BAB V.

TRANSKRIPSI
Pokok bahasan di dalam bab ini meliputi prinsip dasar transkripsi, yang mencakup
ciri-ciri dan tahapan transkripsi, transkripsi pada prokariot, dan transkripsi pada eukariot,
dengan penekanan pada karakteristik enzim RNA polimerasenya. Setelah mempelajari
pokok bahasan di dalam bab ini mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan:
1. prinsip dasar transkripsi,
2. transkripsi pada prokariot, khususnya pada bakteri Escherichia coli, dan
3. transkripsi pada eukariot.
Pengetahuan awal yang diperlukan oleh mahasiswa agar dapat mempelajari pokok
bahasan ini dengan lebih baik adalah struktur asam nukleat dan replikasi DNA, yang
masing-masing telah dijelaskan pada Bab II dan Bab IV. Selain itu, konsep dasar tentang
gen dan transkripsi yang telah diperoleh pada mata kuliah Genetika juga sangat
mendukung pemahaman materi bahasan di dalam bab ini.
Prinsip Dasar Transkripsi
Pada Bab IV telah disebutkan bahwa fungsi dasar kedua yang harus dijalankan oleh
DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu
mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu
fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya
adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa
molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.
Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi
DNA, yaitu
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan sumber
basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak berupa
deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh urasil.
Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP),
guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di antara
kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul RNA.
Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan urutan basa RNA

48
hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara itu, untai DNA
pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa RNA, disebut
sebagai pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak
terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa
yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara kedua untai DNA.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis DNA.
4. Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua
atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi
DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase, melainkan RNA
polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada
kemampuan enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa
adanya molekul primer.
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan
promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan dijelaskan secara
singkat sebagai berikut.
Pengenalan promoter
Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA, kedua
untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya penambahan basa
pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai DNA
segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi di suatu
tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA polimerase di sisi 5
(upstream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini
dinamakan promoter.
Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada
suatu tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi atau tapak
inisiasi (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang
akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tapak inisiasi dan
sintesis RNA pun segera dimulai.

49
Elongasi
Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA
cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung kompleks
transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi
nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3
nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari arah 5 ke 3, sementara RNA
polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA cetakan.
Terminasi
Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau
terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA
cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika
RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang
hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang
memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi
diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang
diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca
dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh
beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung
terminasi berbentuk batang dan kala (loop) seperti pada Gambar 5.1.
Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini
karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida,
promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi
dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut
akan terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang
berbeda-beda.
Transkripsi pada Prokariot
Telah dikatakan di atas bahwa transkripsi merupakan proses sintesis RNA yang
dikatalisis oleh enzim RNA polimerase. Berikut ini akan diuraikan sekilas enzim RNA

50
polimerase pada prokariot, khususnya pada bakteri E.coli, promoter 70, serta proses
transkripsi pada organisme tersebut.
urutan penyela
5
3
ATTAAAGGCTCCTTTTGGAGCCTTTTTTTT
T A A T T T C C G A G GA AA A C C T C G G A A AAA A AA
3
5

DNA

transkripsi

U U
U

5
A U U

U
C

RNA

3
U U U U U

Gambar 5.1 Terminasi sintesis RNA menghasilkan

ujung berbentuk batang dan kala

RNA polimerase E. coli

Enzim RNA polimerase pada E. coli sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit,
yaitu alfa (), beta (), beta prima (), omega (), dan sigma (). Pada bentuk
lengkapnya, atau disebut sebagai holoenzim, terdapat dua subunit dan satu subunit
untuk masing-masing subunit lainnya sehingga sering dituliskan dengan 2.
Holoenzim RNA polimerase diperlukan untuk inisiasi transkripsi. Namun, untuk elongasi
transkripsi tidak diperlukan faktor sehingga subunit ini dilepaskan dari kompleks

51
transkripsi begitu inisiasi selesai. Sisanya, yakni 2, merupakan enzim inti (core
enzyme) yang akan melanjutkan proses transkripsi.
Laju sintesis RNA oleh RNA polimerase E. coli dapat mencapai sekitar 40
nukleotida per detik pada suhu 37C. Untuk aktivitasnya enzim ini memerlukan kofaktor
Mg2+. Setiap berikatan dengan molekul DNA enzim RNA polimerase E. coli dapat
mencakup daerah sepanjang lebih kurang 60pb.
Meskipun kebanyakan RNA polimerase seperti halnya yang terdapat pada E. coli
mempunyai struktur multisubunit, hal itu bukanlah persyaratan yang mutlak. RNA
polimerase pada bakteriofag T3 dan T7, misalnya, merupakan rantai polipeptida tunggal
yang ukurannya jauh lebih kecil daripada RNA polimerase bakteri. Enzim tersebut dapat
menyintesis RNA dengan cepat, yaitu sebanyak 200 nukleotida per detik pada suhu 37C.
Subunit
Dua subunit yang identik terdapat pada RNA polimerase inti. Kedua-duanya
disandi oleh gen rpoA. Ketika bakteriofag T4 menginfeksi E.coli, subunit akan
dimodifikasi melalui ribosilasi ADP suatu arginin. Hal ini berkaitan dengan
berkurangnya afinitas pengikatan promoter sehingga subunit diduga kuat memegang
peranan dalam pengenalan promoter.
Subunit
Seperti halnya subunit , subunit juga terdapat pada RNA polimerase inti.
Subunit ini diduga sebagai pusat katalitik RNA polimerase, yang dibuktikan melalui hasil
penelitian mengenai penghambatan transkripsi menggunakan antibiotik. Antibiotik
rifampisin merupakan inhibitor potensial bagi RNA polimerase yang menghalangi
inisiasi tetapi tidak mempengaruhi elongasi. Kelompok antibiotik ini tidak menghambat
polimerase eukariot sehingga sering digunakan untuk mengatasi infeksi bakteri Gram
positif dan tuberkulosis. Rifampisin telah dibuktikan berikatan dengan subunit , dan
mutasi-mutasi yang menyebabkan resistensi terhadap rifampisin telah dipetakan pada gen
rpoB, yaitu gen yang menyandi subunit . Selanjutnya, kelompok antibiotik yang lain,
yakni streptolidigin, ternyata menghambat elongasi transkripsi, dan mutasi-mutasi yang
menyebabkan resistesi terhadap antibiotik ini juga dipetakan pada gen rpoB. Kedua hasil

