ASAM NUKLEAT

BAMBANG HERU BUDIANTO

 Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yg

berperanan dlm penyimpanan serta pemindahan informasi
genetik (polinukleotida)
Asam nukleat terdapat dlm 2 bentuk, yi. asam deoksiribosa
(DNA) dan asam ribosa (RNA).
Keduanya merupakan polimer linier, tidak bercabang dan
tersusun dari subunit-subunit yg disebut nukleotida
Pd sel eukariot, DNA terdapat di dlm nukleus, sedangkan
pada sel prokariot, terdpt dlm sitoplasma atau nukleoid dan
berfungsi sbg molekul hereditas atau pewarisan sifat.
Molekul RNA disintesis dari DNA dan berperan dlm sintesis
protein di dlm sitoplasma (ribosom)
Satu nukleotida terdiri atas 3 bagian yi gula berkarbon 5
(pentosa), basa organik heterosiklik (mengandung karbon,
nitrogen dan berbentuk datar) dan gugus fosfat bermuatan
negatif, yg membuat polimer bersifat asam.
Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan
pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula
2-deoksiribosa

 Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, dapat

dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan
pirimidin.
Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik),
sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin
(monosiklik).
Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan
guanin (G).
Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan
RNA.
Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan
timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya
terdapat urasil (U).
Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus
metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga
dikatakan sebagai 5-metilurasil.
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut
di atas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya
variasi.

 Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada

suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi
spesifisitasnya.
Dengan perkataan lain, penggambaran suatu molekul asam
nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.
Pada asam nukleat terbentuk ikatan glikosidik (glikosilik)
dan fosfodiester
Ikatan glikosidik terjadi karena adanya ikatan antara posisi
1 pada gula dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau
posisi 1 (N-1)
Suatu basa yang terikat pada satu gugus gula disebut
nukleosida. Sedangkan, nukleotida sendiri adalah
nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat
Jadi, apabila gulanya adalah ribosa, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosin (rA), guanosin (rG), sitidin (rC), dan
uridin (rU). Nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu
adenosin monofosfat (AMP=asam adenilat), guanosin
monofosfat (GMP= as guarilat), sitidin monofosfat (CMP=as
sitidilat), dan uridin monofosfat (UMP= as uridilat)

Jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada

DNA, nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin (dA),
deoksiguanosin (dG), deoksisitidin (dC), dan deoksitimidin (dT).
Sedangkan,
nukleotidanya
masing-masing
adalah
deoksiadenosin
monofosfat
(dAMP=as
deoksiadenilat);
deoksiguanosin
monofosfat
(dGMP=as
deoksiguanilat);
deoksisitidin monofosfat (dCMP=as deoksisitidilat) dan timidin
monofosfat (TMP=as timidilat)
Pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus
fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada
posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3 gula
pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan
fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam
bentuk diester
Basa purin dan pirimidin tidak berikatan secara kovalen satu
sama lain
Oleh karena itu, suatu polinukleotida tersusun atas kerangka
gula-fosfat yang berselang-seling dan mempunyai ujung 5-P
dan 3-OH.
Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida
linier mempunyai arah tertentu.

 Telah dijelaskan bahwa penggambaran asam nukleat cukup

dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja
Penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk
menempatkan ujung 5 di sebelah kiri atau ujung 3 di
sebelah kanan.
Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5ATGACCTGAAAC-3 atau suatu sekuens RNA dituliskan 5GGUCUGAAUG-3.
Sekuens
tersebut
juga
menggambarkan
arah
pembacaannya
Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti
keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan
dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan
yang lain 3 5).
Selain ikatan glikosidik dan fosfodiester, basa di dalam
nukleotida membentuk ikatan hidrogen.
Adenin akan membentuk 2 ikatan hidrogen dengan timin
pada untai komplementer DNA double helix.
Guanin membentuk 3 ikatan hidrogen dengan sitosin

 Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai

polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah
satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya
dapat ditentukan.
DNA terdapat dlm bentuk heliks ganda (double helix) yg
seragam dengan rantai-rantai komplementer yg berpilin satu
sama lain membentuk tangga spiral ke arah kanan,
sedangkan molekul-molekul RNA disintesis dari cetakan DNA
sebagai untai tunggal.
Namun, untai tunggal RNA juga dpt melipat ke rantainya
sendiri dan membentuk pasangan basa komplementer yg
menghasilkan struktur sekunder yg unik
Ke dua untai komplementer dari heliks ganda DNA bekerja
dengan arah yg berlawanan atau antiparalel.
Jika salah satu rantai dibaca dari ujung fosfat 5-nya, maka
rantai lainnya akan dibaca dari ujung hidroksilnya 3-nya.
3 membawa gugus OH bebas pada posisi 3 dari cincin
gula, dan ujung 5membawa gugus fosfat bebas pada posisi
5 dari cincin gula

 Heliks ganda DNA akan membawa satu putaran setiap

10 pasangan basa (sekitar 3,4 nm)
Basa yg berpasangan terletak di tengah molekul,
membentuk rongga hidrofobik sehingga lebar heliks
menjadi sekitar 2 nm
Bentuk DNA tersebut dikatakan berada dalam bentuk B
atau bentuk yang sesuai dengan model asli WatsonCrick.
Bentuk yang lain, misalnya bentuk A, akan dijumpai jika
DNA berada dalam medium dengan kadar garam tinggi.
Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam setiap
putaran spiral.
Selain itu, ada pula bentuk Z, yaitu bentuk molekul DNA
yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri.
Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel,
artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain
bergantung kepada kondisi lingkungannya.

 DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena

masing-masing untai mengandung sekuen nukleotida
yang persis berkomplemen dengan sekuen untai
pasangannya. Masing-masing untai dapat berperan
sebagai cetakan untuk sintesis dari untai komplemen
baru yang identik dengan pasangan awalnya.

 Telah dijelaskan sebelumnya bahwa untai tunggal RNA

juga dpt melipat ke rantainya sendiri dan membentuk
pasangan basa komplementer yg menghasilkan struktur
sekunder yg unik (ikatan hidrogen dlm molekulnya sendiri
=intramolekuler).
Adanya modifikasi struktur RNA menyebabkan adanya
perbedaan fungsi
Berdasarkan fungsinya, dikenal 3 jenis RNA yi RNA
transfer (tRNA); RNA duta atau messenger (mRNA) dan
RNA ribosom (rRNA)
Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer,
sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai
struktur sekunder
t RNA mempunyai ukuran paling kecil (panjang 75-80
nukleotida) dan berperan membawa asam amino ke
ribosom untuk di-polimerisasi membentuk rantai polipeptida

 RNA ribosom merupakan komponen struktural dari ribosom

RNA duta membawa sekuens ribonukleotida hasil
transkripsi kode genetik pada salah satu untai DNA
sehingga panjang dan komposisi mRNA sangat bervariasi
Sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat meliputi stabilitas asam
nukleat, pengaruh asam, pengaruh alkali, denaturasi kimia,
viskositas, dan kerapatan apung.
Stabilitas asam nukleat ditentukan oleh interaksi
penempatan (stacking interactions) antara pasanganpasangan basa. Artinya, permukaan basa yang bersifat
hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan
dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan
tersebut menjadi kuat.
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4
dengan suhu lebih dari 100C, asam nukleat akan
mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponenkomponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih
encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin
saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat
apurinik

 Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan

terjadinya perubahan status tautomerik basa.
Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk
enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton.
Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya
sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai
ganda DNA mengalami denaturasi.
Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis
bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH
pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan
denaturasi asam nukleat pada pH netral.
Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi,
senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen.
Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi
berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.

 Molekul DNA sangat rentan terhadap fragmentasi fisik

karena relatif kaku sehingga larutan DNA mempunyai
viskositas yang tinggi
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai
dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya.
Di dalam larutan yang mengandung garam pekat
dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid
(CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama
dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3.
Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang
sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan
bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien
kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi
menuju
posisi
gradien
yang
sesuai
dengan
kerapatannya.
Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang
dalam tingkat kerapatan (equilibrium density
gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.

