Anda di halaman 1dari 14

Metode Menstabilkan RNA dalam Metode Penyimpanan

Dalam semua sel makhluk hidup, makromolekul RNA berperan sebagai mediator
informasi antara DNA di mana informasi genetik disimpan dan protein-protein yang secara
langsung mengekspresi informasi. Lalu RNA dilibatkan sebagai pembawa informasi genetik
bersama sel. Transkripsi DNA berakhir dalam produksi tiga kelas dari RNA:rRNA, tRNA,
dan mRNA.RNA secara kimiawi sama dengan DNA yang terdiri atas nucleotides (Fig. 6-12).
RNA adalah sebuah helaian ribonucleotides dihubungkan oleh ikatan 3-5 phosphodiester
dengan 3-OH akhir bebas dan 5-P akhir bebas. Ribose, daripada deoxyribose, muncul dalam
nucleotides RNA. Grup ekstra hydroxyl yang muncul dalam ribose dibandingkan ke
deoxyribose membuat RNA sebuah struktur kurang stabil daripada DNA. RNA, seperti DNA,
mengandung adenine, guanine, dan cytosine, tapi RNA mengandung pyrimidine uracil (U),
dan uridine nucleotides (urydite) daripada thymine. Tambahan lagi, RNA aktif terutama
sebagai helaian tunggal, berlawanan ke helix ganda di DNA. Bagaimanapun, banyaknya
rantai RNA bisa direkat kembali ke jaringan mereka sendiri dan membentuk pasangan
landasan ikatan-hidrogen G-C sama dengan yang terdapat di DNA, sama halnya dengan
pasangan landasaqn ikatan hidrogen antara A dan U. Molekul-molekul RNA mengandung
area helaian tunggal dan area helaian-helaian ganda dengan struktur yang disebut hairpin
loops yang diciptakan oleh topologi tiga-dimensi mereka .
Messenger RNA (mRNA)
mRNA mengandung kode yang ditranskripsikan dari informasi genetik DNA dan
kemudian digunakan untuk mengkhususkan rentetan asam amino dalam sintesis protein (Fig.
6-24). Di dalam sel-sel bakterial dan archaeal biasanya terdapat satu penandaan rentetan
DNA untuk mRNA tertentu. Dalam sel-sel eukaryotik terdapat banyak salinan gen-gen untuk
molekul mRNA yang sama. Dalam bakterial, sel-sel archaeal dan eukaryotik, terdapat
kemungkinan untuk bisa memiliki banyak salinan dari makromolekul mRNA tertentu,
membiarkan lokasi-lokasi protein multipel sintesis untuk produk yang sama.Dalam bakteria
dan archaea, molekul mRNA ditranskripsikan secara langsung dari rentetan DNA. RNA
membawa informasi ditandai untuk protein-protein ke ribosomes di mana ini diterjemahkan
secara langsung. Seringkali, bakteri dan archaeal mRNA merupakan poly cistronic,
mengandung informasi untuk beberapa protein, biasanya dengan fungsi yang berkaitan.
Kemungkinan terdapat area luas yang tidak diterjemahkan antara area DNA untuk proteinprotein yang berbeda ini. mRNA yang dibentuk dalam sel-sel eukaryotik merupakan
monocistronic (mengandung penerjemahan untuk satu rentetan polypeptide), dan proses
penerjemahan dipisahkan secara temporal.
Panjang umur bakteri dan eukaryotik mRNA berbeda secara drastis. Dalam sel-sel
bakteri kebanyakan molekul-molekul mRNA bertahan hanya dalam beberapa menit. Dalam
sel-sel eukaryotik kebanyakan molekul mRNA bisa berfungsi sekitar beberapa jam atau satu
hari. Periode yang panjang dari aktifitas sebuah molekul mRNA dalam sel eukaryotik
memberikan tingkat kestabilan relatif ke pemenuhan protein dibandingkan ke perubahan

situasi dalam sebuah sel bakterial di mana molekul-molekul mRNA didegradasi dengan
cepat. Selmbakterial, sebagai hasilnya, bisa mempengaruhi dengan cepat metabolisme dalam
merespon kondisi lingkungan yang berubah, sebagaimana dengan mikroorganisme
eukaryotik diadaptasi dengan lebih baik pada untuk metabolisme berkelanjutan dalam
lingkungan yang stabil.

Transfer RNA (tRNA)


