Anda di halaman 1dari 7

1.

Struktur sel prokariot dan eukariot


PROKARIOT
-

Tidak memiliki sistem endomembran sehingga materi inti tidak dibatasi oleh sistem membran,
retikulum endoplasma, kompleks Golgi, kloroplas, mitokondria, badan mikro, dan lisosom.
Tetapi mempunyai struktur yang berfungsi sama dengan mitokondria dan kloroplas, yaitu
mesosom dan kromator. Sedangkan ribosom banyak ditemukan pada sitoplasma bakteri.

Ukurannya jauh lebih kecil dibanding sel eukariotik

terdapat pada bakteri dan ganggang biru


Struktur nya
1). Dinding Sel yang tersusun dari atas peptidoglikan. Berfungsi sebagai pelindung dan
memberi bentuk yang tetap. Terdapat pori-pori sebagai jalan keluar masuknya molekulmolekul.
2). Membran Plasma yang tersusun atas molekul lipid dan protein dan berfungsi sebagai
pelindung molekuler sel terhadap lingkungan di sekirnya, dengan jalan mengatur lalu lintas
molekul dan ion-ion dari dalam
3). Sitoplasma yang tersusun dari air, protein, lipid, mineral dan enzim yang berfungsi untuk
mencerna makanan secara ekstraselular untuk melakukan metabolisme sel.
4). Mesosom yaitu membran plasma yang melekuk ke dalam membentuk bangunan, ada yg
menyerupai vesikula tilakoid. Pada bakteri fotosintetik berisi protein yang menangkap cahaya
dan menghasilkan ATP
5). Ribosom Ribosomnya lebih kecil dibanding pada eukariot. merupakan tempat
berlangsungnya sintesis protein.
6). DNA (Asam Deoksiribonukleat), berfungsi sebagai pembawa informasi genteika, yaitu
sifat-sifat yang harus diwariskan kepada keturunannya.
7). RNA (Asam Ribonukleat), RNA berfungsi membawa kode-kode gentika sesuai pesanan
DNA.

Eukariotik
Sedangkan dia memiliki sistem endomembran, inti tampak jelas karena dibatasi oleh sistem
membran. Pada sel ini, sitoplasma memiliki berbagai jenis organel seperti antara lain: badan
Golgi, retikulum endoplasma (RE), kloroplas (kuhusus pada tumbuhan), mitokondria, badan
mikro, dan lisosom.

Ukuran sel eukariotik rata-rata lebih besar dari sel prokariotik disebabkan untuk menampung
tingkat kerumitan organisasi tersebut

Terdapat pada sel protista, sel hewan, sel tumbuhan, dan sel fungi.
Adapun bagian-bagian dari sel eukariotik adalah sebagai berikut :
1). Membran Sel (selaput Plasma) tersusun oleh lipoprotein. Bersifat selektif permeabel
(hanya dapat dilaui molekul-molekul tertentu seperti glukosa, asam amino)
2). Sitoplasma adalah materi yang mengisi antara inti dan selaput plasma.

