PENDAHULUAN
Konsep profil DNA diperkenalkan pada tahun 1985 oleh Alex Jeffreys ketika dia
menemukan bahwa bagian tertentu dari DNA yang berbeda antara individu. Analisis bagian
polimorfik DNA ini menghasilkan "sidik jari DNA" - lebih sering disebut sebagai "profil"
DNA.1-5
Teknik profiling DNA awalnya diterapkan untuk pengujian paternitas di Inggris
sehingga pada tahun 1985 atas permintaan dari Home Office, teknik profiling DNA
digunakan untuk menyelesaikan kasus imigrasi kemudian diterapkan untuk kasus pidana.
Pada 22 Januari 1988 di Inggris ketika profil DNA telah berhasil digunakan untuk
mengidentifikasi Colin Pitchfork sebagai orang yang memperkosa dan membunuh dua gadis
di Leicestershire, Inggris. Teknik profiling DNA segera diterapkan pada masalah identifikasi
manusia, dan pada tahun 1992 digunakan untuk mengkonfirmasi identitas sisa sisa
kerangka dari Argentina sebagai Josef Mengele.1-5
Setelah itu, forensik genetika telah menjadi alat kunci dalam ilmu forensik. Semua
negara maju secara rutin menggunakan analisis DNA setelah 20 tahun profil DNA pertama
dilaporkan. Banyak negara juga memiliki database DNA nasional yang berisi sejumlah besar
profil DNA.1-5
STRUKTUR DNA
DNA sering disebut sebagai "cetak biru kehidupan" dan membawa informasi turuntemurun yang dibutuhkan organisme yang memiliki fungsi. Molekul yang melakukan peran
mendasar biologi tersebut relatif sederhana. Struktur bangunan dasar DNA adalah nukleotida
yang terdiri dari tiga kelompok kimia yang berbeda: gula (deoksiribosa), gugus fosfat dan
basa nitrogen. Ada empat jenis basa nitrogen dalam DNA: adenin, guanin, timin, dan sitosin
(gambar 1). 1-5
Gambar 1. Komponen dari molekul DNA. Molekul DNA terdiri dari deoksinukleotida (a): gula
deoksiribosa (b) berisi lima atom karbon (berlabel C1 sampai C5), salah satu dari empat jenis basa
nitrogen (c) melekat pada karbon C1, gugus hidroksil melekat pada karbon C3, dan gugus fosfat
melekat pada karbon C5.1
Sepanjang molekul DNA, gula dan gugus fosfat berpolimerisasi untuk membentuk
kerangka gula-fosfat dari molekul DNA. Ini adalah invarian oleh molekul DNA dalam urutan
bahwa empat basa nitrogen yang berbeda yang melekat pada kerangka gula-fosfat (gambar
2). 1-5
DNA biasanya terbentuk sebagai molekul untai ganda. Dua untai DNA diikat oleh
ikatan hidrogen antara basa komplementer: adenin selalu berpasangan dengan timin, dan
sitosin selalu berpasangan dengan guanin. Untai DNA dipasangkan dan karena itu bersifat
komplementer (gambar 2). Sebuah pasangan basa (bp) adalah unit dasar pengukuran untuk
ukuran DNA. 1-5
Gambar 2. Molekul DNA: nukleotida yang bergabung bersama untuk membentuk molekul beruntai
tunggal (a) yang diselenggarakan bersama oleh ikatan kovalen. Molekul DNA biasanya double
stranded (b) dengan dua pelengkap molekul beruntai tunggal yang diselenggarakan bersama oleh
ikatan hidrogen, sehingga molekul beruntai ganda membentuk struktur heliks.1
GENOM MANUSIA
Genom dapat didefinisikan sebagai seluruh informasi genetik yang dimiliki organisme
hidup. Genom manusia mengandung sekitar 3.200.000.000 bp informasi yang disusun oleh
23 kromosom. Manusia mengandung dua pasang kromosom. setiap kromosom diwariskan
dari setiap orangtua, memberikan total 46 kromosom, dua puluh dua pasang kromosom
autosom dan pasangan ke- 23 adalah X dan Y, yang merupakan kromosom seks. Wanita
