Anda di halaman 1dari 15

DIAGNOSIS VIRUS SECARA KONVENSIONAL DAN

MOLEKULER
Diajukan untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Dasar Ilmu Hama dan
Penyakit Tumbuhan

Disusun oleh:
Kelompok 4
Jeffri W. Siahaan

(150510140086)

Octa Saktianti

(150510140185)

Gilda Hildeu

(150510140192)

Billy Nur Aqbil

(150510140197)

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI


FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS PADJADJARAN
JATINANGOR
2015

KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan Kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena
berkat rahmat-Nya, kami bisa menyelesaikan makalah tentang Diagnosis Virus
Secara Konvensional dan Molekuler. Makalah ini dibuat guna memenuhi tugas
mata kuliah Dasar Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan.
Kami mengucapkan terima kasih terutama kepada Bapak Dr. Ir. Toto
Sunarto, MP. yang telah membimbing kami dan juga kepada semua pihak yang
telah membantu sehingga makalah ini dapat diselesaikan tepat pada waktunya.
Dalam penyusunan makalah ini, tidak sedikit hambatan yang kami hadapi.
Namun, kami menyadari bahwa kelancaran dalam penyusunan makalah ini tidak
lain berkat bantuan dan dorongan sehingga kendala-kendala yang kami hadapi
dapat teratasi.
Semoga tulisan ini dapat memberikan informasi bagi masyarakat dan
bermanfaat untuk pengembangan wawasan dan peningkatan ilmu pengetahuan
bagi kita semua.
Jatinangor, 26 Mei 2015

Penyusun

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR.........................................................................................................
DAFTAR ISI.....................................................................................................................
DAFTAR GAMBAR........................................................................................................
BAB I: PENDAHULUAN................................................................................................
1.1 Latar Belakang.........................................................................................................
1.2 Rumusan Masalah...................................................................................................
1.3 Tujuan Penulisan.....................................................................................................
BAB II: PEMBAHASAN..................................................................................................
2.1 Tujuan Diagnosis Virus...........................................................................................
2.2 Metode Diagnosis Secara Konvensional.................................................................
2.2.1 Identifikasi Gejala.............................................................................................
2.2.2 Penggunaan Tanaman Indikator........................................................................
2.2.3 Sifat Fisik..........................................................................................................
2.2.4 Mikroskopis......................................................................................................
2.3 Metode Diagnosis Secara Molekuler.......................................................................
2.3.1 Polymerase Chain Reaction (PCR)..................................................................
BAB III: PENUTUP..........................................................................................................
3.1 Kesimpulan..............................................................................................................
3.2 Saran........................................................................................................................
DAFTAR PUSTAKA......................................................................................................

ii

DAFTAR GAMBAR
Gambar 2.1...............................................................................................................5
Gambar 2.2...............................................................................................................8

iii

BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Virus yang menyerang tanaman menyebabkan kerugian besar bagi
bidang pertanian maupun perkebunan di seluruh dunia. Tidak seperti patogen
tanaman yang lain, belum ditemukan metode langsung untuk mengontrol
virus, dan alhasil, tindakan yang dilakukan saat ini untuk mengontrol
penyakit yang disebabkan oleh virus hanya mengandalkan siasat yang tidak
langsung. Oleh sebab itu, metode untuk mendeteksi dan mengidentifikasi
virus, baik pada tanaman maupun vektor, memegang peran penting dalam
penanganan penyakit yang diakibatkan oleh virus. Teknik diagnosis virus
pada tanaman dibagi menjadi dua kategori besar, yaitu dengan metode
konvensional dan metode molekuler.
1.2 Rumusan Masalah
Dalam penulisan makalah ini, masalah yang akan dibahas adalah sebagai
berikut:
1. Mengapa diagnosis virus perlu dilakukan?
2. Apa saja contoh metode diagnosis virus pada tanaman dengan secara
konvensional?
3. Apa saja contoh metode diagnosis virus pada tanaman dengan secara
molekuler?
1.3 Tujuan Penulisan
Adapun tujuan dari penulisan makalah ini antara lain:
1. Untuk mengetahui tujuan dari diagnosis virus.
2. Untuk mengetahui macam-macam contoh metode diagnosis virus pada
tanaman dengan secara konvensional.
3. Untuk mengetahui macam-macam contoh metode diagnosis virus pada
tanaman dengan secara molekuler.

BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Tujuan Diagnosis Virus
Secara umum, ukuran virus sangat kecil dibandingkan dengan
kelompok lain dari patogen tanaman seperti jamur dan bakteri yang dapat
dilihat melalui mikroskop. Virus tanaman terlalu kecil untuk diamati dengan
menggunakan

mikroskop

cahaya

dan

hanya

dapat

dilihat

dengan

menggunakan mikroskop elektron transmisi karena virus tersusun dari sejenis


asam nukleat, DNA atau RNA yang membawa informasi genetik. Sejak
Tobacco Mosaic Virus (TMV) pertama kali ditemukan lebih dari satu abad
yang lalu, lebih dari 1.000 virus tanaman telah ditemukan hingga saat ini
(Scholthof, 2000). Telah diketahui bahwa patogen tanaman lainnya seperti
bakteri, jamur, dan fitoplasma, virus pada tanaman menyebar dan
menyebabkan kerugian ekonomi yang besar bagi banyak tanaman seperti
jagung, kentang, beras, dan gandum. Virus menempati peringkat kedua
sebagai patogen tanaman paling penting setelah jamur (Vidaver dan
Lambrecht, 2004). Perkiraan kerugian ekonomi sudah lebih dari miliaran
dolar per tahun di seluruh dunia yang diakibatkan oleh virus tanaman.
Kerusakan tanaman karena virus sulit untuk diprediksi, karena
tergantung pada daerah, strain virus, kultivar/varietas tanaman inang, dan
waktu infeksi (Strange, 2005). Gejala penyakit akibat virus biasanya berupa
pengerutan, jaringan daun yang berubah menjadi kecoklatan, mosaik, dan
nekrosis. Terkadang, gejala tidak dapat dideteksi secara visual karena infeksi
virus tanaman tidak menimbulkan gejala. Di samping itu, tanaman juga dapat
memperlihatkan gejala seperti serangan virus sebagai respon terhadap kondisi
cuaca yang tidak menguntungkan, ketidakseimbangan nutrisi, infeksi oleh
jenis-jenis patogen lain, kerusakan yang disebabkan oleh hama atau agen
abiotik dan lain-lain (van der Want dan Dijkstra, 2006).
Diagnosis adalah dasar untuk pengendalian penyakit tanaman dan
untuk memprediksi kerugian tanaman oleh infeksi patogen tanaman (van der
Want and Dijkstra, 2006). Diagnosis yang akurat dari penyakit yang
diakibatkan oleh virus merupakan langkah pertama yang penting dalam
2

