Anda di halaman 1dari 10

Laporan Praktikum

Bioinformatika

Hari, Tanggal
Waktu
PJP
Asisten

: Kamis, 6 November 2014


: 10.00 11.00
: Dr Laksmi Ambarsari, MS
: M. Maftuchin S.
Asep Didi S.
Rini Kurniasih

ANALISIS STRUKTUR HASIL ELEKTROFORESIS DAN


KOLONI DENGAN PHOTO-CAPMW
Kelompok 20

Yoana Puspita Sari


(G84110066)

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2014

PENDAHULUAN
Bioinformatika merupakan penerapan teknik komputasional untuk
mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan
metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan
masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan
asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama
bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran
sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk
struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis
ekspresi gen. Bioinformatika juga sangat berguna dalam bidang klinis berupa
manajemen data klinis, bidang virologi untuk mengklasifikasikan virus, bidang
obat-obatan

dengan

menemukan

senyawa

yang

mampu

menekan

perkembangbiakan suatu agen penyakit, dan bidang identifikasi agen penyakit


baru karena bioinformatika menyediakan tool untuk mengidentifikasi ciri agen
penyakit yang belum diketahui masyarakat.
Bioinformatika terbagi menjadi dua macam yaitu bioinformatika klasik
dan bioinformatika pasca genom. Bioinformatika klasik menitikberatkan pada
analisis sekuen. Bioinformatika pasca genom dimulai ketika masa pemetaan
genom manusia sudah diselesaikan. Jenis bioinformatika baru ini mampu
membantu kita melakukan perbandingan genom dari berbagai jenis spesies,
mengukur jumlah relatif cetakan dari sebuah pesan genetik, menemukan fungsi
dan keterkaitan gen, serta melihat kerja fungsi genom.
Beberapa jenis data biologi dalam bioinformatika antara lain manajemen
data yang dapat digunakan sebagai pemeliharaan database dan pemrosesan data,
struktur dan sekuens protein dan gen untuk merepresentasikan molekul makro dan
penerjemahan data genomik, struktur molekular 3D untuk pengukuran fisik
menggunakan sinar-X atau resonansi magnetik nuklir, dan data bibliografik
seperti abstrak dari suatu artikel sains.
Photo-CapMW merupakan salah satu software pendukung perkembangan
bioinformatika yang biasa digunakan untuk menganalisis hasil elektroforesis suatu
sampel berupa data elektroforegram dan mengkuantifikasi jumlah maupun luas
suatu koloni hasil penelitian dalam format *jpeg. Tujuan dari praktikum

bioinformatika ini adalah mengetahui dan dapat menggunakan aplikasi PhotoCapMW yang bisa bermanfaat dalam melakukan penelitian.

METODE
Waktu dan Tempat
Praktikum Protein ini dilaksanakan di Ruang Kelas C9-C10, Fakultas
Peternakan IPB, pada tanggal 6 November pukul 09.00-11.00 WIB.
Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan pada percobaan ini adalah laptop, flashdrive,
terminal. Bahan-bahan yang digunakan adalah program Photo-CapMW, gambar
gel hasil elektroforesis, gambar koloni pada cawan petri.
Prosedur Percobaan
Analisis hasil elektroforesis. Untuk menganalisis gel, dibuka program
Photo-CapMW. Ikon Open diklik untuk mengambil gambar gel hasil
elektroforesis dengan format JPG. Lalu, ikon image quantification diklik, setelah
itu ikon Molecular Weight diklik untuk membuka window analisis bobot molekul.
Seting juga dilakukan untuk jumlah analat yang dianalisis. Ikon Separation diklik
untuk memilih area gel yang akan dianalisis. Photo-CapMW akan langsung
memilih secara otomatis area running dari gel tersebut. Ikon Detection diklik,
kemudian Detect. Akan dilakukan deteksi otomatis terhadap gel yang ada.
Apabila diantara hasil gel tersebut ada yang meragukan atau tidak terdeteksi ikon
Line Cur atau Rect Cur dapat dipilih untuk melakukan penyesuain manual
terhadap analisis gel yang ada. Nilai standar dimasukkan dengan ikon Marker
Value diklik dan pilih New. Nilai standar dimasukkan dalam satuan kilobasa atau
kilodalton. Hasil dapat diperoleh dengan ikon Result dan New diklik. Maka bobot
molekul dari sampel langsung terukur. Ikon Volume diklik untuk kuantifikasi
analat berdasarkan luas area di bawah kurva. Sedangkan ikon Treshold diklik
untuk analisis tinggi secara manual.
Analisis hasil pertumbuhan koloni. Program Photo-CapMW dibuka, lalu
ikon Open dibuka dan gambar hasil pertumbuhan koloni dimasukkan dengan
format JPG. Ikon Colony Counting diklik untuk mulai menghitung koloni. Lalu
ikon Automatic Colony Counting untuk menghitung koloni secara otomatis. Luas

area pengamatan dapat diset berdasarkan bentuk persegi atau lingkaran. Perangkat
ini hanya membedakan dua jenis koloni. Ikon Count diklik untuk mulai
menghitung koloni, setelah beberapa saat akan ditampilkan dari Photo-CapMW
jumlah koloni beserta volume dari koloni tersebut. Ikon Display Colony Number
diklik untuk penomoran jumlah koloni, ikon Manual Colony Counting diklik jika
penghitungan dilakukan secara manual.

