DIPA Penelitian (Rozirwan Edit)
DIPA Penelitian (Rozirwan Edit)
BAB 1. PENDAHULUAN
Bakteri adalah organisme mikro dan tidak dapat dilihat dengan mata
telanjang. Keberadaan bakteri umumnya bersifat merugikan organisme lainnya atau
lebih dikenal dengan istilah bakteri patogen, seperti: Escherichia coli, Vibrio sp,
Shalmonella sp dan sebagainya. Bakteri ini banyak ditemukan hampir diseluruh
media/tempat seperti: tanah, udara, air, di tubuh makhluk hidup dan sebagainya.
Pada sektor akuakultur, keberadaan bakteri patogen sangat ditakuti oleh
banyak peternak ikan, udang dan kerang-kerangan. Karena organisme mikro ini
dapat mengancam bahkan menyebabkan kematian masal pada ikan dan udang. Hal
ini tentu akan sangat merugikan sektor perikanan dan juga dapat mengancam pada
kesehatan manusia.
Pada saat ini, usaha budidaya perikanan meningkat begitu pesat. Sektor
tersebut dianggap cukup menjanjikan masa depan yang lebih baik. Hal ini dapat
dilihat bukan saja dilakukan pada skala industri (pengusaha) melainkan juga pada
skala tradisional seperti pertambakan rakyat.
Salah satu kawasan pertambakan rakyat di Sumatera Selatan adalah tambak
Teluk Payau Banyuasin. Kegiatan usaha yang dilakukan adalah memproduksi udang.
Namun belakangan ini banyak dilaporkan masalah gangguan pertumbuhan udang
yang disebabkan oleh penyakit. Kejadian tersebut diduga disebabkan oleh bakteri
patogen. Langka-langka antisipasi dalam membantu masyarakat setempat perlu
dilakukan segera dengan tahap kajian tentang karakterisasi bakteri patogen terhadap
udang di kawasan tersebut. Hasil penelitian ini nantinya akan menjadi data awal
dalam melakukan langka-langka antisipatif dalam mengatasi masalah tersebut.
BAB 2. PERUMUSAN MASALAH
Permasalahan yang muncul adalah menurunnya produksi udang di kawasan
tambak Teluk Payau. Hal tersebut terjadi karena pada masa pemeliharaan banyak
udang yang mati akibat terserang penyakit. Kejadian tersebut diduga akibat serangan
bakteri patogen. Oleh karena itu timbul pertanyaan sebagai berikut:
1. Apakah ada bakteri patogen di kawasan tambak Teluk Payau Kabupaten
Banyuasin Sumatera Selatan?
2. Apa jenis-jenis bakteri patogen dan bagaimana kelimpahan serta sebarannya?
Uji Katalase
Uji katalase ini dilakukan untuk membedakan mikroorganisme yang memiliki
enzim katalase yang digunakan untuk mendegredasi hidrogen peroksida yang bersifat
toksik. (Lay, 1994).
-
bakteri dalam menghidrolisis karbohidrat dengan menggunakan tiga jenis gula, yaitu
glukosa, laktosa dan sukrosa. (Lay, 1994).
-
pati dengan cara menghasilkan enzim amilase. Pati merupakan polisakarida yang
memiliki berat molekul yang tinggi, karena ukurannya yang besar, polisakarida tidak
mampu diserap oleh membran sel. (Capuccino dan Sherman, 1992).
-
Uji indol
Uji indol digunakan untuk mengetahui apakah dalam proses pertumbuhannya
bakteri dapat membentuk indol dari asam amino esential triptofan. (Lay, 1994).
-
ferosulfat.
-
Uji MR-VR
Uji MR bertujuan untuk menentukan kemampuan mikroorganisme untuk
Uji Sitrat
Uji sitrat digunakan untuk melihat kemampuan mikroorganisme untuk
menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi. (Capuccino dan
Sherman, 1992)
-
dikocok dengan kecepatan 100 rpm selama 5 hari, merujuk modifikasi dari Prihadini
(2006).
