Anda di halaman 1dari 37

MAKALAH ASAM NUKLEAT

BIOLOGI MOLEKULAR

LUCIA PURNAWATI (1206212496)


MIRANTI (1206242523)
SHARIMA UMAYA (1206212325)
TIARA FEBRIANI (1206262140)
YOSIA MARSINO (1206248426)

DEPOK

Struktur Asam Nukleat


Nama: Sharima Umaya
NPM: 1206212325
Jurusan: Teknologi Bioproses

ABSTRAK

Pada manusia serta organisme lain, asam nukleat merupakan pembawa informasi genetik.
Asam nukleat terdapat di dalam inti sel dan menopang seluruh proses kehidupan dalam tubuh.
Asam nukleat secara umum terbagi menjadi dua, yaitu DNA (deoxyribonucleid acid) dan RNA
(ribonucleid acid). Struktur dari DNA maupun RNA, terdiri atas basa nitrogen dan gula pentose
(ribose). Namun yang membedakan antara keduanya terutama di bagian komponen gula pentose
nya. Pada RNA, gula pentose nya adalah ribose sedangkan pada DNA, gula pentose nya adalah
gula 2-deoksiribosa. Perbedaan lainnya adalah pada komposisi basa nitrogen nya, terutama pada
bagian pirimidin. Pada pirimidin di DNA, pirimidin terdiri atas Cytosine (C) dan Thymine (T)
sedangkan di RNA tidak terdapat Thymine (T) dan sebagai gantinya terdapat Uracil (U). Selain itu,
perbedaan yang menonjol adalah pada gugus fosfat. Pada RNA, tidak seperti DNA tidak terdapat
gugus fosfat.

KATA KUNCI

Asam nukleat, nukleotida, nukleosida, DNA, RNA, double helix, ikatan fosfodiester, sekuens

SUB BAHASAN I: NUKLEOTIDA DAN NUKLEOSIDA

Struktur paling dasar dalam membentuk DNA


dan RNA adalah ikatan antara gula dengan basa
nitrogen yang disebut nukleosida. Nukleosida
apabila berikatan dengan gugus fosfat disebut
nukleotida.
Nukleotida
dan
nukleosida
merupakan komponen organik yang memiliki
peranan penting dalam metabolisme. Nukleotida
pada DNA berikatan satu sama lain membentuk
rantai panjang yang memiliki pasangan. Rantai
panjang ini membentuk pita berpilin yang biasa
dikenal dengan istilah
double helix. Sedangkan, pada RNA, nukleotida
berikatan
satu
sama
lain
membentuk
polinukleotida yang berukuran pendek dan
berupa rantai tunggal.

Gambar 1. Struktur nukleotida dan nukleosida.


Nukleosida tersusun atas basa nitrogen dan gula pentose.
Nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat disebut
nukleotida

Nukleotida pembentuk DNA disebut deoksiribunonukleotida. Deoksiribunonukleotida adalah


nukleotida yang berikatan dengan gula deoksiribosa sebanyak 4 macam sesuai dengan jenis basa
nitrogen:
1
2
3
4

Deoksidenosinmonofosfat / dAMP (basa nitrogen adenine)


Deoksiguanosinmonofosfat / dGMP (basa nitrogen guanine)
Timidinmonofosfat / TMP (basa nitrogen timin)
Deoksisitidinmonofosfat / dCMP (basa nitrogen cytosine)

Nukleotida pembentuk RNA disebut ribonukleotida. Ribonukleotida adalah nukleotida yang


berikatan dengan gula ribose. Ribonukleotida terdiri atas 4 macam sesuai dengan jenis basa
nitrogen:
1
2
3
4

Adenosinmonofosfat / AMP (basa nitrogen adenine)


Guanosinmonofosfat / GMP (basa nitrogen guanine)
Uridinmonofosfat / UMP (basa nitrogen uracil)
Sitidinmonofosfat / CMP (basa nitrogen cytosine)

Gambar 2. Basa purin dan pirimidin pada DNA/RNA


Yang membedakan antara DNA dan RNA adalah pada bagian pirimidin, dimana pada DNA,
Guanine (G) berikatan dengan Thymine (T) sedangkan pada RNA, G berikatan dengan Uracil (U)

Fungsi dari nukleotida antara lain sebagai monomer dari asam nukleat yang membentuk DNA
dan RNA; sebagai molekul carrier untuk molekul intermediet teraktivasi yang terlibat dalam sintesis
karbohidrat, protein dan lipid; sebagai komponen struktur berbagai koenzim seperti koenzim A,
FAD, NAD+, dan NADP+ dan juga sebagai molekul regulator dalam berbagai jalur intermediet
metabolisme, yaitu sebagai inhibitor atau activator enzim-enzim kunci dalam jalur metabolisme.

SUB BAHASAN II: IKATAN FOSFODIESTER


Pada asam nukleat, terdapat ikatan glikosidik yang menghubungkan antara gula pentose
dengan basa nitrogen serta terdapat ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentose dan gugus hidroksil pada posisi 3 gula
pentose pada nukleotida berikutnya yang disebut ikatan fosfodiester. Ikatan ini dinamakan ikatan
fosfodiester karena secara kimia, gugus fosfat di ikatan tersebut berada dalam bentuk diester.

Gambar 3. Ikatan fosfodiester pada asam nukleat


Ikatan fosfodiester menghubungkan antara gula pada suatu nukleotida dengan gula pada
nukleotida berikutnya sehingga terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masingnya
dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Rantai polinukleotida pada asam nukleat memiliki dua ujung,
ujung yang satu berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula pentose dan ujung yang
lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3 gula pentose.

SUB BAHASAN III: SEKUENS ASAM NUKLEAT

Gambar 4. Sekuens asam nukleat yang menunjukkan spesifitas suatu molekul asam nukleat.
Urutan yang dihasilkan dari huruf-huruf tersebut menunjukkan sifat yang berbeda

Sekuens yang dimaksud adalah urutan basa nitrogen pada asam nukleat yang menentukan
spesifitas suatu molekul asam nukleat. Pada DNA, urutan basa nitrogen dinyatakan dengan huruf
G, A, C, T sedangkan pada RNA, urutan basa nitrogen dinyatakan dengan huruf G, A, C, U.

Pada umumnya, sekuens asam nukleat ditandai dengan posisi gula pentose di 5 dan posisi
gula pentose di 3 pada ujung yang lain. Karena asam nukleat normalnya berbentuk polimer yang
linear (tidak bercabang), spesifitas dari urutan basa nitrogen juga menentukan bentuk kovalen dari
molekul secara keseluruhan. Maka dari itu, sekuens dari asam nukleat juga menamakan struktur
primer dari suatu molekul.

SUB BAHASAN IV: STRUKTUR DOUBLE HELIX DNA

DNA adalah suatu asam nukleat yang menyimpan segala informasi biologis yang unik dari
makhluk hidup. DNA terletak pada inti sel dalam suatu makhluk hidup. Secara sederhana, DNA
merupakan penyimpan segala macam informasi yang ada pada makhluk hidup. Di dalam sebuah
sel, DNA berperan sebagai materi genetic dimana DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas
yang berjalan dalam sel di makhluk hidup. DNA juga menentukan bagaimana sifat organisme,
diturunkan dari satu generasi ke generasi berikutnya.

Pada tahun 1953, berdasarkan percobaan yang dilakukan oleh Watson dan Crick,
menyimpulkan interpretasi dari struktur kristal DNA. Kedua peneliti tersebut menyimpulkan hal-hal
sebagai berikut:
1
2
3
4
5
6

Double helix terdiri dari dua polinukleotida


Basa nitrogen berada di dalam heliks
Basa dari dua polinukleotida berinteraksi melalui ikatan hydrogen
Terdapat 10 basa dalam satu putaran heliks
Kedua rantai polinukleotida adalah antiparallel
Double helix berputar ke arah kanan

Gambar 5. Interpretasi struktur kristal DNA hasil dari percobaan dua penemu, Watson dan
Crick yang dilakukan pada tahun 1953

DNA sendiri merupakan polimer yang terdiri atas tiga komponen utama, yakni: Gugus fosfat,
gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA disebut nukleotida seperti yang
sudah dijelaskan pada sub bahasan sebelumnya.

DNA secara alami memiliki struktur tangga berpilin atau lebih dikenal dengan istilah double
helix. Selain struktur primer yakni DNA pada umumnya, dimana DNA merupakan double helix yang
terdiri atas dua rantai polinukleotida yang saling memilin menghasilkan bentuk spiral dengan arah
ke kanan, struktur double helix DNA dalam sel makhluk hidup secara structural terdapat yang
disebut struktur sekunder dan tersier.

Pada struktur DNA sekunder, terdapat tipe DNA bentuk A, bentuk B dan bentuk Z. Ketiga
struktur tersebut memiliki karakteristik yang satu sama lainnya berbeda. DNA yang dominan
ditemukan pada makhluk hidup adalah DNA tipe B, sesuai dengan model yang ditemukan oleh
Watson dan Crick. Perbedaan ketiga tipe DNA tersebut dapat dilihat pada tabel berikut:

Ciri-Ciri

DNA B

DNA A

DNA Z

Tipe helix

Berpilin ke kanan

Berpilin ke kanan

Berpilin ke kiri

helical 2,37

2,55

1,84

Jarak antara dua 0,34


pasangan
basa
(nm)

0,29

0,37

Jarak antara dua 3,4


pasangan
basa
dalam
satu

3,2

4,5

Diameter
(nm)

pilinan (nm)
Jumlah pasangan 10
basa dalam satu
pilinan

11

12

Topologi lekukan Lebar, dalam


mayor

Sempit, dalam

Rata

Topologi lekukan Sempit, tidak dalam


minor

Dangkal, lebar

Sempit, dalam

Tabel 1: Perbedaan konformasi dan ciri-ciri dari double helix DNA

Gambar 6. Struktur DNA sekunder yang terdiri atas berturut-turut DNA bentuk A, DNA
bentuk B dan DNA bentuk Z

Untuk gambar dari struktur DNA sekunder, dapat diamati pada gambar 6 diatas.

Pada struktur DNA tersier, terdapat berbagai macam struktur DNA yang mungkin ditemukan
dalam sel, yaitu superkoil dan sirkuler.

tersier
atas
dan bentuk sirkuler

Gambar 7. Struktur
DNA yang terdiri
bentuk
superkoil

Struktur superkoil pada gambar . 7 diatas, merupakan model DNA kromosomal. Pada double
helix DNA, setiap 10 bp dapat terjadi puntiran antara kedua rantai DNA membentuk struktur
superkoil. Bentuk superkoil sendiri terdapat dua jenis, yakni superkoil positif dan superkoil
negative. Pada superkoil negative, tekanan puntirannya lebih tinggi ketimbang superkoil positif.
Bentuk superkoil membuat ikatan pada DNA lebih erat dan lebih mudah mengendap selama
proses sentrifugasi dibandingkan dengan DNA yang non superkoil.

Struktur DNA sirkuler berbentuk bulat biasanya ditemukan dalam bentuk sirkuler yang
terbuka (open circular). Namun, terdapat pula struktur DNA dengan sirkuler tertutup yang terjadi
dengan bantuan ikatan kovalen.

SUB BAHASAN V: STRUKTUR MOLEKUL RNA

RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA. Tidak seperti DNA yang biasa
dijumpai pada inti sel, RNA biasa ditemukan di sitoplasma terutama di ribosom.

