TUGAS TERSTRUKTUR

BIOTEKNOLOGI PERTANIAN
CENTRAL DOGMA DNA, TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Oleh :
Zulfa Ulinnuha
A1L011086
Agroteknologi B

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS PERTANIAN
PURWOKERTO
2013

CENTRAL DOGMA DNA, TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Central Dogma atau Dogma pusat pertama kali diungkapkan oleh Francis
Crick pada tahun 1958. The central dogma of molecular biology deals with the
detailed residue-by-residue transfer of sequential information. It states that
information cannot be transferred back from protein to either protein or nucleic
acid. Ini berarti, sekali informasi masuk ke protein, maka informasi itu tidak
dapat mengalir kembali ke asam nukleat. Sejak pertama kali Central Dogma
diperkenalkan oleh Francis Crick, telah dipelajari bahwa ada virus-virus yang
menghasilkan enzim yang dapat mentranskripsi RNA menadi DNA dan virusvirus tersebut dapat mereplikasikan genom-genom RNA-nya. Sejak proses
transkripsi DNA menjadi mRNA yang kemudian di translasi menjadi polipeptida
itulah yang disebut Central Dogma atau Dogma Sentral.
Dogma adalah suatu kerangka kerja untuk memahami transfer urutan
informasi antara informasi berurutan membawa biopolimer yang paling umum
yang terdapat di dalam tubuh makhluk hidup. Ada tiga biopolimer utama, yaitu :
DNA, RNA, dan protein. Jadi Central Dogma adalah rangkaian proses dimana
informasi yang terdapat dalam DNA yang nantinya akan ditranskripsi sehingga
menghasilkan molekul RNA, lalu informasi yang terkandung dalam molekul RNA
tersebut akan ditranslasi untuk menghasilkan protein. Dogma setral merupakan
prinsip dasar pada genetika molekuler yang menyebutkan bahwa DNA dapat
bereplikasi, DNA dapat ditranskripsi menjadi RNA untuk selanjutnya ditranslasi
menjadi protein.
A. Replikasi
Fungsi DNA sebagai Materi Genetik
DNA sebagai materi genetik pada sebagian besar organisme harus dapat
menjalankan tiga macam fungsi pokok berikut ini. DNA harus mampu
menyimpan informasi genetik dan dengan tepat dapat meneruskan informasi
tersebut dari tetua kepada keturunannya, dari generasi ke generasi. Fungsi ini
merupakan fungsi genotipik, yang dilaksanakan melalui replikasi.
DNA harus mengatur perkembangan fenotipe organisme. Artinya, materi
genetik harus mengarahkan pertumbuhan dan diferensiasi organisme mulai dari

zigot hingga individu dewasa. Fungsi ini merupakan fungsi fenotipik, yang
dilaksanakan melalui ekspresi gen.
DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga
organisme yang bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi
lingkungan yang berubah. Tanpa perubahan semacam ini, evolusi tidak akan
pernah berlangsung. Fungsi ini merupakan fungsi evolusioner, yang dilaksanakan
melalui peristiwa mutasi.
Mekanisme Replikasi Semikonservatif
Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan, yaitu
konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi konservatif seluruh
tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan akan mengarahkan
pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi semikonservatif tangga berpilin
mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai polinukleotida akan
saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap dipertahankan dan akan
bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untai polinukleotida baru.
Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida mengalami
fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen polinukleotida yang
terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmen
lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru.
konservatif semikonservatif dispersive.

Gambar 1. Tiga cara teoretis replikasi DNA

Di antara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya cara
semikonservatif yang dapat dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang
dikenal dengan nama sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan atau
equilibrium density-gradient centrifugation. Percobaan ini dilaporkan hasilnya
pada tahun 1958 oleh M.S. Meselson dan F.W. Stahl.
Mereka menumbuhkan bakteri Escherichia coli selama beberapa generasi
di dalam medium yang mengandung isotop nitrogen 15N untuk menggantikan
isotop nitrogen normal 14N yang lebih ringan. Akibatnya, basa-basa nitrogen pada
molekul DNA sel-sel bakteri tersebut akan memiliki 15N yang berat. Molekul
DNA dengan basa nitrogen yang mengandung 15N mempunyai tingkat kerapatan
(berat per satuan volume) yang lebih tinggi daripada DNA normal (14N). Oleh
karena molekul-molekul dengan tingkat kerapatan yang berbeda dapat dipisahkan
dengan cara sentrifugasi tersebut di atas, maka Meselson dan Stahl dapat
mengikuti perubahan tingkat kerapatan DNA sel-sel bakteri E. coli yang semula
ditumbuhkan

pada medium

15N

selama

beberapa

generasi,

kemudian

dikembalikan ke medium normal 14N selama beberapa generasi berikutnya.

Molekul DNA mempunyai kerapatan yang lebih kurang sama dengan

kerapatan larutan garam yang sangat pekat seperti larutan 6M CsCl (sesium
khlorida). Sebagai perbandingan, kerapatan DNA E.coli dengan basa nitrogen
yang mengandung isotop 14N dan 15N masing-masing adalah 1,708 g/cm3 dan
1,724 g/cm3, sedangkan kerapatan larutan 6M CsCl adalah 1,700 g/cm3.
Ketika larutan 6M CsCl yang di dalamnya terdapat molekul DNA
disentrifugasi dengan kecepatan sangat tinggi, katakanlah 30.000 hingga 50.000
rpm, dalam waktu 48 hingga 72 jam, maka akan terjadi keseimbangan tingkat
kerapatan. Hal ini karena molekul-molekul garam tersebut akan mengendap ke
dasar tabung sentrifuga akibat adanya gaya sentrifugal, sementara di sisi lain
difusi akan menggerakkan molekul-molekul garam kembali ke atas tabung.
Molekul DNA dengan tingkat kerapatan tertentu akan menempati kedudukan yang
sama dengan kedudukan larutan garam yang tingkat kerapatannya sama
dengannya.

Gambar 2. Diagram percobaan Meselson dan Stahl yang memperlihatkan replikasi

DNA secara semikonservatif

DNA yang diekstrak dari sel E. coli yang ditumbuhkan pada medium 15N
terlihat menempati dasar tabung. Selanjutnya, DNA yang diekstrak dari sel E.coli
yang pertama kali dipindahkan kembali ke medium 14N terlihat menempati
bagian tengah tabung. Pada generasi kedua setelah E.coli ditumbuhkan pada
medium 14N ternyata DNAnya menempati bagian tengah dan atas tabung. Ketika
E.coli telah ditumbuhkan selama beberapa generasi pada medium 14N, DNAnya
nampak makin banyak berada di bagian atas tabung, sedangkan DNA yang berada
di bagian tengah tabung tetap. Meselson dan Stahl menjelaskan bahwa pada
generasi 15N, atau dianggap sebagai generasi 0, DNAnya mempunyai kerapatan
tinggi. Kemudian, pada generasi 14N yang pertama, atau disebut sebagai generasi
1, DNAnya merupakan hibrid antara DNA dengan kerapatan tinggi dan rendah.
Pada generasi 2 DNA hibridnya masih ada, tetapi muncul pula DNA baru dengan
kerapatan rendah. Demikian seterusnya, DNA hibrid akan tetap jumlahnya,
sedangkan DNA baru dengan kerapatan rendah akan makin banyak dijumpai.
Pada Gambar 4.2 terlihat bahwa interpretasi data hasil percobaan sentrifugasi ini
jelas sejalan dengan cara pembentukan molekul DNA melalui replikasi
semikonservatif.
Pada percobaan Meselson dan Stahl ekstrak DNA yang diperoleh dari selsel E. coli berada dalam keadaan terfragmentasi sehingga replikasi molekul DNA
dalam bentuknya yang utuh sebenarnya belum diketahui. Replikasi DNA
kromosom dalam keadaan utuh _ yang pada prokariot ternyata berbentuk
melingkar atau sirkular _ baru dapat diamati menggunakan teknik autoradiografi
dan mikroskopi elektron. Dengan kedua teknik ini terlihat bahwa DNA berbagai
virus, khloroplas, dan mitokhondria melakukan replikasi yang dikenal sebagai
replikasi (theta) karena autoradiogramnya menghasilkan gambaran seperti huruf
Yunani tersebut. Selain replikasi , pada sejumlah bakteri dan organisme eukariot
dikenal pula replikasi yang dinamakan replikasi lingkaran menggulung (rolling
circle replication). Replikasi ini diawali dengan pemotongan ikatan fosfodiester
pada daerah tertentu yang menghasilkan ujung 3 dan ujung 5. Pembentukan
(sintesis) untai DNA baru terjadi dengan penambahan deoksinukleotida pada
ujung 3 yang diikuti oleh pelepasan ujung 5 dari lingkaran molekul DNA.
Sejalan dengan berlangsungnya replikasi di seputar lingkaran DNA, ujung 5 akan

makin terlepas dari lingkaran tersebut sehingga membentuk ekor yang makin
memanjang.