tRNA merupakan rentetan mRNA atau menerjemahkannya menjadi rentetan asam
amino yang benar. Dia membawa asam amino khusus ke ribosome di mana sintesis protein
muncul. Pemindahan molekul-molekul mRNA relatif pendek, mengandung sekitar 70 hingga
80 ribonucleotides. Meskipun molekul-molekul RNA berhelaian-tunggal, mereka bisa
memeluk kembali dari mereka sendiri, menetapkan area helaian ganda. Molekul-molekul
tRNA memiliki area helaian-ganda ekstensif yang uncul dari perekatan ranati RNA utama.
Molekul-molekul ini direkat ke dalam struktur tiga-dimensi yang mirip atau menyerupai daun
cengkeh tiga lembar (Fig. 6-25). Setiap empat daun telinga dari tRNA memiliki karakteristik
rentetan nukelotides dan fungsi-fungsinya. Keempat bagian dari molekul RNA memeluk
kembali diri mereka sendiri oleh G C dan A U pemasangan landasan untuk membentuk
area helaian ganda stabil disebut stems. Di luar dari tiga atau empat stems merupakan
hairpin loops. Struktur stem-loop ini kemudian dilipat secara tiga-dimensi untuk
membentuk struktur berbentuk - .
Asam nucleic dalam molekul-molekul tRNA domodifikasi secara enzimatik setelah
molekul RNA telah disintesiskan. Nucleotides khusus di-methylasi-kan, di-hydroginasi-kan,
atau diatur untuk membentuk nukleotides jarang seperti pseudorine (), thymidine (T), dan
dihydroudirine (DHU), yang tidak ditemukan dalam berbagai tipe RNA lainnya. Archaeal
tRNAs secara sistematis kekurangan ribothymidine dan 7-methylguosinine, yang
dimodifikasi ribonucleotides ditemukan dalam bakterial tRNAs dan sel-sel
eukaryotik.Perubahan-perubahan dalam rentetan tRNA lebih bersifat konstan untuk semua
molekul-molekul tRNA. Mereka mengandung ikatan D, ikatan TC, dan sebuah ikatan
anticodon. Stem yang keempat dari struktur cloverleaf (daun cengkeh) adalah stem asam
amino, yang mana asam amino khusus dibawa dan dipasangkan ke ribosome selama sintesis
protein. Ikatan anticidon mengandung tiga pendamping nucleotides, anticodon, yang bisa
membentuk pasangan landasan tambahan dengan tiga nucleotides dalam mRNA codon.
Ribosomal RNA (rRNA) dan Ribosomal Protein-Protein
Molekul rRNA mencakup komponen utama ribosomes; ribosomes yang tersisa terbagi
atas protein-protein ribosomal. Daun telinga dari rRNA diasosiasikan dengan fungsi spesifik,
seperti lokasi amino acyl di mana asam amino baru disejajarkan untuk penyatuan beberapa
peptide, lokasi peptidyl di mana peptide yang sedang tumbuh ditempelkan ke ribosome, dan
lokasi pengikatan mRNA di mana informasi mengkhususkan perintah asam amino dalam
peptide dibawa. Struktur tiga-dimensional ribosome penting untuk peran fungsionalnya
dalam sintesis protein. rRNA lebih penting dalam pengaturan struktural protein-protein

ribosome. RNA lebih banyak memiliki peran struktural dalam ribosome. Hal ini juga penting
dalam menempatkan tRNAs d\alam ribosome dan telah ditunjukkan untuk mengandung
peptidyl
transferase
yang
terlibat
dalam
formasi
ikatan
peptide.
rRNA merupakan molekul berstruktur tinggi yang melipat ke daun telinga distinct
(mencolok). Sebagai contoh, terdapat empat bidang 16S rRNA yang ditemukan dalam sel-sel
bakterial dan archaeal (Fig. 6-26). Beberapa nucleotides dari rRNA di-methyl-kan. Sebagai
contoh, terdapat sekitar 10 grup methyl dalam E.coli rRNA ditempatkan berdekatan dengan
akhir
3-OH
dari
molekul.
Ribosomes dan molekul-molekul mRNA bakterial, archaeal, dan sel-sel eukaryotik berbeda .
Dalam sel eukaryotik, subunit kecil 40 S mengandung satu 18 S (1.900 nucleotides) rRNA
dan subunit besar 60 S mengandung masing-masingnya 28 S (4.800 nucleotides), 5,8 S (160
nucleotides), dan 5 S (120 nucleotides) rRNA molekul. Dalam sel-sel bakteri dan archaeal,
subunit ribosomal kecil 30 S mengandung satu molekul 16 S rRNA, yang terdiri atas sekitar
1.540 nucleotides, dan subunit rhibosomal besar 50 S terdiri atas 23 S mokelul rRNA (2.900
nucleotides)
dan
satu
5
S
rRNA
(120
nucleotides).
Berbagai protein-protein rhibosomal diasosiasikan juga dengan rRNA. Rhibosome E.coli
mengandung tiga molekul RNA dan 52 protein. Rhibosomes mamalia mengandung empat
molekul RNA dan 82 protein. Protein-protein ini diasosiasikan dengan lokasi khusus rRNA.
Protein yang diasosiasikan dengan subunit ribosomal terkecil (30 S dalam sel bakterial dan
archaeal dan 40 S dalam sel eukaryotik), disebut protein 5. Protein-protein yang diasosiasikan
dengan subunit ribosomal terbesar (50 S dalam sel bakterial dan arcaeal dan 60 S dalam selsel arcaheal), disebut protein . Beberapa protein ribosomal tertentu dalam sel-sel archaeal
lebih berdekatan menyerupai protein ribosomal sel-sel eukaryotik daripada yang dilakukan
sel-sel bakterial.
Dalam sel bakterial, subunit ribosomal 30 S mengandung 32 % hingga 33 % protein
dan 50 S ribosomal subunit mengandung 40 % hingga 42 %. Protein yang mirip secara
virtual, bagian dalamnya (isi) telah ditemukan dalam semua bakteria yang diuji.Di dalam selsel archaeal, ribosomes jatuh menjadi dua kelas-kelas dengan isi protein. Ribosomes dari cre
narchaeota, yang termasuk archaea yang hidup dalam temperatur tinggi, memiliki ribosomes
paling berat daripada yang ditemukan dalam sel-sel bakteri. Tibosomes dari crenarchaeota
memiliki subunit terasosiasi mingguan. Penggunaan dari ribosomes ini di dalam sintesis
protein bergantung kepada konsentrasi tingkat tinggi dari spremine asam amino dan dihalangi
ino-ion
NH4+.
Bertentangan dengan hal di atas, ribosomes dari euryarchaota, yang termasuk beberapa
archaea yang hidup dalam temperatur tingkat tinggi dan beberapa yang hidup dalam
temperatur tingkat tinggi dan beberapa yang hidup dalam lingkungan dengan konsentrsi
garam yang tinggi, memiliki isi protein seperti yang dimiliki crenarchaeta. Sedangkan yang
lainnya memiliki isi-isi protein seperti yang dimiliki oleh sel-sel bakterial. Ribosomes dari
euryarchota memiliki subunit protein tidak bergantung dari soermine dan secara kuat
bergantung dengan ino-ino NH4+.

