Anda di halaman 1dari 9

DNA biasanya double-helix , dengan adenin dipasangkan dengan timin dan guanin

dipasangkan dengan sitosin. Sedangkan RNA biasanya beruntai tunggal dan mengandung
urasil yang menggantikan tempat timin.
SIFAT KIMIA pada DNA DAN RNA
Asam nukleat, merupakan komponen utama dari nuklein, nuklein adalah makro
molekul yang terdiri dari subunit-subunit yang disebut nukleotida. Setiap nukleotida terdiri
dari (1) gugus fosfat, (2) pentosa, dan (3) mengandung basa nitrogen Dalam DNA, memiliki
gugus pentosa yang dikenal sebagai 2-deoksiribosa (asam deoksiribonukleat), sedangkan
dalam RNA, dikenal sebagai ribosa (asam ribonukleat). Empat basis yang berbeda umumnya
ditemukan dalam DNA: adenin (A), guanine(G), timin(T), dan sitosin (C). RNA juga
biasanya mengandung adenin, guanin, sitosin, namun memiliki perbedaan pada timin yang
digantikan oleh urasil (U). Asam nukleat terdiri sub unit-sub unit disebut nukleotida. Setiap
nukleotida terdiri dari tiga unit (gugus fosfat pada gambar a, pentosa pada gambar b dan basa
nitrogen pada gambar c).

Struktur dari asam nukleat, pentosa menjadi menyusun nukleotida atau asam nukleat,
5 carbon yang diberi no 1,2,3,4 dan 5

4 komponen deoxsyiri bonucleotida dari DNA. RNA berisi serupa ribonucleotida yang berisi
pirimidin urasil dan sitosin dan basa purin adenin dan guanin. purin; sitosin, timin, dan urasil
adalah basa tunggal yang berbentuk cincin tunggal yang disebut pirimidin. Pada DNA dan
RNA mengandung empat sub unit yang berbeda atau nukleotida yaitu tersusun atas dua
nucletida purindan dua nukleotida pirimidin. Dalam polynucleotides seperti DNA dan RNA,
sub unit ini tergabung dalam rantai panjang. RNA biasanya ada yang berbentuk polimer
rantai tunggal yang terdiri dari rantai panjang nukleotida.DNA memiliki satu tambahan yang
sangat penting pada tingkat organisasi: biasanya berbentuk molekul rantai ganda.
STRUKTUR DNA DOUBLE HELIX
Salah satu terobosan yang paling menarik dalam sejarah biologi terjadi pada tahun 1953
ketika James Watson dan Francis Crick menyimpulkan struktur dari DNA. Model doublehelix dari molekul DNA dapat digunakan untuk informasi transmisi. Watson dan Crick
struktur double-helix didasarkan pada dua jenis utama dari bukti:
1. Ketika Erwin Chargaff dan rekannya menganalisis komposisi DNA dari
berbagaiorganisme yang berbeda, mereka menemukan bahwa konsentrasi timin selalu
sama dengan konsentrasi adenin dan konsentrasi sitosin selalu sama dengan
konsentrasi guanin. Hasil nya menunjukan timin dengan adenin serta sitosin dengan
guanin dalam DNA tetap melakukan interaksi. Data mereka juga menunjukkan bahwa
konsentrasi total pirimidin (timin ditambahsitosin) selalu sama dengan konsentrasi
total purin (adenin ditambahguanin).
2. Ketika sinar X difokuskan melalui serat-serat dari purifikasi molekul, sinar
membelokkan atom dari molekul dalam pola tertentu disebut difraksi, yang
memberikan informasi tentang organisasi yang merupakan komponen dari molekul.

Pola difraksi sinar-X ini dapat direkam pada X-ray-sensitif film seperti pola cahaya
dapat direkam dengan kamera dan sensitif terhadap cahaya. Watson dan Crick
menggunakan data difraksi sinar-X pada DNA

GAMBAR 9.7 Struktur rantai polinukleotida. Rantai tetra nucleotide ditampilkan adalah
Rantai DNA yang mengandung gula 2-deoxyribose. Rantai RNA mengandung gula
ribosa.Nukleotida dalam rantai polinukleotida bergabung dengan fosfodiester(C-O-P-OC).Perhatikan bahwa polinukleotida ditampilkan memiliki 5(dari atas) ke3 (kebawah)
polaritas kimia karena setiap hubungan fosfo diester bergabung dengan karbon ke 5 dari 2deoxyri bose dalam satu nucleotida, pasang karbon ke 3 dari2-deoxyribose dalam nukleotida
yang berdekatan. Oleh karena itu, rantai memiliki 5 terminus karbon dibagian atas dan 3
terminus karbondi bagian bawah.