5.2.3 Isolasi dan Pemurniaan
a. Isolasi
Kultur dalam media pengayaan diencerkan mulai dari pengenceran 10 -1 dan
10-3 dengan cara dihomogenkan 1 ml sampel dalam medium Winogradsky cair
dengan 9 ml aquades steril, dari pengenceran 10-1 ini diencerkan sampai 10-3 dengan
cara yang sama. Kemudian masing-masing pengenceran ditumbuhkan pada medium
Zobell Agar dengan metode pour plate dan diinkubasi selama 5 x 24 jam (5 hari)
pada suhu ruangan (Lay 1994).
b. Pemurnian
Masing-masing pengenceran dari setiap sampel yang telah ditumbuhkan pada
medium Zobell Agar diamati koloni tumbuh yang memiliki ciri-ciri berbeda.
Selanjutnya masing-masing koloni tersebut dimurnikan dengan cara digoreskan pada
medium Zobell Agar dalam cawan petri, lalu diinkubasi selama 5 hari pada suhu
kamar. Teknik ini dilakukan secara berulang-ulang sampai diperoleh koloni tumbuh
terpisah sebagai indikasi awal koloni yang murni. Setelah mendapatkan indikasi
tersebut, isolat digoreskan ke dalam medium Zobell Agar miring agar lebih mudah
dan praktis disimpan sebagai stok serta lebih terlindungi dari kontaminasi
(Capuccino & Sherman 1992).
5.2.4 Karakterisasi Bakteri
Setelah didapatkan isolat bakteri dilakukan karakterisasi dengan pengamatan
morfologi secara mikroskopis, makroskopis dan pengamatan fisiologi pada koloni
yaitu sebagai berikut:
pertumbuhan koloni bakteri pada medium agar lempeng yaitu bentuk, tepian, elevasi,
permukaan warna, diameter koloni dan konfigurasi (Widjajanti & Munawar 1990).
b. Pengamatan Morfologi sel
1. Pewarnaan gram
Gelas objek dibersihkan dengan alkohol 70% dan diberi aquades, kemuadian
dipanaskan di atas nyala api. Diambil secara aseptik 1 ose biakan bakteri, diratakan
pada kaca objek dan difiksasi di atas nyala api. Kemudian ditetesi dengan larutan
kristal violet (Gram A), dan didiamkan selama 1 menit, lalu dicuci dengan air
mengalir dan dikeringkan. Selanjutnya ditetesi dengan larutan yodium (Gram B) dan
dibiarkan selama 1 menit, lalu dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan.
Kemudian dicuci dengan larutan pemucat (Gram C) selama 30 detik, dicuci dengan
air mengalir dan dikeringkan. Setelah itu ditetesi dengan larutan safarin (Gram D)
atau zat penutup dan didiamkan selama 2 menit, kemudian dicuci dengan air
mengalir dan dikeringkan. Selanjutnya diamati dengan menggunakan mikroskop
pada pembesaran kuat. Indikasi pewarnaannya yaitu bakteri gram positif akan
berwarna violet dan bakteri gram negatif akan berwarna merah. Diamati pula bentuk
dari sel bakteri tersebut apakah bulat (coccus), batang (basil), maupun bergelombang
(spiral) (Jutono et al. 1973).
2. Pewarnaan Endospora
Masing-masing isolat bakteri diambil secara aseptik dengan menggunakan
jarum ose. Bakteri dioleskan secara menyebar merata pada gelas objek yang terlebih
dahulu disterilkan dengan alkohol 70% dan diberi aquades. Isolat bakteri difiksasi di
atas nyala bunsen sampai kering. Preparat ditutup dengan kertas yang mudah
menyerap air, kemudian diletakkan diatas air mendidih selanjutnya ditetesi larutan
larutan pewarna malachite green berlebihan selama lebih kurang 10 menit.
Kemudian dicuci dengan air mengalir selama 30 detik. Setelah dikering anginkan
selanjutnya ditetesi larutan safranin selama 1 menit lalu dibilas dengan air dan
dikering anginkan. Kemudian diamati di bawah mikroskop dengan pembesaran kuat.
Sebagai indikasi terdapatnya endospora akan berwarna hijau, dan bagian sel yang
tidak mengandung endospora akan berwarna merah terang. (Jutono et al. 1973).
kedalam
tabung
reaksi,
lalu
ditambahkan
gula
yang
akan
apabila warna medium berubah dan diikuti pembentukan gas pada tabung durham
dan uji akan bersifat fermentasi alkohol apabila terbentuk gas pada tabung durham
tanpa diikuti perubahan warna medium.
