Anda di halaman 1dari 7

LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

(KI3061)
PERCOBAAN 3
ISOLASI DNA DARI BUAH DAN ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA

Nama
NIM
Kelompok
Tanggal Percobaan
Tanggal Laporan
Asisten
NIM Asisten

: Muhamad Gidry Abdurrazak


: 11213016
:4
: 6 Maret 2015
: 27 Maret 2015
: Nurani Hasanela
: 20514043

LABORATORIUM BIOKIMIA
PROGRAM STUDI KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG
2015
1. Tujuan

a. Menentukan pola migrasi DNA dari buah strawberry dan bawang bombay
b. Menentukan ukuran DNA buah strawberry dan bawang bombay
2. Teori Dasar
DNA merupakan materi genetik yang menentukan sifat dari suatu organisme. DNA
merupakan suatu polinukleotida yang tersusun atas monomer dATP, dTTP, dGTP, dan
dCTP yang saling terikat melalui ikatan fosfodiester. Struktur 3D DNA yang dikemukakan
oleh Watson dan Crick (dalam Nelson dan Cox, 2008) terdiri atas dua rantai DNA yang
saling berpilin atau bisa disebut double helix. Tiap rantai DNA sendiri memiliki gugus
hidrofilik dengan ujung fosfat menghadap ke luar rantai dan basa nitrogen berada di dalam
putaran rantai. Kedua rantai DNA dihubungkan dengan basa-basa nitrogen yang
menghadap ke dalam ini melalui ikatan hidrogen.
DNA memiliki muatan yang negatif. Muatan yang negatif ini terdapat pada gugusgugus fosfatnya (Hart dkk., 2010). DNA akan bermigrasi pada gel agarosa dalam buffer
dan medan listrik tertentu . DNA hasil elektroforesis divisualisasikan dengan merendam
gel agarosa dalam larutan etidium bromida. DNA yang mengikat etidium bromida akan
mengalami fluoresensi jika diberi sinar UV. Adapun untuk mengetahui ukuran DNA
sampel pada elektroforesis, digunakan DNA standar yang telah diketahui ukurannya.
Campuran berisi DNA-DNA standar yang diketahui ukurannya ini disebut DNA marker.

3. Data Pengamatan
Tabel 3.1 Data jarak terjauh fragmen-fragmen DNA
No

Sampel DNA

Jarak

Gambar

yang
ditempuh

Strawberry 1

Fragme
n
Strawb

Strawberry 2

Fragme
n
Strawb

Gambar 3.1 Fragmen DNA strawberi

Bawang bombay 1

Fragme
n
bawang

+++

II

Bawang bombay 2

Fragme
n
bawang
bombai

+++

Gambar 3.2 Fragmen DNA bawang


bombay

III

Kontrol/Standar

++++

Fragme
n
Kontrol

Gambar 3.3 Fragmen DNA kontrol


Keterangan : tingkat terjauh fragmen DNA
1= +
2= ++
3= +++
4 = ++++

4. Pembahasan

Percobaan kali ini menggunakan DNA strawberry dan bawang bombay untuk
elektroforesis. Yang pertama kali dilakukan adalah penggerusan. Penggerusan dilakukan
untuk merusak dinding sel dan membran sel secara mekanik. Sehingga materi-materi di
dalam sel dapat diperoleh dengan mudah, terutama molekul DNA yang cukup besar.
Hal yang dilakukan setelah penggerusan adalah penambahan NaCl, detergen, dan air.
NaCl sendiri berperan dalam mengendapkan protein dan karbohidrat supaya DNA lebih
mudah diperoleh. Ion Na+ dari NaCl sendiri dapat membentuk ikatan dengan gugus fosfat
DNA yang bermuatan negatif dan membuat DNA terkumpul dan memekat. NaCl juga
berfungsi mempertahankan pH larutan agar tetap konstan. Penambahan detergen sendiri
berfungsi untuk melisiskan dinding dan membran sel yang terbentuk dari fosfolipid
bilayer (Sweeney, 2015). Detergen dapat merusak membran sel melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran sel dan
membentuk kompleks lipid protein-deterjen. Penambahan air sendiri dilakukan untuk
melarutkan DNA, karena DNA sendiri merupakan senyawa polar.
Penyaringan kemudian dilakukan untuk memisahkan endapan buah strawberry atau
bawang bombay dari filtrat yang berisi DNA. Kemudian filtrat dipindahkan ke tabung
reaksi sebanyak 6 mL dan ditambahkan isopropanol dingin. Isopropanol dingin berfungsi
untuk memicu terjadinya presipitasi pada larutan DNA. Pada awalnya DNA larut dalam
air, namun setelah ditambahkan isopropanol dingin DNA akan terpresipitasi di
isopropanol dingin. Hal ini akan menyebabkan molekul-molekul DNA menggumpal dan
saling berikatan, membentuk struktur seperti gelatin putih. Kemudian gelatin putih ini
dililitkan pada batang pengaduk dan dilarutkan kembali dalam air pada tabung
mikrosentrifuga.
Kemudian larutan DNA dalam mikrosentrifuga dicampur dengan gliserol dan brom
fenol biru. Gliserol berfungsi sebagai pemberat sehingga sampel DNA dapat tenggelam ke
dasar sumur gel agarosa dan tidak melayang keluar. Bromo-fenol berfungsi sebagai zat
warna dalam gel agarosa saat elektroforesis. Senyawa ini berfungsi sebagai penanda
kemajuan sampel DNA pada gel agarosa selama proses elektroforesis (tracking dye) dan
menentukan kapan saatnya harus menghentikan proses elektroforesis.
Elektroforesis pada percobaan ini menggunakan gel agarosa sebagai medium. Gel
agarosa sendiri dibuat dari rumput laut. Menurut Bowen (2000), gel agarosa juga bersifat
nontoksik, sehingga relatif aman digunakan. Kemudian senyawa TAE buffer ditambahkan
pada tangki elektroforesis yang berisi gel agarosa. TAE Buffer pada percobaan kali ini
berfungsi sebagai fasa gerak dari elektroforesis dan melengkapi gel agarosa sebagai fasa
diam. Selain itu TAE buffer juga berfungsi untuk menjaga pH agar tetap stabil. Hal ini
diperlukan karena fragmen DNA dapat terdenaturasi akibat adanya perubahan pH.
Perubahan pH ini disebabkan oleh perubahan kesetimbangan ion H+ dan OH- dari
elektroda. Denaturasi ini sendiri dapat merusak elektromobilitas DNA pada medium.
Selain itu ditambahkan pula larutan etidium bromida (EtBr). Etidium bromida digunakan
sebagai pewarna, karena EtBr yang ditambahkan dalam gel agarosa berinteraksi dengan
basa nitrogen dari molekul DNA dan menghasilkan sifat fluoresensi yang dapat terlihat
dengan paparan sinar UV. Struktur kimia dari etidium bromida ditunjukkan oleh Gambar
4.1