memiliki dua kromosom X, sedangkan pria memiliki satu kromosom X dan satu kromosom
Y. 1-5
Bagian DNA yang menyandikan dan mengendalikan sintesis protein disebut gen. Ini
adalah bagian kromosom yang paling banyak dipelajari karena mereka memiliki peran
penting dalam struktur dan fungsi semua sel. Beberapa protein yang dikode oleh gen bersifat
polimorfik (terjadi lebih dari satu susunan), dan digunakan secara luas dalam ilmu forensik,
sistem yang paling terkenal adalah sistem golongan darah ABO. 1-5
Perkembangan teknik molekuler telah membuat karakterisasi polimorfisme pada
tingkat DNA tanpa harus menganalisis protein secara langsung. Ini telah meningkatkan
jumlah informasi yang tersedia kurang dari 2% dari genom encode untuk protein. Analisis
DNA memiliki banyak jenis sampel yang dapat dianalisis, DNA ditemukan di hampir semua
jenis sel (sel darah merah menjadi pengecualian), sedangkan banyak dari protein
polimorfisme adalah spesifik untuk jenis sel tertentu. 1-5
POLIMORFISME DNA YANG DIGUNAKAN DI FORENSIK GENETIKA
Sebagian besar DNA, sekitar 99,5%, adalah identik antara individu. Tujuan dari
forensik genetika adalah untuk membedakan antara individu, dan karena itu penting untuk
fokus pada daerah genom yang sering berbeda antara individu; dalam kata lain, daerah yang
polimorfik. 1-5
Sejumlah besar polimorfisme DNA ditemukan di seluruh genom. Untuk menjadi alat
yang efektif dalam aplikasi forensik, polimorfisme itu harus:
1. Sangat polimorfik (bervariasi antar orang)
2. Mudah dan murah untuk mengidentifikasi
3. Mudah diinterpretasikan
4. Harus memiliki tingkat mutasi yang rendah
5. Hasil harus mudah diinterpretasi untuk dibandingkan antara laboratorium.1
Jenis polimorfisme yang telah banyak digunakan oleh komunitas forensik adalah
tandem repeat. Variable number tandem repeat (VNTRs) adalah jenis pertama polimorfisme
yang digunakan untuk profil DNA. Namun penggunaannya terbatas oleh karena jenis sampel
DNA yang dibutuhkan banyak dan berkualitas baik. Penggunaannya dalam genetika forensik
kini telah digantikan oleh penggunaan short tandem repeats (STR). Struktur STR khas
dengan 4 bp unit inti berulang ditunjukkan pada Gambar 3. STR berbagai ukuran antara 100
dan 350 bp dan sangat polimorfik, dengan lokus STR biasanya memiliki antara 5 dan 15 alel,
ukuran kecil lokus STR membuatnya sangat sesuai untuk profiling sampel DNA yang
memilikikualitas yang buruk pada kasus forensik. Jenis lain dari polimorfisme, polimorfisme
nukleotida tunggal (SNP), digunakan dalam aplikasi khusus.1-3
Gambar 3. Contoh dari struktur STR polimorfisme DNA. Kedua alel berbeda dengan satu unit ulang,
dan alel yang diperbanyak akan berbeda panjang oleh 4 bp. Setiap STR berorientasi pada arah yang
sama. DNA pada kedua sisi STR disebut DNA mengapit dan bersifat nonrepetetive. 1
Tabel 1. Jenis-jenis bahan biologis yang dapat digunakan untuk profil DNA.1
Karena
DNA
polimerase
dapat
reaksi
terakumulasi
PCR,
dalam
urutan
tertentu
miliaran
akan
salinan
(amplikon).7
Reaksi
PCR
membutuhkan
komponen berikut:7
komponen-
Template DNA
Sampel DNA yang berisi urutan target . Pada awal reaksi , suhu tinggi diterapkan
dengan aslinya molekul DNA beruntai ganda untuk memisahkan helai dari satu sama lain.7
DNA polymerase
Jenis enzim yang mensintesis untai baru DNA komplementer dengan urutan target.