Struktur Secara umum, yang membedakan antara struktur molekul RNA dengan DNA adalah
rangkaian polimer RNA yang lebih pendek daripada DNA. Dari segi penamaan, DNA merupakan
rantai polinukleotida yang terpilin ganda sedangkan RNA merupakan rantai polinukleotida yang
pendek dan tunggal. Struktur utama dari RNA terdiri atas rantai tunggal nukleotida. Dalam RNA,
terdapat ratusan modifikasi nukleotida yang berbeda, dan efeknya bervariasi terdantung pada jenis
molekul RNA. Ada beberapa tingkatan struktur dalam RNA, yaitu struktur primer, struktur
sekunder, struktur tersier dan struktur kuartener.

Struktur primer dari nukleotida biasanya terdiri atas rantai tunggal nukleotida, yang belum
termodifikasi. Nukleotida yang dimodifikasi dengan RNA, dengan menambah maupun mengurangi
atom kea tau dari nukleotida asli untuk mengubah sifat nukleotida menyebabkan terdapatnya
beberapa tingkatan struktur dalam RNA.

Struktur sekunder RNA dengan DNA terbentuk dengan cara yang


kurang lebih sama. Nukleotida mengikat bersama menjadi suatu pasangan
basa, lalu memberikan molekul secara keseluruhan, Yang membedakan
diantara keduanya, adalah bagaimana pembentukan struktur sekunder
RNA. Pada basa nitrogen di RNA, Adenine (A) menginat Uracil (U), bukan
Thymine (T). Selain itu, struktur sekunder RNA jarang yang berbentuk
double helix seperti DNA. Struktur sekunder RNA biasanya membentuk
berbagai lilitan tertentu, tonjolan serta jenis helix yang sejajar. Struktur
sekunder RNA juga pada umumnya lebih rumit apabila dibandingkan
dengan double helix DNA.
Gambar 8. Struktur
sekunder RNA
Berikutnya adalah struktur tersier RNA. Struktur tersier RNA
memungkinkan suatu molekul untuk membentuk lipatan dengan konfigurasi
penuh. Berdasarkan struktur tersier nya, molekul RNA memiliki fungsifungsi tertentu yang satu sama lainnya berbeda. Misal, molekul non coding
RNA (ncRNA) yang mampu melayani berbagai tujuan, dan penemuan
aplikasi biologis. Salah satu kelas ncRNA disebut ribozim, yakni enzim RNA
yang dapat mengkatalis reaksi biokimia seperti yang dilakukan enzim
protein. Kelas lain yakni riboswitches yang mengontrol ekspresi gen
dengan cara beralih gen dan mematikan gen berdasarkan lingkungannya.
Lalu yang terakhir terdapat struktur kuartener RNA. Struktur
Gambar 9. Struktur tersier
kuartener RNA memiliki peran penting dalam makromolekul tertentu
RNA
seperti ribosom, yang berfungsi untuk membangun protein dalam sel.
Agar rantai RNA tersusun secara kuartener, rantai tersebut harus
tersusun bersamaan untuk membentuk struktur konglomerasi baru, tidak sekadar bergabung
kemudian rantainya terpisah kembali.Struktur kuartener RNA dibandingkan dengan struktur lain
dalam proses pembentukannya paling lambat mengingat struktur kuartener memanglah struktur
yang peling kompleks dibandingkan dengan struktur RNA lainnya.

Di dalam sel eukariot, terdapat jenis RNA berdasarkan variasi struktur dan fungsinya.
Ketiganya adakah messenger RNA (mRNA), transfer RNA (tRNA), dan ribosomal RNA (rRNA).
Masing-masing jenis memiliki peranan yang berbeda. mRNA berfungsi sebagai molekul perantara
yang membawa informasi genetic pada DNA ke ribosom. tRNA berperan untuk membaca urutan
nukleotida dalam mRNA kemudian mengalihkannya ke urutan asam amino sehingga dapat
tersusun rantai polipeptida berupa protein sesuai yang diharapkan oleh gen. Jenis yang terakhir,
yaitu rRNA memiliki peran enzimatik selama proses sintesis protein.

Gambar 11. Jenis-jenis RNA berturut-turut: tRNA, rRNA dan mRNA

SUB BAHASAN VI: SIFAT-SIFAT FISIKA DAN KIMIA ASAM NUKLEAT

Pengaruh pH
Dalam keadaan asam, misalnya apabila asam nukleat diletakkan dalam asam pekat
yang memiliki suhu tinggi seperti HClO4, asam nukleat mengalami hidrolisis menjadi
berbagai macam komponen. Namun apabila diletakkan dalam asam yang lebih encer,
hanya ikatan glikosilik antara gula dan basa purin yang mengalami pemutusan sehingga
asam nukleat bersifat apurinik. Kondisi apurunik adalah kondisi dimana tidak terdapat basa
purin.

Asam nukleat yang berada dalam kondisi basa akan mengalami perubahan status
tautometrik. Tautometrik adalah keadaan dimana struktur dari suatu molekul identic baik
bentuk maupun posisi.

Stabilitas asam nukleat


Penentu dari stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan
antara pasangan-pasangan basa. Permukaan dari basa, terutama yang bersifat hidrofobik
menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan sehingga
perpasangan yang ada semakin stabil. Ikatan hydrogen tidak berpengaruh terhadap
stabilitas dari asam nukleat, melainkan hanya menentukan spesifitas perpasangan basa.

Viskositas asam nukleat


DNA merupakan molekul yang berbentuk tipis memanjang dan relatif kaku. Sehingga
secara viskositas, larutan DNA akan memiliki viskositas yang tinggi. Viskositas yang tinggi
pada DNA menyebabkan DNA sangat rentan terhadap fragmentasi fisik dan hal ini

menimbulkan permasalahan ketika hendak mengisolasi DNA yang berada dalam bentuk
utuh.

Pengaruh suhu
Suhu dapat menyebabkan perubahan struktur asam nukleat yakni terpisahnya ikatan
dari double helix menjadi single helix. Temperatur yang tinggi dapat menyebabkan
perubahan struktur tersebut bahkan dapat menyebabkan struktur asam nukleat mengalami
denaturasi.

Pengaruh konsentrasi
Pada konsentrasi relatif tinggi, senyawa-senyawa seperti urea (CO(NH 2)2) dan
formamide (COHNH2) dapat merusak ikatan hydrogen yang berada pada asam nukleat.
Karena konsentrasi yang relatif tinggi, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi
berkurang dan menyebabkan rantai asam nukleat ganda mengalami denaturasi.

Kerapatan apung asam nukleat


Kerapatan apung atau lebih dikenal dengan istilah buoyant density yang dimiliki oleh
DNA dapat digunakan untuk menganalisis dan memurnikan DNA tersebut.

RINGKASAN

Struktur paling dasar dalam membentuk asam nukleat adalah DNA dan RNA. Baik DNA
maupun RNA tersusun atas ikatan antara gula dengan basa nitrogen yang disebut nukleosida.
Nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat disebut nukleotida.

Pada asam nukleat, terdapat ikatan glikosidik yang menghubungkan antara gula pentose
dengan basa nitrogen serta ikatan kovalen yang dinamakan ikatan fosfodiester dimana ikatan
tersebut menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentose dan gugus
hidroksil pada posisi 3 gula pentose pada nukleotida berikutnya

DNA adalah suatu asam nukleat yang menyimpan segala informasi biologis yang unik dari
makhluk hidup. DNA selain pada struktur primernya juga terdapat struktur sekunder yakni yang
berbentuk DNA A, DNA B dan DNA Z serta struktur tersier yang terdiri dari bentuk superkoil dan
sirkuler.

RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA. Tidak seperti DNA yang biasa
dijumpai pada inti sel, RNA biasa ditemukan di sitoplasma terutama di ribosom. RNA secara
struktur selain struktur primer, dibagi atas struktur sekunder, tersier dan kuartener. Selain itu, RNA
terdiri atas beragam jenis. Jenis-jenis RNA antara lain mRNA, tRNA dan rRNA.

Berdasarkan sifat-sifat fisik dan kimia nya, asam nukleat dapat ditinjau dari pengaruh pH,
stabilitas asam nukleat, viskositas asam nukleat, pengaruh suhu, pengaruh konsentrasi serta
kerapatan apung asam nukleat.

DAFTAR PUSTAKA

Berg, J. M., Tymoczko, J. L. & Stryer, L., 2010. Biochemistry. 7th Edition ed. s.l. New York: W.H.
Freeman & Company.

Dahm, R. 2008. Discovering DNA: Friedrich Miescher and the Early Years of Nucleic Acid
Research.

Jeremy M Berg, John L Tymoczko, and Lubert Stryer, 2002. Biochemistry 5th edition. W H
Freeman.

Lodish, Harvey. Berk, Arnold, et al., 2000. Molecular Cell Biology. New York: W. H. Freeman

Nakamura, Teruya. Et al., 2012. Watching DNA Polymerase n Make a Phosphodiester Bond.
http://www.nature.com/nature/journal/v487/n7406/full/nature11181.html. Diakses pada 16 Februari
2014

Walter, P. et al., 2008. Molecular Biology of the Cell. 5th edition, Extended version ed. New York:
Garland Science.

Wolfram Saenger. 1984. Principles of Nucleic Acid Structure. New York: Springer-Verlag

FUNGSI ASAM NUKLEAT


Lucia Purwanti, 1206212496

Abstrak
Asam nukleat dibagi menjadi dua, yaitu DNA dan RNA. Secara umum, DNA berperan dalam
penyimpanan materi genetik organisme sedangkan RNA berperan dalam sintesis DNA menjadi
protein. Selain itu, secara umum dijelaskan bahwa hanya ada tiga jenis RNA yang ketiganya
berperan dalam sintesis protein, yaitu mRNA, tRNA dan rRNA. Namun demikian, pada
kenyataannya asam nukleat memiliki fungsi yang lebih kompleks dalam proses pengaturan seluler
organisme. DNA dapat mengautokatalisis DNA itu sendiri ataupun mensintesis protein. Selain itu,
RNA tidak hanya berfungsi membantu DNA untuk sintesis protein, namun RNA juga berperan
sebagai katalis reaksi enzimatik, interferensi RNA (RNAi) dan mampu berperan sebagai pengganti
DNA pada beberapa virus (RNA genetik).
Kata kunci : DNA, autokatalisis, heterokatalisis, mRNA, tRNA, rRNA, RNA genetik, RNAi

