ANALISIS DOMAIN PROTEIN FUNGSIONAL

By : Amalina Firdaus & Evi Kurniawati

I.

TUJUAN
Mencari identitas domain yang berperan dalam regulasi apoptosis, tirosin kinase, serta
faktor transkripsi dengan menggunakan Gene Bank Database.

II. DASAR TEORI

1. Protein
Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama")
adalah senyawa

organik kompleks

berbobot

molekul

tinggi

yang

merupakanpolimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen,nitrogen dan
kadang

kala sulfur serta fosfor. Protein

berperan

penting

dalam struktur dan fungsi

semua sel makhluk hidup dan virus.

Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan
dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan
sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem
kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam
transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam
amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida,lipid,
dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein
merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan
oleh Jns Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis

protein

alami

sama

dengan ekspresi

genetik. Kode

genetik yang

dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagitranslasi yang
dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya tersusun dari asam amino
proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi
penuh secara biologi.
Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu),
sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat):

struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan
melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan
temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan penggunaan beberapa
enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu, menjadi fragmen peptida yang
lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. Urutan asam
amino menentukan fungsi protein, pada tahun 1957, Vernon Ingram menemukan bahwa
translokasi asam amino akan mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut memicu mutasi genetik.

struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino
pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya
ialah sebagai berikut:

alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti
spiral;

beta-sheet (-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari

sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H);

beta-turn, (-turn, "lekukan-beta"); dan

gamma-turn, (-turn, "lekukan-gamma").

struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur
tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik
tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer)
dan membentuk struktur kuartener.

contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein
dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan dengan
instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan
degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan (4)
penentuan massa molekular denganspektrometri massa.
Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopicircular
dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran-alfa
menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-beta menunjukkan satu
puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa
dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda
dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari
protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.

Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang
lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida
yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen
penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis
masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan
struktur domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya
berpisah, protein tersebut tidak fungsional
Domain merupakan suatu unit dari protein yang independent secara structural yang
memiliki karakteristik berupa protein globular kecil. Bentuk domain antara lain : / barrel, forn
helix bundle, / saddle, / sandwich. Domain bertanggung jawab terhadap aktivitas protein
dan biasanya memiliki fungsi yang spesifik. Pembagian domain menurut fungsinya: DNA
binding domains, RNA binding domains, ligand (regulatory) domains, oligomerization domains.
Gen Bank Database dapat dimanfaatkan untuk melacak keberadaan motif dan domain tersebut.
Dari database tersebut dapat diketahui protein yang berbeda yang memiliki motif dan domain
yang sama, dan mereka digolongkan dalam satu family.

III. CARA KERJA

Buka situs web http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Masuk ke halaman protein yang akan dianalisis conserved domainnya

Klik Conserved Domains, for: isikan target protein, klik Go

Tampilan kedua, akan muncul accession number dari protein target. Klik accession number
tersebut untuk melihat profil dari protein target.

Tampilan ketiga, akan muncul keterangan mengenai protein, struktur 3D, kaitan dengan protein
lain dan perbandingan asam amino pada domain fungsional dengan domain pada protein lain.
Klik bagian-bagian tertentu untuk melihat keterangan lebih lanjut.

Klik See full description untuk melihat keterangan lengkap mengenai protein target.
Kumpulkan semua informasi mengenai struktur protein, domain dan fungsinya
I.

PEMBAHASAN
Pada praktikum ini dilakukan analisis domain dari suatu protein yang mempunyai peran
tertentu dalam regulasi apoptosis, tirosin kinase, atau factor transkripsi. Analaisis domain
dilakukan pada protein estrogen receptor isoform 1 dan apoptosis regulatory Siva isoform 2. Dari
analisis data didapatkan :

1. Terdapat 3 domain dari protein estrogen receptor isoform 1, yaitu :

a.

