Dari Gen ke Protein: Pengekspresian Gen dengan Sintesis

Protein
Oleh: Sonia Limoes (T. Bioproses 1306412142)
ABSTRAK
Sintesis protein merupakan suatu proses pembentukan protein yang melalui tahap transkripsi dan
translasi. Tahap transkripsi merupakan proses penyalinan kode DNA menjadi mRNA. MRNA
kemudan akan diterjemahkan menjadi asam-asam amino sesuai dengan kodonnya, yang
dinamakan tahap translasi. Khusus untuk sel eukariotik, terdapat tahap pasca transkripsi, di mana
mRNA diolah terlebih dahulu sebelum menjalankan tahap selanjutnya. Proses translasi terdiri dari
inisiasi, elongasi dan terminasi. Setelah itu terdapat proses post-translasi, di mana polipeptida
akan dimodifikasi sehingga dapat berperan secara fungsional.
Kata kunci; Sintesis Protein, Pasca-Transkripsi, Translasi, Post Translasi

PENDAHULUAN
Central Dogma adalah rangkaian proses di mana informasi genetik yang terdapat dalam
DNA dipindahkan ke dalam molekul RNA, lalu informasi genetik yang terkandung dalam molekul
RNA tersebut akan ditranslasi untuk menghasilkan protein.
Sintesis protein melibatkan penyalinan bagian-bagian tertentu pada DNA ke dalam
polinukleotid yang disebut ribonukleat atau RNA. Jenis-jenis protein yang disintesis oleh sel
bergantung kepada struktur primer dari protein itu sendiri. Struktur primer ini ditentukan oleh gen
yang terletak di kromosom sel, yang di bawa oleh DNA. Protein sangat berguna dalam proses
pertumbuhan, perbaikan jaringan-jaringan yang rusak dan sebagai enzim, yang mengatur seluruh
reaksi kimia di dalam tubuh suatu organisme. Tulisan ini akan menjelaskan bagaimana protein
disintesis di dalam sel sesuai dengan instruksi genetic di dalam DNA.
Setelah dilakukan proses transkripsi DNA menjadi mRNA di dalam inti sel, mRNA akan di
bawa keluar dari inti sel menuju sitoplasma, dan kemudian diterjemahkan sesuai urutan
nukleotidanya menjadi sebuah rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. Adapun molekul rRNA, salah satu penyusun ribosom yang menyediakan tempat bagi
mRNA untuk ditranslasi, dan molekul tRNA, yang berperan sebagai pembawa asam asam amino
yang akan disambungkan kepada masing-masing kodon dari mRNA menjadi sebuah rantai
polipeptida
PROSES PASCA TRANSKRIPSI (POST-TRANCRIPTION)
a. Proses Pasca Transkripsi Pada Prokariot
Pada sel prokariotik, proses translasi dilaksanakan beriringan dengan translasi, sehingga
tidak terjadi proses post-transkripsi. Hal ini disebabkan karena tahap transkripsi dan translasi
dilakukan pada tempat yang sama, yaitu di sitoplasma.

Gambar 1. Tempat terjadinya transkripsi dan translasi pada sel Prokariot dan Eukariot
(Sumber: http://cnx.org/resources/b28ce47bb2683998c048e6a03c34549d/Figure_16_01_01.jpg_)

b. Proses Pasca Transkripsi Pada Eukariotik

Berbeda halnya dengan sel prokariot, pada sel eukariot terdapat tahap pasca transkripsi.
Sehingga terdapat jeda waktu antara proses transkripsi dan proses translasi. Hal ini disebabkan
karena tempat berlangsungnya dua tahap tersebut berbeda. Proses transkripsi berlangsung di
dalam inti sel, dan proses translasi terjadi di sitoplasma. Pada gambar di bawah ini dapat dilihat
perbedaan proses transkripsi dan translasi pada sel prokariot dan eukariot.
Pada tahap pasca-transkripsi, pre-mRNA yg dihasilkan dari proses transkipsi tidak dapat
langsung pergi menuju sitoplasma untuk ditranslasi, namun harus melewati serangkaian proses
modifikasi dahulu, antara lain:
i. Pemberian topi (capping)
Proses ini dilakukan dengan pada ujung 5 molekul pre-mRNA. Setelah berakhirnya
proses transkripsi, ujung 5 molekul pre-RNA memiliki satu gugus trifosfat. Pada proses
capping, gugus trifosfat ini akan ditambahkan dengan molekul guanine triphosphate (GTP).
Proses ini dipengaruhi oleh enzim guanyltransferase Enzim ini mengkatalisis reaksi antara
ujung 5 pre-mRNA dan GTP; Pemberian topi ini mempunyai beberapa fungsi, yaitu:
Melindungi mRNA dari degradasi enzim hidrolisis.

