Biokimia

Biokimia adalah kimia makhluk hidup. Biokimiawan mempelajari molekul dan reaksi
kimia terkatalisis oleh enzim yang berlangsung dalam semua organisme. Lihat artikel biologi
molekular untuk diagram dan deskripsi hubungan antara biokimia, biologi molekular, dan genetika.
Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari struktur dan fungsi komponen selular,
seperti protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat, dan biomolekul lainnya. Saat ini biokimia lebih
terfokus secara khusus pada kimia reaksi termediasi enzim dan sifat-sifat protein.
Saat ini, biokimia metabolisme sel telah banyak dipelajari. Bidang lain dalam biokimia di
antaranya sandi genetik (DNA, RNA),sintesis protein, angkutan membran sel, dan transduksi sinyal.
Daftar isi

1 Perkembangan biokimia

2 Biomolekul
o

2.1 Karbohidrat

2.2 Lipid

2.3 Protein

2.4 Asam nukleat

3 Karbohidrat
o

3.1 Monosakarida

3.2 Disakarida

3.3 Oligosakarida dan polisakarida

3.4 Penggunaan karbohidat sebagai sumber energi

3.4.1 Glikolisis (anaerob)

3.4.2 Aerob

3.4.3 Glukoneogenesis
4 Protein

5 Lipid

6 Asam nukleat

7 Lihat pula

8 Pranala keluar

9 Referensi

Perkembangan biokimia[sunting sumber]

Kebangkitan biokimia diawali dengan penemuan pertama molekul enzim, diastase, pada
tahun 1833 oleh Anselme Payen. Tahun 1828, Friedrich Whler menerbitkan sebuah buku tentang
sintesis urea, yang membuktikan bahwa senyawa organik dapat dibuat secara mandiri. Penemuan
ini bertolak belakang dengan pemahaman umum pada waktu itu yang meyakini bahwa senyawa
organik hanya bisa dibuat oleh organisme.
Istilah biokimia pertama kali dikemukakan pada tahun 1903 oleh Karl Neuber,
seorang kimiawan Jerman. Sejak saat itu, biokimia semakin berkembang, terutama sejak
pertengahan abad ke-20, dengan ditemukannya teknik-teknik baru seperti kromatografi, difraksi
sinar X, elektroforesis, RMI (nuclear magnetic resonance, NMR), pelabelan radioisotop, mikroskop
elektron, dan simulasi dinamika molekular. Teknik-teknik ini memungkinkan penemuan dan analisis
yang lebih mendalam berbagai molekul dan jalur metabolik sel, seperti glikolisis dansiklus Krebs.
Perkembangan ilmu baru seperti bioinformatika juga banyak membantu dalam peramalan dan
pemodelan struktur molekul raksasa.
Saat ini, penemuan-penemuan biokimia digunakan di berbagai bidang, mulai
dari genetika hingga biologi molekular dan daripertanian hingga kedokteran. Penerapan biokimia
yang pertama kali barangkali adalah dalam pembuatan roti menggunakankhamir, sekitar 5000 tahun
yang lalu.
Penemuan penting lain di bidang biokimia adalah penemuan gen dan perannya dalam
mentransfer informasi di dalam sel. Bagian biokimia ini terkadang juga disebut dengan biologi
molekuler. Pada tahun 1950-an, James D. Watson, Francis Crick,Rosalind Franklin, dan Maurice
Wilkins menemukan bagaimana struktur DNA dan mencoba mencari hubungannya dengan transfer
informasi genetik. Pada tahun 1958, George Beadle dan Edward Tatum berhasil
memenangkan Hadiah Nobel akibat penelitian mereka mengenai jamur yang menunjukkan bahwa
satu gen memproduksi satu enzim. Pada tahun 1988, Colin Pitchfork adalah orang pertama yang
terbukti melakukan tindak kriminal melalui bukti DNA. Belum lama ini, Andrew Z. Fire danCraig C.
Mello memenangkan Hadiah Nobel pada tahun 2006 atas penemuan fungsi dari RNA
interferensi (RNAi).

Biomolekul[sunting sumber]

Ada 4 kelas molekul utama dalam biokimia yaitu: karbohidrat, lipid, protein, dan asam nukleat.
Banyak molekul biologi merupakan "polimer": dalam kasus ini, monomer adalah mikromolekul yang
relatif kecil yang bergabung menjadi satu untuk membentuk makromolekul-makromolekul, yang
kemudian disebut sebagai "polimer". Ketika banyak monomer bergabung untuk mensintesis
sebuah polimer biologis, mereka melalui proses/tahap yang disebut dengan sintesis dehidrasi.

