Anda di halaman 1dari 2

3.6.

Genotip konkordansi
Hasil menggenotip dari siklus percobaan sepenuhnya sesuai dengan standar
protokol. Sebanyak 960 genotipe yang benar dibuat dengan menggunakan 16 lokus
multipleks (60 sampel x 16 lokus = 960). Dalam sampel kohort yang terbatas, alel
yang putus tidak diamati.
3.7. Studi Sensitivitas
Dilakukan evaluasi jumlah minimal sampel DNA yang dapat diperkuat dengan
protokol amplifikasi rapid. Sampel dengan karakter khusus diamplifikasi dalam
duplikat selama 28 siklus. Konsentrasi DNA template yang diuji adalah; 1000, 750,
500, 400, 300, 200, 100 dan 50 pg. Intensitas sinyal untuk D21S11 dan D19S433
secara konsisten lebih rendah untuk semua konsentrasi yang diuji. Alel yang putus
teramati antara 200 dan 300 pg dari DNA tamplate dalam siklus termal
konvensional dengan 28 siklus secara rutin bisa menghasilkan DNA template pada
rentang konsentrasi 100-200 pg (data tidak ditampilkan). Efisiensi yang lebih
rendah ini mungkin akibat dari waktu yang sangat pendek (5 dan 10 s) yang
digunakan dalam protokol amplifikasi rapid.
4. Kesimpulan
Pekerjaan awal yang disajikan di sini menunjukkan potensi besar pengurangan
waktu siklus termal untuk multipleks STR besar menggunakan enzim selain standar
polimerase AmpliTaq Emas DNA disediakan oleh STR kit komersial. Dinyatakan
bahwa kondisi mix ID primer menunjukkan di bawah kondisi PCR sangatlah berbeda
daripada yang disarankan oleh manufacturer. Hasil menunjukkan dari multipleks
komersial perlu dibenahi untuk optimasi protokol PCR yang lebih cepat. Fakta bahwa
campuran primer multipleks komersial yang tidak berubah dapat digunakan untuk
amplifikasi 16 lokus STR sangat menjanjikan untuk pengembang skrining dan
perangkat portabel yang terintegrasi. Perangkat portabel atau perangkat
terintegrasi sering menggunakan volume PCR lebih kecil dan siklus platform termal
yang dikustom. Hasil yang disajikan di sini menunjukkan potensi untuk
mengoptimalkan STR PCR multiplex pada Platform mikofluida yang lebih besar.
Setelah dilakukan studi validasi yang lengkap, rapid PCR juga dapat berguna untuk
mengetik referensi sampel dalam forensik dan pengujian laboratorium.
Tujuannya adalah untuk memberikan titik awal untuk menyelidiki dan lebih
mengoptimalkan protokol rapid PCR. Pekerjaan awal ini menunjukkan bahwa STR
multipleks yang besar dapat dijalankan dalam waktu kurang dari 36 menit
menggunakan set primer dan enzim komersial dan sebuah pengatur termal yang
digunakan di sebagian besar laboratorium forensik. Bahkan jika beberapa artefak
muncul selama protokol rapid PCR, seperti adenilasi yang belum sempurna atau
beberapa produk non-spesifik, informasi profil STR masih berharga untuk skrining
secara umum dan tujuan memberikan informasi. Dalam situasi skrining sederhana
harus ada jumlah yang cukup dari satu sumber DNA berkualitas tinggi yang
tersedia.
Sampai saat ini, sukses dengan memperkuatnya (> 4 lokus) multiplexes dalam
waktu kurang dari 1 jam telah dibatasi [9,12]. Parameter kinerja STR dari lokus ke

lokus, pemutusan lokus atau alel, adenilasi yang belum lengkap, rasio tinggi puncak
yang rendah dan ketahanan umum harus dievaluasi ketika mengembangkan
Protokol rapid PCR. Beberapa masalah ini ditangani dengan enzim atau mengubah
waktu siklus. Tetapi masalah yang lain khusus untuk lokus, urutan pasangan primer
atau konsentrasi pasangan primer ada dalam campuran primer komersial. Dari hasil
yang disajikan oleh komersial kit sekarang ada dasar untuk memahami batasan
menggunakan 'fixed' (dalam hal urutan primer dan Konsentrasi primer) campuran
primer. Hal ini juga memungkinkan kita secara langsung fokus pada aspek-aspek
tertentu dari desain primer untuk mengatasi masalah ini ketika mengembangkan
tes rapid PCR multipleks yang baru.
Kombinasi polimerase PyroStart / Speedstar akan menambah sedikit biaya enzim ($
1,15) dari siklus rapid protokol per Reaksi dibandingkan dengan 2 unit AmpliTaq
Emas ($ 0,86). Namun, biaya tambahan siklus rapid protokol harus seimbang
terhadap penghematan waktu dan berpotensi untuk meningkatkan throughput.
Ada sejumlah eksperimen tambahan untuk melakukan perform termasuk
mengevaluasi instrumentasi siklus termal yang lebih cepat dari tingkat ramp suhu
yang dipercepat, menyelidiki dampak lebih lanjut dalam variasi volume PCR,
optimasi lebih lanjut suhu aniling, dan menentukan tingkat sensitivitas. Kita juga
berencana untuk memeriksa tambahan lokus non-kit STR [14] di mana Konsentrasi
primer dapat dimodifikasi untuk menyesuaikan keseimbangan lokus ke lokus ke dan
ends primer dapat dimodifikasi untuk membantu adenilasi [13] . Sementara Hasil
awal kami menjanjikan, masih banyak yang harus dilakukan untuk lebih memahami
karakteristik kinerja dengan multiplex rapid PCR.