Setelah mRNA sampai di sitoplasma, ujung 5 akan berfungsi sebagai bagian dari tanda
pelekatan ribosom.
ii. Penambahan Ekor (Poliadenilasi)
Pada ujung 3 molekul pre-mRNA, terjadi penambahan poliA (rantai AMP) yang
terdiri dari 30-200 nukleotida adenine (A). Penambahan adenine dikatalisasi oleh enzim
poly (A) polymerase, yang mengenali sekuens AAUAAA sebagai sinyal penambahan ekor.
Ekor poli(A) ini akan mempermudah perpindahan mRNA dari nucleus ke sitoplasma,
meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan efisiensi translasi.

Gambar 2. Capping dan pemberian ekor pada pre-mRNA.

Sumber: http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/P/Pre-mRNA.gif

iii. Splicing pre-mRNA

Splicing merupakan proses penyambungan ekson (bagian coding RNA) dan
pembuangan intron (bagian RNA yang tidak dikode noncoding section). Proses
penyambungan ekson dilakukan oleh snRNA (small nuclear RNA) yang berasosiasi dengan
suatu protein membentuk kompleks protein small ribonuclear proteins (snRNPs, dibaca
snurp). Kompleks antara snRNPs dengan pre-mRNA akan membentuk suatu kompleks
yang dinamakan spliceosome atau spliosom (Sanford&Caceres, 2004). Spliosom tersebut

akan membentuk gulungan (loop) pada intron dan selanjutnya intron dipotong dari premRNA dalam bentuk lariat atau seperti tali laso yang ditunjukkan pada Gambar 3. Proses
modifikasi ini akan menghasilkan mRNA matang yang akan digunakan dalam proses
translasi.

Gambar 3. Proses Splicing pada RNA

Sumber: http://www.phschool.com/science/biology_place/biocoach/images/transcription/eusplice.gif

PROSES TRANSLASI
Tahap translasi DNA adalah suatu rangkaian proses yang mengubah sekuens mRNA
menjadi satu untai asam-asam amino yang membentuk sebuah protein. Proses ini sangat penting
dalam proses pembuatan protein yang menyusun sebagian besar dari komponen-komponen sel.
Tahap ini juga merupakan tahap akhir dari sekuens DNA menjadi protein yang fungsional, suatu
bagian akhir dari dogma utama biologi molekuler.
Komponen-komponen Translasi:
a. Aminoasil tRNA: molekul tRNA yang membawa sebuah asam amino spesifik yang siap
untuk dilekatkan pada kodon mRNA.
b. Aminoasil-tRNA-sintetase: enzim yang mengkatalisis pengikatan atara tRNA spesifik
dengan asam amino, untuk membentuk aminoasil tRNA
c. mRNA: molekul RNA hasil transkripsi
d. Ribosom
Struktur dari sel yang tersusun dari protein dan RNA (rRNA), berfungsi sebagai pabrik
sintesis protein. Ribosom menyediakan satu sisi pengikatan untuk mRNA, dan tiga sisi
pengikatan untuk tRNA: the acceptor site (sisi A), the peptidyl site, dan the exit site.
Ribosom utuh (Intact) eukariot diketahui mempunyai koefisien sedimentasi
(pengendapan) 80S, sedangkan ribosom utuh prokariot mempunyai koefisien sedimentasi
70S. Komponen penyusun ribosom:
Setiap ribosom terdiri dari dua subunit.

Pada eukariot terdiri dari 60S dan 40S;

Pada prokariot terdiri dari 50S and 30S.

Subunit besar ribosom mengandung beberapa rRNA:
tiga rRNA (28S, 5.8S dan 5S rRNA) pada eukariot

dua rRNA (23S and 5S rRNA) pada prokariot

Subunit kecil ribosom terdiri dari rRNA tunggal

18S rRNA pada eukariot dan,

16S rRNA pada prokariot

Kedua subunit ribosom mengandung bermacammacam protein ribosomal

Protein ribosomal subunit kecil disebut S1, S2, dan seterusnya

Protein ribosomal subunit besar disebut L1, L2, dan seterusnya

Gambar 6. Perbandingan ribosom sel prokariot dan sel eukariot
Rodney Boyer, (2002), Protein Synthesis [Online]. Available at:
http://www.wiley.com/college/translation [Accessed 14 March 15]

e. Guanin Triposfat (GTP)

f.

Peptidil transferase: Enzim yang bertanggung jawab untuk mengkatalisis pembentukan

ikatan peptida antara asam-asam amino dalam sisi P dan sisi A di ribosom selama proses
translasi

g. tRNA
Sekuen tRNA terdiri dari nukleotida RNA standar (A,C,G dan U), sejumlah nukleotida yang
termodifikasi. tRNA terkecil panjangnya 74 nukleotida, sedangkan tRNA terbesar jarang
yang lebih dari 90 nukleotida. Struktur tRNA menyerupai daun semanggi (Figure 11.2) dan
mempunyai corak sebagai berikut:

Gambar 4.