Yang pertama dan paling umum digunakan enzim ini adalah Taq DNA polimerase (dari
Thermis aquaticus ), sedangkan DNA polimerase PFU (dari Pyrococcus furiosus) digunakan
secara luas karena kesetiaan yang lebih tinggi saat menyalin DNA. Meskipun enzim ini agak
berbeda , mereka berdua memiliki dua kemampuan yang membuat mereka cocok untuk PCR:
1. Mereka dapat menghasilkan untaian DNA baru menggunakan template DNA dan
primer, dan
2. Mereka tahan panas.7
Primer
Potongan pendek DNA beruntai tunggal yang melengkapi urutan target. Polimerase
mulai mensintesis DNA baru dari ujung primer.7
Nucleotides (dNTPs atau deoxynucleotide triphosphates)
Unit tunggal dari basis A , T , G , dan C , yang pada dasarnya " building blocks" untuk
untai DNA baru.7
RT - PCR (Reverse Transcription PCR)
Merupakan PCR didahului dengan konversi RNA sampel menjadi cDNA dengan
enzim reverse transcriptase.7
Aplikasi PCR:
Kloning, rekayasa genetika, sekuensing.7
RFLP
dilakukan
berdasarkan
pada
adanya
kemungkinan
untuk
enzim restriksi terhadap DNA target atau dari individu yang berbeda. Berbagai mutasi yang
terjadi pada suatu organisme mempengaruhi molekul DNA dengan berbagai cara
menghasilkan fragmen-fragmen dengan panjang yang berbeda. Perbedaan panjang fragmen
ini dapat dilihat setelah dilakukan elektroforesis pada gel, hibridisasi dan visualisasi.6
Aplikasi teknik RFLP biasa digunakan untuk mendeteksi diversitas genetik, pemetaan
keseluruhan genom, tagging gen, tes paternitas, dan forensik. 6
Gambar 4. Lokus dari kit SGM Plus. Identitas alel ditampilkan dalam kotak. Lokus amelogenin
memungkinkan sampel seks ditentukan, profil ini adalah laki-laki, X-X akan menjadi perempuan.
Lokus D8S1179 adalah homozigot sedangkan lokus D21S11 dan D18S51 adalah heterozigot.
Sembilan puncak yang lebih kecil yang tidak berbayang adalah ukuran standar.1
meskipun semua dari lima asumsi di atas tidak terpenuhi. Dalam prakteknya perbedaan dari
Hardy Weinberg biasanya terlalu kecil untuk memiliki dampak yang besar.1
Menggunakan model Weinberg Hardy genotipe homozigot dihitung dengan
menggunakan p2 (dimana p adalah frekuensi alel) dan frekuensi heterozigot adalah 2pq (p dan
q adalah frekuensi dari dua alel, huruf p dan q secara tradisional digunakan untuk mewakili
alel). Dengan menggunakan data frekuensi alel (tabel 2) adalah mungkin untuk menghitung
proporsi genotipe; seperti yang ditunjukkan dalam tabel 3.1
Tabel 2. Frekuensi alel pada populasi Kaukasia dari lokus D8S1179, D21S11, Dan D18S51. 1
Tabel 3. Penerapan Model Equilibrium Hardy Weinberg untuk perhitungan frekuensi profil DNA. 1
Langkah terakhir adalah menghitung frekuensi gabungan dari semua lokus. Dengan
asumsi bahwa tidak ada hubungan antara penanda yang berbeda, hal ini dilakukan dengan
hanya menerapkan aturan produk dan mengalikan proporsi genotipe individu bersama-sama.
STR yang umum digunakan dalam analisis forensik semua pada kromosom yang berbeda,
dan mereka tidak terkait antara satu dengan yang lain. (Hukum kedua genetika Mendel
menyatakan bahwa kromosom independen selama meiosis).1
Ketika berhadapan dengan profil yang mengandung lebih banyak lokus, prosesnya
sama, dengan semua proporsi genotipe dikalikan bersama-sama. Dalam kasus SGM plus,
kemungkinan dua profil dari individu yang tidak berhubungan yang identik adalah sangat
kecil, kemungkinan dua profil diambil dari populasi Kaukasia yang identik adalah 2.99x10-13
(nomor ini juga dapat direpresentasikan sebagai 1 di 3.344.481.605.000).1
Karena ada keterbatasan dalam kemampuan untuk memprediksi frekuensi profil dan
untuk memungkinkan populasi mengandung subpopulasi, beberapa faktor koreksi yang
umum digunakan dalam kerja kasus yang berusaha untuk menghindari melebih-lebihkan
kekuatan bukti.1
PRESENTASI BUKTI DNA
Pada dasarnya ada tiga cara yang berbeda untuk mempresentasikan hasil profiling
DNA, yaitu pendekatan frequentist, likelihood ratio, dan analisis Bayesian. Analisis Bayesian
umumnya digunakan dalam statistik dan belum digunakan secara luas untuk melaporkan
bukti DNA ke pengadilan. Dua pendekatan tersebut direpresentasikan dengan asumsi bahwa
profil yang ditunjukkan pada gambar 8 dengan frekuensi yang dihitung adalah 0,00009 [atau
1 dalam 11,111] adalah bersumber dari noda darah yang ditemukan di TKP dan juga cocok
dengan tersangka. 1-5
Pendekatan frekuentis (juga disebut probabilitas penyamaan bersyarat) menyatakan
frekuensi dari profil terlihat dalam sampel bukti, mengingat bahwa itu juga terlihat pada
tersangka. Ini akan lebih tepat disebut sebagai: "Profil DNA dari bercak darah yang
ditemukan di TKP cocok dengan profil DNA dari tersangka. Kemungkinan menemukan
profil DNA yang cocok jika laki-laki lain yang tidak berhubungan meninggalkan materi di
TKP adalah sekitar 1 dalam 11.000. 1-5
Likelihood ratio adalah rasio dari dua probabilitas hipotesis yang menyatakan:
1. Bahwa tersangka meninggalkan materi di TKP. Probabilitas dari profil yang identik
jika mereka berasal dari orang yang sama adalah 1 (100%).