5. Uji Hidrolisis Pati
Starch agar dimasukkan dalam cawan petri. Isolat bakteri diinokulasi dengan
cara menempatkan satu mata ose biakan ditengah cawan petri kemudian disebarkan
seluas 0,5 cm dan diinkubasi selama 24-48 jam pada suhu 37 oC, setelah diinkubasi,
ditambahkan beberapa tetes larutan iodium di atas permukaan koloni isolat bakteri
yang tumbuh, uji akan bernilai positif apabila di sekeliling koloni terbentuk zona
bening dan ini akan menandakan terjadinya proses hidrolisis pati dan uji akan
bernilai negatif di sekeliling koloni terbentuk warna biru kehitaman.
6. Uji Hidrolisis Gelatin
Isolat bakteri diinokulasi ke dalam medium nutrien gelatin pada tabung reaksi
secara aseptik diinkubasi pada suhu 37oC selama 24-48 jam. Kemudian kultur
diletakkan pada pendingin dengan suhu 4oC selama 30 menit. Indikator pengamatan
reaksi positif jika medium tetap menjadi cair, dan negatif apabila medium berubah
menjadi padat. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri mampu menghidrolisis gelatin
sehingga medium tetap cair saat didiamkan pada suhu 4oC selama 30 menit.
7. Uji Indol
Isolat bakteri diinokulasi ke dalam medium nutrien gelatin pada tabung reaksi
secara aseptik, diinkubasi pada suhu 37oC selama 24-48 jam. Setelah diinkubasi
ditetesi dengan 10 tetes reagen Kovacs dan uji akan bernilai positif merupakan
indikasi bahwa bakteri mampu memecah asam amoni tryptopan dengan
pembentukan warna merah pada permukaan medium.
8. Uji Fermentasi Gula, H2S dan Gas dengan TSIA
Isolat bakteri diinokulasi ke dalam medium TSIA dalam tabung reaksi secara
vertikal pada bagian buut dan secara streak pada bagian slant. Diinkubasi pada suhu
37oC selama 24-48 jam dan diamati perubahan yang terjadi pada medium. Uji
glukosa positif jika fenol merah menjadi kuning pada bagian bawah tabung reaksi
(buut), sedangkan pada bagian atas permukaan miring media (slant) berwarna merah.
Uji laktosa atau sukrosa positif jika terjadi perubahan warna dari merah menjadi
kuning pada permukaan miring media dan pada bagian bawah medium juga
berwarna kuning. Indikator terbentuknya H 2S dengan adanya warna hitam pada
medium dan terbentuknya gas ditandai dengan pecahnya medium di bagian ujung
bawah tabung reaksi.
9. Uji Methyl Red Voges Proskauer
-
suhu 37oC selama 24-48 jam, tiap-tiap tabung ditambahkan 3-4 tetes indikator metil
merah. Bila warna medium berubah menjadi merah, artinya terbentuk asam.
-
selama 24-48 jam, masing-masing tabung ditambahkan 10 tetes barrit A dan barrit B.
Tabung dikocok selama 20-30 detik. Uji akan bernila positif jika terbantuk warna
merah muda yang merupakan indikasi bahwa bakteri mampu memfermentasikan
glukosa dan membentuk asam hingga pH media menjadi 5 atau lebih rendah. Jika
selama 20-30 detik medium belum berubah warna, maka hasil pengamatan dilakukan
selama 15 menit.
10. Uji Sitrat
Isolat diinokulasi pada medium Simmons Citrate agar dalam tabung reaksi
secara vertikal, kemudian diinkubasi pada suhu 37oC selama 24-48 jam dan diamati
perubahan yang terjadi. Uji bernilai positif bila terjadi perubahan warna medium dari
hijau menjadi biru yang merupakan indikasi bahwa bakteri mampu menggunakan
sitrat sebagai satu-satunya sumber energi.
11. Uji Hidrolisis Urea
Isolat diinokulasi pada medium Simmons Citrate agar dalam tabung reaksi
secara aseptik, kemudian diinkubasi pada suhu 37oC selama 24-48 jam. Uji akan
bernilai positif ditunjukkan oleh terbentuknya warna merah keunguan setelah
inkubasi. Hal ini merupakan indikasi bahwa isolat bakteri mampu menggunakan urea
dan merubah pH menjadi media basa.