Karbohidrat[sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Karbohidrat, Monosakarida, Disakarida, dan Polisakarida

Sebuah molekulsukrosa (glukosa + fruktosa), sebuahdisakarida.

Karbohidrat tersusun dari monomer yang disebut sebagai monosakarida. Contoh dari monosakarida
adalah glukosa(C6H12O6), fruktosa (C6H12O6), dan deoksiribosa (C5H10O4). Ketika 2 monosakarida
melalui proses sintesis dehidrasi, maka air akan terbentuk, karena 2 atom hidrogen dan
satu atom oksigen telepas dari 2 gugus hidroksil monosakarida.

Lipid[sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Lipid, Gliserol, dan Asam lemak

Sebuah trigliserida dengan satu molekul gliserol (kiri) dan 3 molekul asam lemak.

Lipid biasanya terbentuk dari satu molekul gliserol yang bergabung dengan molekul lain.
Di trigliserida, ada satu mol gliserol dan tiga molekul asam lemak. Asam lemak merupakan monomer
disini.
Lipid, terutama fosfolipid, juga digunakan di beberapa produk obat-obatan, misalnya sebagai bahan
pelarut (contohnya di infusparenteral) atau sebagai komponen pembawa obat (contohnya
di liposom atau transfersom).

Protein[sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Protein dan Asam amino

Struktur umum dari asam -amino, dengan grup amino di sebelah kiri dan grup karboksil di sebelah kanan.

Protein merupakan molekul yang sangat besar-atau makrobiopolimer- yang tersusun dari monomer
yang disebut asam amino. Ada 20 asam amino standar, yang masing-masing terdiri dari
sebuah gugus karboksil, sebuah gugus amino, dan rantai samping (disebut sebagai grup "R"). Grup
"R" ini yang menjadikan setiap asam amino berbeda, dan ciri-ciri dari rantai samping ini akan
berpengaruh keseluruhan terhadap suatu protein. Ketika asam amino bergabung, mereka
membentuk ikatan khusus yang disebut ikatan peptida melalui sintesis dehidrasi, dan
menjadi Polipeptida, atau protein.

Asam nukleat[sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Asam nukleat, DNA, RNA, dan Nukleotida

Struktur dari asam deoksiribosa nukleat (DNA), gambar ini menunjukkan monomernya diletakkan bersamaan.

Asam nukleat adalah molekul yang membentuk DNA, substansi yang sangat penting yang
digunakan oleh semua organisme seluler untuk menyimpan informasi genetik. Jenis asam nukleat
yang paling umum adalah asam deoksiribosa nukleat danasam ribonukleat. Monomernya
disebut nukleotida. Nukleotida yang paling umum diantaranya Adenin, Sitosin, Guanin, Timin,
dan Urasil. Adenin berpasangan dengan timin dan urasil, timin hanya berpasangan dengan adenin;
sitosin dan guanin hanya dapat berpasangan satu sama lain.

Karbohidrat[sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Karbohidrat
Fungsi dari karbohidrat adalah sebagai pembangun dan sumber energi. Gula merupakan
karbohidrat, tapi tidak semua karbohidrat adalah gula. Jumlah karbohidrat di bumi lebih banyak
daripada jumlah biomolekul manapun.

Monosakarida[sunting sumber]

Glukosa, atau juga dikenal dengan gula darah.

Tipe karbohidrat yang paling sederhana adalah monosakarida, yang biasanya terdiri dari
atom karbon, hidrogen, dan oksigen, kebanyakan dengan perbandingan 1:2:1 (formula umumnya
CnH2nOn, dimana n paling kecil adalah 3). Glukosa, salah satu karbohidrat yang paling penting,
merupakan contoh dari monosakarida. Juga termasuk dengan fruktosa, gula yang biasanya
ditemukan dalam manisnya buah-buahan.[1][a] Beberapa karbohidrat (terutama
setelah kondensasi menjadi oligo- dan polisakarida) memiliki jumlah karbon yang relatif lebih rendah
daripada H dan O. Monosakarida dapat dikelompokkan kealdosa (mempunyai grup aldehida di akhir
rantainya, contohnya glukosa) dan ketosa (mempunyai grup keton di rantainya, contohnya fruktosa).

Disakarida[sunting sumber]

Sukrosa: gula tebu dan mungkin karbohidrat yang paling dikenal.