3). Sitoskleton atau rangka sel terdiri dari 3 macam yaitu : mikrotubul, mikrofilamen, dan
filamen intermediet. Mikrotubul tersusun atas dua molekul Protein tubulin yang bergabung
membentuk tabung, berfungsi memberikan ketahanan terhadap tekanan pada sel, perpindahan
sel (pada silia dan flagella), pergerakan kromosom saat pembelahan sel
(anafase), pergerakan organel, membentuk sentriol pada sel hewan. Mikrofilamen merupakan
filament protein kecil yang tersusun atas dua rantai protein aktin yang terpilin menjadi satu,
berfungsi memberi tegangan pada sel, mengubah bentuk sel, kontraksi otot, aliran sitoplasma,
perpindahan sel (misalnya psudopodia) dan pembelahan sel.
4). sentriol tersusun atas satu pasang struktur silinder yang tengahnya berlubang. Terdiri atas
sembilan protein tubula triplet (berperan untuk mengatur polaritas pembelahan sel pada sel-sel
hewan).
5). Nukleus merupakan organel terbesar , berperan penting pada sel sebagai pengendali
kegiatan sel. Bagian-bagian inti sel terdiri dari membran inti, nukleoplasma (kariolimp) dan
kromosom, serta nukleolus. Membran inti memisahkan inti sel dan sitoplasma.
6). Retikulum Endoplasma tersusunoleh membran yang terbentuk seperti jala dan berfungsi
sebagai saluran penghubung antara nukleus dengan bagian luar sel. Ada dua macam RE. RE
ganuler (RE kasar) bila pada permukaan membran RE ini menempel ribosom. RE halus atau
non granuler bila pada membran RE tidak ada ribosom.Fungsi organel ini memproses lebih
lanjut protein, lipid atau bahan lainnya yang akan disekresikan sehingga produk yang
dihasilkan sesuai dengan keperluannya. Dalam bentuk vesikula (gelembung) produk dari RE
ditransportasi ke badan Golgi.
7). Ribosom yaitu bagian terkecil dari sel, berfungsi sebagai tempat sintesis potein. Ribosom
tersusun dari RNA dan protein, terdiri dari sub unit besar dan sub unit kecil. Sub unit besar
dan sub unit kecil akan bergabung bila ribosom sedang menjalankan fungsinya yaitu sintesis
protein.
8). Kompleks golgi banyak dijumpai pada organ tubuh yang melaksanakan fungsi ekskresi,
misalnya ginjal. Badan Golgi berfungsi menghasilkan sekret berupa butiran getah, lisosom
primer, menyimpan protein dan enzim yang akan disekresikan, mempunyai hubungan erat
dalam sekresi protein. Pada seltumbuhan badan Golgi disebut diktiosom.
9). Lisosom merupakan membran kantong kecil yang berisi enzim hidrolitik (lisozom)
berfungsi untuk mencernakan bahan makanan yang masuk ke dalam sel baik secara pinositis
(makanannya berupa cairan) maupun secara fagositis (makannya berupa padat).
10). Badan Mikro terdiri peroksisom dan glioksisom. Peroksisom mengandung enzim
katalase dan oksidase terdapat pada hewan dan tumbuhan. Sedangkan glioksisom umum
terdapat pada endosperm biji dan berperan dalam perkecambahan. Secara umum badan mikro
berfungsi di dalam mengoksidasi lemak sebagai sumber energi.
11). Mitokondria berfungsi dalam oksidasi makanan, respirasi sel, dehidrogenasi, fosforilasi
oksidatif dan sistem elektron. Mekanisme transkripsi dan translasi di dalam mitokondria
bergantung kepada genetic inti. Bahan- bahan tertentu seperti rRNA, tRNA dan mRNA tidak
bergantung kepada inti. Tetapi, protein tertentu ditentukan oleh inti seperti protein ribosom,
RNA polimerase, DNA polimerase, tRNA aminoasil sintetase dan faktor- faktor sintesis
protein.
12). Kloroplas hanya terdapat pada tumbuhan, berfungsi sebagai tempat berlangsungnya
fotosintesis.
2. Pengepakan DNA eukariot

DNA harus disimpan dalam sel, pengepakkan khusus diperlukan agar cukup berada
dalam nukleus eukariot.
Kemudian nukleosom Unit dari 1 nukleosom ditambah 1 bentuk H1 membentuk
sebuah kromatosom.
----> KROMATOSOM------> BERAGREGASI membentuk solenoid----> struktur supercoild
-----> kromosom
Pengaturan pemadatan nukleosom membentuk spesifik kromatin yang tersusun
memanjang disebut struktur solenoid
Informasi genetik Sebuah sel, dalam bentuk DNA, disimpan dalam nukleus. Ruang di dalam
nukleus terbatas dan harus berisi miliaran nukleotida yang membentuk DNA sel. Oleh karena itu,
DNA harus sangat terorganisir.
Proses pengemasan DNA dan protein terjadi pada tahap profase. 1.
Untai DNA dipintal
dalam suatu protein histon. Histon merupakan protein bermuatan positif yang banyak mengandung arginin
dan lisin serta dapat berinteraksi dengan muatan negatif dari gugus posfat. Protein histon ini mengikat
DNA menjadi suatu unit yang disebut nukleosom. Sama halnya pada sel prokariotik, ukuran molekul DNA
yang menyususn kromosom sel eukariotik jauh lebih panjang dibandingkan dengan ukuran selnya. Sebagai
contoh, jika molekul DNA kromosom pada satu sel manusia disambung secara linear maka dapat mencapai
panjang sekitar 1,74 m sedangkan ukuran sel manusia hanya beberapa mikron. Kromosom sel manusia
mempunyai kandungan nukleotida yang berkisar antara 48 juta pasangan basa, dimana pada kromosom
autosom terkecil ada pada kromosom 21 dan 22, sampai sekitar 240 juta pasangan pada kromosom
terbesar yaitu kromosom 1, 2, dan 3. Oleh karena itu, Dna utama pada sel eukariotik dikemas dengan
sistem yang sangat efisien dan kompak. DNA pada sel eukariotik dikemas dengan menggunakan protein
histon yang terdiri atas lima macam, yaitu H1, H2A, H2B, H3, dan H4. Protein histon digunakan untuk
menggulung molekul DNA. Sekitar 200 bp DNA digulung dalam satu kompleks histon yang tersusun atas
masing-masing 2 molekul H2A, H2B, H3, dan H4, dan satu molekul H1. Satu kompleks DNA dan protein
histon semacam ini disebut sebagai nukleosom.