Asam nukleat merupakan suatu biopolimer yang tersusun atas banyak nukleotida sehingga
asam nukleat juga disebut sebagai polinukleotida. Turunan parsial nukleotida terdiri atas gula
pentosa, gugus fosfat dan basa nitrogen. Asam nukleat berdasarkan jenis gula yang
menyusunnya, dibagi menjadi dua, yaitu Deoxyribonucleic Acid (DNA) dan Ribonucleic Acid
(RNA). Basa nitrogen yang terdapat dalam DNA maupun RNA adalah purin dan pirimidin. Purin
pada kedua jenis asam nukleat tersebut sama-sama Adenin dan Guanin. Namun terdapat
perbedaan dalam pirimidin. Pada DNA, pirimidin terdiri dari Timin dan Sitosin, sedangkan pada
RNA pirimidin terdiri dari Urasil dan Sitosin. DNA dan RNA secara struktural memang berbeda dan
memiliki fungsi yang berbeda pula. Selain itu terdapat nukleotida bebas dalam bentuk monomer
yaitu ATP yang berperan sebagai energi untuk aktivitas seluler organisme.
DEOXYRIBONUCLEIC ACID
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan kumpulan asam nukleat yang terdiri dari gula
deoksiribosa, gugus fosfat dan basa nitrogen (purin dan pirimidin). Purin DNA terdiri dari Adenin
dan Guanin, sedangkan pirimidin DNA terdiri dari Timin dan Sitosin. DNA secara umum berfungsi
sebagai tempat penyimpanan materi genetik. Dalam satu sel, DNA memiliki molekul yang sangat
banyak, maka dari itu DNA harus dimampatkan dalam bentuk kromosom. Pada sel eukariotik, DNA
terlindungi di dalam nukleus, sedangkan pada sel prokariotik DNA terdapat pada nukleoid
sehingga tidak dibatasi membran inti sel.
DNA tidak hanya mengkode cetak biru protein seluler, tetapi juga memberi instruksi lokasi protein
dibuat dan kapan protein tersebut dibuat. Sebagai contoh, hemoglobin pembawa oksigen dibuat
dalam sel-sel darah merah, bukan di sel-sel saraf. Padahal, sel darah merah dan sel saraf memiliki
jumlah genetik yang sama.
DNA bersifat autokatalis, yatitu dapat menggandakan dirinya sendiri. Proses penggandaan
diri ini disebut replikasi DNA. Selain itu, DNA juga bersifat heterokatalis, yaitu DNA mampu
mensintesis molekul lain seperti RNA dan protein. DNA mensintesis RNA terlebih dahulu,
kemudian RNA tersebut mensintesis protein yang dibutuhkan. Protein-protein ini memiliki fungsi
spesifik dalam mengatur metabolisme sel. Dengan kata lain, DNA merupakan pengontrol aktivitas
metabolisme sel.
Jadi fungsi DNA antara lain:
1
2
3
4

Sebagai penyimpan informasi genetik dari induk ke anaknya.


Sebagai perancang sintesis protein yang akan dibuat.
Sebagai pensintesis RNA yang berperan dalam sintesis protein
Sebagai pengatur aktivitas sel (secara tidak langsung).

RIBONUCLEIC ACID (RNA)

Di dalam organisme, terdapat ribuan RNA yang memiliki peran spesifik. Berdasarkan
kemampuannya sebagai materi genetik, RNA dibagi menjadi dua, yaitu RNA genetik dan RNA nongenetik.
1 RNA genetik
RNA genetik merupakan RNA yang berperan seperti DNA, yaitu sebagi materi genetik
organisme yang diwarisi dari induknya. RNA ini ditemukan dalam virus-RNA, contohnya
retrovirus. RNA virus disuntikkan ke dalam tubuh inang. Selanjutnya RNA mengambil kendali
atas proses sintesis protein dalam sel inang sehingga dapat membentuk materi genetik sesuai
dengan kebutuhan virus.
2 RNA non-genetik
RNA non-genetik merupakan RNA yang memiliki fungsi selain sebagai penyimpan kode
genetik. Terdapat banyak jenis RNA non-genetik, diantaranya RNA yang telah umum dikenal
berperan dalam sintesis protein seperti mRNA, tRNA dan rRNA, serta RNA yang jarang
didengar orang awam antara lain siRNA, miRNA, hnRNA
a mRNA
Messenger RNA (mRNA) atau RNA duta (RNAd) merupakan RNA yang berperan
sebagai pembawa informasi genetik untuk sintesis protein. mRNA hanya berjumlah
sekitar 5-10% dan membawa kode informasi genetik dalam bentuk triplet basa yang
disebut kodon. Kode genetik ini dibawa dari DNA di nukleus ke ribosom.
b

tRNA
RNA transfer (tRNA) juga berperan dalam sintesis protein. tRNA berfungsi untuk
menerjemahkan kode genetik yang telah dibawa oleh mRNA. Kode genetik ini
ditranslasi / diterjemahkan menjadi asam amino. tRNA hanya berjumlah 10-15% dalam
satu sel.

rRNA
Ribosomal RNA merupakan RNA dengan persentase terbanyak, yaitu mencapai
75-80% dari total RNA dalam suatu sel, hal ini disebabkan oleh adanya ribuan ribosom
yang terdapat di dalam satu sel. rRNA merupakan sebagian besar kandungan ribosom
dan berfungsi sebagai katalis dalam pembentukan asam amino (sintesis protein).

Heteregoneous Nuclear RNA (hnRNA) dan Small Nuclear RNA (snRNA)


hnRNA dan snRNA disebut juga pre-mRNA. Dalam proses transkripsi DNA
menjadi mRNA, terjadi fase hnRNA dan snRNA. Mekanisme transkripsi DNA adalah
DNA genomik mengalami transkripsi menjadi hnRNA. hnRNA merupakan prekursor
mRNA dan memiliki kodon untuk mengkode informasi genetik. Selanjutnya, hnRNA
mengalami pemrosesan ekstensif sehingga berubah menjadi snRNA. snRNA berperan
dalam pemotongan dan penggabungan RNA (RNA splicing). Dalam RNA terdapat ekson
dan intron, ekson bergabung bersama sesama ekson sedangkan intron yang tidak
memiliki kemampuan mengkode dipisahkan dari strand RNA. Gabungan dari eksonekson inilah yang membentuk mRNA matang dan siap mengkode informasi genetik.
Jadi mekanisme sintesis protein adalah:

DNA
e

hnRN
A

snRN
A

mRN
A

rRNA

tRNA

protei
n

Micro-RNA (miRNA)
miRNA merupakan RNA yang berukuran sangat kecil, yaitu hanya terdiri atas 2226 nukleotida dan berfungsi sebagai pengatur ekspresi gen. miRNA berperan dalam
menghambat ekspresi gen dengan cara berikatan pada mRNA tertentu. Pada
kebanyakan hewan, miRNA memiliki struktur basa yang tidak sempurna ikatannya
sehingga dapat mengikat RNA lain. Akibatnya, ada beberapa kode genetik yang tidak
tertranslasi sehingga protein tertentu tidak dapat diproduksi. miRNA juga dapat berperan
dalam timbulnya penyakit kanker.

Small interference RNA (siRNA)


siRNA merupakan RNA kecil yang berperan dalam interferensi RNA, yaitu suatu
mekanisme interferensi RNA agar protein tertentu tidak diproduksi. mRNA dihancurkan
sebelum berhasil melakukan transkripsi kode genetik. Proses interferensi RNA
contohnya ini terjadi pada perusakan mRNA yang mengandung kode genetik virus
sehingga protein virus tidak dapat diproduksi.

X-inactive specific transcript RNA (xist-RNA)


Xist-RNA merupakan RNA yang ada pada sel mamalia betina yang berperan
untuk menginaktivasi transkripsi kromosom X. Inaktivasi salah satu kromosom X terjadi
karena proses diferensiasi. Akibatnya, hanya terdapat satu kromosom saja yang aktif.

Small Nucleolar RNA (snoRNA)


snoRNA merupakan RNA yang terletak pada nukleoli (anak inti sel). snoRNA ini
berperan dalam pembentukan rRNA yang merupakan komponen utama ribosom dan
dapat sebagai katalis sintesis protein. snoRNA memiliki fungsi utama membantu rRNA
dalam proses modifikasi basa nitrogennya.

Gambar 1. Proses snoRNA memandu modifikasi basa mRNA target


Eddy, Sean R., 2001. Non Coding RNA Genes and Modern RNA World.
Enzim RNA (Ribozyme)
Ribozim merupakan jenis RNA enzim yang berperan sebagai katalisis berbagai reaksi
seluler, contohnya dalam proses replikasi, transkripsi mRNA dan pemotongan-penggabungan RNA
(RNA-splicing). Ribozim tidak memerlukan protein untuk menginisiasi proses kerjanya.

Riboswitches
Riboswitch merupakan RNA yang berperan dalam proses mengaktifkan atau
menonaktifkan ekspresi gen. Riboswitch ini merupakan sensor yang mendeteksi dan merespon
rangsang dari lingkungan maupun secara metabolisme terkait dengan ekspresi gen. Riboswitch

contohnya terdapat pada Listeria monocytogenes yang akan aktif jika


memasuki tubuh inang.

terkena panas ketika

Gambar 2. Mekanisme aktif-inaktif ekspresi gen oleh Riboswitches (Serganov, A. & Patel, D. J.
Ribozymes, riboswitches and beyond: Regulation of gene expression without proteins. Nature
Reviews Genetics 8, 776790 (2007) doi:10.1038/nrg2172)
NUKLEOTIDA BEBAS
Di dalam sel organisme, terdapat nukleotida bebas yang tidak berikatan dengan nukleotida
lain (monomer). Nukleotida ini bukan merupakan bagian integral dari asam nukleat namun
memiliki struktur sama dengan asam nukleat karena sama-sama merupakan nukleotida.
Nukleotida bebas tersebut antara lain :
1 Sebagai nukleotida
a Derivat nukleosida/nukleotida
Derivat nukleotida ini antara lain ATP (Adenosine Triphosphate), ADP (Adenosine
Diphosphate), GTP (Guanosine Triphosphate), GDP (Guanosine Diphosphate) dan
senyawa-senyawa fosfat derivat purin atau pirimidin. Senyawa ini berfungsi sebagai
sumber energi utama untuk berbagai aktivitas seluler seperti kontraksi mikrotubulus,
transpor aktif dan mengatur pertukaran ion.
b S-Adenosil Methionine (Metionin aktif), 3-phospho adenosine-5-phosphosulphate
(sulfat aktif)
2 Sebagai koenzim
Nukleotida membentuk senyawa yang bekerja sebagai koenzim yang mempercepat reaksi
enzimatik. Koenzim yang terbentuk dari nukleotida antara lain kodehidrogenase FAD
(Flavin Adenine Dinucleotide), NAD (Nicotinamide Adenine Dinucleotide) dan NADP
(Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate)

RINGKASAN
DNA merupakan polinukleotida dengan gula deoksiribosa yang berperan sebagai
penyimpan informasi genetik. Selain itu, DNA dapat memperbanyak dirinya sendiri (autokatalis)
dan mensintesis senyawa lain (heterokatalis). Melalui RNA, DNA memberi kode untuk proses
sintesis protein. Protein inilah yang akan banyak berperan dalam proses pengaturan sel.
RNA berperan dalam pembentukan protein, RNA tersebut antara lain hnRNA, snRNA,
mRNA, tRNA dan rRNA. Selain itu RNA juga berperan sebagai enzim yang mengkatalisis reaksi
seluler seperti RNA splicing. RNA juga berperan sebagai riboswitch yang dapat mengaktifkan
ataupun mematikan ekspresi gen. RNA secara langsung berfungsi untuk mengatur ekspresi gen
yang sebelumnya telah dikomandokan oleh DNA.
Selain polinukleotida, terdapat nukleotida bebas yang berfungsi sebagai penghasil energi,
contohnya ATP dan ADP. Beberapa koenzim juga merupakan nukleotida bebas yang berperan
dalam mengkatalisis reaksi seluler, contohnya NAD, NADP dan NADPH.

