari interaksi makromolekul dengan
ligan turunan penisilin diperoleh sisi aktif residu asam amino yang berinteraksi langsung
dengan masing-masing ligan. Interaksi antara makromolekul dengan metisilin, penisilin
G, dan penisilin V menunjukkan bahwa terjadi interaksi van der waals ligan-ligan
tersebut dengan residu asam amino dengan nilai energy vdw masing-masing sebesar 8,06; -7,56; -8,09. Pada makromolekul dengan amoksisilin, ampisilin, dan azlosilin
menunjukkan bahwa tidak terjadi interaksi van der waals ligan tersebut dengan residu
asam amino dengan nilai energy vdw masing-masing sebesar -6,33; -6,62; -7,43. Ligan
amoksisilin, ampisilin, dan azlosilin tidak terjadi interaksi dengan makromolekul
dikarenakan terjadinya kesalahan dari awal proses optimasi hingga pada saat proses
docking sehingga memberikan hasil yang tidak sesuai dengan yang diingiinkan yaitu
terjadinya interaksi dengan makromolekul.
4.5 Gugus yang Mempengaruhi Harga Ki
Interaksi antara makromolekul lisozim dengan ligan Ampisilin adalah ikatan hidrogen.
Hasil interaksi antara makromolekul dengan ligan tersebut didapatkan harga Ki sebesar 1,27
M. Haraga Ki tersebut dipengaruhi oleh interaksi antara makromolekul dengan ligan yang
terdapat pada gugus O pada ligan dengan gugus HZ2 pada asam amino lysin (LYS13).
Interaksi antara makromolekul lisozim dengan ligan Amoksisilin adalah ikatan
hidrogen. Hasil interaksi antara makromolekul dengan ligan tersebut didapatkan harga Ki
sebesar 4,83 M. Harga Ki tersebut dipengaruhi oleh interksi antara makromolekul dengan
ligan yang terdapat pada gugus O pada ligan dengan gugus HN pada asam amino leusin
(LEU5).
Interaksi antara makromolekul lisozim dengan ligan Azlosilin adalah ikatan hidrogen.
Hasil interaksi antara makromolekul dengan ligan tersebut didapatkan harga Ki sebesar 0,814
M. Harga Ki tersebut dipengaruhi oleh interaksi antara makromolekul dengan ligan yang
terdapat pada gugus O pada ligan dengan gugus HN pada asam amino tripsin (TRP12).
Interaksi antara makromolekul lisozim dengan ligan Metisilin adalah ikatan hidrogen.
Hasil interaksi antara makromolekul dengan ligan tersebut didapatkan harga Ki sebesar 0,140
M. Harga Ki tersebut dipengaruhi oleh interaksi antara makromolekul dengan ligan yang
terdapat pada gugus O pada ligan dengan gugus HG1 pada asam amino alanin (ALA18).

Interaksi antara makromolekul lisozim dengan ligan Penisilin G adalah ikatan

hidrogen. Hasil interaksi antara makromolekul dengan ligan tersebut didapatkan harga Ki
sebesar 0,181 M. Harga Ki tersebut dipengaruhi oleh interaksi antara makromolekul dengan
ligan yang terdapat pada gugus O pada ligan dengan gugus HE1 pada asam amino metionin
(MET7) .
Interaksi antara makromolekul lisozim dengan ligan Penisilin V adalah ikatan
hidrogen. Hasil interaksi antara makromolekul dengan ligan tersebut didapatkan harga Ki
sebesar 0,607 M. Harga Ki tersebut dipengaruhi oleh interaksi anatara makromolekul
dengan ligan yang terdapat pada gugus O pada ligan dengan gugus HN pada asam amino
tripsin (TRP110).

BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Dari pembahasan tersebut dapat disimpulkan bahwa hasil interaksi dari keenam
ligan dengan makromolekul memiliki karakteristik yang berbeda. Nilai KI terbaik yang
dihasilkan sebesar sebesar 0,140 M dan log P sebesar -1,77 dari ligan metisilin. Hasil
10 kurva yang diperoleh memiliki regresi sebesar 0, 845 pada kurva hubungan antara
Log 1/IC50 dengan momen dipol. Terjadinya interaksi makromolekul dengan ligan
turunan peisilin diperoleh sisi aktif residu asam amino yang berinteraksi langsung
dengan ligan metisilin, penisin G, dan penisilin V dengan nilai energi VDW yang
berbeda, namun tidak terjadi interaksi pada ligan amoksisilin, ampisilin, azosilin
dikarenakan terjadinya kesalahan pada saat docking.
Harga KI yang didapatkan dari masing-masing ligan dipengaruhi oleh gugus O,
dimana untuk ligan ampisilin gugus yang berpengaruh adalah HZ2 pada asam amino
lisin (LYS13), ligan amoksisilin pada ligan dengan gugus HN. Pada asam amino leusin
(LEU5), ligan azlosilin dengan gugus HN pada asam amino tripsin (TRP12), meitisilin
pada ligan dengan gugus HG1 pada asam amino alanin (ALA18), dan penisilin G pada
ligan dengan gugus HE1 pada asam amino metionin (MET7), serta penisilin V pada ligan
dengan gugus HM pada asam amino tripsin (TRP10010)

DAFTAR PUSTAKA
Eldstrom, J. And Fedida, D., 2009, Modeling of High-affinity Binding of The Novel Atrial
Antiarrhythmic Agent, Vernakalant, to Kv1.5 channel, Journal of Molecular Graphics
and Modelling, 28: 226-235.
Goodsell, D.S., Morris, G.M., and Olson, A.J., 1996, Automated Docking of Flexible
Ligands: Applications of AutoDock, Journal of Molecular Recognition, 9: 1-5.
Kubinyi, H., 1998, Structure-based Design of Enzyme Inhibitors and Receptor Ligand,
Current Opinion in Drug Discovery and Development, 1 (1): 4-15.
Lay,W.B.1994. Analisa Mikroba di Laboratorium.Edisi I. Jakarta : PT.Raja Grafindo
Persada.Morris, G.M., Huey, R., Pique, M., W.E., Halliday, R.S., Lindstrom, W.,
Chang, M., Gillet, A., Forli, S., Belew, R.K., Goodsell, D.S., and Olson, A.J., 2009,
AutoDock 4.2 Release 4.2.3, The Scripps Research Institute.
Lucientes, Maria Teresa Gil, 2004, Protein Docking and Interactions Modeling.
Neal, M.J., 2002, Medical Pharmacology at a Glance, United Kingdom: Blackwell Science
Ltd.
Touroutoglou, N., and Pazdur, R., 1996, Minireview: Thymidylate Synthase Inhibitors,
Clinical Cancer Research, 2: 227-243.
Trott, O., and Olson, A.J., 2010, AutoDock Vina: Improving The Speed and Accuracy of
Docking with a New Scoring Function, Efficient Optimization and Multithreading,
Journal of Computational Chemistry, 31: 455-461.
Trylska, J., Tozzini, V., Chang, C.A., and McCammon, J.A., 2007, HIV-1 Protease Substrate
Binding and Product Release Pathways Explored with Coarse-Grained Molecular
Dynamics, Biophysical Journal, 92: 4179-4187.
Wattimena, J.R. dkk. 1991. Farmakodinamik dan Terapi Antibiotik. Yogyakarta : Gadjah
Mada University Press.