Ligan binding

domain

oleh hormon17beta- estradiol (estrogen) yang

dari reseptor estrogen, yang

berfaungsi mengatur berbagai proses

diaktifkan
fisiologis,

termasuk reproduksi, integritas tulang, kesehatan jantung, dan perilaku.

b. DNA-binding domain reseptor estrogen (ER) terdiri dari dua jenis tipe C4- zinc finger yang
berfungsi mengatur perkembangan, reproduksi dan homeostasis.
c.

Estrogen-jenis reseptor nuklir akhir C-terminal dimana fungsi sebenarnya dari domain ini belum
diketahui.

2. Terdapat 1 domain dari protein apoptosis regulatory Siva isoform 2, yaitu Cd27 binding protein
(Siva) yang berperan menginduksi apoptosis. Apoptosis adalah kematian sel terprogram yang
merupakan proses penting dalam pengaturan homeostasis normal, proses ini menghasilkan
keseimbangan dalam jumlah sel jaringan tertentu melalui eliminasi sel yang rusak dan proliferasi
fisiologis dan dengan demikian memelihara agar fungsi jaringan normal.
Adapun terjadinya penyebab diatas sebagai berikut:

Selama proses perkembangan

Sebagai suatu mekanisme homeostatik untuk memelihara sel di jaringan.

Sebagai suatu mekanisme pertahanan seperti reaksi imun

Apabila sel-sel dihancurkan oleh penyakit atau agent-agent yang berbahaya.

Proses Penuaan.
Pada mamalia dewasa, apoptosis terjadi secara berkesinambungan dalam polulasi sel yang
berproliferasi lambat seperti epitel hati, prostat dan korteks adrenal dan dalam populasi yang
berproliferasi cepat seperti epitel intestinal yang membentukkan kripta dan deferensiasi
spermatogonia. Walaupun banyak sel yang hilang dalam populasi pada tipe yang lebih lambat
secara jelas adalah hasil dari kumpulan selsel dijaringan, dalam kenyataannya, mitosis dan
apoptosis seimbang satu sama lain dibawah kondisi yang siap. Ada yang sedang tumbuh
membuktikan bahwa apoptosis diatur dalam suatu mode resiprokal ke mitosis oleh faktor
pertumbuhan (growth factor) dan hormon - hormon tropik. Raff telah menegaskan bahwa
kebanyakan sel-sel pada binatang yang lebih tinggi mungkin memerlukan simulasi tropik yang
terus menerus untuk kehidupan. Raff juga menyatakan bahwa suatu peningkatan dalam jumlah
sel pada tempat-tempat khusus dapat memimpin kompetisi seluler yang lebih besar untuk faktor
tropik yang menstimulasi mitosis dan menghambat apoptosis, ini berbalik secara temporer
terhadap keseimbangan antara kedua proses, mengakibatkan populasi sel kebentuk levelnya.
Walaupun demikian, terdapat bukti bahwa substansi yang aktif menstimulasi apoptosis juga
mungkin terlibat didalam hemostatis populasi sel normal. Dalam kultur primer sel endokrin
kelinci, faktor yang menginduksi mitosis dan apoptosis telah ditemukan disekresi ke dalam siklik
kecuali model reciprocal, dengan hasil bahwa sejumlah sel menunjukkan fluktuasi pada dasar
harian tetapi relatif tetap konstan untuk berlanjut ke periode waktu tertentu

II. KESIMPULAN
1. Analisis domain dilakukan pada protein NP_000116 (estrogen receptor isoform 1)
dan NP_068355 (apoptosis regulatory Siva isoform 2).
2. Terdapat 3 domain dari protein NP_000116 (estrogen receptor isoform 1), yaituLigan binding
domain dari reseptor estrogen, yang diaktifkan oleh hormon 17beta-estradiol (estrogen), DNAbinding domain reseptor estrogen (ER) terdiri dari duajenis tipe C4- zinc finger, dan Estrogenjenis reseptor nuklir akhir C-terminal.
3. Terdapat 1 domain dari protein apoptosis regulatory Siva isoform 2, yaitu Cd27 binding protein
(Siva)