HASIL DAN PEMBAHASAN


Elektroforegram yang akan dianalisis menggunakan aplikasi Photo-CapMW
berasal dari jurnal yang berjudul Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada

Grevillea Spp. (Proteaceae). Berikut ini merupakan langkah-langkah untuk


menganalisis elektroforegram tersebut.
Klik File Open

Akan terlihat tampilan seperti di bawah ini

Colony
counting

Open

Window
Paste
Inversion

Image
rotation

Save

Print
Undo
adjustment

Image
Quanifica
tion

Brightness
About
Comment
on Image
Help Mode

Contrast

Vertical
Mirror

Horizontal
Mirror

GLP
Visualiza
tion

Lane
definition

Volumes

Marker value

M.W. result

Klik image quantification


Detection of
bands

Pilih Lane definition

Klik Molecular weight Pilih Detect

Klik Detect Ok

Klik Molecular Weight Klik M.W. Marker

Maka hasilnya akan terlihat seperti di bawah ini

Marker visualization bisa dimodifikasi


Jika mengklik ikon Volume, maka akan terlihat seperti di bawah ini

Jika ingin mengetahui bobot volumenya, klik Threshold

Pola-pola hasil RAPD dipengaruhi oleh komponen PCR meliputi


konsentrasi DNA cetakan, MgCl2, primer serta dipengaruhi oleh jumlah siklus
termal. Tingkat sensitifitas hasil PCR-RAPD bervariasi terhadap perubahan yang
diakibatkan perbedaan konsentrasi tiap komponen. Pengaruh perbedaan
konsentrasi komponen dan perbedaan siklus termal pada PCR-RAPD Grevillea
dan kondisi optimal untuk protokol PCR-RAPD ditampilkan pada gambar di atas.
Semua komponen PCR yang diuji pada Grevillea berpengaruh terhadap
pola-pola PCR-RAPD yang dihasilkan. Pada konsentrasi DNA rendah (10 ng
sampai 25 ng), PCR menghasilkan pola yang konstan, tetapi saat konsentrasi
DNA dinaikkan menjadi 45 ng, terdapat band DNA yang tidak teramplifikasi.
Beberapa penelitian lain menunjukkan hasil yang berlawanan yaitu rentang
konsentrasi DNA cetakan dalam PCR-RAPD sangat luas dan pola-pola DNA
yang dihasilkan relatif konstan.
Adanya band yang tidak muncul pada konsentrasi DNA di atas 25 ng
dapat disebabkan tidak menempelnya primer pada situs penempelan primer. Salah
satu penyebab terjadinya hal ini adalah kualitas DNA yang kurang baik. DNA
yang

pemurniannya

polisakarida,

senyawa

tidak

sempurna

fenolik

atau

kemungkinan
kontaminan

masih

lain,

mengandung

sehingga

dengan

meningkatnya konsentrasi DNA maka jumlah kontaminan juga bertambah. Rasio


yang rendah antara primer dan DNA cetakan dapat menyebabkan produk RAPD
yang dihasilkan tidak konsisten
Hal lain yang mempengaruhi produk RAPD adalah siklus termal yang
digunakan. Jumlah siklus dapat mengubah pola-pola DNA produk RAPD.
Denaturasi awal pada suhu 95oC berfungsi memisahkan utas ganda DNA serta
membuat protease menjadi tidak aktif. Suhu penempelan primer 35oC sampai
36oC, sedangkan suhu pemanjangan 72oC selama 2 menit cukup untuk
mengamplifikasi produk yang berukuran besar (sampai 4 kb). Jumlah siklus 40 x,
dipilih sebagai jumlah siklus optimal untuk meminimalkan amplifikasi produk
RAPD yang tidak spesifik.
Praktikum ini selanjutnya menjelaskan cara menghitung koloni dengan
menggunakan aplikasi Photo-CapMW.

Isolasi bakteri kitinolitik pada jurnal Isolasi dan Pengamatan Morfologi


Koloni Bakteri Kitinolitik berasal dari sampel air laut di kawasan Banda Aceh.
Seluruh sampel ditumbuhkan pada media agar kitin sehingga didapatkan 18 isolat
bakteri yang mampu tumbuh pada media tersebut. Isolasi bakteri merupakan
pengambilan atau memindahkan mikroba dari lingkungannya di alam dan
menumbuhkannya sebagai biakan murni dlam medium buatan.
Klik Open Colony Counting

Koloni berwarna hijau memiliki batas antara 100-120, sedangkan koloni merah
memiliki batas jumlah antara 150-175. Gambar di bawah ini merupakan contoh
perhitungan jumlah koloni secara manual.

SIMPULAN
Photo-CapMW merupakan salah satu software pendukung perkembangan
bioinformatika yang biasa digunakan untuk menganalisis hasil elektroforesis suatu
sampel berupa data elektroforegram dan mengkuantifikasi jumlah maupun luas
suatu koloni hasil penelitian dalam format *jpeg.

DAFTAR PUSTAKA
Fitri L, Yasmin Y. 2011. Isolasi dan Pengamatan morfologi koloni bakteri
kitinolitik. Jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi, Biologi Edukasi 3:20-25.
Pharmawati M. 2004. Optimalisasi kstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea
spp. Jurnal Biologi XIII (1):12-16.