LaporanBiotek IsolasiDNA-3
LaporanBiotek IsolasiDNA-3
Kelas
:I
: 1. Apiyanti Ekatama
2. Bella Yashinta
3. Beriyanti Kawantary
4. Citra Pranata Niaga
5. Dina Heryani
6. Febby Elsa Nabila
7. Sadurrifki
: 2A
.131431002
.131431003
.131431004
.131431005
.131431006
.131431008
.131431022
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Bioteknologi adalah ilmu yang mempelajari penerapan aspek biosains terhadap
teknologi.Dalam penerapan biteknologi, seringkali memanfatkan sel hewan atau sel
tumbuhan.Hal ini dikarenakan adanya integrasi beragai disiplin ilmu, mencakup produksi sel
atau biomassa dan transformasi kimia, cenderung lebih ekonomis, pemakaian energi lebih
sedikit, serta lebih aman, dan dapat digunakan untuk jangka panjang.
Sejak zaman dahulu bioteknologi sudah ada, tetapi pemanfaatannya
masih
sederhana.Ruang lingkupnya terbatas hanya pada pembuatan makanan dan minuman yang
dikembangkan pada kondisi tidak steril.Namun, kini bioteknolgi sudah semakin berkembang.
Segala cara terus diupayakan agar memperoleh hasil yang bermanfaat bagi kehidupan
manusia dan lingkungan sekitar. Salah satu perkembangan bioteknologi adalah adanya
rekayasa genetika. Rekayasa genetika adalah ilmu yang mempelajari tentang suatu proses
manipulasi gen yang bertujuan untuk mendapatkan organisme yang unggul. Bidang
kedokteran dan farmasi paling banyak berinvestasi di bidang yang relatif baru ini. Sementara
itu bidang lain, seperti ilmu pangan, kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan
perikanan), serta teknik lingkungan juga telah melibatkan ilmu ini untuk mengembangkan
bidang masing-masing.Poin penting dalam ilmu ini adalah gen sehingga dalam penerapannya
DNA sangat diperhitungkan.
Oleh karena itu, kami akan melakukan percobaan isolasi DNA dari buah tomat dan
melakukan uji kuantitatif dengan menggunakan metoda spektrofotometri agar diperoleh
konsentrasi DNA dari buah tomat.
1.2 Tujuan
Setelah melakukan praktikum ini mahasiswa diharapkan:
mampu melakukan isolasi DNA dari buah-buahan atau tanaman, serta
dapat melakukan Uji Kuantitatif DNA dari buah-buahan atau tanaman
BAB II
LANDASAN TEORI
Deoxyribonucleic Acid
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA adalah sejenis asam nukleat yang
tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA
umumnya terletak di dalam inti sel.Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah
sebagai materi genetik, artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Pada
umumnya sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA.DNA merupakan molekul
penyususn
kromosom
yang
tersusun
atas
basa-basa
nukleotida,
gula
pentosa
dan
deoksiribosa.DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun
heliks ganda (double helix), dimana basa nitrogen dan kedua benang polinukleotida saling
berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu
dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA dapat ditemukan pada
kromosom dan pada organel, yaitu pada mitokondria dan kloroplas.
Struktur untai komplementer DNA menunjukkan pasangan basa (adenina dengan timina dan
guanina dengan sitosina) yang membentuk DNA beruntai ganda. DNA merupakan polimer yang
terdiri dari tiga komponen utama yaitu :
1.
Gugusfosfat
2. Gula deoksiribosa
3. Basa nitrogen, yang terdiri dari : Adenina (A), Guanina (G), Sitosina (C), Timina (T)
Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan
nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida. Rantai DNA memiliki lebar 22-24
, sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 . Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil,
DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom
terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida.
Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada
DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung
dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan
atom karbon kelima pada gula lainnya.Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah
gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa
Isolasi DNA.
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsip isolasi DNA yaitu
dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan
berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di
bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Mader, 1993).