52
penelitian tersebut mendukung pendapat bahwa subunit diduga mempunyai dua domain
yang bertanggung jawab terhadap inisiasi dan elongasi transkripsi.
Subunit
Subunit juga terdapat pada RNA polimerase inti. Subunit yang disandi oleh gen
rpoC ini mengikat dua ion Zn2+ yang diduga berpartisipasi dalam fungsi katalitik
polimerase. Suatu polianion, yakni heparin, terbukti mengikat subunit . Heparin
menghambat transkripsi secara in vitro dan juga berkompetisi dengan DNA dalam
pengikatan RNA polimerase. Hal ini mendukung pendapat bahwa subunit diduga
bertanggung jawab terhadap pengikatan DNA cetakan.
Faktor
Faktor yang paling umum dijumpai pada E. coli adalah 70 (disebut demikian
karena mempunyai berat molekul 70 kDa). Pengikatan faktor pada RNA polimerase
inti akan mengubah enzim tersebut menjadi holoenzim. Faktor memegang peranan
yang penting dalam pengenalan promoter tetapi tidak diperlukan untuk elongasi
transkripsi. Kontribusi faktor dalam pengenalan promoter adalah melalui penurunan
afinitas enzim inti terhadap tempat-tempat nonspesifik pada molekul DNA hingga 10 4,
disertai dengan peningkatan afinitas terhadap promoter.
Banyak organisme prokariot, termasuk E. coli, mempunyai beberapa faktor .
Semuanya terlibat dalam pengenalan kelompok-kelompok promoter tertentu. Faktor
dilepaskan dari RNA polimerase inti ketika sintesis RNA mencapai panjang 8 hingga 9
nukleotida. Enzim inti tersebut kemudian akan bergerak di sepanjang molekul DNA
sambil menyintesis untai RNA. Sementara itu, faktor dapat segera bergabung dengan
RNA polimerase inti lainnya dan melakukan inisiasi transkripsi kembali. Jumlah faktor
di dalam sel lebih kurang hanya 30% dari jumlah RNA polimerase inti sehingga hanya
sepertiga di antara kompleks RNA polimerase yang akan dijumpai dalam bentuk
holoenzim pada suatu waktu tertentu.
Promoter 70 pada E. coli
Seperti telah dikatakan di atas, promoter merupakan tempat tertentu pada molekul
DNA yang mempunyai urutan basa spesifik untuk pengikatan RNA polimerase dan

53
inisiasi transkripsi. Promoter yang berbeda akan dikenali oleh faktor RNA polimerase
yang berbeda pula. Meskipun demikian, faktor yang paling umum dijumpai pada E.
coli adalah 70.
Promoter pertama kali dikarakterisasi melalui percobaan mutasi yang meningkatkan
atau menurunkan laju transkripsi gen-gen seperti halnya gen-gen struktural pada operon
lac. Mutagenesis promoter-promoter pada E. coli menunjukkan bahwa urutan basa yang
menentukan fungsi promoter tersebut hanyalah suatu urutan yang sangat pendek.
Promoter 70 terdiri atas urutan basa sepanjang 40 hingga 60 pb. Daerah antara 55
dan +20 telah diketahui merupakan daerah pengikatan RNA polimerase, sedangkan
daerah antara 20 dan +20 diketahui sangat terlindung dari aktivitas nuklease oleh DNase
I.. Hal ini menunjukkan bahwa daerah tersebut sangat berkaitan dengan polimerase yang
menghalangi akses nuklease menuju DNA. Mutagenesis promoter memperlihatkan
bahwa urutan hingga lebih kurang 40 mempunyai peranan yang penting bagi fungsi
promoter. Selain itu, dua urutan sepanjang 6 pb pada posisi sekitar 10 dan 35 terbukti
sangat penting bagi fungsi promoter pada E. coli.
Urutan 10
Urutan yang paling lestari (konservatif) pada promoter 70, atau sering dikatakan
sebagai urutan konsensus, adalah urutan sepanjang 6 pb yang dijumpai pada promoterpromoter berbagai macam gen pada E. coli. Urutan ini terpusat di sekitar posisi 10 jika
dilihat dari tapak inisiasi transkripsi (Gambar 5.2), dan dinamakan kotak Pribnow
karena ditemukan oleh Pribnow pada tahun 1975. Urutan konsensus pada kotak Pribnow
adalah TATAAT. Kedua basa pertama (TA) dan T yang terakhir merupakan basa-basa
yang paling konservatif. Urutan heksamer ini dipisahkan sejauh 5 hingga 8 pb dari tapak
inisiasi, dan urutan penyela yang memisahkan urutan -10 dengan tapak inisiasi tersebut
tidaklah konservatif. Urutan 10 nampaknya merupakan urutan tempat terjadinya inisiasi
pembukaan heliks oleh RNA polimerase.