Lengan aseptor (acceptor arm) dibentuk

oleh tujuh pasangan basa di antara
basabasa ujung 5 dan 3 molekul tRNA.
Asam amino diikatkan pada ujung 3
tRNA, tepatnya pada adenosin urutan
terminal CCA lestari (invariant)

Lengan D (D arm), dinamakan demikian

karena struktur ini selalu mengandung
nukleotida termodifikasi dihidrouridin

Lengan antikodon (anticodon arm),

mengandung triplet nukleotida, disebut
antikodon, yang

Struktur tRNA
Sumber:
http://www.daviddarling.info/images/tRNA.gif

membentuk pasangan basa dengan mRNA selama translasi.

Loop Variabel (Variable loop) mengandung 35 nukleotida tRNAs kelas 1 atau 13

21 nukleotida tRNAs kelas 2.

Lengan TC (TC arm), dinamakan demikian karena pada bagian ini selalu
mengandung timidinpsudouridinsitosin

Struktur daun semanggi dapat dibentuk oleh semua tRNA, pengecualian pada tRNA
mitokondria vertebrata, yang kadang tidak mempunyai beberapa bagian dari struktur.
Misalnya pada tRNASer mitokondria manusia yang tidak mempunyai D arm. Pada studi
dengan sinar X menunjukkan bahwa nukleotida pada D arm dan TC loop membentuk
pasangan basa yang melipat tRNA sehingga membentuk struktur bentuk L yang kompak.
Setiap lengan dari bentuk L panjangnya 7 nm dan diameternya 2 nm. Asam amino akan
menempel pada ujung salah satu lengan dan antikodon pada ujung lainnya.
Pengikatan asam amino yang sesuai ke tRNA terjadi melalui reaksi kimia yang
disebut aminoasilasi. Pengikatan asam amino ke tRNA tersebut membutuhkan enzim
aminoasiltRNA sintetase. Reaksi kimia ini terjadi dalam dua tahap. Pertama, pembentukan
asam amino intermediet yang diaktivasi ATP (adenililasi). Kedua, transfer asam amino
intermediet ke ujung 2 atau 3 tRNA yang dikatalisis oleh enzim aminoasiltRNA sintetase.
Walaupun dasar reaksi kimianya sama untuk setiap asam amino, kedua puluh enzim
aminoasiltRNA sintetase dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok yang berbeda, yaitu
kelas I dan II. Enzim kelas I menempelkan asam amino ke gugus 2OH dari ujung
nukleotida tRNA sedangkan enzim kelas II menempelkan asam amino ke gugus 3OH.
Tahap-tahap Translasi
A. Inisiasi
Walaupun arsitektur ribosom prokariot dan eukariot mirip, ada perbedaan jelas dalam hal cara
bagaimana translasi dilakukan oleh dua kelompok organisme ini. Perbedaan yang paling penting
terjadi pada tahap awal translasi (pembentukan kompleks inisiasi translasi), yaitu ketika ribosom
mengikat pada mRNA, tepatnya pada posisi sebelah hulu (upstream) kodon inisiasi.
Inisiasi pada Sel Prokariot

1. Proses inisiasi diawali ketika subunit kecil 30S ribosom, bersamaan dengan faktor inisiasi
IF3, mengikat pada sisi pengikatan ribosom (ribosome binding site), juga dikenal sebagai
urutan ShineDalgarno (ShineDalgarno sequence).

Urutan ShineDalgarno ini, yang mempunyai urutan konsensus 5AGGAGGU3

pada E. coli

Urutan ShineDalgarno terletak kurang lebih 310 basa di sebelah hulu kodon inisiasi
(titik awal translasi). Sisi pengikatan ribosom ini komplemen dengan daerah ujung
16S rRNA.

Selain mengikat dengan sisi pengikatan ribosom, subunit kecil ribosom juga mengikat
kodon inisiasi

Kodon inisiasi biasanya adalah 5AUG3, yang menyandi Metionin, walaupun

kadangkadang kodon 5GUG3 and 5UUG3 juga digunakan sebagai kodon
inisiasi.

