Anda di halaman 1dari 48

BIOKIMIA

Mekanisme Dasar Penyakit

dr. Jangki Hashumal


Bagian Biokimia FK Unhas
Pendahuluan
Biokimia merupakan ilmu
pengetahuan yang mempelajari
unsur-unsur kimia pembentuk sel
hidup dan berbagai reaksi serta
proses yang dijalaninya.
Bersifat disiplin dan interdisiplin.
Ruang Lingkup Biokimia
Biologi sel

Biologi molekuler

Genetika molekuler
Hubungan
Biokimia, Genetika, dan Biologi Molekuler

Fungsi

Proteinn Gen
Bahasan Utama Ilmu Biokimia

1). Mempelajari struktur kimia komponen-


komponen makhluk hidup dan hubungan
dengan fungsi biologisnya.
2). Mempelajari metabolisme (reaksi-reaksi
kimia yang terjadi di dalam tubuh).
3). Mempelajari molekuler genetik (proses
dan substansi kimia yang terlibat dalam
ekspresi informasi genetik).
Makna Biomedis Umum
Memahami berbagai kondisi fisiologis
dalam tubuh manusia keadaan
menyimpang dari kondisi fisiologis
(mekanisme dasar suatu penyakit).
Dasar pemeliharaan kesehatan
Membantu menegakkan diagnosis dan
merancang terapi efektif serta follow
up.
Hubungan Biokimia dgn
Ilmu Kedokteran
BIOKIMIA
Asam Protein Lipid Karbohidrat

Nukleat

Penyakit Anemia Atero- Diabetes


Genetik Sel Sabit sklerosis Mellitus
ILMU KEDOKTERAN
BIOKIMIA SEBAGAI DASAR MEKANISME PENYAKIT
 Sistem muskuloskeletal; Gangguan sintesis kolagen (penyakit
scurvy akibat defisiensi vitamin C), gout (degradasi purin berlebih),
osteoartritis, ataupun kelainan genetik tulang dan sendi lainnya
(kelainan komponen matriks ekstraseluler).
 Sistem GEH; Gangguan enzim pencernaan, gangguan metab.
empedu, dll
 Sistem imun; Agammaglobulinemia
 Sistem neuropsikiatri; Gangguan neurotransmiter
(ketidakseimbangan neurotransmitter pada parkinson), gangguan
ACh pada meastenia gravis
 Sistem metabolisme-endokrin; Gangguan metabolisme lipoprotein
(pembentukan aterosklesosis), DM, hipertiroid
 Pengaturan keseimbangan asam basa yang melibatkan sistem
respirasi dan ginjal
 Hematologi; Kelainan sintesis-degradasi Hb dan metabolisme SDM
 Ekskresi sisa metabolisme (amonia, urea, asam urat, dan lainnya)
 Geriatri; proses penuaan akibat proses degeneratif.
Beberapa contoh interelasi biokimia dasar dengan klinik
Kepentingan Klinik
Biokimia Dasar

