Anda di halaman 1dari 24

Struktur dan fungsi

protein
Oleh
Nursal Asbiran
Staf Pengajar
Fakultas Kedokteran Unbrah

Protein
Protein mempunyai peran ganda penting
Sitoskeleton , bentuk dan integritas sel
Kontraktil, aktin , miosin
Transpor oksigen, hemoglobin, mioglobin
Mengusir benda asing,Antibodi
Katalisis reaksi , hasilkan energi
,memecah
dan membentuk biomolekul.
Replikasi
dan transcrip gene ,
berbagai proses

Reseptor berbagai hormon


Molekular medik, identifikasi protein
(yang ada, tidak ada, atau defisiensi
dan kaitannya dengan terdapatnya
keadaan fisiologi spesifik atau
penyakit)
Sequensing suatu protein

Asam amino

Sebagai unit monomer menbangun rantai


poliptida protein
Sbgn besar protein mgdg 20 macam asam L
alfa amino yg sama dl proporsi beragam
Bbrp protein khusus mgd asam L alfa amino yg
diturunkan dari antara 20 asam amino utama
AA turunan ini memberikan fungsi yg sangat
spesfik kpd protein, sehingga meningkatkan
keragaman biologi hbg
Jenis, urutan dan hbg spasial asam-asam amino
menentukan struktur 3 dimensi dan sifat
biologis protein sederhana

Faktor diatas turut menentukan


struktur dan fungsi protein
kompleks
Protein kompleks selain mgdg AA
juga heme, karbohidrat, lipid,
asam nukleat dll

Sifat asam amino

Kode genetik menetukan kespesifikan AA


Dari 300 macam AA hanya 20 monomer
utk membentuk polipeptida protein
Kode genetik 3 huruf yg jumlahnya
terbatas dpt mengakomodir 20 AA
Kode genetik universal yg cukup banyak
akan membatasi kodonAAyg digunakan
pd ke 20 as L alfa amino
Semua protein mgdg 20 AA dl proporsi
beragam

AA tambahan terdapat dl
protein khusus

Terjadi mlli modifikasi suatu AA yang


sebelumnya sudah menyatu dg
peptida/protein
Modifikasi postranslasi mencakup
Derivatisasi terminal N
Derivatisasi terminal C
Derivatisasi rantai samping AA yg terikat
peptida internal

Contoh
Prolin
4 OH prolin
Lisin
5 OH lisin
Metilasi, formilasi,
asetilasi,fosforilasi gugus fungsi
memperluas keragaman
biologis protein

Hanya AA asam L
amino terdapat di
alam
AA mengandung gugus fungsional amino

dan karboksil
AA dalam protein bisa dextrorotasinal
dan levoratasional pada pH = 7, namun
tetap punya konfigurasi absolut sama
Dalam tubuh terdapat 2 macam AA
bebas
D- serin pada bgn otak depan forebrain
D-aspartat dalam otak dan saraf perifer

Muatan asam amino

R-COOH dan R-NH3+ adalah pasangan


bersifat asam, keduanya asam lemah, tapi RCOOH lebih dominan
Pada plasma pH 7.4 dan intrasel pH 7.1
hampir semua R-COOH dalam bentuk RCOO~
R-COO~ dan R-NH2 merupakan basa
kunjugat
AA adalah zwitter ion
Pada pH isoelektrik (pI) AA tidak bermuatan
netto

Keseimbamgam proton
asam aspartat
pH <1 , MUATAN NET = +1
HOOC CHNH3+ CH2 COOH
. pH ~ 3, muatan net = 0
-OOC CHNH3+ CH2 COOH
. pH 6 8. muatan net = -1
-OOC CHNH3+ CH2 COO. pH 11, muatan net= -2
-OOC CHNH2 CH2 COO

Kelarutan dan titik


leleh

AA mempunyai gugus bermuatan,


mudah larut
Larut dalam pelarut polar spt air dan
etanol, tidak larut dalam pelarut
nonpolar spt benzen, heksan, eter
Titik lebur tinggi (besar dari 200 oC),
sehingga perlu energi yg banyak utk
menghancurkan gaya ionik yg menjaga
kestabilannya