Gambar 3. Replikasi lingkaran menggulung

Replikon, Ori, Garpu Replikasi, dan Termini
Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan
tunggal dinamakan replikon. Dimulainya (inisiasi) replikasi DNA terjadi di suatu
tempat tertentu di dalam molekul DNA yang dinamakan titik awal replikasi atau
origin of replication (ori). Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya
kedua untai DNA, yang masing-masing akan berperan sebagai cetakan bagi
pembentukan untai DNA baru sehingga akan diperoleh suatu gambaran yang
disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya, inisiasi replikasi DNA, baik pada
prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah (bidireksional). Dalam hal ini dua
garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori menuju dua arah yang berlawanan
hingga tercapai suatu ujung (terminus). Pada eukariot, selain terjadi replikasi dua
arah, ori dapat ditemukan di beberapa tempat.
Replikasi pada kedua untai DNA
Proses replikasi DNA yang kita bicarakan di atas sebenarnya barulah proses
yang terjadi pada salah satu untai DNA. Untai DNA tersebut sering dinamakan
untai pengarah (leading strand). Sintesis DNA baru pada untai pengarah ini
berlangsung secara kontinyu dari ujung 5 ke ujung 3 atau bergerak di sepanjang
untai pengarah dari ujung 3 ke ujung 5.
Pada untai DNA pasangannya ternyata juga terjadi sintesis DNA baru dari
ujung 5 ke ujung 3 atau bergerak di sepanjang untai DNA cetakannya ini dari
ujung 3 ke ujung 5. Namun, sintesis DNA pada untai yang satu ini tidak berjalan

kontinyu sehingga menghasilkan fragmen terputus-putus, yang masing-masing

mempunyai arah 5 3. Terjadinya sintesis DNA yang tidak kontinyu
sebenarnya disebabkan oleh sifat enzim DNA polimerase yang hanya dapat
menyintesis DNA dari arah 5 ke 3 serta ketidakmampuannya untuk melakukan
inisiasi sintesis DNA.
Untai DNA yang menjadi cetakan bagi sintesis DNA tidak kontinyu itu
disebut untai tertinggal (lagging strand). Sementara itu, fragmen-fragmen DNA
yang dihasilkan dari sintesis yang tidak kontinyu dinamakan fragmen Okazaki,
sesuai dengan nama penemunya. Fragmen-fragmen Okazaki akan disatukan
menjadi sebuah untai DNA yang utuh dengan bantuan enzim DNA ligase.

Gambar 4. Diagram replikasi pada kedua untai DNA

Replikasi DNA prokariot
Replikasi DnaA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan
dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat
buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya
9 pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga
inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju
pertumbuhan sel yang sangat tinggi, DNA kromosom prokariot dapat mengalami
reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk, sebelum putaran replikasi
yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima
kromosom yang sebagian telah bereplikasi.
Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40
buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori
akan mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi
superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga
terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens

repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan

terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim
yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang
kedua untai DNA dan memisahkannya.
Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi
oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (Ssb)
untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah
renaturasi. Enzim DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan
menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis
pada untai pengarah.
Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase
selain DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan
putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara
alami ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim
lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA
girase ini merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik
dapat mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.
Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai
pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks
yang disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval
1.000 hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA primase.
Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan mengalami
elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks multisubunit
ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan separuh
lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada kedua untai
akan berjalan dengan kecepatan yang sama.
Masing-masing bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit
a, yang mempunyai fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang
mempunyai fungsi penyuntingan berupa eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapat
subunit b yang menempelkan polimerase pada DNA.
Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III,
mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer

tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5

3, eksonuklease 5 3, dan eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease
5 3 membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang
ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim
DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom
diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom.
Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900
pb tiap detik.
Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180C dari ori. Di
sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan
garpu replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu
inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil
replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV.
Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua
sel hasil pembelahan.
Replikasi DNA eukariot
Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase.
Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang
disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases
(CDKs), yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang
mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan
mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing
ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada
eukariot bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan
penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu replikasi sehingga
gerakan garpu replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan
kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul
DNA kromosom pada kebanyakan mamalia. Sederetan sekuens tandem yang
terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi secara serempak pada waktu
tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling awal adalah

eukomatin, sedangkan deretan yang agak lambat adalah heterokromatin. DNA

sentromir dan telomir bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini mencerminkan
aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang
disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A) diperlukan
untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang
berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai
tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang
merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan
elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada
untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA
polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA
polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya
antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA),
yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E.
coli. Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga
mengalami penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan
dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin
tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli DNA
yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu
bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan
dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang mengenali BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada
DNA yang dapat menggantikan RNA primer yang dibuang dari ujung 5 untai
tertinggal. Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA. Untuk
mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariot (telomir) mengandung beratus-ratus
sekuens repetitif sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3
melampaui ujung 5. Enzim telomerase mengandung molekul RNA pendek, yang
sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut. RNA ini
akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada
ujung 3.

Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan

di dalam sel-sel somatis pada organisme multiseluler, yang lambat laun akan
menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel. Ketika pemendekan
mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan
mati. Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu,
kemampuan penggandaan yang tidak terkendali pada kebanyakan sel kanker juga
berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.
B. Transkripsi
Prinsip dasar transkripsi
Fungsi dasar kedua yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik
adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dan
diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu.
Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah
proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa
molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.
Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi
DNA, yaitu:
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya
dengan sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula
pentosanya yang tidak berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya
basa timin tetapi digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat
yang diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP),
sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah
satu di antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi
sintesis molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang
komplementer dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut
sebagai pita antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang
mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa RNA, disebut sebagai
pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya

tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi,
bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara
kedua untai DNA.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis
DNA.
4. Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat
pada nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan
membebaskan dua atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama
dengan reaksi polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja
bukannya DNA polimerase, melainkan RNA polimerase. Perbedaan yang
sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada kemampuan enzim
RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya
molekul primer.
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu
pengenalan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan
dijelaskan secara singkat sebagai berikut.
1) Pengenalan promoter
Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA, kedua
untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya penambahan
basa pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua
untai DNA segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali
terjadi di suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA
polimerase di sisi 5 (upstream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan
ditranskripsi. Tempat ini
dinamakan promoter.
2) Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada
suatu tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi atau
tapak inisiasi (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1
untuk gen yang akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan
di tapak inisiasi dan sintesis RNA pun segera dimulai.
3) Elongasi

Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA

cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung
kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga
nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang
diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung
dari arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke
5 di sepanjang untai DNA cetakan.
4) Terminasi
Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau
terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA
cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi
ketika RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan
terminator. Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu
terminasi yang hanya bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi
diri) dan terminasi yang memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein
rho). Di antara keduanya terminasi diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri
terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan
palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang berlawanan.
Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa tertentu,
maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk
batang dan kala (loop).
Inisiasi

transkripsi

tidak

harus

menunggu

selesainya

transkripsi

sebelumnya. Hal ini karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan
50 hingga 60 nukleotida, promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain.
Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi
berulang-ulang sehingga gen tersebut akan terselubungi oleh sejumlah molekul
RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.
Transkripsi pada Prokariot
Telah dikatakan di atas bahwa transkripsi merupakan proses sintesis RNA yang
dikatalisis oleh enzim RNA polimerase. Berikut ini akan diuraikan sekilas enzim
RNA polimerase pada prokariot, khususnya pada bakteri E.coli, promoter 70,
serta proses transkripsi pada organisme tersebut.