Metabolisme karbohidrat dan mekanisme kontrolnya Glukosa darah

Katabolisme asam amino, siklus urea, fungsi hati Urea serum

Metabolisme lipid dan lipoprotein Kolesterol serum

Metabolisme lipid dan lipoprotein Asam lemak serum

Sintesis protein, fungsi hati Albumin serum

Pembekuan darah dan sintesis protein Protrombin time

Kinetika enzim, elektroforesis, enzyme assay Laktat dehidrogenase

Kinetika enzim, elektroforesis Kreatin kinase

Struktur dan replikasi DNA Analisis DNA

Biokimia sistem endokrin Tiroksin dan TSH serum

Katabolisme asam amino dan inheritance of disease Fenilalanin

Ketogenesis Badan keton

Metabolisme nukleotida purin Asam urat serum

Metabolisme kalsium Kalsium serum

Degradasi hem dan fungsi hati Bilirubin serum

Enzyme assay, proses metabolisme yang berlangsung di hati Tes fungsi hati

Metabolisme C1, metabolisme kreatinin otot Kreatinin plasma/urine

Homeostasis glukosa Hemoglobin A1C


Komposisi elemen rata-rata tubuh manusia (dry weight
basis)
Elemen % Elemen %

C 50 S 0,8
O 20 Na 0,4
H 10 Cl 0,4
N 8,5 Mg 0,1
Ca 4 Fe 0,01
P 2,5 Mn 0,001
K 1 I 0,00005
 BiomolekulSenyawa PenyusunFungsi Utama
 DNA (Deoksinukleotida): Materi genetik
 RNA (Ribonukleotida): Template (cetakan) untuk
sintesis proteinProteinAsam-asam aminoMolekul
yang melakukan berbagai fungsi, misalnya
enzim, elemen kontraktil, hormon, dll.
Polisakarida (glikogen)GlukosaSuplai dan
simpanan/cadangan energi LipidAsam-asam
lemak, gliserol, dllBeraneka ragam, misalnya:
komponen membran dan simpanan energi
jangka panjang sebagai triasilgliserida
Proses-proses biokimiawi antara lain:

 Pembentukan/sintesis struktur tubuh beserta fungsinya (membran


sel, matriks ekstraseluler seperti kolagen serta protein struktural
lainnya, dan lain-lain).
 Sintesis senyawa fungsional serta aktivitas fisiologisnya (protein
transpor seperti hemoglobin atau lipoprotein, protein kontraktil
seperti aktin atau miosin, protein plasma, berbagai hormon,
berbagai enzim, antibodi, neurotransmitter seperti asetilkolin atau
epinefrin, dan lain-lain).
 Penyimpanan dan penggunaan energi serta interaksi berbagai zat
gizi (metabolisme bahan makanan yang meliputi anabolisme seperti
biosintesis trigliserid atau glikogenesis dan katabolisme seperti
glikolisis, glikogenolisis, atau lipolisis).
 Pengaturan/kontrol berbagai proses dan respon tubuh
terhadap perubahan fisiologis/patologis (peranan enzim
dan hormon, pengaturan keseimbangan asam basa,
reaksi asam arakidonat akibat inflamasi, dan lain-lain)
 Pembuangan sisa metabolisme dan senyawa tidak
berguna/beracun serta detoksifikasi (siklus urea, asam
urat, netralisasi radikal bebas seperti H2O2, dan lain-
lain).
 Proses penyampaian informasi genetik dan siklus sel
(sintesis protein yang meliputi transkripsi, translasi, dan
tahapan pembelahan sel)
Protein

 Proteios: ”yang pertama” atau ”yang sangat


penting”.
 Kelompok senyawa organik kompleks, yang
mengandung unsur C, H, O, N dan biasanya
mengandung pula unsur S serta P.
 Penting pada struktur & fungsi semua sel hidup
 Berat molekul tinggi, terdiri atas asam amino
yang dihubungkan oleh ikatan peptida.
Beberapa Fungsi Protein
 Membentuk dan mempertahankan struktur (stabilitas
mekanik organ dan jaringan seperti kolagen dan histon).
 Transpor (hemoglobin, albumin, serum, dan kanal ion).
 Perlindungan dan pertahanan (imunoglobulin,
mekanisme pembekuan darah seperti fibrinogen).
 Pengendali dan pengatur (pembawa sinyal seperti
proteohormon atau sebagai reseptor).
 Katalisator (enzim).
 Pergerakan (aktin dan miosin).
 Penyimpanan (protein otot, feritin).
- Struktur dasar asam amino - Bentuk zwitterion asam amino

Atom hidrogen
H O
│ ║ Gugus karboksil
Gugus amino H2N – C – C – OH
│ α-karbon
R
Rantai samping
Beberapa Contoh Asam Amino:

Alanin (Ala/A) bersifat netral, nonpolar

Asam Glutamat (Glu/E) bersifat asam, polar

Histidin (His/H) bersifat, basa polar


Struktur Protein
Pembentukan ikatan
Heliks- α disulfide melalui
oksidasi AA sistein