SINTESIS TRANSKRIPSI RNA


Sintesis RNA muncul selama transcription. Proses ini melibatkan molekul DNA
helix ganda yang belum terikat untuk rentetan pendek dari landasan nucleotide, jalinan dari
ribonucleotides dengan pemasangan landasan berlawanan terhadap nucleotides dari helaian
DNA yang sedang di-transkrib-kan, dan terjalin ke nucleotides tersebut dengan ikatan-ikatan
phosphodiester dengan RNA polymerase DAN-mandiri. Proses berlangsung pada sebuah
lokasi di mana ikatan RNA dan memproses melalui 3-OH akhir sampai pangkalana muncul
(Fig. 6-28). Pengikatan RNA polymerases bisa menghubungkan nucleotides hanya ke 3-OH
akhir bebas dari polymer. Lalu sintesis RNA yang disintesiskan dalam transkripsi bersifat
antiparalel
ke
helaian
DNA
yang
berfungsi
sebagai
template.
RNA POLYMERASES
Enzim-enzim yang mensintesis RNA dari ribonucletides merupakan DNA-mandiri
RNA polymerases. Enzim-enzim ini bisa membentuk ikatan phosphodiester antara dua
ribonucleotides hanya sepanjang terjalin berlawanan ke nucleotides template DNA tambahan.
Berbeda dengan replikasi DNA, sintesis RNA tidak membutuhkan senuah bagian utama.
Bakteria memiliki satu tipe dasar RMA polymerase yang mensintesis semua (tiga kelas) dari
molekul-molekul DNA. Dalam E.coli, hanya ada satu bentuk, meskupun bakteria lainnya
mungkin memiliki beberapa jenis dari tipe dasar RNA polymerase. Dalam E.coli, RNA
polymerase pada dasarnya sebuah kompleks dari empat subunit protein yang membentuk
enzim inti (Fig. 6-29). Subunit ini dilabelkan dengan , , dan . Terdapat dua salinan dari
subunit dalam enzim inti dan setiap satu salinan dari subunit dan . Sebagai tambahan
pada protein ini terdapat faktor sigma (), yang terlibat dalam inisiasi sintesis RNA, dan
sebuah omega (), yang berfungsi dalam transkripsi yang tidak jelas pada waktu yang sama.
Bakterial RNA polymerases dicangkokkan dengan rifampicin dan streptolydgin, yang
mengikat ke subunit dan menjaga RNA polymerases dari proses inisiasi sintesis RNA.
Archaea memiliki RNA polymerases yang unik. Hal ini mengandung 8 sampai 12
polypeptides tapi berbeda dalam hal ukuran dan sejumlah salinan setiap subunit dalam inti
enzim, dalam archaea yang berbeda. Semua archaea RNA polymerases yang diuji sejauh ini
terlihat begitu sensitif ke antibiotik rifampicin dan streptolydgin. Archaeal RNA polymerases
menunjukkan persamaan yang lebih tinggi ke aukaryotik RNA polymerases daripada
bakterial RNA polymerases. Setiap spesies archaeal hanya memiliki satu tipe RNA
polymerase, tapi archaea yang berbeda memiliki RNA polymerase yang sama dengan semua
tiga tipe RNA polymerases yang ditemukan dalam sel-sel eukaryotik berdasarkan atas
rentetan nucleotide dari gen-gen mereka.
Terdapat kumpulan khas dari gen-gen yang ditandai untuk RNA polymerases dalam
sel-sel archaeal yang berbeda dari sel-sel bakterial dan eukaryotik (Fig. 6-30). Ada beberapa
pengelompokan gen-gen yang mengandung satu kumpulan gen kecil, rpoH, diikuti oleh gen
gen dari komponen besar rpoB1 dan rpoB2 yang ditandai untuk subunit B-B diikuti oleh

rpoA1 dan rpoA2 yang ditandai untuk subunit A dan A. Arcaheal RNA polymerases
(subunit B) lebih sensitif terhadap rifampicin dan streptolydgin.
Sel-sel eukaryotik memiliki tiga enzim-enzim RNA polymerase yang mencolok, dan
bertanggungjawab untuk sintesis tiga kelas berbeda dari RNA. Enzim-enzim ini cukup
kompleks dan disusun atas 9 12 subunit atau lebih. RNA polymerase I mensintesis rRNA,
RNA polymerase II memiliki tingkat kesensitifan tinggi terhadap kimia yang diproduksi oleh
beberapa jamur. Semua eukaryotik RNA polymerases sensitif terhadap rifampicin dan
sytreptolydgin (antibiotik yang menghalangi bakterial RNA polymerase).
Inisiasi Transkripsi
Proses pengiriman informasi dari DNA ke RNA memiliki transkripsi dimulai dari
lokasi yang tepat. Ada beberapa lokasi inisiasi untuk transkripsi sepanjang molekul DNA
dalam bakterial, archaeal, dan sel-sel eukaryotik. Lokasi inisiasi berbeda diperlukan untuk
memulai sintesis dari kelas yang berbeda dari RNA dan sintesis RNA untuk rentetan
polypeptide yang berbeda. Ada juga beberapa lokasi khusus untuk pemberhentian transkripsi
khusus mulai dari berhenti (tanda), hal ini mungkin untuk menempatkan area yang disebut
open reading frame, ini sesuai untuk gen.