Referensi
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al., 2002. Molecular Biology of The Cell 4th Edition. New York:
Garland Science.
Eddy, S. 2010. Non-coding RNA genes and the modern RNA world. Nature Reviews Genetics 2,
919929 edisi:10.1038/35103511
Hardjaasmita, 2000. Ikhtisar Biokimia Dasar B. Jakarta : Balai Penerbit FKUI.
Marks, Dawn B, Marks, Allan D.,Smith, Collen M., 2000. Biokimia Kedokteran Dasar : Sebuah
Pendekatan Klinis. Diterjemahkan oleh : Joko Suyono. Jakarta: EGC.
Serganov, A. & Patel, D. J. Ribozymes, riboswitches and beyond: Regulation of gene expression
without proteins. Nature Reviews Genetics 8, 776790 (2007) doi:10.1038/nrg2172
Anonim, 2012. Deoxyribonucleic Acid (DNA). Diakses dari National Human Genome Research
Institute Website https://www.genome.gov/25520880 pada 15 Februari 2014.
Griffiths, AJF. Miller, JH. Suzuki, DT et al., 2000. An Introduction to Genetic Analysis. 7th edition.
New York: W.H. Freeman. Diakses dari: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21853/
pada Sabtu, 15 Februari 2014.
Plath, K. Mlynarczyk-Evans, S. Nusinow, D.A. Panning, B., 2002. Xist RNA and The Mechanism of
X Chromosome Inactivation [e-artikel]. Diakses dari: US National Library of Medicine,
National Institute Unit of Health http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12429693 pada 16
Februari 2014

Deteksi Asam Nukleat


Tiara Febriani - 1206262140

Departemen Teknik Kimia, Universitas Indonesia Depok

ABSTRAK
Deteksi atau analisis asam nukleat dapat dibagi menjadi 2 macam, yaitu analisis kuantitatif
dan kualitatif. Berdasarkan analisis kuantitatif, terdapat beberapa metode yaitu Polymerase Chain
Reaction (PCR), microarray, dan Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). Sedangkan untuk
analisis kualitatif terdapat metode hibridisasi in-situ, elektroforesis, sequencing, dan blotting. Setiap
metode analisis memiliki kelebihan dan kekurangannya masing-masing dan digunakan sesuai
keadaan yang ingin dideteksi dan keadaan DNA atau RNA pada sampel semula.

KATA KUNCI : Analisis kuantitatif, PCR, SAGE, microarray, analisis kualitatif, elektroforesis,
sequencing, blotting, hibridisasi in-situ, DNA, RNA

Analisis Kuantitatif
Deteksi asam nukleat secara kuantitatif mencakup analisis RNA dan DNA. Analisis RNA
secara kuantitatif bertujuan untuk mengukur konsentrasi dari rangkaian RNA yang spesifik.
Sedangkan analisis DNA secara kuantitatif digunakan untuk mendeteksi duplikasi atau delesi DNA
seperti aneuploidi kromosom dan hilangnya heterozigositas.

Gambar 1. Alur analisis kuantitatif RNA

Pertama, sel yang homogen dipersiapkan dan dapat diperoleh melalui Laser Capture
Microdissection (LCM) dan flow cytometry. Lalu, RNA harus dipersiapkan dengan mencegah RNA
terdegradasi dengan menambahkan inhibitor RNase. RNA tanpa ekor poly(A) juga dapat hilang
selama proses pemurnian. Lalu, RNA mengalami reverse transcription dan dapat dilanjutkan
dengan metode teknik yang berbeda-beda, diantaranya SAGE, PCR, dan microarray.

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu teknik yang paling umum
digunakan dan sampai saat ini adalah teknik yang paling sensitif untuk mendeteksi asam nukleat.
PCR merupakan metode yang digunakan untuk menambah jumlah rangkaian DNA spesifik secara
eksponensial dengan mengatur suhu dari reaksi. Pertama, suhu dinaikkan sehingga DNA akan
terdenaturasi, kemudian suhu diturunkan sehingga potongan primer DNA dapat terhibridisasi
dengan tiap rantai dari susunannya pada ujung yang berlawanan. Sebuah enzim thermostable,
Taq, DNA polymerase yang aktif pada suhu tinggi, kira-kira 92 OC, akan bergabung dan
memperpanjang potongan primer pada suhu menengah sehingga dua salinan susunan rantai
ganda akan terbuat.
Efisiensi untuk setiap reaksi PCR dapat dikuantifikasi. Hubungan antara konsentrasi
susunan awal dan gerakan amplilfikasi dimanfaatkan untuk kuantifikasi asam nukleat.
Kesensitifan dari PCR dapat digambarkan dengan rumus eksponensial sebagai berikut :

N n=N 0 ( 1+ E )n
dimana Nn merupakan jumlah molekul DNA setelah n siklus PCR, N0 merupakan jumlah molekul
sebelum PCR, dan E merupakan efisiensi proses (jika 0<E<1, maka proses berjalan optimal).
Dari persamaan diatas, dapat dilihat bahwa efisiensi memegang peranan besar dalam
proses analisis. efisiensi biasanya bergantung pada panjang dan rangkaian dari DNA yang akan
dianalisis, bagaimana primernya didesain, konsentrasi buffer reaksi (Mg 2+, dNTP, dan lain-lain),
dan suhu dan waktu pada setiap langkah siklus PCR. Namun, efisiensi dapat berubah selama
proses yang disebabkan oleh hilangnya aktivitas enzim, akumulasi molekul pyrophosphate, dan
konsumsi reagen.
PCR digunakan sebagai standar kuantifikasi asam nukleat dan umumnya digunakan untuk
validasi hasil dari analisis microarray. PCR juga digunakan ketika bahan baku (sel, jaringan, RNA)
terbatas dan dibutuhkan kesensitifan atau ketepatan yang tinggi. Namun, probe Taqman yang
digunakan cukup mahal untuk laboratorium penelitian akademis biasa dan optimisasi PCR
membutuhkan waktu yang lumayan lama. Alternatif yang lebih murah seperti SYBR hijau dapat
mengurangi spesifitas dan ketepatan. Maka, pada umumnya, hanya beberapa gen yang dianalisis
dengan PCR. Dikarenakan sensitivitasnya yang tinggi, kontaminasi pun sangat mudah terjadi jika
menggunakan metode ini.
PCR dapat diaplikasikan untuk mengklasifikasi organisme, genotipe, arkaelogi molekular,
deteksi mutasi, sequencing, penelitian kanker, deteksi patogen, DNA fingerprinting, penemuan
obat, rekayasa genetika, dan diagnosa sebelum kelahiran.

Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)


SAGE merupakan metode kuantifikasi dengan mengisolasi beberapa mRNA individu
menjadi sebuah rantai molekul DNA panjang untuk analisis sequencing.
Metode analisis SAGE dapat dibagi menjadi beberapa langkah sebagai berikut :
1
2
3
4
5
6

Mengisolasi mRNA dari sampel lalu menggunakan metode transkripsi terbalik


Mengekstraksi potongan kecil dari susunan tertentu pada setiap molekul mRNA
menggunakan enzim restriksi, contohnya NlaIII
Menyambung potongan-potongan tersebut membentuk rantai panjang menggunakan
oligonukleotida dupleks
Menduplikat rantai ini menjadi vektor
Melakukan sequencing terhadap rantai-rantai tersebut
Memproses data dengan komputer untuk menghitung sequence tags kecil

Gambar 2. Langkah Analisis SAGE


SAGE memiliki beberapa kelebihan seperti tidak diperlukannya hibridisasi, gen yang
dideteksi dapat diketahui setelah percobaan yang berarti gen yang tidak diketahui sebelumnya
dapat dianalisis dan ditemukan apa gen tersebut, dapat mengidentifikasi gen-gen baru
menggunakan tag sebagai PCR primer. Namun, SAGE juga memiliki beberapa kekurangan
berikut, yaitu SAGE tidak mampu mengukur level ekspresi gen aktual, ukuran rata-rata tag yang
diproduksi selama analisis SAGE adalah sepuluh basis dan ini dapat membuat memasangkan tag
kepada transkrip spesifik dengan tepat menjadi sulit, dan memasangkan tiap tag kepada transkrip
mRNA dapat menjadi lebih susah dan ambigu jika kesalahan sequencing juga diperhitungkan
dalam proses.

Microarray
Microarray merupakan teknik yang menganalisis ratusan hingga ribuan sampel asam
nukleat secara bersamaan. Microarray digunakan untuk menentukan profil transkripsi, sequencing
ulang, menentukan genotipe, interaksi DNA-protein, indentifikasi sel baru, dan lainnya. Microarray
digunakan karena dapat menganalisis ribuan gen secara bersamaan, menemukan fungsi gen,
analisis mutasi dan transgenik, identifikasi obat, dan penelitian penyakit seperti gangguan mental,
penyakit jantung, dan penyakit menular.
Berikut merupakan langkah-langkah yang dilakukan dalam teknik analisis microarray:
1
2

Mengambil mRNA yang terdapat dalam sel yang akan dianalisis


Menambahkan enzim transcriptase terbalik yang mengubah mRNA menjadi cDNA, dalam
proses ini terdapat nukleotida fluoresens yang akan menempel pada cDNA
3 Menempatkan cDNA kedalam plat microarray DNA
4 cDNA yang mewakili mRNA dalam sel akan mengalami hibridisasi atau berikatan dengan
DNA komplementer sintetis yang menempel pada plat microarray dan meninggalkan tag
fluoresens
5 Menggunakan scanner khusus untuk mengukur intensitas fluorosensi untuk setiap daerah
plat microarray
Jika gen tersebut sangat aktif, ia akan memproduksi banyak molekul mRNA, maka akan
terdapat banyak cDNA, yang akan terhibridisasi dengan DNA pada plat microarray dan
menghasilkan titik fluoresens yang sangat terang. Gen yang kurang aktif memproduksi mRNA dan
cDNA yang lebih sedikit, maka titik fluoresensnya akan lebih redup. Jika tidak ada fluoresensi,
maka tidak ada mRNA yang terhibridisasi dengan DNA yang berarti gennya tidak aktif.
Microarray memiliki beberapa kelebihan, seperti banyaknya informasi yang diperoleh melalui
satu tes, efisiensi waktu, biaya relatif kecil, dan hasilnya dapat dipertanggungjawabkan.
Sedangkan kekurangan dari microarray adalah karena reaksinya tidak terisolasi, data cenderung

lebih berantakan dan sampel gen yang akan diidentifikasi harus ada di dalam chip data, yang
berarti dengan teknik microarray, kita tidak bisa mengidentifikasi gen yang belum diketahui.

Gambar 3. Ilustrasi Metode Microarray

Analisis Kualitatif
Analisis kualitatif ditujukan untuk mengetahui keberadaan susunan atau gen tertentu dalam
asam nukleat. Analisis dapat digunakan untuk deteksi produk spesifik, misalnya patogen, atau
penentuan variasi susunan asam nukleat, misalnya deteksi subtipe virus.