sistem pengelolaan tanaman. Setelah infeksi virus, perawatan secara


agrokimia untuk tanaman biasanya tidak efektif sehingga penanganan
penyakit yang diakibatkan virus dilakukan sebelum infeksi terjadi. Dalam
rangka mencegah penyakit tanaman yang diakibatkan virus, penting untuk
mengetahui penyebab dan membedakan antara tanaman sakit dan tanaman
yang memperlihatkan gejala seperti diserang virus (Pearson et al., 2006).
Seperti yang telah dibahas di atas, tidak seperti patogen tanaman lain,
pengelolaan penyakit tanaman akibat virus berdasarkan metode langsung
belum dikembangkan lagi, sehingga cara yang dilakukan adalah metode tidak
langsung seperti pengendalian vektor pembawa virus atau pemusnahan
tanaman yang telah terserang virus (Aboul-Ata et al., 2011). Metode untuk
deteksi dan mengidentifikasi virus sangat penting dalam pengelolaan penyakit
virus. Oleh karena itu, metode deteksi harus tepat, efektif, spesifik, dan
diizinkan penggunaannya untuk mendeteksi patogen tanaman (McCartney et
al., 2003).
Banyak metode telah dikembangkan untuk mendeteksi virus tanaman,
seperti pengamatan mikroskopis, teknik serologi, metode molekuler, dan
sebagainya. Di antara metode-metode tersebut, sejumlah metode untuk
diagnosis penyakit virus tanaman ditinjau dalam dua bagian, yaitu metode
konvensional dan metode molekuler.
2.2 Metode Diagnosis Secara Konvensional
2.2.1 Identifikasi Gejala
Gejala pada tanaman biasa digunakan untuk menggolongkan
penyakit dalam upaya untuk mengendalikan penyakit yang disebabkan
oleh virus. Inspeksi visual relatif mudah dilaksanakan jika gejala yang
tampak merupakan karakteristik dari penyakit yang spesifik. Namun,
banyak faktor seperti strain virus, varietas/kultivar tanaman inang,
waktu infeksi, dan lingkungan yang dapat mempengaruhi gejala yang
diperlihatkan (Matthews, 1980). Tanaman juga dapat memperlihatkan
gejala seperti serangan virus sebagai respon terhadap kondisi cuaca
yang tidak menguntungkan, ketidakseimbangan mineral/unsur hara

tanah, infeksi oleh patogen nonviral, kerusakan yang disebabkan oleh


hama lain, polusi udara, dan pestisida (terutama herbisida).
Beberapa virus dapat menyebabkan gejala yang terlihat tidak jelas
atau menyebabkan infeksi tanpa gejala. Selain itu, virus yang berbeda
dapat memperlihatkan gejala yang sama atau strain yang berbeda dari
virus dapat memperlihatkan gejala yang berbeda pada inang yang sama.
Meskipun gejala memberikan informasi penting untuk mendeteksi
penyakit yang disebabkan virus, pengalaman lapangan yang memadai
juga diperlukan

ketika

membuat

keputusan

tentang

diagnosis

berdasarkan gejala. Biasanya, diagnosis secara visual gejala juga


dikombinasikan dengan diagnosis lainnya untuk menjamin hasil
diagnosis infeksi virus yang akurat (Bock, 1982).
2.2.2 Penggunaan Tanaman Indikator
Deteksi dan teknik identifikasi virus diawali dengan mekanisme
pemindahan dan penularan vektor dari virus pada tanaman indikator
yang rentan (Jones, 1993). Penularan mekanik melalui getah inokulasi
tanaman herba indikator dapat dilakukan dengan fasilitas yang minim
dan

karakteristik

gejala

yang

dihasilkan

oleh

tanaman

ini

memungkinkan deteksi dan identifikasi dari banyak virus (Hovarth


1983, 1993). Meskipun tanaman inang mungkin tidak bisa dijadikan
panduan yang tepat untuk identifikasi virus, cara tersebut masih
digunakan di banyak laboratorium sebagai salah satu pengujian yang
penting dalam diagnosis virus. Keakuratan hasil tes untuk mendiagnosis
dapat ditingkatkan oleh tangan-tangan yang berpengalaman dan dengan
menggunakan berbagai spesies tanaman yang cocok. Virus yang
menular tidak secara mekanis, virus dari buah pohon dan buah-buah
kecil dapat didiagnosis dengan penularan vektor atau okulasi pada
tanaman inang yang sesuai. Meskipun cara ini banyak digunakan di
laboratorium baik untuk mendiagnosis maupun mempertahankan virus,
cara ini dinilai memakan banyak waktu dan sumber daya, serta
dihadapkan

dengan

kesulitan

berdasarkan gejalanya di lapangan.

