REPRESENTASI HIMPUNAN BARISAN KODON KE DALAM

STRUKTUR MODUL
Yurio Windiatmoko, Ema Carnia, Isah Aisah
Jurusan Matematika FMIPA Universitas Padjadjaran
Jl. Raya Bandung-Sumedang km 21 Jatinangor 45363. Telp/Fax:022-7794696

ABSTRAK
Informasi genetik yang memprogram semua aktivitas sel di dalam tubuh diatur dalam
molekul DNA. Molekul tersebut yang dipandang sebagai himpunan barisan kode genetik / kodon
( kodon merupakan suatu kode aturan penamaan asam amino berdasarkan triplet nukleotida
{, , , /} yang terdapat pada untai DNA ). Himpunan barisan kodon tersebut ternyata dapat
disajikan ke dalam bentuk struktur yang merupakan bagian dari pemodelan matematika aljabar
abstrak. Pada paper ini dijelaskan bagaimana langkah-langkah mendapatkan hasil representasi
tersebut secara bertahap. Agar didapat pemahaman tentang aplikasi ilmu aljabar pada bidang
biologi terutama dalam melihat nilai kuantitatif dan keteraturan barisan kodon pada DNA.
Tahapan diawali dengan representasi himpunan basis nukleotida menjadi struktur grup,
kemudian dilanjutkan dengan representasi himpunan kodon menjadi struktur ring dan diakhiri
dengan representasi barisan kodon menjadi struktur modul.
Kata Kunci

: Struktur Grup, Struktur Ring, Struktur Modul, Kodon, Nukleotida.

ABSTRACT
The Genetic information which program all cell activity in the body is regulated in the
DNA molecule. The molecule as a set of genetic code sequence / codon ( codon is a code naming
rules based on the amino acid triplet of nucleotides {A, C, G, U / T} is contained in the DNA
strand). The set of codon sequence are presenting in the form of the structure that is part of the
mathematical modeling of abstract algebra. This paper described how the steps to get the
representation results gradually. In order to obtain an understanding of algebra application in
the field of biology, especially in view of the value of quantitative and regularity of codons in DNA
sequence.
First step beginning with the representation of the set of nucleotide bases into the group
structure, then followed by a representation of the set of codons into ring structures, and the last
step representation of codon sequence into module structure.
Keywords
Nucleotide.

1.

: Group Structure, Ring Structure, Module Structure, Codon,

PENDAHULUAN

Informasi genetik yang memprogram semua aktivitas sel terdapat dalam bentuk kode di
dalam molekul DNA (deoxyribonucleic acid). DNA merupakan bahan penyusun gen yang terletak
pada inti sel (nukleus). Gen merupakan suatu unit penurunan sifat yang meneruskan informasi dari
induk pada keturunannya. Terdapat kurang lebih 200.000 gen di dalam DNA sel manusia.
Kumpulan gen membentuk genom yaitu keseluruhan penurunan sifat atau materi genetik yang
dimiliki sel suatu organisme (Campbell et al., 2005 : 325). Pada molekul DNA, nukleotida
dibentuk dari tiga komponen yaitu basa nitrogen, gula pentosa dan gugus fosfat. Basanya berupa

adenin (A), timin (T), guanin (G) dan sitosin (C). Untai DNA merupakan urutan basa di sepanjang
gen yang akan menspesifikasi sekuen asam amino suatu protein tertentu, asam amino yang terdiri
atas urutan tiga nukleotida ini disebut kodon.
Barisan kodon pada DNA ternyata dapat dipelajari secara kuantitatif melalui pemodelan
matematika dengan menganggap barisan kodon tersebut sebagai sebuah kelompok himpunan yang
diklasifikasikan berdasarkan operasi tertentu, dan teorema tertentu yang dipelajari pada mata
kuliah Struktur Aljabar atau biasa disebut dengan aljabar abstrak. Tujuan dari paper ini yaitu untuk
mengaplikasikan ilmu aljabar abstrak dalam mengklasifikasikan himpunan barisan kodon pada
DNA menjadi struktur modul.
2.

OBJEK DAN METODE PENELITIAN

2.1

Objek Penelitian
Objek yang diteliti dalam penulisan paper ini adalah Himpunan Barisan Kodon pada
DNA.

