ASPEK KIMIA DALAM TUBUH

Referensi:
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi XXV, Penerjemah
Hartono Andry, Jakarta: EGC
Stryer L, 1996, Biokimia, Edisi IV, Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah Bagian Biokimia
FKUI), Jakarta: EGC

Senyawa kimia dalam jasad kehidupan

Biokimia adalah ilmu yang mempelajari mengenai berbagai molekul di dalam sel hidup
dan organisme hidup, termasuk juga reaksi kimia yang terjadi. Secara lebih formal, Murray dkk.
(2003) mendefinisikan biokimia sebagai ilmu pengetahuan yang mempelajari dasar kimia
kehidupan. Dalam hal ini, menurut Bahasa Yunani, bios berarti kehidupan.
Pada dasarya penerapan biokimia banyak terdapat dalam bidang pertanian dan kedokteran.
Sebagai conton biokimia mempunyai peranan dalam memecahkan masalah gizi, penyakit-penyakit
akibat dari kurang gizi temtama pada anak-anak. Biokimia juga dapat menjelaskan hal~hal dalam
bidang farmakologi dan toksikologi karena dua bidang ini berhubungan dengan pengaruh bahan kimia
dari luar terhadap metabolisme. Obat-obatan biasanya mempengarubi jalur metabolik tertentu,
misalnya antibiotik penisilin dapat membunuh bakteri dengan menghambat pembentukan polisakarida
pada dinding sel bakteri. Dengan demikian bakteri akan mati karena tak dapat membentuk dinding
sel.
Mengingat sel merupakan unit struktural kehidupan, maka biokimia memiliki definisi
fungsional yaitu ilmu pengetahuan yang mempelajari unsur-unsur kimia pembentuk sel hidup dan
dengan reaksi serta proses yang dijalaninya.
Sebagai contoh, dinding sel yang tersusun atas molekul-molekul fosfolipid, protein serta karbohidrat.
Contoh lainnya adalah di dalam sitoplasma sel terjadi pemecahan molekul glukosa menjadi piruvat
untuk menghasilkan energi. Yang lebih khusus lagi, di dalam mitokondria terjadi reaksi-reaksi
metabolik di antaranya siklus Krebs, oksidasi asam lemak, oksidasi piruvat, metabolism asam-asam
amino serta masih banyak lagi. Singkatnya, berbagai peristiwa biokimiawi berhubungan dengan sel.
Oleh karena itu cakupan biokimia sangat luas meliputi biologi sel, biologi molekuler serta genetika
molekuler.
Perkembangan dan kemajuan ilmu pengetahuan tersebut memacu perkembangan dan spesialisasi
dari kimia organic yaitu Biokimia .

Kimia organic pertama kali dikenal dengan nama kimia zat alam dan biokimia satu sama lain
saling jalin menjalani tanpa terlihat adanya garis pembatasan yang tegas. Senyawa yang ternyata
merupakan hasil samping metabolisme, misalnya pencernaan, pada hakekatnya telah lama diketahui
orang dan sebenarnya adalah zat-zat organic. Senyawa organic yang dikenal sebagai karbohidrat
dalam biokimia adalah sumber energi metabolisme orang / binatang, tetapi juga merupakan hasil
proses fotosintesa dari tumbuhan.
Meskipun biokimia yang pada hakekatnya merupakan spesialisasi dari kimia organic,namun
dalam perkembangannya terdapat perbedaannya yang tajam dalam penekanannya yaitu sebagai
brikut :
1. Kimia organic terutama mempelajari struktur, sifat-sifat dan fisika secara sintesisnya baik
secara alami atau in vivo dari zat-zat kimia, bahan alam misalnya cara pembentukan dan
peran biologisnya.
2. Biokimia terutama menekankan pada proses metabolisme primer, yang terdiri dari
anabolisme (Reaksi pembentukan) dan katabolisme (Reaksi pemecahan). Metabolisme primer
yaitu keseluruhan proses sintesis dan perombakan zat-zat penyusun utama makhluk hidup
seperti polisa karida, protein, lemak dan asam nukleat, yang dilakukan oleh organisme untuk
kelangsungan hidupnya. Biokimia meliputi sebagian proses-proses kimia organic, bukan saja
pada tumbuhan, melainkan juga pada hewan dan makhluk hidup lainnya.
3. Biosintesa terutama mempelajari pembentukan molekul alam dari molekul lain yang rumit
strukturnya dengan melalui endoorganic yang merupakan ciri khas pada proses-proses
anabolic dalam metabolisme
Unsur-unsur penyusun tubuh
Unsur-unsur utama penyusun tubuh adalah karbon (C), hidrogen (H), oksigen (O) dan nitrogen (N).
Selain itu masih terdapat beberapa unsur lain yaitu: kalsium (Ca), fosfor (P), kalium (K), sulfur (S),
natrium (Na), klor (Cl), magnesium (Mg), besi (Fe), mangan (Mn) dan iodium (I). Rincian dari unsurunsur tersebut tercantum pada Tabel 1.1.
Tabel 1.1 Perkiraan Komposisi Dasar Tubuh Manusia (Berdasarkan Berat Kering)
No Unsur
1
2
3
4
5