Gambar 1. Terminasi sintesis RNA menghasilkan ujung berbentuk batang dan kala
Tahapan transkripsi pada prokariot
Seperti proses transkripsi pada umumnya, transkripsi pada prokariot berlangsung
dalam empat tahap, yaitu pengikatan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Di
bawah ini akan dijelaskan pula sekilas tentang pembukaan heliks, yang terjadi
antara tahap pengikatan promoter dan insiasi transkripsi.
Pengikatan promoter
Pada awalnya, RNA polimerase inti (2) mempunyai afinitas
nonspesifik terhadap DNA. Keadaan ini dikenal sebagai pengikatan longgar, dan
sifatnya cukup stabil. Namun, begitu faktor bergabung dengan enzim inti
tersebut hingga terbentuk holoenzim, terjadilah pengurangan afinitas nonspesifik
terhadap DNA hingga 20.000 kali. Sejalan dengan hal itu, faktor juga
meningkatkan pengikatan holoenzim pada tempat pengikatan promoter yang tepat

hingga 100 kali. Dengan demikian, akan terjadi peningkatan spesifisitas

holoenzim yang tajam dalam mengenali promoter. Pada genom E. coli holoenzim
dapat mencari dan mengikat promoter dengan sangat cepat. Bahkan, karena begitu
cepatnya, maka proses ini tidak mungkin terjadi melalui pengikatan dan pelepasan
holoenzim dari DNA secara berulang-ulang. Kemungkinan yang masuk akal
hanyalah melalui pergeseran holoenzim di sepanjang molekul DNA hingga
mencapai urutan promoter. Pada promoter, holoenzim mengenali urutan -35 dan 10. Kompleks awal antara holoenzim dan promoter dikenal sebagai kompleks
tertutup (closed complex).
Pembukaan heliks
Agar pita antisens dapat diakses untuk perpasangan basa antara DNA dan
RNA yang disintesis, untai ganda (heliks) DNA harus dibuka terlebih dahulu oleh
enzim RNA polimerase. Pada kebanyakan gen pembukaan heliks oleh RNA
polimerase akan dimudahkan oleh struktur superkoiling negatif DNA sehingga
transkripsi dapat ditingkatkan. Namun, tidak semua promoter dapat diaktivasi
oleh superkoiling negative sehingga terisyaratkan bahwa perbedaan topologi DNA
dapat mempengaruhi transkripsi. Hal ini mungkin karena adanya perbedaan
hubungan sterik pada urutan -35 dan -10 di dalam heliks. Sebagai contoh,
promoter untuk subunit enzim DNA girase justru dihambat oleh superkoiling
negatif. Seperti kita ketahui, DNA girase adalah enzim yang bertanggung jawab
untuk superkoiling negatif pada genom E. coli (Bab IV) sehingga superkoiling
negatif ini dapat bertindak sebagai umpan balik yang menghambat ekspresi DNA
girase. Pembukaan awal heliks DNA akan menyebabkan pembentukan kompleks
terbuka (open complex) dengan RNA polimerase. Proses ini dikenal sebagai
pengikatan ketat.

Inisiasi
Berbeda dengan sintesis DNA (Bab IV), sintesis RNA dapat berlangsung
tanpa adanya molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi

berupa basa G atau A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk
sintesis RNA adalah GTP atau ATP. Mula-mula RNA polimerase akan
menggabungkan dua nukleotida pertama dan membentuk ikatan fosfodiester di
antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya, Sembilan basa pertama
ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di sepanjang molekul
DNA. Pada akhir penambahan masing-masing basa ini akan terdapat peluang
yang nyata terjadinya aborsi untai RNA yang baru terbentuk itu. Proses inisiasi
abortif mempengaruhi laju transkripsi secara keseluruhan karena proses tersebut
memegang peranan utama dalam menentukan waktu yang dibutuhkan oleh RNA
polimerase untuk meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA polimerase
lainnya menginisiasi putaran transkripsi berikutnya. Waktu minimum untuk
pengosongan promoter ini adalah 1 hingga 2 detik, suatu waktu yang relatif lama
bila dibandingkan dengan waktu untuk tahap-tahap transkripsi lainnya.
Elongasi
Jika inisiasi berhasil, RNA polimerase melepaskan faktor , dan bersamasama dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk
kompleks terner atau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya
kompleks terner ini RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA.
Artinya, promoter akan ditinggalkannya untuk kemudian ditempati oleh
holoenzim RNA polimerase berikutnya sehingga terjadi reinisiasi transkripsi.
Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks, atau disebut dengan
gelembung transkripsi (transcription bubble), akan terlihat bergeser di
sepanjang molekul DNA sejalan dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian
DNA yang mengalami pembukaan heliks tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17
pb (Gambar 5.3), sedangkan ujung 5 molekul RNA yang disintesis akan
membentuk heliks hibrid dengan pita antisens DNA sepanjang lebih kurang 12 pb.
Ukuran ini ternyata tidak mencapai satu putaran heliks. RNA polimerase E. coli
bergerak dengan kecepatan rata-rata 40 nukleotida per detik. Akan tetapi, angka
ini dapat bervariasi sesuai dengan urutan lokal DNA (urutan DNA yang telah
dicapai oleh RNA polimerase). Tetap dipertahankannya bagian DNA yang
mengalami pembukaan heliks menunjukkan bahwa RNA polimerase membuka

heliks DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup heliks DNA di

belakangnya. Dengan demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar setiap
kali terjadi penambahan nukleotida pada RNA nasen.
Terminasi
RNA polimerase tetap terikat pada DNA dan melangsungkan transkripsi
hingga mencapai urutan terminator (sinyal stop), yang pada umumnya berupa
struktur seperti tusuk konde (hairpin). Struktur yang terdiri atas batang dan kala
(loop) ini terjadi karena RNA hasil transkripsi mengalami komplementasi diri.
Biasanya, bagian batang sangat kaya dengan GC sehingga sangat stabil (GC
mempunyai ikatan rangkap tiga). Di sebelah downstream (3) dari struktur tusuk
kode sering kali terdapat urutan yang terdiri atas empat U.
Nampaknya RNA polimerase akan segera berhenti begitu struktur tusuk
konde RNA disintesis. Bagian ujung RNA yang mengandung banyak U tersebut
mempunyai ikatan yang lemah dengan basa-basa A pada DNA cetakan sehingga
molekul RNA hasil sintesis akan dengan mudah terlepas dari kompleks
transkripsi. Selanjutnya, pita DNA cetakan yang sudah tidak berikatan atau
membentuk hibrid dengan RNA segera menempel kembali pada pita DNA
komplemennya. RNA polimerase inti pun akhirnya terlepas dari DNA.
Terminasi menggunakan protein rho
Telah disinggung di muka bahwa selain karena adanya struktur tusuk
konde, terminasi transkripsi dapat juga terjadi dengan bantuan suatu protein
khusus yang dinamakan protein rho (). Rho merupakan protein heksamer yang
akan menghidrolisis ATP dengan adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak
terikat pada urutan sepanjang 72 basa pada RNA, yang diduga lebih disebabkan
oleh pengenalan suatu struktur spesifik daripada karena adanya urutan konsensus.
Rho bergerak di sepanjang RNA nasen menuju kompleks transkripsi. Pada
kompleks transkripsi ini rho memungkinkan RNA polimerase untuk berhenti pada
sinyal terminator tertentu. Sinyalsinyal terminator ini, seperti halnya sinyal
terminator yang tidak bergantung kepada rho, lebih dikenali oleh RNA daripada

oleh DNA cetakannya. Adakalanya terminator tersebut juga berupa struktur tusuk
konde tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U.
Transkripsi pada Eukariot
Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme
pada prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan
mesin transkripsi pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih
kompleks daripada mekanisme pada prokariot. Ada tiga macam kompleks RNA
polimerase, yang masing-masing diperlukan untuk transkripsi tipe-tipe gen
eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga macam RNA polimerase tersebut dapat
diketahui melalui pemurnian menggunakan teknik kromatografi dan elusi pada
konsentrasi garam yang berbeda. Masing-masing RNA polimerase mempunyai
sensitivitas yang berbeda terhadap toksin jamur -amanitin, dan hal ini dapat
digunakan untuk membedakan aktivitasnya satu sama lain. RNA polimerase I
(RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA. Enzim ini terdapat di
dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap -amanitin. RNA polimerase II
(RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein dan beberapa gen RNA
nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan sangat
sensitif terhadap -amanitin. RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi
gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6 snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini
terdapat di dalam nukleoplasma dan agak sensitif terhadap -amanitin. Di
samping enzim-enzim nuklear tersebut, sel eukariot juga mempunyai RNA
polimerase lainnya di dalam mitokondria dan kloroplas.
Subunit-subunit RNA polimerase pada eukariot
Ketiga RNA polimerase pada eukariot merupakan enzim berukuran besar
yang terdiri atas 12 subunit atau lebih. Gen-gen yang menyandi dua subunit
terbesar mempunyai homologi satu sama lain. Sementara itu, ketiga RNA
polimerase eukariot membawa subunit-subunit yang mempunyai homologi
dengan subunit-subunit RNA polimerase inti pada E. coli (2). Subunit
terbesar RNA polimerase eukariot menyerupai subunit , sedangkan subunit
terbesar kedua menyerupai subunit , yang merupakan pusat katalitik RNA