Dua monosakarida dapat bergabung menjadi satu melalui sintesis dehidrasi. Maka, akan dilepaskan
satu atom hidrogen dan satu grup hidroksil (OH-). Atom hidrogen dan hidroksil akan bergabung dan
membentuk molekul air (H-OH atau H2O), maka dari itu disebut "dehidrasi". Molekul baru ini disebut
"disakarida". Reaksinya pun bisa berbalik arah (reaksi pemecahan), dengan menggunakan satu
molekul air untuk memecah satu molekul disakarida, maka akan memecah ikatan glikosidik pada
disakarida. Reaksi inilah yang disebut dengan hidrolisis. Jenis disakarida yang paling dikenal
adalah sukrosa atau yang biasanya kita kenal dengan gula tebu. Satu molekul sukrosa terdiri dari
satu molekul glukosa dan satu molekul fruktosa. Disakarida yang lain contohnya laktosa, terdiri dari
satu molekul glukosa dan satu molekul galaktosa. Di dalam tubuh, dikenal adanya
enzim laktase yang memecah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Biasanya, pada orang berusia
lanjut, produksi laktase semakin sedikit dan akibatnya adalah penyakit intoleransi laktosa.

Oligosakarida dan polisakarida[sunting sumber]

Selulosa sebagai polimer -D-glukosa

Ketika beberapa (sekitar 3-6) monosakarida bergabung menjadi satu, maka akan disebut
sebagai oligosakarida (oligo- artinya "sedikit"). Jika banyak monosakarida bergabung menjadi satu,
maka akan disebut sebagai polisakarida. Monosakarida dapat bergabunf membentuk satu rantai
panjang, atau mungkin bercabang-cabang. 2 jenis polisakarida yang paling dikenal
adalahselulosa dan glikogen, dua-duanya terdiri dari monomer glukosa.

Selulosa dibuat oleh tumbuhan dan merupakan komponen penting yang membentuk dinding
sel. Manusia tidak bisa membuat ataupun mencerna selulosa.

Glikogen, atau nama lainnya adalah gula otot, digunakan oleh manusia dan hewan sebagai
sumber energi.

Penggunaan karbohidat sebagai sumber energi[sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Metabolisme karbohidrat
Glukosa merupakan sumber energi utama bagi makhluk hidup. Contohnya, polisakarida akan
dipecah menjadi monomer-monomernya (fosforilase glikogen akan membuang residu glukosa dari
glikogen). Disakarida seperti laktosa atau sukrosaakan dipecah menjadi 2 komponen
monosakaridanya.
Glikolisis (anaerob)[sunting sumber]

Glukosa akan dicerna dalam tubuh dalam reaksi respirasi. Tahapan pertama dalam reaksi respirasi
adalah glikolisis. Tahapan glikolisis dimulai dari satu molekul glukosa sampai tahap akhirnya akan
dihasilkan 2 molekul piruvat. Tahap ini juga akan menghasilkan 2 ATP dan memberikan dua elektron
dan satu hidrogen pada NAD+ sehingga menjadi NADH. Tahap ini tidak membutuhkan oksigen. Jika
persediaan oksigen dalam tubuh tidak cukup, maka NADH akan digunakan untuk mengubah piruvat
menjadi asam laktat (dalam tubuh manusia]] atau menjadi etanol dan karbon dioksida.
Aerob[sunting sumber]
Dalam respirasi aerob, sel yang mendapat cukup oksigen, piruvat yang dihasilkan dari tahap
glikolisis akan dicerna kembali dan diubah menjadi Asetil Ko-A. Piruvat akan membuang satu atom
karbonnya (menjadi karbon dioksida) dan akan memberikan elektronnya lagi pada NAD+ sehingga
menjadi NADH. 2 molekul Asetil Ko-A akan memasuki tahap siklus Krebs, dan akan menghasilkan
lagi 2 ATP, 6 molekul NADH, dan 2 ubiquinon (FADH2), serta karbon dioksida. Energi di NADH dan
FADH2 nantinya akan digunakan di transpor elektron. Energi ini dipakai dengan cara dilepaskannya
elektron dan H+ dari NADH dan FADH2 secara bertahap di sistem transpor elektron. Sistem transpor
elektron akan memompa H+ keluar dari membran dalam mitokondria. Konsentrasi H+ di luar
membran dalam mitokondria akan menyebabkan gradien proton, sehingga H + akan masuk kembali
ke membran dalam mitokondria melalui ATP sintase. Oksigen bertugas sebagai penerima elektron
akhir, sehingga proses pembentukan ATP terus berlanjut. Oksigen yang bergabung dengan H + akan
membentuk air. NAD+ dan FAD akan digunakan kembali dalam sistem respirasi, seperti yang telah
dijelaskan sebelumnya. Hal ini yang menyebabkan mengapa kita menghirup oksigen dan
melepaskan karbon dioksida. Dalam 1 molekul glukosa akan dihasilkan total 36 ATP, dan satu ATP
dapat melepaskan 7,3 kilokalori.
Glukoneogenesis[sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Glukoneogenesis
Dalam tubuh vertebrata, otot lurik yang dipaksa bekerja keras (misalnya selagi angkat beban atau
lari), tidak akan mendapatkan oksigen yang cukup sehingga akan melakukan metabolisme anaerob,
maka akan mengubah glukosa menjadi asam laktat. Organ hati akan menghasilkan kembali glukosa
tersebut, melalui proses yang dinamakan glukoneogenesis. Proses glukoneogenesis sebenarnya
membutuhkan energi 3 kali lebih banyak daripada yang dihasilkan dalam proses glikolisis (ada 6
ATP yang dibuat, sedangkan glikolisis hanya menghasilkan 2 ATP).

