Prinsip dasar dari HPLC adalahpemisahan analitanalit berdasarkan kepolarannya.
AdapunprinsipkerjadarialatHPLCadalahketikasuatusampelyangakandiujidiinjeksikanke dalam kolom maka sampel tersebut kemudian akan terurai dan terpisah menjadi senyawa senyawa kimia ( analit ) sesuai dengan perbedaan afinitasnya. Hasil pemisahan tersebut kemudianakandideteksiolehdetector(spektrofotometerUV,fluorometeratauindeksbias)pada panjanggelombangtertentu,hasilyangmunculdaridetektortersebutselanjutnyadicatatoleh recorderyangbiasanyadapatditampilkanmenggunakanintegratorataumenggunakanpersonal computer(PC)yangterhubungonlinedenganalatHPLCtersebut. Pada prinsipnya kerjaHPLCadalah sama yaitu pemisahan analitanalit berdasarkan kepolarannya,alatnyaterdiridarikolom(sebagaifasadiam)danlarutantertentusebagaifasa geraknya.YangpalingmembedakanHPLCdengankromatografilainnyaadalahpadaHPLC digunakan tekanan tinggi untuk mendorong fasa gerak. Campuran analit akan terpisah berdasarkankepolarannyadankecepatannyauntuksampaikedektetor(wakturetensinya)akan berbeda,haliniakanteramatipadaspectrumyangpuncakpuncaknyaterpisah.Ukuranskala polaritas:golonganfluorocarbon<golonganhidrokarbon<senyawaterhalogenasi<golongan eter<golonganester<golonganketon<golonganalcohol<golonganasam