Promoter-promoter (Pendukung)
Tanda apa dalam molekul DNA untuk memulai membaca gen khusus? DNA
mengandung rentetan khusus nucleotide, dikenal sebagai pomoter regions, yang berperan
sebagai penanda untuk inisiasi transkripsi. Area pendukung DNA adalah lokasi di mana RNA
polymerase mengikat untuk traskripsi. Keaktifan promoter region mengkhususkan:[1] lokasi
inisiasi
transkripsi,
dan
[2] di mana dari dua helaian DNA bakteria berfungsi sebagai helaian perasa untuk transkripsi
di area tersebut.Kawasan promoter dalam DNA bakteria yang telah diujikan terdiri atas kirakira 40 nucleotides dan mengandung tujuh rentetan nucleotide, dikenal sebagai Pribnow
sequence (rentetan Pribnow), yang muncul menjadi bagian kunci dari tanda pengenalan (Fig.
6-31). Rentetan Pribnow memunculkan sekitar 5 atau 8 landasan nucleotide (dalam arah 5-P)
dari permulaan aktual transkripsi. Tujuan akhir upstream mengindikasikan bahwa ini ditranskrib-kan karena nucleotide bagian bawah. Semenjak rentetan Pribnow memiliki tujuh
nucleotides, menabrak posisi ke-10, yaitu lokasi 10 nucleotide dari gen yang di-transkribkan.Rentetan Probnow mengandung rentetan nucleotides yang sama atau hampir sama
dengan TATAAT untuk berbagai pendukung bakterial yang telah diujikan. Tipe ini disebut
concensus sequence (rentetan konsensus). Rentetan konsensus Pribnow mulai dari posis ke
10 dalam DNA. Rentetan konsensus ke dua, TTGACA, ditempatkan pada pendukung posis
ke 35.
Rentetan konsensus konservasi tinggi (identik secara virtual) untuk inisiasi transkripsi
telah ditemukan dalam semua sel-sel eukaryotik. Transcription factors (TFs) mengikat ke
DNA pada lokasi promoter khusus secara independent dari RNA polymerases. RNA

polymerases II membutuhkan empat faktor transkripsi: TFIIA, TFIIB, TFIID, dan TFIIE.
Transkripsi RNA polymerase II menjadi pendukung dalam sel-sel eukaryotik, yang
membutuhkan pengikatan TFIID, juga disebut faktor TATA. Faktor TATA adalah faktor
transkripsi protein yang mengikat ke rentetan DNA kaya akan A-T disebut
5
A

TATA
---

box
TATA

(kotak
)

TATA)
(

=
)

Rentetan konsensus terkonversi ini dipusatkan sekitar -25 nucleotides dari nucleotide
permulann dan analogous ke rentetan konsensus -10 dalam sel-sel bakterial. Dalam sel-sel
eukaryotik, faktor transkripsi IIB (IFIIB) memainkan peran lebih awal dalam inisiasi
transkripsi oleh RNA polymerase II (PolII). Faktor transkripsi pertama IID (TFIID) mengikat
kotak TATA merupakan lokasi pengenalan penting untuk inisiasi transkripsi yang berujung
kepada
sintesis
protein
dari
sel-sel
eukaryotik.
Ada perbedaan mencolok dalam rentetan konsensus bakterial melawan sel-sel archaeal dan
eukaryotik. Archaeal DNA polymerases mengenali lokasi inisiasi (pendukung) yang sama
dengan sel-sel eukaryotik. Transkripsi penentu dasar utama inisiasi oleh archaeal
methanogens adalah
5
A
Faktor

---

TTTA

Sigma

ATA

Bakterial

Pendekatan inisial bakterial enzim inti RNA polymerase (2 ) ke area pendukung


bergantung kepada kehadiran faktor sigma () Fig. 6-29. Tanpa subunit sigma, RNA
polymerase gagal untuk membentuk kekhususan penting dalam pengenalan lokasi inisiasi
untuk transkripsi. Faktor Sigma kemudian meyakinkan bahwa sintesis RNA mulai di lokasi
yang tepat.
Pemanjangan Selama Transkripsi
RNA polymerase sempurna (inti + unit sigma) yaitu holoenzime. RNA polymerase
holoenzyme pertama mengikat ke DNA promoter pada rentetan konsensus -35, membentuk
closed complex. RNA polymerase holoenzyme kemudian memisahkan ikatannya ke
rentetan Pribnow 10. Selanjutnya, DNA helix dilepaskan untuk membentuk area helaiantunggal dan sebuah open complex. RNA polymerase holoenzyme memulai transkripsi.
Nucleotide pertama ditambahkan biasanya purine (adenosine atau guanosine). Setelah
formasi sekitar 10 ikatan phosphodiester antara ribonucleoses, subunit sigma dilepaskan dari
RNA polymerase dan sisi dari molekul RNA disintesiskan atau dipanjangkan oleh inti RNA
polymerase. Subunit sigma kemudian bebas untuk bergabung dengan molekul RNA
polymerase lainnya, melengkapi molekul tersebut dan menetapkan tingkat kekhususan yang
penting
untuk
pengikatan
lokasi
inisiasi
transkripsional
yang
baru.

