Anda di halaman 1dari 149

II.

Struktur dan fungsi protein

Pendahuluan
Komponen terbesar dalam makhluk hidup setelah air
Memiliki sifat dan fungsi yang unik dan kompleks
dibandingkan dengan biomolekul lain (lipid, karbohidrat, dan
asam nukleat)
1 sel memiliki hingga 9000 protein berbeda
Manusia: 100.000 protein berbeda
Ukuran/bobot protein sangat bervariasi

Aktifitas dan Fungsi Biologis Protein


No Fungsi

Contoh

1.

Biokatalisator

Selulase,

2.

Protein Transpor

Hemoglobin

3.

Penyimpanan

- Kasein dalan susu


- Ovalbumin dalam telur sbg nutrisi calon
- Mamalia, ferritin dalam hati sbg. penyimpan
besi

4.

Protein Struktural

Kolagen (protein penghubung), keratin

5.

Protein motil/gerak

otot

6.

Protein Pelindung atau


Pertahanan

- Antibodi
- Fibrinogen untuk pembekuan darah

7.

Protein Pengatur

Insulin
4

Komposisi Penyusun Protein


Digolongkan berdasarkan hasil hidrolisis protein:
1.

Protein sederhana, bila dihidrolisis hanya menghasilkan asam amino.

contoh: insulin dan lisozim


2.

Protein konjugasi, bila dihidrolisis menghasilkan asam amino dan


senyawa lain (gugus prostetik, berupa senyawa organik atau
anorganik).
Berdasarkan sifatnya, protein konjugasi dikelompokkan menjadi:
No

Kelompok

Gugus prostetik

Contoh

lipoprotein

Lipid

nukleoprotein

Asam nukleat

glukoprotein

Karbohidrat

fosfoprotein

Fosfat

-lipoprotein plasma

metaloprotin

Ion logam

Hemoglobin (Fe porpirin)

Ribosom (RNA)

Bentuk Protein
Lingkungan protein dalam maupun di luar sel adalah air sehingga
sesuai dengan sifat-sifat molekul kimia maka bentuk protein
sesuai dengan sifat kelarutannya serta sifat biologinya bagi sel.
Bentuk protein dibedakan menjadi:
No

Kelompok

Struktur

Sifat

Fungsi

Protein
Serat

Rantai polipeptida
ditata di sepanjang
satu sumbu, seperti
serat

Kaku, kuat, tidak


larut dalam air
atau larutan
garam encar

Struktural

Protein
Globular

Rantai polipeptida
melipat menjadi
bentuk bola yang
kompak

Larut dalam air

Non struktural

A. Struktur asam amino

Asam amino
Asam amino adalah asam
organik yang mengandung
gugus amina.
Sebagian besar asam amino
ditemukan sebagai L-asam amino
Asam amino dalam air
terionisasi membentuk ion
zwitter.

Stereoisomer asam amino


C asam amino adalah pusat kiral
karena semua asam amino, kecuali
glisin, memiliki C asimetrik yang
terikat pada empat gugus yang
berbeda:

Gugus karboksilat
Gugus amino
Gugus R
Atom hidrogen

Empat gugus di atas terikat pada C


dengan dua susunan ruang yang
berbeda (enantiomer). asam amino
merupakan senyawa aktif optik.

Asam amino pembentuk protein


semuanya adalah L-stereoisomer
9

Konfigurasi absolut asam amino

10

Klasifikasi asam amino standar berdasarkan


kepolaran gugus R
Nonpolar alifatik:
Gly (G), Ala (A), Val (V), Leu (L), Ile (I), Pro (P)
Nonpolar aromatik:
Phe (F), Tyr (Y), Trp (W)
Polar tidak bermuatan:
Ser (S), Thr (T), Cys (C), Met (M), Asn (N), Gln (Q)

Bermuatan negatif
Asp (D), Glu (E)
Bermuatan positif
Lys (K), Arg (R), His (H)
11

