Protocolo para Manejo de Datos y Resultados PDF

Protocolo para manejo de datos y resultados
(04-10-2010)
Captulo 1: Ingreso de datos y procesamiento de resultados

entregados por la suite Gaussian 09M (03/98M)
Captulo 2: Ingreso de datos en el caso del programa Morphy 95 (98):
aspectos relativos al paquete AIMPAC
Captulo 3: Del programa Promolden
en sus versiones 1.00 2001 y 1.10 2002
Captulo 4: De algunos programas complementarios
en la suite AIMPAC (contorpg, newcubev, proaimv, relief y wfnmove )
y de proyectos realizados en casa
Preparado por Hctor Julio Franco Vivas (inicio de redaccin: abril de 2003)
Laboratorio de Espectroscopa Molecular, Centro de Qumica, IVIC
Laboratorio de Qumica Terica y Computacional, Esuela de Qumica, UCV
0.1. Introduccin
En el rea de la qumica computacional, el binomio conformado por las piezas de software Gaussian y Morphy representa una
herramienta muy til y verstil para la realizacin de estudios serios. Gaussian es el paquete convencional de referencia por
excelencia para la realizacin de clculos ab initio. Morphy, condensa las contribuciones de la teora "Atomos en
molculas" (AIM: atoms in molecules) desarrollada por Richard Bader(1), la cual establece un puente entre los resultados
que arroja la qumica cuntica y aquellos de la qumica experimental. Ello lo logra mediante el estudio de las topologas que
corresponden a la densidad electrnica y a su laplaciano respectivamente, vistos ambos como campos escalares en tres
dimensiones.
Como ya se anticipa, el paquete (conjunto de programas) de referencia para realizar clculos relativos a orbitales
moleculares (OMs) es la suite Gaussian (www.gaussian.com). Esta suite es comercial y de las ms utilizadas por la
comunidad cientfica que realiza clculos de OMs. A su creador J. A. Pople(2) se le otorg el premio Nobel en 1998 por
desarrollar la metodologa que utiliza. Por tanto, lo ms importante no es el programa en si, sino dicha metodologa de
clculo. En general, esta metodologa es la que se utiliza en la mayora de los programas de clculo de OMs.
Han habido doce versiones de Gaussian desde su primera versin, la cual se remonta al ao 1970. La larga lista G70, G76,
G80, G82, G86, G88, G90, G92DFT, G94, G98, G03 y G09 da testimonio de ello. Actualmente esta en comercializacin la
versin Gaussian 09. Todas ellas hacen bsicamente lo mismo. En la prctica actual utilizamos las versiones Gaussian 03 y
09. [Si alguien est interesado en otros programas de calculo, ver por ejemplo el GAMESS (www.msg.ameslab.gov/gamess/)
el cual es de distribucin gratuita].
El programa Gaussian funciona leyendo la informacin que necesita, desde un archivo de entrada y nos da el resultado en
otro/s archivos/s de salida. Tanto el archivo de entrada como los de salida son numricos (ASCII). Para acceder a las
bondades de Gaussian debemos ser capaces de generar ese archivo de entrada as como entender y analizar los archivos
de salida.
Segn el esquema de un programa para clculo de OMs, lo primero que debemos suministrar es la geometra de la molcula,
para poder resolver la ecuacin de Schrdinger bajo la aproximacin Born-Oppenheimer (B-O). Por tanto haremos un clculo
autoconsistente mediante el mtodo variacional (SCF) para una posicin fija de los ncleos: pero esto lo deberemos
especificar. Uno de los requisitos es que la geometra de partida est muy prxima a la geometra final (optimizada, de
energa mnima) que el programa calcula. Cuanto ms cerca est esa geometra molecular de la optimizada, menos tardar el
clculo.
Una de las primeras cosas que aprenderemos, relativo a Gaussian, es a construir los archivos en los que seamos capaces de
indicar la geometra de una molcula: el sistema molecular en el que se centre el inters de estudio. Existen dos formas
principales de indicar al programa Gaussian cul es la geometra de partida en el archivo de entrada. Como sabemos, una
molcula tiene 3n-6 grados de libertad (3n-5 geometras lineales) (al ser n el nmero de tomos). Teniendo en cuenta la
simetra molecular se reducen drsticamente los grados de libertad necesarios para definir una molcula. Estos parmetros
geomtricos (i.e. coordenadas espaciales) se pueden definir de dos formas: coordenadas cartesianas y coordenadas internas
o matriz-Z.
El programa Morphy por su lado, tambin se encuentra asociado a un conjunto de programas complementarios conocidos
colectivamente con el nombre de AIMPAC. No obstante, Morphy es un programa independiente, el cual incluye prcticamente
en una sola pieza, todas las posibilidades y bondades que aquellos brindan. Es posible usar tanto Morphy como AIMPAC en
conjunto con paquetes diferentes de Gaussian, tales como GAMESS, para la realizacin de clculos propios de la mecnica
ondulatoria. Sin embargo, nos ocuparemos del caso concreto de Gaussian como paquete de programas para el estudio de la
estructura electrnica molecular a travs de clculos ab initio al emplearse los principios de la mecnica cuntica.
Desde el punto de vista conceptual es necesario tener presente que, por defecto, los clculos ab initio son realizados
mantenindose fijas las posiciones nucleares. Ello es equivalente entonces a determinar la energa de sistemas moleculares
que se encuentran a 0 K y en estado gaseoso. A efectos de incluir los grados de libertad nucleares, es posible realizar la
evaluacin de sus contribuciones a la energa total del sistema molecular. Esto se puede realizar a condiciones
seleccionadas de presin y temperatura. El resultado de esto es la sumatoria de las energas trmicas correspondientes a los
grados de libertad traslacional, rotacional y vibracional, a la energa electrnica que poseera tal sistema molecular a 0 K. De
esta forma, con el empleo de Gaussian, es posible estimar valores para las funciones termodinmicas energa interna,
entalpa, entropa y energa libre (de Gibbs), correspondientes a especies qumicas puras que se encuentren bajo el estado
gaseoso en las condiciones establecidas por los valores de presin y temperatura. Adicionalmente, Gaussian ofrece la
manera de incluir la presencia de solvente con el fin de simular soluciones en donde, las especies qumicas antes sealadas,
actan de solutos.
Este documento presenta una gua prctica para la instalacin y activacin rpidas, el ingreso de datos en la descripcin de
los estructuras moleculares a ser estudiadas y para el procesamiento de los resultados entregados por el paquete Gaussian
03M (98M). De la misma forma, se ofrece una gua para el ingreso de datos en el caso del programa Morphy 95 (98). Se
incluye aspectos relativos al empleo de la suite de programas AIMPAC 95.
Cabe la mencin de ciertas aplicaciones tiles, complementarias. Entre ellas se encuentran: Gauss View, Chem Office Ultra,
iMol 0.25, molden3.7, VMD 1.8, Pymol, cubegen, formchk, newzmat, (estas tres ltimas, recursos de Gaussian 09, as como de
Gaussian 03/98). Es posible considerar otras aplicaciones adicionales.
A lo anterior cabe sealarse la mencin del programa Promolden, desarrollado por el investigador espaol Angel Martn
Pends de la Universidad de Oviedo. l muy gentilmente, cedi a este laboratorio la versin 1.10, la cual fue compilada para
la plataforma Macintosh bajo el sistema Mac OS X. Promolden permite, entre otras cosas, el estudio de la densidad
electrnica molecular y de su laplaciano bajo la rigurosidad del formalismo AIM ya mencionado de "Atomos en molculas" de
Bader. Entre los resultados que Promolden entrega se encuentran, como es de esperarse, las densidades electrnica, de spin
electrnico, de energa cintica: K (definida positiva); G (de Schrodinger) y P (de repulsin de Pauli), as como los clculos de
propiedades atmicas evaluadas mediante una variedad de algoritmos de integracin en el volumen de cuenca ocupado por
los tomos. Los clculos son posibles luego de recibir las funciones de onda del sistema molecular bajo estudio. En este
ltimo particular, Promolden parece ser mas eficiente que proaim: el programa incluido en AIMPAC para evaluar propiedades
atmicas.
La bondad ms apreciada del programa Promolden es que permite el estudio de sistemas moleculares con nmeros impares
de electrones tanto neutros, ionices como de radicales libres. Ello complementa la utilidad de los programas Morphy 95 y 98
que slo tratan casos de sistemas moleculares con nmeros pares de electrones. Adicionalmente, Promolden es capaz de
procesar casos de funciones de onda obtenidas con bases grandes o extendidas de funciones primitivas gaussianas. Ello se
traduce en la posibilidad, al igual que con Morphy 98, de estudiar incluso caos de especies qumicas que involucren
elementos de transicin.
____________
(1)
Atoms in Molecules A Quantum Theory, Richard F. W. Bader, Clarendon Oxford University Press, New York, 1990
(2)
Approximate Molecular Orbital Theory, John A. Pople and David L. Beveridge, McGraw-Hill Book Company, 1970
CAPITULO 1. La suite gaussian

1.1. Instalacin rpida de Gaussian 09M (03/98M)
y GaussView (versin para Mac OS X)
Mucho de la los procedimientos incluidos en este cuaderno de trabajo han sido desarrollados en el entorno del sistema
operativo UNIX con sabor a manzana de la plataforma Apple Macintosh. Sin embargo, lo referente a las maneras de preparar
datos y procesar resultados entregados por Gaussian, son en esencia, las mismas en cualquier otra plataforma de
computacin. En lo anterior, la plataforma ms parecida ser la del sistema operativo LINUX.
Los pasos a seguir para realizar una instalacin rpida y correcta del paquete o suite Gaussian 03M (plataforma Macintosh),
desde una cuenta UNIX con privilegios de administrador, son los siguientes:
a._ Copiar el archivo MAC-101X.tar ( MAC-100X.tar en el caso 98M ), el cual se encuentra
en el CD de distribucin de Gaussian 03M (98M), al directorio /Applications (se
debe contar con privilegios de administrador).
b._ Expandirlo, al hacer doble click, mediante la aplicacin StuffIt Expander. Ello dejar
un directorio /g09 ( /g03 o /g98) en donde se encontrar el paquete Gaussian 09M
(03M o 98M).
c._ Crear el directorio /arch dentro del directorio /g09 ( /g03 o /g98).
d._ Crear el directorio /gausscr en el lugar que se desee. Un lugar apropiado es el
directorio raz /.
e._ Si no existe, crear el archivo tcshrc e incluir o aadir las siguientes lneas de
configuracin sin la numeracin:
-
1
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######################################################
#
#
Gaussian 03 [98] setup
#
######################################################
#
# Importamt notice: Gaussian 03M MUST be installed
# by expanding the .tar file found in the
# distribution CD.
#
setenv g03root "/Applications"
source $g03root/g03/bsd/g03.login
#setenv
#
#setenv GAUSS_SCRDIR "/Volumes/classic/gausscr"
setenv GAUSS_SCRDIR "/gausscr"
#
#g03root="/Applications"
#export g03root
#. $g03root/g03/bsd/g03.profile
#
#GAUSS_SCRDIR="/Volumes/classic/gausscr"
#GAUSS_SCRDIR="/gausscr"
#
######################################################
#
#
End of Gaussian 03 [98] setup
#
######################################################
Notas importantes:
1._ El signo # indica comentario.
2._ Para el caso de gaussian versin 9 hay que sustituir g03 por g09 .
En este y en todos los listados presentados a continuacin, la primera columna vlida de texto, se encuentra sealada
con la letra " V " localizada en la lnea iniciada con un guin. La ltima lnea, si no es sealada con un numeral, ser
seguida por una lnea iniciada con triple guin.

Las lneas de la 11 a la 16 inclusive, son aplicables al caso del interpretador UNIX de comandos Cshell. Slo las lneas 11, 12
y 16 son las indispensables. En la lnea 16 se define la localizacin del directorio /gausscr en el directorio raz. Como sta es
arbitraria, en la lnea 15 se muestra otra posibilidad sealndose un disco diferente al disco en donde se encuentra Gaussian
03M. Por su parte, las lneas de la 19 a la 24 inclusive, son aplicables al caso del interpretador UNIX de comandos Bourne
shell. Slo una de las lneas 23 24 ha de ser empleada junto con las lneas de la 19 a la 21.
f._ Cambiar de nombre al archivo tcshrc al de .tcshrc con el uso del comando UNIX:
mv tcshrc .tcshrc
lo cual vuelve invisible al archivo tcshrc Al mismo tiempo, cada vez que se inicie una
sesin UNIX va terminal, las inicializaciones indicadas se ejecutarn dejando listo el
entorno UNIX para el empleo del paquete Gaussian 03M.
g._ Si se dispone del paquete Gaussian 98M ya instalado, o si se lo desea instalar, es
posible hacerlo sin que ello afecte la instalacin del paquete Gaussian 03M. De modo
que de esta forma, ser posible el empleo de cualquiera de los dos Gaussian si se
procede de la siguiente manera:
1._ Crear un archivo de comandos y llmesele, digamos g98.init . Cualquier nombre
sugestivo sirve.
2._ Incluir slo las lneas de configuracin sin la numeracin, que siguen a continuacin.
-
1
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######################################################
#
#
Gaussian 98 setup
#
######################################################
#
# Importamt notice: Gaussian 98M MUST be installed
# distribution CD.
#
setenv g98root "/Applications"
source $g98root/g98/bsd/g98.login
#setenv
#
setenv GAUSS_SCRDIR "/gausscr"
#
#g98root="/Applications"
#export g98root
#. $g98root/g98/bsd/g98.profile
#
#GAUSS_SCRDIR="/gausscr"
#
######################################################
#
#
End of Gaussian 98 setup
#
######################################################
Notas importantes:
Con ello, se logra la activacin alternativa del Gaussian 98M en lugar del Gaussian
03M, luego de iniciada una sesin por consola. En esto es recomendable el empleo
de una sesin separada para cada versin del paquete Gaussian. Para la activacin
alternativa de Gaussian 98M, se invoca el comando UNIX:
source g98.init
h._ Si se dispone de la interface GaussView, se proceder de la siguiente manera para

su instalacin:
1._ Copiar el archivo gv-3X-mac.taz el cual se encuentra en el CD de distribucin de
GaussView, al directorio /Applications (se debe contar con privilegios de
administrador).
2._ Expandirlo, al hacer doble click, mediante la aplicacin StuffIt Expander. Ello dejar
el directorio /Applications/gv en donde se encontrar el paquete GaussView.
i._ Aadir al archivo tcshrc las siguientes lneas de configuracin sin la numeracin:
-
1
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4
5
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7
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30
31
######################################################
#
#
GaussView 3.X setup
#
############################################################
setenv GV_DIR /Applications/gv
# Environment Initialization Script for:
#
#
GaussView 3.X
#
#
Contact: Roy Dennington
#
Copyright 1992-2003 Semichem,Inc.
#
# Change this entry only:
if ( ! $?GV_DIR ) then
setenv GV_DIR '/home/semo/gview'
endif
# Leave this Section alone:
alias gview $GV_DIR'/gview.app/Contents/MacOS/gview \!* &'
alias gv $GV_DIR'/gview.app/Contents/MacOS/gview \!* &'
############################################################
#
#
End of GaussView 3.X setup
#
######################################################
Como se observa, estas lneas son aplicables al caso del interpretador UNIX de
comandos Cshell.
j._ Cambiar de nombre al archivo tcshrc al de .tcshrc con el uso del comando UNIX:
mv tcshrc .tcshrc
lo cual vuelve invisible al archivo tcshrc Al mismo tiempo, cada vez que se inicie
una sesin UNIX va terminal, las inicializaciones indicadas se ejecutarn dejando
listo el entorno UNIX para tambin el empleo del paquete GaussView.
k._ Editar el archivo gpath.txt que se encuentra en el directorio /Applications/gv para
dar la direccin correcta hacia donde se encuentra Gaussian 09M. Con slo colocar /
Applications/g09 [g03] en una lnea, seguida de otra lnea en blanco, basta.
l._ Desde la consola, el paquete Gaussian 03M (98M) es invocado con los comandos
UNIX siguientes:
g09 [g03][g98] nombre.com (nombre.gjf)
g09 [g03][g98] < input.file > output.file
en donde nombre o input designan al problema que se estudia con el uso de

Gaussian 03M (98M). De manera similar, la interface GaussView es invocada con los
comandos UNIX siguientes:
gview
gv
1.2. De la activacin rpida de Gaussian 09 (03/98) en cualquier

plataforma UNIX, una vez instalado
Pasos a seguir para realizar una activacin rpida y correcta del paquete Gaussian 09 (03/98), una vez que ste ha sido
instalado exitosamente. Este procedimiento es adecuado para cuentas UNIX de tipo cliente, sin privilegios de administrador.
Tambin, el procedimiento es adecuado para Mac OS X.
Los pasos a seguir comprenden:
a._ Copiar el archivo g03.login que se encuentra en el directorio /g03/bsd ( g98.login
en el caso de Gaussian 98 ) al directorio raz /userhome de la cuenta del usuario. Ello
lo puede hacer el mismo usuario.
b._ Crear el directorio /gausscr en el mismo directorio raz /userhome
c._ Si no existe, crear el archivo tcshrc e incluir o aadir las siguientes lneas de
configuracin, sin la numeracin:
-
1
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######################################################
#
#
Gaussian 03 [98] setup
#
#################################################################
#
# Importamt notice: Gaussian 03 [98] MUST be installed
# distribution CD.
#
setenv g03root [g98root] "/usr/local"
#source $g03root/g03/bsd/g03.login [$g98root/g98/bsd/g98.login]
source g03.login [g98.login]
#setenv
#
setenv GAUSS_SCRDIR "/groupdir/userhome/gausscr"
#
#g03root [g98root]="/Applications"
#export g03root [g98root]
#. $g03root/g03/bsd/g03.profile [$g98root/g98/bsd/g98.profile]
#
#
#
#################################################################
#
#
End of Gaussian 03 [98] setup
#
######################################################
Notas importantes:
Los corchetes indican la alternativa al Gaussian 03 representada por el Gaussian 98.

En la lnea 11 se aprecia que el directorio en donde se encuentra Gaussian03 es /
usr/local/g03 .
En la lnea 17 se aprecia que el directorio /gausscr , para registrar resultados

temporales, se encuentra en el directorio /groupdir/userhome .
d._ Cambiar de nombre al archivo tcshrc al de .tcshrc con el uso del comando UNIX:
mv tcshrc .tcshrc
lo cual vuelve invisible al archivo tcshrc . Como ya se ha dicho, cada vez que se
inicie una sesin UNIX va terminal, las inicializaciones indicadas se ejecutarn
dejando listo el entorno UNIX para el empleo de la suite Gaussian 09 (03/98).
e._ El paquete Gaussian 09 (03/98) es invocado con los comandos UNIX siguientes:
g09 [g03][g98] nombre.com (nombre.gjf)

g09 [g03][g98] < input.file > output.file
en donde nombre o input designan al clculo molecular por realizar.
1.3. Ingreso de datos a Gaussian

Cuando el programa Gaussian se ejecuta en entorno UNIX, ello se lo hace en la lnea de comandos de la consola con
la siguiente instruccin:
g09 < nombre.dat > nombre.log&
es decir, que nosotros generamos o preparamos un archivo que se llame por ejemplo
Gaussian09 con ese archivo de entrada, pondramos:
etileno.dat
y para ejecutar el
g09 < etileno.dat > etileno.log &
en el archivo etileno.log estar escrita toda la informacin arrojada del resultado del clculo. Si hay algn problema
(error) Gaussian nos lo hace saber en este mismo archivo de salida.
En el archivo de entrada cada lnea representa una informacin diferente que necesita el programa, de forma que su
estructura tiene que ser fija. Ojo con las letras maysculas y minsculas para el nombre del archivo! ya que el
sistema operativo UNIX, las toma como diferentes.
Inter conversin del formatos texto
Para efectos de inter conversin entre formatos de texto en los diferentes sistemas operativos se puede emplear las
aplicaciones Project Builder o Xcode, herramientas de desarrollo de Apple para Darwin. Cabe sealarse que se tambien se
cuenta con la aplicacin tipo comando UNIX flip.osx, la cual permite realizar la inter conversin de archivos tipo texto entre
los tres formatos correspondientes a los sistemas operativos UNIX, DOS (Windows) y Mac Classic. Bajo el ambiente Mac
Classic, es posible para este propsito, el uso del editor Alpha. De ste ltimo, existe la versin nativa para el sistema Darwin
Mac OS X: AlphaX.
Del manejo inicial de datos
Por los momentos, se cuenta con seis maneras diferentes de ingresar la descripcin del sistema molecular a ser estudiado
con el paquete Gaussian 09M (03/98M):
1._ Desde una estacin de trabajo UNIX.
Los archivos convenientes, salientes del ambiente UNIX SGI sern bajo el formato
definido para la base de datos del Brookhaven Protein Data Bank, es decir, del tipo
*.pdb. Se procede entonces segn los pasos indicados para el paquete Chem Office
Ultra (3._) excepto, que ya no es necesario cambiar el formato de texto del
archivo .pdb al de UNIX. Es importante que no existan lneas en blanco intercaladas
entre las lneas que proporcionan la informacin referente a los tomos que
conforman la especie qumica a estudiar. De la misma forma, la ltima lnea, que
suele venir con la palabra "TER" deber ser editada para slo incluir la palabra "END".
Ello es necesario para evitar incompatibilidades con Gaussian 09M (03/98M).
2._ Desde el paquete GaussView (independientemente de la plataforma de computacin).
Preparacin de los archivos de comandos *.com y transporte al ambiente UNIX. Si
se encuentra en el ambiente Windows, es necesaria la transformacin al
formato de texto UNIX. GaussView introduce la orden %chk=name.chk en donde name
identifica al sistema molecular estudiado. Esta orden solicita a Gaussian 09 (03/98)
que prepare el archivo de chequeo name.chk el cual permitir la visualizacin de
superficies (de potencial o densidad). Cierta informacin de qu hacer con los
archivos .chk se detalla en la primera nota importante correspondiente a la seccin
titulada Egreso de datos provenientes de Gaussian.
Los archivos de comandos .com podrn contener coordenadas cartesianas o
matrices-Z.
GaussView
a._ Desde GaussView guardar el archivo .com .

b._ Mediante Project Builder (o Xcode bajo Mac OS 10.3) convertir el archivo al formato
de texto UNIX, de ser necesario.
3._ Desde el paquete Chem Office Ultra bajo el ambiente Mac Classic. Los programas
ChemDraw Pro y Chem3D Pro, aqu mencionados, son partes integrantes de paquete
Chem Office Ultra.
Preparacin de archivos .pdb y transporte al ambiente UNIX. Transformacin al
formato UNIX. Empleo del programan newzmat [recurso de Gaussian 03 (98)]
mediante el comando:
newzmat -ipdb -ocart nameUnix name para preparar as, el
archivo de entrada de coordenadas cartesianas name.com Chem Office Ultra ofrece
la posibilidad de practicar optimizaciones previas a la estructura molecular antes de
ser entregada a Gaussian 09 (03/98). Estas optimizaciones se realizan
preferiblemente mediante mecnica molecular.
a._ Desde ChemDraw Pro crear la estructura molecular.
b._ Copiar tal estructura molecular a Chem3D Pro.
c._ Realizar la optimizacin y guardar bajo la forma de archivo .pdb.
d._ Mediante Project Builder, Xcode o AlphaX (Alpha), convertir el archivo .pdb recien
creado, al formato de texto UNIX.
e._ Aplicar el comando
newzmat -ipdb -ocart nameUnix name
para crear el archivo name.com a partir del archivo nameUnix.pdb.