polimerase E.coli. Homologi struktur ini ternyata berkaitan dengan homologi

fungsional karena subunit terbesar kedua pada RNA polimerase eukariot juga
mengandung tapak aktif.
Dua subunit yang sama antara RNA Pol I dan RNA Pol III, serta satu
subunit lainnya yang khas pada RNA Pol II, memperlihatkan homologi dengan
subunit RNA polimerase E. coli. Sekurang-kurangnya ada lima subunit lainnya
yang lebih kecil, yang memperlihatkan kesamaan di antara ketiga RNA
polimerase eukariot. Masing-masing RNA polimerase ini juga membawa empat
hingga tujuh subunit tambahan yang hanya dijumpai pada salah satu di antara
ketiganya.
Aktivitas RNA polimerase eukariot
Seperti halnya RNA polimerase bakteri, masing-masing RNA polimerase eukariot
mengatalisis transkripsi dengan arah 5 ke 3 dan menyintesis RNA yang
komplementer dengan urutan DNA cetakan. Reaksi tersebut memerlukan
prekursor berupa ATP, GTP, CTP, UTP, dan tidak memerlukan primer untuk
inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti pada bakteri, RNA polimerase eukariot
yang dimurnikan memerlukan adanya protein inisiasi tambahan sebelum enzim ini
dapat berikatan dengan promoter dan melakukan inisiasi transkripsi.
Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol I
RNA Pol I bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-menerus
selama interfase. Sel manusia mengandung lima rumpun (cluster) gen penyandi
rRNA yang terdiri atas sekitar 40 salinan dan terletak pada kromosom-kromosom
yang berbeda. Masing-masing gen rRNA menghasilkan transkrip 45S rRNA yang
panjangnya lebih kurang 13.000 nukleotida (nt). Transkrip ini akan terbagi
menjadi sebuah 28S (5.000 nt), 18S (2.000 nt), dan 5,8S (160 nt) rRNA.
Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara berkesinambungan diperlukan untuk
mencukupi produksi rRNA yang selanjutnya akan dikemas ke dalam ribosom.
Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur
nukleolar (nucleolar organizer region) karena nukleolus mengandung kala
(loop) DNA berukuran besar yang sesuai dengan rumpun-rumpun gen tersebut.

Setelah sebuah sel dihasilkan dari mitosis, sintesis rRNA akan dimulai kembali
dan nukleoli yang kecil akan muncul pada lokasi kromosomal yang ditempati oleh
gen-gen rRNA. Selama sintesis rRNA berlangsung aktif, transkrip pra-rRNA
dikemas di sepanjang gen-gen rRNA dan jika divisualisasikan menggunakan
mikroskop elektron akan nampak sebagai struktur pohon natal. Di dalam
struktur ini transkrip-transkrip RNA dikemas dengan rapat di sepanjang molekul
DNA dan masing-masing muncul tegak lurus dari DNA. Transkrip yang pendek
dapat dilihat pada bagian awal gen tersebut. Transkrip akan makin bertambah
panjang pada bagian-bagian berikutnya untuk kemudian menghilang ketika
mencapai ujung unit transkripsi.
Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu daerah
control transkripsi bipartit, yang terdiri atas elemen inti atau core element dan
elemen control hulu atau upstream control element (UCE).

Gambar 2. Struktur promoter gen pra-rRNA pada mamalia

Elemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan terbentang dari posisi -31
hingga +6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi. Sementara itu, UCE
mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi -100. UCE
bertanggung jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga 100 kali bila
dibandingkan dengan laju transkripsi oleh elemen inti saja. UCE akan berikatan
dengan suatu protein spesifik pengikat DNA, yang disebut dengan faktor
pengikatan hulu atau upstream binding factor (UBF). Selain dengan UCE, UBF
juga berikatan dengan suatu urutan di sebelah hulu elemen inti. Kedua urutan
yang berikatan dengan UBF tersebut tidak mempunyai kesamaan yang nyata.
Sebuah molekul UBF diduga mengikat UCE, sedangkan sebuah molekul UBF
lainnya mengikat urutan yang kedua. Selanjutnya, kedua molekul UBF akan
saling berikatan melalui interaksi protein-protein sehingga terbentuk struktur kala
(loop) pada segmen DNA di antara kedua tempat pengikatan tersebut.

Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA Pol I.
Faktor ini adalah faktor selektivitas atau selectivity factor (SL1), yang akan
berikatan dengan kompleks UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya. SL1
berinteraksi dengan bagian hilir elemen inti yang bebas. Pengikatan kompleks
UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan RNA Pol I untuk memasuki kompleks
tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.
Saat ini SL1 telah diketahui mengandung beberapa subunit, antara lain
berupa suatu protein yang dinamakan protein pengikat TATA atau TATAbinding protein (TBP). TBP diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase
eukariot, dan nampaknya merupakan faktor penting dalam transkripsi eukariot.
Ketiga subunit SL1 lainnya dikenal sebagai faktor-faktor yang berasosiasi
dengan TBP atau TBP-associated factors (TAFs), dan di antara subunit tersebut
yang diperlukan untuk transkripsi RNA Pol I dinamakan TAF1s.
Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen kontrol
tunggal di daerah promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga 72 pb ke
arah hulu dari titik awal transkripsi. Tempat ini akan diikat oleh faktor TIF-1,
yang homolog dengan SL1. Dengan pengikatan ini RNA Pol I akan dapat
melakukan inisiasi transkripsi. Pada waktu RNA Pol I bergerak di sepanjang
molekul DNA, faktor TIF-1 tetap terikat pada tempat semula sehingga
memungkinkan terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol I yang lain, dan
beberapa putaran transkripsi dapat berlangsung. Oleh karena itu, mekanisme ini
dapat dilihat sebagai sistem kontrol transkripsi yang sangat sederhana. Di sisi lain,
untuk vertebrata nampaknya terdapat suatu UBF tambahan yang bertanggung
jawab atas pengikatan promoter oleh SL1 secara spesifik.
Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol III
RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya
terdiri atas 16 subunit yang berbeda. Enzim ini menyintesis prekursor tRNA, 5S
rRNA, serta berbagai snRNA dan RNA sitosolik. Transkrip pertama yang
dihasilkan dari gen-gen tRNA merupakan molekul prekursor yang akan diproses
menjadi RNA matang. Daerah kontrol transkripsi gen-gen tRNA terletak di
sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan yang sangat konservatif di

dalam gen tRNA, yaitu kotak A (5- TGGCNNAGTGG 3) dan kotak B (5GGTTCGANNCC 3). Kedua urutan ini juga menyandi urutan penting di dalam
tRNA sendiri, yang disebut dengan kala D (D-loop) dan kala TC. Hal ini
berarti bahwa urutan yang sangat konservatif di dalam tRNA juga merupakan
urutan promoter yang sangat konservatif.
Dua faktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang
peranan penting dalam inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol III (Gambar 5.7).
TFIIIC mengikat baik kotak A maupun kotak B di dalam promoter tRNA.
Sementara itu, TFIIIB mengikat daerah sejauh 50 pb ke arah hulu dari kotak A.
TFIIIB terdiri atas tiga subunit, yang salah satu di antaranya adalah TBP, suatu
faktor inisiasi umum yang diperlukan oleh ketiga RNA polimerase. Subunit yang
kedua dan ketiga masing-masing dinamakan BRF dan B. Faktor TFIIIB tidak
memiliki spesifisitas urutan sehingga tempat pengikatannya bergantung kepada
posisi pengikatan TFIIIC pada DNA. TFIIIB memungkinkan RNA Pol III untuk
melakukan inisiasi transkripsi. Begitu TFIIIB terikat, TFIIIC dapat dikeluarkan
tanpa mempengaruhi transkripsi. Oleh karena itu, TFIIIC dapat dilihat sebagai
faktor perakitan untuk penempatan faktor inisiasi TFIIIB.
RNA Pol III mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-satunya
subunit rRNA yang ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-gen rRNA
lainnya yang ditranskripsi oleh RNA Pol I, gen-gen 5S rRNA tersusun secara
tandem (berurutan) di dalam suatu rumpun gen. Pada manusia terdapat suatu
rumpun yang berisi sekitar 2.000 gen. Promoter gen 5S rRNA mengandung
daerah kontrol internal yang dinamakan kotak C. Letaknya sekitar 81 hingga 99
pb ke arah hilir dari tapak inisiasi transkripsi. Selain itu, terdapat juga kotak A
yang berada pada posisi sekitar +50 hingga +65.
Kotak C pada promoter 5S rRNA berperan sebagai tempat pengikatan
protein spesifik, yaitu TFIIIA (Gambar 5.8). TFIIIA bekerja sebagai faktor
perakitan yang memungkinkan TFIIIC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA.
Sementara itu, kotak A akan menstabilkan pengikatan TFIIIC sehingga faktor ini
berikatan dengan DNA pada posisi yang relatif sama dengan posisi pengikatan
pada promoter tRNA. Begitu TFIIIC terikat pada DNA, TFIIIB dapat berinteraksi

