Materi Kuliah

Rekayasa Biokimia

BIOREACTOR : ENZIM
Yano Surya Pradana, ST, M.Eng

Pendahuluan
Bioreaktoradalah sebuah peralatan
atau sistem yang mampu menyediakan
sebuah lingkungan biologis yang dapat
menunjang
terjadinya
reaksi
biokimiadari
bahanmentahmenjadi
bahan yang dikehendaki.
Reaksi biokimia melibatkan organisme,
baik secara aerobik maupun anaerobik.

Pendahuluan
Reaksi biokimia terdiri dari dua
tipe reaksi :
1. Reaksi yang dikatalisasi oleh
enzim yang dihasilkan oleh
mikroorganisme.
2. Reaksi
yang terjadi melalui
metabolisme mikroorganisme.

Pendahuluan
Enzim

adalah protein yang

mengkatalisis reaksi-reaksi biokimia.
Enzim biasanya terdapat dalam sel
dengan konsentrasi yang sangat
rendah, dimana mereka dapat
meningkatkan laju reaksi tanpa
mengubah posisi kesetimbangan;
artinya baik laju reaksi maupun laju
reaksi kebalikannya ditingkatkan
dengan kelipatan yang sama. Kelipatan
ini biasanya di sekitar 103 sampai 1012

Pendahuluan
Enzim

adalah protein yang

mengkatalisis reaksi-reaksi biokimia.
Enzim biasanya terdapat dalam sel
dengan konsentrasi yang sangat
rendah, dimana mereka dapat
meningkatkan laju reaksi tanpa
mengubah posisi kesetimbangan;
artinya baik laju reaksi maupun laju
reaksi kebalikannya ditingkatkan
dengan kelipatan yang sama. Kelipatan
ini biasanya di sekitar 103 sampai 1012

Situs Aktif dan Struktur

Enzim

Degradation reactions

Degradation reactions
Starch

Maltose

Degradation reaction
Substrate Enzyme

Product

Hydrogen Catalase
peroxide

Oxygen and
water

Starch

Amylase

Maltose

Maltose

Maltase

Glucose

Protein

Pepsin

Peptides

Peptides

Protease

Amino acids

Fats

Lipase

Fatty Acids
and Glycerol

Synthesis Reaction

Active
site

Synthesis reaction
Glucose-1phosphate

Starch

Karakteristik Enzim
Enzim

mempercepat reaksi kimia tetapi

tidak mempengaruhi keseimbangan akhir.
Enzim hanya diperlukan dalam jumlah kecil
untuk mengubah sejumlah besar molekul.
Enzim hanya akan berfungsi pada kondisi
pH, temperatur, konsentrasi substrat,
kofaktor tertentu.
Enzim bersifat spesifik (khusus) artinya
enzim hanya mengkatalisis reaksi dalam
skala kecil atau dalam beberapa kasus
hanya mengkatalis satu reaksi.

Istilah
Untuk

aktivitasnya enzim sering

memerlukan adanya gugus non protein
yaitu ko-faktor.
Gugus prostetik digunakan untuk kofaktor yang terikat kuat oleh ikatan
kovalen terhadap protein enzim.
Koenzim untuk senyawa yang ikatannya
kurang kuat terhadap enzim.
Bagian protein dari enzim dinamakan
apoenzim, sedangkan enzim yang
lengkap dinamakan holoenzim.

Klasifikasi Enzim
Klasifikasi

enzim terutama didasarkan

atas jenis reaksi yang dikatalis.
Klasifikasi berikut menurut versi yang
diusulkan oleh Komisi Enzim dari Uni
Biokimia International (Commision on
Enzymes of the International Union of
Biochemistry) tahun 1961. Setiap
enzim terdiri atas kode yang terdiri
atas empat angka. Pertama
menunjukkan kelas utama dari enzim
yaitu ada 6 kelompok utama:

Golongan Enzim Utama

Oksidoreduktase,

mengkatalisis reaksi reduksi oksidasi.

Donor hidrogen atau donor elektron adalah salah satu
substratnya.
Transferase mengkatalisis reaksi transfer (pemindahan)
gugus. Dengan bentuk umum A - X + B, A + B -X
Hidrolasa, mengkatalisis reaksi hidrolisis. Pada C-C, CN, C-O, dan ikatan lainnya.
Lyase, pemutusan (bukan hidrolitik) Pada C-C, C-N, C-O,
dan ikatan lainnya, menyisakan ikatan rangkap dua;
atau, penambahan gugus pada ikatan rangkap dua.
Isomerase, perubahan, susunan geometris (spasial)
pada suatu molekul.
Lygase atau sintetase, mengkatalisis reaksi
penggabungan dua molekul.