10
11
No.
Jenis Kegiatan
1.
2.
3.
Pengolahan data
4.
5.
x
x
x
x
x
x
NIP
Pangkat/Gol
Jabatan Fungsional
: Tenaga Pengajar
Riwayat pendidikan
Pengalaman penelitian :
- A study on the toxonomy of dinophyceae in Malaysia waters
- Indification of harmful algal booms in Malaysia waters
b. Anggota Peneliti
12
Nama
: M e l k i, S. Pi
NIP
Pangkat/Gol
: Lektor/IIIa
Jabatan
: Asisten Ahli
Riwayat pendidikan
Pengalaman penelitian :
-
13
Nama Bahan/analisis
Satuan
Alkohol 70%
2 liter
Medium Gelatin
250 gr
Medium Indol
250 gr
Medium Selektif
250 gr
Medium TSIA
250 gr
Medium NA
250 gr
Medium SSM
250 gr
Medium SCA
250 gr
Medium UB
250 gr
Medium Zobell
250 gr
Bahan Isolasi dan identifikasi 1 paket
bakteri
Medium Winogradkys
250 gr
Minyak Emersi
Reagen Barrit A
Reagen Barrit B
Reagen Kovacs
Reagen MR
Safranin
Akuades
5 ltr
Glukosa
100 gram
H2O2 3%
50 ml
Indikator BTB
50 ml
Kristal violet
50 ml
Laktosa
Larutan yudium
Larutan Malachit Green
Sewa Laboratorium
20 hari
Jumlah
Harga (Rp)
Jumlah (Rp)
100.000,200.000,100.000,250.000,100.000,250.000,100.000,250.000,100.000,250.000,100.000,250.000,100.000,250.000,100.000,250.000,100.000,250.000,100.000,250.000,1.000.000,1.000.000,-
b. Perjalanan
No
Keperluan
1. Transportasi @ 2 orang x Rp. 400.000,- (PP)
2. Konsumsi @ 2 orang x 2 hari x Rp. 100.000,3. Penginapan @ 2 orang x 2 hari x Rp. 200.000,Jumlah
100.000,50.000,50.000,50.000,50.000,50.000,50.000,50.000,25.000,10.000,10.000,10.000,25.000
25.000
50.000
100.000,-
250.000,50.000,50.000,50.000,50.000,50.000,50.000,250.000,25.000,50.000,50.000,50.000,25.000,25.000,50.000,2.000.000,6.525.000,-
Jumlah (Rp)
800.000,400.000,800.000,2.000.000,-
Keperluan
Penulisan Laporan
Penggandaan Laporan @ 60.000,- X 6 eksemplar
Publikasi Ilmiah
Jumlah
Jumlah (Rp)
200.000,360.000,500.000,1.060.000,-
14
20
Jumlah (Rp)
100.000,-
15
30.000,75.000,7.000,-
60.000,150.000,105.000,415.000,-
Keperluan
Analisa Sampel
Perjalanan
Pembuatan Laporan Hasil Penelitian
Seminar dan Dokumentasi
Jumlah
Terbilang : Sepuluh Juta Rupiah.
Jumlah (Rp)
6.525.000,2.000.000,1.060.000,415.000.-
10.000.000,-
15
DAFTAR PUSTAKA
Capuccino, J.G & Sherman, N. 1992. Microbiology a Laboratory Mannual. The
Benjamin/Cummings Publish. USA: 458 hal.
Hadioetomo, R. S. 1993. Mikrobiologi Dasar Dalam Praktek, Teknik Dan Prosedur
Dasar Laboratorium. PT Gramedia Pustaka. Jakarta: 163 hlm.
Jutono, J., Soedarsono, Hartadi, S., Kabirun, S., & Susanto. 1973. Pedoman
Praktikum Mikrobiologi Umum Untuk Perguruan Tinggi. Departemen
Mikrobiologi. Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada. Yokyakarta:
232 hlm.
Lay, B.W. 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium. PT Raja Grafindo Persada.
Jakarta: 168 hlm.
Widjajanti, H & Munawar. 1996. Penuntun Praktikum Mikrobiologi. FMIPA-Biologi
Universitas Sriwijaya. Inderalaya: 38 hlm.