MAKALAH BIOANORGANIK

METABOLISME LOGAM NIKEL

OLEH :

1. Lisa Dini Ari Laksono

(KA11 / 11030234006)

2. Minhatun Nafisah

(KA11 / 11030234009)

3. Veni Wijayanti Candra Maria

(KA11 / 11030234017)

UNIVERSITAS NEGERI SURABAYA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN KIMIA
2014

KATA PENGANTAR
Puji dan Syukur kami panjatkan ke Hadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena
berkat limpahan Rahmat dan Karunia-nya sehingga saya dapat menyusun makalah
ini dengan baik dan tepat pada waktunya. Dalam makalah ini berjudul logam nikel
didalam metabolisme tubuh.
Dalam penyusunan makalah ini tentunya ada banyak pihak yang turut
membantu dalam penyelesaiannya. Oleh karena itu, saya mengucapkan terima kasih
yang sebesar-besarnya kepada:
1. Ibu Prof. Dr. Leny Yuanita, M.Kes , selaku dosen pengampu mata kuliah
Bioanorganik.
2. Teman-teman yang

telah memberikan dukungan dan motivasi selama

pengerjaan makalah ini

Saya menyadari bahwa masih banyak kekurangan yang mendasar pada
makalah ini. Oleh karena itu saya mengundang pembaca untuk memberikan saran
serta kritik yang bersifat membangun. Kritik konstruktif dari pembaca sangat saya
harapkan untuk penyempurnaan makalah selanjutnya.
Akhir kata semoga makalah ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua.
Surabaya, 14 November 2014

BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Logam berat merupakan unsur yang mempunyai massa jenis lebih besar
dari 5 g/cm3. Logam berat dibagi menjadi dua jenis yakni logam berat essensial
dan non essensial. Logam berat esensial adalah logam yang keberadaannya
dalam jumlah tertentu yang sangat dibutuhkan oleh organisme tetapi dalam
jumlah yang tertentu, contohnya adalah Ni. Logam berat non essensial adalah
logam yang keberadaanya dalam tubuh masih belum diketahui manfaatnya atau
bahkan dapat bersiat racun seperti Hg dan Cd.
Logam-logam yang bermanfaat dalam jumlah kecil salah satunya adalah
Nikel atau Ni. Logam Ni dibutuhkan oleh tubuh dalam jumlah 10 mg. Nikel
dapat diperoleh dari sayuran kacang-kacangan,bayam,kubis dan selada.
Kandungan nikel yang diserap dalam tubuh berlebih akan menyebabkan
gangguan pernafasan, asma, sakit perut, kidney (kadar protein berlebih dalam
urin), kanker, dan gangguan kehamilan. Gangguan dari efek logam nikel yang
paling sering adalah alergi. Kira-kira 10-20% dari populasi menunjukkan reaksi
alergi terhadap nikel. Dari beberapa orang yang mengalami alergi menunjukkan
adanya gangguan pada kulit di sekitar kulit yang terkena logam nikel. Gangguan
yang lebih berbahaya terhadap logam nikel adalah bronchitis kronik gangguan
fungsi paru-paru dan kanker hati.
Sejumlah nikel dapat dilepaskan ke dalam tubuh dari makanan atau air
yang prirono atau salah satu yang telah terkontaminasi sebagai perkolasi panci
mendidih. Secara khusus, wadah stainless steel nikel dapat menutupi makanan
dengan menggunakan makanan yang asam dan suhu fermentasi. Makanan yang
merupakan sumber alami dari nikel adalah kelapa, batu-buah-buahan, kedelai
dan gandum, serta tiram atau salmon yang menumpuk nikel dari air yang
terkontaminasi.
Nikel diketahui memiliki peranan penting dalam fungsi biologis dalam
metabolisme tubuh. Hal ini diketahui bahwa enzim urease mengandung nikel.
Logam nikel dalam tubuh membentuk senyawa kompleks. Senyawa kompleks
tersebut memiliki fungsi tertentu dalam tubuh. Peran senyawa kompleks logam
yang diterapkan dalam fungsi biologis dalam tubuh merupakan contoh aplikasi
dalam kimia bioanorganik. Oleh karena itu makalah ini ditulis bertujuan untuk

menjelaskan pengaruh logam nikel dalam metabolisme tubuh serta peranannya

dalam tubuh.
1.2 Tujuan
1. Untuk mengetahui manfaat logam nikel dalam metabolisme tubuh.
2. Untuk mengetahui fungsi logam nikel dalam metabolisme tubuh.
1.3 Manfaat
1. Mengetahui manfaat logam nikel dalam metabolisme tubuh.
2. Mengetahui fungsi logam nikel dalam metabolisme tubuh.

BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Nikel
Nikel ditemukan oleh Cronstedt pada tahun 1751 dalam mineral yang
disebutnya kupfernickel (nikolit). Nikel adalah unsur kimia metalik dalam tabel
periodik yang memiliki simbol Ni dan nomor atom 28. Nikel mempunyai sifat
tahan karat. Dalam keadaan murni, nikel bersifat lembek, tetapi jika dipadukan
dengan besi, krom, dan logam lainnya, dapat membentuk baja tahan karat yang
keras. Perpaduan nikel, krom dan besi menghasilkan baja tahan karat (stainless
steel) yang banyak diaplikasikan pada peralatan dapur (sendok dan peralatan
memasak), ornamen-ornamen rumah dan gedung, serta komponen industri.
Nikel merupakan komponen yang ditemukan banyak dalam meteorit dan
menjadi ciri komponen yang membedakan meteorit dari mineral lainnya.
Meteorit besi atau siderit, dapat mengandung alloy besi dan nikel berkadar 525%. Nikel diperoleh secara komersial dari pentlandit dan pirotit di kawasan
Sudbury Ontario, sebuah daerah yang menghasilkan 30% kebutuhan dunia akan
nikel. Deposit nikel lainnya ditemukan di Kaledonia Baru, Australia, Cuba, dan
Indonesia.
Nikel berwarna putih keperak-perakan dengan pemolesan tingkat tinggi.
Bersifat keras, mudah ditempa, sedikit ferromagnetis, dan merupakan konduktor
yang agak baik terhadap panas dan listrik. Nikel tergolong dalam grup logam
besi-kobal yang dapat menghasilkan alloy yang sangat berharga.
Tabel 1 Sifat Fisika Logam Nikel
Nomor atom
28
58,71 g/mol
Massa atom
1,8
Elektronegativitas menurut Pauling
8,9 g/cm3 pada 20 C
Kepadatan
1453 C
Titik lebur
2913 C
Titik didih
Radius Vanderwaals
Radius ionic
Isotop

0,124 nm
0,069 nm (+2) ; 0,06 nm (+3 )
10

735 kJ/mol
Energi ionisasi pertama
Energi ionisasi kedua
Energi ionisasi ketiga

1753 kJ/mol
3387 kJ/mol
-0,25 V

Potensial standard
2.2 Metabolisme nikel
Logam Nikel terdapat dalam beberapa enzim. Ada enam enzim yang
ditemukan sejauh ini yaitu urease, Ni-Fe hidrogenase, metil koenzim M
reductase, CO dehydrogenase, asetil koenzim A dan NiSOD (Ni Superoksida
dismutase). Berikut masing-masing penjelasan dari enzim.
a. Urease
Sifat dan fungsi enzim urease
Urease adalah sebuah protein yang ditemukan dalam bakteri, kapang,
dan beberapa tanaman tingkat tinggi. Karakteristiknya yaitu pH optimum 7,4
suhu optimum 60C dengan spesifikasi enzimatis: urea dan hidroksi urea.
Aktivitas urease menjadi sangat tidak aktif apabila dipanaskan selama 24 jam
sehingga suhu mencapai 105 C. Berat molekul enzim urease sebesar
483.000, tempat aktifnya metal : nikel (II), spesifik enzim : urea dan
Hydroxyurea, Inhibitor : Logam berat (Pb - & Pb2+). Suhu 10oC akan
mempercepat reaksi dua kali atau tiga kali lebih cepat. Urease ditemukan
terutama dalam kuantitas besar pada jackbean, kedelai, biji tanaman, pada
beberapa jaringan hewan dan pencernaan mikroorganisme. Urease juga
ditemukan pada berbagai macam organisme seperti bakteri, jamur, dan
tumbuhan tinggi. Urease pada lingkungan berperan dalam jalur sistem
transportasi nitrogen. Peran utama urease adalah menyediakan energi internal
dan eksternal bagi organisme untuk menggunakan urea atau hidroksiurea
sebagai sumber N. Enzim urease (urea amidohydrolase) merupakan enzim
yang menghidrolisis urea menjadi CO2 dan NH3. Reaksinya sebagai berikut:
Beberapa tanaman memanfaatkan urease untuk keperluan yang sama.
Urease penting dalam sejarah enzimologi sebagai enzim pertama yang
dimurnikan dan dikristalkan. Sebuah urease luar biasa ditemukan dalam
Helicobacter pylori , yang menggabungkan empat dari enam-subunit enzim
biasa dalam majelis tetrahedral keseluruhan 24 subunit ( 12 12). Inimolekul perakitan supra diperkirakan memberikan stabilitas tambahan untuk