2. Bahwa seseorang selain tersangka meninggalkan materi di TKP. (Nilai ini adalah
sama dengan frekuensi dari profil yang terjadi dalam populasi yang diberikan.) 1-5
Kemungkinan rasio dalam kasus ini akan menjadi 1/0.00009 = 11,111, dan ini dapat
direpresentasikan sebagai: "Hasil analisis DNA adalah sekitar 11.000 kali lebih mungkin jika
noda darah yang tersisa adalah dari tersangka di banding jika noda darah yang tersisa adalah
dari orang yang tidak terkait dengan tersangka.1
Kesamaan sebenarnya probabilitas / kemungkinan dari profil SGN plus secara rutin
sekitar 10 atau 100 miliar. Dalam kebanyakan laboratorium nilai dari 1 dalam 1 miliar secara
rutin digunakan, hal ini diyakini cukup kuat secara bukti dan menghilangkan kebutuhan
untuk menghitung profil individu (profil yang paling umum yang mungkin menjadi lebih
besar dari satu dalam beberapa miliar). 1-5
PENUTUP
Dalam dua puluh tahun profiling DNA telah menjadi alat utama dalam ilmu forensik,
dan penggunaannya akan terus berkembang. Teknologi menganalisis STR untuk keperluan
pencocokan sampel dari TKP dengan tersangka dan pengujian paternitas sudah dapat
digunakan dengan profiling DNA dan tidak mungkin berubah secara mendasar selama
sepuluh sampai dua puluh tahun mendatang. Sebaliknya, peralatan dan metodologi bersama
dengan interpretasi data akan terus berkembang dan disempurnakan. 1-5
Penggunaan database DNA juga akan meningkat. Banyak negara yang mengikuti
negara Inggris (meskipun banyak negara-negara kecil berencana untuk profil populasi
penduduk seluruh, ide diperdebatkan oleh petugas polisi senior di Inggris). 1-5
Banyak jenis analisis yang penggunaannya akan lebih meluas, misalnya menggunakan
polimorfisme nukleotida tunggal untuk menyimpulkan asal-usul geografis TKP dari bahan
bukti atau tulang belulang manusia. Analisis sampel yang telah terkontaminasi juga mungkin
berkembang lebih lanjut; World Trade Centre identifikasi bertindak sebagai primer untuk
pengembangan SNP untuk sampel sisa yang sangat sedikit dan berkualitas buruk yang tidak
bisa dianalisis dengan menggunakan metodologi konvensional. 1-5
DAFTAR PUSTAKA
1. Goodwin W., Hadi S., in DNA, Thompson T., Black S. Eds., Forensic Human
Identification An Introduction, CRC Press, London, New York, 2007.
2. Michaelis R.C, Flanders R.G., Wulff P.H., A Litigators Guide to DNA From the
Laboratory to the Courtroom, Elsevier, 2008.
3. Goodwin W., Linacre A., Hadi S., An Introduction to Forensic Genetics, 2nd ed.,
Wiley-Blackwell, 2011.
4. Kobilinsky L., Levine L., Margolis-Nunno H., Inside Forensic Science: Forensic
DNA Analysis, Chelser House Publishers, 2007.
5. Gefrides A. L., Welch K. E., in Serology and DNA, Mozayani A., Noziglia C. Eds.,
The Forensic Laboratory Handbook Procedures and Practice, Humana Press, New
Jersey, 2006.
6. Krishnamurthy V., Manoj R., Pagare SS., Understanding the Basics of DNA
Fingerprinting in Forensic Science, Journal of Indian Academy of Oral medicine and
Radiology, 2011, p. 613-616.
7. PCR
[online]
cited
September
22nd,
2013,
available
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechPCR.shtml
from