TTGACA
-35

16-18pb

TATAAT
-10

5-8pb

CG/AT
+1

Gambar 5.2. Urutan konsensus pada promoter-promoter E. coli

54
Urutan -35
Pada Gambar 5.2 terlihat bahwa selain urutan -10, terdapat pula urutan heksamer
lain yang konservatif, yaitu urutan di sekitar posisi -35, yang terdiri atas TTGACA.
Urutan ini akan lebih konservatif lagi pada promoter-promoter yang efisien. Tiga basa
pertama (TTG) merupakan posisi yang paling konservatif. Pada kebanyakan promoter
urutan -35 dipisahkan sejauh 16 hingga 18 pb dari kotak Pribnow, dan urutan penyelanya
bukanlah urutan yang penting.
Tapak inisiasi transkripsi
Pada 90% di antara semua gen, tapak inisiasi transkripsi (posisi +1) berupa basa
purin, dan dalam hal ini G lebih umum dijumpai daripada A. Di samping itu, basa C dan
basa T sering kali mengapit tapak inisiasi sehingga terdapat urutan CGT atau CAT
(Gambar 5.2).
Efisiensi promoter
Urutan-urutan konsensus tersebut di atas khas dijumpai pada promoter-promoter
yang kuat. Akan tetapi, di antara promoter yang berbeda sebenarnya terdapat variasi
urutan yang cukup nyata, yang dapat mengakibatkan perbedaan efisiensi transkripsi
hingga 1.000 kali. Secara garis besar, fungsi daerah-daerah pada promoter dapat
dijelaskan sebagai berikut. Urutan -35 merupakan urutan pengenalan yang akan
meningkatkan pengenalan dan interaksi dengan faktor RNA polimerase, urutan -10
penting untuk inisiasi pembukaan heliks, dan urutan di sekitar tapak inisiasi
mempengaruhi inisiasi transkripsi.
Sementara itu, urutan 30 basa pertama yang akan ditranskripsi juga mempengaruhi
transkripsi. Urutan ini mengatur laju pelepasan promoter dari RNA polimerase, yang
memungkinkan reinisiasi transkripsi dapat dilakukan oleh kompleks polimerase lainnya.
Pada akhirnya hal ini akan berpengaruh terhadap laju transkripsi dan kekuatan promoter.
Pentingnya pemisahan untai DNA pada reaksi inisiasi diperlihatkan oleh pengaruh
superkoiling negatif DNA cetakan yang pada umumnya akan memacu laju transkripsi.
Hal ini diduga karena struktur superkoil tersebut hanya memerlukan sedikit energi untuk
membuka heliks.

55
Beberapa urutan promoter tidak cukup mirip dengan urutan konsensus yang akan
ditranskripsi dengan kuat pada kondisi normal. Sebagai contoh, promoter lac (Plac), yang
memerlukan faktor aktivasi tambahan berupa protein reseptor cAMP atau cAMP protein
receptor (CPR) untuk mengikat suatu tempat pada DNA yang letaknya berdekatan
dengan urutan promoter tersebut agar pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi
dapat ditingkatkan. Sejumlah promoter lainnya, misalnya untuk gen-gen yang
berhubungan dengan kejut panas, mempunyai urutan konsensus tertentu yang hanya
dapat dikenali oleh RNA polimerase dengan faktor selain 70.
Tahapan transkripsi pada prokariot
Seperti proses transkripsi pada umumnya, transkripsi pada prokariot berlangsung
dalam empat tahap, yaitu pengikatan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Di bawah
ini akan dijelaskan pula sekilas tentang pembukaan heliks, yang terjadi antara tahap
pengikatan promoter dan insiasi transkripsi.
Pengikatan promoter
Pada awalnya, RNA polimerase inti (2) mempunyai afinitas nonspesifik
terhadap DNA. Keadaan ini dikenal sebagai pengikatan longgar, dan sifatnya cukup
stabil. Namun, begitu faktor bergabung dengan enzim inti tersebut hingga terbentuk
holoenzim, terjadilah pengurangan afinitas nonspesifik terhadap DNA hingga 20.000
kali. Sejalan dengan hal itu, faktor juga meningkatkan pengikatan holoenzim pada
tempat pengikatan promoter yang tepat hingga 100 kali. Dengan demikian, akan terjadi
peningkatan spesifisitas holoenzim yang tajam dalam mengenali promoter.
Pada genom E. coli holoenzim dapat mencari dan mengikat promoter dengan sangat
cepat. Bahkan, karena begitu cepatnya, maka proses ini tidak mungkin terjadi melalui
pengikatan dan pelepasan holoenzim dari DNA secara berulang-ulang. Kemungkinan
yang masuk akal hanyalah melalui pergeseran holoenzim di sepanjang molekul DNA
hingga mencapai urutan promoter. Pada promoter, holoenzim mengenali urutan -35 dan 10. Kompleks awal antara holoenzim dan promoter dikenal sebagai kompleks tertutup
(closed complex).

56
Pembukaan heliks
Agar pita antisens dapat diakses untuk perpasangan basa antara DNA dan RNA
yang disintesis, untai ganda (heliks) DNA harus dibuka terlebih dahulu oleh enzim RNA
polimerase. Pada kebanyakan gen pembukaan heliks oleh RNA polimerase akan
dimudahkan oleh struktur superkoiling negatif DNA sehingga transkripsi dapat
ditingkatkan. Namun, tidak semua promoter dapat diaktivasi oleh superkoiling negatif
sehingga terisyaratkan bahwa perbedaan topologi DNA dapat mempengaruhi transkripsi.
Hal ini mungkin karena adanya perbedaan hubungan sterik pada urutan -35 dan -10 di
dalam heliks. Sebagai contoh, promoter untuk subunit enzim DNA girase justru dihambat
oleh superkoiling negatif. Seperti kita ketahui, DNA girase adalah enzim yang
bertanggung jawab untuk superkoiling negatif pada genom E. coli (Bab IV) sehingga
superkoiling negatif ini dapat bertindak sebagai umpan balik yang menghambat ekspresi
DNA girase.
Pembukaan awal heliks DNA akan menyebabkan pembentukan kompleks terbuka
(open complex) dengan RNA polimerase. Proses ini dikenal sebagai pengikatan ketat.
Inisiasi
Berbeda dengan sintesis DNA (Bab IV), sintesis RNA dapat berlangsung tanpa
adanya molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi berupa basa
G atau A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk sintesis RNA adalah
GTP atau ATP.
Mula-mula RNA polimerase akan menggabungkan dua nukleotida pertama dan
membentuk ikatan fosfodiester di antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya, sembilan
basa pertama ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di sepanjang
molekul DNA. Pada akhir penambahan masing-masing basa ini akan terdapat peluang
yang nyata terjadinya aborsi untai RNA yang baru terbentuk itu. Proses inisiasi abortif
mempengaruhi laju transkripsi secara keseluruhan karena proses tersebut memegang
peranan utama dalam menentukan waktu yang dibutuhkan oleh RNA polimerase untuk
meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA polimerase lainnya menginisiasi
putaran transkripsi berikutnya. Waktu minimum untuk pengosongan promoter ini adalah
1 hingga 2 detik, suatu waktu yang relatif lama bila dibandingkan dengan waktu untuk
tahap-tahap transkripsi lainnya.