4._ A travs del programa iMol 0.25 luego de haberse cargado un archivo .pdb
Guardar el archivo bajo la forma .XYZ, para luego editar a la forma esperada por
Gaussian 09 (03/98). Es necesario aadir las lneas de encabezado y sustituir los
identificadores de elementos qumicos "X", si stos aparecen, por los smbolos
correctos. Las lneas necesarias por aadir son a._ tipo de trabajo, b._ ttulo y c._
carga total junto a la multiplicidad de espn. Al igual que en todos los casos, se debe
cerrar con doble lnea en blanco. El archivo .pdb se puede encontrar en formato Mac
Classic. El archivo de entrada a Gaussian 09 (03/98) resulta entonces en
coordenadas cartesianas.
a._ Cargar el archivo .pdb en el programa iMol 0.25.
b._ Guardar la estructura bajo la forma de archivo .XYZ.
c._ Editar el encabezado del archivo a fin de sustituir las dos primeras lneas: nmero total
de tomos y lnea en blanco por una secuencia como la siguiente
# RHF/6-31G(d) GFInput Pop=Full Test
nombre
0 1
seccin de ruta (de ejemplo)

lnea en blanco
(input)
identificacin del sistema molecular
lnea en blanco
carga total de la especia qumica y multiplicidad de spin (del ejemplo)
d._ Asegurarse que la lnea siguiente es la primera lnea correspondiente a la tabla de

coordenadas atmicas.
e._ Sustituir, de ser necesario, los identificadores X (si stos apareciesen) por los
smbolos qumicos correctos. La identificacin se logra al comparar con la tabla de
coordenadas incluida en el archivo .pdb.
f._ Finalizar con dos lneas en blanco. Esto es importante porque es lo que Gaussian 09
(03/98) espera encontrar hacia el final del archivo.
5._ Archivos bajo el formato .pdb .
Es posible extraer fragmentos de estructuras o componentes moleculares de los
archivos que registran la informacin bajo el formato definido para la base de datos
del Brookhaven Protein Data Bank y preparar archivos de comandos para el
Gaussian 09M (03/98M).
6._ A partir de archivos bajo el formato de texto, con extensin .com .
El formato libre de este archivo de texto (ascii), que normalmente tiene la
extensin .dat (.com), es el siguiente:

La primera lnea (puede existir o no) comienza con % e indica algunas opciones
especiales. Permite la definicin de un archivo .chk (checkpoint) de almacenamiento
de geometras, energas matriz densidad, etc (bajo formato binario) que va
actualizando en cada paso con lo calculando. En este archivo estar siempre la
ltima geometra y la ltima matriz densidad. En caso de que el computador falle
(corte de electricidad, etc) no se perder todo el clculo y se podr (en ciertos casos)
comenzar a partir de este archivo.
%chk=nombre.chk
le dice a Gaussian que escriba un archivo temporal con informacin que nos podra
servir en caso de que queramos recuperar un clculo que se ha interrumpido por
causas desconocidas (corte de electricidad, falta de recursos, etc.) La informacin en
el archivo .chk sirve tambin para elaborar despliegues de densidades y mapas 3D.
Las lneas opcionales:
%nproc=n
%mem=mem Mb
le indican a gaussian que necesitar n procesadores y tambin necesitar mem mega

bytes de memoria para la realizacin de la tarea de clculo solicitada. Claro est que
la primera lnea tendr sentido con computadoras de arquitectura paralela. El orden
como se ingresen estas lneas es irrelevante.
La siguiente lnea es imprescindible, comienza por el smbolo # (almohadilla). Este
smbolo indica que es la lnea en la que vamos a incluir los comandos referentes al
tipo de clculo de OMs, que queremos realizar.
# RHF/3-21G
seccin de ruta (de ejemplo)
indica que se hace un clculo puntual del tipo Hartree-Fock restringido con un
conjunto base de funciones 3-21G. Si en su lugar tenemos
# RHF/3-21G OPT
se indica adems que se optimizar la geometra molecular, dando una estructura de

mnima energa al final. Con la sentencia
# RHF/3-21G FREQ
se solicita la realizacin del clculo de frecuencias vibracionales al nivel de teora HF/

3-21G. Hay comandos adicionales que se ponen en esta primera lnea, los cuales
modifican la forma del clculo y la informacin que Gaussian suministrar. Despus
de esta lnea viene una lnea en blanco (muy importante) seguida de un comentario
informativo (titulo de nuestro clculo, trabajo o job):
lnea en blanco
Ttulo del trabajo (job)
0 1
lnea en blanco
Carga y multiplicidad (2s+1) de spin para especificar si es catin, anin,
singlete, triplete, multiplete o radical, etc. singlete s=0 (2s+1=1), doblete s=
(2s+1=2), triplete s=1 (2s+1=3)
coordenadas relativas bajo la forma de una matriz-Z o coordenadas cartesianas
(vanse los siguientes prrafos)
Terminacin con lnea en blanco
En todo caso, la geometra molecular se pueden definir de dos formas:
a) Coordenadas Cartesianas absolutas
Mediante las coordenadas Cartesianas se define la geometra en el fichero de
entrada lnea a lnea. En cada lnea se pone el tipo de tomo y las coordenadas X, Y, Z
de cada tomo con respecto a un origen arbitrario, pero fijo para toda la molcula.
Estas coordenadas se especifican mediante nmeros (en ), es decir tres para cada
tomo.
El gran inconveniente de este sistema de referencia es que necesitamos ms
coordenadas 3N que grados de libertad tiene la molcula (5 6 ms). Esto se traduce
a que necesitaremos ms tiempo de clculo.
Esto es, los algoritmos de optimizacin emplean ms ciclos de optimizacin para
encontrar el mnimo de energa.
b) Coordenadas internas relativas (Matriz-Z)
Debido a los problemas anteriores con las coordenadas cartesianas, se comenz a
utilizar para la descripcin de la geometra molecular las llamadas coordenadas
internas o matriz-Z. Estas definen las coordenadas de los tomos en funcin de otros
tomos. El origen de coordenadas viene dado por el primer tomo. Despus,
definimos el primer parmetro geomtrico como la distancia al segundo tomo.
Seguidamente, un ngulo de enlace como ngulo entre 3 tomos. Los ngulos
dihedros se empezarn a definir a partir del cuarto tomo y con respecto a los otros
tres. Veamos el ejemplo sencillo de la molcula de metileno CH2 (de simetra C2v)
H1
C2
H3
1
2
r2
r2
a3
r2 = 1.060
a3 = 120.0
El primer tomo H1 es el origen de coordenadas (en la lnea slo se pone el tipo de

tomo, letra o nmero atmico) (es lo mismo maysculas o minsculas). El segundo
tomo C2 se define de forma que est unido al tomo anterior mediante la distancia r2
y por definicin, esta distancia la orienta en el eje X. Para el metileno, consideramos
que esa distancia es aproximadamente 1.060 . De esta manera se han definido el
tomo H1 y el C2. El tercer tomo H3 por definicin, se sita en el plano XY. Se
deber especificar a qu distancia se encuentra de uno de los anteriores tomos y
qu ngulo forma con el otro.
NOTAS IMPORTANTES
1a._ Los textos de referencia para interactuar con la suite de Gaussian:
____________
Gaussian 98 User's Reference, Second Edition, leen Frisch, Michael J. Frisch,
Gaussian, Inc.1999
Gaussian 03 User's Reference, leen Frisch, Michael J. Frisch, Gary W. Trucks,
Gaussian, Inc.2003
Gaussian 09 User's Reference, leen Frisch, Michael J. Frisch, Fernando R.
Clemente, Gary W. Truks, Gaussian, Inc.2009, ISBN-10: 0-9727187-6-1
1b._ Gaussian 03M, Revision B.04,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R.
Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M.
Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N.
Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J.
Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J.
E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E.
Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y.
Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski,
S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K.
Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J.
Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L.
Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M.
Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and
J. A. Pople,
Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003.
1c._Gaussian 09, Revision A.02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson,
H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng,
J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida,
T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta,
F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi,
J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi,
N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo,
R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg,
S. Dapprich, A. D. Daniels, . Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox,
Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
The advances presented for the first time in Gaussian 09 are the work of M. J. Frisch,
G. W. Trucks, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, M. Caricato, H. P. Hratchian, X. Li,
V. Barone, J. Bloino, G. Zheng, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., G. A. Petersson,
G. E. Scuseria, H. B. Schlegel, H. Nakatsuji, A. F. Izmaylov, R. L. Martin, J. L. Sonnenberg,
J. E. Peralta, J. J. Heyd, E. Brothers, F. Ogliaro, M. Bearpark, M. A. Robb, B. Mennucci,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, A. Rendell, R. Gomperts,
V. G. Zakrzewski, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida,

T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao and H. Nakai.
1d._ GaussViewM 3.0.9, Gaussian, Inc., Carnegie Office Park, Bldg. 6, Carnegie
1e._ GaussViewM 5 Reference, leen Frisch, Hrant P. Hratchian, Roy D. Dennington II,
Todd A. Keith and John Millam, Gaussian, Inc., 340 Quinnipiac Street, Building 40
Wallingford, CT 06492 USA, ISBN: 978-1-935522-00-3
2._ La inclusin de la palabra clave opcional GFInput en la seccin de ruta del
archivo .com ordena a Gaussian 09 (03/98) que aada la impresin de la base de
funciones de onda que se ha empleado. Esto se realiza bajo un formato til como
datos de entrada. Estos datos bien los puede usar un programa de visualizacin
grfica como lo es el programa molden, u otro similar, para la representacin de
superficies de potencial o de densidad.
3._ En la multiplicidad de spin slo se considera la presencia de electrones, es decir, no
se toma en cuenta la contribucin por parte de los ncleos. Es por ello que en el
clculo de la primera se emplea la ecuacin Ms = 2*Se + 1, en donde Ms es la
multiplicidad de spin (debida slo a la contribucin electrnica) y Se es la contribucin
al spin por parte de los electrones desapareados. La carga total resulta de la suma
algebraica de las cargas parciales atmicas en una especie qumica determinada.
Como consecuencia del esquema planteado, se encontrar frecuentemente que un
catin poseer una multiplicidad de spin igual a la unidad y la carga positiva que le
caracteriza, mientras que un anin presentar la multiplicidad de spin acorde con su
configuracin electrnica y la carga negativa igual el exceso de electrones. Por
tratarse de fermiones, la magnitud caracterstica Se electrnica es igual a 1/2*n,
siendo n, el nmero de electrones desapareados.
4._ Del clculo de potenciales electrostticos moleculares y de densidades
electrnicas.
Para indicarle a Gaussian 09 (03/98) que ejecute el clculo de potenciales
moleculares y densidades electrnicas se emplea la palabra clave CUBE (maysculas
y/o minsculas). La forma de su empleo se detalla en el libro de Referencia al usuario.
Sin embargo, a efectos de agilizar la puesta en prctica de los clculos, se ofrecen tres
ejemplos de nuestros clculos. Para el caso de Gaussian 09/03, CUBE es ahora una
palabra reservada obsoleta que bien puede seguir siendo empleada. En su lugar, se
recomienda el empleo del programa utilidad cubegen tal cono se indica en la posterior
seccin titulada "Egreso de datos provenientes de Gaussian".
5._ Cuando queremos hacer clculos a niveles de teora muy rigurosos (correlacin
electrnica, con bases de funciones muy grandes) se les suelen empezar con un
clculo a nivel bajo y luego, realizar los clculos ms precisos a partir de los
resultados del anterior.
6._ Cuando hablamos de procesos de optimizacin (especificados en la primera lnea) lo
que decimos es que estamos interesados en los puntos estacionarios de la superficie
de energa potencial (SEP) de energa mnima. Esto hay que comprobarlo calculando
las frecuencias vibracionales. En esto, tambin se calculan estados de transicin con
la opcin o p t = T S (que debern presentar una y slo una frecuencia
imaginaria=negativa).
7._ Hay que tener en cuenta que todos los archivos de salida generados por Gaussian, se
vuelven a crear (los perdemos) cuando se hace otro clculo. Hay que guardar lo que
interesa. Si ya tengo una molcula optimizada y quisiera calcular alguna propiedad
(algn OM, potenciales electrostticos, etc, frecuencias), puedo ahorrarme tiempo
partiendo de la geometra ya optimizada que se encuentra en el archivo .chk .
8._ Corrientemente el programa gaussian lo ejecutaremos en una mquina UNIX (con
sistema operativo multiusuario y capaz de la ejecucin multitarea), en donde
podremos trabajar todos al mismo tiempo. Cuando se usa el & se quiere decir que el
comando se est ejecutando en background, es decir, se libera la consola para poder
realizar otras tareas (editar archivos, etc). Si no se pone el & al final de la lnea de
comando, el clculo se realiza interactivo y no podremos usar la consola. Para saber
si un clculo ha terminado o no, utilizamos el comando de UNIX jobs y veremos qu
trabajos hay activos y si han terminado (slo para los trabajos en background. Con
control-Z, bg, fg pasamos de background a foreground).
9._ Obra clsica acerca del origen de gaussian: Approximate Molecular Orbital Theory,
John A. Pople and David L. Beveridge, McGraw-Hill Book Company, 1970
EJEMPLOS (I)
Ejemplo 6.1: Archivo de entrada completo (lo podra llamar metileno.dat) para la molcula de metileno
1
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3
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%chk=metileno.chk
%nproc=2
%mem=100Mb
# HF/6-31G* OPT
Mi primer calculo ab initio del metileno
0 1
H
C 1 r2
H 2 r2 1 a3
r2 = 1.060
a3 = 120.0
La primera lnea, inicia con el carcter de porcentaje (%), es opcional e indica al G09
que se escriba la informacin temporal en un fichero metileno.chk
La segunda y tercera lneas, indican la solicitud de dos procesadores y 100 Mb de
memoria para la realizacin del clculo, respectivamente.
En la cuarta lnea que es la de comandos (#) estamos indicando que realice un
clculo de optimizacin geomtrica a nivel de teora Hartree-Fock y con una base de
funciones de tipo doble-zeta, que incluye funciones auxiliares de polarizacin (slo
para el tomo de carbono).
La tercera lnea es un rengln en blanco, seguido de las lneas de comentario (con lo
que se quiera en un mximo de cinco), seguidas de otra lnea en blanco.
La octava lnea es la que corresponde a la carga 0 seguida de la multiplicidad de
spin 1 (singlete 2s+1=(2x0+1)=1). A partir de la novena lnea hasta la lnea dcimo
cuarta, se introducen las coordenadas nucleares (en este caso bajo la forma de la
matriz-Z). Finalmente se aaden dos lneas en blanco bajo el protocolo UNIX.
Ejemplo 6.2: Otro archivo de entrada para G09 en trminos de la matriz-Z
-
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%chk=acetileno.chk
# RHF/STO-3G OPT SCF=DIRECT
Comentario Acetileno optimizacion geometrica (hf/sto-3g)
0 1
H1
C2
X3
C4
X5
H6
1
2
2
4
4
R2
2.0
R4
2.0
R2
1
3
2
5
90.0
90.0
90.0
90.0
1
3
2
180.0
0.0
180.0
R2 = 0.900
R4 = 1.200
Realiza un clculo Hartree-Fock restringido (capa cerrada) si no se pone la R, el

programa supone que la molcula tiene configuracin electrnica de capa cerrada.
La base utilizada es una mnima STO (de orbitales atmicos tipo Slater). Se observa
que no hay funciones de polarizacin ni difusas. Estamos optimizando la molcula,
por eso se emplea OPT. Adems usamos un comando opcional SCF=Direct para que
en el paso del clculo autoconsistente, lo haga de manera directa (en memoria RAM
que ejecuta ms rpido).
Por ltimo, para ejecutar el programa en un entorno UNIX, si el archivo de entrada
fuera acetileno.dat escribiramos lo siguiente:
g92 < acetileno.dat > acetileno.log &
Todos los programas de clculo de orbitales moleculares necesitan que les

indiquemos de alguna forma, los parmetros geomtricos (coordenadas nucleares).
Ejemplo 6.3: Matriz-Z del perxido de hidrgeno H2 O2 (simetra C2 )
A partir del cuarto tomo se define el ngulo dihedro, adems de una distancia y un
ngulo de enlace de valencia.
H1
O2
O3
H4
r2
r3
a3
d4
1
2
3
=
=
=
=
r2
r3
r2
1
2
a3
a3
d4
0.960
1.390
109.5
-111.0
Si nos fijamos para definir la geometra en coordenadas internas hemos utilizado para
el primer tomo ningn parmetro, para el segundo (una variable distancia), para el
tercero dos variables (distancia y ngulo de enlace) y para el cuarto y siguientes
(distancia, ngulo de enlace y ngulo dihedro). Estas coordenadas internas definen
un nmero mximo de variables como el nmero 3n-6 de grados de libertad (donde n
es el nmero de tomos de la molcula).
Ejemplo 6.4: Matriz-Z del metano CH4 (simetra Td)
C1
H2
H3
H4
H5
1
1
1
1
r2
r2
r2
r2
2
3
3
109.5
109.5
109.5
2
2
120.0
240.0
r2 = 0.980
La distancia 0.980 es aproximadamente la C-H sencillo puesto que la molcula tiene

simetra tetradrica, el ngulo HCH est fijado a 109.5 e igual para todos los enlaces.
Para definir el ngulo diedro (definicin de impropio) ver representacin de Newman a
lo largo del enlace C1-H4 y C1-H5, el ngulo diedro del 5 al 3 ser el doble 240. La
gran ventaja de la matriz-Z es su facilidad para introducir simetra en la molcula
mediante las variables. La lnea en blanco despus de la matriz-Z indican que lo
siguiente, son las variables (despus vendran las constantes).
No olvidar el punto decimal para que el programa Gaussian 09 entienda que son
nmeros reales y no enteros.
Ejemplo 6.5: Visualizacin del orbital HOMO para una molcula de eteno en las cercanas de una molcula de CF2
-
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26
%chk=ts_blypc.chk
%nproc=2
%mem=2000000
#P BLYP/6-31G(d) Cube(Orbital,Cards) TEST
Cube test of TS from blyp/6-31g(d)
0 1
H
C
C
C
H
H
H
F
F
1.336373
1.256550
-0.672275
1.707008
1.792515
1.792481
1.336342
-1.111413
-1.111410
0.916685
-0.000038
-0.000008
0.000029
0.930189
-0.930069
-0.916833
-1.077288
1.077303
1.284222
0.692178
0.495085
-0.621790
-1.189837
-1.189942
1.284115
-0.198990
-0.198943
TS_HOMO1.cub
-9 -4.000000
41 0.200000
41 0.000000
41 0.000000
-4.000000
0.0000000
0.2000000
0.0000000
-4.000000
0.0000000
0.0000000
0.2000000
HOMO
La explicacin es como sigue:

%chk=ts_blypc.chk
Instruccin para la creacin del archivo de chequeo de
nombre ts_blypc.chk, la cual es opcional. Los archivos de chequeo .chk son muy
tiles ya que de ellos es posible la extraccin de informacin y datos al emplearse
ciertos programas de apoyo que acompaan a Gaussian 09M (03/98M). Entre la
informacin que es posible obtener de los archivos .chk se encuentra la que permite
el despliegue del mapa del potencial electrosttico molecular sobre la superficie
isodensidad electrnica.
Es posible tambin re-arrancar procesos y su realizacin por etapas gracias a la
informacin en los archivos .chk . Una aplicacin prctica muy til de los
archivos .chk es cuando se enlazan diferentes trabajos en un mismo archivo de
comandos .com de entrada y es necesario que cierta informacin, obtenida en un
trabajo, sea rescatada por uno posterior.
%mem=2000000
Cantidad de memoria requerida para el clculo. En este

caso, 2000000 palabras de 8 Bytes cada una. Al multiplicar por 8 se tiene el nmero
de Mb.
%nproc=2
Cantidad de procesadores solicitada para la realizacin

del clculo. En este caso, 2 de ellos.
#P BLYP/6-31G(d) Cube(Orbital,Cards) TEST
seccin de ruta en el archivo de

entrada. La letra "P" significa que el archivo de salida ha de ser generado completo.
Esta clave es necesaria para imprimir, por ejemplo, el valor del parmetro ZPVE del
clculo que se realiza. "BLYP" es la qumica modelo terico con la base de funciones
de onda "6-31G(d)". La lnea 5 agrega el ttulo del trabajo confiado a Gaussian.
Las lneas de la 7 a la 16 inclusive, especifican el sistema molecular a ser estudiado.