Bakteria biasanya memiliki faktor-faktor multipel; masing-masingnya bertanggungjawab


atas pengenalan rentetan inisiasi promoter tertentu. Faktor utama dalam E.coli adalah 70,
dengan 54, 32, dan 20, normalnya menampilkan konsentrasi tingkat rendah. Superscript
diasosiasikan dengan masing-masing faktor mewakili berat molekul dari protein x 10 -3. Di
bawah perubahan tertentu dalam kondisi lingkungan, 54 atau 32 meningkat dalam
kensentrasinya dan melangsungkan RNA polymerase untuk mengikat diri pada rentetan
konsensus promoter lainnya. (TTGCA untuk 54 dan CCCCAT untuk 32), yang berbeda
dari rentetan Pribnow dikenali dengan 70. Sebagai hasil dari mekanisme kontrol ini, regulasi
dari konsentrasi dari faktor-faktor yang berbeda dalam sel membawa ke transkripsi khusus
dari
gen-gen
tertentu
dan
bukan
yang
lainnya.
Kekuatan pendukung --------- Interaksi RNA polymerase dengan Promoters.
Ketiga kawasan penting promoters yang berdampak pada bagaimana berfungsi dan
efisiensi dari transkripsi adalah kawasan konsensus -35, rententan konsensus Pribnow -10,
dan lokasi inisiasi. Rentetan konsesus -35 merupakan lokasi pengenalan inisial antara RNA
polymerase dan DNA, dan rentetan konsensus Pribnow -10 merupakan pusat dari kawasan
DNA yang tidak diikat. Rentetan nucleotide secara langsung melingkupi poin permulaan.
Inisiasi transkripsi mungkin juga mempengaruhi inisiasi dan betapa cepatnya RNA
polymerase meninggalkan lokasi promoter. Semua fitur-fitur ini memiliki sebuah pengaruh
kepada tingkat efisiensi RNA polymerase untuk transkripsi. Promoters dengan rentetan
nucleotide melalui RNBA polymerase ditujukan sebagai promoter kuat. Promoters dengan
rentetan nucleotide yang membantu transkripsi yang kurang efisien melalui RNA polymerase
merupakan promoters lemah.
Penambahan dari rentetan nucleotide pada tiga kawasan penting juga dipengaruhi oleh
kemampuan memisahkan helaian-helaian DNA. Pemisahan helaian secara langsung
dipengaruhi oleh komposisi nucleotide (kawasan AT-rich lebih mudah dipisahkan daripada
kawasan GC-rich) dan dengan tingkatan supercoiling adri helix ganda. Bakterial, archaeal
dan eukaryotik RNA polymereases bisa menginisiasi transkripsi lebih mudah pada
kebanyakan promoters ketika DNA di-seupercoilkan daripada dibebaskan. Pertentangan
dengan aktifitas topoisomerases, yang secara tidak langsung memperngaruhi transkripsi.
Penyesuaian DNA juga memeprngaruhi kekuatan promoter. Dalam sel-sel bakteri, RNA
polymerase mengikat DNA berakhir dalam pelurusan DNA, perubahan kekuatan dari
promoter. Pembelokan DNA merupakan peran penting dalam ekspresi gen karena ini
mempengaruhi interaksi DNA dengan faktor sigma DNA polumerases yang menetapkan
kekuatan promoter.
Pemanjangan Selama Transkripsi Sekali DNA polymerases telah menetapkan inisiasi
transkripsi yang berhasil (pembentukan sebuah open complex, dan polymerisasi 9 10
nucleotides) eenzim melepaskan fator sigmanya. Hal ini meninggalkan ternary complex dari
RNA polymerase-DNA-terbaru mensintesis helaian RNA. RNA polymerase kemudian
bergerak sepanjang template DNA dan memperpanjang helaian RNA yang sedang tumbuh.
Ribonucleotides baru ditambahkan pada tingkatan 40 nucleotides setiap detik pada

temperatur 37 C yang lebih lambat dari replikasi DNA (1.000 deoxyribonucleotides per
detik).
Tingkat kecepatan polymerisasi RNA selama transkripsi mungkin tidak akan berjalan
lancar, penambahan berkelanjutan atas ribonucleotides. Di dalam operons yang
mengandung sebuah area attenuator, terdapat lokasi khusus sepanjang DNA yang
menyebabkan RNA polymerase berhenti atau diam sejenak sampai kondisi-kondisi tertentu
dipertemukan. Jika kondisi terpenuhi, RNA polymerase bisa memproses dengan
pemanjangan. Jika kondisi tidak terpenuhi, RNA polymerase menghentikan
transkripsi.Terminasi transkripsi (Titik Akhir Transkripsi)
Ada beberapa lokasi terminasi khusus yang berperan sebagai sebuah sinyal untuk
menghentikan transkripsi. Dalam bakteria, lokasi transkripsi ini mungkin berujung dalam
rentetan RNA yang telah ditranskripsikan atau dalam template DNA. Terminasi tanskripsi
bakterial berada pada dua tipe:
[1] simel atau rho () - independent terminasi, yang tidak membutuhkan berbagai
faktor tambahan, dan
[2] rho () - dependent terminasi, yang memerlukan protein tambahan, faktor rho ()
Terminasi mandiri rho meliobatkan rentetan terminasi dengan sebuah
limpahanlandasan GC dalam transkriip DNA, diikuti oleh serentetan beberapa sisa uridine
(U) Fig. 6-32. Area yang kaya dengan GC membentuk pola simetris yang memperkuat
RNA yang tersintesis untuk melipat kembali diri sendiri, membentuk sebuah stem (tangkai)
dan loop (gulungan). Rentetan ini menyebabkan RNA polymerase berhenti sementara selama
60 detik dan titik akhir sintesis RNA. Sinyal terminasi aktual mungkin bersisa dalam rentetan
uracils, selama modifikasi (pemendekan) rentetan ini menjaga terminasi dari kemunculan.
Dalam terminasi - dependent, terminasi transkripsi membutuhkan kehadiran protein
rho () tambahan. Terminasi -dependent ini tidak membutuhkan kehadiran uridines atau area
GC-rich untuk mempengaruhi terminasi. Tidak ada rentetan konsensus umum yang
menjelaskan sinyal terminasi -dependent. Hal ini dipercayai bahwa protein mengikat
perkembangan helaian RNA dan bergerak sepanjangnya melalui RNA polymerase dalam arah
5-P 3-OH ketika RNA polymerase berhenti sementara pada rentetan terminasi, protein
menangkapnya dan menyebabkan pelepasan -dependent bukan merupakan mekanisme
umum transkripsi dalam sel-sel bakterial.
MODIFIKASI POST-TRANSKRIPSIONAL RNA
RNA dibentuk melalui transkripsi, bisa dimodifikasi secara berentetan untuk
memproduksi berbagai molekul RNA. Modifikasi post-transkripsional dari rRNA dan tRNA
muncul dalam bakterial, sel-sel archaeal dan eukaryotic. Dalam sel-sel eukaryotic mRNA
dimodifikasi dengan ekstensif. Bagaimanapun, mRNA dalam sel-sel archaeal dan bakterial
tidak dimodifikasi dalam jarak dekat ke rentangan bahwa mereka berada dalam sel-sel
eukaryotik dan seringkali dimodifikasi seluruhnya setelah transkripsi. Kenyataannya berbagai
mRNA bakterial dan archaeal sampai ke ribosomes dan kemudian diterjemahkan bahkan jauh