 Dengan teknik sentrifugasi tersebut DNA, RNA,

dan protein akan terpisah.
Pelet RNA akan berada di dasar tabung dan
protein akan mengapung sehingga DNA dapat
dimurnikan, baik dari RNA maupun protein.
Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung
DNA () merupakan fungsi linier bagi kandungan
GC-nya.
Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).
Selain sifat fisik-kimia di atas, sifat spektroskopiktermal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi
sinar UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi
asam nukleat, penentuan kemurnian DNA, serta
denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat.

Sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan

protein

CsCl 8M

sentrifugasi

DNA
RNA

 Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya

basa nitrogen yang bersifat aromatik
Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh
DNA maupun RNA adalah 260 nm atau dikatakan maks =
260 nm.
Meskipun maks untuk DNA dan RNA konstan, namun ada
perbedaan nilai absorbansi (hipokromisitas).
Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang
berwarna) bila dibandingkan dengan ssDNA. Sebaliknya,
ssDNA dikatakan hiperkromik terhadap dsDNA.
Konsentrasi DNA dihitung atas dasar nilai A260-nya
Molekul dsDNA dengan konsentrasi 1 mg/ml mempunyai A260
sebesar 20, sedangkan konsentrasi yang sama untuk
molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260 lebih kurang
sebesar 25.
Nilai A260 untuk ssDNA dan RNA hanya merupakan perkiraan
karena kandungan basa purin dan pirimidin pada kedua
molekul tersebut tidak selalu sama, dan nilai A260 purin tidak
sama dengan nilai A260 pirimidin. Pada dsDNA, yang selalu
mempunyai kandungan purin dan pirimidin sama, nilai A260 nya sudah pasti.

 Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui

penentuan nisbah A260 terhadap A280
Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280
sebesar 1,8.
Sementara itu, RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280
sekitar 2,0.
Nisbah protein (maks = 280 nm) , kurang dari 1,0.
Oleh karena itu, suatu sampel DNA yang memperlihatkan
nilai A260 /A280 lebih dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh
RNA.
Sebaliknya, suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai
A260 /A280 kurang dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh
protein
Selain
bahan-bahan
kimia,
panas
juga
dapat
menyebabkan denaturasi asam nukleat
Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat
berbeda

 Pada RNA denaturasi berlangsung perlahan dan

bersifat acak karena bagian rantai ganda yang
pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada
bagian rantai ganda yang panjang.
Pada DNA, denaturasi terjadi sangat cepat dan bersifat
koperatif karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan
pada daerah kaya AT akan mendestabilisasi daerahdaerah di sekitarnya.
Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami
denaturasi dinamakan titik leleh atau melting
temperature (Tm).
Nilai Tm merupakan fungsi kandungan GC sampel DNA,
dan berkisar dari 80 C hingga 100C untuk molekulmolekul DNA yang panjang
DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan
(direnaturasi) dengan cara didinginkan
Renaturasi yang terjadi antara daerah komplementer dari
dua rantai asam nukleat yang berbeda dinamakan
hibridisasi.

 Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler

tertutup atau closed-circular (CC), misalnya DNA
plasmid dan kromosom bakteri serta DNA berbagai virus.
Artinya, kedua rantai membentuk lingkaran dan satu
sama lain dihubungkan sesuai dengan banyaknya
putaran heliks (Lk) di dalam molekul DNA tersebut.
Banyaknya putaran heliks yang terbentuk akan mengunci
sistim pilinan tersebut. Deformasi inilah yang disebut
sebagai superkoiling.
Geometri suatu molekul yang mengalami superkoiling
dapat
berubah
akibat
beberapa
faktor
yang
mempengaruhi pilinan internalnya
Sebagai contoh, peningkatan suhu dapat menurunkan
jumlah pilinan, atau sebaliknya, peningkatan kekuatan
ionik dapat menambah jumlah pilinan
Contoh : keberadaan interkalator seperti etidium bromid
(EtBr) yang menyisip di antara pasangan-pasangan basa