Gambar 4.1 Struktur kimia etidium bromida


Elektroforesis dimulai saat kabel dihubungkan dengan power supply dan tangki
elektroforesis pun ditutup. Elektroforesis dilakukan pada 50-70 volt. Sumur DNA pada gel
agarosa terletak di sisi kutub negatif alat elektroforesis, karena DNA yang bermuatan
negatif diharapkan akan bergerak ke arah kutub positif alat elektroforesis (Martin, 1996).
Lampu UV pada alat elektroforesis pun dinyalakan dan akan terlihat sifat fluoresensi yang
diakibatkan oleh etidium bromida dalam bentuk warna pink pucat. Kemudian ketika
warna dari tracking dye sudah sampai pada batas ujung bawah gel agarosa, power supply
dimatikan. Hasil elektroforesis kemudian dibandingkan dengan DNA marker yang ikut
dielektroforesis. DNA marker pada percobaan ini terletak pada sumur paling kiri dari gel
agarosa apabila dilihat dari sisi gel yang paling dekat dengan sumur-sumur yang ada.
DNA marker berfungsi sebagai pembanding atau kontrol yang menunjukkan ukuran
fragmen DNA yang kita ingin ketahui. DNA marker terdiri atas sekumpulan fragmen
DNA yang ukurannya telah diketahui sebelumnya. DNA marker yang terdapat pada ruang
elektroforesis berfungsi sebagai penanda posisi fragmen DNA sampel yang bermigrasi.
Posisi fragmen DNA sampel dicocokkan dengan DNA marker yang memiliki jarak
tempuh yang sama dari sumurnya masing-masing, kemudian disesuaikan dengan data
ukuran DNA marker yang ada (dalam satuan kilobasa / kb) untuk mendapatkan ukuran
fragmen DNA sampel. Pada percobaan kali ini, digunakan 1kb DNA Ladder sebagai DNA
marker. Adapun ukuran fragmen-fragmen DNA pada 1kb DNA Ladder ditunjukkan pada
Gambar 4.2.

Gambar 4.2 Ukuran fragmen DNA pada 1kb DNA Ladder


Berdasarkan data pengamatan, didapat bahwa fragmen DNA strawberry tidak
bermigrasi sama sekali dari sumurnya, sedangkan fragmen DNA bawang bombay
bermigrasi sampai jarak migrasi fragmen 1kb DNA ladder terjauh. Fragmen DNA

strawberry yang tidak bergerak dari sumurnya dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor,
salah satunya adalah DNA strawberry memiliki ukuran diatas 10.000 bp. Sedangkan untuk
DNA bawang bombay, jarak tempuh migrasi fragmen DNAnya pada elektroforesis
menunjukkan bahwa kira-kira ukuran fragmen DNAnya adalah sekitar 1.000 1.500 bp.
Hal ini dapat disimpulkan setelah posisi migrasi fragmen DNAnya dicocokkan dengan
DNA markernya, yakni 1kb DNA Ladder.

5. Kesimpulan
Pola migrasi DNA strawberry pada percobaan ini dapat dilihat pada Gambar 3.1,
sedangkan pola migrasi DNA bawang bombay pada percobaan ini dapat dilihat pada
Gambar 3.2
Ukuran DNA strawberry diatas 10.000 bp, sedangkan ukuran DNA bawang bombay
diperkirakan berada dalam rentang 1.000 1.500 bp.

6. Daftar Pustaka
Bowen, R. 2000. Principles of Gel Electrophoresis (online). Tersedia:
http://www.vivo.colostate.edu (26 Maret 2015)
Hart, David J. dkk. 2010. Organic Chemistry: A Short Course (13th edition). Belmont:
Brooks/Cole, Cengage Learning.
Martin, R. 1996. Gel Electroforesis: Nucleid acids. Oxford: Bros Scientific Publishers
Ltd.
Nelson, David L. dan Michael M. Cox.2008. Lehninger: Principles of Biochemistry. New
York: W.H. Freeman Company.
Sweeney, Diane. 2015. DNA Isolation from Strawberries (online). Tersedia:
http://www.gs.washington.edu/outreach/dhillon_dnaprocedure.pdf (26 Maret 2015)