2.

Nukleosom satu dengan lainnya bergabung membentuk benang yang lebih padat dan

terpintal menjadi lipatan lipatan yang disebut dengan solenoid.

Histon H3 dan H4 tersusun

sedemikian rupa membentuk tentramer, sedangakan 2 histon H2A terletak pada bagian tengah atas
partikel nukleosom dan histon H2B terletak di bagian tengah bawah. Fungsi histon H1 adalah
untuk mengunci DNA dalam struktur nukleosom tersebut. Pembentukan struktur nukleosom
menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA menjadi 6 kali lebih kompak.
3.
Solenoid satu dengan yang lainnya bergabung dan lebih padat lagi membentuk benang yang disebut
kromatin.
Dalam satu kompleks histon tersebut, DNA digulung kurang lebih 2 kali. Antara nukleosom
satu dengan nukleosom yang lain dihubungkan oleh molekul DNA yang tidak berikatan dengan histon
sehingga disebut sebagai DNA penghubung (linker DNA) yang panjangnya berkisar 8 114 pasangan
basa. Ikatan antara DNA dengan histon dapat dipisahkan menggunakan larutan garam dengan konsentrasi
tinggi. Pada waktu gen sedang aktif ditranskripsikan atau pada saat terjadi replikasi DNA, DNA
nukleosom akan menjadi lebih sensitif terhadap nuklease. Hal ini memberikan indikasi bahwa pada saat
terjadi transkripsi dan replikasi ada proses penguraian struktur nukleosom. Rangkaian nukleosom
membentuk struktur yang disebut kromatin.
4.

Benang benang halus kromatin memadat membentuk lengan kromatid. Lengan kromatid

berpasangan membentuk kromosom.

Pada aras struktur yang lebih tinggi kromatin membentuk struktur menyerupai solenoid yang
merupakan struktur pilinan nukleosom. Struktur solenoid terkondensasi secara kompak membentuk
struktur khas kromosom yang dapat diamati pada saat sel berada pada metafase. Pembentukan solenoid
meningkatkan derajat kondensasi DNA 40 kali, artinya setiap satu mikrometer struktur solenoid
mengandung 40 m DNA. Pembentukan solenoid memerlukan histon H1.
Struktur solenoid selanjutnya dirapatkan lagi membentuk pilinan solenoid. Pilinan solenoid
meningkatkan derajat pengemasan menjadi 1.000 kali pada saat interfase dan menjadi 10.000 kali pada
waktu kromosom berada pada fase mitotik. Pilinan solenoid yang membentuk radial loop menyebabkan
kromosom yang ukurannya jauh lebih panjang dari sel dapat dikemas dalam sel yang kecil. Selain protein
histon, DNA juga berikatan dengan protein nonhiston yang diperlukan untuk replikasi DNA, ekpresi gen,
sebagai protein regulator maupun protein yang digunakan untuk menstabilkan struktur kromosom.
3. Prinsip isolasi asam nukleat
Merupakan salah satu teknik biomol untuk memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya
seperti protein, karbohidrat, lipid, protein ntuk didapatkan asam nukleat murni. Esktraksi atau
isolasi dilakukan dengan beberapa tahap
- Homogenisasi sel
Dengan alat dan bahan yg sudah di sterilisasi dan dalam suhu 4 derajat c untuk menghindari
digesti asam nukleat oleh enzim nuklease
- Pelisisan membran seluler
Dinding sel perlu dirusak dulu untuk melepaskan DNA yang berada didalamnya. Proses
menggunakan EDTA yang mengikat ion Mg2+ yg dibutukan sebagai kofaktor enzim DNAse.
Enzim lisosom juga dibutuhkan untuk melisiskan dinding sel yang tebal. Selanjutnya dapat
dilakukan disrupsi sel, sebaiknya dilakukan pada suhu 4 celcius dengan alat dan larutan yang
telah di sterilsisasi (misal dengan autoclave). Fungsi sterilisasi panas untuk menghilangkan
aktivitas DNAse pada alat atau larutan tersebut (DNase lebih labil terhadap pemanasan
sedangkan RNase relatif stabil terhadap panas karena adanya ikatan disulfida yang akan
emnyebabkan proses renaturasi ketika didinginkan
- Pemisahan DNA dari kmponen lainnnya / purification
Dilakukan dengan menggunakan fenol, proteinase, atau garam kaotropik. Bahan tersebut
melarutkan protein tanpa melarutkan asam nukleat, karena protein larut dalam perlatuh
organik sedangkan dna.
- Presipitasi dengan etano /, isopropanol / PEG untuk dikonsentrasikan dalam volume yg lebih
kecil sehingga dapat dipisahkan dari sisa bahan kimia lain. Biasanya menggunakan etanol,
etanol akan menginduksi struktur transisional asam nukleat sehingga menyebabkan nya
mengalami agregasi dan presipitasi untuk selanjutnya dapat dipisahkan. Molekul organik kecil
dan sebagian besar garam larut dalam etanol 70 persen sehingga presipitasi etanol dan
pencucian pelet menggunakan etanol 70
- Redissolve : melarutkan endapan DNA dalam blank (cairan tempat
melarutkan asam nukleat)
Hasil ekstraksi DNA dapat disimpan, hindari menyimpan
dengan freeze thaming. Bila terpaksa, sebaiknya freeze thaming tidak
dilakukan lebih dari 1x karena untuk menghindari agar sruktur DNA
tidak rusak.
4. Replikasi DNA eukariot