Isolasi DNA merupakan kegunaan DNA untuk dianalisa atau dimanipulasi yang harus
diisolasi terlebih dahulu dan murni kandungannya (Wilson, Keith and John, 2010).
Keberadaan DNA dalam suatu organisme dapat diketahui dengan 2 cara yaitu secara
kualitatif dengan metode Elektroforesis Gel Agarose dan secara kuantitatif dengan metode
spektrofotometri. Uji kuantitatif DNA adalah analisis untuk menentukan kandungan/jumlah
DNA yang terdapat dalam suatu zat atau komponen zat yang sebelumnya telah diketahui
keberadaan DNA plasmidnya dalam larutan contoh dengan cara uji kualitatif.
Uji kuantitatif DNA dengan metode spektrofometri ini bertujuan untuk mengetahui
keberadaan dan jumlah DNA di dalam suatu larutan contoh uji dan untuk memahami
penggunaan dan perbedaan spektrofotometer Vis dan UV-Vis.
Uji kuantitatif DNA diawali dengan isolasi DNA. Hal ini bertujuan untuk mengeluarkan
DNA yang berada dalam inti sel dari organisme. Kemudian dilakukan dengan uji kualitatif DNA
dengan metode elektroforesis gel agarosa. Uji ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan DNA
dalam larutan. Setelah itu dilanjutkan dengan uji kuantitatif DNA dengan metode
spekrofotometri. Spektrofotometri merupakan suatu
konsentrasi suatu senyawa berdasarkan kemampuan senyawa tersebut mengabsorbsi berkas sinar
atau cahaya. Alat ini terdiri dari spektrofotometer dan fotometer. Spektrofotometer menghasilkan
sinar dari spektrum dengan panjang gelombang tertentu, sementara fotometer adalah pengukur
intensitas cahaya yang ditransmisikan atau diabsorbsi.
Spektrofotometri UV- Vis (Ultraviolet-Visible)
Spektrofotometri ini merupakan gabungan antara spektrofotometri UV dan Visible. Sinar
UV memiliki panjang gelombang 190-380 nm. Karena sinar UV tidak dapat dideteksi oleh mata
kita, maka senyawa yang dapat menyerap sinar ini terkadang merupakan senyawa yang tidak
memiliki warna. Bening dan transparan.
Oleh karena itu, sample tidak berwarna tidak perlu dibuat berwarna dengan penambahan
reagent tertentu. Bahkan sample dapat langsung dianalisa meskipun tanpa preparasi. Namun
perlu diingat, sampel keruh tetap harus dibuat jernih dengan filtrasi atau centrifugasi. Prinsip
dasar pada spektrofotometri adalah sampel harus jernih dan larut sempurna. Tidak ada partikel
koloid apalagi suspensi.
Alat ini menggunakan dua buah sumber cahaya berbeda, sumber cahaya UV dan sumber
cahaya visible. Meskipun untuk alat yang lebih canggih sudah menggunakan hanya satu sumber
sinar sebagai sumber UV dan Vis, yaitu photodiode yang dilengkapi dengan monokromator.
Untuk sistem spektrofotometri, UV-Vis paling banyak tersedia dan paling populer
digunakan. Kemudahan metode ini adalah dapat digunakan baik untuk sample berwarna juga
untuk
sample
tak
berwarna.
DNA yang mengandung basa-basa purin dan pirimidin dapat menyerap cahaya UV. Pita ganda
DNA dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm, sedang kontaminan protein atau phenol dapat
menyerap cahaya pada 280 nm. Dengan adanya perbedaan penyerapan cahaya UV ini, sehingga
kemurnian DNA dapat diukur dengan menghitung nilai absorbansi 260 nm dibagi dengan nilai
absorbansi 280 (260/280), dan nilai kemurnian DNA berkisar antara 1.8-2.0. Jika nilai
melebihi 2.0 maka larutan yang diuji masih mengandung kontaminan dari protein
membran/senyawa lainnya sehingga kadar DNA plasmid yang didapat belum murni. Jika kurang
dari 1.8 maka ddH2O yang diambil terlalu banyak sedangkan DNA yang diambil terlalu sedikit.
