Definisi, Penggunaan, bentuk

1. Bacteriophage vectors
Definisi:
Bakteriofaga pertama diterangkan oleh Frederick Twort pada
tahun 1915 dan Felix dHerelle pada tahun 1917. DHerelle menamai
bakteriofaga karena mereka dapat melisis bakteri pada permukaan
agar di dalam cawan (Phage: dari Yunani memakan) (Barrow, et al.,
1997).
Kebanyakan Faga membunuh inang mereka (lisis), tetapi
pada beberapa kasus inang dapat bertahan saat infeksi, sementara
menyesuaikan informasi genetik yang dibawa oleh faga yang
menginfeksinya. Strain bakteri tersebut dapat lisis secara spontan dan
mengeluarkan faga setelah tumbuh dalam biakan, dan mereka disebut
sebagai lisogenik; fenomena tersebut dikenal sebagai lysogeny.
Kebanyakan faga (temperate phages) memiliki kemampuan untuk
melakukan infeksi baik lisis ataupun lisogen terhadap inang mereka.
Informasi genetik virus tersimpan di dalam sel bakteri lisogen, namun
ekspresi gen virus sangat terbatas; gen virus yang tak bergerak
disebut sebagai profaga (Barrow, et al., 1997).
Vektor lambda bakteriofag dikembangkan setelah beberapa
pengamatan yang dilakukan menunjukkan bahwa mereka bisa
menyelesaikan siklus hidup mereka bahkan jika DNA asing dimasukkan
ke dalam bagian dari genomnya. Hal ini menunjukkan bahwa daerahdaerah tertentu dari virus tidak penting. Pertama akan dibahas siklus
hidup lambda;
1. Adsorpsi
Partikel faga berikatan pada reseptor maltose di situs sel bakteri; sel
tumbuh pada kehadiran pertambahan jumlah dari situs reseptor
2. Penetrasi
DNA diinjeksikan ke dalam sel; pada tahap ini, mereka dapat masuk
melalui salah satu pada 2 jalur;
- Jalur lisogenik DNA faga menjadi terintegrasi ke dalam genom
dan bereplikasi sepanjang DNA bakteri; dia akan tetap terintegrasi
hingga memasuki jalur lisis
- Jalur lisis Produksi skala besar dari partikel bakteriofaga yang
akhirnya mengarah pada lisis sel; pemasangan basa pada situs cos
menyebabkan molekul menjadi sirkular
3. Transkripsi awal
Hasil transkripsi dari promotor pL dan pR, melalui gen N dan cro
serta berhenti pada terminator tL dan tR1; transkripsi level rendah
melalui gen O dan P terjadi dan berakhir pada tR2; produk N adalah
faktor antiterminasi yang penting untuk tahap transkripsi
selanjutnya
4. Transipsi awal yang tertunda

Produk N berikatan pada RNA polymerase dan transkripsi melewati

terminator tL, tR1 dan tR2; gen pada sisi kiri dari N, bergabung ke
dalam rekombinasi, ke sisi kanan dari cro, berabung ke dalam
replikasi, mereka diekspresikan pada tahap inil; protein lainnya
diekspresikan dari gen Q yang digunakan untuk antiterminasi pada
transkripsi berikutnya

