PENGAMATAN VIRUS PADA BAKTERI DENGAN METODE PLAQUE

Oleh :
Nama
NIM
Kelompok
Rombongan
Asisiten

:
:
:
:
:

Azmiel Azhari
B1J011081
4
I
Siska Damayanti

LAPORAN PRAKTIKUM VIROLOGI

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2014

I.

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Virus berasal dari bahasa Yunani yaitu venom yang berarti racun. Umumnya
virus merupakan elemen genetik yang mengandung salah satu asam nukleat yaitu
asam deoksiribonukleat (DNA) atau asam ribonukleat (RNA) yang dapat berada
dalam dua kondisi yang berbeda, yaitu secara intraseluler dalam tubuh inang dan
ekstrseluler di luar tubuh inang. Partikel virus secara keseluruhan ketika berada di
luar inang yang terdiri dari asam nukleat yang dikelilingi oleh protein dikenal dengan
nama virion. Virus dapat bertindak sebagai agen penyakit dan agen pewaris sifat.
Virus sebagai agen penyakit memasuki sel dan menyebabkan perubahanperubahan yang membahayakan bagi sel yang akhirnya dapat merusak atau
bahkan menyebabkan kematian pada sel yang diinfeksinya, sebagai agen pewaris
sifat, virus memasuki sel dan tinggal di dalam sel tersebut secara permanen.
Partikel virus di luar sel inang tidak mempunyai kegiatan metabolik yang
mandiri. Perbanyakan virus berlangsung dengan replikasi, yaitu protein virus
beserta komponen-komponen asam nukleatnya bereproduksi di dalam sel-sel inang
yang rentan. Langkah-langkah infeksi virus secara garis besar yaitu: (1) pelekatan
atau adsorpsi, (2) penentrasi dan pelepasan selubung, (3) replikasi dan biosintesis
komponen, (4) perakitan dan pematangan, dan (5) pembebasan.
Pendeteksian adanya virus dapat menggunakan mikroskop elektron
langsung, PCR, pelacak DNA dan metode Plaque. Plaque assay sering digunakan
karena lebih mudah dan sederhana. Virus yang memulai infeksinya pada sel inang
selanjutnya akan

menyebabkan terbentuknya plaque atau zona lisis atau zona

hambat (wilayah yang terang pada lapisan sel inang yang ditumbuhakan dalam
media agar).
B. Tujuan
Tujuan praktikum pengamatan virus pada bakteri dengan metode plaque
adalah untuk mengetahui ada tidaknya virus pada sampel yang melisiskan sel
bakteri, yang terlihat dari zona jernih, atau adanya plaque yang terbentuk di dalam
media pertumbuhan yang tetlah diinokulasikan sampel dan bakteri E. coli.

II.

MATERI DAN METODE

A. Materi

Alat-alat yang digunakan antara lain botol kaca steril, cawan petri, cotton
bud steril, pembakar spirtus, alkohol, korek api, wrapper, label, pipet ukur 1 ml, filler,
druglasky, dan inkubator.
Bahan-bahan yang digunakan yaitu media NA (Nutrient Agar) dan air sampel
(limbah cair kotoran sapi, kambing, kelinci, dan ayam).
B. Metode
1. Sampel dari limbah cair ternak yang diduga mengandung virus dimasukkan ke
dalam botol sampel steril.
2. Media pertumbuhan bakteri (NA) disiapkan.
3. Sampel air diambil sebanyak 0.1 ml dengan menggunakan pipet ukur steril dan
diinokulasikan secara aseptis ke dalam medium NA yang telah disiapkan.
4. Sampel air diratakan di permukaan media dengan menggunakan drugalsky.
5. Cawan petri diwrapping lalu diberi label kontrol dan sampel limbah yang digunakan.
6. Isolat cair E. coli diinokulasi ke dalam cawan petri kedua lalu dilawn.
7. Sampel air diambil sebanyak 0.1 ml dengan menggunakan pipet ukur steril dan
diinokulasikan secara aseptis ke dalam medium NA yang telah disiapkan.
8. Sampel air diratakan di permukaan media dengan menggunakan drugalsky.
9. Cawan petri diwrapping lalu diberi label perlakuan dan sampel limbah yang
digunakan.
10. Kedua cawan petri tersebut diinkubasi 2x24 jam dan pembentukan plaque yang
terjadi diamati.

III. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil
Tabel 1. Hasil Pengamatan Keberadaan Virus yang Melisiskan Sel Bakteri
Escherichia coli
Kelompo
k
1
2
3
4
5
6

Sampel Limbah
Kotoran sapi
Kotoran
kambing
Kotoran ayam
Kotoran kelinci
Kotoran bebek
Kloset

Kontro
l
-

Keterangan
Samp Sampel+E.c
el
oli
+
+

Gambar 1. Kontrol
Kelinci

Gambar 3. Sampel Kotoran Kelinci + E. coli

Gambar 2. Sampel Kotoran

B. Pembahasan
Berdasarkan hasil pengamatan keberadaan virus yang melisiskan bakteri,
kelompok pertama yang menggunakan limbah kotoran sapi, pada cawan kontrol
tidak terbentuk plaque, sedangkan pada cawan sampel dan sampel + E.coli
terbentuk plaque yang ditandai dengan munculnya sebuah zona jernih. Terdapat
kemungkinan bahwa di dalam limbah kotoran sapi yang diinokulasi ke dalam cawan
sampel dan sampel + E.coli memang sudah terdapat virus yang kemudian dapat
melisiskan bakteri dalam limbah tersebut. Cawan kontrol, sampel, dan sampel +
E.coli dari kelompok ketiga sampai keenam tidak memperlihatkan adanya plaque
atau zona jernih. Hal tersebut kemungkinan dikarenakan virus tidak masuk ke dalam
fase litik untuk melisiskan sel bakteri sehingga tidak membentuk zona jernih atau
plaque. Sesuai dengan pernyataan Alexopoulus (1964) bahwa plaque merupakan
struktur visibel yang dibentuk oleh adanya kultur sel seperti kultur bakteri dalam
medium nutrien. Plaque (zona jernih) terbentuk karena adanya aktifitas virus bakteri
yang mereplikasi dan merusak struktur sel pada bakteri.
Metode plaque diperkenalkan pada tahun 1952 oleh Rennato Dulbecco
sebagai uji virologis yang digunakan untuk menghitung dan mengukur infektifitas
bakteriofag. Apabila satu sel terinfeksi oleh satu virus maka akan menyebar dan
menginfeksi ke sel di sekitarnya. Uji plaque sering digunakan karena tidak
memakan waktu dan biaya, serta tekniknya tidak terlalu sulit (Atlas, 1997). Salah
satu kekurangan metode plaque adalah tidak dapat mengetahui jenis bakteriofag
yang melisiskan bakteri.
Teknik pendeteksian virus juga dapat digunakan pada kasus ancaman
bioteroris yaitu pengkontaminasian minuman dengan virus secara sengaja. Bakteri
dan fungi dapat dengan mudah didapatkan dengan sentrifugasi, sedangkan virus
sulit untuk didapatkan dari minuman yang terkontaminasi virus. Pendeteksian virus
tersebut menggunakan Viro-Adembeads, sebuah sistem penangkap virus dengan
cepat menggunakan manik-manik magnetik anion berlapis polimer, didapatkan
virus-virus dari minuman yang terkontaminasi secara sengaja, yaitu Vaccinia virus
dan Herpesvirus 8 pada manusia. PCR menunjukkan bahwa laju pemulihan dari
virus kontaminan pada teh hijau dan jus jeruk lebih rendah dari pada virus dalam
susu dan air. Metode plaque menunjukkan bahwa teh hijau dan jus jeruk memotong
efisiensi infeksi vaccinia virus pada sel-sel CV-1 (Hatano et al., 2010).
Virus dalam siklus hidupnya memerlukan lingkungan sel yang hidup seperti
sel bakteri, sel hewan, maupun sel tumbuhan untuk bereproduksi. Menurut

Campbell (2004), ada dua macam cara virus menginfeksi sel hospes (inang), yaitu
daur litik dan lisogenik.

a.

Infeksi secara litik

1. Fase adsorpsi dan infeksi
Virus akan melekat atau menginfeksi daerah tertentu dari dinding sel hospes
yang disebut reseptor. Daerah ini spesifik bagi virus tertentu, dan virus jenis
lain tidak dapat melekat di tempat tersebut. Virus tidak memiliki enzim untuk
metabolisme, tetapi memliki enzim lisozim yang berfungsi merusak atau
melubangi dinding sel hospes. Dinding sel hospes yang terhidrolisis oleh
lisozim mengakibatkan seluruh isi virus berupa DNA atau RNA masuk ke
dalam hospes. Virus kemudian merusak dan mengendalikan DNA inangnya.
2. Fase replikasi (fase sintesis)
DNA virus mereplikasi diri dengan tetap mengendalikan DNA hospes sebagai
bahan, serta membentuk selubung protein. Beratus-ratus molekul DNA baru
virus yang lengkap dengan selubungnya berhasil disintesis.
3. Fase pembebasan virus (fase lisis)
Virus mengalami pendewasaan, sel hospes akan pecah (lisis) dan mengalami
kehancuran sehingga virus-virus baru yang infeksius dapat keluar.

b.