Alat yang digunakan dalam uji ini dengan metode spektrofotometri UV-Vis antara lain :
mikropipet, kuvet,
nanodrop
digunakan adalah isolat DNA dan aquadest sebagai blanko. Cara kerja pengujian kuantitatif
DNA diawali dengan menghidukan alat nanodrop spektrofotometer. Kemudian melakukan uji
blanko menggunakan aquadest. Setelah itu dilanjutkan dengan menguji isolat DNA dengan cara
meneteskannya pada tempat sampel sebanyak 1 mikroliter. Kemudian mengukur kemurnian
DNA dan baca hasil kemurnian DNA-nya
BAB III
METODOLOGI PRAKTIKUM
Masukkan homogenat ke
pelindung, dan sarung
tangan.
tabung
1,5 mL
3) Mengisi logbook
pada setiap peralatan
yang digunakan.
selama
10
menit
Ambil supernatan
0,5 mL buffer
lisis
BAB IV
HASIL PRAKTIKUM
4.1 Buah Strawberry
Tabel 2. Data Absorbansi Hasil Isolasi DNA Buah Strawberry
Panjang Gelombang
(nm)
260
280
Faktor Pengenceran
1 kali
1 kali
Sampel 1
Konsentrasi DNA Buah Strawberry
[ DNA ]=0.029 x 50 x 1
[ DNA ]=1.45
Konsentrasi RNA Buah Strawberry
A260 nm
A280 nm
Kemurnian DNA=
0.029
0.017
Absorbansi
Sampel 1
0.029
0.017
Sampel 2
0.052
0.029
Kemurnian DNA=1.7
Sampel 2
Konsentrasi DNA Buah Strawberry
[ RNA ] =0.029 x 40 x 1
[ RNA ] =1.16
Kemurnian DNA Buah Strawberry
Kemurnian D NA=
Kemurnian DNA=
A260 nm
A280 nm
0.052
0.029
Kemurnian DNA=1.8
Faktor Pengenceran
Absorbansi
1
260
280
1 kali
1 kali
0
0
Sampel 1
Konsentrasi DNA Daun Muda
[ RNA ] =0. x 40 x 1
[ RNA ] =0
Hasil isolasi sampel 1 daun muda tidak didapatkan DNA dan RNA.
Sampel 2
Konsentrasi DNA Daun Muda
0
0.015
[ RNA ] =0.015 x 40 x 1
[ RNA ] =0.6
Hasil isolasi sampel 2 daun muda tidak didapatkan DNA.
BAB V
PEMBAHASAN
Praktikum kali ini bertujuan untuk melakukan isolasi serta uji kuantitatif DNA dari buah
ataupun tanaman. DNA yang kami isolasi dan kami uji secara kuantitatif pada praktikum ini
adalah strawberry dan daun muda. Kandungan air pada strawberry dan daun muda
dapat
mempengaruhi DNA yang akan didapatkan. Sumber DNA yang teralalu encer atau banyak
mengandung air, sel yang mengalami lisis akan sedikit terpresipitasi sehingga DNA yang
diperoleh sedikit dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih kental (Anonim,2005)..Untuk
mengisolasi DNA, maka perlu dilakukan tahapan-tahapan sebagai berikut :
1. Mendegradasi/memecahkan dinding sel atau jaringan
Hal pertama yang harus dilakukan adalah mendegradasi dinding sel baik secara fisik maupun
kimiawi, dengan begitu DNA dapat keluar dari sel buah.pemecahan dinding sel secara fisik
dilakukan dengan menggerus tomat menggunakan mortal alu Selain itu, penggerusan juga
bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih
baik pada proses ekstraksi selanjutnya. Agar DNA dapat benar-benar keluar dari sel, maka
pemecahan sel dilakukan pula secara kimiawi yaitu dengan pemberian buffer lisis yang terdiri
dari lisozim, EDTA, tris-HCl, dan SDS (deterjen).Membran sel pada setiap organisme dapat
mengalami kerusakan yang disebabkan oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia
yang mampu merusak membrane ataupun dinding sel antara lain lisozim yang mampu
mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga kekakuan sel tidak lagi dapat terjaga. Selain
itu, ada pula senyawa EDTA (etilendiamintetraasetat) yang berfungsi untuk menghilangkan ion
Mg2+ yang penting untuk mempertahankan struktur selubung sel serta menghambat enzim yang
dapat merusak DNA.sedangkan Sisi hidrofilik deterjen yang terkandung pada larutan buffer lisis
akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat
lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa lipid protein- deterjen
kompleks. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel,
sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis.