En este caso, es un sistema no cargado de multiplicidad de spin igual a la unidad
(vase la lnea 7). Se ofrecen las coordenadas cartesianas de cada tomo en el
sistema molecular (vanse las lneas 8-16). Luego del bloque que especifica al
sistema molecular se aade una lnea en blanco para separarlo del bloque siguiente:
bloque de datos para la instruccin Cube.
La palabra clave "Cube" solicita a Gaussian la posible evaluacin de orbitales
moleculares, potencial electrosttico, densidad electrnica, gradiente de densidad, su
norma y el laplaciano en un arreglo tridimensional de puntos o cubo. Las diferentes
opciones son Density, Potential, Gradient, Laplacian, NormGradient, Orbitals,
FrozenCore, Full, Total, Alpha, Beta, Spin y Cards. En el presente ejemplo, en la lnea
18 se inicia el bloque de datos para la instruccin Cube. Se especifica el nombre del
archivo a ser creado por Cube a fin de almacenar los resultados solicitados. Las
extensiones del nombre para tal archivo suelen ser .cub o .cube. Orbitals especifica
que tales resultados han de ser la evaluacin de uno o mas orbitales moleculares
dentro de la extensin espacial del cubo, esto es, en cada punto del mismo. Cards,
por su parte, permite en ingreso de especificaciones adicionales a Cube desde el
archivo de entrada.
En el presente ejemplo Cube lee el nombre del archivo a crear en primer lugar (vase
la lnea 18). Para ello no es necesaria la palabra Cards. Seguidamente, Cube lee la
unidad FORTRAN de salida (-9) y las coordenadas de punto inicial del clculo:
-4,-4,-4 (vase la lnea 19). El signo negativo en la unidad fortran de salida indica que
el archivo ha de ser formateado. Posteriormente, Cube lee, para cada direccin
espacial, el nmero de celdas en dicha red de puntos y las dimensiones espaciales
permitidas al sistema molecular (lneas 20-22). Si la magnitud asociada al nmero de
celdas es negativa, entonces la unidades de longitud sern tomadas en unidades
bohr, de lo contrario, sern consideradas en unidades angstroms (41 en el presente
ejemplo). Finalmente Cube lee, en este caso, el tipo de orbital molecular que va a ser
evaluado: HOMO (lnea 23). Son importantes las lneas en blanco que separan las
diferentes partes del archivo de entrada. Ellas definen la estructura final de datos.
Estas lneas son, para el ejemplo en cuestin, las enumeradas 4, 6, 17, 24 y 25. La
doble lnea en blanco indica fin de ingreso de datos. Las lneas asociadas con Cube
y Cards son preparadas de acuerdo con el siguiente formato Fortran: I5,3F12.6 .
Ejemplo 6.6: Energa puntual del agua, clculos de su potencial electrosttico y densidad electrnica
-
1
2
3
4
5
6
7
#P HF/6-31G(d) Cube=(Potential) GFInput Test

Water STO3G potential
0 1
O -0.464
H -0.464
0.177
1.137
0.0
0.0
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
0.441
-0.143
0.0
AGUA_Pot.cub
--Link1-#P HF/6-31G(d) Cube=(Density) GFInput Test
Water STO3G electron density
0 1
O -0.464
H -0.464
H
0.441
0.177
1.137
-0.143
0.0
0.0
0.0
AGUA_Den.cub
La explicacin, para este caso, es como sigue:

#P HF/6-31G(d) Cube=(Potential) GFInput Test

entrada. "HF" es la qumica modelo terico con la base de funciones de onda "6-31G
(d)". La lnea 3 agrega el ttulo del trabajo confiado a Gaussian. Dicho trabajo es el
clculo de la energa puntual del agua seguido de la determinacin del potencial
electrosttico molecular.
Las lneas de la 5 a la 8 inclusive, especifican el sistema molecular a ser estudiado.
En este caso, tambin se trata de un sistema no cargado de multiplicidad de spin igual
a la unidad (vase la lnea 5). Se ofrecen las coordenadas cartesianas de cada tomo
en el sistema molecular (vanse las lneas 6-8). Ntese que se ha empleado
nuevamente la instruccin Cube, pero ahora, se toman sus parmetros con los
correspondientes valores por defecto.
AGUA_Pot.cub
La lnea 10 es la primera y nica lnea del bloque de datos "Cube",

luego de la lnea en blanco que lo separa del bloque que especifica la estructura
molecular problema. Al igual que en el caso anterior, la lnea 10 especifica el nombre
del archivo con los resultados de Cube (potencial electrosttico molecular en este
caso). La lnea 11 es la lnea en blanco que separa al bloque de datos Cube, del resto
instrucciones para Gaussian 09M (03/98M).
--Link1--
La lnea 12 seala el fin del primer trabajo solicitado a Gaussian

09M (03/98M) e inicio del segundo trabajo. Este segundo trabajo es anlogo al
anterior salvo que, en lugar de determinarse el potencial electrosttico molecular, se
determina la densidad electrnica.
#P HF/6-31G(d) Cube=(Density) GFInput Test
entrada.
Water STO3G electron density
ttulo del segundo trabajo en la
lnea 15.
Las lneas de la 17 a la 20 inclusive, especifican nuevamente el sistema molecular,
pero esta vez, para la realizacin del segundo trabajo. Con la lnea 22 se da el
nombre del archivo que contendr los resultados de la ejecucin de la instruccin
Cube y con ella, finalizan las instrucciones correspondientes al segundo trabajo
encomendado a Gaussian 09M (03/98M). Dos lneas en blanco (23 y 24) cierran el
archivo de entrada de datos.
5._ Es posible la preparacin de archivos de comandos .com a partir de los archivos
de coordenadas (1 2) creados por el programa ChemDraw Pro, al ser stos editados
para que adopten la forma esperada por Gaussian98. La mencionada edicin se
realiza segn el paso "c" de la manera 4 para sustituir la primera lnea del archivo. Es
necesario adems eliminar la segunda columna (la del contador de tomos) junto a
las columnas de la sexta a la dcima, dejando en cada lneas slo el smbolo del
elemento qumico seguido de las tres coordenadas espaciales.
6._ Puede suceder que los archivos de texto trados desde el entorno UNIX de las
estaciones de trabajo diferentes a las de la plataforma Macintosh, presenten lneas en
blanco innecesarias insertadas en cualquier secuencia. El autor de estas notas ha
preparado un programa llamado forma para eliminar tales lneas en blanco. La
eliminacin de lneas que incluyen slo el carcter 32 ( \n ), asociado a la tecla de
retorno, es especialmente necesaria en el caso de los archivos del tipo .pdb para
poder ser procesados en la preparacin de archivos tipo .com . La forma de emplear el
programa forma es como sigue:

forma in.file out.file
en donde in.file es el archivo a ser convertido a la forma del archivo out.file en

donde, todas las lneas en blanco producto del carcter de retorno, han sido
eliminadas. Es necesario prestar atencin a lo anterior a los efectos de realizar la
edicin posterior del archivo out.file, de ser necesaria.
7._ Grados de libertad nucleares: clculos de modos normales, frecuencias espectrales y termoqumica
Para indicarle a Gaussian 09 (03/98) que ejecute un clculo en el que se consideren
los grados de libertad asociados con el movimiento colectivo de los ncleos, es
necesario aadir la instruccin Freq en la seccin de ruta del archivo de comandos,
tal como puede apreciarse en el ejemplo debajo de estas lneas.
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%chk=guanidina2freq.chk
%mem=6MW
%nproc=1
#P BLYP/6-311G(3df,2p) Pop=Full Opt GFInput Test
Guanidina according to the conformation given by
B. Amekraz et al. (1996): single 6-311G(3df,2p) point.
Foregoing PM3 optimization: ab-initio minimization.
0 1
N
H
H
C
N
N
H
H
H
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9
0.00000000
0.99762167
-0.35850364
-0.53878842
-1.55243019
0.09289995
0.49861086
-0.51318151
-2.04783216
0.00000000
0.00000000
0.93049995
-0.81010388
-0.29797731
-2.07023660
-2.45738672
-2.72742999
-0.86722291
0.00000000
0.00000000
0.00000000
1.05075628
1.71800641
1.29210527
0.46768339
1.73400358
2.37415909
2 1.0 3 1.0 4 1.0
5 2.0 6 1.0
9 1.0
7 1.0 8 1.0
--Link1-%Chk=guanidina2freq.chk
%nproc=2
%mem=100Mb
#P BLYP/6-311G(3df,2p) Freq=ReadIsotopes Geom=Check Test
Thermochemical analysis at 298K
0 1
298.0 1.0
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1
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1
--Link1-%Chk=guanidina2freq.chk
#P BLYP/6-311G(3df,2p) Freq=ReadIsotopes Geom=Check Test
Repeat at 310K
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0 1
310.0 1.0
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1
Se realiza el anlisis termodinmico para la base orgnica guanidina bajo

condiciones normales y a 12 K por encima al mantenerse constante la presin.
En este caso el trabajo se lo ha dividido en tres tareas enlazadas con dos
instrucciones --Link1-- (lneas 31 y 52 respectivamente). La primera de las partes,
que comprende las lneas de la 1 a la 29 inclusive, consiste en obtener la energa de
la conformacin optimizada para la base orgnica guanidina en estado gaseoso y
registrarla en el archivo de chequeo guanidina2freq.chk. Posteriormente se realiza su
anlisis termoqumico en condiciones normales (lneas de la 32 a la 50 inclusive) y a
12 K por encima (lneas de la 53 a la 69 inclusive). Como se aprecia, cada anlisis
resulta de una tarea o parte ejecutada por separado.
Se observa que para la realizacin de los anlisis termoqumica se toman los datos
almacenados inicialmente en el archivo de chequeo guanidina2freq.chk, los cuales
incluyen las coordenadas espaciales de los ncleos luego de la optimizacin. La
lectura y verificacin de datos son ejecutadas mediante las instrucciones
Freq=ReadIsotopes y Geom=Check. Como siempre, se ingresa primero la carga total y la
multiplicidad de espn. Al ser leda la configuracin estructural del compuesto de los
datos en el archivo .chk, no es necesario especificarla explcitamente, pero ello bien
pudiera ser hecho de la forma convencional como se ha hecho luego de las lneas en
blanco 38 y 57. La especificacin del estado para el compuesto qumico se completa
con definir la temperatura, presin e istopos que lo conforman. Las primeras son
expresadas en grados kelvin y atmsferas respectivamente como se observa en la
lneas 41 y 60. Los ltimos se especifican siguiendo la secuencia original, en este
caso, de las lneas de la 11 a la 19 ambas inclusive. Ello se har con nmeros enteros
que dan cuenta de la cantidad de protones en cada ncleo que se encuentre en la
estructura molecular.
Se suele incluir un factor de correccin inmediatamente despus de la especificacin
de la presin. Este factor es caracterstico para cada qumica modelo que se utilizase.
En este caso, se ha supuesto que el factor de correccin para la qumica modelo BLYP/
6-311G(3df,2p) es la unidad. Por ello no se ha aadido ningn valor luego de la
especificacin de la presin. Nuevamente, se observan lneas adicionales de
comentario luego de cada seccin de ruta en cada una de las dos partes
complementarias del trabajo total (lneas 37 y 56), as como las dos lneas en blanco
(lneas 70 y 71) que cierran el archivo UNIX de entrada de comandos y datos.
Es importante aadir la directiva #P en la lnea de seccin de ruta a fin de que se
incluyan el anlisis termoqumico y en los casos de sistemas moleculares pequeos,
un diagrama de barras que da idea del espectro de lneas asociado.
A continuacin se presenta el archivo de comandos correspondiente a un anlisis
termoqumico de la base orgnica guanidina, similar al anterior, con la diferencia que
ahora el compuesto se encuentra en solucin acuosa.
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%chk=guanidina2freqH2O.chk
%mem=6MW
%nproc=2
#P BLYP/6-311G(3df,2p) SCRF(SCIPCM) SCF=Tight GFInput Test
I._ Guanidina according to the conformation given by B. Amekraz et al. (1996):
single BLYP/6-311G(3df,2p) point on aqueous medium. Foregoing PM3 optimization and ab-initio minimization.
II._ Thermochemical B3LYP/6-31G* analysis at 298K on aqueous medium.
III._ Repeated B3LYP/6-31G* analysis at 310K on aqueous medium
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49
50
51
N
H
H
C
N
N
H
H
H
0.4968404321
1.5142521145
0.1389221391
-0.0989336534
-1.1064993887
0.5457789353
0.8811849603
0.0234769748
-1.5170741193
0.7908961581
0.7651314376
1.7426033594
0.0451771247
0.5237725637
-1.190222881
-1.6379555055
-1.8369244497
-0.1750384756
-0.9672130345
-0.9731790944
-0.9821372996
0.0616994239
0.7023780244
0.2639923419
-0.5867654515
0.8473580692
1.33042591
78.54
--Link1-%Chk=guanidina2freqH2O.chk
%mem=500Mb
%nproc=4
#P B3LYP/6-31G* SCRF(SCIPCM) SCF=Tight Freq Test Guess=Read Geom=AllCheck
78.54
%mem=6MW
%nproc=2
#P B3LYP/6-31G* SCRF(SCIPCM) SCF=Tight Freq=(ReadFC,ReadIsotopes) Test Guess=Read Geom=AllCheck
310.0 1.0
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1
1
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14
1
1
1
78.54
Las lneas de la 24 a la 30 inclusive, bien pueden ser sustituidas por la seccin que
se encuentra bajo estas lneas para as, obtener los mismos resultados. Ello permite
lograr una secuencia de anlisis termoqumicos, cada uno de ellos bajo las
condiciones arbitrarias que se deseen. Las solicitudes de recursos a la computadora
i.e. cantidad de procesadores y memoria son independientes en cada seccin (lneas
2, 26 y 34).
V
%mem=6MW
%nproc=2
#P B3LYP/6-31G* SCRF(SCIPCM) SCF=Tight Freq=(ReadFC,ReadIsotopes) Test Guess=Read Geom=AllCheck
298.15 1.0
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1
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14
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1
1
78.54
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1.4. Egreso de datos provenientes de Gaussian
Por otra lado, contamos con cuatro maneras para observar los resultados entregados por Gaussian 09M (03/98M):
1._ Desde una estacin de trabajo UNIX.
2._ Desde el paquete Gauss View (independientemente de la plataforma de computacin).
Gauss
View (bajo Windows) es capaz de leer cualquier archivo .com o .log lo que
permite el acceso a los resultados. Para el caso de la observacin de superficies (de
potencial o densidad, por ejemplo) es necesario cargar un archivo del tipo name.fchk
Este tipo especfico de archivo se logra al aplicar el comando:
formchk name.chk
[recurso de Gaussian 09 (03/98)]. En este caso, Gauss View bajo Windows no es capaz
de leer al archivo name.fchk en formato UNIX. Es por ello necesaria la conversin al
formato de texto PC.
a.1._ Archivos .com o .log: cargar el archivo .com o .log deseado.

a.2._ Archivos .fchk: aplicar el comando
formchk name.chk
para crear el archivo name.fchk a partir del archivo name.chk.

b.2._ Proceder como se indica en el paso b. de la nota importante nmero 1 de
esta seccin.
c.2._ De ser necesario, mediante Project Builder (o Xcode bajo Mac OS 10.3),
convertir el archivo .fchk recin creado, al formato de texto PC o "wintel".
Es posible exportar resultados de clculos realizados con Gaussian para ser
empleados en clculos a realizarse con el programa Spartan. Para ello lo necesario
es extraer la estructura molecular almacenada en un archivo .log y llevarla a un
formato que Spartan pueda leer.
Un formato adecuado es el SYBYL MOL2, el cual es ingresado por Spartan bajo la
denominacin All TEXT files . Una forma de proceder, es como se indica a
continuacin:
a._ Cargar en Gauss View un archivo de tipo .log y guardarlo, luego de
nombrarlo, bajo el formato Sybyl Mol2 file .
b._ Desde el programa Spartan, ir al men File en su opcin Open... y
seleccionar en su posibilidad de enable:, el formato All TEXT files .
c._ Buscar el archivo que ha sedo guardado en el paso a, el cual deber cargar
sin dificultades y a la vez, permitir ver la estructura molecular inicialmente contenida
en el archivo .log de la salida Gaussian original.
3._ Desde el paquete Chem Office Ultra en la plataforma Mac Classic.
Conversin de los archivos .com al formato .pdb o al formato .inp (mopac) y
posterior transporte al ambiente Mac Classic para ser cargados por Chem3D Pro. La
mencionada conversin de formato se realiza con el programa newzmat [recurso de
Gaussian 03 (98)], mencionado anteriormente. Esta conversin es diferente de la
conversin al formato de texto Mac Classic, tambin necesaria en este caso.
a.1._ Aplicar el comando
newzmat -icart -opdb nameUnix name
para crear el archivo name.pdb a partir del archivo nameUnix.com.

a.2._ Aplicar el comando
newzmat -icart -omopac nameUnix name
para crear el archivo name.inp a partir del archivo nameUnix.com.

b._ Mediante Project Builder, Xcode o AlphaX (Alpha), convertir el
archivo .pdb o el archivo .inp recin creado, al formato de texto Mac Classic.
Chem Office Ultra es capaz de leer directamente los archivos .log as como los
archivos cube (.cub, .cube) creados por Gaussian 09/03/98.
4._ Desde uno de los siguientes programas bajo Mac OS X: iMol 0.25, molden3.7, VMD 1.8, Pymol.
Conversin de los archivos .com o .log al formato .pdb o al formato .inp (mopac)
para ser cargados, bajo el mismo ambiente UNIX de Darwin, por cualquiera de los
programas mencionados. Nuevamente, la conversin se realiza con el programa
newzmat [recurso de Gaussian 09 (03/98)]. Las conversiones se realizan de las formas
sealadas en los pasos a.1 y a.2 del aparte anterior.
Por otro lado, molden3.7 carga directamente los archivos .log y los archivos cube
(.cub, .cube) entregados por Gaussian 09M (03/98M). Por esta razn, es muy til en la
preparacin de los archivos bajo el formato VRML que permiten representaciones
tridimensionales de la interseccin del campo de potencial molecular electrosttico
con la superficie de isodensidad electrnica (asociada con el tamao molecular). Bajo
la misma filosofa de trabajo, tambin es posible la representacin tridimensional de
cualquier orbital molecular. Los despliegues grficos mencionados son posibles al
proceder de la siguiente manera:
(I.) Map as co mo su p erfi cies d e iso d en sid ad electr n ica

interceptadas con potenciales electrostticos moleculares (u otros
campos escalares): empleo del programa molden
a._ Si se instruy a Gaussian para que escriba un archivo .chk se deber usar
el comando formchk tal como se ha indicado arriba (forma 2):
formchk name.chk
b._ Proceder como se indica en el paso b. de la nota importante nmero 1 de

esta seccin a fin de obtener los archivos (.cub, .cube) de densidad electrnica y
potencial electrosttico. En la prctica, unos comandos convenientes sern:
cubegen 0 density name.fchk name_den.cube 80 h
cubegen 0 potential name.fchk name_pot.cube 80 h
Es posible la preparacin de cubos que contienen los datos correspondientes a otros

campos escalares de posible inters. Ello se hace con emplear la opcin que designa
al campo escalar: density, gradient, laplacian, NormGradient, potential (densidad
electrnica, su gradiente, su laplaciano, la normal de su gradiente, potencial
electrosttico), alpha, beta o spin (densidad electrnica de spin alpha, de spin beta o
densidad de spin total).
c._ Una vez corriendo molden, ir al modo densidad al hacer click en "Dens.
Mode", hacer click en 'Read Cube', seleccionar 'Gaussian' y suministrar el nombre del
archivo a cargar: name_den.cube
d._ Ahora, hacer click en 'Vr' y seleccionar 'Color Mapped'. Al aparecer la
ventana de dilogo, seleccionar "Gaussian Cube" con hacer click en el primer botn
debajo de "Select Types" y suministrar el nombre del archivo del cubo que contiene al
potencial molecular:
name_pot.cube
e._ Seleccionar el tipo de salida "VRML2.0" y el valor para el contorno de la

superficie de isodensidad electrnica (0.01 0,02 bastarn). Hacer click en 'Apply'.
Molden generar un archivo con el formato VRML que puede ser observado en
cualquier navegador web capaz de desplegar modelos bajo ambiente grfico VRML.
Generalmente ello se logra con la instalacin de un plug-in desarrollado para tal fin.
molden muestra los valores mximo y mnimo del potencial electrosttico al nivel de la
superficie isodensidad. Estos valores sirven para calibrar la escala de colores que se
despliegan en el modelo molecular.
Un excelente plug-in para la visualizacin de las imgenes 3D bajo el formato VRML
es el desarrollado por la compaa arallelgraphics (www.parallelgraphics.com). Se
trata del plug-in Cortona en su versin 1.0.1d13, el cual es gratuito y se encuentra
disponible para diferentes plataformas, incluso para PC bajo MS Windows.
(II.) Orbitales moleculares: empleo del programa molden


formchk name.chk
b._ Aplicar el comando cubegen a fin de crear el archivo Cubo name_den.cube

que permitir el despliegue grfico tridimensional:
cubegen 0 mo=n name.fchk name_mo.cube 80 h
en donde n es un entero que designa el orbital molecular a ser representado. Al

sustituir a n con una de las palabras Homo, Lumo, All, OccA (todos los orbitales
ocupados con electrones de spin alfa), OccB, Valence o Virtuals, se prepararn los
datos para el despliegue de los orbitales de frontera HOMO, LUMO, todos ellos, los
orbitales de spin alfa, los de spin beta, los de valencia o los orbitales virtuales (no
ocupados).
archivo a cargar: name_mo.cube
d._ Ahora, hacer click en 'Vr' y seleccionar 'Normal'. Al aparecer la ventana de
dilogo, seleccionar "VRML2.0" con hacer click en la segunda opcin del men y
suministrar el nombre del archivo .wrl a ser creado, que contiene los datos en
formato grfico VRML. Suministrar tambin el valor para el contorno que definir el
tamao de los orbitales moleculares una vez representados.
(III.) Superficies de potencial electrosttico: empleo del programa

molden
formchk name.chk
b._ Aplicar el comando cubegen a fin de crear el archivo Cubo name_den.cube

que permitir el despliegue grfico tridimensional:
cubegen 0 potential name.fchk name_pot.cube 80 h
archivo a cargar: name_pot.cube
d._ Ahora, hacer click en 'Vr' y seleccionar 'Normal'. Al aparecer la ventana de
dilogo, seleccionar "VRML2.0" con hacer click en la segunda opcin del men y
suministrar el nombre del archivo .wrl a ser creado, que contiene los datos en
formato grfico VRML. Suministrar tambin el valor para el potencial electrosttico
correspondiente a las superficies isovalor que se mostrarn.
(IV.) Superficies de isodensidad (electrnica o de espn), mapas de