Interaksi rantai sisi AA


melalui ikatan
hidrogen dan ikatan ionik

Interaksi hidrofobik
Lembar- β antara AA dgn rantai
sisi nonpolar
Enzim

 Merupakan protein; ciri dan sifat protein berlaku


bagi enzim, tidak berlaku sebaliknya.
 Lebih dari setengah jumlah protein yang ada.
 Bersifat katalis karena mampu mengaktifkan
senyawa lain secara spesifik (Dixon dan Webb).
 Menjamin agar kecepatan reaksi berjalan sesuai
dengan kebutuhan sel dalam kondisi fisiologis.
Karakteristik Enzim
 Meningkatkan kecepatan reaksi-reaksi
biokimia dalam tubuh/sel hingga jutaan
kali lipat.
 Sangat spesifik terhadap reaksi yang
dikatalisisnya dan terhadap reaktan
(substrat)
 Diregulasi dari stadium yang rendah
aktivitasnya menjadi beraktivitas tinggi
atau sebaliknya.
Beberapa Sifat Enzim
 Tidak mengubah keseimbangan reaksi kimia
 Mempercepat reaksi tanpa berubah.
 Bekerja dengan cara mengurangi sawar energi
(ΔG‡)
 Biokatalisator ini tidak mengubah perbedaan
energi bebas (ΔG) antara reaktan dan produk
tidak mempengaruhi hasil reaksi.
 Dipengaruhi oleh suhu, pH, jumlah substrat, dan
inhibitor
Laju reaksi pada berbagai keadaan

Keadaan Transisi

Keadaan Transisi
Keadaan
Transisi
ΔG‡
Energi Energi Energi ΔG‡
bebas bebas ΔG‡ bebas Substrat
Substrat
Substrat ΔG
Produk Produk
Produk
Laju reaksi Laju reaksi Laju reaksi