dengan kompleks pengikatan tersebut dan memungkinkan RNA Pol III untuk
melakukan inisiasi transkripsi.
Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol III bergantung kepada urutan
hulu untuk regulasi transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6 snRNA dan
gen-gen RNA kecil dari virus Epstein-Barr hanya menggunakan urutan regulator
yang letaknya di sebelah hulu dari tapak inisiasi transkripsinya. Daerah penyandi
U6 snRNA mempunyai sebuah kotak A yang khas. Akan tetapi, urutan ini tidak
diperlukan untuk transkripsi. Daerah hulu pada U6 snRNA mengandung urutan
khas promoter RNA Pol II, yang meliputi kotak TATA pada posisi -30 hingga -23.
Promoter ini juga memiliki beberapa urutan di daerah hulu sebagai tempat
pengikatan faktor transkripsi lainnya seperti pada kebanyakan gen U RNA yang
ditranskripsi oleh RNA Pol II. Hal ini mendukung pendapat bahwa faktor-faktor
transkripsi umum dapat mengatur gen-gen yang ditranskripsi baik oleh RNA Pol
II maupun oleh RNA Pol III.
Terminasi transkripsi oleh RNA Pol III nampaknya hanya memerlukan
pengenalan polimerase berupa urutan nukleotida sederhana. Urutan ini terdiri atas
sekelompok residu dA yang efisiensi terminasinya dipengaruhi oleh urutan di
sekitarnya. Urutan 5- GCAAAAGC 3 merupakan sinyal terminasi yang efisien
untuk gen 5S rRNA pada Xenopus borealis.

Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol II

RNA Pol II terdapat di dalam nukleoplasma dan bertanggung jawab untuk
transkripsi semua gen penyandi protein dan beberapa gen snRNA. Pra-mRNA
(transkrip primer) yang baru disintesis harus mengalami prosesing melalui
pembentukan pelindung (cap) pada ujung 5 RNA dan penambahan poli A pada
ujung 3 di samping pembuangan intron dan penyatuan (splicing) ekson.
Banyak promoter eukariot mengandung suatu urutan konservatif yang
dinamakan kotak TATA. Letaknya sekitar 25 hingga 35 pb dari tapak inisiasi
transkripsi, berisi urutan konsensus sepanjang 7 pb, yaitu 5- TATA(A/T)A(A/T)
3. Meskipun demikian, saat ini diketahui bahwa protein yang mengikat kotak
TATA, yakni TBP, ternyata berikatan dengan urutan sepanjang 8 pb. Tambahan

sepasang basa ini letaknya di sebelah hilir dari kotak TATA dan identitasnya
tidaklah penting. Kotak TATA bekerja dengan cara yang sama dengan urutan -10
pada promoter E. coli dalam menempatkan RNA Pol II agar diperoleh inisiasi
transkripsi yang benar. Meskipun urutan di antara kotak TATA dan tapak inisiasi
transkripsi bukan merupakan urutan yang penting, jarak antara kedua tempat
tersebut ternyata penting. Hampir 50% tapak inisiasi transkripsi berupa residu A.
Beberapa gen eukariot tidak mempunyai kotak TATA tetapi memiliki suatu
elemen insiator, yang terletak di sekitar tapak inisiasi transkripsi. Namun,
beberapa promoter tidak memiliki baik kotak TATA maupun elemen inisiator.
Gen-gen semacam ini biasanya ditranskripsi dengan lambat, dan inisiasi
transkripsi dapat terjadi di tempat-tempat yang berbeda sepanjang 200 pb. Gengen ini sering kali mengandung daerah yang kaya GC sepanjang 20 hingga 50 pb
pada posisi 100 hingga 200 pb arah hulu dari tapak inisiasi transkripsi.
Aktivitas promoter basal yang rendah akan sangat ditingkatkan oleh
adanya elemen-elemen lain di sebelah hulu promoter. Elemen-elemen ini dijumpai
pada kebanyakan gen dengan tingkat ekspresi yang sangat bervariasi di antara
jaringan yang berbeda. Dua contoh yang umum adalah kotak SP1, yang terletak
di sebelah hulu dari banyak gen baik yang mempunyai maupun yang tidak
mempunyai kotak TATA, dan kotak CCAAT. Promoter dapat memiliki salah
satu, keduanya, atau bahkan banyak salinan urutan/kotak tersebut. Urutan yang
pada umumnya terletak 100 hingga 200 pb arah hulu dari promoter ini dinamakan
elemen regulator hulu atau upstream regulatory elements (UREs). UREs
memegang peranan penting dalam menjamin berlangsungnya transkripsi yang
efisien.
Transkripsi kebanyakan promoter eukariot dapat dipacu oleh elemen
kontrol yang letaknya beribu-ribu pasang basa dari tapak inisiasi transkripsi. Hal
ini pertama kali ditemukan pada genom virus SV40. Suatu urutan sepanjang kirakira 100 pb pada DNA virus ini dapat dengan nyata meningkatkan transkripsi dari
promoter basal. Urutan pemacu (enhancer) ini mempunyai panjang 100 hingga
200 pb dan mengandung banyak elemen yang menghasilkan aktivitas totalnya.
Pemacu dapat dijumpai pada sembarang sel atau hanya pada tipe sel tertentu.
Dengan makin banyaknya pemacu dan promoter yang ditemukan, terlihat bahwa

motif kedua elemen tersebut ternyata tumpang tindih, baik secara fisik maupun
fungsional. Dengan demikian, terdapat spektrum elemen regulator yang
sinambung, mulai dari elemen-elemen pemacu yang sangat panjang rentangnya
hingga elemen-elemen promoter yang pendek rentangnya.
Serangkaian faktor transkripsi basal yang kompleks telah diketahui
berikatan dengan promoter RNA Pol II dan bersama-sama melakukan inisiasi
transkripsi.
Pada promoter yang mengandung kotak TATA, TFIID merupakan faktor
pertama yang akan mengikat promoter tersebut. Faktor ini terdiri atas banyak
molekul protein, tetapi hanya salah satu di antaranya, yakni protein pengikat
TATA atau TATA-binding protein (TBP), yang akan berikatan dengan kotak
TATA. Seperti pada RNA Pol I, pada TFIID juga terdapat faktor-faktor yang
berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors (TAFIIS). Pada sel-sel
mamalia TBP nampaknya akan berikatan dengan kotak TATA dan kemudian
bergabung dengan sekurang-kurangnya delapan TAFIIS untuk membentuk TFIID.
TBP dijumpai pada ketiga kompleks transkripsi eukariot (dalam SL1, TFIIIB, dan
TFIID), dan dapat dipastikan memegang peranan penting dalam inisiasi
transkripsi. TBP merupakan protein monomerik. Semua TBP eukariot mempunyai
domain yang terdiri atas 180 residu asam amino pada ujung C yang sangat
konservatif, dan dapat berfungsi sebagai molekul protein seutuhnya pada
transkripsi in vivo. Oleh karena itu, fungsi domain pada ujung N yang kurang
konservatif belum sepenuhnya diketahui. TBP mempunyai struktur fisik seperti
pelana, yang akan mengikat lekukan kecil molekul DNA pada kotak TATA dan
menghasilkan sudut 45 di antara kedua pasang basa pertama dan kedua pasang
basa terakhir dari 8pb elemen TATA. Mutasi TBP pada domain pengikatannya
dengan kotak TATA tetap mempertahankan fungsinya sebagai faktor transkripsi
untuk RNA Pol I dan RNA Pol III, tetapi menghalangi inisiasi transkripsi oleh
RNA Pol II. Hal ini menunjukkan bahwa RNA Pol I dan RNA Pol III
menggunakan TBP untuk inisiasi transkripsi, tetapi peranan TBP itu sendiri yang
sesungguhnya pada kompleks transkripsi tersebut masih belum jelas.
Faktor transkripsi berikutnya, TFIIA, akan mengikat TFIID dan
meningkatkan stabilitas pengikatan TFIID pada kotak TATA. TFIIA sekurang-