2.2

Diagram Alur Tahapan Representasi Struktur Modul Himpunan Barisan Kodon

Langkah-langkah representasi dapat dilihat melalui diagram alur berikut:

Representasi Struktur Grup

dari Himpunan Nukleotida

Representasi Struktur Ring

dari Himpunan Kodon

Representasi Struktur Modul

dari Himpunan Barisan
Kodon

Gambar 1. Diagram Alur Tahapan Representasi Struktur Modul Himpunan

Barisan Kodon.

1. Representasi Struktur Grup Himpunan Nukleotida, yaitu penulis merepresentasikan

himpunan nukleotida { , , , } ke dalam struktur grup, dengan pendefinisian jumlah tiap
elemen himpunan.

2. Representasi Struktur Ring Himpunan Kodon, yaitu penulis merepresentasikan himpunan

kodon yang merupakan konversi perluasan dari himpunan nukleotida ke dalam struktur
ring, dengan pendefinisian jumlah dan kali tiap elemen himpunan.

3. Representasi Struktur Modul Himpunan Barisan Kodon, yaitu penulis merepresentasikan

himpunan barisan kodon yang merupakan perluasan himpunan kodon ke dalam struktur
modul, dengan pendefinisian jumlah tiap elemen himpunan.
3.

TEORI PENDUKUNG
Teori Modul

Misal adalah ring dengan elemen satuan (tidak harus komutatif). Himpunan
dikatakan modul kiri atas dinotasikan ; -modul kiri jika memenuhi syarat-syarat sebagai
berikut:
1. (, +) merupakan grup komutatif
2. Operasi perkalian skalar
( ) ( ) memenuhi aksioma-aksioma sebagai berikut:
(a). ( + ) = + , , , ,
(b). () = (),
, , dan
(c). ( + ) = + , , , .
(d). 1 = , .
(Jika merupakan ring komutatif maka dapat dinyatakan juga sebagai -modul
kanan dengan mendefinisikan =
, , )
4.

PEMBAHASAN DAN HASIL

Gambar 2. Konversi nukleotida DNA ke RNA

4.1

Grup basis-4 (Four-base group)

Basis elemen himpunan terurut {A, C, G, U} didapat dari pengaturan perbedaan

hubungan jumlah ikatan hidrogen dan sifat kimia (purin dan pirimidin) antar nukleotida.
Kelompok nukleotida yang memiliki jumlah ikatan hidrogen sebanyak 3 ikatan yaitu G dan C,
sedangkan kelompok nukleotida yang memiliki jumlah ikatan hidrogen sebanyak 2 ikatan yaitu A
dan T/U. Untuk pengelompokan sifat kimia nukleotida, kelompok purin yaitu G dan A, sedangkan
untuk kelompok nukleotida pirimidin yaitu C dan T/U.
Grup basis 4 dinotasikan merupakan grup yang isomorfik dengan 4 (bilangan bulat
modulo 4) dinotasikan 4 .
Tabel 1. Penjumlahan himpunan dan 4
+

4.2

Struktur Ring ( Himpunan Kodon )

Selanjutnya himpunan yang merupakan himpunan nukleotida dikonversikan menjadi

himpunan triplet nukleotida atau yang disebut dengan himpunan kodon seperti terlihat pada
tabel 2 di bawah ini.
Tabel 2. Himpunan Kodon

a.

Operasi penjumlahan pada himpunan didefinisikan sebagai berikut:

Jika , dengan dan adalah basis pertama pada kodon (basis disini
merujuk pada sub bab 4.1 yaitu basis nukleotida), dan adalah basis kedua pada
kodon dan dan adalah basis ketiga pada kodon. Maka algoritma penjumlahan
+ menghasilkan dinyatakan sebagai berikut :
(i)
Pertama, + menghasilkan basis ketiga sebut dengan mengikuti
operasi penjumlahan pada tabel .
(ii)
Jika basis yang dihasilkan urutannya lebih dulu dari basa-basa yang
dijumlahkan, maka tulis yang dihasilkan dan basis C ditambahkan ke
langkah penjumlahan selanjutnya.
(iii)
Lalu, + menghasilkan basis pertama kodon sebut dengan operasi
penjumlahan mengikuti operasi penjumlahan pada tabel . (Aturan (ii)
tetap berlaku)
(iv)
Terakhir, + menghasilkan basis kedua kodon sebut dengan operasi
penjumlahan mengikuti operasi penjumlahan pada tabel . Sehingga
hasilnya kodon .
Contoh 1. : + , dengan = , =
(i)
= + = , karena A yang dihasilkan mendahului basis C & U pada
urutan {A, C, G, U} maka C ditambahkan ke langkah penjumlahan
selanjutnya.
(ii)
= ( + ) + = + = , karena A yang dihasilkan mendahului
basis U & C pada urutan {A, C, G, U} maka C ditambahkan ke langkah
penjumlahan selanjutnya.
(iii)
= ( + ) + = + = , sehingga = atau +
= .

b.