Energi bebas dalam Energi bebas dalam Perubahan energi


reaksi yang tidak reaksi yang dikatalisis bebas selama
dikatalisis berlangsungnya reaksi
 KelasTipe reaksi yang dikatalisisSubkelas yang pentingOksido-
reduktaseMengkatalisi pe-mindahan ekuiva-len pereduksi an-tara
dua sistem redoksDehidrogenase, Oksidase, peroksidase,
reduktase, monooksigenase,
dioksigenaseTransferaseMengkatallisis pe-mindahan gugus-gugus
lainnya dari satu molekul ke molekul yang lainC1-transferase,
glikosiltransferase, aminotransferase,
fosfotransferaseHidrolaseMemindahkan gu-gus-gugus dengan
molekul air sebagai akseptornyaEsterse, glikosidase, peptidase,
amidaseLiase (sintase)Mengkatalisis pemecahan atau
pembentukan ika-tan kimia disertai pembentukan atau pemutusan
ikatan rangkap C-C-liase C-O-liaseC-N-liaseC-S-
liaseIsomeraseMenggeser posisi gugus-gugus di da-lam satu
molekul tanpa mengubah rumus kimia substrat Epimerse, cis-trans-
isomerase, intramolekuler transferaseLigase
(sintetase)Menggabungkan dua molekul de-ngan mengguna-kan
energi yang dilepaskan pada hidrolisis ikatan pirofosfat dari
senyawa fosfat berenergi tinggiC-C-ligase C-O-ligaseC-N-ligaseC-
S-ligase
 Pengikatan ligan ke protein
 Untuk melaksanakan fungsinya banyak protein
mengikat bahan atau zat lain yang dikenal
sebagai ligan. Bahan-bahan ini beragam,
berkisar dari ion sampai koenzim yang kompleks
(bergantung pada fungsi fiologik protein itu
sendiri), dan bahan-bahan ini masuk dengan
pas ke dalam kantong dan celah khusus pada
protein. Protein yang mengikat ligan disebut
apoprotein. Protein beserta ligan yang terikat
kepadanya disebut holoprotein.
 Klasifikasi dan tata nama enzim disusun oleh International Union of
Biochemistry (IUB) sebagai Enzim Nomenclature 1992.
Berdasarkan konvensi tersebut, setiap enzim memiliki nomor
tersendiri dan nama formal yang berakhiran dengan –ase. Masing-
masing enzim ditulis dengan empat angka (nomor EC; EC= enzyme
comission) dalam suatu ”katalog enzim”. Keempat angka tersebut
berturut-turut adalah nomor kelas, subklas, sub-subklas dan nomor
enzim tersebut pada sub-subklasnya. Contoh : EC 1.1.1.27 yang
menunjukkan laktat dehidrogenase.
 Tata nama baku enzim berguna untuk mencegah makna ganda dari
suatu enzim yang ditulis dengan nama umumnya. Namun
kekurangannya adalah penamaan tersebut bersifat kurang praktis.
Pada tulisan-tulisan tentang biokimia, enzim seringkali dituliskan
dengan menggunakan nama umumnya. Penamaan ini berdasarkan
aktivitas enzim tersebut. Contoh : heksokinase, enzim ini memiliki
nama resmi ATP:D-hexose 6-fosfotransferase dengan nomor
klasifikasi 2.7.1.1. Di samping itu terdapat pula enzim-enzim yang
pada penamaannya tidak berakhiran –ase. Contoh: pepsin, tripsin,
kimotripsin, dan trombin.
 Kinetika Enzim
 Kinetika enzim adalah ilmu yang mempelajari sifat
kecepatan reaksi yang dikatalisis oleh enzim. Kecepatan
reaksi enzimatik sebagian diatur oleh konsentrasi enzim
dan konsentrasi substratnya.
 Kecepatan berlangsungnya suatu reaksi diukur
berdasarkan penurunan konsentrasi reaktan atau
peningkatan konsentrasi produk. Bila diproyeksikan ke
dalam grafik akan memberi bentuk grafik hiperbolik,
dimana kecepatan reaksi mula-mula meningkat lambat
laun tidak terdaji lagi peningkatan (konstan). (Gambar
13).
 Dasar persamaan Michaelis-Menten adalah pada reaksi yang dikatalisis oleh enzim,
enzim berikatan dengan substratnya membentuk kompleks enzim-substrat (ES), yang kemudian
dapat pecah menjadi enzim dan substrat atau menjadi enzim dan produk.
 k1 k2
 E+S ES E+P
 k-1 (1)
 Menurut dasar persamaan Michaelis-Menten, terjadi peningkatan Vi bila [S] dinaikkan, sebab
terjadi peningkatan jumlah ES yang terbentuk. Pada Vmaks, semua enzim terikat pada komples
ES. Dengan menggunakan dasar di atas, diturunkan persamaan sebagai berikut.
 Vmaks [S]
 Vi =
 [S] + (k-1 + k2)
 k1 (2)
 k1, k2, dan k-1 adalah konstante kecepatan reaksi parsial. Bila rasio konstante tersebut
ditetapkan sebagai konstante Michaelis (Km), yaitu :
 k-1 + k2
 Km =
 k1 (3)
 Selanjutnya persamaan di atas menjadi :
 Vmaks [S]
 Vi =
 [S] + Km (4)
 Nilai Km dapat diketahui dengan memecahkan persamaan Michaelis-Menten untuk beberapa
konsentrasi substrat. Sehingga pada [S] sama dengan Km, maka kecepatan awal (Vi) adalah
setengah dari V maks. Jadi dapat dikatakan, Km adalah konsentrasi substrat yang menyebabkan
kecepatan reaksi yang dikatalisis enzim sama dengan setengah dari kecepatan maksimal
(Gambar 15).
 Pada keadaan di mana Vmaks sukar ditentukan secara tepat
terhadap kecepatan dan konsentrasi substrat sehingga Km tidak
dapat ditentukan, yaitu pada keterbatasan kelarutan substrat, maka
persamaan Michaelis-Menten yang menunjukkan kurva hiperbolik
diubah menjadi persamaan garis lurus Lineweaver-Buck atau
double reciprocal.