5. Replikasi
Replikasi awal adalah melewati theta dari inisiasi situs replikasi ori
tunggal; replikasi selanjutnya adalah melalui replikasi rolling
lingkaran; ini akan menghasilkan concatamer dari DNA faga yang
dibelah pada bagian cosL dan cosR
6. Transkripsi akhir
Produk protein dari gen cro membentuk hingga level kritis dan
berikatan pada oL dan oR untuk menghentikan transkripsi awal;
protein lainnya, produk dari gen Q, telah tersusun dan mengaktivasi
transkripsi pada promoter pR oleh antiterminasil transkripsi akhir
pada daerah b; transkripsi ini menghasilkan prosuksi protein yang
dibutuhkan untuk kepala dan ekor dari faga yang matang dan
ditubutuhkan oleh sel bakteri yang lisis
7. Penggabungan
Kepala profaga telah dihasilkan; sebuah panjang unit DNA telah
disimpan pada kepala oleh aksi dari Nu1 dan protein A; DNA
terkunci di dalam tempat tersebut oleh protein D dan fungsi ter dari
protein A bergabng dengan DNA pada bagian cosL dan corR;
concatamer dilepaskan, ekor ditambahkan dan faga matang telah
sempurna. (Phillip McClean, 1998)
Penggunaan:
Salah satu contoh yang terkenal untuk temperate phage adalah
phage lambda, yang mengintegrasikan genome DNAnya ke dalam
kromosom inang menggunakan virallyencoded integrase. Contoh
lainnya adalah bakteriofaga mu (, untuk mutator), yang menyisipkan
genomenya secara acak ke dalam kromosom inang menggunakan
enzim transposase. Penyisipan acak oleh profaga menyebabkan
mutasi kromosom sel inang (sebab itu dinamai faga ini); proses ini,
yang ditiru oleh beberapa retrovirus mamalia, dikenal sebagai
mutagenesis sisipan (Barrow, et al., 1997).
Bentuk:

2. Cosmid vectors
Definisi:
Kosmid dalah plasmid yang telah diinsersi dengan situs cos (cohesive
end sites atau situs-situs ujung kohesif) yang diperlukan bagi
pengepakan DNA lambda ke dalam kapsidnya. Kosmid bisa
diperbanyak dalam sel-sel bakteri atau dipurifikasi melalui pengepakan
in vitro ke dalam fag. Keuntungan utama penggunaan kosmid adalah
bahwa DNA insersi yang lebih besar daripada 15kbp bisa diklon dan
meningkatnya kemudahan seleksi plasmid rekombinan (Elrod dan
William, 2002).
Penggunaan:
Contohnya; plasmid ColE1 mengandung sebuah gen bagi resistensi
terhadap rifampisin (rif-r) dan situs cos fag lambda, yang bisa dikenali
oleh sistem pemotongan-situs-cos (Ter) E. coli. Kosmid semacam itu
bisa berfungsi dengan benar, asalkan ada dua situs cos dan situs-situs
itu terpisahkan oleh tidak kurang dari 38 kbp namun tidak lebih dari 54
kbp. Pemotongan ColE1 dan DNA asing oleh enzim restriksi HindIII bisa
digunakan untuk menghasilkan molekul-molekul rekombinan liner.
Partikel-partikel fag pentransduksi bisa terbentuk jika hasil insersi di
antara kedua situs cos memiliki panjang 38-54 kbp. Tidak ada partikel

yang dihasilkan jika tidak terjadi insrsi atau jika DNA yang diinsersikan
panjangnya melebihi atau kurang dari kisaran tersebut. Pengemasan
(penambahan kepala dan ekor) in vitro membentuk partikel-partikel
pentransduksi yang mengandung kosmid-kosmid dengan ujung kohesif.
Saat sebuuah sel yang sensitive terhadap rifampisin (Rif-s) diinfeksi
dengan partikel fag pentranduksi, kimera linier membentuk molekul
sirkular dan bereplikasi menggunakan sistem replikasi ColE1.
Menyebarkan sel-sel itu pada medium yang mengandung rifampisin
akan menyeleksi sel-sel yang mengandung gen rif-r, daerah ColE1, dan
sebuah DNA asing hasil insersi (Elrod dan William, 2002).
Bentuk:

3. Bacterial artificial chromosomes (BAC)

Bacterial artificial chromosome (BAC) adalah salah satu alat yang
bernama vector, di mana microbiologist biasa menginsersikan gen ke
dalam bakteri biasanya E. coli. Insersi gen mengubah sifat bakteri ke
dalam proses yang dinamai dengan transformasi. Peneliti dapat
mengubah
strain
bakteri
menggunakan
BAC,
kemudian
membandingkan bakteri yang telah diubah dengan yang belum untuk
menemukan peran apa yang dibawa oleh gen tersebut di dalam sel
biologi. Sementara seluruh vector digunakan oleh peneliti dengan cara
yang sama, BAC penting untuk dapat membawa materi genetic yang
lebih banyak (Abrecht, 2003).
Setelah bertahun-tahun, peneliti telah mengembangkan berbagai
macam vector untuk memodifikasi gen bakteri. Kebanyakan dengan
memodifikasi faga atau struktur yang disebut dengan plasmid.
Kromosom betukkan bakteri adalah salah satu dari jumlah vector
plasmid (Abrecht, 2003).
Plasmid seperti BAC diinsersikan ke dalam bakteri menggunakan
proses yang disebut elektroporasi. Elektroporasi berlangsung dengan
merusak membrane sel dengan cara kejutan elektrik, yang membuat
pembukaan sementara melalui molekul yang dapat memungkinkan
untuk diinsersi. Pendahuluan BAC meliputi modifikasi plasmid dengan
berbagai nama eksotik seperti kosmid dan fosmid. Hal ini memberikan

upaya pada penelitian karena mereka hanya dapat membawa

beberapa 10 hingga 1000 pasang basa, cukup untuk membawa gen
hanya sebagian kecil (Abrecht, 2003).
Pada 1992 ditemukan BAC pertama oleh Hiroaki Shizuya, peneliti
pada California Institute of Technology, dengan memodifikasi plasmid
yang disebut faktor F. Plasmid faktor F digunakan secara alami oleh
bakteri untuk memindahkan DNA melalui 1 sel ke sel lainnya selama
masa stress di lingkungan, untuk meningkatkan keragaman genetic
dan pertahanan hidup. Tidak seperti pendahulunya, BAC dapat
membawa lebih banyak gen dengan 100-1000 pasang basa, atau
beberapa gen dalam satu waktu(Abrecht, 2003).
Kegunaan:
Sebagai contoh, beberapa BAC memiliki gen yang dapat
mengubah bakteri menjadi berwarna biru atau menjadi terang, sebagai
cara identifikasi yang lebih mudah. Beberapa memiliki gen yang dapat
membuat inang resisten terhadap antibody. Biakan dapat dimurnikan
dengan melarutkan mereka dengan antibody yang dipertanyakan,
membunuh seluruh bakteri kecuali dia yang membawa BAC (Abrecht,
2003).
Sejak bakteri berkembangbiak secara cepat, BAC juga dapat
digunakan untuk klon dalam jumlah besar untuk studi urutan genetic
partikel. Ini juga memungkinakan untuk studi yang lebih baik pada
genom organism yang tumbuh lambat atau tidak dapat diprediksi di
kondisi laboratorium. Kemampuan untuk klon telah mempercepat
penyembuhan penyakit dengan membiarkan identifikasi secara cepat
menggunakan antivirus dan antibakteri yang efektif. Juga dapat
memungkinkan produksi deret yang digunakan untuk modifikasi
organism untuk penelitian dan industry (Abrecht, 2003).

bentuk:

Daftar Pustaka
Abrecht, D. M. 2003. Bacterial Artificial Chromosomes. Available
at:
http://www.wisegeek.com/what-is-a-bacterial-artificialchromosome.htm [diakses pada: 30 September 2014]
Barrow, et al. 1997. Virus Vectors (Phage Vectors): Phage Basic.
Available
at:
www2.oakland.edu/biology/.../VirusVectorsI.pdf
[Diunduh pada: 30 September 2014]
Elrod, Susan L., dan William Stansfield. 2002. Schaums Outlines
Genetika Edisi Keempat. Jakarta. Erlangga
McClean, P. 1998. Bacteriophage Lambda Vectors. Available at:
http://www.ndsu.edu/pubweb/~mcclean/plsc731/cloning/cloning3.htm.
[Diakses pada: 1 Oktober 2014]