Karbon
Oksigen
Hidrogen
Nitrogen
Kalsium

Persentase
50
20
10
8,5
4

No

Unsur

8
9
10
11
12

Sulfur
Natrium
Klor
Magnesium
Besi

Persentase
0,8
0,4
0,4
0,1
0,01

6
7

Fosfor
Kalium

2,5
1

13
14

Mangan
Iodium

0,001
0,00005

Biomolekul-biomolekul kompleks utama penyusun tubuh

Unsur-unsur penyusun tubuh sebagaimana disebutkan di atas banyak yang membentuk molekulmolekul besar yang kompleks di dalam tubuh. Di antara biomolekul-biomolekul kompleks tersebut
yang merupakan biomolekul kompleks utama adalah DNA, RNA, protein, polisakarida dan lipid.
Biomolekul kompleks tersusun atas molekul-molekul sederhana, seperti terinci pada Tabel 1.2.
Tabel 1.2 Biomolekul-Biomolekul Utama di dalam Tubuh Manusia
No Biomolekul

Molekul Pembangun

Fungsi Utama

1
2
3

DNA
RNA
Protein

Deoksiribonukleotida
Ribonukleotida
Asam amino

Materi genetik
Sintesis protein
Sangat banyak, umumnya menjadi bagian
dari sel yang melangsungkan kerja (enzim,
unsur kontraktilitas dll.)
Simpanan energi jangka pendek

Polisakarida
berupa glikogen
Lipid

Glukosa

Asam lemak

Sangat banyak, misalnya simpanan energi

jangka panjang, komponen membran sel dll.

Komponen utama penyusun tubuh

Anda telah memahami mengenai unsur-unsur serta molekul-molekul kompleks utama penyusun
tubuh. Selanjutnya komponen-komponen utama penyusun tubuh terdiri atas air, protein, lemak,
mineral serta karbohidrat. Rincian komponen tersebut tertera pada Tabel 1.3
Tabel 1.3 Komposisi Kimiawi Normal (Pria dengan Berat Badan 65 kg)
No

Komponen

Berat (kg)

1
2
3
4
5

Air
Protein
Lemak
Mineral
Karbohidrat

40
11
9
4
1

Persentase
61,6
17,0
13,8
6,1
1,5

Ikatan kimia
Molekul di dalam tubuh baik yang sederhana sampai dengan yang kompleks dapat terbentuk karena
adanya ikatan kimia. Ikatan kimia digolongkan menjadi 2 yaitu ikatan kovalen dan ikatan non

kovalen. Selanjutnya ikatan non kovalen terdiri atas ikatan ionik, ikatan hidrogen dan ikatan Van Der
Waals.
1. Ikatan kovalen
Ikatan kovalen adalah ikatan yang terbentuk oleh valensi dari masing-masing atom. Anda dapat
mempelajari lagi tentang valensi dengan membaca buku-buku kimia umum, atau pelajaran kimia
di SMA. Contoh dari ikatan kovalen adalah H2O. Dalam hal ini valensi O adalah 2 dan valensi H
adalah 1.

Gambar 1.1
Ikatan kovalen antara sebuah atom C yang bervalensi 4 dan dua buah atom O yang masingmasing bervalensi 2 membentuk karbondioksida (CO2)
2. Ikatan ionik
Ikatan ionik adalah ikatan antara dua gugus dengan muatan berlawanan. Contohnya adalah ikatan
antar molekul NaCl satu dengan NaCl lainnya pada kristal garam. Na yang bermuatan positif
berikatan dengan Cl yang bermuatan negatif.
Contoh lainnya adalah ikatan antara substrat dan enzim. Jarak optimal ikatan ini adalah 28
Angstrom.

Gugus bermuatan negatif pada substrat

Gugus bermuatan positif pada enzim

Gambar 1.2
Ikatan ionik antara gugus karboksil bermuatan negatif pada substrat dan gugus amina bermuatan
positif pada enzim
3.

Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah pengikatan satu atom hidrogen oleh dua atom lain yang berbeda. Ikatan ini
dapat dibentuk di antara molekul-molekul tidak bermuatan maupun molekul-molekul bermuatan.
Atom yang mengikat hidrogen lebih kuat disebut donor hidrogen sedang lainnya dinamakan
akseptor hidrogen. Contoh berikut adalah ikatan hidrogen antar molekul air. Oksigen tertarik oleh
hidrogen dari molekul air lain di dekatnya.

Gambar 1.3
Ikatan hidrogen antara gugus amida (-NH) dan karbonil (-CO) pada asam-asam amino penyusun
protein.

4.

Ikatan Van Der Waals

Ikatan Van Der Waals adalah daya tarik non spesifik, yang berperan pada saat dua atom berjarak
3-4 Angstrom.