Elektroforesis
Elektroforesis merupakan metode analisis kualitatif yang bertujuan untuk memisahkan
fragmen-fragmen DNA. Prinsip dari metode ini adalah dengan memindahkan potongan nukleotida
melalui gel agarosa di dalam medan listrik yang kemudian divisualisasi menggunakan pewarna
fluoresens atau radionukleotida.
Pemisahan dari fragmen-fragmen DNA dilakukan pada media gelatin seperti gel agarosa.
Pertama, gel agarosa dipersiapkan terlebih dahulu. Media gel dapat dibuat dengan cara
menimbang gel agarosa lalu dimasukkan ke dalam labu erlenmeyer dan mencampurnya dengan
0.5xTBE. Lalu, gel agarosa dipanaskan hingga meleleh dan didinginkan hingga suhunya mencapai
50OC kemudian menambahkan ethidium bromida dengan tujuan agar DNA dapat terikat dan
memberikan warna pada DNA. Gel agarosa yang sudah dihasilkan kemudian diletakkan dalam
sebuah wadah atau tangki. Kemudian benda yang menyerupai bentuk sisir diletakkan diatas gel
agarosa dan didiamkan selama 30 menit. Hal tersebut bertujuan agar rongga yang dihasilkan oleh
sisir dapat dianggap sebagai pori-pori pada gel agarosa.
Gel agarosa yang sudah siap kemudian dijadikan media untuk proses elektroforesis. Pada
gel terdapat rongga kecil yang kemudian akan diisi oleh sampel DNA yang akan diuji. Sampel DNA
akan berpindah dari elektroda negatif menuju elektroda positif karena DNA memiliki muatan
negatif. Dalam proses pergerakan, laju perpindahan dari DNA akan dipengaruhi oleh pori-pori yang
terdapat pada gel agarosa. DNA dengan panjang rantai yang lebih pendek akan bergerak lebih
mudah pada media agarosa dibandingkan dengan DNA dengan rantai yang lebih panjang.
Berdasarkan hal tersebut, dapat dilihat bahwa DNA dapat diklasifikasikan berdasarkan
panjangnya.

Gambar 4. Ilustrasi Metode Elektroforesis

Blotting
Blotting merupakan teknik yang banyak digunakan untuk menentukan letak genom, gen,
atau susunan sampel dari campuran DNA atau RNA. Blotting dapat dibagi menjadi southern blot,
northern blot, dan west blot.
Southern blot merupakan metode standar untuk menganalisis potongan DNA tertentu yang
dibelah oleh enzim restriksi. Hasil dari southern blot menyajikan informasi tentang identitas,
ukuran, dan kelimpahan DNA. Teknik ini merupakan teknik klasik yang melibatkan pemisahan
potongan DNA berdasarkan ukuran dengan elektroforesis, memindahkan potongan ke membran,
hibridisasi dengan probe susunan spesifik, pencucian, dan deteksi DNA.
Northern blot merupakan pendektan standar untuk menentukan ukuran dan kelimpahan
mRNA dari gen spesifik dalam sampel berupa RNA. RNA tidak bisa dibelah menggunakan enzim
restriksi seperti pada analisis DNA. Transkrip RNA berbeda panjang secara alami, namun
tergantung ukuran dan jumlah exon dalam gen. Maka, total RNA sel yang didapat dari tipe sel
tertentu dapat dipisahkan tergantung ukurannya oleh elektroforesis agarose gel. Meskipun RNA
memiliki rantai tunggal, ia harus didenaturasi sebelum elektroforesis untuk menghindari basa yang
berpasangan antar regangan pendek basa komplementer dalam molekul yang sama. Lalu,
prosesnya sama seperti teknik southern blot.
Western blot merupakan teknik analisis untuk mendeteksi protein spesifik dana sebuah
sampel jaringan homogen atau ekstrak. Metode ini menggunakan elektroforesis gel untuk
memisahkan protein atau denaturasi protein oleh panjang dari polipeptida. Kemudian, protein
dipindahkan ke sebuah membran yang biasanya merupakan nitroselulosa atau PVDF dimana
membran tersebut diwarnai oleh antibodi spesifik terhadap protein target.

Gambar 5. Langkah Metode Nothern Blotting

Hibridisasi In-Situ
Hibridisasi in-situ merupakan metode analisis kualitatif yang digunakan untuk mendeteksi
susunan spesifik dalam suatu jaringan atau sel dengan menghibridisasi utas dari probe nukleotida
dengan susunan yang diinginkan pada suatu wadah tertentu.
Prinsip dasar dari hibridisasi in situ adalah deteksi nukleotida dalam RNA dan DNA sebuah
sampel menggunakan probe. Probe adalah sebuah potongan dari DNA yang memiliki panjang
beragam dan dapat dibuat dengan metode PCR.
Terdapat dua cara yang berbeda untuk memvisualisasi RNA dan DNA target secara in situ,
yaitu Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) dan Chromogenic In Situ Hybridization (CISH).
Perbedaan FISH dengan CISH terletak pada alat dan sampel yang digunakan pada setiap metode.
Pada metode CISH, alat yang digunakan merupakan bright-field microscopy dan memiliki
kelebihan untuk melihat sinyal CISH dan morfologi jaringan secara bersamaan. Aplikasi utama dari
CISH merupakan diagnose patogen molekular. Sedangkan untuk FISH, metode ini dibagi menjadi
dua yaitu RNA-FISH dan DNA-FISH. Alat yang digunakan untuk kedua metode ini sama, yaitu
fluorescence microscopy dan memiliki kelebihan yang sama, yaitu dapat memvisualisasi lebih dari
satu target pada sampel yang sama. Namun, kedua metode ini memiliki aplikasi utama yang
berbeda. DNA-FISH digunakan pada umumnya untuk mendeteksi keberadaan gen, jumlah dan
letak, dan analisis mutasi. RNA-FISH digunakan untuk ekspresi gen dan lokalisasi RNA.
Proses hibridisasi dimulai dengan imobilisasi DNA sampel agar penangan sampel dapat
dilakukan dengan lebih mudah (posisi DNA menjadi tetap). Proses tersebut dilakukan dengan
tahapan elektroforesis yang kemudian dipindahkan menuju kertas filter berupa nilon atau
nitroselulosa. DNA yang sudah terimobilisasi kemudian akan di denaturasi, hal ini dilakukan agar
DNA sampel yang akan dianalisis dapat terhibridisasi dengan probe. Denaturasi dilakukan dengan
memanaskan DNA dengan NaOH. DNA tersebut kemudian akan dipindahkan menuju sebuah
membran baru. Proses pemindahan DNA kepada media baru dilakukan dengan metode blotting.
Kemudian proses hibridasi antara DNA sampel dan probe dapat dilakukan.

Gambar 6. Ilustrasi Metode Hibridisasi In-Situ

Sequencing
Sequencing asam nukleat menentukan susunan basa nukleotida dalam potongan DNA
atau RNA. Sequencing telah diaplikasikan dalam diagnosa molekular, rekayasa genetika, forensik,
dan biologi sistem. DNA sequencing digunakan untuk menentukan urutan genom yang sangat
menguntungkan penelitian medis dan farmasi. Contohnya penyakit genetic seperti Alzheimer,
cystic fibrosis, dan lainnya dapat diidentifikasi gennya. Kanker juga dapat dideteksi dengan
mengamati gen tertentu menggunakan metode ini.
Analisis DNA sequencing dapat menggunakan metode Sanger, yaitu pemutusan rantai,
atau metode Maxam-Gilbert, yaitu pembelahan secara kimiawi. Prinsip dari metode sanger yaitu

menambahkan dideoksinukleotida (ddNTP) kedalam nukleotida standar (NTP) yang ditemukan di


dalam DNA. Dideoksinukleotida pada dasanya sama dengan nukleotida namun memiliki gugus
hidrogen pada rantai karbon yang ke-3, bukan gugus hidroksida (OH). Nukleotida yang telah
dimodifikasi jika diintegrasikan menjadi sebuah susunan akan mencegah penambahan nukleotida
lainnya. Ini terjadi karena ikatan fosfodiester tidak dapat terbentuk diantara dideoksinukleotida dan
nukleotida yang akan datang, maka rantai DNA akan terputus.
Sebelum DNA dapat melalui proses sequencing, maka ia harus didenaturasi menjadi rantai
tunggal menggunakan panas. Lalu, primer akan ditambahkan kepada salah satu rantai. Primer ini
dibuat sedemikian rupa agar ujungnya terletak pada susunan DNA yang diinginkan. Primer atau
salah satu nukleotida harus bersifat radioaktif atau fluoresen agar produk akhir dapat dideteksi
oleh gel. Ketika primer telah menempel pada DNA, campuran dibagi menjadi empat tabung, yaitu
G, A, T, dan C. Lalu pelarut ditambahkan kepada sampel, pelarut berupa keempat dNTP, ddGTP
atau ddATP atau ddTTP atau ddCTP, dan DNA polymerase. Lalu keempat tabung melalui proses
elektroforesis. Hasil dari elektroforesis akan menunjukkan panjang gelombang berbeda yang akan
menentukan identitas dan letak tiap nukleotida pada susunannya.

Gambar 7. Ilustrasi Metode Sanger

Perbedaan metode Sanger dengan Maxam-Gilbert, pada metode Maxam-Gilbert


digunakan DNA berantai ganda dan membutuhkan modifikasi basa pada DNA yang diikuti
pembelahan kimiawi basa spesifik. Pertama, DNA berantai ganda diberi label dengan
menempelkan gugus fosfor radioaktif (32P) pada ujung ke-5. Enzim polinukleotida kinase dan 32PdATP digunakan disini. Lalu menggunakan dimetil sulfoksida dan memanaskan hingga 90 OC,
kedua rantai DNA akan terputus dan dimurnikan. Rantai tunggal sampel akan dipisahkan menjadi
sampel terpisah dan masing-masing dihubungkan dengan salah satu pelarut pembelahan. Proses
ini melibatkan modifikasi basa yang dilanjutkan oleh pemindahan basa yang telah dimodifikasi.
Lalu, piperidine digunakan untuk membelah rantai dimana basa yang telah dimodifikasi tersebut
berpindah. Jika reaksi diatur untuk memberi hanya satu atau beberapa pembelahan per molekul
DNA, maka akan terbentuk potongan DNA yang memiliki panjang berbeda. Lalu sampel akan
dilakukan proses elektroforesis dan hasilnya akan terlihat.

Gambar 8. Ilustrasi Metode Maxam-Gilbert

SUMMARY
Analisis kuantitatif dapat dibagi menjadi beberapa metode, yaitu PCR yang merupakan
penggandaan DNA spesifik dengan pengaturan suhu. PCR telah diaplikasikan pada beberapa
bidang, diantaranya untuk sequencing dan bidang biomedical, SAGE yang mengisolasi beberapa
mRNA individu menjadi sebuah rantai molekul DNA panjang yang kemudian dilanjutkan oleh
analisis sequencing, dan microarray, yaitu metode yang dapat menganalisis sampel asam nukleat
banyak dalam waktu yang bersamaan sehingga sangat efisien terhadap waktu.
Analisis kualitatif dibagi menjadi elektroforesis, hibridisasi in-situ, sequencing, dan blotting.
Elektroforesis merupakan metode analisis untuk memisahkan potongan DNA dengan
memindahkan potongan tersebut melalui media berupa gel agarosa dalam medan listrik lalu
divisualisasi fluoresensinya. Hibridisasi in-situ adalah metode yang digunakan untuk mengetahui
susunan spesifik suatu jaringan atau sel dengan menghibridisasi utas dari probe nukleotida pada
wadah tertentu. Sequencing adalah metode untuk menentukan susunan basa nukleotida dalam
potongan DNA atau RNA. Metode sequencing dapat dibagi menjadi dua macam, yaitu metode
Sanger dan Maxam-Gilbert. Metode Sanger merupakan metode pemutusan rantai, sedangkan
metode Maxam-Gilbert merupakan metode pembelahan kimiawi. Blotting adalah teknik yang
digunakan untuk menentukan letak gen atau susunan sampel dari DNA atau RNA. Blotting dapat
diklasifikasikan menurut asam nukleatnya, yaitu Southern Blotting untuk menganalisis DNA,
Western Blotting untuk menganalisis protein, dan Northern Blotting untuk menganalisis protein.