cualquier campo escalar de inters, despliegues de orbitales
moleculares y curvas de contorno o de nivel: empleo del programa
GaussView
Los despliegues grficos se logran con el empleo de las aplicaciones cubegen,
utilidades de la suite Gaussian 09M (03/98) y el programa GaussViewM (1).
La utilidad cubegen es una aplicacin muy verstil que permite preparar arreglos
tridimensionales de datos, denominados corrientemente cubos, cuyas coordenadas
espaciales resultan ser implcitas. El mapeo o correspondencia de las magnitudes
dato del cubo y las coordenadas espaciales es controlable a voluntad segn la
necesidad. As, la resolucin (puntos/unidad de longitud), el volumen y su localizacin
en el espacio son elegibles por el usuario. En el aparte 1.c de la siguiente seccin
notas importantes se presentan tres ejemplos de los comandos UNIX tpicos
necesarios para la preparacin de los mencionados cubos. Los valores registrados
pueden corresponder a cualquier magnitud calculable a partir de los resultados
originales entregados por G09M. Una lista completa de las magnitudes calculables se
encuentra en el manual del usuario (2). La utilidad cubman permite la realizacin de
operaciones sobre los cubos de datos, definiendo as, una suerte de lgebra
particular de cubos que contempla la posibilidad de evaluar combinaciones lineales.
cubman,
La representacin grfica tridimensional (3D) de los datos se realiza con el

empleo de la aplicacin GaussView. Esta permite desplegar isosuperficies de la
densidad electrnica y sobreponer, en ellas, mapas de cualquier combinacin lineal
de magnitudes. Los modelos moleculares, bajo varias representaciones elegibles,
resultan frecuentemente aparecer inscritos dentro del volumen encerrado por las
citadas isosuperficies.
Prcticamente lo ya descrito como posible para con el caso del programa
molden, es tambin posible con el programa GaussView. La metodologa para la
elaboracin de despliegues grficos de diferentes tipos, se encuentra en su manual
de referencia.
____________
(1)
GaussViewM 5 Reference, leen Frisch, Hrant P. Hratchian, Roy D.
Dennington II, Todd A. Keith and John Millam, Gaussian, Inc., 340 Quinnipiac Street,
Building 40 Wallingford, CT 06492 USA, ISBN: 978-1-935522-00-3
(2)
Gaussian 09 User's Reference, leen Frisch, Michael J. Frisch, Fernando R.
Clemente, Gary W. Truks, Gaussian, Inc.2009, ISBN-10: 0-9727187-6-1
NOTAS IMPORTANTES
1._ Los archivos de chequeo .chk registran, en cdigo binario, una gran cantidad de
informacin resultante de los clculos realizados con Gaussian. Entre otras cosas, a
partir de ellos es posible obtener los archivos que se lograran con la instruccin cube,
para la elaboracin de superficies de densidad, potencial y los orbitales moleculares.
En el caso de Gaussian 09 (03) se recomienda emplear siempre los archivos de
chequeo .chk a fin de obtener los archivos cubo .cub*. Ello se impone as porque
hay casos en los cuales la instruccin cube crea incorrectamente el cubo de densidad
electrnica, lo cual es solventado perfectamente con el empleo de la utilidad cubegen.
Estos casos suelen ser los correspondientes a molculas grandes (150 tomos o
ms), mientras que la creacin el cubo de potencial elctrico, no se ve afectada en lo
ms mnimo. Como ya se mencion anteriormente, las diferentes opciones pertinentes
para la instruccin cube, son Density, Potential, Gradient, Laplacian, NormGradient,
Orbitals, FrozenCore, Full, Total, Alpha, Beta y Spin. A fin de lograr los archivos cube
(.cub*: .cub, .cube) a partir de los archivos .chk se procede de la siguiente manera:
a._ Conversin al formato de texto .fchk, til para ser ingresado en cualquier
aplicacin de visualizacin 3D. Ello se completa con aplicar el comando formchk
(recurso de Gaussian 98):
formchk name1.chk name2.fchk
Una vez preparado el archivo de chequeo bajo formato texto, es posible la

comunicacin de la plataforma UNIX con la plataforma Wintel y viceversa. Ello se
logra con cambiar el formato de texto, originalmente bajo una plataforma, a la otra
plataforma. Bajo Mac OS X, se pueden emplear las aplicaciones Project Builder,
Xcode o AlphaX (Alpha) para realizar el referido cambio de formato de texto. De este
modo, es posible pasar los resultados obtenidos en una de las plataformas, a la otra.
Lo que pasa, es el archivo de texto del cual, es posible entonces extraer toda la
informacin posible del clculo original, es decir, el archivo name2.fchk
b._ Creacin de los archivos cube (.cub*) mediante comandos, derivados de la
utilidad cubegen [recurso de Gaussian 09 (03/98)], los cuales adoptan la forma:
cubegen memoria opcion name2.fchk name3.cube Npuntos [h,n]
En donde memoria es el espacio necesario para realizar la conversin. Se le suele

asignar el valor de cero para que se emplee el valor por defecto bajo la plataforma de
computacin que se usa. opcion est asociada con el tipo de archivo cubo a crear, la
cual, debe ser una de las sealadas arriba. Seguidamente, Npuntos es un entero que
especifica el grado de resolucin a ser empleado para elaborar la malla
tridimensional de datos. Generalmente este valor suele ser 80 para seleccionar as, la
resolucin mxima. Finalmente, h seala la inclusin del encabezado del archivo,
esta es la opcin por defecto, mientras que n no la solicita. El encabezado es
necesario para que visores como Molden y GaussView sean capaces de procesar los
datos contenidos en los los archivos cube (.cub*).
Es posible la creacin de los archivos .chk y .fchk mediante Gaussian 98 (09/03), es
decir, emplear tambin su respectiva utilidad formchk para luego, emplear Gaussian
03 en la preparacin de los archivos cube .cub* de densidad electrnica.
En cuanto al tiempo involucrado en la creacin de archivos .cub* por esta va, es

decir, a partir de archivos .chk, parece ser que es el mismo. As, esta va resulta
equivalente a la de la introduccin del comando cube en el archivo texto de entrada a
Gaussian 09M (03M) (98M). Recordar que esta ltima va es considerada como
obsoleta con el empleo de Gaussian 09.
c._ Comandos UNIX tpicos para la preparacin de cubos de datos con
dimensin, resolucin y ubicacin especficos, se muestran con tres ejemplos del
empleo de la utilidad cubegen, de la suite G09M (G03). Las longitudes espaciales son
expresadas en angstroms.
Haciendo el cubo Au238spin2.cub :
[MacG4-800:q. computacional] hector 13%
cubegen 0 spin Au238.fchk Au238spin2.cub -1
-30, -21.507937, -17.423899, -19.307445
-90, 0.4, 0.0, 0.0
90, 0.0, 0.4, 0.0
90, 0.0, 0.0, 0.4
^D
Haciendo el cubo
Au238den78-93-71.cub

cubegen 0 density Au238.fchk Au238den78-93-71.cub -1
-30,-21.507929, -17.423899, -19.307437
-78, 0.559075, 0.0, 0.0
93, 0.0, 0.559075, 0.0
71, 0.0, 0.0, 0.559075
^D
Haciendo el cubo
RadInDen78-93-71.cub

cubegen 0 density RadIn1.fchk RadInDen78-93-71.cub -1
-30,-21.507929, -17.423899, -19.307437
-78, 0.559075, 0.0, 0.0
93, 0.0, 0.559075, 0.0
71, 0.0, 0.0, 0.559075
^D
En el primer caso se prepara un cubo de densidad de espn con su vrtice origen en

el punto (-21.507937, -17.423899, -19.307445), de aristas iguales con 90 segmentos
de longitud igual a 0,4. El segundo ejemplo es un cubo de densidad electrnica con
origen en el mismo punto, de aristas con 78, 93 y 71 divisiones de 0,559075 de
longitud en las direcciones x, y, z respectivamente. El ultimo caso es otro cubo de
densidad electrnica con iguales origen y aristas de longitud. Los signos negativos
luego del parmetro -1, sealan cubos con encabezado para GaussView (unidad
fortran de archivo -30) y longitudes asociadas de mapeo, expresadas en unidades
atmicas (-90, -78 y -78).
2._ El programa molden3.7 presenta dificultades para leer la base de funciones de onda
(no las lee) cuando la palabra clave reservada de Gaussian GFInput, es empleada
con la versin Gaussian 03, sin embargo, tales dificultades no se encuentran con el
uso de Gaussian 98. Recordemos que al incluir la palabra clave GFInput, Gaussian
incluye los coeficientes de las funciones base (orbitales atmicos) en trminos de las
funciones de la base gaussiana. Esta base de orbitales atmicos es necesaria para el
despliegue grfico de ciertos resultados que se le pudiese solicitar a molden3.7.
3._ El programa GaussView 3.X puede errar al desplegar modelos moleculares luego de
leer archivos de tipo .pdb. El problema se hace evidente al notarse la ausencia de
enlaces, lo cual hace que la estructura molecular se observe como el conjunto de sus
fragmentos.
4._ De los modos normales, frecuencias y termoqumica (o termodinmica qumica).
Los anlisis termoqumica llevan a otra de las consecuencias prcticas de la qumica
computacional, como lo es, la posibilidad de estimar valores para las funciones
termodinmicas clsicas. Es posible estimar valores para la energa interna E,
entalpa H = E + PV, entropa S y la energa libre de Gibbs G = H - TS, as como para
las diferencias de stas en diferentes estados cualesquiera. Ello permite el estudio
termodinmico de reacciones qumicas, lo cual complementa los estudios de
reactividad que son tambin posibles al analizar la estructura molecular a travs de
las caractersticas de su densidad electrnica resultante de los clculos ab initio. Es
importante sealar que la termoqumica o termodinmica desplegada bajo esta

metodologa de trabajo es perfectamente aplicable a los casos en donde no sea
posible la realizacin de medidas experimentales que permitan determinar valores
adecuados para las funciones termodinmicas de inters.
A continuacin se observa parte de la salida de un anlisis termoqumico tpico para
los casos de la base orgnica guanidina (lneas de la 1 a la 55 inclusive) y de su
cido conjugado (lneas de la 57 a la 115 inclusive).
Para la realizacin de este anlisis termodinmico se ha empleado el modelo qumico
BLYP/6-311G(3df,2p). En primer lugar, figuran las temperaturas y presiones, seguidas
de los istopos que conforman las estructuras moleculares de ambas especies
qumicas. Los anlisis termoqumicos se encuentran localizados en las lneas 35 y 92
respectivamente. Los casos de modos normales de vibracin a baja frecuencia son
reportados en las lneas de la 51 a la 55 inclusive, para la guanidina y en las lneas de
la 108 a la 115 inclusive, para el catin guanidinio. La consideracin de estos modos
normales es importante puesto que sus contribuciones pudieran ser responsables de
errores por exceso. De modo que se acostumbra restar las contribuciones de estos
modos normales de baja frecuencia y es por ello que Gaussian los seala bajo los
ttulos Vibration n luego de dar la advertencia Warning -- explicit consideration
of n degrees of freedom as vibrations may cause significant error a fin de
identificar sus respectivas contribuciones en el anlisis termoqumico.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
V
------------------- Thermochemistry - (guanidina)
------------------Temperature
298.000 Kelvin. Pressure
1.00000 Atm.
Atom 1 has atomic number 7 and mass 14.00307
Atom 2 has atomic number 1 and mass
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
59.04835 amu.
Principal axes and moments of inertia in atomic units:
1
2
3
EIGENVALUES -173.75559 179.82568 348.77495
X
.90804
-.41793
.02814
Y
.41804
.90843
.00242
Z
-.02657
.00957
.99960
This molecule is an asymmetric top.
Rotational symmetry number 1.
Rotational temperatures (Kelvin)
.49848
.48165
.24834
Rotational constants (GHZ):
10.38667
10.03606
5.17451
Zero-point vibrational energy
192929.2 (Joules/Mol)
46.11118 (Kcal/Mol)
Warning -- explicit consideration of
5 degrees of freedom as
vibrations may cause significant error
Vibrational temperatures:
502.32
576.86
668.21
759.62
823.33
(Kelvin)
920.70 1056.67 1119.66 1296.32 1527.59
1589.08 1663.81 2009.34 2276.94 2297.19
2404.85 4850.51 4939.08 4946.56 5087.96
5091.44
Zero-point correction=
Thermal correction to Energy=
Thermal correction to Enthalpy=
Thermal correction to Gibbs Free Energy=
Sum of electronic and zero-point Energies=
Sum of electronic and thermal Energies=
Sum of electronic and thermal Enthalpies=
Sum of electronic and thermal Free Energies=
Total
Electronic
Translational
Rotational
E (Thermal)
KCal/Mol
48.997
.000
.888
.888
.073483 (Hartree/Particle)
.078082
.079025
.047085
-205.308077
-205.303478
-205.302534
-205.334474
<-----
CV
Cal/Mol-Kelvin
16.590
.000
2.981
2.981
S
Cal/Mol-Kelvin
67.258
.000
38.145
23.902
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
Vibrational
Vibration 1
Vibration 2
Vibration 3
Vibration 4
Vibration 5
47.220
.726
.767
.822
.883
.928
10.628
1.577
1.468
1.328
1.188
1.091
5.211
1.169
.958
.753
.591
.499
------------------- Thermochemistry - (cation guanidina)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
60.05617 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -181.34534 181.47240 361.28069
X
.99967
.02577
.00029
Y
-.02577
.99967
-.00012
Z
-.00029
.00012
1.00000
.47762
.47728
.23974
9.95196
9.94499
4.99540
53.69326 (Kcal/Mol)
362.54
443.39
447.75
567.83
695.99
(Kelvin)
697.61
796.67
797.53
977.54 1416.24
1471.62 1558.11 1558.38 2230.66 2231.16
2371.06 2373.53 2373.77 5026.53 5026.81
5047.84 5186.78 5189.62 5189.98
Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Vibration 1
Vibration 2
Vibration 3
Vibration 4
Vibration 5
Vibration 6
Vibration 7
Vibration 8
E (Thermal)
KCal/Mol
57.177
.000
.888
.888
55.401
.663
.698
.700
.761
.840
.841
.909
.910
.091118
.092061
.058457
-205.689018
-205.683467
-205.682523
-205.716127
<-----
CV
Cal/Mol-Kelvin
19.802
.000
2.981
2.981
13.840
1.759
1.658
1.652
1.481
1.286
1.283
1.131
1.130
S
Cal/Mol-Kelvin
70.761
.000
38.196
23.988
8.577
1.716
1.371
1.355
.982
.699
.696
.536
.535
Las diferentes contribuciones a la energa total de cada sistema molecular son especificadas detalladamente de la
siguiente forma(1):
zpe
E = Et + Er + Ev
H = E + RT
G = H - TS ;

o
o
+E
+H
+G
S = St + Sr + Sv + Se
+ zpe
Una magnitud de sumo inters es la denominada afinidad protnica, definida como la entalpa molar a 298,15K
multiplicada por -1 (2), es decir la entalpa negativa, correspondiente a la reaccin gaseosa B + H+ BH+ .
En sus clculos ab initio Gaussian ofrece las energas electrnicas a 0K y con sus anlisis termoqumicos, ofrece las
energas complementarias debidas al movimiento colectivo de los ncleos. Ello introduce la correccin trmica
expresada de las diferentes formas de acuerdo si lo que se desea calcular es, la energa interna, la entalpa o la
energa libre de Gibbs.
Al realizarse el ciclo termodinmico para incluir la correccin trmica en el caso de la reaccin gaseosa B + H+ BH+
a fin de estimar la afinidad protnica, la cual es expresada de la forma AP = H298 , es posible escribir para los
cambios en energa interna (E), entalpa (H) y energa libre de Gibbs (G), las expresiones siguientes:
(1)
T
ET = E0K + 0 Cp(T) dt m (3/2) RT
(2)
T
HT = E0K + 0 Cp(T) dt + [ n m (3/2) ] RT
GT = HT T Stotal
(3)
GT = E0K + 0T Cp(T) dt + [ n m (3/2) ] RT T Stotal
en donde las magnitudes son molares a la temperatura T con el cero absoluto como referencia. n es el cambio en el
nmero total de moles de especies qumicas en estado gaseoso al pasar de los reactantes a los productos, m es el
nmero de moles de protones libres o equivalentes a atrapar y Stotal es el cambio total de entropa experimentado en
consecuencia. Es posible notar que, en ausencia de protones libres
(m = 0), se obtendrn las ecuaciones
frecuentemente empleadas para aadir la correccin trmica a cualquier reaccin gaseosa a la temperatura T y a una
presin baja P.
Al emplear las salidas de Gaussian se deber tener presente que las contribuciones debidas a protones libres no son
inclubles puesto que los clculos ab initio son realizables slo con los ncleos en reposo y en sus posiciones de
equilibrio: mnimos de potencial. Por ello, toda contribucin debida a protones libres y no en reposo, ha de ser aadida.
Luego de tener este aspecto presente, es posible escribir las ecuaciones para las funciones termodinmicas, de las
formas siguientes:
(1b)
ET = Cp (Sum of electronic and thermal Energies)p

C r (Sum of electronic and thermal Energies)r m (3/2) RT
(2b)
HT = Cp (Sum of electronic and thermal Enthalpies)p

C r (Sum of electronic and thermal Enthalpies)r m (3/2) RT
(3b)
GT = Cp (Sum of electronic and thermal Free Energies)p

C r (Sum of electronic and thermal Free Energies)r m (3/2) RT
(4)
E0K = Cp (Sum of electronic and zero-point Energies)p

C r (Sum of electronic and zero-point Energies)r
en donde C p ( )p y C r ( )r indican sumatorias para los casos de productos y reactantes respectivamente. Los
conjuntos de coeficientes estequiomtricos { Cp } y { Cr } aseguran los balances de materia y carga. Es necesario hacer
notar que en las ecuaciones 1b, 2b y 3b, no se incluyen las contribuciones de la energa residual vibracional a 0K. Ello
no sucede en el caso de la ec. (4).
EJEMPLOS (II)
Ejemplo 4.1: Afinidad protnica y demas magnitudes termodinmicas para el caso de la guanidina
La guanidina es un compuesto puro cristalino muy alcalino, formado a partir de la oxidacin de la guanina. Se encuentra de
manera natural en la orina como un producto normal del metabolismo de las protenas y cuya acumulacin en el cuerpo,
como en casos de enfermedad renal crnica est asociada con neurotoxicidad. Se usa en la fabricacin de plsticos, cauchos
y explosivos. No se debe confundir con la guanosina, una de las bases que forman el ADN. (Wikipedia)
(H2N)2CNH2+
(H2N)2CNH ,
Figura 1.1._ Modelo 3D de la estructura molecular de la guanidina y frmula de su cido conjugado

Se considera la reaccin en estado gaseoso bajo condiciones normales
+
+
(H2 N)2 CNH(g) + H (g) (H2 N)2 CNH2 (g)
A partir de los resultados ofrecidos por Gaussian y del empleo de la ec. (1b), es posible escribir para E298 :
m = 1, m 0;
C p (Sum of electronic and thermal Energies)p = -205.683467 (hartree/molcula)
C r (Sum of electronic and thermal Energies)r = -205.303478 (hartree/molcula)
(lnea 97)
(lnea 40)
T = 298.15K ;
(3/2) RT = 1.5 x 0.59217 (kcal/mol) = 0.888255 (kcal/mol)
entonces
E298 = 627.5095 x [ -205.683467 (-205.303478) ] (-1) x 0.888255 = -237.558452 (kcal/mol).
En el caso de H298 se tendr, de la ec. (2b):

C p (Sum of electronic and thermal Enthalpies)p = -205.682523 (hartree/molcula)
C r (Sum of electronic and thermal Enthalpies)r = -205.302534 (hartree/molcula)
de donde
(lnea 98)
(lnea 41)
AP = H298 = 627.5095 x [ -205.682523 (-205.302534) ] (-1) x 0.888255 = -237.558452 (kcal/mol).
lo cual est del orden del valor estimado, reportado en la referencia(2) de 235.7 (kcal/mol), representando una diferencia del
0.8%. Ahora bien, con relacin al valor experimental de 233.0 (kcal/mol), se tiene una diferencia del 2.0%.
Si se restan las contribuciones de los modos normales de baja frecuencia, se encuentra:
(Vibration
1~8)
= 6.322 (kcal/mol)
caso guanidinio (lneas 108 a 115)
(Vibration
1~5)
= 3.251 (kcal/mol)
caso guanidina (lneas 51 a 55)
se observar que las magnitudes para E298 y H298 se hacen an ms negativas en 3.071 (kcal/mol). Con ello, el valor
tomado para la afinidad protnica ser AP = 237.6 .
Seguidamente, en el clculo de G298 se tiene de la ec. (3b):
C p (Sum of electronic and thermal Free Energies)p = -205.716127 (hartree/molcula)
C r (Sum of electronic and thermal Free Energies)r = -205.334474 (hartree/molcula)
de donde
(lnea 99)
(lnea 42)
G298 = 627.5095 x [ -205.716127 (-205.334474) ] (-1) x 0.888255 = -238.602628 (kcal/mol)
correspondiente a una reaccin espontnea desde el punto de vista termodinmico.