Setelah terjadi pengikatan sub unit kecil dengan mRNA, tRNA inisiator akan mengikat
dengan Metionin, selanjutnya Metionin tersebut dikonversi menjadi Nformilmetionin
(fMet)

2. fMet kemudian dibawa ke subunit kecil ribosom yang disebut sisi peptidyl atau sisi P oleh
faktor inisiasi kedua, IF2, bersama molekul GTP (molekul sebagai sumber energi pada
tahap akhir inisiasi). Sisi Aminoasil, atau sisi A akan menjadi sisi bagi asam amino
selanjutnya. Molekul GTP dipecah menjadi guanosein difosfat (GDP) dan gugus fosfat
setelah pelepasan energy aktivasi awal. Perlu diingat bahwa tRNAi Met hanya dapat
mengenali kodon inisiasi, tRNAiMet tidak dapat mengenali kodon 5AUG3 internal pada
mRNA.
3. Tahap inisiasi translasi diakhiri setelah faktor inisiasi, IF1, mengikat kompleks inisiasi.
Pengikatan subunit besar 50S ribosom melengkapi kompleks inisiasi 70S rRNA.
Pengikatan subunit besar ini membutuhkan energi yang diperoleh dari hidrolisis GTP,
sehingga menyebabkan pelepasan factor-faktor inisiasi translasi. Proses inisiasi selesai.

Gambar 5. Proses Inisiasi pada Sel Prokariot

Sumber: http://kvhs.nbed.nb.ca/gallant/biology/translation_initiation.jpg
Inisiasi pada Sel Eukariot
Oleh karena hanya sedikit mRNA eukariot yang mempunyai situs pengikatan ribosom, maka
pengikatan awal subunit kecil ribosom terjadi pada ujung 5 mRNA dan kemudian dilakukan
pergeseran posisi (scanning) sampai mencapai kodon inisiasi. Tahapan inisiasi translasi pada
eukariot adalah sebagai berikut (Dever, 1999):
1. Tahap pertama meliputi pembentukan 43S kompleks preinisiasi (preinitiation complex).
Pada tahap ini, faktor inisiasi eIF2 membawa Met-tRNAiMet dan molekul GTP ke sisi P dari
subunit kecil ribosom 40S.
2. Kompleks preinisiasi 43S selanjutnya bergabung dengan ujung 5 the mRNA yang dibantu
oleh factor inisiasi eIF3 dan eIF-4. Tahap ini memerlukan kompleks pengikatan tudung

(cap binding complex), kadangkadang disebut eIF4F, yang terdiri dari faktor inisiasi eIF
4A, eIF4E dan eIF4G. Hasil dari tahap ini adalah kompleks preinisiasi menjadi terikat
pada daerah ujung 5 mRNA.
3. Setelah kompleks preinisiasi mengikat ujung mRNA, subunit besar 60S ribosom akan
melekat dengan kompleks ini dan kemudian disebut sebagai kompleks inisiasi (initiation
complex). Kompleks inisiasi harus menggeserkan posisinya (scanning) sepanjang mRNA
untuk menemukan daerah tidak tertranslasi (untranslated region UTR) dan kodon inisiasi
(AUG)

Daerah yang harus dipindai (scanning) ini, disebut daerah leader mRNA eukariotik,
panjangnya dapat beberapa puluh, atau bahkan ratusan nukleotida dan seringkali
mengandung daerah yang membentuk struktur tusuk konde (hairpins) dan struktur
pasangan basa lain.

Faktor inisiasi eIF4A, dan mungkin juga eIF4B, mempunyai aktivitas helikase yang
dapat memutuskan ikatan basa intramolekuler mRNAhas sehingga dapat
melapangkan jalan kompleks inisiasi

Kodon inisiasi, yang biasanya 5AUG3 pada eukariot, dapat dikenali sebab urutan
ini terdapat dalam urutan konsensus
pendek,
5ACCAUGG3,
yang
dikenal sebagai konsensus Koza
(Kozak consensus).
4. Ketika kompleks inisiasi telah menduduki
kodon
inisiasi,
maka
terbentuklah
kompleks iniasi 80S ribosom. Asam amino
diaktifkan
oleh
tRNA
dengan
menghubungkan antikodon dengan kodon
pada mRNA. Seperti pada prokariot, tahap
ini memerlukan hidrolisis GTP dan
pelepasan faktorfaktor inisiasi. Faktor
inisiasi terakhir yang terlibat pada tahap ini
adalah eIF5 (yang membantu pelepasan
faktorfaktor inisiasi lain) dan eIF6 (yang
bergabung dengan subunit besar yang
tidak terikat dan mencegah untuk
menempel pada subunit kecil di dalam
sitoplasma).
Gambar 6. Tahap Inisasi translasi pada sel eukariot

B. Elongasi
Perbedaan dasar antara translasi pada prokariot dan eukariot terletak pada tahap inisiasi; proses
setelah tahap ini, yaitu setelah subunit besar ribosom bergabung dengan kompleks inisiasi adalah
mirip pada kedua organisme ini.
Elongasi pada Prokariot dan Eukariot
Penempelan subunit besar ribosom pada kompleks inisiasi menyebabkan terbentuknya
dua situs tempat penempelan aminoasiltRNA. Tempat pertama, sisi P atau peptidyl site,
ditempati oleh initiator tRNAiMet, yang membawa Nformylmethionine atau methionine, dan
antikodon tRNA ini berpasangan dengan kodon inisiasi. Tempat kedua, sisi A or aminoacyl site,
ditempati kodon kedua pada rangka baca (open reading frame)