57
Elongasi
Jika inisiasi berhasil, RNA polimerase melepaskan faktor , dan bersama-sama
dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk kompleks
terner atau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner
ini RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA. Artinya, promoter akan
ditinggalkannya untuk kemudian ditempati oleh holoenzim RNA polimerase berikutnya
sehingga terjadi reinisiasi transkripsi.
Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks, atau disebut dengan gelembung
transkripsi (transcription bubble), akan terlihat bergeser di sepanjang molekul DNA
sejalan dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian DNA yang mengalami
pembukaan heliks tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17 pb (Gambar 5.3), sedangkan
ujung 5 molekul RNA yang disintesis akan membentuk heliks hibrid dengan pita
antisens DNA sepanjang lebih kurang 12 pb. Ukuran ini ternyata tidak mencapai satu
putaran heliks.
RNA polimerase E. coli bergerak dengan kecepatan rata-rata 40 nukleotida per
detik. Akan tetapi, angka ini dapat bervariasi sesuai dengan urutan lokal DNA (urutan
DNA yang telah dicapai oleh RNA polimerase). Tetap dipertahankannya bagian DNA
yang mengalami pembukaan heliks menunjukkan bahwa RNA polimerase membuka
heliks DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup heliks DNA di belakangnya.
Dengan demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar setiap kali terjadi penambahan
nukleotida pada RNA nasen.
Terminasi
RNA polimerase tetap terikat pada DNA dan melangsungkan transkripsi hingga
mencapai urutan terminator (sinyal stop), yang pada umumnya berupa struktur seperti
tusuk konde (hairpin). Struktur yang terdiri atas batang dan kala (loop) ini terjadi karena
RNA hasil transkripsi mengalami komplementasi diri. Biasanya, bagian batang sangat
kaya dengan GC sehingga sangat stabil (GC mempunyai ikatan rangkap tiga). Di sebelah
downstream (3) dari struktur tusuk kode sering kali terdapat urutan yang terdiri atas
empat U atau lebh seperti pada Gambar 5.1.
Nampaknya RNA polimerase akan segera berhenti begitu struktur tusuk konde
RNA disintesis. Bagian ujung RNA yang mengandung banyak U tersebut mempunyai

58
ikatan yang lemah dengan basa-basa A pada DNA cetakan sehingga molekul RNA hasil
sintesis akan dengan mudah terlepas dari kompleks transkripsi. Selanjutnya, pita DNA
cetakan yang sudah tidak berikatan atau membentuk hibrid dengan RNA segera
menempel kembali pada pita DNA komplemennya. RNA polimerase inti pun akhirnya
terlepas dari DNA.
Terminasi menggunakan protein rho
Telah disinggung di muka bahwa selain karena adanya struktur tusuk konde,
terminasi transkripsi dapat juga terjadi dengan bantuan suatu protein khusus yang
dinamakan protein rho (). Rho merupakan protein heksamer yang akan menghidrolisis
ATP dengan adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada urutan
sepanjang 72 basa pada RNA, yang diduga lebih disebabkan oleh pengenalan suatu
struktur spesifik daripada karena adanya urutan konsensus. Rho bergerak di sepanjang
RNA nasen menuju kompleks transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini rho
memungkinkan RNA polimerase untuk berhenti pada sinyal terminator tertentu. Sinyalsinyal terminator ini, seperti halnya sinyal terminator yang tidak bergantung kepada rho,
lebih dikenali oleh RNA daripada oleh DNA cetakannya. Adakalanya terminator tersebut
juga berupa struktur tusuk konde tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U.

Gambar 5.3. Struktur skematik gelembung transkripsi selama elongasi

59

Transkripsi pada Eukariot

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin transkripsi
pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada mekanisme
pada prokariot.
Ada tiga macam kompleks RNA polimerase, yang masing-masing diperlukan untuk
transkripsi tipe-tipe gen eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga macam RNA
polimerase

tersebut dapat

diketahui

melalui

pemurnian

menggunakan

teknik

kromatografi dan elusi pada konsentrasi garam yang berbeda. Masing-masing RNA
polimerase mempunyai sensitivitas yang berbeda terhadap toksin jamur -amanitin, dan
hal ini dapat digunakan untuk membedakan aktivitasnya satu sama lain.

RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim ini
terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap -amanitin.

RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan
beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma
dan sangat sensitif terhadap -amanitin.

RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6
snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma
dan agak sensitif terhadap -amanitin.
Di samping enzim-enzim nuklear tersebut, sel eukariot juga mempunyai RNA

polimerase lainnya di dalam mitokondria dan kloroplas.

Subunit-subunit RNA polimerase pada eukariot
Ketiga RNA polimerase pada eukariot merupakan enzim berukuran besar yang
terdiri atas 12 subunit atau lebih. Gen-gen yang menyandi dua subunit terbesar
mempunyai homologi satu sama lain. Sementara itu, ketiga RNA polimerase eukariot
membawa subunit-subunit yang mempunyai homologi dengan subunit-subunit RNA
polimerase inti pada E. coli (2). Subunit terbesar RNA polimerase eukariot
menyerupai subunit , sedangkan subunit terbesar kedua menyerupai subunit , yang
merupakan pusat katalitik RNA polimerase E.coli. Homologi struktur ini ternyata