Finalmente, para E0K se escribe a partir de la ec. (4):
de donde
C p (Sum of electronic and zero-point Energies)p = -205.689018 (hartree/molcula)
(lnea 96)
C r (Sum of electronic and zero-point Energies)r = -205.308077
(lnea 39)
(hartree/molcula)
E0K = 627.5095 x [ -205.689018 (-205.308077) ] = -239.044096 (kcal/mol).
Ejemplo 4.2: Afinidad protnica y demas magnitudes termodinmicas para el caso del metanol
Se muestras las partes de inters de las salidas entregadas por gaussian durante la realizacin de los clculos.
-
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
------------------- Thermochemistry - (metanol)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
Thermochemistry will use frequencies scaled by .9613.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
32.02621 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -14.26345 74.19345 76.88972
X
.99896
.04552
.00000
Y
-.04552
.99896
.00000
Z
.00000
.00000
1.00000
6.07243
1.16741
1.12647
126.52908
24.32481
23.47182
29.89726 (Kcal/Mol)
422.18 1368.51 1455.03 1571.93 1863.56
(Kelvin)
1995.31 2018.45 2037.04 4011.74 4062.29
4179.42 5104.27
Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Vibration 1
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (Bot) 1
Vib (V=0)
Vib (V=0) 1
Electronic
Translational
Rotational
E (Thermal)
KCal/Mol
32.031
.000
.889
.889
30.253
.688
Q
.380205E-11
.312489E+11
.165283E-21
.650486E+00
.135845E+01
.132045E+01
.100000E+01
.712383E+07
.322906E+04
.051044
.051988
.024828
-115.676304
-115.672904
-115.671960
-115.699120
CV
Cal/Mol-Kelvin
9.200
.000
2.981
2.981
3.239
1.686
Log10(Q)
-11.419982
10.494834
-21.781772
-.186762
.133045
.120721
.000000
6.852714
3.509076
------------------- Thermochemistry - (anion metanol)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
31.01839 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -11.63410 63.88689 63.88689
X
.00000
.38704
.92206
Y
.00000
.92206
-.38704
S
Cal/Mol-Kelvin
57.164
.000
36.324
19.037
1.803
1.454
Ln(Q)
-26.295481
24.165249
-50.154383
-.430035
.306348
.277970
.000000
15.778956
8.079945
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
Z
1.00000
.00000
.00000
This molecule is a prolate symmetric top.
7.44483
1.35574
1.35574
155.12516
28.24901
28.24901
19.58900 (Kcal/Mol)
1598.86 1598.90 1677.65 1872.63 1872.66
(Kelvin)
2033.05 2900.04 2900.06 3261.26
Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (V=0)
Electronic
Translational
Rotational
E (Thermal)
KCal/Mol
21.428
.000
.889
.889
19.650
Q
.248815E-04
.568456E+10
.445645E-14
.101815E+01
.100000E+01
.679022E+07
.822249E+03
.034147
.035091
.010010
-115.066302
-115.063372
-115.062428
-115.087510
CV
Cal/Mol-Kelvin
7.153
.000
2.981
2.981
1.191
Log10(Q)
-4.604124
9.754697
-14.351011
.007810
.000000
6.831884
2.915003
S
Cal/Mol-Kelvin
52.789
.000
36.229
16.319
.241
Ln(Q)
-10.601387
22.461020
-33.044424
.017983
.000000
15.730994
6.712043
Se tiene la reaccin en estado gaseoso bajo condiciones normales

+
MeO (g) + H (g) MeOH(g)
A partir de los resultados ofrecidos por Gaussian, bajo el modelo qumico BLYP/6-311G(3df,2p) y del empleo de la ec. (1b), es
posible escribir, en este segundo caso, para E298 :
nuevamente m = 1, m 0;
(lnea 36)
(lnea 90)
T = 298.15K ;
entonces
E298 = 627.5095 x [ -115.672904 (-115.063372) ] (-1) x 0.888255 = -381.598866 (kcal/mol).
En este segundo caso de H298 se tendr entonces, a partir de la ec. (2b):

(lnea 37)
(lnea 91)
de donde
AP = H298 = 627.5095 x [ -115.671960 (-115.062428) ] (-1) x 0.888255 = -381.598866 (kcal/mol).
entonces
E298 = H298 .

de donde
(lnea 38)
(lnea 92)
G298 = 627.5095 x [ -115.699120 (-115.087510) ] (-1) x 0.888255 = -382.902830 (kcal/mol)
nuevamente correspondiente a una reaccin espontnea desde el punto de vista termodinmico. Ahora bien, con relacin al
valor experimental de -373.0 (kcal/mol) para G298(3), se tiene una diferencia de slo 3.0%.
Finalmente, para E0K se escribe a partir de la ec. (4):
de donde
(lnea 35)
(lnea 89)
(hartree/molcula)
E0K = 627.5095 x [ -115.676304 (-115.066302) ] = -382.782050 (kcal/mol).
Ejemplo 4.3: Afinidad protnica y demas magnitudes termodinmicas para el caso del cido actico
Se muestran las partes de inters de las salidas entregadas por gaussian durante la realizacin de los clculos.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
V
------------------- Thermochemistry - (acido acetico)
------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
60.02113 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -162.30694 193.36705 344.46438
X
.99826
.05893
.00001
Y
-.05893
.99826
-.00002
Z
-.00001
.00002
1.00000
.53364
.44792
.25144
11.11931
9.33324
5.23927
35.94724 (Kcal/Mol)
60.59
566.81
735.60
779.36
909.53
(Kelvin)
1131.99 1324.74 1431.37 1592.40 1794.07
1887.55 1993.25 1998.71 2430.35 4114.62
4185.20 4258.59 4983.93
Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Vibration 1
Vibration 2
Vibration 3
Vibration 4
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (Bot)
Vib (Bot)
Vib (Bot)
1
2
3
E (Thermal)
KCal/Mol
38.953
.000
.889
.889
37.176
.595
.761
.866
.897
Q
.254205E-13
.568412E+13
.373675E-25
.491223E+01
.454426E+00
.318230E+00
.062076
.063020
.029556
-229.056442
-229.051652
-229.050707
-229.084171
CV
Cal/Mol-Kelvin
15.153
.000
2.981
2.981
9.192
1.980
1.483
1.225
1.158
Log10(Q)
-13.594816
12.754663
-25.427506
.691278
-.342537
-.497259
S
Cal/Mol-Kelvin
70.430
.000
38.196
23.895
8.338
5.157
.985
.631
.562
Ln(Q)
-31.303221
29.368697
-58.548996
1.591727
-.788721
-1.144982
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
Vib (Bot) 4
Vib (V=0)
Vib (V=0) 1
Vib (V=0) 2
Vib (V=0) 3
Vib (V=0) 4
Electronic
Translational
Rotational
.292020E+00
.835552E+01
.543761E+01
.117565E+01
.109268E+01
.107903E+01
.100000E+01
.182773E+08
.372202E+05
-.534587
.921973
.735408
.070278
.038493
.033034
.000000
7.261911
4.570778
-1.230932
2.122922
1.693339
.161821
.088634
.076063
.000000
16.721169
10.524606
------------------- Thermochemistry - (acetato)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
59.01330 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -160.38506 185.10551 334.25379
X
1.00000
.00002
-.00118
Y
-.00002
1.00000
.00000
Z
.00118
.00000
1.00000
.54004
.46792
.25913
11.25255
9.74980
5.39931
27.79275 (Kcal/Mol)
43.83
571.32
784.17
827.57 1120.44
(Kelvin)
1312.03 1358.29 1754.58 1775.84 1977.92
1984.70 2266.42 4008.36 4079.88 4106.32
Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Vibration 1
Vibration 2
Vibration 3
Vibration 4
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (Bot)
Vib (Bot)
Vib (Bot)
Vib (Bot)
Vib (V=0)
Vib (V=0)
Vib (V=0)
Vib (V=0)
Vib (V=0)
1
2
3
4
1
2
3
4
E (Thermal)
KCal/Mol
30.692
.000
.889
.889
28.915
.594
.764
.900
.932
Q
.280893E-07
.661823E+13
.442064E-19
.679707E+01
.449819E+00
.289310E+00
.266199E+00
.104156E+02
.731544E+01
.117256E+01
.107767E+01
.106645E+01
.048911
.049855
.016417
-228.493986
-228.489365
-228.488421
-228.521859
CV
S
Cal/Mol-Kelvin
Cal/Mol-Kelvin
13.934
70.376
.000
.000
2.981
38.146
2.981
23.810
7.972
8.419
1.984
5.799
1.476
.973
1.151
.555
1.085
.494
Log10(Q)
Ln(Q)
-7.551459
-17.387877
12.820742
29.520848
-19.354515
-44.565418
.832322
1.916492
-.346963
-.798911
-.538637
-1.240258
-.574793
-1.323511
1.017685
2.343307
.864240
1.989987
.069135
.159189
.032485
.074799
.027939
.064332
135
136
137
Electronic
Translational
Rotational
.100000E+01
.178189E+08
.356596E+05
.000000
7.250880
4.552176
.000000
16.695768
10.481773
Se tiene la reaccin en estado gaseoso bajo condiciones normales

+
MeCOO (g) + H (g) MeCOOH(g)
posible escribir, en este tercer caso, para E298 :
una vez mas m = 1, m 0;
(lnea 39)
(lnea 107)
T = 298.15K ;
entonces
E298 = 627.5095 x [ -229.051652 (-228.489365) ] (-1) x 0.888255 = -352.840434 (kcal/mol).
Como tercer caso de H298 se tendr entonces, a partir de la ec. (2b):

(lnea 40)
(lnea 108)
de donde
AP = H298 = 627.5095 x [ -229.050707 (-228.488421) ] (-1) x 0.888255 = -351.951552 (kcal/mol).
entonces
E298 > H298 .

de donde
(lnea 41)
(lnea 109)
G298 = 627.5095 x [ -229.084171 (-228.521859) ] (-1) x 0.888255 = -351.967867 (kcal/mol)
una vez ms, correspondiente a una reaccin espontnea desde el punto de vista termodinmico. Ahora bien, con relacin al
valor experimental de -344.0 (kcal/mol) para G298(3), se tiene una diferencia de slo 2.0%.
Finalmente en este caso, para E0K se escribe a partir de la ec. (4):
C r (Sum of electronic and zero-point Energies)r = -228.493986 (hartree/molcula)
de donde
(lnea 38)
(lnea 106)
E0K = 627.5095 x [ -229.056442 (-228.493986) ] = -352.946483 (kcal/mol).
Ejemplo 4.4: Afinidad protnica y demas magnitudes termodinmicas para el caso del cido amonaco
Se muestra las partes de inters de las salidas entregadas por gaussian durante la realizacin de los clculos.
1
2
3
4
5
6
7
9
10
11
12
13
14
15
16
17
V
------------------- Thermochemistry - (amoniaco)
------------------Temperature
1.00000 Atm.
Thermochemistry will use frequencies scaled by 0.9613.
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
17.02655 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -6.26290
6.26290
9.49482
X
0.99979
0.02037
0.00000
Y
-0.02037
0.99979
0.00000
Z
0.00000
0.00000
1.00000
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
THIS MOLECULE IS AN OBLATE SYMMETRIC TOP.

ROTATIONAL SYMMETRY NUMBER 3.
ROTATIONAL TEMPERATURES (KELVIN)
13.82959
13.82959
9.12217
ROTATIONAL CONSTANTS (GHZ)
288.16360
288.16360
190.07633
20.06626 (Kcal/Mol)
VIBRATIONAL TEMPERATURES:
1507.11 2284.00 2284.00 4613.69 4753.27
(KELVIN)
4753.27
TOTAL
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
VIBRATIONAL
TOTAL BOT
TOTAL V=0
VIB (BOT)
VIB (V=0)
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
E (Thermal)
KCAL/MOL
21.867
0.000
0.889
0.889
20.090
Q
0.396281D-06
0.202575D+09
0.197063D-14
0.100737D+01
0.100000D+01
0.276153D+07
0.728194D+02
0.031978 (Hartree/Particle)
0.034848
0.035792
0.013918
-56.521017
-56.518147
-56.517203
-56.539077
CV
CAL/MOL-KELVIN
6.400
0.000
2.981
2.981
0.438
LOG10(Q)
-6.401996
8.306586
-14.705394
0.003188
0.000000
6.441150
1.862247
S
CAL/MOL-KELVIN
46.036
0.000
34.441
11.502
0.093
LN(Q)
-14.741142
19.126621
-33.860422
0.007341
0.000000
14.831297
4.287983
------------------- Thermochemistry - (amonio)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
18.03437 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -10.21016 10.21056 10.21160
X
1.00000
0.00000
0.00000
Y
0.00000
1.00000 -0.00001
Z
0.00000
0.00001
1.00000
THIS MOLECULE IS AN ASYMMETRIC TOP.
8.48307
8.48273
8.48187
176.75941
176.75235
176.73446
29.10557 (Kcal/Mol)
2007.14 2007.63 2007.68 2334.35 2334.47
(KELVIN)
4551.12 4682.22 4683.57 4684.64
TOTAL
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
E (Thermal)
KCAL/MOL
30.901
0.000
0.889
0.049244
0.050188
0.026712
-56.847041
-56.844180
-56.843235
-56.866712
CV
CAL/MOL-KELVIN
6.382
0.000
2.981
S
CAL/MOL-KELVIN
49.410
0.000
34.612
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
ROTATIONAL
VIBRATIONAL
TOTAL BOT
TOTAL V=0
VIB (BOT)
VIB (V=0)
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
0.889
29.124
Q
0.517058D-12
0.111673D+10
0.465040D-21
0.100438D+01
0.100000D+01
0.301032D+07
0.369349D+03
2.981
0.420
LOG10(Q)
-12.286461
9.047948
-21.332510
0.001898
0.000000
6.478612
2.567437
14.729
0.069
LN(Q)
-28.290621
20.833669
-49.119920
0.004371
0.000000
14.917556
5.911743
Se tiene ahora la reaccin en estado gaseoso bajo condiciones normales

NH3 (g) + H+(g) NH4 +(g)
posible escribir, en este cuarto caso, para E298 :
de nuevo m = 1, m 0;
(lnea 83)
(lnea 32)
T = 298.15K ;
entonces
E298 = 627.5095 x [ -56.844180 (-56.518147) ] (-1) x 0.888255 = -203.700550 (kcal/mol).
Como cuarto caso de H298 se tendr entonces, a partir de la ec. (2b):

(lnea 84)
C r (Sum of electronic and thermal Enthalpies)r = -56.517203
(lnea 33)
(hartree/molcula)
de donde
AP = H298 = 627.5095 x [ -56.843235 (-56.517203) ] (-1) x 0.888255 = -203.705627 (kcal/mol).
entonces
E298 < H298 .

de donde
(lnea 85)
(lnea 34)
G298 = 627.5095 x [ -56.866712 (-56.539077) ] (-1) x 0.888255 = -204.705820 (kcal/mol)
una vez ms, correspondiente a una reaccin espontnea desde el punto de vista termodinmico. Ahora bien, el valor
experimental de -196.0 (kcal/mol) para G298(3), se traduce en una diferencia de slo 4.0%.
Finlmente en este caso, para E0K se escribe a partir de la ec. (4):
de donde
(lnea 82)
(lnea 31)
E0K = 627.5095 x [ -56.847041 (-56.521017) ] = -204.583157 (kcal/mol).
Ejemplo 4.5: Afinidad protnica y demas magnitudes termodinmicas para el caso del cido benzico
1
2
3
4
5
6
7
8
9
V
------------------- Thermochemistry - (acido benzoico)
------------------Temperature
1.00000 Atm.
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
Atom
Atom
Atom
Atom
Atom
Atom
Atom
Atom
Atom
Atom
Atom
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
has
has
has
has
has
has
has
has
has
has
has
atomic
atomic
atomic
atomic
atomic
atomic
atomic
atomic
atomic
atomic
atomic
number
number
number
number
number
number
number
number
number
number
number
6
6
1
6
1
6
1
1
1
8
1
and
and
and
and
and
and
and
and
and
and
and
mass
mass
mass
mass
mass
mass
mass
mass
mass
mass
mass
12.00000
12.00000
1.00783
12.00000
1.00783
12.00000
1.00783
1.00783
1.00783
15.99491
1.00783
Molecular mass:
122.03678 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -466.586831476.778961943.36571
X
0.99995 -0.01018
0.00000
Y
0.01018
0.99995
0.00002
Z
0.00000 -0.00002
1.00000
WARNING-- ASSUMPTION OF CLASSICAL BEHAVIOR FOR ROTATION
MAY CAUSE SIGNIFICANT ERROR
0.18563
0.05865
0.04457
3.86796
1.22208
0.92867
69.93751 (Kcal/Mol)
WARNING-- EXPLICIT CONSIDERATION OF 10 DEGREES OF FREEDOM AS
VIBRATIONS MAY CAUSE SIGNIFICANT ERROR
98.17
221.77
298.75
531.00
576.05
(KELVIN)
604.83
687.92
846.14
874.22
881.98
975.05 1010.16 1076.55 1131.46 1201.44
1324.93 1363.15 1397.25 1410.90 1457.74
1526.70 1561.71 1652.59 1663.59 1693.22
1872.45 1892.55 1929.35 2072.55 2134.50
2271.68 2300.28 2518.87 4408.85 4426.32
4439.79 4464.81 4470.54 5117.63
TOTAL
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
VIBRATIONAL
VIBRATION 1
VIBRATION 2
VIBRATION 3
VIBRATION 4
VIBRATION 5
VIBRATION 6
VIBRATION 7
VIBRATION 8
VIBRATION 9
VIBRATION 10
TOTAL BOT
TOTAL V=0
VIB (BOT)
VIB (BOT)
VIB (BOT)
VIB (BOT)
VIB (BOT)
VIB (BOT)
VIB (BOT)
1
2
3
4
5
6
E (Thermal)
KCAL/MOL
74.535
0.000
0.889
0.889
72.758
0.598
0.620
0.641
0.741
0.766
0.783
0.835
0.945
0.966
0.972
Q
0.339863D-36
0.624533D+15
0.154831D-49
0.302344D+01
0.131389D+01
0.957443D+00
0.493620D+00
0.445052D+00
0.417570D+00
0.118779
0.119724
0.079286
-420.710697
-420.703370
-420.702426
-420.742864
CV
CAL/MOL-KELVIN
28.287
0.000
2.981
2.981
22.325
1.969
1.898
1.829
1.536
1.469
1.426
1.299
1.057
1.016
1.004
LOG10(Q)
-36.468696
14.795556
-49.810143
0.480501
0.118558
-0.018887
-0.306607
-0.351589
-0.379270
S
CAL/MOL-KELVIN
85.109
0.000
40.312
28.684
16.113
4.204
2.620
2.064
1.084
0.961
0.891
0.715
0.471
0.437
0.428
LN(Q)
-83.972275
34.068026
-114.692092
1.106395
0.272990
-0.043489
-0.705989
-0.809564
-0.873302
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
VIB (BOT) 7
VIB (BOT) 8
VIB (BOT) 9
VIB (BOT) 10
VIB (V=0)
VIB (V=0) 1
VIB (V=0) 2
VIB (V=0) 3
VIB (V=0) 4
VIB (V=0) 5
VIB (V=0) 6
VIB (V=0) 7
VIB (V=0) 8
VIB (V=0) 9
VIB (V=0) 10
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
0.350354D+00
0.257004D+00
0.243821D+00
0.240323D+00
0.284517D+02
0.356450D+01
0.190581D+01
0.158014D+01
0.120261D+01
0.116938D+01
0.115143D+01
0.111053D+01
0.106218D+01
0.105628D+01
0.105476D+01
0.100000D+01
0.529903D+08
0.414239D+06
-0.455493
-0.590060
-0.612930
-0.619204
1.454109
0.551999
0.280079
0.198695
0.080125
0.067956
0.061239
0.045531
0.026200
0.023779
0.023152
0.000000
7.724197
5.617251
-1.048810
-1.358664
-1.411323
-1.425770
3.348209
1.271025
0.644907
0.457512
0.184494
0.156475
0.141007
0.104838
0.060327
0.054754
0.053310
0.000000
17.785620
12.934198
------------------- Thermochemistry - (benzoato)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
121.02895 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -464.914151471.853741936.76782
X
1.00000
0.00000
0.00000
Y
0.00000
1.00000 -0.00002
Z
0.00000
0.00002
1.00000
WARNING-- ASSUMPTION OF CLASSICAL BEHAVIOR FOR ROTATION
MAY CAUSE SIGNIFICANT ERROR
0.18630
0.05885
0.04472
3.88188
1.22617
0.93183
61.39601 (Kcal/Mol)
WARNING-- EXPLICIT CONSIDERATION OF
8 DEGREES OF FREEDOM AS
134.58
242.85
305.92
493.61
599.50
(KELVIN)
636.82
692.20
874.95
938.40
967.35
1008.28 1124.87 1124.98 1202.29 1283.36
1365.72 1375.75 1398.24 1443.49 1485.17
1538.25 1624.82 1633.64 1823.64 1844.28
1848.03 2045.72 2092.70 2236.28 2255.57
2377.38 4306.05 4320.18 4353.72 4395.67
4396.72
E (Thermal)
0.104892
0.105836
0.066071
-420.155854
-420.148803
-420.147859
-420.187623
CV
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
TOTAL
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
VIBRATIONAL
VIBRATION 1
VIBRATION 2
VIBRATION 3
VIBRATION 4
VIBRATION 5
VIBRATION 6
VIBRATION 7
VIBRATION 8
TOTAL BOT
TOTAL V=0
VIB (BOT)
VIB (BOT) 1
VIB (BOT) 2
VIB (BOT) 3
VIB (BOT) 4
VIB (BOT) 5
VIB (BOT) 6
VIB (BOT) 7
VIB (BOT) 8
VIB (V=0)
VIB (V=0) 1
VIB (V=0) 2
VIB (V=0) 3
VIB (V=0) 4
VIB (V=0) 5
VIB (V=0) 6
VIB (V=0) 7
VIB (V=0) 8
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
KCAL/MOL
65.821
0.000
0.889
0.889
64.043
0.603
0.625
0.644
0.722
0.780
0.802
0.837
0.967
Q
0.406937D-30
0.410064D+15
0.188680D-43
0.219669D+01
0.119441D+01
0.933111D+00
0.540177D+00
0.422477D+00
0.389756D+00
0.347301D+00
0.243490D+00
0.190130D+02
0.275287D+01
0.179484D+01
0.155863D+01
0.123606D+01
0.115459D+01
0.113396D+01
0.110878D+01
0.105614D+01
0.100000D+01
0.523353D+08
0.412104D+06
CAL/MOL-KELVIN
27.060
0.000
2.981
2.981
21.098
1.954
1.881
1.822
1.589
1.434
1.377
1.292
1.015
LOG10(Q)
-30.390473
14.612851
-43.724274
0.341768
0.077155
-0.030067
-0.267464
-0.374197
-0.409207
-0.459294
-0.613518
1.279050
0.439786
0.254027
0.192743
0.092041
0.062427
0.054599
0.044847
0.023720
0.000000
7.718794
5.615007
CAL/MOL-KELVIN
83.692
0.000
40.287
28.674
14.731
3.585
2.449
2.021
1.198
0.903
0.818
0.707
0.436
LN(Q)
-69.976650
33.647334
-100.678862
0.786950
0.177655
-0.069231
-0.615859
-0.861621
-0.942234
-1.057563
-1.412678
2.945122
1.012644
0.584919
0.443807
0.211932
0.143744
0.125719
0.103264
0.054617
0.000000
17.773181
12.929031

+
PhCOO (g) + H (g) PhCOOH(g)
A partir de los resultados ofrecidos por Gaussian, bajo el modelo qumico B3LYP/6-31G*, luego de la minimizacin de la
estructura molecular bajo el modelo qumico BLYP/6-311G(3df,2p) y del empleo de la ec. (1b), es posible escribir, en este
quinto caso, para E298 :
(lnea 48)
(lnea 148)
T = 298.15K ;
entonces
E298 = 627.5095 x [ -420.703370 (-420.148803) ] (-1) x 0.888255 = -347.107806 (kcal/mol).
Como quinto caso de H298 se tendr entonces, a partir de la ec. (2b):

(lnea 49)
(lnea 149)
de donde
AP = H298 = 627.5095 x [ -420.702426 ( -420.147859) ] (-1) x 0.888255 = -347.107806 (kcal/mol).
entonces
E298 = H298 .