sebelum transkripsi dilengkapi.Modifikasi post-transkripsional RNA mungkin berakhir dalam


pemindahan beberapa rentetan nucleotides, penambahan atas beberapa nucleotides atau
modifikasi nucelotides tertentu disebut introns dan menggabungkan secara bersama dari
pemindahan rentetan disebut exons.
Pengikatan RNA melibatkan perusakan jalinan phospshodiester pada perbatasan exonintron (penggabungan hubungan-splicing junctions) dan membentuk ikatan baru antara
bagian akhir dari exon-exon. Dalam perilaku ini intron-intron dipindahkan (dipotong) dan
exon-exon digabungkan secara bersama. Pemotongan intron bisa menjadi bagian dari RNA
itu sendiri, yaitu, oleh autocatlysis, di mana RNA mungkin berperan sebagai ribozyme
(molekul RNA katalis) untuk memindahkan intron-intron. Pengenalan penggabungan
junctions (persimpangan) mungkin terjadi karena konformasi khusus RNA. Beberapa tipe
intron-mekanisme pemindahannya telah diidentifikasi (Tabel 6-6). Grup I intron tidak
menghubungkan rentetan nucleotide pada penggabungan junctions tapi memiliki rentetan
nucleotide internal yang dilestarikan. Grup I intron mengalami proses penempelan diri sendiri
di mana RNA mengkatalis ikatan phosphodiester. Pengikatan diri sendiri pada gen
bergantung dari kehadiran rentetan konsensus pendek yang mungkin ditempatkan pada jarak
yang tepat dari penggabungan. Struktur gulungan kedua yang mencolok berkembang karena
pemasangan landasan antara rentetan konsensus nukleotides dan gulungan dibelah dari RNA.
Semia grup I netrons memiliki rentetan konsensus pendek yang menurunkan struktur ke dua
dalam intron karena pemasangan landasan. Oleh karena aktifitas pemasangan landasan
merupakan bagian intrinsik dari molekul RNA yang dipotong, aktifitas tersebut kemudian
disebut autosplicing atau penggabungan-sendiri.
Grup II intron memiliki rentetan konsensus pada penggabungan yang terdiri dari GT
di bagian akhir pada dan A ( C ) untuk bagian lainnya. Pemotongan grup II
T intron muncul pada struktur lariat (gulungan sirkular dengan ekstensi linear). Grup II
introns bisa dipindahkan melalui reaksi pengikatan sendiri. Intron-intron dipindahkan dari
heterogenous nuclear RNAs (hnRNAs) dalam nuclei sel eukaryotik melalui sistem yang
lebih dielaborasi yang mengenali rentetan konsensus pendek pada penghubung dan dalam
intron-intron. Proses post-transkripsional hnRNAs memindahkan intron-intron dari spesiesspesies bersamaan dengan exon-exon . Bagian dari proses hnRNA melibatkan pemotongan
intron-intron untuk membentuk molekul mRNA dewasa, yang kemudian bisa diterjemahkan
oleh ribosomes. Persimpangan exon-intron memiliki rentetan GU-rich pada bagian akhir 3OH nya. Proses ini mempermudah pengenalan dari perbatasan-perbatasan antara exon-exon
dan intron-intron sehingga area-area yang sesuai dipindahkan dan pemasangan utama
muncul.Pengaturan kembali molekul-molekul RNA dijelaskan (diolah) dari DNA untuk
membentuk molekul mRNA dewasa melibatkan pemotongan dan pemasangan bersama
bagian-bagian RNA untuk membentuk mRNA fungsional. Penggabungan hnRNA (pramRNA) melibatkan kumpulan nuklir kecil RNAs (snRNAs) dan partikel-partikel proteinribenucleo nuklir kecil (snRNPs). snRNPs (SNURPS) dibentuk dari snRNPs terlibat dalam
pembentukan mRNA terikat disebut splicesome. snRNPs mengenali lokasi di mana
pengikatan seharunya muncul, dengan beberapa snRNPs mengenali ujung 5-P dan yang