60
berkaitan dengan homologi fungsional karena subunit terbesar kedua pada RNA
polimerase eukariot juga mengandung tapak aktif.
Dua subunit yang sama antara RNA Pol I dan RNA Pol III, serta satu subunit
lainnya yang khas pada RNA Pol II, memperlihatkan homologi dengan subunit RNA
polimerase E. coli. Sekurang-kurangnya ada lima subunit lainnya yang lebih kecil, yang
memperlihatkan kesamaan di antara ketiga RNA polimerase eukariot. Masing-masing
RNA polimerase ini juga membawa empat hingga tujuh subunit tambahan yang hanya
dijumpai pada salah satu di antara ketiganya.
Aktivitas RNA polimerase eukariot
Seperti halnya RNA polimerase bakteri, masing-masing RNA polimerase eukariot
mengatalisis transkripsi dengan arah 5 ke 3 dan menyintesis RNA yang komplementer
dengan urutan DNA cetakan. Reaksi tersebut memerlukan prekursor berupa ATP, GTP,
CTP, UTP, dan tidak memerlukan primer untuk inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti
pada bakteri, RNA polimerase eukariot yang dimurnikan memerlukan adanya protein
inisiasi tambahan sebelum enzim ini dapat berikatan dengan promoter dan melakukan
inisiasi transkripsi.
Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol I
RNA Pol I bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-menerus selama
interfase. Sel manusia mengandung lima rumpun (cluster) gen penyandi rRNA yang
terdiri atas sekitar 40 salinan dan terletak pada kromosom-kromosom yang berbeda.
Masing-masing gen rRNA menghasilkan transkrip 45S rRNA yang panjangnya lebih
kurang 13.000 nukleotida (nt). Transkrip ini akan terbagi menjadi sebuah 28S (5.000 nt),
18S (2.000 nt), dan 5,8S (160 nt) rRNA. Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara
berkesinambungan diperlukan untuk mencukupi produksi rRNA yang selanjutnya akan
dikemas ke dalam ribosom.

61

Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur nukleolar

(nucleolar organizer region) karena nukleolus mengandung kala (loop) DNA berukuran
besar yang sesuai dengan rumpun-rumpun gen tersebut. Setelah sebuah sel dihasilkan
dari mitosis, sintesis rRNA akan dimulai kembali dan nukleoli yang kecil akan muncul
pada lokasi kromosomal yang ditempati oleh gen-gen rRNA. Selama sintesis rRNA
berlangsung aktif, transkrip pra-rRNA dikemas di sepanjang gen-gen rRNA dan jika
divisualisasikan menggunakan mikroskop elektron akan nampak sebagai struktur pohon
natal. Di dalam struktur ini transkrip-transkrip RNA dikemas dengan rapat di sepanjang
molekul DNA dan masing-masing muncul tegak lurus dari DNA. Transkrip yang pendek
dapat dilihat pada bagian awal gen tersebut. Transkrip akan makin bertambah panjang
pada bagian-bagian berikutnya untuk kemudian menghilang ketika mencapai ujung unit
transkripsi.
Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu daerah kontrol
transkripsi bipartit, yang terdiri atas elemen inti atau core element dan elemen kontrol
hulu atau upstream control element (UCE), yang secara skema dapat dilihat pada
Gambar 5.5. Elemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan terbentang dari posisi -31
hingga +6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi. Sementara itu, UCE
mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi -100. UCE
bertanggung jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga 100 kali bila
dibandingkan dengan laju transkripsi oleh elemen inti saja.

UCE

elemen inti
gen pra-rRNA
-100

+1

Gambar 5.5. Struktur promoter gen pra-rRNA pada mamalia

UCE akan berikatan dengan suatu protein spesifik pengikat DNA, yang disebut
dengan faktor pengikatan hulu atau upstream binding factor (UBF). Selain dengan
UCE, UBF juga berikatan dengan suatu urutan di sebelah hulu elemen inti. Kedua urutan
yang berikatan dengan UBF tersebut tidak mempunyai kesamaan yang nyata. Sebuah

62
molekul UBF diduga mengikat UCE, sedangkan sebuah molekul UBF lainnya mengikat
urutan yang kedua. Selanjutnya, kedua molekul UBF akan saling berikatan melalui
interaksi protein-protein sehingga terbentuk struktur kala (loop) pada segmen DNA di
antara kedua tempat pengikatan tersebut (Gambar 5.6).

Gambar 5.6. Model skematik inisiasi transkripsi rRNA

63
Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA Pol I. Faktor
ini adalah faktor selektivitas atau selectivity factor (SL1), yang akan berikatan dengan
kompleks UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya. SL1 berinteraksi dengan bagian
hilir elemen inti yang bebas. Pengikatan kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan
RNA Pol I untuk memasuki kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.
Saat ini SL1 telah diketahui mengandung beberapa subunit, antara lain berupa suatu
protein yang dinamakan protein pengikat TATA atau TATA-binding protein (TBP).
TBP diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase eukariot, dan nampaknya
merupakan faktor penting dalam transkripsi eukariot. Ketiga subunit SL1 lainnya dikenal
sebagai faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors
(TAFs), dan di antara subunit tersebut yang diperlukan untuk transkripsi RNA Pol I
dinamakan TAF1s.
Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen kontrol tunggal di
daerah promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga 72 pb ke arah hulu dari titik
awal transkripsi. Tempat ini akan diikat oleh faktor TIF-1, yang homolog dengan SL1.
Dengan pengikatan ini RNA Pol I akan dapat melakukan inisiasi transkripsi. Pada waktu
RNA Pol I bergerak di sepanjang molekul DNA, faktor TIF-1 tetap terikat pada tempat
semula sehingga memungkinkan terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol I yang lain,
dan beberapa putaran transkripsi dapat berlangsung. Oleh karena itu, mekanisme ini
dapat dilihat sebagai sistem kontrol transkripsi yang sangat sederhana. Di sisi lain, untuk
vertebrata nampaknya terdapat suatu UBF tambahan yang bertanggung jawab atas
pengikatan promoter oleh SL1 secara spesifik.
Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol III
RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya terdiri atas
16 subunit yang berbeda. Enzim ini menyintesis prekursor tRNA, 5S rRNA, serta
berbagai snRNA dan RNA sitosolik.
Transkrip pertama yang dihasilkan dari gen-gen tRNA merupakan molekul
prekursor yang akan diproses menjadi RNA matang. Daerah kontrol transkripsi gen-gen
tRNA terletak di sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan yang sangat
konservatif di dalam gen tRNA, yaitu kotak A (5- TGGCNNAGTGG - 3) dan kotak B
(5- GGTTCGANNCC - 3). Kedua urutan ini juga menyandi urutan penting di dalam