1 Km 1 1
 = x +
 Vi Vmaks [S] Vmaks

 1/Vi Kemiringan = Km/Vmaks



 1/Vmaks

 -1/Km 1/[S]
 Gambar 16. Grafik kinetika enzim dalam bentuk kebalikan
berganda (double-reciprocal)
 Pada enzim alosterik, kinetika enzimnya
menunjukkan kurva sigmoid. Hal ini disebabkan
enzim tersebut sangat peka terhadap
peningkatan substrat yaitu aktivitas pada suatu
permukaan aktif meningkatkan kesempatan
aktivitas permukaan aktif lain pada enzim yang
sama sehingga terjadi peningkatan aktivitas
yang besar (kerja sama positif). Hal yang
berkebalikan dapat terjadi pada enzim yang
tidak peka terhadap konsentrasi substrat (kerja
sama negatif) dan kinetikanya menunjukkan
kurva hiperbola datar. (Gambar 16).
 Tempat aktif dan Spesifisitas Enzim
 Seperti yang telah disebutkan sebelumnya, untuk
mengkatalisis suatu reaksi, enzim berikatan dengan substrat dan
membentuk kompleks enzim-substrat. Reaksi ini berlangsung di
suatu daerah dinamik pada enzim yang berukuran relatif kecil yang
dinamakan tempat aktif enzim atau tempat katalitik (active site/
catalytic site). Tempat aktif memiliki bentuk geometrik yang unik
yang bersifat komplementer dengan bentuk geometrik molekul
sustrat, sama seperti potongan-potongan “puzzle” yang saling
bersesuaian. Hal ini berarti bahwa enzim khusus akan bereaksi
dengan hanya satu molekul substrat yang memiliki bentuk
geometrik yang bersesuaian.
 Kedekatan dan orientasi molekul substrat dalam tempat aktif ikut
berperan menentukan daya katalitik enzim. Pada beberapa enzim,
tempat aktifnya dapat mengandung kofaktor berupa senyawa
organik nonprotein atau logam yang ikut serta dalam reaksi.
Dengan menggunakan kristalografi sinar-x dapat diketahui bahwa
tempat aktif terletak di pecahan, celah, atau rongga dari molekul
enzim.
 Spesifisitas suatu reaksi enzimatik timbul akibat susnan tiga-
dimensi residu asam amino pada enzim yang membentuk tempat
pengikatan untuk substrat dan mengaktifkan substrat seama reaksi
berlangsung. Interaksi pengikatan antara enzim dan substrat dapat
dijelaskan dengan model ”kunci –anak kunci” (lock and key) yang
dipostulasikan oleh Emil Fischer pada tahun 1894 dan model ”suai-
bentur” (induced fit)” yang diajukan oleh Koshland, Nemethy, dan
Filmer pada tahun 1958.
 Model Kunci-Anak Kunci
 Model ini digambarkan enzim bersifat seperti kunci yang kaku
dan substrat adalah anak kunci yang memiliki ukuran dan bentuk
yang bersesuaian dengan kunci. Sehingga antara enzim dan
substrat terjadi saling komplementaritas yang memungkinkan
terjadinya reaksi. (Gambar 17).
 Model ini menunjukkan bahwa tempat pengikatan
substrat mengandung residu asam amino yang tersusun
membentuk permukaan tiga-dimensi komplementer yang
mengikat substrat melalui interaksi hidrofobik multiple,
interaksi elektrostatik, dan ikatan hidrogen.
 Model Suai-Bentur
 Model suai-bentur mengasumsikan bahwa substrat
berperan dalam menentukan bentuk akhir dari enzim
dan enzim merupakan molekul yang fleksibel (tidak kaku
seperti model kunci-anak kunci).
 Sewaktu substrat terikat, hampir semua enzim
pengalami perubahan konformasi yang menyebabkan
reposisi rantai samping asam amino di tempat aktif dan
meningkatkan jumlah interaksi pengikat. (Gambar 18).
 Fungsi perubahan konformasi yang diinduksi oleh pengikatan
substrat biasanya adalah untuk menyusun ulang residu asam amino
melalui cara-cara yang mendorong berlangsungya reaksi.
 Mekanisme Kerja Enzim
 Untuk memungkinkan terjadinya reaksi, substrat harus memiliki
energi yang memadai agar dapat mencapai keadaan transisi, yaitu
harus mampu mengatasi sawar energi yang dimiliki oleh ΔG‡. Dan
sebagian besar tenaga katalitik enzim tergantung pada
kemampuannya menurunkan sawar aktivasi yang memisahkan
substrat dari produk. Untuk melakukan ini, suatu enzim