Pada E. coli, aminoasiltRNA dibawa ke situs A oleh faktor elongasi (elongation factor) EF
Tu, yang menjamin bahwa hanya tRNA yang membawa asam amino yang benar yang dapat
memasuki situs A, tRNA yang membawa asam amino yang salah akan ditolak memasuki situs A
(Ibba, 2001). EFTu merupakan protein G yang mengikat molekul GTP, suatu molekul sumber
energi.
Pada eukariot, factor elongasi yang setara dengan EFTu adalah eEF1, yang merupakan
kompleks yang terdiri dari empat subunit: eEF1a, eEF1b, eEF1d and eEF1g. Ketika aminoasil
tRNA memasuki situs A, ikatan peptida dibentuk di antara dua asam amino. Proses ini dikatalisis
oleh enzim peptidil transferase, yang melepaskan asam amino dari tRNAiMet inisiator dan kemudian
membentuk ikatan peptida di antara asam amino ini dan asam amino yang terikat di tRNA kedua.
Pada prokariot, aktivitas peptidil transferase dijalankan oleh 23S rRNA subunit besar ribosom,
sebagai ribozim. Reaksi ini memerlukan energi yang diperoleh dari hidrolisis GTP yang terikat
pada EFTu (eEF1 pada eukaryotes). EFTu yang tidak aktif karena kehilangan GTP selanjutnya
dikeluarkan dari ribosom dan diganti oleh EFTs. Pada eukariotik, factor elongasi yang setara EF
Ts belum diketahui, dan diduga faktor elongasi eEF1 bersifat regeneratif.
Tahap berikutnya adalah translokasi (translocation) yang meliputi tiga kejadian secara bersamaan
yaitu
Ribosom bergeser sepanjang tiga nukleotida (satu kodon), kodon berikutnya
memasuki situs A

tRNA dipeptida bergeser menempati situs P.

tRNA deasetilasi (yang tidak mengikat asam amino) bergeser memasuki situs E
(exit site) pada prokariot atau langsung meninggalkan ribosom pada eukariot.

Translokasi membutuhkan energi yang diperoleh dari hidrolisis molekul GTP dan dimediasi oleh
EFG pada prokariot atau eEF2 pada eukariot. Urutan penerjemahan kodon mRNA menjadi
asam amino dapat dilihat pada Tabel 1. Proses penerjemahan ini akan berhenti saat mencapai
kodon stop.

Gambar 7. Proses Elongasi pada Sel Eukariot dan Prokariot

Sumber: http://images.tutorvista.com/content/gene-expression/polypeptide-chain-elongation.jpeg

Tabel 1. Tabel Penerjemahan Kodon menjadi Asam Amino

C. Terminasi
Terminasi translasi pada prokariot dan eukariot
Sintesis protein berakhir ketika proses elongasi mencapai satu dari tiga kodon terminasi UAA,
UAG, atau UGA. Situs A sekarang tidak lagi dimasuki tRNA tetapi dimasuki oleh protein release
factor. Proses terminasi ditandai dengan terlepasnya rantai polipeptida dari ribosom.
Prokariot mempunyai tiga release factor yaitu:
RF1, yang mengenali kodon 5UAA3 dan 5UAG3,

RF2 yang mengenali 5UAA3 dan 5UGA3,

RF3 yang memicu pelepasan RF1 dan RF2 dari ribosom setelah terminasi, reaksi
pelepasan ini memerlukan energi yang diperoleh dari hidrolisis GTP.

Eukariot hanya mempunyai dua protein release factor, yaitu:

eRF1, yang mengenali kodon terminasi,

eRF3, yang diduga berperan seperti RF3

Struktur eRF1 yang ditentukan dengan teknik kristalografi sinarX, menunjukkan bahwa
bentuk protein ini sangat mirip dengan tRNA. Hal ini dapat menjelaskan mengapa release factor ini
dapat memasuki situs A yang mengandung kodon terminasi.
PERBEDAAAN PROSES TRANSLASI ANTARA PROKARIOT DENGAN EUKARIOT
Dari uraian mengenai setiap tahap pada proses translasi di sel prokariot dan eukariot,
dapat dibuat tabel yang menunjukkan perbedaan tahapan proses translasi pada kedua jenis sel ini.
Tabel 1. Perbedaan Proses Translasi Prokariot Dengan Eukariot
PROKARIOT