Operasi perkalian pada himpunan kodon yang dinyatakan dengan didefinisikan

dengan (1 1 1 1 1 1 ) = 1 1 1 ,
1 1 1 =
(untuk
suatu
pembangun)
, = (1 1 1 ) (1 1 1 ) = (1 1 1 )
( adalah operasi perkalian di 64 ) sehingga dapat dikatakan operasi perkalian
merupakan operasi biner

Himpunan Isomorfik dengan

Karena setiap grup siklik hingga dengan order himpunan yang sama akan isomorfik
( lihat Teorema 2.12 pada bab III ), dengan melalui pengaitan yang merujuk pada tabel
antara kolom (i) dengan kolom No yang merupakan pengaitan bijektif (1-1, pada).
4.3

Struktur Modul pada Himpunan Barisan Kodon

Selanjutnya himpunan kodon akan diperluas menjadi himpunan barisan kodon P
atau ( ) yang didefinisikan dengan grup jumlah langsung dari yaitu :

(, +) = (( ) , +) = ( , +) ( , +) . . ( , +) (sebanyak faktor),
+ .
Unsur-unsurnya merupakan pasangan terurut dari elemen-elemen himpunan
,

dinotasikan
:
(( ) , +) = {(1, 2 , . . , ) | }
( = 1, 2, . , ),
sehingga kardinalitas dari himpunan adalah 64 = 64 64 64

operasi pada =1 didefinisikan sebagai berikut :

(1 , 2 , 3 , , ) + (1 , 2 , 3 , , ) = (1 + 1 , 2 + 2 , 3 + 3 , , + )
Untuk , dan + , maka himpunan =1 dibawah operasi
penjumlahan merupakan grup, dinotasikan (=1 , +), dan disebut grup jumlah langsung dari
.
5.

KESIMPULAN DAN SARAN

Berdasarkan hasil penelitian di atas, dapat diambil kesimpulan sebagai berikut:

Proses representasi barisan kodon diawali dengan representasi basis nukleotida

{, , , /} pada DNA menjadi grup basis-4 ( ). Kemudian basis nukleotida dikonversikan
ke dalam himpunan kode genetik ( kodon/ ) berdasarkan aturan sifat untai asam nukleat ribosa (
RNA ) dan direpresentasikan ke dalam struktur ring untuk dilihat keisomorfikannya dengan
himpunan bilangan bulat modulo 64 ( 64 ). Selain itu himpunan kodon ( ) direpresentasikan ke
dalam struktur modul dan aljabar. Perluasan himpunan kodon ( ) menjadi himpunan barisan
kodon ( ) yang merupakan grup jumlah langsung dari himpunan kodon:

(, +) = (( ) , +) = ( , +) ( , +) . . ( , +) (sebanyak faktor), + .
Dengan demikian () dapat juga direpresentasikan ke dalam struktur modul.
Karena masih terdapat keterbatasan untuk hasil yang diperoleh, maka penulis
menyarankan :
Untuk penilitian selanjutnya diharapkan penggunaan software seperti Mapple, GAP dan
software sejenisnya dapat dioptimalkan untuk merepresentasikan himpunan barisan kodon ke
dalam struktur modul.
6.

DAFTAR PUSTAKA

Campbell, N.A. dan Reece, J.B. 2005. Campbell Biology (9th ed.). Illinois : Pearson Education.
Durbin, J.R. 2009. Modern Algebra an Introduction (6th ed.). New York : John Wiley & Sons.
Dummit, D.S. dan Foote, R.M. 2004. Abstract Algebra (3rd ed.). New York : John Wiley & Sons.
Fraleigh, J.B. 2003. A First Course in Abstract Algebra (7th ed.).
Sanchez, R., Morgado, E. dan Grau, R 2005 Gene Algebra from a Genetic Code Algebraic
Structure J. Math Biol. 51 : 431-457
Ngili, Y. 2010. Biokimia Dasar. Bandung : Rekayasa Sains.