Protein[sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Protein

Skema darihemoglobin. Pita warna merah dan biru adalah protein globin; sedangkan struktur hijau adalah
grupheme.

Seperti karbohidrat, beberapa protein juga memiliki fungsi vital dalam tubuh. Contohnya, pergerakan
dari protein aktin danmiosin sangat berperan bagi kontraksi otot lurik. Salah satu ciri dari
kebanyakan protein adalah mereka hanya dapat mengikat secara spesifik, hanya satu molekul

tertentu atau satu grup molekul, sehingga sangat selektif. Antibodi adalah satu contoh protein yang
hanya dapat mengikat satu tipe molekul saja. Salah satu jenis protein yang paling penting
adalah enzim. Molekul enzim hanya dapat mengenali satu jenis molekul reaktan saja, reaktan ini
disebut sebagai substrat. Enzim akan mengkatalis reaksi, sehingga energi aktivasi akan menurun,
dan kecepatan reaksi dapat berlangsung lebih cepat sampai 1011 kalinya. Sebuah reaksi mungkin
akan memakan waktu 3.000 tahun untuk betul-betul selesai, tapi dengan enzim mungkin menjadi
kurang dari satu detik. Enzim sendiri tidak digunakan dalam proses reaksinya, sehingga akan
langsung mengkatalis substrat lainnya.
Pada dasarnya, protein terdiri dari rantai asam amino. Sebuah asam amino terdiri dari satu atom
karbon yang berikatan dengan 4 grup. Grup pertama dalah gugus amino, NH2, grup kedua
adalah asam karboksilik, COOH (meskipun eksisnya sebagai NH3+ dan COO dalam kondisi
fisiologis). Grup yang ketiga adalah atom hidrogen. Grup yang keempat biasanya disingkat sebagai
"R", dan grup inilah yang membedakan antar asam amino. Ada 20 macam asam amino standar.
Beberapa dari mereka mempunyai fungsi sendiri-sendiri, misalnya, fungsi glutamat adalah
sebagai neurotransmiter.

Asam amino (1) dalam bentuk netral, (2) dalam bentuk fisiologis, dan (3) dalam bentuk gabungan bersama
sebagai dipeptida.

Asam amino dapat bergabung melalui ikatan peptida. Dalam sintesis dehidrasi ini, sebuah molekul
air akan dilepaskan dan ikatan peptida akan menghubungkan atom nitrogen dari asam amino yang
satu dengan atom karbon dari gugus asam karboksil lain. Maka, hasilnya adalah dipeptida.
Rangkaian beberapa asam amino (biasanya lebih kecil dari 30) disebut polipeptida. Untuk rangkaian
yang lebih panjang, biasanya disebut sebagai protein. Sebagai contoh, protein albumin padaplasma
darah terdiri dari 585 residu asam amino.
Struktur dari protein bisa dijelaskan melalui empat tingkatan. Struktur utama dari protein terdiri dari
rangkaian linear asam amino, misalnya, "alanin-glisin-triptofan-serin-glutamat-asparagin-glisin-lisin". Struktur sekunder lebih kepada morfologi lokal. Beberapa kombinasi dari asam amino akan
cenderung membentuk gulungan yang disebut dengan -helix atau menjadi lembaran yang disebut
dengan -sheet. Struktur tersier adalah bentuk 3 dimensi protein tersebut secara keseluruha. Bentuk
ini akan ditentukan oleh urutan asam amino. Jika ada satu perubahan saja maka akan mengubah
keseluruhan struktur. Rantai alfa hemoglobin terdiri dari 146 residu asam amino, jika
residu glutamat di posisi ke-6 digantikan dengan valin, maka akan mengubah sifat hemoglobin
tersebut, dan mengakibatkan penyakit anemia sel sabit. Struktur kuartener lebih memfokuskan pada
struktur dari protein dengan beberapa subunit peptida. Contohnya, hemoglobin dengan keempat
subunitnya. Tidak semua protein memiliki lebih dari satu subunit.
Protein yang masuk ke dalam tubuh akan dipecah menjadi asam amino atau dipeptida di
dalam usus halus, baru kemudian bisa diserap oleh tubuh. Nantinya, asam amino ini dapat
bergabung kembali untuk membentuk protein yang baru. Produk antara dari glikolisis, siklus asam
sitrat, dan jalur fosfat pentosa dapat digunakan untuk membentuk kedua puluh macam asam amino.
Manusia dan mamalia lainnya hanya dapat mensintesa separuh dari ke-20 macam amino tersebut.
Tubuh manusia tidak dapat mensintesa isoleusin, leusin, lisin, metionin, fenilalanin, treonin, triptofan,
dan valin. Asam amino ini merupakan asam amino esensial, karena penting bagi tubuh. Mamalia
dapat mensintesa asam amino non esensial,
yaitu alanin, asparagin, aspartat, sistein, glutamat, glutamin, glisin, prolin, serin,