64
tRNA sendiri, yang disebut dengan kala D (D-loop) dan kala TC. Hal ini berarti
bahwa urutan yang sangat konservatif di dalam tRNA juga merupakan urutan promoter
yang sangat konservatif.
Dua faktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang peranan
penting dalam inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol III (Gambar 5.7). TFIIIC
mengikat baik kotak A maupun kotak B di dalam promoter tRNA. Sementara itu, TFIIIB
mengikat daerah sejauh 50 pb ke arah hulu dari kotak A. TFIIIB terdiri atas tiga subunit,
yang salah satu di antaranya adalah TBP, suatu faktor inisiasi umum yang diperlukan
oleh ketiga RNA polimerase. Subunit yang kedua dan ketiga masing-masing dinamakan
BRF dan B. Faktor TFIIIB tidak memiliki spesifisitas urutan sehingga tempat
pengikatannya bergantung kepada posisi pengikatan TFIIIC pada DNA. TFIIIB
memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi. Begitu TFIIIB terikat,
TFIIIC dapat dikeluarkan tanpa mempengaruhi transkripsi. Oleh karena itu, TFIIIC dapat
dilihat sebagai faktor perakitan untuk penempatan faktor inisiasi TFIIIB.

Gambar 5.7. Inisiasi transkripsi pada promoter tRNA eukariot

65
RNA Pol III mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-satunya subunit
rRNA yang ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-gen rRNA lainnya yang
ditranskripsi oleh RNA Pol I, gen-gen 5S rRNA tersusun secara tandem (berurutan) di
dalam suatu rumpun gen. Pada manusia terdapat suatu rumpun yang berisi sekitar 2.000
gen. Promoter gen 5S rRNA mengandung daerah kontrol internal yang dinamakan kotak
C. Letaknya sekitar 81 hingga 99 pb ke arah hilir dari tapak inisiasi transkripsi. Selain itu,
terdapat juga kotak A yang berada pada posisi sekitar +50 hingga +65.
Kotak C pada promoter 5S rRNA berperan sebagai tempat pengikatan protein
spesifik, yaitu TFIIIA (Gambar 5.8). TFIIIA bekerja sebagai faktor perakitan yang
memungkinkan TFIIIC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA. Sementara itu, kotak A
akan menstabilkan pengikatan TFIIIC sehingga faktor ini berikatan dengan DNA pada
posisi yang relatif sama dengan posisi pengikatan pada promoter tRNA. Begitu TFIIIC
terikat pada DNA, TFIIIB dapat berinteraksi dengan kompleks pengikatan tersebut dan
memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi.

Gambar 5.8. Inisiasi transkripsi pada promoter 5S rRNA eukariot

66
Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol III bergantung kepada urutan hulu
untuk regulasi transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6 snRNA dan gen-gen RNA
kecil dari virus Epstein-Barr hanya menggunakan urutan regulator yang letaknya di
sebelah hulu dari tapak inisiasi transkripsinya. Daerah penyandi U6 snRNA mempunyai
sebuah kotak A yang khas. Akan tetapi, urutan ini tidak diperlukan untuk transkripsi.
Daerah hulu pada U6 snRNA mengandung urutan khas promoter RNA Pol II, yang
meliputi kotak TATA pada posisi -30 hingga -23. Promoter ini juga memiliki beberapa
urutan di daerah hulu sebagai tempat pengikatan faktor transkripsi lainnya seperti pada
kebanyakan gen U RNA yang ditranskripsi oleh RNA Pol II. Hal ini mendukung
pendapat bahwa faktor-faktor transkripsi umum dapat mengatur gen-gen yang
ditranskripsi baik oleh RNA Pol II maupun oleh RNA Pol III.
Terminasi transkripsi oleh RNA Pol III nampaknya hanya memerlukan pengenalan
polimerase berupa urutan nukleotida sederhana. Urutan ini terdiri atas sekelompok residu
dA yang efisiensi terminasinya dipengaruhi oleh urutan di sekitarnya. Urutan 5GCAAAAGC - 3 merupakan sinyal terminasi yang efisien untuk gen 5S rRNA pada
Xenopus borealis.
Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol II
RNA Pol II terdapat di dalam nukleoplasma dan bertanggung jawab untuk
transkripsi semua gen penyandi protein dan beberapa gen snRNA. Pra-mRNA (transkrip
primer) yang baru disintesis harus mengalami prosesing melalui pembentukan pelindung
(cap) pada ujung 5 RNA dan penambahan poli A pada ujung 3 di samping pembuangan
intron dan penyatuan (splicing) ekson.
Banyak promoter eukariot mengandung suatu urutan konservatif yang dinamakan
kotak TATA. Letaknya sekitar 25 hingga 35 pb dari tapak inisiasi transkripsi, berisi
urutan konsensus sepanjang 7 pb, yaitu 5- TATA(A/T)A(A/T) - 3. Meskipun demikian,
saat ini diketahui bahwa protein yang mengikat kotak TATA, yakni TBP, ternyata
berikatan dengan urutan sepanjang 8 pb. Tambahan sepasang basa ini letaknya di sebelah
hilir dari kotak TATA dan identitasnya tidaklah penting. Kotak TATA bekerja dengan
cara yang sama dengan urutan -10 pada promoter E. coli dalam menempatkan RNA Pol
II agar diperoleh inisiasi transkripsi yang benar. Meskipun urutan di antara kotak TATA