Penamaan Enzim
Setiap

enzim memiliki satu nama

sistematik yang menunjukkan kelompok
dan sub kelompok. Contoh laktat: NAD
oksidoreduktase, mempunyai nomor
sistematik 1. 1. 1. 27. Angka pertama
menunjukkan bahwa enzim itu termasuk
kelompok satu yaitu oksidoreduktase.
Angka kedua menunjukkan sub kelompok
yaitu gugus kimia yang diubah CHOH.
Angka ketiga menunjukkan sub-sub
kelompoknya yang menunjukkan bahwa
NAD atau NADP sebagai hidrogen akseptor.

Lanjutan Penamaan Enzim

Angka

keempat menunjukkan

enzim.
Selain nama sistematik, juga
dikenal nama trivial yang lebih
pendek dan lebih mudah
dibanding nama sistematik,
contoh enzim di atas lebih umum
dikenal sebagai laktat
dehidrogenase.

Faktor-Faktor yang
Mempengaruhi Aktivitas Enzim

Enzyme Concentration

Enzyme
Activity

Substrate Concentration
pH
Temperature

1. Pengaruh konsentrasi
enzim
Bila jumlah enzim dalam satu
reaksi menjadi dua kali lipat maka
jumlah substrat yang diubah
menjadi produk (hasil) adalah dua
kali lipat juga.

V
E

= Kecepatan (jumlah substrat

yang diubah persatuan waktu)
= Konsentrasi Enzim

2. Pengaruh konsentrasi
substrat
Kecepatan

sebanding dengan
konsentrasi substrat. Jumlah
substrat 2 kali lipat maka
kecepatannya 2 kali lipat sampai
waktu tertentu dengan catatan
konsentrasi enzim tetap konstan.

 Aktivitas enzim tergantung

kepada Konsentrasi subtrat

Kompleks enzim substrat

Aktivitas enzim tidak meningkat lagi pada
konsentrasi substrat tertentu, Brown (1902)
menduga bahwa enzim di dalam mengikat molekul
substrat mempunyai kemampuan terbatas yaitu
menjadi jenuh.
Michaelis menten mengusulkan suatu persamaan
yang
didasarkan
kepada
asumsi
sehingga
memungkinkan diadakannya pengujian hipotesis.
Salah satu asumsinya yaitu:
E + S
ES
E + P
enzim + substrat Enzim substrat Enzim + Produk

Lebih dari satu kompleks ES (Enzim

Substrat).
Skema yang paling umum dituliskan sbb:
E + S ES ES EP E + P
Dimana ES adalah bahan antara yang tidak
stabil, ES merupakan kompleks substrat
yang diaktivasi dan EP merupakan
kompleks Enzim Produk (hasil).

3. Pengaruh pH
pH

ekstrim dapat mengakibatkan

enzim mengalami denaturasi.
Perubahan pH yang tidak ekstrim
mempengaruhi enzim secara
temporer.

4. Temperature
5- 40oC
Increase in Activity

Rate of Reaction

40oC - denatures

0
<5oC - inactive

10

20

30

40

50

60

Effect of heat on enzyme activity

Denaturing the protein

ACTIVE SITE CHANGES SHAPE
SO SUBSTRATE NO LONGER FITS
Even if temperature lowered

enzyme cant regain its correct sha

Mekanisme Kerja Enzim: Energi

Aktivasi

Mekanisme Kerja Enzim: Model

penempelan substrat

Inhibitors
Inhibitor

adalah bahan kimia

yang mengurangi rata-rata reaksi
enzim
Spesifik dan bekerja pada
konsentrasi rendah
Memblok kerja enzim tp biasanya
tidak merusak enzim
Banyak obat dan racun
merupakan inhibitor

The effect of enzyme

inhibition
Irreversible

inhibitors:
Senyawa penghambat yang
terikat kuat pada sisi aktif enzim
Ikatan tersebut adalah ikatan
kovalen
Enzim menjadi inaktif secara
permanen
Contoh :
diisopropylfluorophosphat,
iodoacetamide, dan penicillin

The effect of enzyme

inhibition
Reversible

inhibitors: dapat
balik dengan cara dialisis
There are two categories:
1) Competitive
2) Non Competitive

 Feed

Back Inhibitor
Penghambatan yang disebabkan oleh hasil
akhir suatu rangkaian reaksi enzimatik yang
menghambat aktifitas enzim pada reaksi
pertama. Hasil akhir reaksi juga
mempengaruhi pembentukan enzim, yang
dapat digambarkan sebagai berikut:
Enzim a

Enzim b Enzim c Enzim d X

A
B
C
D
Keterangan: A,B,C,D: substrat enzim a,b,c,d.
X: hasil akhir reaksi enzimatik yang
menghambat sintesis enzim a.

 Inhibitor

Represor
- Represor adalah hasil akhir suatu rangkaian
reaksi enzimatik yang dapat mempengaruhi
atau mengatur pembentukan enzim-enzim
pada reaksi sebelumnya.
- Gambaran skematik reaksinya adalah
sebagai berikut:
Enzim a
A
B

Enzim b
C

Enzim c Enzim d
D

Keterangan: A,B,C,D: substrat enzim a,b,c,d.

X: hasil akhir reaksi enzimatik yang
menghambat sintesis enzim a,b,c,d.