kurangnya tersusun dari tiga subunit. Pada studi transkripsi in vitro, yang
dilakukan dengan memurnikan TFIID, TFIIA ternyata menjadi tidak dibutuhkan
lagi. Namun, pada sel-sel yang utuh TFIIA nampaknya akan menghilangkan
pengaruh faktor-faktor penghambat yang berasosiasi dengan TFIID. Jadi,
pengikatan TFIIA pada TFIID rupanya akan mencegah masuknya faktor-faktor
penghambat tersebut sehingga proses transkripsi dapat berlanjut.
Begitu TFIID terikat dengan stabil pada DNA, faktor transkripsi lainnya,
yakni TFIIB, akan berikatan dengan TFIID. Faktor ini akan berperan sebagai
perantara yang memungkinkan masuknya RNA Pol II ke dalam kompleks inisiasi
transkripsi bersama dengan masuknya faktor berikutnya, TFIIF.
Setelah RNA Pol II terikat pada kompleks inisiasi transkripsi, tiga faktor
lainnya, masing-masing TFIIE, TFIIH, dan TFIIJ, segera berasosiasi dengan
kompleks tersebut. Ketiga faktor ini diperlukan untuk transkripsi in vitro dan
penggabungannya dengan kompleks tersebut terjadi melalui urutan tertentu. Di
antara ketiga faktor tersebut, TFIIH merupakan molekul protein terbesar yang
sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit. TFIIH mempunyai aktivitas kinase
dan helikase. Aktivasi oleh TFIIH akan menyebabkan fosforilasi domain ujung C
atau carboxyl-terminal domain (CTD) pada RNA Pol II sehingga terbentuk
kompleks RNA Pol II yang siap untuk diproses dan meninggalkan daerah
promoter. Dengan demikian, TFIIH nampaknya mempunyai fungsi yang sangat
penting dalam kontrol elongasi transkripsi. Komponen-komponen TFIIH juga
penting dalam mekanisme perbaikan DNA dan dalam fosforilasi kompleks kinase
yang mengatur daur sel.
Pada kebanyakan promoter RNA Pol II yang tidak memiliki kotak TATA
terdapat suatu elemen inisiator yang letaknya tumpang tindih dengan tapak inisiasi
transkripsi. Rupanya pada promoter semacam ini TBP dimasukkan ke promoter
oleh suatu protein pengikat DNA yang terikat pada elemen inisiator. TBP
kemudian memasukkan faktor-faktor transkripsi lainnya beserta RNA Pol II
dengan cara seperti pada promoter yang mempunyai kotak TATA.
Struktur faktor transkripsi pada eukariot

Faktor-faktor transkripsi pada eukariot mempunyai dua aktivitas yang

berbeda, yaitu pengikatan spesifik pada DNA dan aktivasi transkripsi. Masingmasing aktivitas ini dilaksanakan oleh domain-domain protein yang terpisah, yaitu
domain pengikatan DNA dan domain aktivasi. Selain itu, banyak faktor
transkripsi berupa homodimer atau heterodimer, yang bersama-sama disatukan
melalui domain dimerisasi. Beberapa faktor transkripsi mempunyai domain
pengikatan ligan yang memungkinkan aktivitas faktor regulasi transkripsi
melalui pengikatan suatu molekul tambahan yang berukuran kecil. Reseptor
hormon steroid merupakan salah satu contoh protein yang mempunyai keempat
macam domain tersebut.
Dari percobaan-percobaan yang dikenal sebagai percobaan pertukaran
domain atau domain swap experiments, diketahui bahwa domain pengikatan
DNA dan domain aktivasi faktor transkripsi Gal4 dan Gcn4 pada khamir terletak
pada bagian protein yang berbeda. Domain aktivasi akan bergabung dengan
represor LexA pada bakteri, menghasilkan protein hibrid yang mengaktivasi
transkripsi dari promoter dengan urutan operator lexA. Hal ini menunjukkan
bahwa fungsi aktivasi transkripsi pada protein khamir terpisah dari aktivitas
pengikatan DNAnya.
Ada tiga macam domain pengikatan DNA, yaitu domain helix turn helix,
domain zinc finger, dan domain basic. Domain helix turn helix mempunyai
sebuah heliks pengenalan yang akan berinteraksi dengan DNA (Gambar 5.10.a).
Domain zinc finger mempunyai dua buah kala. Pada domain zinc finger C2H2
masing-masing kala berupa enam asam amino yang berujung pada dua residu
sistein dan dua residu histidin. Keempat residu asam amino ini berkoordinat pada
suatu ion zinkum (Gambar 5.10.b). Domain basic biasanya berasosiasi dengan
salah satu dari dua domain dimerisasi, yaitu leucine zipper atau helix-loop-helix
(HLH), sehingga masing-masing dikenal sebagai protein basic leucine zipper
(bZIP) dan basic HLH. Dimerisasi protein-protein ini akan membawa kedua
domain basic, yang kemudian dapat berinteraksi dengan DNA.
Domain dimerisasi, seperti telah disinggung di atas, dapat berupa protein
leucine zipper atau HLH. Leucine zipper mengandung sebuah residu leusin
hidrofobik pada setiap posisi ketujuh yang akan berikatan dengan ujung C domain

basic. Leusin-leusin pada domain leucine zipper tersusun dalam struktur -heliks
(Gambar 5.11). Domain HLH mempunyai struktur yang menyerupai domain
leucine zipper, kecuali dalam hal adanya suatu kala rantai polipeptida yang
memisahkan kedua -heliks protein monomeriknya. Seperti halnya leucine zipper,
motif HLH sering kali dijumpai berdekatan dengan domain basic yang
memerlukan dimerisasi dalam pengikatan DNA.
Domain aktivasi transkripsi dapat berupa domain aktivasi asam, domain
kaya glutamin, atau domain kaya prolin. Domain aktivasi asam mengandung
banyak sekali residu asam amino yang bersifat asam sehingga sering disebut juga
dengan gumpalan asam atau gumpalan negatif. Masih belum diketahui dengan
pasti gambaran struktur lainya yang diperlukan oleh domain ini agar dapat
berfungsi sebagai domain aktivasi transkripsi yang efisien. Domain kaya glutamin
pertama kali ditemukan pada faktor transkripsi SP1. Pada domain ini banyak
sekali ditemukan residu glutamin. Begitu juga, pada domain kaya prolin banyak
sekali ditemukan residu prolin.
Regulasi transkripsi dapat terjadi melalui interaksi tidak langsung dengan
fungsi suatu faktor transkripsi, antara lain dengan blokade tempat pengikatan
faktor transkripsi pada DNA (seperti pada kebanyakan represor prokariot),
pembentukan kompleks pengikatan non-DNA (misalnya protein inhibitor Id yang
tidak mempunyai domain pengikatan DNA akan menggangu interaksi protein
HLH dengan DNA), dan blokade domain aktivasi faktor transkripsi meskipun
pengikatannya pada DNA tetap berlangsung (misalnya Gal80 akan menutupi
domain aktivasi faktor transkrispi Gal4 pada khamir). Di samping itu,
penghambatan transkripsi dapat juga terjadi secara langsung karena adanya
domain tertentu pada represor. Sebagai contoh, suatu domain reseptor hormon
tiroid pada mamalia akan menekan transkripsi apabila tidak ada hormon tiroid dan
akan mengaktifkannya apabila terikat pada hormon tersebut. Begitu pula, produk
gen tumor Wilms berupa protein WT1 yang akan menekan tumor, mempunyai
domain represor spesifik yang banyak mengandung prolin.

C. Translasi

Prosesing RNA
Bila dibandingkan dengan transkripsi, translasi merupakan proses yang lebih
rumit karena melibatkan fungsi berbagai makromolekul. Oleh karena kebanyakan
di antara makromolekul ini terdapat dalam jumlah besar di dalam sel, maka sistem
translasi menjadi bagian utama mesin metabolisme pada tiap sel. Makromolekul
yang harus berperan dalam proses translasi tersebut meliputi
1. Lebih dari 50 polipeptida serta 3 hingga 5 molekul RNA di dalam tiap
ribosom
2. Sekurang-kurangnya 20 macam enzim aminoasil-tRNA sintetase yang
akan mengaktifkan asam amino
3. Empat puluh hingga 60 molekul tRNA yang berbeda
4. Sedikitnya 9 protein terlarut yang terlibat dalam inisiasi, elongasi, dan
terminasi polipeptida.
Ribosom
Translasi, atau pada hakekatnya sintesis protein, berlangsung di dalam
ribosom, suatu struktur organel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma.
Ribosom terdiri atas dua subunit, besar dan kecil, yang akan menyatu selama
inisiasi translasi dan terpisah ketika translasi telah selesai. Ukuran ribosom sering
dinyatakan atas dasar laju pengendapannya selama sentrifugasi sebagai satuan
yang disebut satuan Svedberg (S). Pada kebanyakan prokariot ribosom
mempunyai ukuran 70S, sedangkan pada eukariot biasanya sekitar 80S.
Tiap ribosom mempunyai dua tempat pengikatan tRNA, yang masing-masing
dinamakan tapak aminoasil (tapak A) dan tapak peptidil (tapak P). Molekul
aminoasil-tRNA yang baru memasuki ribosom akan terikat di tapak A, sedangkan
molekul tRNA yang membawa rantai polipeptida yang sedang diperpanjang
terikat di tapak P.
Gambaran penting sintesis protein adalah bahwa proses ini berlangsung
dengan arah tertentu sebagai berikut.
1. Molekul mRNA ditranslasi dengan arah 5 3, tetapi tidak dari ujung 5
hingga ujung 3.
2. Polipeptida disintesis dari ujung amino ke ujung karboksil dengan
menambahkan asam-asam amino satu demi satu ke ujung karboksil.
Sebagai contoh, sintesis protein yang mempunyai urutan NH2-Met-Pro- . .