67
dan tapak inisiasi transkripsi bukan merupakan urutan yang penting, jarak antara kedua
tempat tersebut ternyata penting. Hampir 50% tapak inisiasi transkripsi berupa residu A.
Beberapa gen eukariot tidak mempunyai kotak TATA tetapi memiliki suatu elemen
insiator, yang terletak di sekitar tapak inisiasi transkripsi. Namun, beberapa promoter
tidak memiliki baik kotak TATA maupun elemen inisiator. Gen-gen semacam ini
biasanya ditranskripsi dengan lambat, dan inisiasi transkripsi dapat terjadi di tempattempat yang berbeda sepanjang 200 pb. Gen-gen ini sering kali mengandung daerah yang
kaya GC sepanjang 20 hingga 50 pb pada posisi 100 hingga 200 pb arah hulu dari tapak
inisiasi transkripsi.
Aktivitas promoter basal yang rendah akan sangat ditingkatkan oleh adanya
elemen-elemen lain di sebelah hulu promoter. Elemen-elemen ini dijumpai pada
kebanyakan gen dengan tingkat ekspresi yang sangat bervariasi di antara jaringan yang
berbeda. Dua contoh yang umum adalah kotak SP1, yang terletak di sebelah hulu dari
banyak gen baik yang mempunyai maupun yang tidak mempunyai kotak TATA, dan
kotak CCAAT. Promoter dapat memiliki salah satu, keduanya, atau bahkan banyak
salinan urutan/kotak tersebut. Urutan yang pada umumnya terletak 100 hingga 200 pb
arah hulu dari promoter ini dinamakan elemen regulator hulu atau upstream regulatory
elements (UREs). UREs memegang peranan penting dalam menjamin berlangsungnya
transkripsi yang efisien.
Transkripsi kebanyakan promoter eukariot dapat dipacu oleh elemen kontrol yang
letaknya beribu-ribu pasang basa dari tapak inisiasi transkripsi. Hal ini pertama kali
ditemukan pada genom virus SV40. Suatu urutan sepanjang kira-kira 100 pb pada DNA
virus ini dapat dengan nyata meningkatkan transkripsi dari promoter basal. Urutan
pemacu (enhancer) ini mempunyai panjang 100 hingga 200 pb dan mengandung banyak
elemen yang menghasilkan aktivitas totalnya. Pemacu dapat dijumpai pada sembarang sel
atau hanya pada tipe sel tertentu.
Dengan makin banyaknya pemacu dan promoter yang ditemukan, terlihat bahwa
motif kedua elemen tersebut ternyata tumpang tindih, baik secara fisik maupun
fungsional. Dengan demikian, terdapat spektrum elemen regulator yang sinambung,
mulai dari elemen-elemen pemacu yang sangat panjang rentangnya hingga elemenelemen promoter yang pendek rentangnya.

68
Serangkaian faktor transkripsi basal yang kompleks telah diketahui berikatan
dengan promoter RNA Pol II dan bersama-sama melakukan inisiasi transkripsi. Urutan
pembentukan kompleks inisiasi transkripsi RNA Pol II dapat dilihat pada Gambar 5.9.

Gambar 5.9. Diagram pembentukan kompleks inisiasi transkripsi RNA Pol II

69
Pada promoter yang mengandung kotak TATA, TFIID merupakan faktor pertama
yang akan mengikat promoter tersebut. Faktor ini terdiri atas banyak molekul protein,
tetapi hanya salah satu di antaranya, yakni protein pengikat TATA atau TATA-binding
protein (TBP), yang akan berikatan dengan kotak TATA. Seperti pada RNA Pol I, pada
TFIID juga terdapat faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated
factors (TAFIIS). Pada sel-sel mamalia TBP nampaknya akan berikatan dengan kotak
TATA dan kemudian bergabung dengan sekurang-kurangnya delapan TAFIIS untuk
membentuk TFIID.
TBP dijumpai pada ketiga kompleks transkripsi eukariot (dalam SL1, TFIIIB, dan
TFIID), dan dapat dipastikan memegang peranan penting dalam inisiasi transkripsi. TBP
merupakan protein monomerik. Semua TBP eukariot mempunyai domain yang terdiri
atas 180 residu asam amino pada ujung C yang sangat konservatif, dan dapat berfungsi
sebagai molekul protein seutuhnya pada transkripsi in vivo. Oleh karena itu, fungsi
domain pada ujung N yang kurang konservatif belum sepenuhnya diketahui. TBP
mempunyai struktur fisik seperti pelana, yang akan mengikat lekukan kecil molekul DNA
pada kotak TATA dan menghasilkan sudut 45 di antara kedua pasang basa pertama dan
kedua pasang basa terakhir dari 8pb elemen TATA. Mutasi TBP pada domain
pengikatannya dengan kotak TATA tetap mempertahankan fungsinya sebagai faktor
transkripsi untuk RNA Pol I dan RNA Pol III, tetapi menghalangi inisiasi transkripsi oleh
RNA Pol II. Hal ini menunjukkan bahwa RNA Pol I dan RNA Pol III menggunakan TBP
untuk inisiasi transkripsi, tetapi peranan TBP itu sendiri yang sesungguhnya pada
kompleks transkripsi tersebut masih belum jelas.
Faktor transkripsi berikutnya, TFIIA, akan mengikat TFIID dan meningkatkan
stabilitas pengikatan TFIID pada kotak TATA. TFIIA sekurang-kurangnya tersusun dari
tiga subunit. Pada studi transkripsi in vitro, yang dilakukan dengan memurnikan TFIID,
TFIIA ternyata menjadi tidak dibutuhkan lagi. Namun, pada sel-sel yang utuh TFIIA
nampaknya akan menghilangkan pengaruh faktor-faktor penghambat yang berasosiasi
dengan TFIID. Jadi, pengikatan TFIIA pada TFIID rupanya akan mencegah masuknya
faktor-faktor penghambat tersebut sehingga proses transkripsi dapat berlanjut.
Begitu TFIID terikat dengan stabil pada DNA, faktor transkripsi lainnya, yakni
TFIIB, akan berikatan dengan TFIID. Faktor ini akan berperan sebagai perantara yang