Berdasarkan data kimia Chargaff,Data difraksi sinar-X Wilkins dan Franklin, dan kesimpulan
dari pembentukan model, Watson dan Crick mengusulkan bahwa DNA merupakan double

helixter susun atas dua rantai nukleotida yang melingkar, satu sama lain yang membentuk
spiral. Watson,Crick,
dan (Wilkins berbagi Hadiah Nobel 1962 diFisiologi atau Kedokteran) untuk pekerjaan
mereka pada
Model double-helix. Sayangnya, Franklin meninggal prematur(usia 37) pada tahun 1958, dan
Nobel
Hadiahtidak dapat diberikan secara anumerta.Masing-masing dari dua rantai polinukleotida
dalam
double helixter diri dari urutan nukleotida dihubungkan oleh ikatan fosfodiester, tergabung
pada gugus deoksirbosa yang berdekatan. Itu adalah dua helai polinukleotida ada di dalam
Konfigurasi heliks mereka dengan ikatan hidrogen (Tabel 9.2) antara dasar dalam menentang
helai; pasangan basa yang dihasilkan ditumpukan tara dua rantai tegak lurus terhadap sumbu
molekul seperti langkah-langkah dari tangga spiral (Gambar 9.10). Basis-pasangan adalah
spesifik: adenin selalu dipasangkan dengan timin, dan guanin selalu dipasangkan dengan
sitosin.Dengan demikian, semua pasangan basaterdiri dari satu purin dan satu pirimidin.

GAMBAR 9.11 Diagram heliks ganda DNA,

menggambarkan polaritas kimia yang berlawanan (lihat Gambar 9.7) dari dua helai dan
hidrogen ikatan antara timin (T) dan adenin (A) dan antara sitosin (C) dan guanin (G). Basispasangan dalam DNA, T dengan A, C dan G, diatur oleh ikatan hidrogen
Dalam konfigurasi struktur alber sama mereka, terbentuk dua ikatan hidrogen adenin dan
timin, dan guanin dan sitosin bentuk tiga ikatan hidrogen. Ikatan hydrogen tidak mungkin
antara sitosin dana denin atau timin dan guanin. Setelah urutan basa dalam satu rantai heliks
ganda DNA diketahui,urutan basa dalam rantai lainnya juga dikenal karena basis-pasangan
tertentu. Dua rantai dari DNA double helix demikian dikatakan saling melengkapi. Membuat
DNA cocok untuk menyimpan dan mengirim kanin formasi genetic dari generasi ke generasi.
Pasangan basa dalam DNAditumpuk sekitar 0,34nm terpisah, dengan 10 pasangan basayang
lain per putaran 360 dari DNA double helix(Gambar 9.10). gula-fosfat adalah komponen
yang penting dari dua untai komplementeryangantiparalel(Gambar 9.11). doubleheliks DNA,
merupakan ikatan fosfodiester dalamsatu untaianberasal dari3karbon, satunukleotidakarbonke
5 darinukleotidayang berdekatan. Doublehelix DNAmemainkanperan penting
dalamDNAreplikasi, transkripsi, danrekombinasi.
StabilitasDNAdoublehelikshasilsebagiandarisejumlah besar
ikatan hidrogenantarapasangan basa(meskipun masing-masing hidrogenberikatandengan
ikatan sendirinya yang lemah, lebih lemah dariikatan kovalen) dansebagiandaribondhidrofobikantarapasangan basayang berdekatan(Tabel 9.2). Sifatditumpukdaripasangan
basayangterbaikdiilustrasikandengandiagramruang-mengisi strukturDNA
(Gambar9.12). Sisiplanardaripasangan basarelatifnonpolardan dengan demikiancenderung
menjadihidrofobik(tidak larut air). Karenatidak larut diair ini,hidro
fobikintipasangan basaditumpukkontribusistabilitasyang cukup besar untukmolekulDNA
hadir dalamprotoplasmsberairsel-sel hidup. Ruang-mengisi menggambarjuga
menunjukkan bahwaduaalurdariDNAdoublehelixtidak identik, satu alur utamajauh lebih
luasdari yang lain. Perbedaanantaraalur utamadanalurkecil adalahpenting ketikaseseorang
menelitiinteraksiantaraDNAdanproteinyang mengaturekspresi gen.

Beberapaproteinmengikatalur utama dan yanglainmengikatalurkecil.