EUKARIOT

Proses translasi langsung terjadi setelah

proses transkripsi (atau dapat dilakukan dalam
waktu bersamaan)

Tidak dapat langsung melakukan trasnslasi

Faktor insiasi yang digunakan IF1, IF2, dan

IF3

Factor inisiasi yang digunakan elF2, elF2B,

elF3, eIF4A, elF4B, eIF4E, eIF4G, elF5, elF6

Ribosomal berupa 70S (subunit besar 50S

dan subunit kecil 30S)

Ribosomal berupa 80S (subunit besar 60S

dan subunit kecil 40S)

Kodon inisiasi formil-metionin/fMet

Kodon inisiasi adalah metionin

Terjadi formilasi gugus amino pada

metionil-tRNAiMet yang mencegah
terbentuknya ikatan peptide dengan gugus
karboksil asam amino

Metionil- tRNAiMet tidak

mengalami formilasi gugus amino

Pada mRNA terdapat urutan basa tertentu

yang disebut sebagai tempat pengikatan
ribosom atau urutan Shine-Dalgarno

Pengikatan dilakukan oleh ujung 5 mRNA

Tabel 2. Fungsi factor-faktor inisiasi pada sel prokariot dan eukariot

FAKTOR
INSIASI

FUNGSI

IF-1

Menjaga premature ikatan tRNAs dengan bagian A pada ribosom

IF-2

Memfasilitasi ikatan fMet-tRNAfmet pada subunit 30S

IF-3

Mengikat pada subunit 30S, menjaga premature asosiasi subunit 50S,

meningkatkan spesifisitas fMet-tRNAfmet pada bagian P

elF2

Memfasilitasi ikatan Met-tRNAmet pada subunit 40S

elF2B, elF3

Faktor pertama dalam pengikatan subunit 40S, memfasilitasi subsequent steps

elF4A

Berperan dalam aktifitas penghapusan RNA helikase dalam mRNA, bagian dari
elF4F

elF4B

Berikatan pada mRNA, memfasilitasi scanning mRNA dalam menemukan AUG

pertama

elF4E

Berikatan dengan tudung 5 pada mRNA, , bagian dari elF4F

elF4G

Berikatan dengan elF4E dan pada poli(A)

elF5

Berperan dalam disosiasi beberapa factor inisiasi dari subunit 40S

elF6

Memfasilitasi disosiasi inactive ribosom 80 S kedalam subunit 40S dan 60 S

TAHAP POST-TRANSLASI
Proses ini merupakan proses lanjutan dalam sintesis protein, dimana polipeptida hasil translasi
bersifat belum aktif. Oleh karena itu, untuk mengaktifkan protein, protein harus diproses sekurangkurangnya dengan satu dari empat tipe pemrosesan yaitu
1. Protein folding (pelipatan protein): Polipeptida dilipat menjadi struktur tersier yang benar
2. Proteolytic cleavage (pemotongan proteolitik)
Pemotongan protein oleh protease ini dapat membuang segmensegmen dari satu atau
kedua ujung polipeptida. Hasil pemotongan dapat berupa fragmen protein aktif yang lebih
pendekf atau menjadi fragmenfragmen protein yang seluruh atau beberapa fragmen
protein aktif.
3. Chemical modification (modifikasi kimiawi)
Asam amino polipeptida dimodifikasi melalui penambahan gugus kimia baru.
4. Intein splicing (pembuangan intein)
Intein adalah urutan penyela pada beberapa protein, mirip intron pada mRNA. Intein harus
dibuang (splicing) dan exteins disambung menjadi protein aktif.
Seingkali tipetipe pemrosesan berbeda terjadi bersamasama, yaitu polipeptida dipotong,
dimodifikasi dan/atau splicing, serta dilipat pada waktu yang sama untuk membentuk konformasi
tiga dimensi yang benar. Selain itu, proses pemotongan atau modifikasi kimiawi dapat juga terjadi