membedakan

virus

yang

sama

2.2.3 Sifat Fisik


Sifat fisik virus (misalnya, titik inaktivasi panas, titik pengenceran
akhir, dan umur in vitro), digunakan menjadi ukuran infektivitas virus
dalam

ekstrak

getah,

yang

sebelumnya

digunakan

untuk

mengidentifikasi virus tanaman. Namun sifat-sifat ini tidak dapat


dijadikan pedoman dan tidak lagi direkomendasikan untuk diagnosis
virus (Francki, 1980).
2.2.4 Mikroskopis
Mikroskop

elektron,

atau

Electron Microscopy (EM), dapat


memberikan

informasi

berguna

mengenai morfologi partikel virus dan


sering digunakan untuk deteksi virus
(Milne 1993). Virus berfilamen dan
berbentuk batang seperti potyvirus,
tobamovirus, dan

potexvirus dapat

lebih mudah dibedakan pada metode


stained leaf-dip dibandingkan dengan
virus isometrik dan virus lainnya.

Gambar 2.1
Electron Microscopy (EM)

Virus yang berkembang pada konsentrasi rendah di getah tanaman akan


sulit terlihat, kecuali penelitian dilakukan terfokus pada visualisasi.
Tingkat efisiensi visual dapat ditingkatkan jika dikombinasikan dengan
serologi). Karena EM pengerjaannya intensif dan mahal, maka
pengujian ini tidak dapat dilakukan untuk proses uji cepat pada banyak
sampel. Kebanyakan institusi penelitian pertanian tidak mampu untuk
membiayai fasilitas Electron Microscopy ini, dikarenakan biaya
pemasangan dan perawatan yang cukup mahal.
Kebanyakan virus tanaman menyebabkan perbedaan inklusi
intraseluler, atau membentuk akumulasi endapan partikel virus, dan
pendeteksiannya

menggunakan

mikroskopi

cahaya

(EM) dapat

menghasilkan metode yang cenderung simpel, cepat, dan relatif murah


dalam mendeteksi infeksi oleh virus (Edwardson et al., 1933). Karena

keunikan inklusi yang diperoleh dari beberapa virus, virus yang tidak
diketahui

terkadang

dapat

diidentifikasi

hingga

tingkat

genus

berdasarkan dari pengamatan noda selektif. Namun, teknologi inklusi


virus tanaman memerlukan penanganan orang yang berpengalaman dan
jarang dilakukan oleh pemula dalam identifikasi penyakit oleh virus
secara rutin.
2.3 Metode Diagnosis Secara Molekuler
2.3.1 Polymerase Chain Reaction (PCR)
Sensitivitas sistem diagnosis berbasis asam nukleat sangat
meningkat bersamaan dengan perkembangan prosedur Reaksi Berantai
Polimerase atau Polymerase Chain Reaction (PCR) (Mullis et al. 1986).
PCR adalah metode in-vitro untuk memperbanyak sekuens asam
nukleat sasaran. Kecepatan, spesifisitas, sensitivitas, dan fleksibilitas
dari PCR membuatnya cocok untuk dipergunakan dalam banyak area
pada penelitian di bidang biologi. Karena PCR memiliki kekuatan
untuk memperbanyak target asam nukleat, metode PCR menjadi teknik
yang menarik untuk diagnosis penyakit tanaman yang disebabkan oleh
virus. (Henson dan Prancis 1993; Hadidi et al. 1995; Candresse et al.
1998a).
Komponen utama yang diperlukan pada proses PCR adalah
sebagai berikut.
a. DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan.
DNA cetakan yang digunakan sebaiknya berkisar antara 105 106
molekul. Dua hal penting tentang cetakan adalah kemurnian dan
kuantitas.
b. Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek
(18 28 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali
sekaligus mengakhiri sintesis rantai DNA.
c. Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), yang berfungsi sebagai
komponen penyusun DNA yang baru saat proses polimerisasi.
Terdiri dari dATP (nukleotida berbasis Adenin), dCTP (nukleotida