Asam amino nonpolar alifatik

12

Nonpolar aromatik

13

Polar tidak bermuatan

14

Jembatan disulfida

15

Asam amino bermuatan negatif

16

Asam amino bermuatan positif

17

Asam amino yang tidak standar

18

Asam amino yang tidak standar

19

Asam amino sebagai asam dan basa

20

Titrasi asam amino

pI

1
pK1 pK2

21

Titrasi asam amino

pI

1
pK1 pKR 3,22
2

22

Titrasi asam amino

pI

1
pKR pK2 7,59

Cincin imidazole His memiliki pKa


6,0. Bila His bergabung ke dalam
protein pKa naik menjadi 6,5
7,5 (mendekati pH fisiologis).
Oleh karena itu, His seringkali
berperan dalam reaksi enzimatis
yang melibatkan transfer proton.
23

24

25

Teknik Penelitian Biokimia


Analisis asam amino

26

Tes Ninhidrin: Reaksi uji asam amino


Ninhydrin, (Triketohydrindane
hydrate) adalah pereaksi yang
digunakan untuk mendeteksi amonia
atau amina primer dan sekunder.
Bila bereaksi dengan gugus amina
bebas akan memberikan warna
biru/ungu.

ninhidrin

Ninhidrin biasanya digunakan untuk


mendeteksi sidik jari, karena amina
yang tersisa dari peptida atau protein
(amina terminal atau lisin) akan
bereaksi dengan ninhydrin.
Semua asam amino memberi uji
positif, kecuali prolin.
27

Mekanisme reaksi test ninhydrin

28

Uji kwalitatif asam amino


Asam Nama reaksi
amino
Arg
Reaksi
Sakaguchi

Reagen

Warna

-naptanol dan
natrium hipoklorit

merah

Cys

Reaksi
Nitroprusida

Natrium
merah
nitroprusida dalam
NH3 encer

Tyr

Reaksi Millon HgNO3 dalam


HNO3

merah

29

Aminoacid analyzer

30

Kromatogram

31

Metode fluoresensi untuk analisis asam amino

32

B. Peptida

33

Ikatan peptida

34

Oligopeptida
Nama peptida dimulai dari residu ujung amino
Tirosinilglisilglisilfenilalanilleusin atau Tyr-Gly-GlyPhe-Leu.

35

Polipeptida sebagai poliampolit

36

Stabilitas ikatan peptida

Hidrolisis ikatan peptida disukai secara energetika, tetapi reaksi


ini berlangsung sangat lambat tanpa bantuan katalis.
Katalis hidrolisis ikatan peptida:
Asam kuat, seperti HCl 6M.
Protease: memotong ikatan peptida secara spesifik.

37

Protease

38

Struktur primer
miogobin

Protein
20 asam amino yang berbeda
terpolimerasisi membentuk protein.
Protein memiliki urutan yang unik.

Urutan asam amino yang


menyusun protein disebut struktur
primer protein.
Beragamnya sifat kimia dan bentuk
dari asam amino, mengakibatkan
urutan asam amino (struktur
primer) protein akan menentukan
karakteristik kimia dan bentuk
protein. Keduanya penting dalam
menentukan fungsi dari protein.

39

Dari gen ke protein (sintesis protein in vivo)

40

Dari gen ke protein


Sel mengkode informasi tentang urutan asam amino untuk
membuat protein dari urutan asam nukleat.
Urutan asam nukleat ini disebut kode genetika.
Asam nukleat adalah polimer dari 4 nukleatida, sedangkan
protein adalah polimer dari 20 asam amino yang berbeda.
Konsekuensinya:
Satu nukleotida tidak dapat mewakili satu asam amino. Juga dua
nukleotida tidak mencukupi untuk mengkode seluruh asam amino,
karena hanya dihasilkan 16 kombinasi (42 = 16).
Pada kenyataanya ada 3 nukleotida yang mengkode satu asam
amino (43 = 64 kombinasi). Karena hanya ada 20 asam amino, maka
satu asam amino dapat dikode oleh lebih dari satu kombinasi tiga
nukleotida (triple codon).
41

Kode genetika

42

Translasi

43

Post translational modification

44

Sintesis peptida in vitro

45

Teknik Penelitian Biokimia


Penentuan urutan asam amino protein

46

Reduksi ikatan disulfida

47

48

Reaksi Edman

49

Fragmentasi protein oleh protease

50

51

C. Struktur 3-dimensi protein

52

Empat tingkat struktur protein

53

Struktur ikatan peptida

Karakter ikatan rangkap dari


ikatan peptida membuat atom
C, N, H, O hampir koplanar
(sebidang).