membutuhkan lingkungan permukaan aktif yang mempermudah
keadaan transisi, atau menyediakan gugus katalitik yang
memungkinkan reaksi berlangsung melalui perantara.
 Banyak enzim bekerja sebagai katalisator asam-basa umum. Pada kasus
ini, katalisis dilakukan oleh gugus yang terletak pada permukaan aktif yang
memberikan serta menerima proton daru substrat. Enzim lain bekerja
dengan berikatan secara kovalen dengan substrat.
 Untuk memahami mekanisme kerja enzim, tripsin sebagai protease
yang mengkatalisis reaksi hidrolisis dari ikatan peptida, digunakan sebagai
model. Tripsin termasuk ke dalam golongan enzim yang dikenal sebagai
serin protease di samping kimotripsin dan elastese. Enzim-enzim tersebut
menggunakan residu serin reaktif yang terletak pada permukaan aktifnya.
 Hidrolisis ikatan peptida dimulai bila residu serin membentuk ikatan
dengan karbon karbonil ikatan peptida substrat. Ini mengakibatkan
pembentukan perantara transisi di mana atom karbon karbonil substrat
terikat pada 4 atom dan oksigen karbonil mempunyai valensi yang kurang
memuaskan dan bermuatan negatif. Dengan sendidinya, perantara transisi
seperti ini sukar dicapai. Akan tetapi, lingkungan permukaan aktif membuat
perantara ini lebih mudah terbentuk dengan menyediakan gugus yang dapat
berikatan dengan bagian yang bermuatan dari perantara transisi. Walaupun
perantara transisi sedikit distabilkan oleh permukaan aktif, ia tidak benar-
benar stabil dan akan pecah. Pemecahan perantara transisi ini
mengakibatkan pemecahan ikatan peptida. Bagian substrat yang berperan
dalam pembentukan gugus amino yang baru kemuan meninggalkan
permukaan aktif. Selanjutnya air akan masuk ke permukaan aktif dan
melalui perantara transisi lain yang serupa, bereaksi dengan karbon
karbonil dan melepaskannya dari permukaan aktif enzim. (Gambar 19).
 Faktor-faktor yang mempengaruhi
 aktivitas enzim
 Suhu
 Enzim menjadi inaktif oleh paparan suhu yang tinggi. Suhu yang dapat
menyebabkan inaktivasi enzim bervariasi antara satu enzim dengan enzim lainnya,
namun umumnya berkisar antara 50º-60ºC. Enzim yang terdapat pada
mikroorganisme yang bersifat termofilik dapat bertahan pada suhu 100ºC.
Sedangkan sebagian besar enzim manusia memiliki suhu optimum 37ºC.
Peningkatan suhu dari 0ºC menjadi 37ºC meningkatkan kecepatan reaksi karena
energi getaran substrat meningkat. Aktivasi maksimum untuk sebagian besar enzim
manusia berkisar dekat suhu 37ºC, pada suhu yang lebih tinggi menyebabkan
denaturasi enzim (yaitu hilangnya struktur sekunder dan struktur tersier).
 pH
 Kecepatan reaksi enzimatik meningkat seiring dengan pergeseran pH dari
tingkat yang sangat asam menunju rentang fisiologis dan menurun sewaktu bergerak
dari rentang fisiologis ke rentang yang sangat basa. Umumnya enzim manusia
bekerja pada suhu netral (pH 7). Namun ada pula enzim yang mampu bekerja pada
suhu yang sangat asam, yaitu pepsi, suatu protease pencernaan di dalam lambung.
Enzim ini mempunyai pH optimum 1,6.
 Inhibitor
 Terdapat senyawa yang dapat menghambat reaksi yang dikatalisis
oleh enzim. Penghambatan atau inhibisi tersebut dapat dibagi
menjadi dua macam, yaitu inhibisi yang reversibel dan inhibisi yang
ireversibel. Inhibisi yang reversibel sendiri dibagi menjabi inhibisi
kompetitif dan inhibisi nonkompetitif.
 Inhibisi enzim yang bersifat reversibel dalam interaksi molekul
inhibitor dengan enzim tidaklah sampai membentuk ikatan kmia
yang permanen. Penghambatan ini dapat lenyap jika senyawa
inhibitor tersingkir dari lingkungan enzim.
 Pada inhibisi kompetitif, inhibitor bersaing dengan substrat
untuk menempati tempat aktif enzim dan menempatinya, sehingga
enzim tidak dapat lagi bereaksi dengan substratnya yang spesifik.
Inhibitor ini biasanya analog struktural yang erat dari substrat yang
disainginya. (Gambar 20).