Presipitasi DNA dapat dilakukan dengan penambahan etanol absolut pada supernatan.Ethanol
absolute berfungsi untuk mengendapkan DNA dan memisahkan genom dari garam-garam
mineral serta menghilangkan fenol-klorofrm yang masih ada. Sebab apabila fenol-kloroform
masih berada di dalam sampel maka dikhawatirkan dapat menghambat reaksi enzimatis yakni
kerja enzim-enzim restriksi atau enzim lain yang digunakan untuk analisis molekuler. Kemudian
dilakukan inkubasi untuk optimalisasi presipitasi, setelah inkubasi dilakukan kembali sentrifuga
dengan kecepatan 13.000 rpm pada suhu 40C selama 10 menit dan didapatkan kembali endapan
pada tabung ependorf. Untuk mendapatkan endapan DNA yang lebih banyak, maka ditambahkan
etanol 70 % dan di sentrifuga kembali.
4. Rehidrasi DNA
Dalam praktikum dihasilkan dua pellet dari buah strawberry dan dua pellet dari daun muda.
Setelah itu pellet yang dihasilkan supernatan dibuang, sedangkan pelet dikeringkan dalam oven.
Setelah kering, barulah DNA dapat direhidrasi dengan menggunakan bufr TE (pH 7,6) dan
diinkubasi pada suhu 370C selama 2 jam untuk memperoleh DNA terlarut.
5. Spektrofotometri
Setelah dilakukan rehidrasi DNA , kemudian dilakukan pengukuran terhadap kemurnian dan
konsentrasi DNA dengan dilakukan cek kuantitas dan kualitas untuk melihat konsentrasi dan
kemurniannya dengan menggunakan spektrofotometer Shimadzu UV-Vis pada OD 260 dan OD280.
Pengukuran konsentrasi DNA dengan spektrofotometer dilakukan pada panjang gelombang 260
nm karena adanya purin dan pirimidin, sedangkan protein diukur pada panjang gelombang 280.
Kemurnian larutan DNA dapat dihitung melalui perbandingan A260 nm dengan A280 nm.
Buah strawberry
Absorbansi larutan DNA sample 1 buah strawberry pada panjang gelombang 260
nm adalah 0.029, kemudian absorbansi pada panjang gelombang 280 nm adalah
0.017. Sehingga dengan menggunakan rumus, dapat diperoleh konsentrasi DNA
sebesar 1.45 DNA/ml dan konsentrasi RNA sebesar 0.68 RNA/ml. Dan kemurnian
larutan DNA sebesar 1,7. Sampel DNA yang murni memiliki rasio 260/280 nm
sebesar
1,8
hingga
1,9.
signifikan
kita
yang
peroleh
masih
di
bawah
tertinggal
di
Daun Muda
Dalam kedua sample daun muda didapatkan hasil bahwa tidak terjadi penyerapan
pada panjang gelombang 260 nm sehingga dapat dinyatakan bahwa daun muda tida
terdapat DNA .
BAB VI
KESIMPULAN
DAFTAR PUSTAKA