54

Konformasi ikatan peptida


Konformasi trans lebih
disukai dibanding cis,
karena meruahnya
gugus R.

Pengecualian untuk
urutan X-Pro, dimana
X adalah asam amino
lain selain Pro
Konformasi cis lebih
disukai.

55

Rotasi rantai polipeptida


Rotasi yang diperbolehkan hanya
disekitar ikatan NC dan C
C=O.
Sudut putaran ikatan NC
disebut .
Sudut putaran ikatan CC=O
disebut .

56

Penentuan sudut dan


Sudut dihedral dibentuk oleh atom Ci, Ni+1, Ci+1, Ci+1.
Sudut diheral dibentuk oleh atom Ni+1, Ci+1, Ci+1, Ni+2.
Konvensi: Rotasi searah jarum jam memberikan sudut dihedral positif,
bila berlawanan negatif.

Ci

Ci+1
i

i+1

Ni+1
Ni+2

i+2
57

Ramachandran plot

58

Rotasi ikatan peptida memberikan berbagai tipe


struktur sekunder

59

C.1. Struktur sekunder


protein
-heliks
-sheet
turn

Yang berperan ikatan hidrogen antara


O (karbonil) dengan H (amida)
60

Alpha heliks

61

Struktur -heliks

62

Deskripsi struktur heliks


Struktur heliks dikarakterisasi oleh
parameter berikut:
Repeat (c) adalah jarak paralel dengan
sumbu heliks dimana struktur tepat
berulang. Jumlah residu per repeat
dinyatakan dengan m. Nilai m selalu
bilangan bulat!

Pitch (p) adalah jarak paralel dengan


sumbu heliks dimana heliks membuat
satu putaran. Jumlah residu per putaran
adalah n. Bila n bilangan bulat, maka m =
n p = c.
Rise (h) adalah jarak paralel dengan
sumbu heliks untuk jarak antar residu.
Sehingga h = c/m atau p = n h

Rise,
h

Pitch,
p
Repeat,
c

Sumbu heliks

63

Deskripsi struktur heliks


Bentuk ideal dari heliks dengan memvariasikan jumlah residu per putaran (n).

Parameter -heliks:

Repeat (c) = 18 dengan lima kali putaran (turn).

Jumlah residu per putaran (n) = 3,6 res/turn.

Rise (h) = 0,15 nm/res.

Pitch (p) = n h = 3,6 res/turn 0,15 nm/res = 0,54 nm/turn

64

Polat ikatan hidrogen dalam berbagai tipe heliks

65

66

Right and left handed heliks = bayangan cermin

67

Urutan asam amino menentukan kestabilan -heliks


Tidak semua polipeptida dapat membentuk -heliks. Adanya
interaksi tambahan antar gugus samping asam amino turut
mempengaruhi kestabilan -heliks.
Polipeptida yang banyak memiliki residu bermuatan sejenis sulit
membentuk -heliks yang stabil.
Polipeptida yang memiliki gugus R besar seperti Ser, Thr, dan Leu
akan sukar membentuk -heliks.
Adanya dua residu bermuatan berlawanan pada jarak 3 residu
dapat menstabilkan -heliks.
Gugus-gugus aromatik pada jarak 3 residu juga dapat
menstabilkan -heliks.
Dipol dielektrik dari ikatan peptida ditransmisikan sepanjang heliks, sehingga secara keseluruhan -heliks adalah dipol. Ujung
amino bermuatan parsial positif dan ujung karboksilat
bermuatan parasial negatif. Adanya asam amino bermuatan
positif didekat ujung amino akan mendestabilkan -heliks

