Permukaan paru yang luas , hanya dapat dipisahkan oleh membrane tipis dari system sirkulasi, secara teoritis mengakibatkan seseorang rentan terhadap invasi benda asing (debu) dan bakteri yang masuk bersam udara inspirasi; tetapi saluran respirasi bagian bawah dalam keadaan normal adalah steril. Terdapat beberapa mekanisme pertahanan yang mempertahankan sterilitas ini. Misalnya reflex muntah atau reflex menelan yang masuknya makanan atau cairan ke dalam trakea, juga kerja escalator mukosiliaris yang menjebak debu dan bakteri kemudian memindahkannya ke kerongkongan. Lebih lanjut,lapisan mucus mengandung factor-faktor yang mungkin efektif sebagai pertahanan yaitu immunoglobulin (Ig) (terutama IgA), PMN, dan interferon. Refleksbatuk merupakanmekanisme lainyang lebih kuat untuk mendorong sekresi ke atas sehingga dapat ditelan atau dikeluarkan. Makrofag alveolar merupakan pertahanan terakhir dan terpenting untuk melawan invasi bakteri ke dalam paru. Makrofag alveolar merupakan sel fagositik dengan sifat dapat bermigrasi dan aktivitas enzimatik yang unik. Sel ini bergerak bebas pada permukaan alveolus dan meliputi serta menelan benda atau bakteri. Sesudah partikelmikroba tertelan, metabolit-metabolit O2 akan aktif kembali, seperti hydrogen peroksida di dalam makrofag, akan membunuh dan mencerna mikroorganisme tersebut tanpa menyebabkan reaksi peradangan yang jelas. Partikel debu atau mikroorganisme ini kemudian diangkut oleh makrofag ke pembuluh limfe atau ke bronkiolus tempat mereka akan dibuang oleh escalator mukosiliaris. Makrofag alveolar dapat membersihkanparu dari bakteri yang masuk sewaktu inspirasi dengan kecepatan menakjubkan. Menelan etilalkohol, merokok,dan pemakaian obatobat kortikosteroid akan mengganggu mekanisme pertahanan ini.