lainnya mengenali ujung 3-OH. Dalam beberapa kasus perekatan dikataliskan oleh
ribosomes. Aktifitas aktifitas splicesome muncul hanya dalam nuclei sel-sel eukaryotic.
rRNA
Dalam bakterial, sel-sel archaeal dan eukaryotic, molekul-molekul RNA
ditransipsikan dari DNA lebih besar daripada molekul molekul rRNA, ditemukan dalam
ribosomes (Fig. 6-35). Prekursor molekul-molekul rRNA kemudian harus diproses untuk
membentuk molekul-molekul rRNA. Ribosomes sel-sel archaeal dan bakterial mengandung 5
S, 16 S, dan Rna 23 S, tapi transkrip inisial dari DNA adalah sebesar molekul 30 S yang
diikat oleh enzim-enzim nuclease untuk membentuk molekul-molekuk RNA ukiran berbeda
tersebut. Lima intron-intron pra-23 S rRNA telah ditemukan dalam hyperthermophillic
archaea. Intron-intron ini mengandung struktur inti yang terdiri atas struktur gulungancabang, stabil dan panjang. Persimpangan exon-intron dikenali melalui pemecahan enzim dan
sebuah inti pasangan. Setelah pemotongan dari transkrip rRNA, intron-intron mensirikulasi
dan dengan stabil dipertahankan dalam sel.
Prekursor besar terpisah seringkali digunakan untuk produksi molekul-molekul 5 S
rRNA. Dalam sel-sel eukaryotik molekul RNA prekursor besar dengan bersamaan dibelah
untuk membentuk molekul-molekul 28 S, 18 S, dan 5,8 S rRNA yang membuat porsi-porsi
RNA untuk bagian ribosomesnya. Pemotongan molekul-molekul rRNA juga memindahkan
kawasan atau area leader, trailer, dan spacer yang dimunculkan dalam traskrip RNA asli tapi
tidak termasuk ke dalam molekul-molekul rRNA yang disusun melalui ribosomes. Kawasan
spacer yang dipindahkan memiliki spesies dengan pola-pola khusus. Analisa dari kawasan ini
dalam gen untuk penandaan rRNA bisa digunakan untuk mendiagnosa kehadiran spesies
khusus.
tRNA
Molekul-molekul tRNA disintesiskan secara sama sebagai prekursor berat molekuler tinggi
yang kemudian diproses untuk memproduksi molekul-molekul tRNA dewasa. Intron-intron
muncul dalam tRNAs dar archaeal dan sel-sel eukaryotic tidak muncul dalam tRNAs dari
kebanyakan bakteria tapi mereka telah ditemukan dalam beberapa spesies
cyanobakterial.Semua molekul-molekul tRNA memiliki 3-OH terminus dengan rentetan
nucleotide CCA yang munkin ditandai dalam rentetan nucleotide utama atau ditambahkan
secara enzimatis sebagai tudung setelah transkripsi dari template DNA. Dengan pengecualian
terhadap methanogens, gen-gen archaeal tRNA tidak memberi kode ujung CCA-terminal,
membuat mereka seperti sel-sel eukaryotik yang bersamaan menambah CCA sebagai
modifikasi post-transkripsional terhadap tRNA. Gen-gen untuk berbagai archaeal tRNAs
memiliki intron-intron dalam jarak dekat dari sisi 3 dari anticodon. Hal ini kemudian
membuat hal yang sama ke gen-gen tRNAs atas sel-sel eukaryotik, yang juga memiliki
intron-intron
yang
sama.
Dalam molekul tRNA, beberapa nucleotides dimodofikasi untuk membentuk landasanlandasan nucleotides khusus (tidak seperti biasa) melalui modifikasi post-transkripsional dari

RNA nucleotides normal melalui enzim-enzim khusus. Beberapa landasan nucleotides khusus
yang ditemukan dalam tRNA merupakan pseudourine, dihydrouridine, ribothymine, dan
iosine. Fungsi-fungsi khusus dari landasan-landasa jarang tidak telalu diperhatikan (meskipun
beberapa nucleotides dimodifikasi dalam gulungan anticodon telah memperlihatkan
pengurangan goyangan) tapi sifat hydropolic mereka mungkin penting dalam interaksi tRNA
dan ribosomes. Kehadiran nucleotides jarang dan konfigurasi khusus dari molekul tRNA
membedakannya dari kelas-kelas yang lain dari molekul-molekul RNA.
mRNA
Molekul-molekul dari sel-sel eukaryotik dimodifikasi secara umum setelah transkripsi
dari DNA untuk membentuk mRNA. hnRNAs kadang-kadang lebih besar dari molekul
mRNA akhir dan ditujukan untuk membentuk mRNA. Proses hnRNA melibatkan perpindaan
dan penambahan rentetan nucleotide (Fig. 6-36). Ujung 5-P dari hnRNA dijaga dengan sisa
dari guanosine triphosphate (GTP) yang telah dimodifikasi melalui penambahan rentetan
adenosine nucleotides (polyA). Dibanding ikatan 3-5 phosphodiester normal, tudung 7methyl guanosine ditambahkan dan kemudian dimetilasikan pada ujung 5-P. RNAs yang terpolydenylasi-kan telah ditemukan dalam beberapa archaea, beranggapan bahwa tudungtudung modifikasi post-transkripsional mRNA dalam cara ini sama dengan yang muncul
dalam sel-sel eukaryotik.
Sebagai hasil dari proses post-transkripsional, molekul-molekul RNA dari
mikroorganisme eukaryotik secara umum tidak segaris dengan molekul DNA. Eukayotes
dikatakan memiliki split genes karena nucleotides, yang mempersempit gen-gen, yang
memberi tanda untuk protein tertentu dipisahkan dalam DNA. Rentetan dari landasan
nucleotide dalam sebuah mRNA dari sel eukaryotik bukan merupakan pelengkap pada
rentetan contiguous linear khusus pada kebanyakan sel-sel archaeal dan bakterial. Dalam
beberapa kasus, split genes telah diidentifikasi juga dalam arcahea seperti dalam gen yang
memberi tanda untuk DNA polymerase dalam thermococcus littoralis. Mekanisme dari
pemindahan intron kelihatan unik untuk archaea ini.
Sekuen tRNA terdiri dari nukleotida RNA standar (A,C,G dan U), sejumlah
nukleotida yang termodifikasi. tRNA terkecil panjangnya 74 nukleotida sedangkan terbesar
jarang yang lebih dari 90 nukleotida.Struktur tRNA menyerupai daun semanggi dan
mempunyai corak sebagai berikut:

Lengan aseptor ( acceptor arm) dibentuk oleh tujuh pasangan basa di antara
basabasa ujung 5 dan 3 molekul tRNA. Asam amino diikatkan pada ujung 3
tRNA, tepatnya pada adenosin urutan terminal CCA lestari (invariant) .
Lengan D (D arm), dinamakan demikian karena struktur ini selalu
mengandung nukleotida termodifikasi dihidrouridin.
Lengan antikodon (anticodon arm) mengandung triplet nukleotida yang
disebut antikodon yang membentuk pasangan basa dengan mRNA selama
translasi..

Loop V ( V loop) mengandung 35 nukleotida tRNAs kelas 1 atau 1321


nukleotida tRNAs kelas 2.
Lengan TC (TC arm), dinamakan demikian karena pada bagian ini selalu
mengandung timidinpsudouridinsitosin

Struktur daun semanggi dapat dibentuk oleh semua tRNA, pengecualian pada tRNA
mitokondria vertebrata, yang kadang tidak mempunyai beberapa bagian dari struktur.
Misalnya pada tRNASer mitokondria manusia yang tidak mempunyai D arm.Pada studi
dengan
sinar
X
menunjukkan
bahwa
nukleotida pada D arm dan TC loop membentuk pasangan basa yang melipat tRNA
sehingga membentuk struktur bentuk L yang kompak. Setiap lengan dari bentuk L
panjangnya 7 nm dan diameternya 2 nm. Asam amino akan menempel pada ujung salah
satu lengan dan antikodon pada ujung lainnya.
Struktur tRNA memungkinkan tRNA mempunyai peran fisik dan informasional dalam
sintesis protein.Peran fisik tRNA dalam sintesis protein dimungkinkan karena tRNA dapat
mengikat mRNA dan polipeptida yang sedang disintesis, sedangkan peran informational
tRNA dalam sintesis protein dimungkin karena tRNA menjamin bahwa polipeptida yang
disintesis
mempunyai
urutan
yang
sesuai
dengan urutan kode genetik yang terdapat dalam mRNA. Untuk memahami bagaimana tRNA
memainkan dua peran ini kita harus menguji aminoasilasi, yaitu proses bagaimana asam
amino yangbenar diikatkan pada masingmasing tRNA, dan pengenalan kodonantikodon,
yaitu interaksi antara tRNA dengan mRNA.Bagaimana tRNA mengikat asam amino
Pengikatan asam amino yang sesuai ke tRNA terjadi melalui reaksi kimia yang disebut
aminoasilasi.
Pengikatan asam amino ke tRNA tersebut membutuhkan enzim aminoasiltRNA
sintetase. Reaksi kimia ini terjadi dalam dua tahap. Pertama, pembentukan asam amino
intermediet yang diaktivasi ATP. Kedua, transfer asam amino intermediet ke ujung 2 atau 3
tRNA yang dikatalisis oleh enzim aminoasiltRNA sintetase. Walaupun dasar reaksi kimianya
sama untuk setiap asam amino, kedua puluh enzim aminoasiltRNA sintetase dapat
dikategorikan ke dalam dua kelompok yang berbeda, yaitu kelas I dan II. Enzim kelas I
menempelkan asam amino ke gugus 2OH dari ujung nukleotida tRNA, sedangkan enzim
kelas
II
menempelkan
asam
amino
ke
gugus
3OH.
Bagaimana aminoasilasi menjamin bahwa kombinasi yang benar dibentuk antara pasangan
asam amino dan tRNA?
Proses aminoasilasi menjamin bahwa asam amino yang tepat diikatkan ke tRNA yang
tepat. SuatuaminoasiltRNA sintetase memiliki ketepatan untuk tRNAnya. Hasil dari
interaksi yang ekstensif antara keduanya, meliputi sekitar 25 nm2 luas permukaan, dan
melibatkan lengan penerima dan loop antikodon tRNA, seperti halnya individu nukleotida
pada lengan D dan TC. Apabila interaksi enzim dan asam amino kurang ekstensif maka
asam amino lebih kecil daripada tRNA dan merupakan masalah yang lebih besar untuk
spesifisitasnya karena beberapa asam amino strukturnya serupa. Kesalahan dapat terjadi pada

tingkat yang rendah untuk kebanyakan asam amino tetapi kemungkinan sekitar satu
aminoasilasi dalam 80 untuk pasangan yang sulit seperti isoleusin dan valin. Pada umumnya
kesalahan tersebut dikoreksi oleh aminoasiltRNA sintetase itu sendiri (Hale et al., 1997;
Silvian et al., 1999). Sumber : GENOMES TA BRO
Sumber: http://id.shvoong.com/medicine-and-health/medicine-history/2074670-struktur-trnaperan-fisik-dan/#ixzz1Vs5xnWh2