68

-heliks sebagai dipol

69

Representasi -heliks

70

-sheet

71

Antiparallel -sheet

72

Parallel -sheet

73

Representasi -sheet

74

-turn

-turn

75

Tipe -turn

76

Secondary structure propensities

77

C.2. Struktur tersier protein

78

Struktur tersier terbentuk dari pengemasan struktur


sekunder
Interaksi yang berperan pada pembentukan struktur
tersier protein:

Ikatan disulfida, ikatan kovalen antar residu


sistein
Ikatan hidrogen, antar rantai samping
Jembatan garam, antar rantai samping yang
mengion (COO- dengan NH3+)
Interaksi hidrofobik, antar rantai samping
asam amino nonpolar

79

Urutan asam amino menentukan struktur tersier dari


protein

Afinson tahun 1957 memperlihatkan bahwa


RNAse A dapat didenaturasi dan direnaturasi
kembali ke struktur native.

80

Bentuk struktur tersier: fibrous dan globular

Fibrous

Globular

81

Pengemasan struktur sekunder

1.
2.

Gaya dorong utama dalam folding protein adalah interaksi hidrofobik yang
terjadi antar gugus non-polar dari rantai samping polipeptida sebagai upaya
untuk meminimisasi kontak dengan molekul air.
Agar tujuan folding tercapai, maka diperlukan:
Struktur yang kompak sehingga efektif dalam meminimisasi luas permukaan
hidrofobik yang terekspos ke pelarut.
Gugus-gugus fungsi yang berpotensi membentuk ikatan hidrogen pada daerah
interior protein semuanya berpasangan. Pembentukan struktur sekunder heliks dan -sheet akan memaksimalkan jumlah ikatan hidrogen.

82

Pengemasan struktur sekunder


Bentuk struktur sekunder
menentukan modus
pengemasan:
-sheet yang memiliki bentuk
lembaran cenderung
membentuk struktur berlapis
dengan -heliks atau -sheet
lainnya.
Bentuk silinder dari -heliks
memungkinkan struktur
sekunder ini untuk menancap di
pusat interior protein.

83

Tertiary Structure and Functional Diversity :


Different Folding for Different Functions

84

C.3. Klasifikasi struktur tersier berdasar-kan pola


pengemasan struktur sekunder
-helical protein
-sheet protein
3. / protein
4. + protein

1.
2.

85

-helical protein

86

-sheet protein

87

/ protein

88

+ protein

89

Pola pengemasan struktur sekunder dalam protein

90

Supersecondary structure (motif)

91

Motif dalam struktur tersier protein

92

Motif dalam struktur tersier protein

93

Domain
Struktur dari protein yang besar (Mr > 20000 atau jumlah asam
aminonya > 200) umumnya mamiliki beberapa unit substruktur
globular yang disebut domain.
Setiap domain seringkali memiliki fungsi yang berbeda.

94

Domain
Polymerase domain
N-terminal
domain

C-terminal
domain

3-5 Exonuclase
domain

Apo-Calmodulin
DNA Polimerase I

95

Struktur tersier tidak rigid

96

Struktur tersier tidak rigid

97

Struktur kwaterner protein

98

Struktur Hemoglobin (Hb)

99

C.4. Fibrous protein

100

-keratin

-keratin kaya akan residu-residu hidrofobik Phe,


Ile, Val, Met dan Ala.

101

-heliks keratin

102

-keratin
-keratin memiliki struktur
yang kuat karena:
Terdiri dari multi -heliks
yang tergabung membentuk
struktur superheliks.
Antar rantai -heliks juga
distabilkan oleh ikatan
disulfida.

103

Kolagen
Kolagen banyak ditemukan di
jaringan penghubung, seperti
tulang dan kornea mata.
Kolagen terdiri dari 35% Gly,
11% Ala, dan 21% Pro dan Hyp.

Urutan asam amino kolagen


umumnya adalah perulangan
tiga peptida Gly-X-Pro atau GlyX-Hyp, dimana X adalah asam
amino mana saja.