. -Gly-Ser-COOH pasti dimulai dengan metionin dan diakhiri dengan

serin.
3.
Proses Translasi
Mekanisme translasi atau sintesis protein secara skema garis besar dapat
dilihat pada Gambar 6.1. Sebuah molekul mRNA akan terikat pada permukaan
ribosom yang kedua subunitnya telah bergabung. Pengikatan ini terjadi karena
pada mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu yang disebut sebagai tempat
pengikatan ribosom (ribosom binding site) atau urutan Shine-Dalgarno.
Sementara itu, pada eukariot pengikatan ribosom dilakukan oleh ujung 5 mRNA.
Selanjutnya, berbagai aminoasil-tRNA akan berdatangan satu demi satu ke
kompleks ribosom-mRNA ini dengan urutan sesuai dengan antikodon dan asam
amino yang dibawanya. Urutan ini ditentukan oleh urutan triplet kodon pada
mRNA. Ikatan peptida terbentuk di antara asam-asam amino yang terangkai
menjadi rantai polipeptida di tapak P ribosom. Penggabungan asam-asam amino
terjadi karena gugus amino pada asam amino yang baru masuk berikatan dengan
gugus karboksil pada asam amino yang terdapat pada rantai polipeptida yang
sedang diperpanjang. Penjelasan tentang mekanisme sintesis protein yang lebih
rinci disertai contoh, khususnya pada prokariot, akan diberikan di bawah ini.

Gambar 1. Skema garis besar sintesis protein

Inisiasi sintesis protein dilakukan oleh aminoasil-tRNA khusus, yaitu tRNA
yang membawa metionin (dilambangkan sebagai metionil-tRNAi Met). Hal ini
berarti bahwa sintesis semua polipeptida selalu dimulai dengan metionin. Khusus
pada prokariot akan terjadi formilasi gugus amino pada metionil-tRNAi Met

(dilambangkan sebagai metionil-tRNAf Met) yang mencegah terbentuknya ikatan

peptida antara gugus amin tersebut dengan gugus karboksil asam amino pada
ujung polipetida yang sedang diperpanjang sehingga asam amino awal pada
polipeptida prokariot selalu berupa fmetionin. Pada eukariot metionil-tRNAi Met
tidak mengalami formilasi gugus amin, tetapi molekul ini akan bereaksi dengan
protein-protein tertentu yang berfungsi sebagai faktor inisiasi (IF-1, IF-2, dan IF3). Selain itu, baik pada prokariot maupun eukariot, terdapat pula metionil-tRNA
yang metioninnya bukan merupakan asam amino awal (dilambangkan sebagai
metionil-tRNAMet).
Kompleks inisiasi pada prokariot terbentuk antara mRNA, metionil-tRNAf
Met, dan subunit kecil ribosom (30S) dengan bantuan protein IF-1, IF-2, dan IF-3,
serta sebuah molekul GTP. Pembentukan kompleks inisiasi ini diduga difasilitasi
oleh perpasangan basa antara suatu urutan di dekat ujung 3 rRNA berukuran 16S
dan sebagian urutan pengarah (leader sequence) pada mRNA. Selanjutnya,
kompleks inisiasi bergabung dengan subunit besar ribosom (50S), dan metioniltRNAf Met terikat pada tapak P. Berpasangannya triplet kodon inisiasi pada
mRNA dengan anticodon pada metionil-tRNAf Met di tapak P menentukan urutan
triplet kodon dan aminoasiltRNAf Met berikutnya yang akan masuk ke tapak A.
Pengikatan aminoasil-tRNAf Met berikutnya, misalnya alanil- tRNAala, ke tapak
A memerlukan protein-protein elongasi EF-Ts dan EF-Tu. Pembentukan ikatan
peptida antara gugus karboksil pada metionil-tRNAf Met di tapak P dan gugus
amino pada alanil-tRNAala di tapak A dikatalisis oleh enzim peptidil
transferase, suatu enzim yang terikat pada subunit ribosom 50S. Reaksi ini
menghasilkan dipeptida yang terdiri atas f-metionin dan alanin yang terikat pada
tRNAala di tapak A.
Langkah berikutnya adalah translokasi, yang melibatkan (1) perpindahan fmetala- tRNAala dari tapak A ke tapak P dan (2) pergeseran posisi mRNA pada
ribosom sepanjang tiga basa sehingga triplet kodon yang semula berada di tapak A
masuk ke tapak P. Dalam contoh ini triplet kodon yang bergeser dari tapak A ke P
tersebut adalah triplet kodon untuk alanin. Triplet kodon berikutnya, misalnya
penyandi serin, akan masuk ke tapak A dan proses seperti di atas hingga

translokasi akan terulang kembali. Translokasi memerlukan aktivitas faktor

elongasi berupa enzim yang biasa dilambangkan dengan EF-G.
Pemanjangan atau elongasi rantai polipeptida akan terus berlangsung hingga
suatu tripet kodon yang menyandi terminasi memasuki tapak A. Sebelum suatu
rantai polipeptida selesai disintesis terlebih dahulu terjadi deformilisasi pada fmetionin menjadi metionin. Terminasi ditandai oleh terlepasnya mRNA, tRNA di
tapak P, dan rantai polipeptida dari ribosom. Selain itu, kedua subunit ribosom
pun memisah. Pada terminasi diperlukan aktivitas dua protein yang berperan
sebagai faktor pelepas atau releasing factors, yaitu RF-1 dan RF-2.
Sesungguhnya setiap mRNA tidak hanya ditranslasi oleh sebuah ribosom.
Pada umumnya sebuah mRNA akan ditranslasi secara serempak oleh beberapa
ribosom yang satu sama lain berjarak sekitar 90 basa di sepanjang molekul
mRNA. Kompleks translasi yang terdiri atas sebuah mRNA dan beberapa ribosom
ini dinamakan poliribosom atau polisom. Besarnya polisom sangat bervariasi dan
berkorelasi dengan ukuran polipeptida yang akan disintesis. Sebagai contoh,
rantai haemoglobin yang tersusun dari sekitar 150 asam amino disintesis oleh
polisom yang terdiri atas lima buah ribosom (pentaribosom).
Pada prokariot translasi seringkali dimulai sebelum transkripsi berakhir.
Hal ini dimungkinkan terjadi karena tidak adanya dinding nukleus yang
memisahkan antara transkripsi dan translasi. Dengan berlangsungnya kedua
proses tersebut secara bersamaan, ekspresi gen menjadi sangat cepat dan
mekanisme nyala-padam (turn onturn off) ekspresi gen, seperti yang akan
dijelaskan nanti, juga menjadi sangat efisien.
Namun, tidak demikian halnya pada eukariot. Transkripsi terjadi di dalam
nukleus, sedangkan translasi terjadi di sitoplasma (ribosom). Pertanyaan yang
muncul adalah bagaimana mRNA hasil transkripsi dipindahkan dari nukleus ke
sitoplasma, faktor-faktor apa yang menentukan saat dan tempat translasi?
Sayangnya, hingga kini kita belum dapat menjawab pertanyaan-pertanyaan
tersebut dengan memuaskan. Kita baru mengetahui bahwa transkripsi dan
translasi pada eukariot jauh lebih rumit daripada proses yang ada pada prokariot.
Salah satu di antaranya seperti telah kita bicarakan di atas, yaitu bahwa mRNA