REFERENSI
Bioinformatics Program and Center for Advanced Biotechnology. 2003. Quantitative
Analysis of Nucleic Acids the Last Few Years of Progress. Available at <http://www.genequantification.org/ding-cantor-na-analysis-2004.pdf> [Accessed 13 February 2014]
Davidson College. 2003. The Sanger Method. [online] Available at: <
http://www.bio.davidson.edu/courses/molbio/molstudents/spring2003/obenrader/sanger_method_p
age.htm> [Accessed 16 February 2014]
Department of Biochemistry. 2001. Use of serial analysis of gene expression (SAGE)
technology. Available at <http://www.cs.lastate.edu/~honavar/sage-review.pdf> [Accessed 13
February 2014]
Department of Biology and Microbiology. 2014. Applications of the Polymerase Chain
Reaction
in
Environmental
Microbiology.
Available
at
<
http://genome.cshlp.org/content/1/3/151.full.pdf?origin=publication_detail> [Accessed 13 February
2014]

Department of Dermatology. 2013. Polymerase Chain Reaction. [online] Available at:


<http://www.nature.com/jid/journal/v133/n3/full/jid20131a.html> [Accessed 13 February 2014]
Knockbridgeman, 2012. DNA Sequencing: The Chain Termination Method (Sanger
Method). [video online] Available at: < http://www.youtube.com/watch?v=vK-HlMaitnE> [Accessed
16 February 2014]
Sue Black, 2013. Fluorescence In Situ Hybridization. [video online] Available at: <
http://www.youtube.com/watch?v=JUSKNC_ZAC0> [Accessed 14 February 2014]
Thermo Fisher Scientific Inc. 2014. Southern Blotting. [online] Available at: <
http://www.lifetechnologies.com/id/en/home/life-science/dna-rna-purification-analysis/nucleic-acidgel-electrophoresis/southern-blotting.html> [Accessed 13 February 2014]
National Human Genome Research Institute. 2011. DNA Microarray Technology. [online] Available
at: <http://www.genome.gov/10000533> [Accessed 14 February 2014]

SINTESIS ASAM NUKLEAT


Oleh : Miranti, 1206242523

ABSTRAK
Asam nukleat adalah makromolekul berupa susunan yang terdiri dari nukleutida. Suatu unit
nukleutida terdiri atas tiga bagian: gula pentosa, basa organic (senyawa heterosiklik yang
mengandung nitrogen), dan asam fosfat. Asam nukleat yang berperan sebagai materi genetik
dalam tubuh organisme adalah DNA atau Deoxyribonucleic Acid, sedangkan yang berperan
sebagai materi genetik yang ditranskripsikan dari DNA adalah asam nukleat. Sintesis atau
mekanisme pembentukan dari asam nukleat berbeda untuk masing-masing DNA dan RNA. Pada
sintesis DNA terjadi proses replikasi, dengan melibatkan komponen-komponen yaitu polimerase
DNA, ligase DNA, primase, helikase, dan single strand DNA binding protein. Pada
pembentukkan RNA terjadi proses transkripsi, yang melibatkan komponen berupa enzim
polimerase.
Kata Kunci
Asam nukleat, DNA, RNA, replikasi, translasi, inisiasi, elongasi, terminasi, polimerase, primase,
ligase, helikase, single strand DNA-binding protein, eukariotik, prokariotik, virus.

PENDAHULUAN
Asam nukleat merupakan polinukleotida yang terdapat pada semua sel hidup. Asam
nukleat berperan dalam menyimpan dan mentransfer kode genetik, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi
masing-masing sel. Asam nukleat penyimpan genetik terbagi dua, yaitu yang tersusun dari
deoksiribonukleotida disebut DNA, dan yang terdiri dari ribonukleaotida disebut RNA.
DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA.
Beberapa jenis RNA yaitu ribosomal RNA (rRNA) yang merupakan komponen dari ribosom,
messenger RNAs (mRNA) yang merupakan bahan pembawa informasi genetik dari gen ke
ribosom dan transfer RNAs (tRNAs) yang merupakan bahan penerjemah informasi dalam
mRNA menjadi urutan asam amino.
DNA terbentuk atas gula pentosa (deosiribosa), fosfat dan basa nitrogen yang
meliputi basa purin (guanin dan adenin) dan basa pirimidin (timin dan sitosin). RNA
terbentuk atas gula ribosa, fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri atas purin (adenin dan
guanin) dan pirimidin (urasil dan sitosin).

Sintesis DNA
Sintesis atau pembentukkan DNA dilakukan dengan proses replikasi DNA atau proses
perbanyakan bahan genetic. Pengkopian rangkaian molekul bahan genetik( DNA atau
RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat identik.
Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali
pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak
proses yang saling berkaitan satu sama lain.

Replikasi secara Konservatif


Molekul DNA untai ganda induk tetap bergabung, sedangkan kedua untai DNA anakan
terdiri atas molekul hasil sintesis baru. Jadi yang dihasilkan adalah satu induk utama, dan
tiga buah DNA pasangannya.

Replikasi secara Semi Konservatif


Setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri atas satu untai tunggal DNA induk dan satu
untai tunggal DNA hasil sintesis baru.

Replikasi secara Dispersif


Molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga DNA anakan yang dihasilkan murni
merupakan campuran dari kedua induk, terdiri atas campuran molekul lama (berasal dari
DNA induk) dan molekul hasil sintesis baru.

Gambar 1. Ilustrasi macam-macam kemungkinan replikasi DNA


(Sumber
:
http://books.google.co.id/books?
id=zosAg6HQAF4C&printsec=copyright&hl=id#v=onepage&q&f=false)

Gambar 2. Ilustrasi proses replikasi DNA


(Sumber
:
LadyofHats Mariana
Ruiz
dalam
http://www.elmhurts.edu/chm/vchembook/583rnatrans.html)
Proses replikasi DNA diawali dengan pemutusan (denaturasi) ikatan antara untai
DNA yang satu dengan untaian pasangannya secara kimiawi atau enzimatis. Enzim yang
berperan adalah enzim helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi
tegangan untai DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian
tunggal (10) untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6)
membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 &
8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut
memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading
strand (2) dan lagging strand (1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus
mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).
Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging
strand tersebut.
3

Komponen yang berperan dalam proses replikasi DNA


Komponen utama Replikasi, adalah sebagai berikut :
1
2

DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTp. Deoksiribonukleotida
terdiri atas tiga komponen yaitu: (i) basa purin atau pirimidin, (ii) gula 5-karbon
(deoksiribosa) dan (iii) gugus fosfat.

3
4
5
6
7

Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisi proses polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA.
Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi
DNA.
Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan enzim lain yang
membantu proses tersebut yaitu enzim girase.
Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka,yaitu protein SSB
(single strand binding protein).
Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung fragmenfragmen
DNA.

Sintesis RNA
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polimerase menggunakan
sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Inisiasi transkripsi
dimulai dengan pengikatan enzim ke urutan promotor dalam DNA (biasanya ditemukan
"upstream" dari gen). DNA helix ganda dibatalkan oleh aktivitas helikase enzim. Enzim
kemudian berlanjut sepanjang untai template dalam arah 3 'to 5', mensintesiskan molekul
RNA komplementer dengan elongasi terjadi di 5 'ke 3' arah. Urutan DNA juga menentukan
di mana berakhirnya sintesis RNA akan terjadi. RNA sering dimodifikasi oleh enzim setelah
transkripsi. Misalnya, poli dan topi 5 'ditambahkan ke mRNA eukariotik intron pra-dan
dikeluarkan oleh spliceosome.
Ada juga sejumlah polimerase RNA RNA-tergantung yang menggunakan RNA
sebagai template mereka untuk sintesis untai baru RNA. Sebagai contoh, sejumlah virus
RNA (seperti virus polio) menggunakan jenis enzim untuk mereplikasi materi genetik
mereka. Juga, RNA-dependent RNA polimerase merupakan bagian dari jalur interferensi
RNA di banyak organisme.
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai cetakan
atau sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai antisense. Rentangan DNA
yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi. Informasi dari DNA untuk
sintesis protein dibawa oleh mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA polimerase.
Enzim polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan merangkaikan
nukleotida RNA. Enzim RNA polimerase merangkai nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5
3, saat terjadi perpasangan basa di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik
di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana
transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan),
terminasi (pengakhiran) rantai mRNA.
1

Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut
sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga
menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.

Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks ganda DNA,
sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNAnya. Pada tahap ini
terjadi perangkaian ribonukleotida dari 3 ke 5 bagian dari rantai DNA double heliks dengan
bantuan enzim helicase.

Terminasi

Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang


disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang
berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi
biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase mencapai titik
terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus
melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang lebih jauh
kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.
5

Replikasi DNA pada Prokariotik dan Eukariotik


Replikasi DNA pada prokariot berbentuk melingkar atau sirkular (diamati
menggunakan teknik autoradiografi dan mikroskopi elektron). Dengan kedua teknik ini
terlihat bahwa DNA berbagai prokariot ini melakukan replikasi yang dikenal
sebagai replikasi (theta) karena auto radiogramnya menghasilkan gambaran seperti
huruf Yunani tersebut. Selain replikasi , pada sejumlah bakteri dan organisme eukariot
dikenal pula replikasi yang dinamakan replikasi lingkaran menggulung (rolling circle
replication).
Replikasi rolling circle ini diawali dengan pemotongan ikatan fosfodiester pada
daerah tertentu yang menghasilkan ujung 3 dan ujung 5. Pembentukan (sintesis) untai
DNA baru terjadi dengan penambahan deoksinukleotida pada ujung 3 yang diikuti oleh
pelepasan ujung 5 dari lingkaran molekul DNA. Sejalan dengan berlangsungnya replikasi
di seputar lingkaran DNA, ujung 5 akan makin terlepas dari lingkaran tersebut sehingga
membentuk ekor yang makin memanjang.
Berbeda dengan replikasi DNA pada prokariotik, replikasi DNA pada eukariotik
dimulai dari tempat-tempat spesifik yang menyebabkan kedua utas DNA induk berpisah
dan membentuk gelembung replikasi. Pada eukariota, terdapat ratusan atau bahkan ribuan
origin of replication di sepanjang molekul DNA. Gelembung replikasi terentang secara
lateral dan replikasi terjadi ke dua arah. Selanjutnya gelembung replikasi akan bertemu,
dan sintesis DNA anak sel.