(lnea 50)
(lnea 150)
de donde
G298 = 627.5095 x [ -420.742864 (-420.187623) ] (-1) x 0.888255 = -347.530752 (kcal/mol)
experimental de -335.0 (kcal/mol) para G298(3), se traduce en una diferencia de slo 4.0%.
de donde
(lnea 47)
(lnea 147)
E0K = 627.5095 x [ -420.710697 (-420.155854) ] = -348.169254 (kcal/mol).
Ejemplo 4.6: Afinidad protnica y demas magnitudes termodinmicas para el caso de la anilina
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
V
------------------- Thermochemistry - (anilina)
------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
93.05785 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -323.58294 714.637211028.65246
X
.99982
.01882
.00000
Y
-.01882
.99982
.00000
Z
.00000
.00000
1.00000
.26767
.12120
.08420
5.57737
2.52539
1.75447
1 imaginary frequencies ignored.
68.06085 (Kcal/Mol)
290.78
527.25
568.43
655.60
720.34
(Kelvin)
852.61
956.25 1017.82 1080.63 1148.32
1154.99 1247.29 1320.69 1325.68 1349.43
1404.22 1470.46 1596.72 1604.46 1637.49
1640.63 1772.75 1809.44 1983.17 2045.55
2145.04 2174.91 2232.78 4245.10 4258.62
4272.52 4288.70 4300.82 4658.10 4741.45
Total
E (Thermal)
KCal/Mol
71.582
.114073
.115017
.079402
-287.457520
-287.451909
-287.450965
-287.486580
CV
Cal/Mol-Kelvin
22.731
S
Cal/Mol-Kelvin
74.959
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Vibration 1
Vibration 2
Vibration 3
Vibration 4
Vibration 5
Vibration 6
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (Bot) 1
Vib (Bot) 2
Vib (Bot) 3
Vib (Bot) 4
Vib (Bot) 5
Vib (Bot) 6
Vib (V=0)
Vib (V=0) 1
Vib (V=0) 2
Vib (V=0) 3
Vib (V=0) 4
Vib (V=0) 5
Vib (V=0) 6
Electronic
Translational
Rotational
.000
.889
.889
69.805
.639
.739
.762
.814
.856
.950
Q
.300458E-36
.232636E+14
.487733E-49
.985796E+00
.498002E+00
.452756E+00
.374607E+00
.328079E+00
.253894E+00
.377638E+01
.160535E+01
.120570E+01
.117453E+01
.112476E+01
.109803E+01
.106077E+01
.100000E+01
.352846E+08
.174589E+06
.000
2.981
2.981
16.769
1.837
1.541
1.481
1.348
1.249
1.048
Log10(Q)
-36.522217
13.366677
-49.311818
-.006213
-.302769
-.344135
-.426424
-.484021
-.595347
.577076
.205569
.081238
.069863
.051061
.040613
.025621
.000000
7.547585
5.242016
.000
39.504
26.967
8.489
2.114
1.095
.981
.779
.656
.463
Ln(Q)
-84.095512
30.777912
-113.544657
-.014306
-.697152
-.792401
-.981879
-1.114500
-1.370838
1.328767
.473340
.187056
.160867
.117573
.093515
.058994
.000000
17.378956
12.070189
------------------- Thermochemistry - (cation anilina)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
94.06567 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -332.90656 737.598541060.53363
X
1.00000
0.00018
0.00000
Y
-0.00018
1.00000
0.00000
Z
0.00000
0.00000
1.00000
0.26017
0.11743
0.08167
5.42116
2.44678
1.70173
76.92256 (Kcal/Mol)
WARNING-- EXPLICIT CONSIDERATION OF
7 DEGREES OF FREEDOM AS
70.96
289.22
468.18
553.73
622.21
(KELVIN)
698.25
845.25
938.09 1014.39 1032.06
1114.41 1246.97 1339.76 1346.78 1373.60
1390.13 1401.56 1434.12 1505.11 1531.57
1623.24 1629.21 1821.11 1846.01 2013.68
2020.77 2053.70 2157.47 2191.22 2230.05
2256.07 4273.39 4283.98 4307.11 4317.96
4328.94 4550.22 4629.29 4667.66
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
TOTAL
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
VIBRATIONAL
VIBRATION 1
VIBRATION 2
VIBRATION 3
VIBRATION 4
VIBRATION 5
VIBRATION 6
VIBRATION 7
TOTAL BOT
TOTAL V=0
VIB (BOT)
VIB (BOT) 1
VIB (BOT) 2
VIB (BOT) 3
VIB (BOT) 4
VIB (BOT) 5
VIB (BOT) 6
VIB (BOT) 7
VIB (V=0)
VIB (V=0) 1
VIB (V=0) 2
VIB (V=0) 3
VIB (V=0) 4
VIB (V=0) 5
VIB (V=0) 6
VIB (V=0) 7
ELECTRONIC
TRANSLATIONAL
ROTATIONAL
E (Thermal)
KCAL/MOL
81.030
0.000
0.889
0.889
79.253
0.595
0.638
0.710
0.754
0.793
0.841
0.945
Q
0.524344D-42
0.127032D+15
0.800435D-55
0.419196D+01
0.991551D+00
0.575812D+00
0.468188D+00
0.402131D+00
0.343049D+00
0.257440D+00
0.193921D+02
0.472168D+01
0.161048D+01
0.126260D+01
0.118498D+01
0.114165D+01
0.110637D+01
0.106238D+01
0.100000D+01
0.358597D+08
0.182677D+06
0.129130
0.130074
0.091921
-287.802510
-287.795963
-287.795019
-287.833173
CV
CAL/MOL-KELVIN
25.018
0.000
2.981
2.981
19.056
1.978
1.838
1.625
1.503
1.400
1.283
1.059
LOG10(Q)
-42.280384
14.103915
-55.096674
0.622417
-0.003685
-0.239720
-0.329580
-0.395633
-0.464643
-0.589324
1.287625
0.674096
0.206956
0.101266
0.073712
0.057531
0.043900
0.026281
0.000000
7.554607
5.261683
S
CAL/MOL-KELVIN
80.301
0.000
39.536
27.057
13.708
4.845
2.124
1.283
1.020
0.851
0.696
0.472
LN(Q)
-97.354181
32.475464
-126.864780
1.433169
-0.008484
-0.551975
-0.758886
-0.910978
-1.069881
-1.356969
2.964866
1.552164
0.476535
0.233173
0.169727
0.132471
0.101083
0.060515
0.000000
17.395126
12.115472

+
+
PhNH2 (g) + H (g) PhNH3 (g)
posible escribir, en este sexto caso, para E298 :
(lnea 136)
(lnea 49)
T = 298.15K ;
entonces
E298 = 627.5095 x [ -287.795963 (-287.451909) ] (-1) x 0.888255 = -215.008899 (kcal/mol).
Como sexto caso de H298 se tendr entonces, a partir de la ec. (2b):

(lnea 137)
(lnea 50)
de donde
AP = H298 = 627.5095 x [ -287.795019 ( -287.450965) ] (-1) x 0.888255 = -215.008899 (kcal/mol),
entonces
E298 = H298 .

de donde
(lnea 138)
(lnea 51)
G298 = 627.5095 x [ -287.833173 (-287.486580) ] (-1) x 0.888255 = -216.602145 (kcal/mol)
experimental de -203.0 (kcal/mol) para G298(3), se traduce en una diferencia del 7.0%.
de donde
(lnea 135)
(lnea 48)
(hartree/molcula)
E0K = 627.5095 x [ -287.802510 (-287.457520) ] = -216.484502 (kcal/mol).
Ejemplo 4.7: Basicidad de la guanidina en solucin acuosa

Para el estudio de la basicidad de la guanidina se considera la siguiente reaccin qumica en medio acuoso(2)
(H2 N)2 CNH(aq) + NH4 +(aq) (H2 N)2 CNH2 +(aq) + NH3 (aq)
Se muestran las partes de inters de las salidas entregada por gaussian durante la realizacin de los clculos para los
anlisis termoqumicos.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
V
------------------- Thermochemistry - (guanidina acuasa)
------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
59.04835 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -173.75559 179.82568 348.77495
X
.90804
-.41793
.02814
Y
.41804
.90843
.00242
Z
-.02657
.00957
.99960
.49848
.48165
.24834
10.38667
10.03606
5.17451
47.62121 (Kcal/Mol)
567.62
643.84
706.52
784.54
861.21
(Kelvin)
976.27 1107.16 1191.13 1335.44 1598.07
1670.37 1741.24 2087.79 2364.47 2389.84
2485.16 4932.20 5042.43 5049.19 5192.19
5201.10
.080288
.081232
.049598
-205.299109
-205.294710
-205.293766
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Vibration 1
Vibration 2
Vibration 3
Vibration 4
Vibration 5
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (Bot) 1
Vib (Bot) 2
Vib (Bot) 3
Vib (Bot) 4
Vib (Bot) 5
Vib (V=0)
Vib (V=0) 1
Vib (V=0) 2
Vib (V=0) 3
Vib (V=0) 4
Vib (V=0) 5
Electronic
Translational
Rotational
E (Thermal)
KCal/Mol
50.381
.000
.889
.889
48.604
.761
.807
.847
.900
.957
Q
.153715E-22
.123956E+13
.230641E-34
.453596E+00
.383997E+00
.337340E+00
.289099E+00
.249824E+00
.185988E+01
.117509E+01
.113044E+01
.110316E+01
.107756E+01
.105894E+01
.100000E+01
.178347E+08
.373692E+05
-205.325400
CV
Cal/Mol-Kelvin
15.817
.000
2.981
2.981
9.855
1.482
1.366
1.270
1.150
1.035
Log10(Q)
-22.813282
12.093266
-34.637063
-.343331
-.415673
-.471933
-.538953
-.602365
.269485
.070072
.053247
.042637
.032442
.024871
.000000
7.251267
4.572514
S
Cal/Mol-Kelvin
66.580
.000
38.148
23.903
4.529
.983
.803
.681
.554
.452
Ln(Q)
-52.529524
27.845774
-79.754786
-.790549
-.957121
-1.086665
-1.240985
-1.386997
.620512
.161346
.122606
.098176
.074702
.057267
.000000
16.696659
10.528603
------------------- Thermochemistry - (cation guanidina acuasa)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
60.05617 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -181.34534 181.47240 361.28069
X
.99967
.02577
.00029
Y
-.02577
.99967
-.00012
Z
-.00029
.00012
1.00000
.47762
.47728
.23974
9.95196
9.94499
4.99540
54.38903 (Kcal/Mol)
361.54
380.42
433.56
481.02
647.26
(Kelvin)
654.61
833.53
846.07 1021.25 1457.47
1550.67 1600.65 1616.90 2276.89 2279.15
2409.61 2414.59 2416.66 5046.59 5074.38
5148.44 5225.30 5278.67 5283.95
.092349
.093293
.059404
-205.775485
-205.769810
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189

Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Vibration 1
Vibration 2
Vibration 3
Vibration 4
Vibration 5
Vibration 6
Vibration 7
Vibration 8
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (Bot) 1
Vib (Bot) 2
Vib (Bot) 3
Vib (Bot) 4
Vib (Bot) 5
Vib (Bot) 6
Vib (Bot) 7
Vib (Bot) 8
Vib (V=0)
Vib (V=0) 1
Vib (V=0) 2
Vib (V=0) 3
Vib (V=0) 4
Vib (V=0) 5
Vib (V=0) 6
Vib (V=0) 7
Vib (V=0) 8
Electronic
Translational
Rotational
E (Thermal)
KCal/Mol
57.950
.000
.889
.889
56.172
.663
.671
.693
.716
.809
.813
.936
.945
Q
.474309E-27
.349504E+13
.664267E-39
.776239E+00
.732989E+00
.630622E+00
.557374E+00
.381235E+00
.375390E+00
.263205E+00
.257041E+00
.489478E+01
.142333E+01
.138728E+01
.130479E+01
.124878E+01
.112876E+01
.112523E+01
.106505E+01
.106220E+01
.100000E+01
.182933E+08
.390326E+05
-205.768866
-205.802755
CV
Cal/Mol-Kelvin
19.817
.000
2.981
2.981
13.855
1.761
1.738
1.671
1.607
1.361
1.350
1.076
1.057
Log10(Q)
-27.323938
12.543452
-39.177657
-.110005
-.134902
-.200231
-.253853
-.418807
-.425517
-.579707
-.589997
.689733
.153307
.142165
.115540
.096485
.052602
.051243
.027368
.026207
.000000
7.262292
4.591427
S
Cal/Mol-Kelvin
71.326
.000
38.198
23.990
9.137
1.722
1.632
1.409
1.239
.796
.781
.487
.471
Ln(Q)
-62.915693
28.882366
-90.209890
-.253295
-.310624
-.461048
-.584518
-.964339
-.979789
-1.334824
-1.358518
1.588169
.353002
.327348
.266041
.222164
.121120
.117991
.063018
.060343
.000000
16.722044
10.572152
==================================================================================
------------------- Thermochemistry - (amoniaco acuoso)
------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
17.02655 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -6.26291
6.26291
9.49482
X
.72821
.68536
.00000
Y
-.68536
.72821
.00000
Z
.00000
.00000
1.00000
This molecule is an oblate symmetric top.
13.82965
13.82965
9.12221
288.16356
288.16356
190.07631
21.47956 (Kcal/Mol)
1725.28 2464.87 2464.87 4872.59 5045.11
(Kelvin)
5045.12
.037083
.038027
.016174
-56.519580
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258

Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (V=0)
Electronic
Translational
Rotational
E (Thermal)
KCal/Mol
23.270
.000
.889
.889
21.493
Q
.363363E-07
.201812E+09
.180697E-15
.100359E+01
.100000E+01
.276150E+07
.728190E+02
-56.516726
-56.515782
-56.537635
CV
Cal/Mol-Kelvin
6.237
.000
2.981
2.981
.275
Log10(Q)
-7.439659
8.304947
-15.743048
.001558
.000000
6.441145
1.862244
S
Cal/Mol-Kelvin
45.994
.000
34.441
11.502
.051
Ln(Q)
-17.130448
19.122848
-36.249709
.003587
.000000
14.831285
4.287976
------------------- Thermochemistry - (amonio acuoso)

------------------Temperature
1.00000 Atm.
1.00783
1.00783
1.00783
1.00783
Molecular mass:
18.03437 amu.
1
2
3
EIGENVALUES -10.21016 10.21057 10.21160
X
1.00000
.00000
.00000
Y
.00000
1.00000
-.00001
Z
.00000
.00001
1.00000
8.48310
8.48276
8.48191
176.75938
176.75232
176.73444
31.00117 (Kcal/Mol)
2154.95 2155.63 2155.97 2485.55 2486.25
(Kelvin)
4796.41 4987.70 4988.37 4989.92
Total
Electronic
Translational
Rotational
Vibrational
Total Bot
Total V=0
Vib (Bot)
Vib (V=0)
Electronic
Translational
Rotational
E (Thermal)
KCal/Mol
32.790
.000
.889
.889
31.013
Q
.210478E-13
.111479E+10
.189307E-22
.100266E+01
.100000E+01
.301028E+07
.369347E+03
.052255
.053199
.029734
-56.973028
-56.970177
-56.969233
-56.992697
CV
Cal/Mol-Kelvin
6.254
.000
2.981
2.981
.292
Log10(Q)
-13.676792
9.047194
-22.722833
.001153
.000000
6.478607
2.567434
S
Cal/Mol-Kelvin
49.385
.000
34.612
14.729
.044
Ln(Q)
-31.491978
20.831934
-52.321258
.002654
.000000
14.917543
5.911736
posible escribir, en este sptimo caso, para E298 :
en este caso se encuentra que m = 0;

C p (Sum of electronic and thermal Energies)p = -205.769810 + (-56.516726)
= -262.286536 (hartree/molcula)
C r (Sum of electronic and thermal Energies)r = -205.294710 + (-56.970177)
= -262.264887
entonces
(hartree/molcula)
(lneas 115 y 190)

(lneas 40 y 240)
E298 = 627.5095 x [ -262.286536 (-262.264887) ] = -13.584953 (kcal/mol).
Como sptimo caso de H298 se tendr entonces, a partir de la ec. (2b):

= -262.262999
(hartree/molcula)
de donde
H298 = 627.5095 x [ -262.284648 ( -262.262999) ] = -13.584953 (kcal/mol).
entonces
E298 = H298 .
(lneas 116 y 191)

(lneas 41 y 241)

= -262.318097
de donde
(hartree/molcula)
(lneas 117 y 192)

(lneas 42 y 242)
G298 = 627.5095 x [ -262.340390 (-262.318097) ] = -13.989069 (kcal/mol)
una vez ms, correspondiente a una reaccin espontnea desde el punto de vista termodinmico. Se observa entonces que
la guanidina es ms bsica que el amonaco. Ahora bien, el valor experimental de -12.0 (kcal/mol) para G298(2), se traduce
en una diferencia en 17.0%. Se nota adicionalmente, que el valor reportado por B. Amekraz et al.(2), al emplearse el modelo
BLYP/6-311G(3df,2p), luego de una minimizacin segn el modelo B3LYP/6-31G*, es de -13.4 (kcal/mol), lo cual representa
una diferencia de slo 5% respecto el valor resultante de los clculos contenidos en estas notas.
La constante de equilibrio de una reaccin qumica a la temperatura T es calculable con el uso de la ecuacin siguiente:
KT = exp( -GT / RT )
de donde su pKT es dado por la ecuacin:
pKT = (1 / Ln 10) x (GT / RT )
lo cual, para la reaccin de basicidad en el caso de la guanidina a temperatura ambiente, permite escribir:
pK298 = (1 / Ln 10) x ( -13.989069 / 0.59217 ) = 10.259512 (unidades de pK)
ello representa una diferencia de 15.0% respecto al valor experimental de 8.9 (unidades de pK) (2). La guanidina es
definitivamente ms bsica que el amonaco ya que el valor del pK298 para ste ltimo, es de 9.24 (unidades de pK) puesto
que su cido conjugado se encuentra estabilizado por resonancia (vase Fig. 1.1).
C p (Sum of electronic and zero-point Energies)p = -205.775485 + (-56.519580)
C r (Sum of electronic and zero-point Energies)r = -205.299109 + (-56.973028)
de donde
E0K = 627.5095 x [ -262.295065 (-262.272137) ] = -14.387538 (kcal/mol).
Es importante sealar que los errores encontrados pudieron haber sido menores.
____________
(1)
Artculo recomendado, accesible a travs de la pgina web www.gaussian.con:

J. W.Ochterski, Thermochemistry in Gaussian, 2000, April 19, Gaussian, Inc.
(2)
B. Amekraz, J. Tortajada, J. -P. Morizur, A. I. Gonzlez, O. Yes M, I. Leito, P.-C. Maria, J.-F. Gal,
(lneas 114 y 189)

(lneas 39 y 239)
New J. Chem. 20, 1011 (1996)

(3)
Physical Organic Chemistry, Neil S. Isaacs, Longman Scientific & Technical, 1987, p. 227
(4)
Artculo recomendado, accesible a travs de la pgina web www.gaussian.con:

J. W.Ochterski, Visualizing Results when GaussView and Gaussian are Installed on
Different Machines, 2000, June 21, Gaussian, Inc.
1.5. Tres casos ilustrativos de ejemplo