enzim dalam organisme, yang berfungsi untuk memproduksi amoniak untuk

menetralisir asam lambung. Urease conductometric biosensor untuk
mendeteksi ion logam berat-yang terdiri dari elektroda emas interdigitated
dan selaput enzim terbentuk pada bagian sensitif mereka telah digunakan
untuk estimasi kuantitatif pencemaran air umum dengan ion logam berat.
Pengukuran aktivitas urease sisa telah dilakukan dalam buffer Tris-HNO3
setelah preincubation dalam larutan garam logam-model. Batas deteksi,
tergantung pada waktu preincubation dan rentang dinamis, telah ditentukan
dalam solusi model ion logam berat. Urutan ion logam relatif terhadap
toksisitas mereka terhadap urease adalah: Hg2+ > Cu2+ > Cd2+ > Co2+ > Pb2+ >
Sr2+ >. Kondisi untuk aplikasi praktis dari biosensor telah diselidiki dan
kritis dievaluasi untuk optimasi. Urease reaktivasi oleh EDTA setelah
penghambatan oleh ion logam berat. karakteristik kinerja dari biosensor
conductometric dibahas oleh GA Zhylyaka, SV Dzyadevichb, YI Korpana,
AP Soldatkina dan AV Elskayaa di kertas mereka. Enzim urease juga
terdapat pada beberapa jaringan binatang dan pencernaan mikroorganisme.
Urea merupakan molekul yang sangat stabil, normalnya
menghidrolisis sangat lambat utuk menghasilkan asam isosianat dan
ammonia. Urea merupakan salah satu sumber nitrogen non-protein (NPN)
yang umum digunakan adalah urea. Urea dibuat dengan jalan mereaksikan
ammonia dan karbondioksida (Fardiaz, 1992). Urea merupakan sumber
amoniak dari senyawa spesifik, kandungan urea yang tinggi akan dirombak
menjadi basa menguap oleh aktivitas bakteri. Tingginya kandungan urea
akan membentuk sejumlah besar amoniak yang mempengaruhi kenormalan
kandungan total volatile basa. Selama penyimpanan, jumlah amoniak yang
terbentuk relatif tidak dipengaruhi oleh suhu.

Struktur Kimia Enzim Urease

Enzim berisi empat domain struktural: tiga dengan novel lipatan
memainkan peran struktural, dan (beta alfa) 8 domain per barel, yang berisi
pusat bi-nikel. Satu ion nikel dikoordinasikan oleh tiga ligan (dengan
hunian rendah ligan keempat) dan yang kedua adalah dikoordinasikan oleh
lima ligan. Sebuah lisin carbamylated menyediakan oksigen ligand nikel
masing-masing, menjelaskan mengapa karbon dioksida diperlukan untuk

aktivasi apoenzyme urease. Struktur ini kompatibel dengan mekanisme

katalitik dimana urea ligates Ni-1 untuk menyelesaikan koordinasi
tetrahedral dan hidroksida ligan Ni-2 menyerang karbon karbonil. Sebuah
kesamaan struktural sangat tinggi antara domain urease katalitik dan bahwa
dari adenosin deaminase seng-tergantung mengungkapkan contoh yang luar
biasa divergensi situs aktif.
Reaksi Enzim Urease
(NH2)2CO + H2O CO2 + 2NH3 Urea + Water urease> Ammonium
Carbonate Aktivitas urease meningkat sebanding dengan peningkatan suhu
dari 10 40 C. Aktivitas urease menjadi sangat tidak aktif apabila tanah
dipanaskan selama 24 jam sehingga suhu mencapai 105C.
Karakteristik enzim urease digambarkan sebagai berikut.