Infeksi secara lisogenik

1. Fase adsorpsi dan infeksi
Virus menempel pada reseptor yang spesifik kemudian melakukan penetrasi
pada hospes dengan mengeluarkan DNA atau RNAnya ke dalam tubuh
hospes.
2. Fase penggabungan atau integrasi
DNA atau RNA virus bersatu dengan asam nukleat hospes membentuk
profaga.
3. Fase pembelahan
Pembelahan diri sel hospes akan diikuti juga dengan pembelahan profag,
sehingga dua sel anakan hospes mengandung profag didalam selnya. Hal ini
akan berlangsung terus-menerus selama sel bakteri yang mengandung profag
membelah. Profaga mungkin saja dapat memasuki fase litik akibat sinar UV
atau kondisi sel inang yang tidak menguntungkan profaga tersebut.

Gambar 4. Siklus Hidup Virus (Campbell, 2004)

Resistensi bakteri terhadap antibiotik merupakan kendala yang sangat serius
dalam proses terapi infeksi bakteri. Bakteriofag, suatu jenis virus yang mampu
secara spesifik menyerang bakteri, telah dikembangkan sebagai alternatif terapi.
Bakteriofag sebagai musuh alami bakteri berpotensi untuk dimanfaatkan sebagai
terapi pada kasus infeksi bakteri yang resisten terhadap antibiotik. Berdasarkan
sifatnya dalam menginfeksi bakteri, terdapat 2 jenis bakteriofag yaitu lytic dan
lysogenic bacteriophage. Ciri virus bakteriofag yang dapat digunakan sebagai terapi
adalah memiliki kapabilitas dasar sebagai lytic phages, yaitu menginfeksi dan
membunuh sel bakteri dengan melisiskan bakteri. Lysogenic phages merupakan
jenis virus yang berintegrasi dengan asam nukleat bakteri terinfeksi, yang pada saat
ini jenis faga tersebut belum dapat digunakan sebagai terapi, karena akan
mengalami fase dorman di dalam sel pejamu; dapat menghambat bakteriofag jenis
yang sama masuk; serta seringkali memiliki gen toksik didalam genomnya (Putra et
al., 2012).
Bakteriofag jenis lytic phages mampu melisiskan sel bakteri melalui tahapan
adsorpsi dan injeksi, replikasi, packaging, completion, dan disrupsi sel membran.
Tahapan adsorpsi dan injeksi, bakteriofag berikatan dengan reseptor pada
permukaan sel bakteri yang biasanya berupa rangkaian protein atau gula. Sebagian
besar bakteriofag bersifat spesifik terhadap reseptor tersebut, namun ada sejumlah
kecil bakteriofag disebut dengan polyvalent phages yang memiliki potensi untuk
menginfeksi berbagai macam spesies bakteri. Spesifisitas sel target yang tinggi

merupakan sebuah keuntungan, karena bila digunakan sebagai terapi infeksi

bakteri, faga tidak akan menyerang flora normal ataupun sel tubuh manusia. Pasca
terjadi adesi, DNA bakteriofag diinjeksikan ke dalam sitoplasma bakteri. DNA
tersebut menjadi mRNA yang tugasnya membentuk bagian-bagian dari virus untuk
proses replikasi. Komponen-komponen bakteriofag telah lengkap, asam nukleat
hasil replikasi akan masuk ke dalam kapsid (tahap packaging), dan akan
digabungkan dengan komponen lainnya seperti bagian leher dan ekor (tahap
completion). Bakteriofag yang telah terbentuk secara sempurna akan keluar dari
bakteri dengan menggunakan enzim holin dan endolisin, yang diproduksi melalui
pengkodean DNA bakteriofag. Lisin berfungsi sebagai hidrolase peptidoglikan,
sedangkan holing membentuk lubang pada membran sel, sehingga mempermudah
lisin untuk menembus lapisan luar bakteri yang merupakan lapisan peptidoglikan
(Putra et al., 2012).
Escherichia coli (E. coli) adalah bakteri dalam kelompok Enterobacteriaceae
yang bersifat Gram negatif, anaerobik fakultatif, berbentuk batang, tidak membentuk
spora, fermentatif dan biasanya bergerak dengan flagela peritrika. E. coli
merupakan organisme yang biasanya hidup dalam saluran usus manusia dan pada
hewan tingkat tinggi lainnya merupakan prokariotis yang paling banyak dipelajari. E.
coli tidak mempunyai membran yang mengelilingi materi genetik didalamnya.
Dinding luar selnya dilapisi oleh selongsong atau kapsul yang terbentuk dari
senyawa berlendir. Membran sel terdiri dari molekul lipid yang membentuk dua
lapisan tipis dengan berbagai protein yang membentuk lapisan tersebut. Membran
ini bersifat selektif permeabel dan mengandung protein yang dapat melangsungkan
pengangkutan nutrien tertentu ke dalam sel dan hasil buangan ke luar sel
(Cahyonugroho, 2010). Pengamatan virus pada bakteri dengan metode plaque ini
menggunakan bakteri Escherichia coli karena mudah ditemukan,

didapat, dan

dikultivasi dalam media buatan.