setelah protein dilipat, proses ini mungkin sebagai bagian mekanisme pengaturan yang
mengkonversi pelipatan protein inaktif menjadi bentuk yang aktif.
Modifikasi pasca-translasi ini merupakan mekanisme kunci untuk meningkatkan keragaman
proteomik. Keragaman gen terdiri 20-25,000 gen, sehingga dapat diperkirakan bahwa keragaman
proteoma mencapai lebih dari 1 juta protein. Perubahan pada tingkat transkripsi dan mRNA akan
meningkatkan ukuran transcriptome relatif terhadap genom, dan segudang modifikasi pascatranslasi yang berbeda secara eksponensial meningkatkan kompleksitas proteoma relatif baik
transcriptome dan genom.
1. Protein Folding
Tidak semua pelipatan protein secara spontan terjadi dalam tabung reaksi. Protein
berukuran kecil, seperti ribonuclease, dapat melipat secara spontan ketika denaturan (urea)
dihilangkan. Namun, protein berukuran besar tidak dapat melipat secara spontan. Dua faktor
yang mencegah pelipatan spontan protein besar, yaitu: pertama, kecenderungan membentuk
agragrat tidak terlarut ketika denaturan dihilangkan; kedua, protein cenderung melakukan jalur
pelipatan yang tidak tepat.
Pelipatan spontan ribonuklease dan protein meliputi dua proses (Hartl, 1996) yaitu:
a. Motif strukrural sekunder rantai pilpeptida terbentuk selama denaturasi. Proses ini
disertai robohnya protein, tetapi tidak terlipat dengan gugus hidrafob disampingnya
yang dilindungi oleh air.
b. Motif structural sekunder saling berhubungan satu dengan yang lain dan struktur
tersier mulai terbentuk yang menandakan protein mengalami suatu pelipatan. Lebih
dari satu tahapan yang mungkin diikuti suatu protein untuk terhubung secara benar
pada struktur lipatan (Radford, 2000).
Proses pelipatan protein melibatkan chaperon, yaitu protein yang membantu pelipatan
protein sehingga sesuai dengan fungsi protein yang diinginkan. Pada prokariot jenis-jenis
chaperon yaitu Hsp70, Hsp40. Pada eukariot terdapat jenis-jenis chapeon yang memiliki
fungsinya masing-masing seperti Hsp 70 yang berfungsi melindungi protein dari degradasi saat
proses sintesis berlangsung. Selain itu terdapat pula chaperon Hsp100 dan Hsp60.
2.

Cleavage Proteolitik
Kebanyakan protein melalui proses pembelahan proteolitik setelah tahap translasi selesai.
Bentuk paling sederhana dari modifikasi ini adalah pembuangan asam amino Metionin inisiasi.
Contoh lain dari preproprotein (protein yang mengalami pembelahan proteolitik) adalah insulin.
Insulin disekresi di pancreas, sehingga insulin memiliki prepeptida. Setelah diikuti dengan
pembelahan oleh 24 sinyal asam amino peptide, protein ini akan melipat menjadi proinsulin.
Proinsulin kemudian akan dibelah kembali dan menghasilkan insulin aktif yang tersusun dari
dua rantai peptide yang berikatan satu sama lain melalui ikatan disulfide.
Pemotongan proteolitik biasanya terjadi pada sel eukariotil. Pemotongan proteolitik ini
mempunyai dua fungsi pada pemrosesan paska translasi, yaiu:
1. Digunakan untuk membuang potongan pendek dari ujung daerah N dan atau C dari
polipeptida, meninggalkan suatu molekul tunggal yang pendek yang melipat menjadi
protein yang aktif
2. Digunakan untuk memotong poliprotein menjadi bagianbagian dengan semua atau
beberapa di antaranya adalah potein yang aktif

Gambar 8. Pembelahan Proteolitik pada Insulin

http://weloveteaching.com/0bio105/lectures/organics/image7TS.JPG

3. Modifikasi Kimia
Jenis post translasi yang satu ini melibatkan penambahan bahan kimia seperti asetil, metil,
pospat pada satu rantai asam amino atau gugus karboksildari asam amino terminal di polipeptida.
Pada prokariot, modifikasi asam amino hanya terjadi secara sederhana contohnya yaitu Nformylmethionine. Sedangkan pada eukariot, modifikasi asam amino berlangsung kompeks seperti
berikut:
a. Fosforilasi
Fosforilasi merupakan modifikasi protein dengan adanya penambahan fosfat. Fosforilasi ini
bertujuan untuk mengatur aktivitas biologis protein dan sebagai reseptor factor pertumbuhan.
Penambahan fosfat ini bersifat sementara, yang berarti pada akhir proses fosfat ini akan
mengalami penghapusan oleh enzim fosfatase. Modifikasi fosforilasi ini melibatkan enzim
kinase.
b. Sulfonase
Sulfonase merupakan modifikasi protein dengan adanya penambahan sulfat. Peristiwa ini
terjadi pada residu tirosin. Dengan adanya proses sulfonasi pada tirosin, tirosin dapat berperan
dalam proses pembekuan darah, kekebalan berbagai peradangan intraseluler dan pengenalan
ligan GPCRs. Penambahan sulfat pada tirosin bertujuan untuk memodulasi interaksi antar
protein.
c. Isoprenil
Isoprenil merupakan modifikasi protein dengan adanya penambahan gugus isoprenyl.
Gugus isoprenyl terbentuk dari pyrophosphorylated intermediate pada biosintesis kolestrol.
Isorenyl dapat membantu pelekatan protein pada membrane sel.
d. Glikosilasi
Glikosilasi merupakan modifikasi protein dengan adanya penambahan karbohidrat. Skala
modifikasi yang lebih kompleks dikenal dengan glikosilasi yaitu pemasangan dari sisi rantai
kerbohidrat besar dengan polipeptida (Drickamer dan Taylor, 1998). Glikosilasi memiliki 2 jenis
yaitu

Glikolisasi terpaut O merupakan pemasangan suatu rantai samping gula melalui

hidroksil dari serin atau trionin asam amino.

