Setelah itu, dilakukan tahap separasi dan pemurnian. Tujuan dari tahapan ini adalah
menghilangkan (memisahkan) senyawa yang tidak dikehendaki semaksimal mungkin
tanpa berpengaruh pada senyawa berkhasiat yang dikehendaki, sehingga diperoleh
ekstrak yang lebih murni. Proses-proses pada tahapan ini adalah pengendapan,
pemisahan dua cairan tak campur, sentrifugasi, filtrasi serta proses adsorbsi dan
penukar ion.
Selanjutnya dilakukan pemekatan dengan cara penguapan/evaporasi cairan pelarut
tapi tidak sampai pada kondisi kering, hanya sampai diperoleh ekstrak kental/pekat.