70
memungkinkan masuknya RNA Pol II ke dalam kompleks inisiasi transkripsi bersama
dengan masuknya faktor berikutnya, TFIIF.
Setelah RNA Pol II terikat pada kompleks inisiasi transkripsi, tiga faktor lainnya,
masing-masing TFIIE, TFIIH, dan TFIIJ, segera berasosiasi dengan kompleks tersebut.
Ketiga faktor ini diperlukan untuk transkripsi in vitro dan penggabungannya dengan
kompleks tersebut terjadi melalui urutan tertentu. Di antara ketiga faktor tersebut, TFIIH
merupakan molekul protein terbesar yang sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit.
TFIIH mempunyai aktivitas kinase dan helikase. Aktivasi oleh TFIIH akan
menyebabkan fosforilasi domain ujung C atau carboxyl-terminal domain (CTD) pada
RNA Pol II sehingga terbentuk kompleks RNA Pol II yang siap untuk diproses dan
meninggalkan daerah promoter. Dengan demikian, TFIIH nampaknya mempunyai fungsi
yang sangat penting dalam kontrol elongasi transkripsi. Komponen-komponen TFIIH
juga penting dalam mekanisme perbaikan DNA dan dalam fosforilasi kompleks kinase
yang mengatur daur sel.
Pada kebanyakan promoter RNA Pol II yang tidak memiliki kotak TATA terdapat
suatu elemen inisiator yang letaknya tumpang tindih dengan tapak inisiasi transkripsi.
Rupanya pada promoter semacam ini TBP dimasukkan ke promoter oleh suatu protein
pengikat DNA yang terikat pada elemen inisiator. TBP kemudian memasukkan faktorfaktor transkripsi lainnya beserta RNA Pol II dengan cara seperti pada promoter yang
mempunyai kotak TATA.
Struktur faktor transkripsi pada eukariot
Faktor-faktor transkripsi pada eukariot mempunyai dua aktivitas yang berbeda,
yaitu pengikatan spesifik pada DNA dan aktivasi transkripsi. Masing-masing aktivitas ini
dilaksanakan oleh domain-domain protein yang terpisah, yaitu domain pengikatan DNA
dan domain aktivasi. Selain itu, banyak faktor transkripsi berupa homodimer atau
heterodimer, yang bersama-sama disatukan melalui domain dimerisasi. Beberapa faktor
transkripsi mempunyai domain pengikatan ligan yang memungkinkan aktivitas faktor
regulasi transkripsi melalui pengikatan suatu molekul tambahan yang berukuran kecil.
Reseptor hormon steroid merupakan salah satu contoh protein yang mempunyai keempat
macam domain tersebut.

71
Dari percobaan-percobaan yang dikenal sebagai percobaan pertukaran domain
atau domain swap experiments, diketahui bahwa domain pengikatan DNA dan domain
aktivasi faktor transkripsi Gal4 dan Gcn4 pada khamir terletak pada bagian protein yang
berbeda. Domain aktivasi akan bergabung dengan represor LexA pada bakteri,
menghasilkan protein hibrid yang mengaktivasi transkripsi dari promoter dengan urutan
operator lexA. Hal ini menunjukkan bahwa fungsi aktivasi transkripsi pada protein
khamir terpisah dari aktivitas pengikatan DNAnya.
Ada tiga macam domain pengikatan DNA, yaitu domain helix turn helix, domain
zinc finger, dan domain basic. Domain helix turn helix mempunyai sebuah heliks
pengenalan yang akan berinteraksi dengan DNA (Gambar 5.10.a). Domain zinc finger
mempunyai dua buah kala. Pada domain zinc finger C2H2 masing-masing kala berupa
enam asam amino yang berujung pada dua residu sistein dan dua residu histidin. Keempat
residu asam amino ini berkoordinat pada suatu ion zinkum (Gambar 5.10.b). Domain
basic biasanya berasosiasi dengan salah satu dari dua domain dimerisasi, yaitu leucine
zipper atau helix-loop-helix (HLH), sehingga masing-masing dikenal sebagai protein
basic leucine zipper (bZIP) dan basic HLH. Dimerisasi protein-protein ini akan
membawa kedua domain basic, yang kemudian dapat berinteraksi dengan DNA.
Domain dimerisasi, seperti telah disinggung di atas, dapat berupa protein leucine
zipper atau HLH. Leucine zipper mengandung sebuah residu leusin hidrofobik pada
setiap posisi ketujuh yang akan berikatan dengan ujung C domain basic. Leusin-leusin
pada domain leucine zipper tersusun dalam struktur -heliks (Gambar 5.11). Domain
HLH mempunyai struktur yang menyerupai domain leucine zipper, kecuali dalam hal
adanya suatu kala rantai polipeptida yang memisahkan kedua -heliks protein
monomeriknya. Seperti halnya leucine zipper, motif HLH sering kali dijumpai
berdekatan dengan domain basic yang memerlukan dimerisasi dalam pengikatan DNA.
Domain aktivasi transkripsi dapat berupa domain aktivasi asam, domain kaya
glutamin, atau domain kaya prolin. Domain aktivasi asam mengandung banyak sekali
residu asam amino yang bersifat asam sehingga sering disebut juga dengan gumpalan
asam atau gumpalan negatif. Masih belum diketahui dengan pasti gambaran struktur
lainya yang diperlukan oleh domain ini agar dapat berfungsi sebagai domain aktivasi
transkripsi yang efisien. Domain kaya glutamin pertama kali ditemukan pada faktor

72
transkripsi SP1. Pada domain ini banyak sekali ditemukan residu glutamin. Begitu juga,
pada domain kaya prolin banyak sekali ditemukan residu prolin.
Regulasi transkripsi dapat terjadi melalui interaksi tidak langsung dengan fungsi
suatu faktor transkripsi, antara lain dengan blokade tempat pengikatan faktor transkripsi
pada DNA (seperti pada kebanyakan represor prokariot), pembentukan kompleks
pengikatan non-DNA (misalnya protein inhibitor Id yang tidak mempunyai domain
pengikatan DNA akan menggangu interaksi protein HLH dengan DNA), dan blokade
domain aktivasi faktor transkripsi meskipun pengikatannya pada DNA tetap berlangsung
(misalnya Gal80 akan menutupi domain aktivasi faktor transkrispi Gal4 pada khamir). Di
samping itu, penghambatan transkripsi dapat juga terjadi secara langsung karena adanya
domain tertentu pada represor. Sebagai contoh, suatu domain reseptor hormon tiroid pada
mamalia akan menekan transkripsi apabila tidak ada hormon tiroid dan akan
mengaktifkannya apabila terikat pada hormon tersebut. Begitu pula, produk gen tumor
Wilms berupa protein WT1 yang akan menekan tumor, mempunyai domain represor
spesifik yang banyak mengandung prolin.

Gambar 5.10. Domain pengikatan DNA

a) helix turn helix
b) zinc finger C2H2

73

Gambar 5.11. Protein bZIP (dimer antara domain leucine zipper dan domain basic)