Limbah ternak adalah sisa buangan hewan-hewan ternak dari suatu
kegiatan usaha peternakan seperti pemeliharaan ternak, rumah potong, pengolahan
produk ternak, dan sebagainya. Limbah tersebut meliputi limbah padat dan limbah
cair seperti feses, urin, sisa makanan, embrio, kulit telur, lemak, darah, bulu, tulang,
tanduk, isi rumen, dan lain-lain (Sihombing, 2000). Alasan penggunaan

limbah

ternak karena diduga mengandung berbagai macam mikroba, di antaranya adalah

protozoa, fungi, bakteri, dan virus. Sampel yang digunakan berasal dari limbah cair
kotoran sapi, kambing, ayam, dan kelinci. Limbah cair kotoran sapi kemungkinan di
dalamnya terdapat virus small pox, sapi gila, cow pox, Bovine Virus Diarrhea (BVD),
rotavirus dan coronavirus, sedangkan pada limbah kambing kemungkinan virus

yang menyerang antara lain sheepox (cacar domba dan kambing) (Schlegel et al,
1994). Sampel limbah cair kotoran ternak ayam biasanya terdapat Virus Avian
Influenza (VAI) atau Newcastle Disease Virus (NDV) (Sihombing, 2000).
Myxomatosis adalah sebuah virus yang mematikan untuk kelinci, disebarkan melalui
perantara nyamuk (Ahira, 2013).
Virus mampu untuk membentuk plak di bakteri rumput atau lapisan sel dan
menyebabkan alternatif-morfologi yang dapat diamati dengan mikroskop cahaya.
Namun demikian, pembentuk plak tes memakan waktu dan miskin di spesifisitas.
Reaksi PCR dikombinasikan dengan pembentuk plak tes dikembangkan untuk
simultan proteksi dari virus polio, virus Coxsackie, echovirus dan Hepatitis A virus
dalam air (Hryniszyn, 2013).

IV. KESIMPULAN
A. Kesimpulan
Berdasarkan hasil dan pembahasan sebelumnya dapat diambil kesimpulan
bahwa terdapat virus yang melisiskan bakteri (bakteriofag), yaitu pada cawan
kontrol limbah cair kotoran sapi kelompok pertama dan cawan perlakuan limbah cair
kotoran kambing kelompok kedua yang ditandai dengan munculnya plaque atau
zona jernih di dalam media NA yang telah diinokulasi bakteri E. coli.
B. Saran
Sebaiknya digunakan juga metode pendeteksian virus yang lain selain
metode plaque.

DAFTAR REFERENSI
Ahira, Ane. 2013. http://www.anneahira.com/kelinci-australia.htm. Diakses pada 13
April 2014.
Alexopoulus. 1964. Introductary of Microbiology. John Willey and son. New York.
Atlas, R. M. 1997. Principles of Microbiology. WMC Brown, London.
Cahyonugroho, Okik Hendriyanto. 2010. Pengaruh intensitas sinar ultraviolet dan
pengadukan terhadap reduksi jumlah bakteri E. coli. Jurnal Ilmiah Teknik
Lingkungan. Vol. 2 (1):18-23.
Campbell, N. A. 2004. Biologi. Erlangga, Jakarta.
Hatano, Ben, A. Kojima, T. Sata, and H. Katano. 2010. Virus detection using viroadembeads, a rapid capture system for viruses, and plaque assay in
intentionally virus-contaminated beverages. J. Infect. Dis. 63:52-54.
Hryniszyn, A, Magdalena Skonieczna, Jarosaw Wiszniowski. 2013. Methods for
Detection of Viruses in Water and Wastewater. Advances in Microbiology
(3) : 442-449
Putra, Bayushi Eka dan A. Karuniawati. 2012. Bakteriofag sebagai potensi baru tata
laksana infeksi bakteri resisten. J Indon Med Assoc. 62:113-117.
Schlegel, H. G. and Schmidt, K. 1994. Mikrobiologi Umum. Gadjah Mada University
Press. Yogyakarta.
Sihombing, D. T. H. 2000. Teknik Pengelolaan Limbah Kegiatan/Usaha Peternakan.
Pusat Penelitian Lingkungan Hidup Lembaga Penelitian, Institut Pertanian
Bogor, Bogor.