DNASTRUKTUR: BENTUKAlternatif
DARIDOUBLEHELIX
Menurut Watson-Crick strukturdouble-helixyang telah dijelaskandisebutB-DNA. BDNA
adalah konformasidari DNAyang diambildalam kondisi fisiologis(dalam

larutanberairmengandungkonsentrasi rendahgaram). Sebagian besardari molekulDNAberada


dalamprotoplasmasel-sel hidupyang adadikonformasiB. Namun,DNAbukan
molekulinvarianstatis. Sebaliknya, molekulDNAmenunjukkanfleksibilitaskonformasiyang
stabil.
StrukturmolekulDNAberubahsebagai fungsilingkungan mereka.konformasiyang tepat
darimolekulDNAtertentu atausegmenmolekulDNAakantergantungpada
sifatmolekulyangberinteraksi. Bahkan, intraselulerB-DNA tampaknya memilikiratarata10,4pasangnukleotidaper untaian, daripada 10seperti yang ditunjukkanpada Gambar9.10.
Dalamkonsentrasi garamtinggi, DNAadalah sebagaiA-DNA, yang merupakanDNA
doublehelixsepertiB-DNA, tetapi
dengan11pasangnukleotidaper untaian(Tabel 9.3). A-DNA adalahuntaian lebih pendek, lebih
tebaldengan diameter2,3nm. MolekulDNAhampir tidak pernahada sebagaiA-DNA in vivo.
Namun,konformasiA-DNA ini penting karenaDNA-RNAheteroduplexes (heliks ganda yang
mengandung untai DNA dipasangkan dengan RNA untai komplementer) atau keduanya
RNA-RNA ada di
struktur yang sangat mirip in vivo. Urutan DNA tertentu telah terbukti double-heliks
bentuknya disebut Z-DNA (Z untuk jalan berkelok-kelok dari gula). Z-DNA ditemukan oleh
X-ray dengan analisis difraksi kristal yang dibentuk oleh oligomer DNA yang
mengandungpasangan basa G: C dan C: G. Z-DNA terjadi pada doubleheliks yang kaya G: C
dan mengandung purin dan pirimidin. Selain struktur heliks yang unik, Z-DNA berbeda dari
konformasi A dan B dan memiliki 12 pasangan basa per untaian, dengan diameter 1,8 nm,
dan alur tunggal. Fungsi Z-DNA dalam sel hidup masih belum jelas.

DNA STRUKTUR: NEGATIF


SUPERCOILS IN VIVO
Semua molekul DNA fungsional yang berada dalam sel hidup salah satunya
merupakan tingkat yang sangat penting dari organisasi supercoil. superkoil yang
dimasukkan ke dalam molekul DNA ketika salah satu atau kedua untai dipecah dan
ketika untai komplementer di salah satu ujung diputar atau diputar-putar
satu sama lain dengan ujung diadakan tetap dalam ruang. Supercoil ini menyebabkan molekul
DNA runtuh ke dalam struktur erat melingkar mirip dengan kabel telepon melingkar atau
bengkok karet (Gambar 9.13, kanan bawah).
Superkoil dimasukkan dan dikeluarkan dari molekul DNA oleh enzim yang

memainkan peran penting dalam replikasi DNA (pada Bab 10) dan proses lainnya. Supercoil
hanya terjadi pada molekul DNA dengan ujung tetap. Ujung-ujung molekul DNA sirkular
beradapada sebagian besar kromosom prokariotik dan kromosom eukariotik pada organel
seperti mitokondria. Molekul-molekul DNA linear besar berada dikromosom eukariotik juga
dan pada ujungnya komponennon-DNA kromosom. Hal ini memungkinkan enzim untuk
memperkenalkan superkoil ke molekul DNA linear yang berada dalam kromosom eukariotik,
mereka dimasukkan ke dalam molekul DNA melingkar yang berada di sebagian besar
kromosom prokariotik.

GAMBAR9.14DefinisivisualDNAsuperkoilnegatif. Meskipun struktur


SuperkoilDNApaling jelasdigambarkan olehmekanismeyang ditampilkan,superkoilDNA
diproduksiolehmekanisme yang berbedain vivo(lihat Bab 10). MolekulDNAdarihampir
semuaorganisme, darivirusterkeciluntuk
eukariotaterbesar, menunjukkansupercoilnegatifin vivo, danbanyakbiologikalyang memiliki
fungsilogiskromosomhanyadilakukanketikaberpartisipasi. MolekulDNAyangnegatifsuperkoil.
(DNA daribeberapa virusyang menginfeksiArchaeayangsuperkoilpositif.) Banyak bukti
yangmenunjukkan bahwanegatifsupercoilterlibat dalamreplikasi(Bab 10), rekombinasi,
expresigen
danregulasi ekspresi gen. Jumlah yang samasupercoilnegatifada dimolekulDNAberada
dalamkromosombakteridankromosomeukariotik.