A. Mtodo ab initio tipo DFT para con el benceno: despliegues grficos 3D
Se presenta el caso del benceno a manera de demostrar el uso de los clculos computacionales para el estudio de ciertas
propiedades moleculares. Para realizar el clculo, se solicitan dos procesadores y cien megabytes de memoria. Se trata de
un clculo bajo la teora del funcional de la densidad electrnica (DFT), con el empleo en particular del funcional B3LYP y la
base extendida 6-31G(d,p), el cual involucra una optimizacin de geometra molecular. Las instrucciones en el archivo .com
de entrada de datos para gaussian, solicitan almacenar los resultados del clculo en este caso, en un archivo .chk. Los
comandos --Link1-- encadenan la secuencia de tareas (I, II, III, IV) que gaussian ha de realizar. Como parte de las tareas, se
encuentran la elaboracin de cubos de datos para realizar despliegues grficos 3D con el programa GaussView. Luego de
especificar que se trata de una especie neutra en su estado singlete fundamental, se especifican las coordenadas nucleares
con el formato de una matriz-Z de coordenadas relativas internas. El archivo de entrada para gaussian benceno.com presenta
la siguiente forma:
V
%chk=benceno.chk
%nproc=2
%mem=100Mb
# B3LYP/6-31G(d,p) opt
benzene
I
Single Point DFT energy and minimization.
II Electron density cube.
III Electrostatic potential cube.
IV Wave functions for the Bader's AIM theory.
0
C
C
C
C
C
C
H
H
H
H
H
H
1
1
2
3
4
1
1
2
3
4
5
6
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
B9
B10
B11
A1
A2
A3
A4
A5
A6
A7
A8
1.395160
1.394712
1.395427
1.394825
1.394829
1.099610
1.099655
1.099680
1.099680
1.099761
1.099604
120.008632
119.994165
119.993992
119.998457
119.997223
119.980770
120.012795
119.981142
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
B9
B10
B11
1
2
3
2
2
1
2
3
4
1
A1
A2
A3
A4
A5
A6
A7
A8
A9
A10
1
2
3
3
6
1
2
3
2
D1
D2
D3
D4
D5
D6
D7
D8
D9
A9
A10
D1
D2
D3
D4
D5
D6
D7
D8
D9
120.011343
120.007997
-0.056843
0.034114
0.032348
-179.972926
179.953248
179.961852
-179.996436
-179.999514
179.989175
--Link1-%Chk=benceno.chk
#P B3LYP/6-31G(d,p) Geom=AllCheck Guess=Read Cube=(Density) GFInput Test
bencenoDFT_Den.cub
#P B3LYP/6-31G(d,p) Geom=AllCheck Guess=Read Cube=(Potential) GFInput Test
bencenoDFT_Pot.cub
#T B3LYP/6-31G(d,p) Geom=AllCheck Guess=Read DENSITY=ALL OUTPUT=WFN Test
bencenoDFT.wfn
---
Al finalizar el clculo, iniciado con el comando

g09 benceno.com
se cuenta con los archivos benceno.log, benceno.chk, bencenoDFT_Den.cub, bencenoDFT_Pot.cub y bencenoDFT.wfn. Los
nombres de estos archivos han sido elegidos libremente por el usuario. En el primero benceno.log se almacenan los
resultados del clculo. En el segundo benceno.chk, bajo formato binario, se los almacena para la posible realizacin posterior
de clculos adicionales. Los cubos bencenoDFT_Den.cub y bencenoDFT_Pot.cub almacenan los datos correspondientes a la
densidad electrnica y potencial electrosttico moleculares respectivamente. El ltimo archivo bencenoDFT.wfn almacena las
energas de los orbitales moleculares, los coeficientes de mezcla y exponentes de las funciones tipo gaussiano, empleadas
para representar la parte radial de la funcin de onda que ha resultado como solucin para el caso del benceno. Luego de la
finalizacin de los clculos se puede proceder a los despliegues grficos. Estos se realizaron con el uso de la aplicacin
GaussView. En la figuras 1.2, 1.3 y 1.4 se presentan representaciones de ciertos despliegues 3D que son de uso comn
luego de la terminacin de los clculos en qumica computacional.
La figura (1.2.a) muestra la isosuperficie para la densidad electrnica del benceno al isovalor 0,002 e/bohr3. Esta superficie
es la envolvente de la molcula, la cual define prcticamente su tamao. El volumen calculado es el efectivo molecular, que
resulta equivalente al definido inicialmente segn los modelos de relleno con esferas CPK de radio van der Walls. La figura
(1.2.b) muestra la situacin anterior pero con el empleo de una isosuperficie translcida. Se puede apreciar el modelo
molecular con el formato bola-tipo de enlace. La figura (1.2.c) muestra ciertas curvas de nivel para la densidad electrnica del
benceno mostrada con la figuras a y b. Los valores mayores se encuentran en las inmediaciones del anillo aromtico. La
figura (1.2.d) muestra la llamada Isosuperficie de la densidad de enlaces, que corrientemente se grafica al isovalor de 0,1 e/
3
bohr . Ella es til en determinar cualitativamente si existen enlaces qumicos entre pares de tomos. En este caso se observa
que todos los enlaces qumicos esperados en la molcula de benceno, se encuentran efectivamente localizados formando el
anillo de seis tomos de carbono y en las regiones entre stos y los tomos de hidrgeno.
a) Isosuperficie de densidad electrnica al valor 0,002 e/bohr
c) Curvas de nivel de la densidad electrnica a los valores

0,001; 0,002; 0,004; 0,008; 0,02; 0,04; 0,08; 0,2; 0,4; 0,8 e/bohr3
b) Modelo y superficie transparente de isodensidad
d) Isosuperficie de la densidad de enlaces al valor

0,1 e/bohr3
Figura 1.2._ Despliegues 3D relativos a la densidad electrnica, tiles en el estudio de la estructura y propiedades
moleculares: caso del benceno
La figura (1.3.a) muestra el mapa del potencial electosttico sobre la envolvente molecular que ha sido definida a partir de la
densidad electrnica del benceno (figuras a y b). El potencial electrosttico es aquel que siente una partcula de prueba, de
carga positiva unidad (e=1,6021892x10-19 C) cuando se acerca al sistema molecular. Valores negativos (hacia el rojo)
indican interaccin atractiva con la partcula positiva de prueba y los positivos (hacia el azul), interaccin repulsiva que
aumenta la energa potencial. Se aprecian las regiones de potencial electrosttico negativo asociadas a las concentraciones
de densidad electrnica en las nubes y las regiones del potencial electrosttico positivo asociadas con la periferia de
tomos de hidrgeno en los enlaces C-H alrededor del anillo. Las regiones en verde son aquellas en donde la partcula de
prueba, no experimenta fuerzas sobre ella. La figura (1.3.b) muestra la situacin anterior pero nuevamente con el empleo de
una isosuperficie translcida. La figura (1.3.c) muestra las isosuperficies para el potencial electrosttico en el benceno,
representado con un modelo de tubos. Las superficies dorada y violeta corresponden a los isovalores -0,015 u.a. y +0,015
u.a. respectivamente. Las regiones espaciales encerradas por estas envolventes (dorada y violeta) contienen puntos
susceptibles a ataques electroflicos y nucleoflicos respectivamente.
a) Mapa del potencial electrosttico sobre la isodensidad al valor

0,002 e/bohr3. El intervalo de potencial es ( -0,03, +0,03) u.a.
b) Modelo y superficie transparente para el mapa
c) Isosuperficies del potencial electrosttico a los valores de -0,015 u.a. (dorado) y +0,015 u.a. (violeta)
Figura 1.3._ Despliegues 3D relativos al potencial electrosttico, tiles en el estudio de los efectos del ambiente
qumico: caso del benceno
La figura (1.4.a) muestra, en su rea superior al orbital frontera HOMO y debajo de ste, al orbital frontera LUMO. El isovalor
3
seleccionado de 0,02 e/bohr es el que se usa convencionalmente para representar orbitales moleculares. Finalmente, la
figura (1.4.b) muestra los despliegues de los mapas de densidad HOMO y LUMO sobre la envolvente molecular de la figura a.
Las regiones en azul son aquellas en donde es ms probable acceder al espacio definido dentro del orbital en cuestin. As,
las regiones en donde se encuentran los electrones ms energticos de la molcula estarn sealadas por las zonas en azul
del mapa superior del cuadrado del orbital HOMO sobre la envolvente molecular. Estas son regiones susceptibles a ataques
electroflicos. Analogamente, las regiones posibles de ocupar por electrones provenientes de ataques nucleoflicos, se
encuentran indicadas por las zonas azules del mapa inferior correspondiente al orbital LUMO.
a) Isosuperficies de los orbitales moleculars HOMO (arriba) y

3
LUMO (abajo), al valor 0,02 e/bohr
b) Mapas del valor absoluto al cuadrado, para los

orbitales HOMO (arriba) y LUMO (abajo) sobre
3
la isodensidad electrnica al valor 0,002 e/bohr .
El intervalo de valores para el OM LUMO es
( -0,01, +0,01) e/bohr3
Figura 1.4._ Despliegues 3D relativos a los orbitales de frontera HOMO y LUMO, tiles en entender la reactividad
qumica: caso del benceno
B. Mtodo ab initio tipo DFT para con el agua: anlisis poblacional

Se presenta como segundo caso el del agua. Nuevamente, para realizar el clculo, se solicitan dos procesadores y cien
megabytes de memoria. Se trata de otro clculo bajo la teora del funcional de la densidad electrnica (DFT), con el empleo
en particular del funcional B3LYP y la base (no extendida) 6-31G. Las instrucciones en el archivo .com de entrada de datos
para gaussian, solicitan almacenar los resultados del clculo en este caso, en un archivo .chk. De nuevo, los comandos -Link1-- encadenan la secuencia de tareas (I, II, III, IV) que gaussian ha de realizar. Se encuentra la elaboracin de cubos de
datos para realizar despliegues grficos 3D con el programa GaussView. Luego de especificar que se trata de una especie
neutra en su estado singlete fundamental. Se especifican las coordenadas nucleares con el formato de coordenadas
cartesians, en unidades de angstroms y se solicita el estudio poblacional en los llamados orbitales naturales con el comando
pop=nbo. En este caso, el archivo agua.com de entrada para gaussian, presenta la siguiente forma:
V
%chk=agua.chk
%nproc=2
%mem=100Mb
# b3lyp/6-31g geom=connectivity pop=nbo
water
I
Single
II Single
III Single
IV Single
Point
point
point
point
energy and
energy and
energy and
DFT energy
population analysis.
electron density cube.
electrostatic potential cube.
and wave functions for the Bader's AIM theory.
0 1
O
H
H
0.49875312
1.45875312
0.17829853
0.98503739
0.98503739
1.88997322
0.00000000
0.00000000
0.00000000
1 2 1.0 3 1.0
2
3
--Link1-%Chk=agua.chk
%nproc=2
%mem=100Mb
#P B3LYP/6-31G(d,p) Geom=AllCheck Guess=Read Cube=(Density) GFInput Test
aguaDFT_Den.cube
%nproc=2
%mem=100Mb
#P B3LYP/6-31G(d,p) Geom=AllCheck Guess=Read Cube=(Potential) GFInput Test
aguaDFT_Pot.cube
%nproc=2
%mem=100Mb
#T B3LYP/6-31G(d,p) Geom=AllCheck Guess=Read DENSITY=ALL OUTPUT=WFN Test
aguaDFT.wfn
---
Figura 1.5._ Mapa del potencial electrosttico de la molcula de agua, sobre su superficie de isodensidad electrnica
al valor 0,002 e/bohr3. El intervalo considerado para el potencial electrosttico es [ -0,07 (rojo), +0,07 (azul)] u.a. La
realizacin de este despliegue 3D ha sido posible con el empleo de la aplicacin GaussView y los cubos de
potencial electerosttico (aguaDFT_Pot.cube) y densidad electrnica (aguaDFT_Den.cube), obtenidos en la completacin
de la segunda y tercera tereas encomendadas a Gaussian para este caso del agua

g09 agua.com
se cuenta ahora con los archivos agua.log, agua.chk, aguaDFT_Den.cube, aguaDFT_Pot.cube y aguaDFT.wfn. Los nombres de
estos archivos han sido elegidos libremente por el usuario. En el primero agua.log se almacenan los resultados de las
diferentes tareas realizadas en el clculo. A partir de la segunda tarea, su inicio se indica con el comendo --Link1--. En el
segundo agua.chk, en formato binario, se almacenan los resultados para la posible realizacin posterior de clculos
adicionales. En los cubos aguaDFT_Den.cube y aguaDFT_Pot.cube se registran los datos correspondientes a la densidad
electrnica y potencial electrosttico moleculares respectivamente. El ltimo archivo aguaDFT.wfn registra las energas de los
orbitales moleculares, los coeficientes de mezcla y exponentes de las funciones, tipo gaussiano, empleadas para representar
la parte radial de la funcin de onda que ha resultado como solucin para el caso del agua.
La parte del listado del archivo de salida agua.log, que reporta slo los resultados de la primera tarea (I Single Point energy
population analysis.) encomendada a Gaussian (especificada antes del primer comando --Link1--,) se muestra a
continuacin bajo estas lneas. Desde la lnea 102 a la lnea 105 inclusive, se encuentran los datos suministrados por el
usuario de Guassian acerca de la estructura del agua. En la lnea 102 se encuentran la carga neta de la especie qumica y su
multiplicidad de espn. Se observa que es una especie neutra en su estado singlete fundamental. Seguidamente, en las
lneas 103 a 115, se encuentran las coordenadas cartesianas (expresadas en angstroms) y los nmeros atmicos de los
tomos que conforman la especie qumica. En las lneas 173 y 174 se presentan la energa resultante para la molcula de
agua en su estado fundamental (-76.3856886595 A.U) expresada en hartrees(*) y su resultado de acuerdo con el teorema del
virial (-V/T= 2.0043). La componentes del momento dipolar, expresado en debyes, se encuentran en la lnea 207. Las
componentes del cuadrupolo, octupolo y hexadecapolo se encuentran en las lneas 209, 215 y 219; expresados en
debye.angstrom, debye.angstrom2 y debye.angstrom3 respectivamente. En la lnea 223 se encuentran las contribuciones a la
energa total molecular, debidas a la interaccin ncleo-ncleo (N-N= 9.157115984281D+00), la interaccin ncleo-electrn (EN= -1.990738836455D+02) y la energa cintica electrnica (KE= 7.605490106978D+01) tambin expresadas en hartrees.
El anlisis poblacional solicitado, inicia en la lnea 228 en donde podemos apreciar el estudio detallado de las configuracin
electrnica. La tabla en la lnea 262 presenta las cargas atmicas (columna Charge), las poblaciones electrnicas debajo de la
capa de valencia (columna Core), las mismas en la capa de valencia (columna Valence) y por encima de sta (columna
Rydberg).
El estudio en la tarea I finaliza con el reporte en la lnea 348 que seala nuevamente la energa total para el sistema
molecular estudiado (HF=-76.3856887; lnea 354), incluye la cita de un cientfico o filsofo reconocido (lnea 359), datos
estadsticos de la ejecucin para la tarea en cuestin (lneas 366 y 367) y la confirmacin de terminacin satisfactoria del
trabajo realizado (lnea 368).
____________
(*)
La energa de una unidad hartree es igual al valor absoluto de la energa potencial electrnica del tomo de
hidrgeno en su estado fundamental. Este valor es exactamente el doble del valor absoluto de la energa
de enlace del electrn en el estado fundamental del tomo de hidrgeno. Sus equivalencias son:
1 hartree = 4,359 744 17 (75)1018 J
= 2625,5 kJ/mol
= 27,211 3845 (23) eV
= 2 Ry
= 627,509 391 kcal/mol
las incertidumbres van en parntesis.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
V
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=agua2.com
Output=agua2.log
Initial command:
/Applications/g09/l1.exe /gausscr/Gau-43709.inp -scrdir=/gausscr/
Entering Link 1 = /Applications/g09/l1.exe PID=
43711.
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009, Gaussian, Inc.
All Rights Reserved.
This is part of the Gaussian(R) 09 program. It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
(Wikipedia)
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30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
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45
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47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
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70
71
72
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75
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77
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79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,

Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
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competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
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computational chemistry and represents and warrants to the
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Cite this work as:

Gaussian 09, Revision A.02,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
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K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
******************************************
Gaussian 09: EM64M-G09RevA.02 11-Jun-2009
30-Sep-2010
******************************************
%chk=agua2.chk
%nproc=2
Will use up to
2 processors via shared memory.
%mem=100Mb
--------------------------------------# b3lyp/6-31g geom=connectivity pop=nbo
--------------------------------------1/38=1,57=2/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
93
94
95
96
97
98
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100
101
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161
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163
164
165
166
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1,7;
99/5=1,9=1/99;
----------------------------------------------------------------------water I Single Point energy population analysis. II Single point energy
and electron density cube. III Single point energy and electrostatic
potential cube. IV Single point DFT energy and wave functions for the
Bader's AIM theory.
----------------------------------------------------------------------Symbolic Z-matrix:
Charge = 0 Multiplicity = 1
O
0.49875
0.98504
0.
H
1.45875
0.98504
0.
H
0.1783
1.88997
0.
Input orientation:
--------------------------------------------------------------------Center
Atomic
Atomic
Coordinates (Angstroms)
Number
Number
Type
X
Y
Z
--------------------------------------------------------------------1
8
0
0.498753
0.985037
0.000000
2
1
0
1.458753
0.985037
0.000000
3
1
0
0.178299
1.889973
0.000000
--------------------------------------------------------------------Distance matrix (angstroms):
1
2
3
1 O
0.000000
2 H
0.960000
0.000000
3 H
0.960000
1.567952
0.000000
Stoichiometry
H2O
Framework group C2V[C2(O),SGV(H2)]
Deg. of freedom
2
Full point group
C2V
NOp
4
Largest Abelian subgroup
C2V
NOp
4
Largest concise Abelian subgroup C2
NOp
2
Standard orientation:
--------------------------------------------------------------------Center
Atomic
Atomic
Coordinates (Angstroms)
Number
Number
Type
X
Y
Z
--------------------------------------------------------------------1
8
0
0.000000
0.000000
0.110812
2
1
0
0.000000
0.783976
-0.443248
3
1
0
0.000000
-0.783976
-0.443248
--------------------------------------------------------------------Rotational constants (GHZ):
919.6759643
407.9403261
282.5913749
Standard basis: 6-31G (6D, 7F)
There are
7 symmetry adapted basis functions of A1 symmetry.
There are
0 symmetry adapted basis functions of A2 symmetry.
There are
2 symmetry adapted basis functions of B1 symmetry.
There are
4 symmetry adapted basis functions of B2 symmetry.
Integral buffers will be
131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
13 basis functions,
30 primitive gaussians,
13 cartesian basis functions
5 alpha electrons
5 beta electrons
nuclear repulsion energy
9.1571159843 Hartrees.
NAtoms=
3 NActive=
3 NUniq=
2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM=
80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=
13 RedAO= T NBF=
7
0
2
4
NBsUse=
13 1.00D-06 NBFU=
7
0
2
4
Harris functional with IExCor= 402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 5.48D+03 ExpMxC= 8.25D+02 IAcc=1 IRadAn=
1 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=
1 IDoV= 1
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=
0 FMFlag=
100000 FMFlg1=
0
NFxFlg=
0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl=
500 IOpCl= 0
NMat0=
1 NMatS0=
1 NMatT0=
0 NMatD0=
1 NMtDS0=
0 NMtDT0=
0
I1Cent=
4 NGrid=
0.
Petite list used in FoFCou.
Initial guess orbital symmetries:
Occupied (A1) (A1) (B2) (A1) (B1)
Virtual
(A1) (B2) (A1) (B1) (B2) (A1) (B2) (A1)
The electronic state of the initial guess is 1-A1.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
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180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
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217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.

Requested convergence on
energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 ints in memory in canonical form, NReq=906044.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved. Increase integral accuracy.
SCF Done: E(RB3LYP) = -76.3856886595
A.U. after
9 cycles
Convg =
0.1625D-08
-V/T = 2.0043
**********************************************************************
Population analysis using the SCF density.
**********************************************************************
Orbital symmetries:
Occupied (A1) (A1) (B2) (A1) (B1)
Virtual
(A1) (B2) (B2) (A1) (B1) (A1) (B2) (A1)
The electronic state is 1-A1.
Alpha occ. eigenvalues -- -19.12992 -1.01216 -0.53763 -0.34656 -0.29013
Alpha virt. eigenvalues -0.05764
0.14830
0.83618
0.86463
0.89080
Alpha virt. eigenvalues -0.94094
1.07490
1.40744
Condensed to atoms (all electrons):
1
2
3
1 O
8.225259
0.247498
0.247498
2 H
0.247498
0.426374 -0.034000
3 H
0.247498 -0.034000
0.426374
Mulliken atomic charges:
1
1 O
-0.720255
2 H
0.360128
3 H
0.360128
Sum of Mulliken atomic charges =
0.00000
Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:
1
1 O
0.000000
Sum of Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms =
0.00000
Electronic spatial extent (au): <R**2>=
19.1666
Charge=
0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
X=
0.0000
Y=
0.0000
Z=
-2.3852 Tot=
Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
XX=
-7.1686
YY=
-4.0847
ZZ=
-6.2630
XY=
0.0000
XZ=
0.0000
YZ=
0.0000
Traceless Quadrupole moment (field-independent basis, Debye-Ang):
XX=
-1.3299
YY=
1.7540
ZZ=
-0.4242
XY=
0.0000
XZ=
0.0000
YZ=
0.0000
Octapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**2):
XXX=
0.0000 YYY=
0.0000 ZZZ=
-1.2916 XYY=
XXY=
0.0000 XXZ=
-0.3770 XZZ=
0.0000 YZZ=
YYZ=
-1.1519 XYZ=
0.0000
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX=
-5.1591 YYYY=
-5.9064 ZZZZ=
-6.2011 XXXY=
XXXZ=
0.0000 YYYX=
0.0000 YYYZ=
0.0000 ZZZX=
ZZZY=
0.0000 XXYY=
-2.0940 XXZZ=
-1.9299 YYZZ=
XXYZ=
0.0000 YYXZ=
0.0000 ZZXY=
0.0000
N-N= 9.157115984281D+00 E-N=-1.990738836455D+02 KE= 7.605490106978D+01
Symmetry A1
KE= 6.791059922535D+01
Symmetry A2
KE= 0.000000000000D+00
Symmetry B1
KE= 4.602469103678D+00
Symmetry B2
KE= 3.541832740748D+00
******************************Gaussian NBO Version 3.1******************************
N A T U R A L
A T O M I C
O R B I T A L
A N D
N A T U R A L
B O N D
O R B I T A L
A N A L Y S I S
******************************Gaussian NBO Version 3.1******************************
/RESON / : Allow strongly delocalized NBO set
Analyzing the SCF density
Job title: agua I Single Point energy and minimization. II Single point ene
Storage needed:
613 in NPA,
733 in NBO (
13107137 available)
2.3852
0.0000
0.0000
0.0000
0.0000
-1.7879
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
NATURAL POPULATIONS:
Natural atomic orbital occupancies
NAO Atom No lang

Type(AO)
Occupancy
Energy
---------------------------------------------------------1
O
1 S
Cor( 1S)
1.99985
-18.97680
2
O
1 S
Val( 2S)
1.76166
-0.88046
3
O
1 S
Ryd( 3S)
0.00202
1.34977
4
O
1 px
Val( 2p)
1.99910
-0.28960
5
O
1 px
Ryd( 3p)
0.00090
0.89027
6
O
1 py
Val( 2p)
1.44148
-0.25326
7
O
1 py
Ryd( 3p)
0.00315
1.04613
8
O
1 pz
Val( 2p)
1.72560
-0.28437
9
O
1 pz
Ryd( 3p)
0.00065
0.93117
10
H
2 S
Val( 1S)
0.53060
0.14083
11
H
2 S
Ryd( 2S)
0.00219
0.54496
12
H
3 S
Val( 1S)
0.53060
0.14083
13
H
3 S
Ryd( 2S)
0.00219
0.54496
Summary of Natural Population Analysis:

Natural Population
Natural ----------------------------------------------Atom No
Charge
Core
Valence
Rydberg
Total
----------------------------------------------------------------------O
1
-0.93442
1.99985
6.92784
0.00673
8.93442
H
2
0.46721
0.00000
0.53060
0.00219
0.53279
H
3
0.46721
0.00000
0.53060
0.00219
0.53279
=======================================================================
* Total *
0.00000
1.99985
7.98904
0.01111
10.00000
Natural Population
-------------------------------------------------------Core
1.99985 ( 99.9924% of
2)
Valence
7.98904 ( 99.8630% of
8)
Natural Minimal Basis
9.98889 ( 99.8889% of 10)
Natural Rydberg Basis
0.01111 ( 0.1111% of 10)
-------------------------------------------------------Atom No
Natural Electron Configuration
---------------------------------------------------------------------------O
1
[core]2S( 1.76)2p( 5.17)
H
2
1S( 0.53)
H
3
1S( 0.53)
NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS:

Occupancies
Lewis Structure
Low
High
Occ.
------------------- ----------------occ
occ
Cycle
Thresh.
Lewis
Non-Lewis
CR BD 3C LP
(L)
(NL)
Dev
=============================================================================
1(1)
1.90
9.99487
0.00513
1
2
0
2
0
0
0.00
----------------------------------------------------------------------------Structure accepted: No low occupancy Lewis orbitals
-------------------------------------------------------Core
1.99985 ( 99.992% of
2)
Valence Lewis
7.99502 ( 99.938% of
8)
==================
============================
Total Lewis
9.99487 ( 99.949% of 10)
----------------------------------------------------Valence non-Lewis
0.00074 ( 0.007% of 10)
Rydberg non-Lewis
0.00439 ( 0.044% of 10)
==================
============================
Total non-Lewis
0.00513 ( 0.051% of 10)
--------------------------------------------------------
(Occupancy)
Bond orbital/ Coefficients/ Hybrids
--------------------------------------------------------------------------------1. (1.99890) BD ( 1) O
1 - H
2
( 73.47%)
0.8571* O
1 s( 23.33%)p 3.29( 76.67%)
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
( 26.53%)
0.5151* H
0.0001 0.4826 0.0202

0.7063 0.0330 -0.5164
2 s(100.00%)
1.0000 -0.0018
0.0000
0.0003
0.0000
2. (1.99890) BD ( 1) O
1 - H
3
( 73.47%)
0.8571* O
1 s( 23.33%)p 3.29( 76.67%)
-0.0001 -0.4826 -0.0202 0.0000 0.0000
0.7063 0.0330 0.5164 -0.0003
( 26.53%)
0.5151* H
3 s(100.00%)
-1.0000 0.0018
3. (1.99985) CR ( 1) O
1
s(100.00%)
1.0000 -0.0002 0.0000 0.0000 0.0000
0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
4. (2.00000) LP ( 1) O
1
s( 0.00%)p 1.00(100.00%)
0.0000 0.0000 0.0000 0.9998 -0.0212
0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
5. (1.99723) LP ( 2) O
1
s( 53.45%)p 0.87( 46.55%)
0.0002 0.7308 -0.0200 0.0000 0.0000
0.0000 0.0000 0.6821 -0.0180
6. (0.00000) RY*( 1) O
1
s( 99.88%)p 0.00( 0.12%)
7. (0.00000) RY*( 2) O
1
s( 0.00%)p 1.00(100.00%)
8. (0.00000) RY*( 3) O
1
s( 0.00%)p 1.00(100.00%)
9. (0.00000) RY*( 4) O
1
s( 0.02%)p99.99( 99.98%)
10. (0.00219) RY*( 1) H
2
s(100.00%)
0.0018 1.0000
11. (0.00219) RY*( 1) H
3
s(100.00%)
0.0018 1.0000
12. (0.00037) BD*( 1) O
1 - H
2
( 26.53%)
0.5151* O
1 s( 23.33%)p 3.29( 76.67%)
-0.0001 -0.4826 -0.0202 0.0000 0.0000
-0.7063 -0.0330 0.5164 -0.0003
( 73.47%) -0.8571* H
2 s(100.00%)
-1.0000 0.0018
13. (0.00037) BD*( 1) O
1 - H
3
( 26.53%)
0.5151* O
1 s( 23.33%)p 3.29( 76.67%)
0.0001 0.4826 0.0202 0.0000 0.0000
-0.7063 -0.0330 -0.5164 0.0003
( 73.47%) -0.8571* H
3 s(100.00%)
1.0000 -0.0018
NHO Directionality and "Bond Bending" (deviations from line of nuclear centers)
[Thresholds for printing:
angular deviation > 1.0 degree]

hybrid p-character > 25.0%
orbital occupancy > 0.10e
Line of Centers
Hybrid 1
Hybrid 2
--------------- -----------------------------------NBO
Theta
Phi
Theta
Phi
Dev
Theta
Phi
Dev
========================================================================================
4. LP (
1) O
1
--90.0
0.0
----5. LP (
2) O
1
--0.0
0.0
-----
Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis

Threshold for printing:
0.50 kcal/mol
E(2) E(j)-E(i) F(i,j)

Donor NBO (i)
Acceptor NBO (j)
kcal/mol
a.u.
a.u.
===================================================================================================
within unit 1
5. LP (
2) O
5. LP (
2) O
1
1
/ 10. RY*(
/ 11. RY*(
1) H
1) H
2
3
0.87
0.87
Natural Bond Orbitals (Summary):

Principal Delocalizations
NBO
Occupancy
Energy
(geminal,vicinal,remote)
====================================================================================
Molecular unit 1 (H2O)
1. BD (
1) O
1 - H
2
1.99890
-0.73657
1.12
1.12
0.028
0.028
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
BD (
1) O
1 - H
3
1.99890
-0.73657
CR (
1) O
1
1.99985
-18.97623
LP (
1) O
1
2.00000
-0.29013
LP (
2) O
1
1.99723
-0.57351 10(v),11(v)
RY*(
1) O
1
0.00000
1.34685
RY*(
2) O
1
0.00000
0.89080
RY*(
3) O
1
0.00000
1.04598
RY*(
4) O
1
0.00000
0.93170
RY*(
1) H
2
0.00219
0.54387
RY*(
1) H
3
0.00219
0.54387
BD*(
1) O
1 - H
2
0.00037
0.45718
BD*(
1) O
1 - H
3
0.00037
0.45718
------------------------------Total Lewis
9.99487 ( 99.9487%)
Valence non-Lewis
0.00074 ( 0.0074%)
Rydberg non-Lewis
0.00439 ( 0.0439%)
------------------------------Total unit 1
10.00000 (100.0000%)
Charge unit 1
0.00000
1\1\GINC-ODIN\SP\RB3LYP\6-31G\H2O1\HECTOR\30-Sep-2010\0\\# b3lyp/6-31g
geom=connectivity pop=nbo\\agua I Single Point energy and minimizatio
n. II Single point energy and electron density cube. III Single point
energy and electrostatic potential cube. IV Single point DFT energy an
d wave functions for the Bader's AIM theory.\\0,1\O,0,0.49875312,0.985
03739,0.\H,0,1.45875312,0.98503739,0.\H,0,0.17829853,1.88997322,0.\\Ve
rsion=EM64M-G09RevA.02\State=1-A1\HF=-76.3856887\RMSD=1.625e-09\Dipole
=0.5416091,0.7663591,0.\Quadrupole=0.7646503,0.2240626,-0.9887128,-0.7
632863,0.,0.\PG=C02V [C2(O1),SGV(H2)]\\@
SCIENCE IS A VERY HUMAN FORM OF KNOWLEDGE.

WE ARE ALWAYS AT THE BRINK OF THE KNOWN,
WE ALWAYS FEEL FORWARD FOR WHAT IS HOPED.
EVERY JUDGEMENT IN SCIENCE STANDS ON THE EDGE OF ERROR, AND IS PERSONAL.
SCIENCE IS A TRIBUTE TO WHAT WE CAN KNOW ALTHOUGH WE ARE FALLIBLE.
-- J. BRONOWSKI
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 6.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF=
5 Int=
0 D2E=
0 Chk=
Normal termination of Gaussian 09 at Thu Sep 30 13:32:14 2010.
1 Scr=
C. Mtodo semi-emprico para con el 1,2-difluoroentano: barrera torsional
FH2C-CH2F
Figura 1.6._ Modelo 3D de la estructura molecular del 1,2-difluoroetano realizado con el programa GaussView
Como tercer caso tenemos el del 1,2-difluoroetano. Se trata de un clculo bajo el mtodo semi-emprico huckel extendido. Las
instrucciones en el archivo .com de entrada de datos para gaussian, tambin solicitan almacenar los resultados del clculo en
un archivo .chk. Como siempre, despues de especificar que se trata de una especie neutra en su estado singlete
fundamental, se han especificado las coordenadas nucleares mediante el formato de una matriz-Z de coordenadas relativas
internas. Se solicita un barrido a travs de las diferentes conformaciones que resultan de variar el ngulo diedral D2, entre los
planos que contienen a los tomos 1,4,8 y 1,4,7 respectivamente (vase la Fig. 1.6). Esta tarea se la solicita con el comando
scan
(aadido en la lnea 2 del archivo difluoroetanoTorsion.com). Durante la ejecucin de trabajo encomendado, Gaussian
realiza un barrido de conformaciones al variar slo el ngulo diedral D2 ya descrito. De acuerdo con lo indicado en el archivo
de entrada difluoroetanoTorsion.com, Gaussian inicia con el valor de 180o (segunda columna en la lnea 30) para ir
sumando 9,0 grados (cuarta columna en la lnea 30) y repetir el clculo, cosa que realiza cuarenta veces adicionales
(tercera columna en la lnea 30) luego de haber realizado el clculo inicial, para un total de 41 valores de la energa del
sistema molecular a las diferentes 41 conformaciones consideradas.
;'$$#$'(2#(1*$.6<"(9=>38:8(
!"#&
+,#&
"*#&
",#&
**#&
*,#&
)*#&
),#&
(*#&
!"#$%&'()*+#,-+'$(.#%/"()01*2*(3-,4#+(
!"#$+&
!"#$"&
!"#$*&
!"#$)&
!"#$(&
!"#$'&
!"#$%&
5"%-+*(26#2$*(78(9%$'2*.:(
Figura 1.7._ Representacin de la energa, segn el mtodo huckel extendido, que muestra las conformaciones
estables trans (180o = 530o ), gauche (300o y 420o ) y la conformacin inestable (360o ) del 1,2-difluoroetano
En este caso, el archivo difluoroetanoTorsion.com de entrada para Gaussian, presenta la siguiente forma:
-
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
%chk=difluoroetanoTorsionHCK.chk
# huckel geom=connectivity scan
difluoroetano: barrera torsional
0 1
C
H
H
C
H
H
F
F
1
1
1
4
4
4
1
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
A1
A2
A3
1.07000000
1.07000000
1.54000000
1.07000000
1.07000000
1.35000000
1.35000000
109.47121829
109.47121829
109.47120255
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
2
3
1
1
1
4
A1
A2
A3
A4
A5
A6
2
3
3
3
5
D1
D2
D3
D4
D5
0
0
0
0
0
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
A4
A5
A6
D1
D2
D3
D4
D5
109.47120255
109.47123134
109.47120255
120.00003407
180.00000000
-60.00008461
59.99990799
59.99990000
40 9.0
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 8 1.0

2
3
4 5 1.0 6 1.0 7 1.0
5
6
7
8

g09 difluoroetanoTorsion.com
se cuenta ahora con los archivos difluoroetanoTorsion.log y difluoroetanoTorsionHCK.chk. Los nombres de estos archivos
han sido elegidos libremente por el usuario. En el primero difluoroetanoTorsion.log se almacenan los resultados de las
diferentes tareas realizadas en el clculo. En el segundo difluoroetanoTorsion.chk, bajo formato binario, se almacenan los
resultados para la posible realizacin posterior de clculos adicionales. El siguiente listado slo muestra la parte que tabula
las energas moleculares para las 41 conformaciones al girar en torno del enlace qumico C-C que une a los tomos 1 y 4
(vase la Fig. 1.6). En el reporte de cierre (lnea 49), tambin se encuentran los valores solicitados luego de la bandera \HF=
(lnea 56). Finalmente, se incluye la cita acostumbrada (lnea 72), los datos estadsticos sobre la ejecucin (lneas 73 y 74) y la
confirmacin de terminacin satisfactoria del trabajo realizado (lnea 75).
La figura 1.7 muestra la grfica que resulta de la tabla de datos entregada por Gaussian (lneas desde la 6 a la 46 inclusive en
el listado bajo estas lneas). Se observan los mnimos asociados a las conformaciones estables trans (ngulo F-C-C-F =180o
equivalente a 540o ) y gauche (ngulos F-C-C-F = 300o y 420o ). Al ngulo de 360o se ubica la conformacin inestable cis
debido a la proximidad de las densidades electrnicas de los tomos voluminosos de flor.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
V
Scan completed.
Summary of the potential surface scan:
N
D2
SCF
---- --------- ----------1
180.0000
-20.65869
2
189.0000
-20.64863
3
198.0000
-20.62467
4
207.0000
-20.58538
5
216.0000
-20.52828
6
225.0000
-20.45122
7
234.0000
-20.35721
8
243.0000
-20.26437
9
252.0000
-20.20426
10
261.0000
-20.19064
11
270.0000
-20.20989
12
279.0000
-20.24016
13
288.0000
-20.26402
14
297.0000
-20.27607
15
306.0000
-20.27978
16
315.0000
-20.27130
17
324.0000
-20.24303
18
333.0000
-20.19733
19
342.0000
-20.14465
20
351.0000
-20.09835
21
360.0000
-20.07245
22
369.0000
-20.07783
23
378.0000
-20.11539
24
387.0000
-20.17204
25
396.0000
-20.22640
26
405.0000
-20.25881
27
414.0000
-20.26496
28
423.0000
-20.26006
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
----
432.0000
441.0000
450.0000
459.0000
468.0000
477.0000
486.0000
495.0000
504.0000
513.0000
522.0000
531.0000
540.0000
---------
-20.25056
-20.22416
-20.18212
-20.14823
-20.15546
-20.22522
-20.33838
-20.45070
-20.53824
-20.59849
-20.63587
-20.65491
-20.65869
-----------
1\1\GINC-HECTOR-FRANCOS-POWER-MAC-G4\Scan\Huckel\ZDO\C2H4F2\HECTOR\03Oct-2010\1\\# HUCKEL GEOM=CONNECTIVITY SCAN\\difluoroetano: barrera to

rsional\\0,1\C\H,1,B1\H,1,B2,2,A1\C,1,B3,3,A2,2,D1,0\H,4,B4,1,A3,3,D2,
0\H,4,B5,1,A4,3,D3,0\F,4,B6,1,A5,3,D4,0\F,1,B7,4,A6,5,D5,0\\B1=1.07\B2
=1.07\B3=1.54\B4=1.07\B5=1.07\B6=1.35\B7=1.35\A1=109.47122063\A2=109.4
7122063\A3=109.47122063\A4=109.47122063\A5=109.47122063\A6=109.4712206
3\D1=120.00003407\D2=180.,s,40,9.\D3=-60.00008461\D4=59.99990799\D5=59
.9999\\Version=MacOSX-G03RevB.04\HF=-20.6586889,-20.6486281,-20.624666
9,-20.5853776,-20.5282804,-20.4512182,-20.3572056,-20.2643669,-20.2042
574,-20.1906372,-20.209886,-20.2401628,-20.2640235,-20.2760722,-20.279
7834,-20.271301,-20.243029,-20.1973279,-20.1446512,-20.0983538,-20.072
4497,-20.0778314,-20.1153929,-20.1720402,-20.2264026,-20.2588113,-20.2
64958,-20.2600596,-20.2505577,-20.2241623,-20.1821243,-20.1482318,-20.
1554606,-20.225221,-20.3383792,-20.450702,-20.5382355,-20.5984918,-20.
6358665,-20.6549124,-20.6586889\RMSD=0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.0
00e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.0
00e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.0
00e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.0
00e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.0
00e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.000e+00,0.0
00e+00,0.000e+00,0.000e+00\PG=C01 [X(C2H4F2)]\\@
LOVE IS BLIND, THAT'S WHY ALL THE WORLD LOVES A LOUVER.

Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 46.1 seconds.
File lengths (MBytes): RWF=
17 Int=
0 D2E=
0 Chk=
Normal termination of Gaussian 03 at Sun Oct 3 13:03:27 2010.
12 Scr=
CAPITULO 2. Morphy
2.1. Ingreso de datos a Morphy 95 (98)
De las funciones de onda en formato texto emitidas por la suite Gaussian 09 (03/98)
A efectos de acceder a las bondades de la teora tomos en molculas (Atoms In Molecules: AIM) es necesario instruir a
Gaussian 09M (03/98M) para que prepare los archivos de texto .wfn que contienen los parmetros caractersticos de las
funciones de onda bajo el protocolo de especificaciones del programa PROAIM (miembro de la suite AIMPAC). Dichas
funciones de onda permiten la descripcin completa de la densidad electrnica del sistema molecular bajo estudio y son
parte del insumo para el programa Morphy 95 (98). Tales archivos de texto .wfn , en adelante sern referidos como archivos
en formato de Bader, o archivos bader.
A partir de las especificaciones de las funciones de onda correspondientes al sistema molecular en estudio, se permite el
anlisis de las topologas tanto de la densidad electrnica (x,y,z) como de su laplaciano 2(x,y,z) al no considerarse, en
principio, las coordenadas del espn electrnico. Lo fundamental en la teora AIM es que permite acceder a la informacin,
que tenuemente, se encuentra escondida en las arquitectura molecular. Esta informacin de naturaleza topologa, rebela
entre otras cosas, datos valiosos referentes al enlace qumico, puntos reactivos, puntos no enlazantes (llamados comnmente
pares solitarios) y distribucin espacial de la densidad electrnica. Es de particular inters la informacin relativa a la
contribucin de los electrones en las capas de valencia, nicos responsables de la formacin de enlaces qumicos. As,
mediante estudios topolgicos de y 2, la teora AIM de Bader brinda el acceso a la informacin relevante en la qumica
que resulta de las tenues variaciones en las densidades electrnicas atmicas luego de sus combinaciones para formar las
estructuras moleculares de los compuestos. Lo valioso de la contribucin de Bader, desde el punto de vista conceptual, es
que establece el puente entre los resultados ofrecidos por el formalismo matemtico de la mecnica cuntica u ondulatoria
(principalmente densidad electrnica (x,y,z)) y la experiencia de la qumica clsica experimental, haciendo ver sus posibles
conexiones. Tal puente lleva directamente a un mejor entendimiento de la qumica como ciencia y a la vez, lleva hacia las
posibles aplicaciones prcticas de la teora Atoms In Molecules de Richard Bader.

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Protocolo para manejo de datos y resultados

Captulo 1: Ingreso de datos y procesamiento de resultados

CAPITULO 1. La suite gaussian

seguida por una lnea iniciada con triple guin.

h._ Si se dispone de la interface GaussView, se proceder de la siguiente manera para

en donde nombre o input designan al problema que se estudia con el uso de

1.2. De la activacin rpida de Gaussian 09 (03/98) en cualquier

Los corchetes indican la alternativa al Gaussian 03 representada por el Gaussian 98.

En la lnea 17 se aprecia que el directorio /gausscr , para registrar resultados

g09 [g03][g98] nombre.com (nombre.gjf)

en donde nombre o input designan al clculo molecular por realizar.

1.3. Ingreso de datos a Gaussian

g09 < etileno.dat > etileno.log &

Inter conversin del formatos texto

Del manejo inicial de datos

a._ Desde GaussView guardar el archivo .com .

para crear el archivo name.com a partir del archivo nameUnix.pdb.

seccin de ruta (de ejemplo)

d._ Asegurarse que la lnea siguiente es la primera lnea correspondiente a la tabla de

extensin .dat (.com), es el siguiente:

le indican a gaussian que necesitar n procesadores y tambin necesitar mem mega

seccin de ruta (de ejemplo)

se indica adems que se optimizar la geometra molecular, dando una estructura de

se solicita la realizacin del clculo de frecuencias vibracionales al nivel de teora HF/

El primer tomo H1 es el origen de coordenadas (en la lnea slo se pone el tipo de

V. G. Zakrzewski, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida,

Realiza un clculo Hartree-Fock restringido (capa cerrada) si no se pone la R, el

Todos los programas de clculo de orbitales moleculares necesitan que les

La distancia 0.980 es aproximadamente la C-H sencillo puesto que la molcula tiene

La explicacin es como sigue:

Instruccin para la creacin del archivo de chequeo de

Cantidad de memoria requerida para el clculo. En este

Cantidad de procesadores solicitada para la realizacin

#P BLYP/6-31G(d) Cube(Orbital,Cards) TEST

seccin de ruta en el archivo de

Las lneas de la 7 a la 16 inclusive, especifican el sistema molecular a ser estudiado.

#P HF/6-31G(d) Cube=(Potential) GFInput Test

La explicacin, para este caso, es como sigue:

seccin de ruta en el archivo de

La lnea 10 es la primera y nica lnea del bloque de datos "Cube",

La lnea 12 seala el fin del primer trabajo solicitado a Gaussian

#P HF/6-31G(d) Cube=(Density) GFInput Test

seccin de ruta en el archivo de

ttulo del segundo trabajo en la

programa forma es como sigue:

en donde in.file es el archivo a ser convertido a la forma del archivo out.file en

2 1.0 3 1.0 4 1.0

Se realiza el anlisis termodinmico para la base orgnica guanidina bajo

1.4. Egreso de datos provenientes de Gaussian

a.1._ Archivos .com o .log: cargar el archivo .com o .log deseado.

para crear el archivo name.fchk a partir del archivo name.chk.

para crear el archivo name.pdb a partir del archivo nameUnix.com.

para crear el archivo name.inp a partir del archivo nameUnix.com.

(I.) Map as co mo su p erfi cies d e iso d en sid ad electr n ica

b._ Proceder como se indica en el paso b. de la nota importante nmero 1 de

Es posible la preparacin de cubos que contienen los datos correspondientes a otros

e._ Seleccionar el tipo de salida "VRML2.0" y el valor para el contorno de la

(II.) Orbitales moleculares: empleo del programa molden

el comando formchk tal como se ha indicado arriba (forma 2):

b._ Aplicar el comando cubegen a fin de crear el archivo Cubo name_den.cube

en donde n es un entero que designa el orbital molecular a ser representado. Al

(III.) Superficies de potencial electrosttico: empleo del programa

b._ Aplicar el comando cubegen a fin de crear el archivo Cubo name_den.cube