Gambar 1 Enzim Urease

Gambar 2 Gambar sisi aktif enzim Urease

Dua atom Ni dipisahkan pada jarak 3,5 angstrom dan dijembatani oleh
residu karbamilat lisin. Satu atom Ni2+ memiliki lima koordinasi (NiN2O3),
sementara yang lain digambarkan sebagai pseudotetrahedral (NiN 2O2)
dengan terikat pada ligan lemah.

Gambar 3 Mekanisme enzim Urease

b. Ni-Fe hidrogenase
NiFe hidrogenase merupakan hidrogenase yang jumlahnya terbanyak
yang dapat ditemukan.Inti enzim terdiri atas sub-unit alpha dan beta
heterodimer. NiFe hidrogenase terbagi menjadi empat grup yaitu : Grup 1
NiFe hidrogenase, umunya ditemukan dalam Wolinella succinogenes,
Aquifex aeolicus, Thiocapsa roseopersici dan beberapa Desulfovibrio sp.
Enzim ini merupakan enzim yang melekat pada membran sebagai konektor
proses oksidasi H2 dengan reduksi akseptor elektron anaerobik seperti NO3,
SO4, fumarat, CO2 atau O2 (respirasi aerob) sebagai penghasil energi dari
pergerakan proton. Grup 2 Nife hidrogenase, merupakan enzim yang
terdapat dalam sitoplasma dan berperan sebagai sensor sel saat lingkungan
tidak mendukung serta sebagai kontrol proses sintesis hidrogenase untuk
menghasilkan H2. Hidrogenase jenis ini ditemukan dalam Bradyrhizobium
japonicum,

Rhodobacter

eutropha,

Rhodobacter

capsulatus,

dan

Rhodopseudomonas palustris. Grup 3 dicirikan dengan sifat NiFe

hidrogenase yang dapat melakukan oksidasi dan reduksi kofaktor. Enzim ini
terletak pada sitoplasma dan banyak ditemukan dalam kelompok arkhae
seperti Methanobacter marburgensis. Grup 4 merupakan jenis enzim yang
melekat pada membran dan berfungsi sebagai penghasil dan penyimpan
energi H2. Mayoritas enzim ini dapat ditemukan dalam arkhae termasuk
bakteri Methanosarcinadan Pyrococcus furiosus.

Gambar 4 struktur aktif NiFe hidrogenase

c. Metil koenzim M reductase
Pada bakteri metanogen berfungsi sebagai pembentukan dan
pembebasan metana dengan mengkatalisis reduksi dari metil-CoM (2metiltioetansulfonat).

Reaksi tersebut adalah langkah terakhir sistesis dalam memproduksi energi

dari CH4 melalui CO2, hal tersebut teradi pada arkaebakteri autotropis seperti
Methanobacterium thermoautotrophicum. Tenaga pendorong dari bakteri ini
adalah pembentukan disulfida antara CoM dan komponen tambahan HSCoB (tiopentanoil treonin fosfat).

Gambar 5 Dua postulat mekanisme Metil Koenzim M Reductase

d. CO dehydrogenase
Banyak metanogen bakteri dan acetogen (yaitu penghasil metana dan
asam asetat) mengandung enzim CODH yang mengkatalisis oksidasi CO
menjadi CO2. Dalam biokimia, oksidasi sering disamakan dengan
dehidrogenasi, meskipun CO tidak terdiri dari atom hidrogen.
Reaksi tersebut adalah reaksi enzimatis reversible dan oleh karena itu dapat
berfungsi sebagai metode alternatif fiksasi CO2 (asimilasi) oleh bakteri
fotosintetik.