berbasis Sitosin), dGTP (nukleotida berbasis Guanin), dan dTTP


(nukleotida berbasis Timin).
d. Enzim DNA Polimerase, yaitu enzim termostabil Taq yang
melakukan katalisis reaksi sintesis rantai DNA. Enzim ini diperoleh
dari Eubacterium yang disebut Thermus aquaticus, spesies ini
diisolasi dari Taman Nasional Yellowstone pada tahun 1969. Enzim
ini tahan terhadap pemanasan berulang-ulang yang akan membantu
melepaskan ikatan primer yang tidak tepat dan meluruskan wilayah
yang mempunyai struktur sekunder.
e. Termosiklus, yaitu sebuah mesin yang memiliki kemampuan untuk
memanaskan sekaligus mendinginkan tabung reaksi dan mengatur
temperatur untuk tiap tahapan reaksi (Yusuf, 2010).

Menurut Chinnery & Turnbull (2000), pada prinsipnya PCR


merupakan proses yang diulang-ulang antara 20-30 kali. Setiap siklus
terdiri dari tiga tahap. Berikut adalah tiga tahapan yang berlangsung
dalam satu siklus PCR.
1. Tahap Peleburan (Melting) atau Denaturasi
Pada tahap ini ikatan hidrogen DNA terputus karena
mengalami denaturasi dan rantai DNA menjadi tunggal. Tahap ini
berlangsung pada suhu 94-96C dan berlangsung sekitar 5 menit
untuk memastikan semua berkas DNA terpisah. Denaturasi yang
tidak lengkap mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk
DNA untai ganda lagi) secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya
proses PCR. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap

menjadi templat (patokan) bagi primer. Durasi tahap ini 1-2 menit.
2. Tahap Penempelan (Annealing)
Primer

menempel

pada

bagian

DNA templat

yang

komplementer urutan basanya. Tahap ini dilakukan pada suhu


antara 55-65C dan bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat
menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel
di sembarang tempat. Durasi tahap ini sekitar 1-2 menit.
3. Tahap Pemanjangan (Extension) atau Elongasi

Pada tahap ini, enzim DNA Polimerase akan melakukan


poses polimerasi, yakni rantai DNA yang baru akan membentuk
jembatan hidrogen dengan DNA cetakan. Tahap ini berlangsung
selama 1 menit pada suhu sekitar 72C. Kecepatan penyusunan
nukleotida oleh enzim tersebut pada suhu 72C diperkirakan 35
100 nukleotida/detik, tergantung pada buffer, pH, konsentrasi
garam, dan molekul DNA target. Dengan demikian untuk produk
PCR dengan panjang 2000 pasang basa, waktu 1 menit sudah lebih
dari cukup untuk tahap perpanjangan primer ini. Biasanya di akhir
siklus PCR waktu yang digunakan untuk tahap ini diperpanjang
sampai 5 menit sehingga seluruh produk PCR diharapkan terbentuk
DNA untai ganda.

.
Gambar 2.2
Tahapan Proses Amplifikasi DNA dengan Metode PCR

BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Diagnosis patogen golongan virus merupakan langkah penting untuk
menentukan virus penyebab penyakit yang menyerang tanaman. Diagnosis
menggambarkan tentang rangkaian kegiatan deteksi dan identifikasi patogen
penyebab penyakit, sehingga dapat menentukan jenis virus penyebab penyakit
tanaman tertentu dan merupakan langkah pertama yang penting dalam sistem
pengelolaan tanaman. Metode diagnosis virus penyebab penyakit tanaman
ada beberapa antara lain secara konvensional seperti identifikasi gejala,
penggunaan tanaman indikator, melihat sifat fisik virus, dan pengamatan
badan

inklusi

dengan

menggunakan

mikroskop

cahaya

(Electron

Microscopy). Sedangkan diagnosis virus secara molekuler dapat dilakukan


dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
3.2 Saran
Mengingat betapa pentingnya diagnosis penyakit yang diakibatkan oleh
virus, maka beberapa metode diagnosis yang dianjurkan harus digunakan
untuk mendiagnosis berbagai jenis virus sebagai langkah awal dalam system
pengelolaan tanaman.