104

Struktur primer kolagen

105

Struktur heliks kolagen

106

Silk fibroin

107

Protein kehilangan struktur dan fungsinya bila terdenaturasi

Suhu
Denaturan
pH

D
Native
(N)

Terdenaturasi
(D)

N
108

Studi denaturasi dapat digunakan untuk memahami mekanisme


folding

109

Struktur kwaterner protein

110

Simetri dalam struktur kwaterner protein

111

Contoh simetri siklus

C3

C7

112

Contoh simetri dihedral

113

Supramolekul

114

115

D. Fungsi protein

116

Fungsi protein
Enzim
Protein transport

Contoh: Hemoglobin (transport oksigen)

Nutrien

Contoh: Ovalbumin (protein telur), kasein (protein susu)

Gerak mekanis (fungsi otot)


Contoh: actin dan myosin

Struktural

Contoh: rambut, jaring laba-laba, kolagen

Pertahanan

Contoh: antibodi

Regulator

Contoh: Insulin
117

D.1. Protein transport: contoh kasus


hemoglobin (Hb)

118

Mekanisme transport O2 dan CO2

119

Struktur Hemoglobin (Hb)

120

Cincin forfirin

121

Oksigenasi cincin forfirin Hb

122

Perubahan konformasi Hb saat mengikat O2

123

Mioglobin (Mb)

124

Perbandingan struktur mioglobin dan hemoglobin

125

Profil afinitas Mb dan Hb terhadap O2

126

Profile afinitas Hb terhadap O2


Ketika [O2] rendah
afinitas Hb terhadap O2
juga rendah.
Pada [O2] naik hingga
level tertentu, afinitas
Hb terhadap O2
menjadi meningkat.
Perubahan afinitas Hb
dengan bertambahnya
[O2] menunjukan
adanya transisi struktur
Hb.

127

Transisi struktur Hb
T-state : afinitas rendah thd O2
R-state: afinitas tinggi thd O2

128

Efek transisi Hb dari T-state ke R-state pada kurva pengikatan O2

129

Efek alosterik dan kooperatifitas


Perubahan profil dari kurva pengikatan O2 dapat diterangkan sebagai
akibat dari efek alosterik yaitu pengikatan O2 pada salah satu subunit
Hb akan menginduksi perubahan konformasi subunit lainnya
sedemikian rupa sehingga afinitasnya berubah menjadi lebih tinggi.
Adanya efek alosterik menunjukan bahwa antar subunit ada
kooperatifitas.

130

Efek alosterik pada proses pengikatan ligan (O2) oleh Hb

131

Model kooperatifitas
Concerted model

Sequential model

T-state
R-state

132

Plot Hill

133

D.2. Immune Response

134

Immune response

When a foreign substance - a virus, a bacterium, or even a foreign protein-invades the tissues of
a higher vertebrate (like a human), the organism defends itself by what is called the immune
response.

The immune response has two facets:


1. Humoral immune response - Lymphatic cells called B lymphocytes synthesize specific
immunoglobulin molecules that are excreted from the cell and bind to the invading substance.
Binding either precipitates the foreign substance or marks it for destruction by cells called
macrophages.
2. Cellular immune response - Lymphatic cells called T lymphocytes, bearing immunoglobulin-like
molecules on their surfaces, recognize and kill foreign or aberrant cells.

135

Destruction of antigens by macrophages

136

Antigens and Antibodies


The foreign substance that elicits an immune response is called the
antigen.
A specific immunoglobulin that binds to the antigen is called the
antibody.
If the invading particle is large, like a cell, a virus, or a protein, many
different antibodies may be elicited, each type binding specifically to an
antigenic determinant (or epitope) on the surface of the particle.

137

Versatility of immune response


1. It can respond to an enormous number of different foreign
substances.
2. The immune response has a so-called memory: After an initial
exposure to a given antigen, a second exposure at a later date
results in rapid and much more massive production of the
antibodies specific to the antigen.

138

Immunoglobulin structure

139

antibody-antigen interactions

140

D.3. Gerak Mekanis: fungsi otot

141

Struktur otot

Relaks

Kontraksi
142

Relaksasi dan kontraksi otot

143

Actin and miosin

144

Aksi actin dan miosin pada kontraksi otot

145

Aksi actin dan miosin pada kontraksi otot

146

Aksi actin dan miosin pada kontraksi otot

147

Aksi actin dan miosin pada kontraksi otot

148

149