Gambar 6 sisi aktif enzim CODH

Gambar 7 Mekanisme CODH

e. Asetil koenzim A
Fungsi biologis lainnya dari enzim adalah untuk mengkatalisis
pembentukan asetil KoA dengan kombinasi KoA dan metil.
Hasil asetil-SKoA dapat dikarboksilasi menjadi piruvat CH3C(O)COO- pada
bakteri autotropis.
f. NiSOD (Ni Superoksida dismutase)
Nikel Superoxide Dismutase (NiSOD) adalah anggota terbaru dikelas
enzim yang melindungi organisme dari tekanan oksidatif yang disebabkan
oleh superoksida, produk samping radikal bebas berbahaya dari metabolisme
aerobik. NiSOD bereaksi dengan dua molekul superoksida, untuk
membentuk O2 dan H2O2 dengan suku yang terjadi atau dekat batas difusi.
Selama katalisis, siklus aktif reduksi pusat nikel antara teroksidasi dan
berkurang. Reaksi ini disebut mekanisme ping pong dan ditampilkan di
bawah.

Streptomyces

Gambar 8 NiSOD
Ni-terikat pada NiSOD (PDB ID: 1q0m). Molekul-molekul kuning atau
merah merupakan sulfat, molekul abu-abu atau merah merupakan asam
asetat, dan bola hijau mewakili ion nikel terikat oleh wilayah nikel-hook.

Gambar 9 Hexamerik NiSOD

NiSOD merupakan homohexamer (Gbr. 2) terdiri dari dimer dari trimer
dan mengikat satu ion nikel per monomer. Residu dikoordinasikan ke situs
aktif nikel berada di dalam enam asam amino N-terminal pertama, disebut
nikel-hook. Nikel dalam siklus situs aktif antara Ni (II) dan Ni (III). Dalam
Ni (II) keadaan nikel memiliki geometri persegi planar dan dikoordinasikan
oleh rantai samping Cys2 dan Cys5 serta amina N-terminal dan kelompok

backbone amida dari Cys2. Ketika teroksidasi menjadi Ni (III), kelompok

imidazol dari His1 mengikat pada posisi aksial membentuk geometri persegi
piramida.

BAB III
PENUTUP

3.1 KESIMPULAN
Logam nikel berperanan penting dalam biologis mikroorganisme dan
tumbuhan. Hal ini dibuktikan bahwa dalam urease (enzim yang berperan dalam
hidrolisis urea) mengandung nikel dan terdapat juga dibeberapa enzim yang lain.
Ada enam enzim yang ditemukan sejauh ini yaitu urease, Ni-Fe hidrogenase,
metil koenzim M reductase, CO dehydrogenase, asetil koenzim A dan NiSOD
(Ni Superoksida dismutase).

JAWABAN PERTANYAAN
1. Apakah empat grup pada enzim Ni-Fe Hidrogenase berbeda?
Jawab: Ya. Karena pada setiap grup Ni-Fe hidrogenase terletak pada organisme
yang berbeda-beda sehingga logam mengikat jumlah asam amino yang berbedabeda.
2. Apa yang dimaksud dengan Nikel-hook?
Jawab: Nikel-hook adalah Nikel pada sisi aktif enzim NiSOD yang memiliki
struktur (His-Cys-X-X-Pro-Cys-Gly-X-Tyr).

DAFTAR PUSTAKA
Anonim.2014.Nikel(Ni):

Fakta,Sifat,Kegunaan

dan

Efek

Kesehatannya.

http://www.amazine.co. Diakses 12 November 2014

Anonim.2014.Hidrogenase. http://id.wikipedia.org/wiki/Hidrogenase. Diakses
12 November 2014
Anonim.2014. Superoxide dismutase. http://en.wikipedia.org/wiki/Superoxidedismutase. diakses 13 November 2014
Anonim.2014.

Molecular

Playground

Nickel

Superoxide

Dismutase.

http://proteopedia.org/wiki/index.php/Molecular_Playground/Nickel_Supe
roxide_Dismutase. diakses 13 November 2014
Anonim. 2014. Enzim Urease. http://kickfahmi.blogspot.com/2013/12/enzimurease.html. diakses 15 November 2014
Kaim,Wolfgang,dkk.. Bioinorganic Chemistry: Inorganic Elements in The
Chemistry of Life Second Edition. United Kingdom : John Wiley & Sons.
Khuntari,Wiwit.2012..Nikel.

http://akuwewete.blogspot.com.

Diakses

12

November 2014
Muarip, Samsul.2012.Kompleks Kobalt (Co) dan Nikel (Ni) dalam Tubuh.
http://al-chemi.blogspot.com. Diakses 12 November 2014