Endophyte = in the plant (endon = within; phyton = plant)
Istilah endofit terutama digunakan pada strategi simbiosis: fakultatif saprofit parasit mutualistik Mikoriza endofitik =/= mikroba endofit (Brundrett, 2004) Mikoriza = perkembangan fungi-tanaman yang serasi dan transfer nutrien pada interfase khusus Endofit fungi akar cenderung saprofit (Oidiodendron maius, Phialocephala fortinii) ENDOFIT = organisme (fungi, bakteri) yang menginfeksinya tidak jelas, jaringan inang terinfeksi tidak muncul gejala, dan kolonisasi mikroba terdapat di internal (Stone et al., 2000) Kolonisasi mikroba dengan gejala tidak muncul merupakan suatu keseimbangan antagonisme antara inang dan endofit. Keseimbangan ini sangat rentan dan tergantung pada status dari partner, virulensi fungi dan pertahanan inang, faktor lingkungan, status nutrisi, dan tahap perkembangan partner. (Gambar 1.1)
Kolonisasi
Bakteri terutama mengkolonisasi interseluler dan
beberapa intraseluler (Azoarcus spp.). Umumnya didapatkan dalam jaringan vaskular tanaman inang Fungi dapat mengkolonisasi inter dan intra seluler akar. Pada bagian akar lebih ekstensif dari pada batang Hifa sering membentuk gulungan intraseluler Berbagai akar anggrek secara sistemik dan mikoheterotrofik dikolonisasi oleh Rhizoctonia, Leptodontidium, Fusarium verticillioides (=V. moniliforme) Bakteri biasanya menginvasi akar secara pasif (contoh, akar lateral, luka), kepadatan tertinggi pada jaringan akar
Karakteristik interaksi antara bakteri dan fungi
endofit dengan akar tanaman Kriteria Spektrum inang Cara dan situs infeksi
Sumber nutrisi selama
tahap awal infeksi Sumber nutrisi selama kolonisasi Pertumbuhan dlm akar Pertumb dr akar ke batang Pertmbuh sistemik dlm akar Kolonisasi jaringan
Bakteri Luas, tergantung pd habitat, inang, musim Pasif melalui luka dan jaringan lain yg membuka atau aktif dengan enzim atau vektor Eksudat inang, sel korteks mati, plant debris
Fungi Luas, tergantung pd habitat. Inang, musim Aktif, melalui stomata, dinding sel atau luka
Material simpanan dalam spora, sel korteks mati, plant debris, eksudat inang Komponen dari simplast Komponen dari simplast dan apoplast dan apoplast Inter dan/atau intra Inter dan/atau intra seluler, sering seluler, lambat, ekstensif densitas kolonisasi rendah Kadang-kadang Ya Mungkin Mungkin Biasanya tdk di dalam Terutama interseluler, jaringan vaskular
Kriteria Struktur khusus untuk akses nutrien Status fisiologis Dampak interaksi Keuntungan bagi simbion mikroba
Keuntungan potensial
Reproduksi
Bakteri Nodul, kelenjar Sedikit data tersedia
Fungi Kadang-kadang
Antagonisme seimbang, interaksi Komensalisme, aktif mutualisme atau Komensalisme, patogenisitas laten mutualisme atau Suplai nutrien dan patogenisitas laten proteksi dari stres Suplai nutrien dan lingkungan, transfer proteksi dari stres pasif dan penyebaran lingkungan, diantara inang via menguntungkan untuk vektor reproduksi dan Induksi resistensi, kolonisasi pada inang meningkatkan senesens pertumbuhan (fiksasi N, Induksi resistensi, fitohormon), sintesis meningkatkan metabolit antagonis pertumbuhan terhadap patogen (fitohormon, tanaman dan parasit meningkatkan akses terhadap mineral dan Umumnya transfer nutrien), sintesis pasif dan penyebaran metabolit antagonis
Adaptasi Densitas diversitas dan kolonisasi sering meningkat selama periode vegetatif Mikroba endofit dapat pula memiliki inang tertentu (host specifity = host preference = host exclusive). Hal ini terjadi karena telah terjadi adaptasi antara inang dan endofit. Adaptasi tidak hanya terhadap inang tertentu tetapi juga terhadap pertumbuhan endofit dalan satu organ tanaman (mis. pada akar atau batang) Metode untuk deteksi dan identifikasi fungi dan bakteri dalam jaringan tumbuhan: 1) observasi histologis dan molekular 2) sterilisasi permukaan jaringan inang dan isolasi fungi/bakteri yang tumbuh pada medium 3) deteksi melalui bahan kimia tertentu (imunologis) 4) amplifikasi langsung DNA fungi/bakteri dari jaringan tanaman
Mekanisme masuknya endofit ke jaringan
tanaman Melalui luka Melalui jaringan intact (utuh): root tips Mampu menghasilkan sorbitol dan/atau D-melezitose dalam jaringan tanaman Endofi mampu memetabolisme komponen struktur sel tanaman spt pektin (polygalacturonic acids)
Bakteri Endofit Sebagai Pengendali Fungi Patogen
Tanaman Berbagai genera bakteri diketahui memiliki kemampuan mengendalikan fungi patogen tanaman Pseudomonas, Bacillus, Azospirillum, Serratia, Burkholderia, Streptomyces Mekanisme penekanan patogen oleh bakteri antagonis: - Antibiosis (produksi antibiotik, toksin) - Kompetisi (nutrien) - Siderofor (Fe) - Lisis (produksi enzim litik: selulase, chitinase, glukanase) - Induksi mekanisme pertahanan tanaman - Meningkatkan pertumb tanaman (produksi fitohormon)
Upaya Peningkatan Efikasi Agensia
Biokontrol 1. Optimalisasi formulasi dan teknologi aplikasi 2. Steb inoculation into stems, soaking seeds in bacterial suspension, root dipping, soil drench, seed coating, foliar spray, granule, 3. Integrasi strategi biokontrol (kombinasi endofit & agensia Biokontrol & kimia) 4. Pengelolaan mikroflora endofit indigenus (aplikasi chitin) 5. Rekayasa genetik (plant breeding, transgenic)