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S


di alam interfase. Untuk memasuki fase S diperlukan
siklin dan kinase, yang akan melakukan fosforilasi dan

mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi


pada masing-masing ori/ Titik awal replikasi. dapat dikenali
oleh enzim Dna A yang dihasilkan oleh gen dnaA (pada E.coli)
Terdapat berbagai jenis DnaA dan jenis Ori pada berbagai
organisme, sehingga Satu jenis DNA dari satu organisme belum
tentu dapat bereplikasi pada organisme lain.
- Kemudian akan terjadi Penguraian pilinan heliks ganda
Dengan memisahkan ikatan hidrogen antara basa-basa dari utasan yang
berpasangan, memisahkan kedua utasan pada heliks ganda menjadi utas tunggal
dengan Kelompok protein Heligase
Helikase I (hasil gen tra I pada plasmid F) berperan dalam replikasi plasmid
Helikase II, III.
Membentuk garpu replikasi,
Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan
hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut
menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masingmasing cabang tersebut menjadi cetakan untuk pembentukan dua untaian DNA baru
berdasarkan urutan nukleotida komplementernya

Mencegah utasan tunggal yang terbentuk berpasangan kembali membentuk


heliks ganda
Girase menghilangkan tegangan superheliks
Enzim ini merupakan topoisomerase tipe II berfungsi untuk menghilangkan tegangan pada
superheliks positif dengan cara membuka pilinan kearah negatif. Girase disusun oleh 2 jenis
subunit protein yaitu: Sub unit A oleh gen gyr A dan Sub unit B oleh gen gyr B
- Melindungi dari kerusakan akibat enzim nuklease yang banyak terdapat dalam
sel. Protein SSB (single strand binding) melindungi utas tunggal
Kelompok protein khusus menempel dan berasosiasi dengan DNA utas tunggal, melindungi
DNA dari serangan nuklease, yang dapat menghalangi transkripsi.Peran utamanya:
Menstabilkan dan melindungi utas tunggal yang terbentuk selama replikasi DNA, perbaikan
DNA dan rekombinasi

Sintesis rantai polinukleotida baru

Inisiasi Sintesis oleh polimerase RNA atau primase


Proses replikasi semua fragmen okazaki diawali oleh RNA primer.
Selanjutnya polimerase DNA memperpanjang rantai yang sudah ada. RNA
primer dibentuk oleh primase (dihasilkan oleh gen dnaG atau oleh
polimerase RNA (hasil gen rpo).
. Enzim primase ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh
DNA polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal.

Sintesis perpanjangan rantai oleh polimerase DNA

Bertanggung jawab atas proses sintesis DNA baru dengan cara


membentuk ikatan fosfodiester yang merangkaikan C ke 5 satu
nukleotida terhadap C ke 3 dari nukleotida lain.
DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan nukleotidadalam hal
ini, deoksiribonukleotidake ujung 3-hidroksil bebas nukleotida rantai DNA yang sedang

tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru disintesis dari arah 53, sedangkan DNA
polimerase bergerak pada DNA induk dengan arah 35. Namun demikian, salah satu untaian
DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 35 lagging strand, sementara untaian lainnya
berorientasi 53 leading strand, dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA
dengan arah 53. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan
tersebut

berbagai fragmen okazaki menjadi satu rantai


polinukleotida utuh.

