Biological Magnetic Resonance Data Bank

Abstrak

Biological Magnetic Resonance Data Bank digunakan untuk

mengumpulkan, arsip, dan menyebarluaskan data kuantitatif
penting seluruh dunia dalam domain publik yang berasal dari
NMR spektroskopi penyelidikan biologis makromolekul. Data
relevan yang disimpan oleh para ilmuwan yang telah dihasilkan
maka akan dikonsultasikan dengan oleh para ilmuwan tersebut.
Dalam kolaborasi dengan Protein Data Bank, BMRB menyediakan
link antara spektral data dan koordinat atom yang terkait. BMRB
bekerja dengan komunitas pengguna untuk mengembangkan
format data yang dapat dikelola oleh komputer dan digunakan
untuk generasi pengetahuan yang ada hubungannya dengan
informasi dari database lain.
Tujuan dari BMRB adalah untuk memberdayakan para ilmuwan
dalam analisis struktur, dinamika, dan kimia sistem biologis.
Melalui kolaborasi internasional dan situs miror, BMRB berupaya
untuk melibatkan partisipasi kelompok yang lebih luas dari para
ilmuwan serta untuk meningkatkan layanan di seluruh dunia.
Tampilan home pada link BMRB terdapat beberapa menu yang
di

dalamnya

dapat

digunakan

untuk

berbagai

macam

kepentingan. Beberapa menu tersebut yaitu : Search, Validation

Tools, Deposit Data, Spectroscopists Corner, Programmers
Corner, Metabolomics, Educational Outreach, NMR Data Format,
Links to External Sites, BMRB Mirror Sites.
1. About BMRB
About BMRB berisikan tentang apa itu BMRB dan menjelaskan
tentang deskripsi dari BMRB itu sendiri. Selain itu, about BMRB
juga terdapat informasi tentang citing BMRB, News, Funding Cuts
and US Biological Database Infrastucture), Mailing list, BMRB
Description, dan BMRB Staff.

2. Search
Search merupakan menu yang dapat digunakan untuk mencari
suatu data yang terdapat pada BMRB. Dalam menu search yang
terdapat pada BMRB, meliputi:

Search Archive

Query Grid Interface

FASTA search

New Entries

Entries on Hold

NMR Time-domain Data

NMR Restraints from PDB MR Files

Relational Tables

Entries relating to human diseases

Semua menu pada search diatas memiliki fungsi yang sama
yaitu digunakan untuk mencari segala informasi yang terdapat
pada BMRB.
3. Validation Tools
Validation

Tools

digunakan

untuk

memeriksa

NMR

eksperimental data dan struktur file sebelum meng-upload.

Didalam Validation Tools terdapat submenu, yaitu :

Validation Tools
Chemical Shift vs Coordinate nomenclature check
Protein structure Validation Suite (PSVS)
iCing Validation Package
Visualization server dan Check Shift

4. Deposit Data

Deposit

data

merupakan

perangkat

lunak

yang

dapat

mengkonversi file data dari berbagai format, termasuk PIPP,

XEASY, dan tab-delimited file yang dihasilkan dari spreadsheet
yang umum ke format NMR bintang. Dalam menu Deposit Data
yang terdapat pada BMRB, meliputi:

Deposit Data

Data Accepted

ADIT-NMR

Overview of ADIT-NMR

SMSDep

Overview of SMSDep

Chemical Shift vs Coordinate nomenclature check

STARch

NMR-STAR Template Generators

NMR Statistics
BMRB database berisi data NMR berasal dari biologi molekul.
Molekul-molekul

ini

termasuk,

tetapi

tidak

terbatas

pada,

peptida, protein dan asam nukleat. NMR data tentang hemes,

kofaktor,

ligan,

polisakarida,

atau

molekul-molekul

biologis

relevan lain yang diterima. Data harus ditetapkan secara khusus

atom dan dapat disimpan menggunakan ADIT-NMR.
5. Spectroscopists Corner
Didalam menu Spectroscopists Corner terdapat beberapa
submenu yang meliputi :

Spectroscopists Corner
Published studies utilizing the BMRB database
Defined Standart, NMR Experiment
NMR Software, Wishart Research Group webserves
Academic and commercial software

6. Programmers' Corner
BMRB

dan

komunitas

NMR

telah

mengembangkan

dan

membuat koleksi perangkat lunak kode untuk memanipulasi NMR

file data, data dan pengembangan eksperimen RMN. Kode
disediakan "sebagaimana adanya" dan tanpa jaminan apapun.
Beberapa submenu yang terdapat pada Programmers' Corner
yaitu meliputi :

Programmers' Corner

Submitting pulse programs

Pystarlib

Starlib

Starlibj.jar

Starlibj documentation

SANS parsers
SANS ini berbasis callback bintang parsers mirip SAX. Parsers
ini dapat digunakan untuk memvalidasi NMR bintang sintaks.
Versi Java, PHP, C++ dan Python tersedia, beberapa meliputi
mmCIF parsers serta NMR bintang.
7. Metabolomics
Metabolomics adalah studi tentang bagaimana profil metabolik
sistem biologis kompleks perubahan dalam menggapai tekanan
seperti penyakit, paparan racun atau perubahan diet. Database
Metabolomics

melayani

informasi

mengenai

katalog

besar

metabolit yang dihadapi dalam jalur metabolisme. Tujuan dari

metabolomik adalah untuk katalog dan menghitung molekul kecil
segudang ditemukan dalam cairan biologis dalam kondisi yang

berbeda.

Didalam

menu

Metabolomics

terdapat

beberapa

submenu, yaitu :

Metabolomics Home
Standart Compounds
NMR Peaks Query
Molecular Mass Calculator
Find Formula/Molecule by Mass
Heuristically Determined Formula by Mass
Metabolomics websites
Bulk archives
Data Upload
Data policy

8. Educational Outreach
Dalam istilah yang sangat luas dan penjangkauan yang
meluas, dampak dari penyiaran publik melalui berbagai media
layanan,

bahan-bahan

pendidikan

dan

aktivitas-aktivitas

kolaboratif yang dirancang untuk melibatkan individu dan

mendorong partisipasi masyarakat dalam mengatasi isu-isu yang
menjadi perhatian.
Pendidikan

penjangkauan

mendukung

pendidikan

mengacu

formal

atau

pada

kegiatan

berbasis

kelas,

yang
serta

pendidikan informal yang terjadi di luar kelas. Kampanye

pendidikan penjangkauan menyediakan pengalaman pendidikan
untuk orang-orang muda di ruang kelas, perpustakaan, program
setelah sekolah, organisasi berbasis komunitas, Museum serta
mendukung pengembangan para profesional yang bekerja sama.
Definisi ini tidak mengecualikan inisiatif yang juga memiliki situs
Web target khalayak umum. Namun, pada intinya proyek-proyek
yang kita fokuskan pada memiliki misi pendidikan yang kuat,
dalam arti lebih tradisional dari istilah. Dalam menu Educational
Outreach yang terdapat pada BMRB, meliputi:

Educational Outreach

Molecular Highlights

Macromolecular NMR

Solid State NMR

NMR Acronyms

Molecular Images
9. NMR Data Formats
10.

Link to External Sites

Link to external site merupakan suatu situs yang