Air
Air merupakan produk akhir utama dari metabolisme oksidatif makanan. Dalam reaksi-reaksi
metabolik, air berfungsi sebagai reaktan tetapi juga sebagai produk. Air juga menjadi pelarut biologis
yang ideal. Air sangat mempengaruhi semua interaksi molekuler dalam sistem biologi. Air
mempunyai 2 sifat penting secara biologis yaitu sifat polar dan sifat kohesif.
1.

Air merupakan molekul polar

Secara tiga dimensi, air merupakan molekul tetrahedron tak beraturan dengan oksigen pada
bagian pusatnya. Dua buah ikatan dengan hidrogen diarahkan ke dua sudut tetrahedron, sementara
elektron-elektron yang tidak dipakai bersama pada kedua orbital terhibridasi sp3 menempati 2
sudut sisanya. Molekul air membentuk molekul bipolar (dua kutub). Sisi oksigen yang
berlawanan dengan dua atom hidrogen cenderung bermuatan negatif karena mengandung lebih
banyak elektron. Sedangkan disisi hidrogen cenderung bermuatan negatif.

Gambar 1.1
Molekul air. Sisi oksigen adalah kutub negatif dan sisi hidrogen adalah kutub positif.
2.

Air bersifat sangat kohesif

Molekul-molekul air yang berdekatan memiliki afinitas yang tinggi satu sama lainnya. Daerah
bermuatan positif dan satu molekul air cenderung akan mengarahkan diri kepada daerah
bermuatan negatif pada salah satu molekul didekatnya. Air beku mempunyai struktur kristal yang
sangat teratur di mana seluruh ikatan hidrogen potensial memang terbentuk. Air cair mempunyai
struktur yang setengah teratur dengan kelompok-kelompok molekul berikatan hidrogen yang
secara terus menerus terbentuk dan terpecah.
Air merupakan pelarut yang sangat baik bagi molekul-molekul polar. Air sangat
memperlemah ikatan ionik dan ikatan hidrogen antara molekul-molekul polar dengan cara
bersaing daya tarik. Ikatan ionik antar molekul NaCl diperlemah oleh adanya air (gambar),
tampak NaCl mengalami disintegrasi dan larut dalam molekul-molekul air.

Gambar 1.2
Afinitas yang tinggi antar molekul air.
Air merupakan pelarut yang sangat baik bagi molekul-molekul polar. Air sangat memperlemah
iakatan ionik dan ikatan hidrogen antara molekul-molekul polar dengan cara bersaing daya tarik.
Perhatikan contoh pada Gambar 1.3. Atom-atom hidrogen air mengantikan atom hidrogen amida (NH) sebagai donor ikatan hidrogen, dan atom oksigen air menggantikan atom oksigen karbonil (-CO)
sebagai akseptor. Maka ikatan hidrogen yang kuat antara NH dan CO terjadi jika tidak ada air.

Gambar 1.3
Air bersaing dalam pembentukan hidrogen, sehingga menjadi pelarut yang baik
Sintesis dan degradasi
Di dalam kehidupan, selalu terjadi peristiwa sintesis dan degradasi komponen-komponen yang
menyusunnya.
Sintesis
Sintesis adalah proses pembentukan suatu molekul yang lebih besar, dari molekul-molekul yang lebih
kecil. Sebagai contoh, protein adalah molekul yang sangat besar. Protein ini disintesis dari asam-asam
amino dengan mekanisme yang sangat rumit.

Gambar 1.4
Sintesis protein di dalam ribosom sel.
Bulatan-bulatan yang berantai merupakan gambaran sederhana dari asam-amino yang bersambungan
dengan ikatan peptida membentuk protein.

Contoh lainnya adalah DNA suatu rantai deoksiribonukleotida yang sangat panjang. Setiap mata
rantai merupakan satu unit deoksiribonukleotida. Deoksiribonukleotida tersebut terbentuk oleh
deoksiribonukleosida dan fosfat, demikian seterusnya sampai dengan komponen yang lebih kecil.

Gambar 1.5
DNA merupakan rantai ganda dari deoksiribonukleotida (rantai biru dan rantai merah). Masingmasing rantai tersusun atas mata rantai berupa deoksiribonukleotida, yaitu unit yang terdiri atas
deoksiribosa, basa nitrogen (G, C, A atau T) dan fosfat.

Degradasi
Degradasi adalah pembongkaran molekul-molekul yang lebih besar menjadi molekul-molekul yang
lebih kecil. Contohnya adalah degradasi protein menjadi asam-asam amino (gambar)

Asam-asam amino yang melebihi kebutuhan sintesis protein tidak dapat disimpan dan tidak dapat
diekskresikan. Kelebihan asam amino ini cenderung digunakan bahan bakar. Gugus amino dibebaskan
selanjutnya sebagian besar menjadi urea, sedangkan rangka karbon diubah menjadi zat antara
metabolisme misalnya asetil KoA, asetoasetil KoA, piruvat dll.

Gambar 1.6
Asam amino arginin mengalami degradasi menjadi urea dan ornitin. Selanjutnya urea diekskresikan
melalui ginjal.