Pemisahan AA berdasar
polaritas gugus

Apakah gugus yg melekat pada C alfa


polar atau tidak
AA yg terikat atau btk bebas (bukan dl
bgn protein) punya peranan dl proses
metabolism
ornitin, sitrulin, arginin dl pbtk ureum
tiroksin dl pbtk hormon tiroid
glutamat dl biosintesis neurotransmitter

Klassifikasi AA berdasar
kelarutan
HIDROFOBIK

HIDROFILIK

alanin

Arginin

histidin

isoleusin
leusin

Asparagin
Aspartan

lisin
serin

metionin

Sistein

treonin

fenilalanin

Glutamat

prolin

Glutamin

triptopan

Glisin

Tirosin
valin

Gugus R menentukan
sifat AA

Glisin adalah AA paling kecil, dapat


diakomodasi pada struktur 3 dimensi
protein yg tidak bisa dimasuki AA lain, Ia
terdapat pada regio tempat peptida
melipat tajam
Gugus R bermuatan pada AA asam atau
alkalis penting utk menstabilkan protein
spesifikmlli interaksi ionik atau pbtk
garam,contoh: putus atau terbentuknya
kembali ikatan garam terjadi menyertai
oksigenasi atau deoksigenasi

AA dg R muatan positif atau negatif punya


fungsi dl pemancaran muatan- charge relaymentransmisikan muatan listrik dl jarak cukup
jauh saat katalisis enzimatik, transportasi
elektron pd mitokondria saat respirasi
Ggs alkohol primer pd serin, -SH pd sistein
adalah nukleofilik, berfungsi saat katalisis. Ggs
alkohol sekunder pada treonin juga nukleofil,
tapi tak diperlihatkan pd katalisis
Gggs OH pd serin, tirosin, treonin berperan
dalam pengaturan aktifitas enzim yg aktifitas
katalitiknya tergantung fosforilasi aminoasil
terhidroksilasi

AA tak menyerap cahaya, jadi tak


berwarna, tak menyerap UV dg pjg gel
diatas 240 nm, kecuali AA aromatik spt
triptopan, fenilalanin, tirosin,histidin
Triptopan menyerap UV 250 290 nm.
Triptopan memberi kontribusi pd
sebagian protein menyerap UV pada 280
nm

Tehnik pemisahan
asam amino
Kromatografi
AA disekat antara fase diam dan fase
mobil. Pemisahan terjadi tergantung
pada kecendrungan molekul dl
campuran utk bergabung lebih pada
salah satu fase
Kromatografi kertas
Kromatografi lapisan tipis(TLC.PTLC,
Reversed phase PTLC,TLC adsorpsi,
HPLC

Elektroforesa voltase tinggi (HVE)


Pemisahan AA, polipeptida dan senyawa
amfolit-muatan netto tgt pH mediadengan arus searah
Bahan penyanggah
AA adalah kertas, serbuk selulosa
Polipeptida, protein dgnk gel polakrilamid
Oligomer nukleotida-agarosa, poliakrilamid

Pemisahan tergantung pada :


kekuatan medan listrik
muatan netto amfolit
berat molekul yang sama, bobot yg ringan
bermigrasi lebih dulu
Utk visualisasi elektroforegram diproses dg
larutan ninhidrin (AA dan Peptida),atau dg
etidium bromida kemudian dilihat dibawah
UV(oligomer nukleotida)
Pilihan pH ditentukan dari nilai pK gugus
disosiasi

Gugus fungsionil
menentukan reaksi kimia
AA

Setiap gugus fungsionil (karboksilat,


amino dan yg terdapat pada R)
berpartisipasi dl reaksi kimia khas
Ionisasi,pbtk ester amida, serya
anhidrida asam untuk ggs karboksilat
Ionisasi, asilasi, esterifikasi ggs amino
Oksidasi serta alkilasi ggs SH
Esterifikasi ggs OH, dll

Rx AA terpenting adalah
pbtk ikatan peptida

Pada prinsipnya pbtk ik. Peptida


adalah pengeluaran 1 mol air
antara gugus karboksilat AA
pertama dg ggs amino AA
berikutnya.
Ggs karboksil diaktifkan oleh ATP
membentuk adenosiladenilat

ASAM AMINO
H
I
R - C - COOH
COOI
NH2

H
i
RCi
NH3 +

Ikatan peptida
H
R C - COOH
NH2

H
R - C - COOH
NH2

R C CO = NH C -COOH
NH2