Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada
eukariota, waktu terjadinya replikasi DNA sangatlah diatur, yaitu pada fase S daur sel, sebelum
mitosis atau meiosis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang
membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses
replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai
polimerase (PCR)
Replikasi

adalah

proses

duplikasi

DNA

secara

akurat.

Genom

manusia pada satu sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi

secara

akurat (persis tidak boleh ada yang salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke
sel anak supaya informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi hanya
terjadi pada fase S (pada mamalia). Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum
fase M.
Proses replikasi pertama kali di mulai ketika enzyme Helicase memutus ikatan kimia
yang paling lemah diantara dua rantai polinukleotida. Untaian DNA diputus tepat di tengah
memisahkan pasangan-pasangan basa. Rantai polinukleotida yang baru dipisahkan menjadi
rantai tunggal akan menjadi rantai dasar (template) untuk membentuk dua untai rantai DNA baru.
Di dalam sel-sel nucleus, terdapat banyak nukleotida-nukleotida bebas. Basa-basanya
akan berikatan dangan basa-basa yang ada di dalam rantai dasar (template), yang berdasarkan
aturan

Chargaff,

akan

berpasangan

hanya

dengan basa lain yang merupakan pasangannya. Misalnya, katakanlah di dalam rantai

dasar

(template)

yang

terdapat

basa

Guanine

(G),

maka

basa

Cytosinlah

terikat padanya. Proses terbentuknya ikatan basa-basa ini dibantu oleh enzyme yang

(C)

disebut

enzyme DNA Polymerase III. Enzyme ini hanya bekerja dari ujung 5 ke ujung 3 dari rantai
DNA. Hal ini terjadi juga pada rantai dasar (template) yang lainnya. Hanya saja sedikit berbeda
prosesnya dengan rantai dasar yang pertama.
Karena proses replikasi oleh enzyme polymerase III hanya berlangsung dari ujung 5 ke
ujung

3,

maka

pada

rantai

dasar

(template)

ke

dua

dibutuhkan

peran RNA primase yang membuat RNA Primer sebagai jembatan awal bagi enzyme polymerase

III bekerja. Selanjutnya dengan bantuan DNA polymerase I dan DNA ligase akan diperoleh
sebuah rantai DNA baru dari rantai dasar (template) ke dua.
Proses ini terjadi berulang ribuan kali untuk menciptakan dua molekul DNA yang persis
sama dengan molekul DNA asal. Sehingga saat mitosis terjadi,sel saudaranya akan menerima
molekul DNA yang betul-betul sama. Jika terjadi sesuatu yang salah dalam replikasi DNA,
mutasi-pun terjadi. Kesalahan mutasi akan menyebabkan protein dalam DNA memiliki urutan
asam amino yang salah, misalnya susunan basa yang berubah atau hilangnya basa tertentu.
Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA yaitu enzim yang berperan dalam proses
transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi, enzimyang berperan RNA polymerase.
Transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis protein (ekspresi gen); yang dipakai
cetakan hanya salah satu untai DNA(3-5) replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam
siklus sel; keduauntai induk dipakai sebagai cetakan untuk di replikasi.
Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan, yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal
tetap dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi
semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai
polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap dipertahankan dan
akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untai polinukleotida baru.
Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami fragmentasi di
sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi
cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmenlama dan baru akan dijumpai berselangseling di dalam tangga berpilin yang baru.
Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. Hasil
replikasi DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang berfungsi
sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservative process. Primer strand : Pada 3 dia
akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan, tetapi pada 5 P tidak bisa
dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi
sintesis dari 3-5, tetapi dari 5-3, jadi yang menambah selalu ujung 3

DNA polymerase

Pada

proses

replikasi

DNA

terdapat

enzim

sentral,

yaitu

DNA

polymerase.

Pada proses replikasi, DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH(hidroksil) dimana
gugus OH hanya ada pada ujung 3 sedangkan ujung 5 adalah ujung fosfat. (ciri utama DNA
polymerase).

