Mikobakterium atipik disebut juga dengan mikobakterium non tuberculosis, banyak
dijumpai di sekitar lingkungan seperti di tanah, air, makanan, dan lain-lain. Ernest Runyon membagi mikobakterium atipik menjadi 4 grup berdasarkan waktu pertumbuhan, pembentukan pigmen dan morfologi koloni: 1. Grup 1 (fotokromogen) Pada grup ini warna koloni menjadi lebih tua bila terkena cahaya. Ada 3 spesies yang pathogen, yaitu M. kansasii, M. simiae, M. marinum. Sepsies ini dapat menumbulkan penyakit paru, kulit, dan limfadenitis. 2. Grup 2 (skotokromogen) Pada grup ini warna koloni tidak dipengaruhi cahaya. Contohnya, M. scrofulaceum, M. szulgai. 3. Grup 3 (nonfotokromogen) Pada grup ini koloni kuman tidak berwarna. Contohnya, M. avium-intracellulare complex, M. xenopi, M. ulcerans. Spesies tersebut dapat menyebabkan infeksi paru, kulit, dan jaringan lunak. 4. Grup 4 (Rapid Growers) Grup ini memiliki pertumbuhan yang cepat (3-7 hari) pada media sederhana. Ada 3 spesies yang bisa menimbulkan penyakit paru, yaitu M.fortuitum, M.chelonei, dan M.abscessus. Mikobakterium atipik ini bisa didapat melalui pernapasan, saluran cerna, kulit atau (yang jarang) parenteral. Penyakit pada paru timbul oleh karena inhalasi kuman dalam bentuk aerosol. Penyebaran kuman dari binatang ke manusia atau dari manusia ke manusia lainnya tampaknya dapat diabaikan. Gejala paru yang disebabkan infeksi mikobakterium atipik sama dengan yang disebabkan oleh M.tuberculosa. Gejala yang ditimbulkannya bervariasi dan tidak spesifik, misalnya batuk produktif, sesak, malaise, lemah, batuk darah. Gejala-gejala konstitusional seperti demam, keringat malam, berat badan menurun kurang menonjol. Paru yang terkena sering bilateral dan jarang mengenai pleura.
Penyakit paru yang disebabkan infeksi M.atipik secara anamnesis, pemeriksaan
fisis, dan radiologis sukar dibedakan dengan yang disebabkan M.tuberculosa, sehingga menyulitkan diagnosis di samping bisa dijumpai kuman M.atipik di sputum sebagai kolonisasi dari saluran napas bawah, sehingga diagnosis harus didasarkan atas criteria yang valid dari klinis, temuan khas dari CT scan, temuan berulang M.atipik dari dahak atau pertumbuhan M.atipik dari biopsi paru. Sampai saat ini belum ada kesepakatan tentang regimen pengobatan mana yang paling ampuh dalam pengobatan infeksi paru yang disebabkan M. atipik ini. Bila infeksinya tidak menimbulkan gejala atau secara klinis stabil, pemberian obat antituberkulosis (OAT) dapat ditangguhkan dengan pengobatan hanya ditujukan pada penyakit yang mendasari saja. Bila penyakit menjadi progresif atau pasien dengan gejala menjadi lebih hebat maka diberikan OAT.