hasil transkripsi (transkrip primer) pada eukariot memerlukan prosesing terlebih

dahulu sebelum dapat ditranslasi.
a. Kode Genetik
Penetapan triplet kodon pada mRNA sebagai pembawa informasi genetik
atau kode genetik yang akan menyandi pembentukan suatu asam amino tertentu
berawal dari pemikiran bahwa macam basa nitrogen jauh lebih sedikit daripada
macam asam amino. Basa nitrogen pada mRNA hanya ada empat macam,
sedangkan asam amino ada 20 macam. Oleh karena itu, jelas tidak mungkin tiap
asam amino disandi oleh satu basa. Begitu juga, kombinasi dua basa hanya akan
menghasilkan 42 atau 16 macam duplet, masih lebih sedikit daripada macam
amino yang ada. Kombinasi tiga basa akan menghasilkan 43 atau 64 triplet,
melebihi jumlah macam asam amino. Dalam hal ini, satu macam asam amino
dapat disandi oleh lebih dari satu macam triplet kodon.
Bukti bahwa kode genetik berupa triplet kodon diperoleh dari hasil
penelitian F.H.C. Crick dan kawan-kawannya yang mempelajari mutasi pada
lokus rIIB bakteriofag T4. Mutasi tersebut diinduksi oleh proflavin, suatu molekul
yang dapat menyisip di sela-sela pasangan basa nitrogen sehingga kesalahan
replikasi DNA dapat terjadi sewaktu-waktu, menghasilkan DNA yang kelebihan
atau kekurangan satu pasangan basa. Hal ini akan menyebabkan perubahan
rangka baca (reading frame), yaitu urutan pembacaan basa-basa nitrogen untuk
diterjemahkan menjadi urutan asam amino tertentu. Mutasi yang disebabkan oleh
perubahan rangka baca akibat kelebihan atau kekurangan pasangan basa disebut
sebagai mutasi rangka baca (frameshift mutation).
Jika mutan (hasil mutasi) rangka baca yang diinduksi oleh proflavin
ditumbuhkan pada medium yang mengandung proflavin, akan diperoleh beberapa
fag tipe liar sehingga mutasi seolah-olah dapat dipulihkan atau terjadi mutasi
balik (reverse mutation). Pada awalnya mutasi balik diduga karena kelebihan
pasangan basa dibuang dari rangka baca yang salah sehingga rangka baca tersebut
telah diperbaiki menjadi seperti semula. Namun, karena mutasi bersifat acak,
maka mekanisme semacam itu kecil sekali kemungkinannya untuk terjadi dan
dugaan tersebut nampaknya tidak benar. Crick dan kawan-kawannya menjelaskan
bahwa mutasi balik disebabkan oleh hilangnya (delesi) satu pasangan basa lain

yang letaknya tidak terlalu jauh dari pasangan basa yang menyisip (adisi). Rangka
baca yang baru ini akan menghasilkan urutan asam amino yang masih sama
fungsinya dengan urutan sebelum terjadi mutasi. Dengan perkataan lain, mutasi
balik terjadi karena efek mutasi awal akibat penambahan basa ditekan oleh mutasi
kedua akibat pengurangan basa sehingga mutasi yang kedua ini disebut juga
sebagai mutasi penekan (suppressor mutation).

Table 1. Kode genetik

Protein rIIB pada T4 mempunyai bagian-bagian yang di dalamnya dapat
terjadi perubahan urutan asam amino. Perubahan ini dapat berpengaruh atau tidak

berpengaruh terhadap fungsi proteinnya. Jika dua strain mutan T4 yang satu sama
lain mengalami mutasi berbeda di dalam bagian protein rIIB disilangkan melalui
infeksi campuran pada suatu inang, maka T4 tipe liar akan diperoleh sebagai hasil
rekombinasi genetik antara kedua tempat mutasi yang berbeda itu. Akan tetapi,
ketika kedua strain mutan rIIB yang disilangkan merupakan strain-strain yang
diseleksi secara acak (tidak harus mengalami mutasi yang berbeda), ternyata tidak
selalu diperoleh tipe liar. Hasil ini menunjukkan bahwa strain-strain mutan dapat
dibagi menjadi dua kelompok, yaitu strain + dan strain -. Dalam hal ini, strain +
tidak harus selalu mutan adisi, dan strain tidak harus selalu mutan delesi.
Namun, sekali kita menggunakan tanda + untuk mutan adisi berarti strain + adalah
mutan adisi. Begitu pula sebaliknya, sekali kita gunakan tanda + untuk mutan
delesi berarti strain + adalah mutan delesi.
Persilangan antara strain + dan strain hanya menghasilkan rekombinasi
berupa fenotipe tipe liar, sedangkan persilangan antara sesama + atau sesama
tidak pernah menghasilkan tipe liar. Hal ini karena persilangan sesama + atau
sesama akan menyebabkan adisi atau delesi ganda sehingga selalu menghasilkan
fenotipe mutan. Sementara itu, persilangan antara starin + dan akan
menyebabkan terjadinya mutasi penekan (adisi ditekan oleh delesi atau delesi
ditekan oleh adisi) atau hanya menghasilkan mutasi pada urutan asam amino yang
tidak berpengaruh terhadap fungsi protein sehingga diperoleh fenotipe tipe liar.

Gambar 2. Mutasi penekan yang memulihkan rangka baca

Oleh karena persilangan sesama + atau sesama tidak pernah
menghasilkan tipe liar, kode genetik jelas tidak mungkin terdiri atas dua basa.

Seandainya, kode genetik berupa duplet, maka akan terjadi pemulihan rangka
baca hasil persilangan tersebut. Kenyataannya tidak demikian. Pemulihan rangka
baca akibat mutasi penekan justru terjadi apabila persilangan dilakukan antara
strain + dan strain -.
Apabila kode genetik berupa triplet, maka persilangan teoretis sesama +
atau sesama akan menghasilkan fenotipe mutan, sesuai dengan hasil
kenyataannya. Namun, rekombinasi antara tiga + atau tiga - akan menghasilkan
tipe liar. Hal ini memperlihatkan bahwa kode genetik terdiri atas tiga basa.

Gambar 3. Diagram persilanga mutan rIIIB pada T 4 yang memperlihatkan bahwa

kode genetic berupa trilet kodon
a. Jika kode genetic berupa duplet, hasil persilangan teoretis tidak sesuai
dengan kenyataan yang diperoleh.
b. Jika kode genetic berupa triplet, hasil persilangan teoretis sesuai dengan
kenyataan yang diperoleh.

Sifat-sifat kode genetik

Kode genetik mempunyai sifat-sifat yang akan dijelaskan sebagai berikut.

1. Kode genetik bersifat universal. Artinya, kode genetik berlaku sama

hampir di setiap spesies organisme.
2. Kode genetik bersifat degenerate atau redundant, yaitu bahwa satu
macam asam amino dapat disandi oleh lebih dari satu triplet kodon.
Sebagai contoh, treonin dapat disandi oleh ACU, ACC, ACA, dan ACG.
Sifat ini erat kaitannya dengan sifat wobble basa ketiga, yang artinya
bahwa basa ketiga dapat berubah-ubah tanpa selalu disertai perubahan
macam asam amino yang disandinya. Diketahuinya sifat wobble bermula
dari penemuan basa inosin (I) sebagai basa pertama pada antikodon
tRNAala ragi, yang ternyata dapat berpasangan dengan basa A, U, atau
pun C. Dengan demikian, satu antikodon pada tRNA dapat mengenali
lebih dari satu macam kodon pada mRNA.
3. Oleh karena tiap kodon terdiri atas tiga buah basa, maka tiap urutan basa
mRNA, atau berarti juga DNA, mempunyai tiga rangka baca yang
berbeda (open reading frame). Di samping itu, di dalam suatu segmen
tertentu pada DNA dapat terjadi transkripsi dan translasi urutan basa
dengan panjang yang berbeda. Dengan perkataan lain, suatu segmen DNA
dapat terdiri atas lebih dari sebuah gen yang saling tumpang tindih
(overlapping). Sebagai contoh, bakteriofag X174 mempunyai sebuah
untai tunggal DNA yang panjangnya lebih kurang hanya 5000 basa.
Seandainya dari urutan basa ini hanya digunakan sebuah rangka baca,
maka akan terdapat sekitar 1700 asam amino yang dapat disintesis.
Kemudian, jika sebuah molekul protein rata-rata tersusun dari 400 asam
amino, maka dari sekitar 1700 asam amino tersebut hanya akan terbentuk
4 hingga 5 buah molekul protein. Padahal kenyataannya, bakteriofag
X174 mempunyai 11 protein yang secara keseluruhan terdiri atas 2300
asam amino. Dengan demikian, jelaslah bahwa dari urutan basa DNA yang
ada tidak hanya digunakan sebuah rangka baca, dan urutan basa yang
diekspresikan (gen) dapat tumpang tindih satu sama lain.
DAFTAR PUSTAKA
Susanto,
Agus
Hery.
2013.
Replikasi.
http://biomol.edublogs.org/files/2010/02/BAB-IV-REPLIKASI-DNA.pdf,
diakses pada 16 Oktober 2013

Susanto,
Agus
Hery.
2013.
Transkripsi.
http://biomol.edublogs.org/files/2010/02/BAB-V-TRANSKRIPSI.pdf,
diakses pada 16 Oktober 2013
Susanto
Agus
Hery.
2013.
Translasi.
http://biomol.edublogs.org/files/2010/02/BAB-VI-TRANSLASI.pdf.
Diakses pada 16 Oktober 2013