Glikolisasi terpaut N yaitu pemasangan melalui gugus asam amino paa rantai
samping asparagin.

e. Metilasi
Pada modifikasi metilasi, transfer gugus metil dilakukan ke dalam nitrogen atau oksigen
yang terjadi pada rantai asam amino. Proses ini dapat meningkatkan hydrophobisitas protein
dan dapat menetralkan muatan negatif asam amino ketika terikat dengan asam karboksilat.
Metilasi protein biasa terjadi di arginine dan lysine.
f. Lipidase
Lipidase merupakan modifikasi protein dengan adanya penambahan lipid yang akan
membentuk sisem yang dapat mengatur kegiatan dan peredaran protein baik didalam sel
maupun didalam jaringan. Proses lipidasi ini biasanya terjadi pada protein target di membrane
sel, vesikula dan membrane plasma.

Table 4. Contoh modifikasi kimia dari proses pasca translasi DNA

Asam amino yang
Modifikasi
Contoh protein
dimodifikasi
Addition of small chemical groups
Acetylation
Lysine
Histones
Methylation
Lysine
Histones
Some proteins involved in signal
Phosphorylation
Serine, threonine, tyrosine
transduction
Hydroxylation
Proline, lysine
Collagen
N-formylation
N-terminal glycine
Melittin
Addition of sugar side chains
O-linked
Many membrane proteins and
Serine, threonine
glycosylation
secreted proteins
N-linked
Many membrane proteins and
Asparagine
glycosylation
secreted proteins
Addition of lipid side chains
Acylation
Serine, threonine, cysteine
Many membrane proteins
Some protein kinases involved in
N-myristoylation
N-terminal glycine
signal transduction
Addition of biotin
Biotinylation
Lysine
Various carboxylase enzymes
Brown, TA. 2002. Table 11.5 Examples of post-translational chemical modifications.. [Online].
[Accessed 14 March 2015]. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21111/
4. Intein Penyambung
Inteins merupakan segmen internal protein yang dipindahkan setelah proses translasi.
Inteins merupakan urutan penyela pada beberapa protein. Intein harus dibuang (splicing)
sedangkan exteins disambungkan menjadi protein aktif. Proses ini biasanya terjadi pada sel
eukariotik.

KESIMPULAN

Proses translasi merupakan proses penerjemahan kode-kode basa pada mRNA menjadi
suatu protein. Pada sel eukariot dan prokariotik, terdapat perbedaan dalam tahapan proses
translasi, yaitu adanya proses pasca-transkripsi pada sel eukariot dan perbedaan pada proses
inisiasi translasi. Proses translasi terdiri dari tahapan pasca-transkripsi, tahap inisiasi, elongasi
dan terminasi. Suatu protein hasil translasi dapat berperan fungsional setelah melewati tahap
pasca-translasi. Terdapat empat jenis modifikasi protein pada tahapan pasca-translasi, yaitu
protein folding, cleavage Proteolitik, modifikasi kimia dan intein penyambung
Referensi
Brown TA. 2002 Genomes. 2nd edition. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Chapter 11, Synthesis and
Processing of the Proteome. [Online] Accessed March 13, 2015. Available from:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21111/
Campbell, Neil A., Jane B. Reece, and Lawrence G. Mitchell. 1999. Biology. 5th ed. Menlo Park,
Calif.: Benjamin Cummings.
Esterhouse, Toma E., and Lado B. Petrinos. 2009. Protein Biosynthesis. New York: Nova Science.
[Online] Accessed March 14, 2015. Available from: http://site.ebrary.com/id/10678002.
David L. Nelson, 2008. Lehninger Principles of Biochemistry. 5 Unbnd Edition. W.H. Freeman &
Company. Accessed March 14, 2015. [Online] Available from:
http://www.fatih.edu.tr/~abasiyanik/ch5.pdf
Soedigdo, P., 1973. Tinjauan Ulang Mengenai Biokimia DNA dan RNA serta Biosintesa Protein.
Proceedings ITB VoL. 7, No. 2, pp. 8-14.
SparkNotes Editors. n.d. SparkNote on Molecular Biology: Translation. SparkNotes LLC. [Online]
Accessed March 13, 2015. http://www.sparknotes.com/biology/molecular/translation
Yuwono, T., 2005. Biologi Molekuler. Jakarta: Penerbit Erlangga.