Sintesis RNA pada Prokariot dan Eukariot


Pada organisme prokariotik, gen terdiri dari 3 bagian, yaitu daerah prometer, daerah
structural, dan bagian terminator. Daerah prometer merupakan bagian gen yang berperan
dalam mengendalikan proses transkripsi yang terletak di ujung 5. Daerah structural
mengandung kode-kode genetik yang akan ditranskripsikan dan terletak di bagian hilir
prometer. Daerah terminator berfungsi untuk memberikan sinyal pada enzim RNA
polymerase untuk menghentikan proses transkripsi.
Selain itu gen pada organisme prokariotik diorganisasikan dalam struktur open.
Masing-masing polipeptida akan ditranslasikan secara independen dari satu helai mRNA
yang sama. Pada organisme prokariotik juga tidak terdapat intron, kecuali pada archaea
tertentu.
Pada proses sintesis RNA, enzim RNA polymerase menempel langsung pada DNA
di daerah prometer tanpa harus melalui suatu ikatan dengan protein lain. Prosesnya juga
memiliki suatu keunikan dimana proses transkripsi dan translasi berlangsung secara
serentak. Selain itu urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida yang
komplementer dengan cetakannya.
Lain halnya dengan organisme prokariotik, organisme eukariotik gennya terdiri dari
3 kelas, yaitu kelas I, kelas II, dan kelas III. Gen kelas I memiliki 2 macam prometer yaitu
prometer antara dan prometer utama. Gen kelas II terdiri atas 4 elemen, yaitu initiator, yang
terletak pada daerah inisiasi, transkripsi, elemen hilir yang terletak di sebelah hilir titik awal
transkripsi, kotak TATA, dan elemen hulu.Gen kelas III meliputi gen-gen yang mengkode
mRNA dan beberapa RNA kecil dalam nucleus.
Pada organisme eukariotik tidak ada sistem operon karena satu promotor
mengendalikan seluruh gen structural. Satu transkrip yang dihasilkan hanya mengkode

satu macam produk ekspresi saja. Selain itu keberadaan intron merupakan hal yang sering
dijumpai meskipun tidak semua gen eukariotik mempunyai intron.
Pada sintesis RNA organisme eukariotik, RNA polymerase tidak menempel secara
langsung pada DNA di daerah prometer, melainkan melalui perantaraan protein protein
lain. Proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serempak, melainkan
diselingi dengan jeda berupa pasca-transkripsi. Selain itu, pada organisme eukariotik gen
mempunyai struktur yang berselang-seling antara ekson dan intron.
7

Kesimpulan
Asam nukleat adalah polimer yang terdiri dari beberapa nukleotida. Contoh asam
nukleat adalah yang berperan dalam penyimpanan dan penyampaian informasi genetik.
Asam nukleat dengan peran itu terbagi 2, yaitu Asam Deoksiribosa dan Asam
Ribonukleutida.
Proses yang dilalui dalam sintesis asam deoksiribosa adalah replikasi, yang
memerlukan komponen-komponen berupa DNA cetakan, Molekul deoksiribonukleotida,
yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTp, Enzim DNA polimerase, Enzim primase, enzim
helikase, protein SSB (single strand binding protein), dan Enzim DNA ligase. Jenis-jenis
replikasi DNA ada tiga, tergantung dari DNA anakan yang dihasilkan. Jenis-jenis tersebut
adalah konservatif, semi konservatif, dan dispersif.
Proses yang dilalui untuk sintesis asam ribonukleotida adalah rangkaian proses
yang terdiri dari tiga tahap, yaitu inisiasi atau permulaan, elongasi atau perpanjangan, dan
terminasi. Dalam prosesnya, sintesis RNA membutuhkan bantuan dari komponen yaitu
enzim polimerase yang membantu mengkatalisasi proses polimerasi RNA.

Daftar Pustaka
Yulianto, Rahmawan, dkk. 2011. Asam nukleat (nucleic acid), [online] Available at : <
http://blog.ub.ac.id/alanatawahyu/files/2012/05/ASAM-NUKLEAT.pdf > [Accessed 17
Februari 2014].
Mandelkern M, Elias J, Eden D, Crothers D (1981). The dimensions of DNA in solution. J Mol
Biol 152 (1): 153-61. PMID 7338906.
Gregory S, et. al. (2006). The DNA sequence and biological annotation of human chromosome
1 . Nature 441 (7091): 315-21. PMID 16710414
Yuwono, Triwibowo. 2010. Biologi Molekular. Jakarta : Penerbit Erlangga
Campbell, Reece. 2009. Biology. Sansome Street, San Francisco: Pearson Benjamin
Cummings

Aplikasi Penggunaan Asam Nukleat


Yosia Marsino 1206248426

Abstrak
Asam nukleat, baik DNA maupun RNA, memiliki fungsi genetis yang dapat dimanfaatkan dalam
berbagai hal. Aplikasi pemanfaatan asam nukleat dibagi menjadi 6 kategori, yaitu: lingkungan,
kesehatan dan farmasi, sensor, forensik, GMO, dan enzim.

Lingkungan
Pada bidang lingkungan, asam nukleat dapat berperan penting dalam bioremediasi. Bioremediasi
adalah penggunaan mikroorganisme untuk men-degradasi zat kimiawi berbahaya pada tanah,
sedimen, air, maupun material yang terkontaminasi lainnya. Umumnya mikroorganisme melakukan
metabolisme pada zat kimiawi tersebut untuk menghasilkan karbon dioksida atau metana, air, dan
biomassa.
Organisme dapat melakukan degradasi atau transformasi pada polutan dengan sistem metabolism
mereka masing-masing. Metabolism tersebut juga dapat dimodifikasi secara genetic dengan
menyisipkan DNA atau mengubah DNA dari organisme tersebut untuk menjadi organisme dengan
sifat yang diinginkan, termasuk sifat untuk menguraikan atau mengubah polutan menjadi bahan
yang tidak berbahaya
Kesehatan dan Farmasi
Pada bidang kesehatan dan farmasi, banyak diketahui kegunaan asam nukleat pada organisme.
Sebagai contoh ada empat macam aplikasi, yaitu: terapi gen, diagnosis penyakit, aktivasi
plasminogen jaringan, dan vektor ekspresi.

Terapi Gen
Konsep dari terapi gen muncul sekitar tahun 1960-1970. Pada tahun 1972, Theodore
Friedmann dan Richard Roblin mempublis paper berjudul Gene therapy for human genetic
disease? yang mencantumkan ajuan dari Stanfield Roger pada tahun 1970 tentang
bagaimana DNA yang baik dapat digunakan untuk mengganti DNA yang mengalami
defeksi pada orang dengan gangguan genetic.
Penggunaan klinis dari terapi gen dimulai pada tanggal 14 September 1990 di National
Institute of Health di Bethesda, Maryland. Digunakan ketika seorang anak berusia 4 tahun
menerima pengobatan berupa terapi gen untuk defisiensi adenosine deaminase (ADA),
yaitu penyakit turunan yang fatal pada sistem imun tubuh. Karena cacat genetic ini dia
dianggap akan mengalami infeksi yang membahayakan nyawa secara berulang. Terapi gen
pada pasien ini melibatkan penggunaan genetically modified virus untuk membawa gen
ADA yang normal ke sel imunnya. Gen ADA yang dimasukkan kemudian memrogram sel
untuk memproduksi enzim ADA yang hilang, yang mengakibatkan imun berfungsi normal
pada sel-sel tersebut. Pengobatan ini membantu anak tersebut membangun daya tahan
terhadap infeksi untuk sementara.
Terapi gen adalah sebuah metode untuk mengganti gen yang cacat atau tidak diinginkan
dengan gen yang normal. Sebuah vector ditata ulang untuk mengirimkan gen tersebut ke
sel target. Kemudian gen dipindahkan ke nucleus sel tersebut dan harus diaktivasi untuk
dapat berfungsi. Gen harus diintegrasi ke genom dari sel tersebut agar gen tersebut akan
terus berfungsi dan direplikasi. Efek samping dapat terjadi karena vector yang digunakan
dapat dideteksi sebagai zat asing oleh sistem imun tubuh. Terapi gen dapat terjadi pada in
vivo atau in vitro, pemindahan dapat terjadi pada sel somatic atau gamet, dan berbagai
macam vector viral dan non-viral dapat digunakan.

Diagnosis Penyakit dengan SNP


Single nucleotide polymorphism (SNP) adalah variasi genetic pada DNA yang terjadi ketika
sebuah nukleosida pada genom mengalami perubahan. SNP biasanya dianggap sebagai
mutasi evolutioner yang sukses terjadi berulang pada proporsi yang signifikan pada
populasi dari sebuah spesies.
Pentingnya SNP adalah kemampuan mereka untuk mempengaruhi resiko penyakit pada
seseorang, efisiensi obat dan efek sampingnya pada seseorang, mengetahui garis
keturunan seseorang, dan bahkan memprediksi bagaimana seseorang akan berupa dan
bertindak. SNP adalah kategori paling penting pada perubahan genetic yang
mempengaruhi penyakit umum.
Untuk mempelajari dan mendeteksi SNP, digunakan SNP array. SNP array adalah alat
yang berguna untuk mempelajari variasi antar genom.

Gambar 1. Instrumen SNP Array

Activator Pasminogen Jaringan


Tissue Plasminogen Activator (tPA) adalah sebuah obat berupa protein yang melarutkan
gumpalan darah beku. tPA berupa obat yang dimasukkan ke dalam tubuh melalui infus.
Sebagai enzim, tPA mengkatalisis perubahan dari plasminogen menjadi plasmin, enzim
yang bertanggung jawab pada penghancuran gumpalan darah.
Plasminogen diubah menjadi plasmin enzim proteolitik oleh activator plasminogen jaringan
(tPA), namun perubahan ini terjadi secara efisien hanya pada permukaan fibrin, dimana
activator dan plasminogen tersusun. Plasmin pada darah secara cepat di-nonaktif-kan oleh
antiplasmin, namun plasmin yang terbentuk pada permukaan fibrin terlindung dari
nonaktifasi. Situs pengikat lisin pada plasminogen penting untuk interaksi antara plasmin
dengan fibrin dan antara plasmin dengan antiplasmin.
Karena kemampuannya untuk menghancurkan gumpalan darah, tPA biasa digunakan
untuk pengobatan stroke dan penyakit jantung.

Vektor Ekspresi
Vector ekspresi adalah virus atau plasmid yang digunakan untuk memperkenalkan atau
menyisipkan gen tertentu pada sel target. Aplikasi dari vector ekspresi salah satunya
adalah terapi gen yang sudah dibahas sebelumnya. Organisme yang disisipi oleh vector
ekspresi bisa juga disebut genetically modified organism (GMO).
Kegunaan dari vector ekspresi ini adalah untuk mendapatkan organisme yang memiliki
kelebihan tertentu atau dapat digunakan untuk memperbaiki cacat seperti yang
diaplikasikan pada terapi gen.
Contoh aplikasi lain dari vector ekspresi adalah vaksin dan hormone pertumbuhan.
Mekanisme kerja vaksin adalah penyisipan melalui penyuntikan sebuah virus penyebab
penyakit dalam jumlah kecil untuk memaksa sistem imun tubuh membuat antibody dari
virus tersebut. Hal ini bermanfaat untuk membuat tubuh manusia yang disisipi vector
ekspresi tersebut menjadi tahan terhadap penyakit tertentu.