Ciri

kedua:

DNA

polymerase

tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif).
Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5-3 sehingga
pertumbuhan dari 5-3 karena penambahan pada ujung 3,dimana pada ujung 3 ada ujung
hidroksil. Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer, tidak bisa mensintesis DNA tanpa
adanya primer, primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). DNA
yangdibutuhkan

adalah

DNA

primase

untuk

meletakkan

RNA

pada

tempatnya.

DNA primase untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Bila lokomotifsudah

jadi

maka akan di-take over oleh DNA polymerase, dan yang ditambahkanadalah DNA.
B. Mekanisme Replikasi DNA
Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuantunggal dinamakan replikon.
Dimulainya (inisiasi) replikasi DNA terjadi di suatutempat tertentu di dalam molekul DNA yang
dinamakan titik awal replikasi atauorigin of replication(ori). Contoh pada plasmid (prokariot),
terdapat prosesreplikasi yang dimulai pada replication origin dan mengembang sampai
dihasilkan2 plasmid yang sama persis. Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih kompleks tetapitetap
membutuhkan replication origin. Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai
DNA, yang masing-masing akan berperan sebagaicetakan bagi pembentukan untai DNA baru
sehingga akan diperoleh suatugambaran yang disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya, inisiasi
replikasiDNA baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah (bidireksional). Dalam hal
ini

dua

garpu

replikasi

akan

bergerak

melebar

dari

ori

menuju

dua

arah

yang berlawanan hingga tercapai suatu ujung (terminus). Pada eukariot, selain terjadireplikasi
dua arah, ori dapat ditemukan di beberapa tempat
Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yangakan bergabung satu
sama lain. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan.Origin replication disebut sebagai
unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi,
dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh

satu titikORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapaORI
karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3milyard DNA.
Sehingga pada mamalia ada 30.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S
untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja.
Saat awal akan di mulainya repliaksi, pada G1 akhir ORC mengenalisequence ACS, kemudian
ada molekul lain, juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-RC). selanjutnya
pada fase S degradasi fosporilasi ORC,degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk bubble
replication.

Helikase

membuka pilinan, topoisomerase yang memotong pada titik tertentu. secara singkat dalamsiklus
sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Pada fase G1 persiapan, S prosesreplikasi, G2/M sudah
selesai
C. Replikasi pada kedua untai DNA
Proses

replikasi

DNA

yang

kita

bicarakan

di

atas

sebenarnya

barulah proses yang terjadi pada salah satu untai DNA. Untai DNA tersebut seringdinamakan
untai pengarah
(leading strand)
. Sintesis DNA baru pada untai pengarah ini berlangsung secara kontinyu dari ujung
5 ke ujung 3 atau bergerakdi sepanjang untai pengarah dari ujung 3 ke ujung 5. Pada untai
DNA pasangannya ternyata juga terjadi sintesis DNA baru dari ujung 5 ke ujung 3

atau

bergerak di sepanjang untai DNA cetakannya ini dari ujung 3 ke ujung 5.

Namun, sintesis DNA pada untai yang satu ini tidak berjalan kontinyu sehinggamenghasilkan
fragmen terputus-putus, yang masingmasing mempunyai arah 53.
Terjadinya sintesis DNA yang tidak kontinyu sebenarnya disebabkan oleh sifat
enzim DNA polimerase yang hanya dapat menyintesis DNA dari arah 5 ke 3
serta ketidakmampuannya untuk melakukan inisiasi sintesis DNA.
Untai DNA yang menjadi cetakan bagi sintesis DNA tidak kontinyu itudisebut untai tertinggal
(lagging strand)

. Sementara itu, fragmen-fragmen DNAyang dihasilkan dari sintesis yang tidak kontinyu
dinamakan fragmen Okazaki,sesuai dengan nama penemunya. Fragmen-fragmen Okazaki akan
disatukanmenjadi sebuah untai DNA yang utuh dengan bantuan enzim DNA ligase.