DAFTAR PUSTAKA
Aboul-Ata, A. E., Mazyad, H., El-Attar, A. K., Soliman, A. M., Anfoka, G.,
Zeidaen, M., Gorovits, R., Sobol, I. and Czosnek, H. 2011. Diagnosis and
Control of Cereal Viruses in the Middle East. Adv. Virus Res. 81: 33-61.
Bock, K.R. 1982. The Identification and Partial Characterization of Plant Viruses
in the Tropics. Tropical Pest Management 28: 399411.
Chinnery, P. F. & D.M. Turnbull. 2000. Mitochondrial DNA Mutations in The
Pathogenesis of Human Disease. Mol. Med. Today. 6,425-432.
Edwardson, J.R., R.G. Christie, D.E. Purcifull, and M.A. Petersen. 1993.
Inclusions in Diagnosing Plant Virus Diseases. Pages 101128 in Diagnosis
of plant virus diseases, edited by R.E.F. Matthews. Florida: CRC Press.
Francki, R.I.B. 1980. Limited Value of the Thermal Inactivation Point, Longevity
in vitro and Dilution End Point as Criteria for the Characterization,
Identification, and Classification of Plant Viruses. Intervirology 13: 9198.
Horvath, J. 1983. New Artificial Hosts and Nonhosts of Plant Viruses and Their
Role in the Identification and Separation of Viruses. XVIII. Concluding
remarks. Acta Phytopathologica Hungarica 18: 121161.
Horvath, J. 1993. Host Plants in Diagnosis. Pages 1548 in Diagnosis of Plant
Virus Diseases, edited by R.E.F. Matthews. Florida: CRC Press.
Jones, A.T. 1993. Experimental Transmission of Viruses in Diagnosis. Pages 4972 in Diagnosis of Plant Virus Diseases, edited by R.E.F. Matthews. Florida:
CRC Press.
Matthews, R.E.F. 1980. Host Plant Responses to Virus Infection. Pages 297359
in Comprehensive Virology, vol. 16. New York: Plenum Press.
McCartney, A. H., Foster, S. J., Fraaige, B. A. and Ward, E. 2003. Molecular
Diagnostics for Fungal Plant Pathogens. Pest Manag. Sci. 59: 129-142.
Milne, R.G. 1993. Electron Microscopy of In Vitro Preparations. Pages 215251
in Diagnosis of plant virus diseases, edited by R.E.F. Matthews. Florida:
CRC press.
Pearson, M. N., Clover, G. R. G., Guy, P. L., Fletcher J. D. and Beever, R. E.
2006. A Review of the Plant Virus, Viroid and Mollicute Records for New
Zealand. Australas. Plant Pathol. 35: 217-252.

10

Scholthof, K.B. G. 2000. Tobacco Mosaic Virus. The Plant Health Instructor.
http://www.apsnet.org/edcenter/intropp/lessons/viruses/Pages/Tob
accoMosaic.aspx. Diakses pada 26 Mei 2015.
Strange, R. N. 2005. Plant Disease: A Threat to Global Food Security. Annu. Rev.
Phytopathol. 43: 83-116.
van der Want, J. P. H. and Dijkstra, J. 2006. A History of Plant Virology. Arch.
Virol. 151:1467-1498.
Vidaver, A. K. and Lambrecht, P. A. 2004. Bacteria as Plant Pathogens. The Plant
Health Instructor. www.apsnet.org/.../PathogenGroups/Pages/Bacteria.aspx.
Diakses pada 26 Mei 2015.
Yusuf, Z. K. Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek, 5(6), 1-6.

11