Forensik
Asam nukleat dalam bentuk DNA memiliki ciri-ciri yang khas dari masing-masing individu yang
tidak mungkin
sama seorang dengan yang lain.
Fingerprint DNA adalah sebuah teknik untuk mengidentifikasi dan membandingkan beberapa set
dari DNA. Penggunaannya ada banyak namun dalam bidang forensic paling digunakan.
Fingerprint DNA ditemukan oleh Sir Alec Jeffreys pada tahun 1977 di Leicester University.
Digunakan pertama kali pada tahun 1983 dan kemudian 1986 untuk mengidentifikasi pembunuh
dua orang gadis di Narboroug, Leisestershire.
Genom manusia mengandung 3 milyar pasang basa yang diatur dalam rangkaian tertentu yang
memberikan manusia identitas yang unik. 90% dari DNA tersebut adalah sama pada semua
manusia, namun fingerprint DNA didasarkan pada sisa 10% yang berbeda. Metode ini
dilaksanakan dengan menyamakan rangkaian DNA dari manusia dengan rangkaian unik dari
tersangka.
DNA dapat diperoleh dari darah, jejak sperma, air liur, rambut, dan kulit atau jaringan.
Langkah-langkah pembuatan fingerprint DNA:
1. Isolasi dari DNA
DNA harus diambil dari sel atau jaringan dari tubuh. Jaringan dalam jumlah sedikit sudah
mencukupi.
2. Pemotongan, pengukuran, pengurutan
Enzim khusus yang bernama enzim restriksi digunakan untuk memotong DNA pada
tempat-tempat tertentu. Sebagai contoh, enzim yang bernama EcoR1, ditemukan di
bakteri, akan memotong DNA hanya ketika rangkaian GATTC muncul. Potongan DNA
kemudian disusun sesuai dengan ukurannya dengan teknik sieving (pengayakan) yang
disebut elektroforesis. Potongan DNA kemudian dilewatkan melalui gel yang terbuat dari
agarose rumput laut.
3. Pewarnaan
menambahkan zat radioaktif atau warna menghasilkan pola yang disebut fingerprint DNA
4. Fingerprint DNA
Hasil akhir fingerprint DNA menyerupai barcode yang biasa tertera pada barang.
Manfaat dan kegunaan dari fingerprint DNA:
- Diagnosa kelainan turunan
Fingerprint DNA digunakan untuk mendiagnosis kelainan turunan pada bayi yang baru
lahir. Sebagai contoh: cystic fibrosis, penyakit Huntington, dan lain-lain. Deteksi dini dari
kelainan-kelainan tersebut membuat staf medis dapat mempersiapkan diri mereka dan
orang tua dari bayi tersebut untuk melakukan perawatan yang sesuai untuk bayi tersebut.
Pada beberapa kasus, dokter menggunakan informasi fingerprint DNA untuk membantu
calon orang tua memahami resiko mereka untuk memiliki anak.
- Mengembangkan obat untuk kelaianan turunan
Riset untuk melokasi kelaianan turunan pada kromosom bergantung pada informasi yang
terkandung pada fingerprint DNA. Dengan mempelajari fingerprint DNA atau kerabat yang
memiliki sejarah dengan kelainan tertentu, memungkinkan untuk mengidentifikasi pola DNA
yang berhubungan dengan penyakit tersebut. Hal ini dibutuhkan untuk merancang obat
genetic untuk kelainan-kelainan tersebut.
- Bukti biologis
Laboratorium polisi di seluruh dunia menggunakan fingerprint DNA untuk menghubungkan
tersangka dengan bukti biologis (seperti darah, rambut, dll) yang ditemukan di tempat
kejadian perkara. Sejak 1987, ratusan kasus telah dipecahkan dengan bantuan bukti
fingerprint DNA.
- Identifikasi personal
Karena semua organ atau jaringan dari sebuah individu mengandung fingerprint DNA yang
sama, data tersebut dapat berguna untuk mengidentifikasi masing-masing orang dalam
kasus tertentu, sebagai contoh ketika orang tersebut menjadi korban yang harus
diidentifikasi.

Genetically Modified Organism


Genetically Modified Organism (GMO) adalah sebuah organisme yang material genetiknya diubah
dengan menggunakan teknik modifikasi genetic. GMO dibuat untuk mendapatkan organisme
dengan keunggulan tertentu dan terutama digunakan dalam bidang pertanian dan peternakan.
Dasar dari GMO adalah DNA rekombinan. Ide dari DNA yang dibuat oleh manusia, atau rDNA,
datang dari seorang mahasiswa Stanford University Medical School. Professor Herbert Boyer pada
tahun 1973 dan beberapa rekan kerja ahli biolog nya kemudian mengembangkan gagasan
tersebut. Pada tahun 1975, sekelompok ahli biologi, pengacara, dan dokter, berkumpul dalam
Konferensi Asilomar untuk membuat pedoman untuk penggunaan yang aman dari DNA
termodifikasi.pada tahun 1980, sebuah kasus pengadilan antara teknisi genetic di General Electric
dan Kantor Paten Amerika Serikat berakhir pada perizinan paten pertama pada organisme hidup.
GMO yang diajukan adalah bakteri yang mampu memakan minyak mentah, yang digunakan
untuk membersihkan tumpahan minyak.
Sejak saat itu, berbagai aplikasi GMO pada berbagai bidang, seperti; medis, farmasi, dan pangan,
bermunculan dan mendapatkan paten.
GMO dibuat dengan teknik modifikasi genetic yang memanipulasi secara langsung genom dari
organisme tersebut menggunakan bioteknologi. DNA baru disisipkan ke dalam genom inang
dengan diawali dengan mengisolasi dan menyalin material genetic dengan menggunakan metode
cloning molecular untuk menghasilkan rangkaian DNA dan menyisipkan rangkaian tersebut ke
dalam organisme inang.
Aplikasi penggunaan teknik modifikasi genetic untuk menghasilkan GMO pada berbagai bidang:
Pertanian atau Pangan
Bidang pertanian dan pangan adalah salah satu bidang terbesar yang memanfaatkan
GMO. Manfaat dari GMO pada bidang pertanian adalah:
- Tahan hama. Kehilangan hasil panen karena hama serangga dapat berdampak pada
kerugian finansial petani dan wabah kelaparan pada Negara berkembang. Petani
biasanya menggunakan berton-ton pestisida kimiawi tiap tahunnya. Konsumen tidak
menginginkan makanan yang dirawat dengan pestisida karena potensi bahayanya
pada kesehatan dan limbah pertanian dari penggunaan pestisida dan pupuk secara
berlebihan dapat meracuni suplai air dan merusak lingkungan. Menumbuhkan GMO
seperti B.t. corn dapat membantu meniadakan penggunaan pestisida kimiawi karena
GMO tersebut tahan terhadap hama.
- Toleran terhadap herbisida. Petani biasanya menggunakan herbisida untuk membunuh
rumput liar yang merusak tanaman. Penggunaan herbisida memakan banyak waktu
dan biaya, dan harus dilakukan dengan hati-hati agar herbisida tidak merusak
tanaman panen dan lingkungan. Tanaman yang dimodifikasi secara genetic untuk
menjadi tahan (resisten) terhadap herbisida yang sangat kuat dapat mengurangi
jumlah herbisida yang dibutuhkan.
- Tahan penyakit. Ada banyak virus, fungi, dan bakteri yang menyebabkan penyakit
tanaman. Ahli biologis tanaman mengembangkan tanaman yang memiliki resistensi
yang didapatkan dari modifikasi genetic sehingga tahan terhadap penyakit-penyakit
tersebut.
- Tahan dingin. Embun beku dapat menghancurkan bibit yang sensitive. Gen antibeku
dari ikan air dingin disisipkan pada tanaman seperti tembakau dan kentang. Dengan
gen antibeku ini, tanaman akan dapat mentolerir temperature yang dingin yang
biasanya dapat membunuh bibit yang tidak dimodifikasi.
- Nutrisi. Malnutrisi umum ditemukan di Negara dunia ketiga dimana banyak orang
hanya dapat mengkonsumsi satu jenis tanaman seperti padi (nasi). Nasi tidak
mengandung cukup nutrisi yang dibutuhkan untuk mencegah malnutrisi. Jika nasi
dapat dimodifikasi secara genetic untuk mengandung vitamin dan mineral tambahan,
malnutrisi dapat dicegah. Peneliti di Swiss Federal Institute of Technology Institute for
Plant Sciences telah membuat nasi golden yang mengandung beta-carotene (vitamin
A) dalam jumlah besar.

Pharmaceutical
Obat atau vaksin dapat disisipkan pada tanaman pangan seperti tomat dan kentang
sehingga memudahkan distribusi, penyimpanan, dan perawatannya.
Lingkungan
Berbagai tanaman GMO berfungsi untuk memperbaiki lingkungan yang rusak. Sebagai
contoh pohon poplar yang telah dimodifikasi secara genetic untuk membersihkan polusi
logam berat dari tanah yang terkontaminasi.

Sensor
Asam nukleat dapat digunakan sebagai biosensor, yaitu sensor untuk mendeteksi analit. DNA
adalah material yang memiliki banyak kegunaan, salah satunya sebagai biosensor. Biosensor DNA
secara teoritis dapat digunakan dalam diagnosis medis, ilmu forensic, agrikultur, dan pembersihan
lingkungan. Biosensor DNA adalah mesin kompleks yang terdiri dari unsur sensor, laser mikro, dan
generator sinyal. Fungsi dari biosensor DNA terpusat pada fakta bahwa rantai ganda DNA
menempel satu sama lain dengan gaya tarik kimiawi. Kemampuan ini yang dimanfaatkan dalam
mendeteksi analit dengan menggunakan DNA.
Asam Nukleat sebagai Enzim Ribozyme (Ribonucleic Enzyme)
Katalis alami yang terdiri dari RNA pertama ditemukan di awal tahun 1980an. Setelah itu,
dipertimbangkan bahwa enzim asam nukleat artifisial yang terbuat dari RNA atau DNA dapat
dikembangkan dengan merekapitulasi prinsip evolusi standar di laboratorium. Pada tahun-tahun
setelahnya, banyak ribozyme dan deozyribozym artifisial yang diidentifikasi dengan seleksi in vitro
dan jangkauan dari katalis asam nukleat sudah melingkupi reaksi kimia yang jauh lebih luas
daripada yang ditemukan di alam.

Kesimpulan
Pemanfaatan asam nukleat sebagian besar berupa modifikasi genetis yang melibatkan perubahan
dari struktur DNA suatu organisme. Organisme-organisme tersebut kemudian akan memiliki
banyak manfaat tergantung pada modifikasi yang telah dilakukan. Identitas asam nukleat sendiri
yang merupakan materi genetis suatu organisme membuat pemanfaatannya di bidang forensik
dan sensor sangat banyak dan berguna di kehidupan manusia saat ini.

Daftar Pustaka
Collen, D., Lijnen, H.R., 2009. The Tissue-Type Plasminogen Activator Story. American Heart
Association Journal, [online] Available at: http://atvb.ahajournals.org/content/29/8/1151.full
[accessed 17 February 2014]
Wardlaw JM, Murray V, Berge E, del Zoppo G, Sandercock P, Lindley RL, Cohen G (June 2012).
Recombinant Tissue Plasminogen Activator for Acute Ischaemic Stroke, [online] Available at:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3386494/ . [accessed 17 February 2014]
Principals of Bioremediation [online] Available at:
http://www.webapps.cee.vt.edu/ewr/environmental/teach/gwprimer/group24/Principles.html

Single Nucleotide Polyphorphism [online] Available at:


http://www.snpedia.com/index.php/Single_Nucleotide_Polymorphism
David F. Betsch, Ph.D., Biotechnology Training Programs, Inc. DNA Fingerprinting in Human
Health and Society, [pdf]
Shrivastava, P., Trivedi, V.B., Singh, A.K., Mishra, N., 2012, International Journal of Scientific and
Research Publications. Application of DNA Fingerprinting Technology in Forensic Investigation [pdf]
Silverman, S. University of Illinois. Nucleic Acid Enzymes (Ribozym and Deoxyribozym): In Vitro
Selection and Application. [pdf]
Whitman, D.B., 2000. Genetically Modified Foods: Harmful or Helpful? [pdf] Available at:
http://www.csa.com/discoveryguides/gmfood/review.pdf
Mandal, A., 2014. Gene Therapy History,
medical.net/health/Gene-Therapy-History.aspx

[online]

available

at:

http://www.news-

Philips, T., 2008. Genetically Modified Organisms (GMOs): Transgenic Crops and Recombinant
DNA Technology, [online] Available at: http://www.nature.com/scitable/topicpage/geneticallymodified-organisms-gmos-transgenic-crops-and-732