Enzim ligase yang berperan untuk menyambung dua ujung rantai


polinukleotida menjadi rantai yang lebih panjang.Ligase terdapat dimanamana didalam sel dan bentuk berbeda-beda sesuai sumber energi yang
dimanfaatkan.

5. Prinsip PCR
PCR merupakan suatu teknik amplifikasi DNA selekftif invitror yang meniru replikasi DNA
invivo.
Komponen Penting
- DNA template Kemurniannya mempengaruhi hasil PCR. Dimurnikan agar bebas dari
nuklease, endoprotease, eksprotease dan DNA binding protein. RNA juga harus melalui tahap
reverse transcription untuk membuat mRNA menjadi DNA
- Primer
Harus baik, efek tif dan efisien. Syarat primer adalah
Panjangnya 18-30 nukleotida. Tidak mengandung daerah komplementer internal, strukter
sekunder. Sepasang primer tidka mengandung daerah yg slg berkomplementer, kandungan GC
dan AT seimbang, perbedaan suhu annealing tidak lebih dari 5 celcius, untuk PCR diagnostik,
pilihi ampilifiakasi daerah yg stabil secara genetik.
Primer dapat dimodifikasi 5end (menambah promotor, sequence pengatur, label, G-C
kompleenter dan tempat rekstriksi), degenersi primer (primer universal dan kompetitor),m
iscellanous (primer seuqence breulang, multipleks)
- DNTPs
Blok pembangun molekul asam nukleat yg terdiri dari datp, dttp, dctp, dgtp
- DNA polymerase
Enzim yg akan menyeleksi nukleotida pemnammbah primer untuk melanjutkan rantai dna
sesuai aturan base pair
- Buffer reaksi PCR
Biasanya mengandung ion mg2+ kation monovalen dan beberapa co-soluent. Co-soluentyang
akan menstabilkan enzim dna polimerase, mempengaruhi kerja enzim, ion monovalen,
menstimulus aktivitas DNA polimerase dan melindungi muatan negatif gugus phospate DNA
-

Reaksi pcr
Denaturasi awal menyiapkan mesin PCR dna enzim polimerase dalam master mix agar
maksimal degnan suhu 95 selama 3 menit
Denaturasi memisahkan DNA untai gandan menjadi tunggal dengaan suhu 95 derajat selama
15 detik
Annealing. pada sekuens targetnya terjadi hibridisasi primer PCR. dilakukan dengan suhu 55
selama 15 detik. Diharapkan primer dapat berikatan dengan target komplementernya dan jkika
sudah terhibridisasi tidak mundah mengalami disosiasi

Elongasi mengamplifikasi daerah (sequence target) yg sudah dihibridaisasi oleh primer dari
5end ke 3end, sebagian besar enzm butuh elongasi 72 derajat celcius selama 5 detik
Extra elongasi dengan 72 celcius selama 10 menit untuk menyempurnakan proses
amplifikasi . DNA polimerae melakukan proof reading yaitu membuang basa yang tidak tepat
sehingga meningkatkan akurasi
Store dengan suhu 4 celcius padad freezer untuk mengaembalikan ke kondisi atua suhu
semula sehingga ketika produk dikeluarkan, tidak rusak

ses penggandaan DNA dengan meniru prinsip replikasi DNA in vitro.


Dalam satu siklus terdapat 3 tahap yang dilakukan :
1. Denaturasi : pemanasan, unutk memisahkan ranta ganda menjadi rantai tunggal,

sehingga bisa dijadikan template DNA. Disusul proses hibrisisasi, yaitu


penempelan probe/penanda (yang digunakan dalam PCR disebut primer) pada
segmen yang dikehendaki nantinya.
2. Annealing : proses penempelan probe tadi pada rantai tunggal DNA. Dalam

menentukan suhu annealing harus memperhatikan melting temperature dari primer


itu. Sehingga saat proses annealing berlangsung probe bisa menempel sesuai tempat
seharusnya dan menghidari menempelnya kembali rantai komplemen dari DNA.
3. Extension : proses pemanjangan rantai bentukan baru dengan bantuan enzim DNA

polymerase.