dan tirosin. Arginin dan histidinjuga dapat disintesa mamalia, tapi hanya dapat diproduksi dalam
jumlah terbatas, sehingga terkadang juga disebut sebagai asam amino esensial.
Jika gugus amino dilepaskan dari sebuah asam amino, maka akan menyisakan asam keto-.
Enzim transaminase akan mudah memindahkan gugus amino yang lepas ini ke asam keto-
lainnya. Hal ini penting di dalam biosintesis dari asam amino, seperti dalam banyak jalur, zat antara
dari jalur biokimia lainnya akan diubah menjadi asam keto-, lalu sebuah gugus amino ditambahkan
lewat transaminasi. Maka, asam amino dapat digabung-gabungkan untuk membentuk protein.
Proses yang mirip digunakan untuk memecah protein. Pertama-tama, protein akan terhidrolisa
menjadi komponen-komponennya, yaitu asam amino. Amonia bebas (NH3), berada dalam bentuk
ion amonium (NH4+) di dalam darah, akan berbahaya bagi tubuh, maka harus dikeluarkan.
Organisme uniseluler hanya tinggal melepaskan saja amonia ini keluar tubuh. Di dalam tubuh
mamalia, amonia akan diubah menjadi urea, lewat siklus urea.

Lipid[sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Lipid
Kata lipid merujuk kepada suatu kelompok molekul yang beragam, termasuk juga kelompok molekul
yang sulit larut dalam air (contohnya malam, asam lemak, dan turunan asam lemak
seperti fosfolipid,sfingolipid, glikolipid, dan terpenoid. Beberapa lipid merupakan
molekul alifatik linear, tapi ada juga yang mempunyai struktur cincin. Beberapa juga
molekul aromatik, dan beberapa juga lunak.
Beberapa lipid mempunyaii sifat polar meskipun kebanyakan dari mereka merupakan
nonpolar/hidrofobik ("takut air"). Tapi ada beberapa bagian dari strukturnya bersifat hidrofilik ("sukaair"), sehingga membuat molekul ini menjadi amfifilik (mempunyai sifat hidrofobik dan hidrofilik).
Dalam kasus kolesterol, gugus polarnya hanya -OH (hidroksil atau alkohol). Dalam kasus fosfolipid,
gugus polarnya lebih besar sehingga dianggap polar.
Lipid merupakan salah satu unsur penting dalm tubuh. Kebanyakan produk minyak dan produk
susu yang kita gunakan untuk masak dan makan seperti mentega, keju, dan minyak samin terdiri
dari lemak. Makanan yang mengandung lemak, jika dicerna dalam tubuh maka akan dipecah
menjadi asam lemak dan gliserol.

Asam nukleat[sunting sumber]

Artikel utama untuk bagian ini adalah: Asam nukleat
Asam nukleat merupakan makromolekul biokimia yang kompleks, terdiri dari rantai-rantai nukleotida
yang menyimpan informasi genetik. Jenis asam nukleat yang paling umum adalah asam
deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan di segala jenis sel
makhluk hidup dan virus. Disamping sebagai penyimpan informasi genetik, asam nukleat juga
berperan dalam penyampai pesan kedua, serta pembentuk molekul dasar untuk adenosin trifosfat.
Monomer dari asam nukleat disebut nukleotida, dan tiap nukleotida terdiri dari 3 komponen: basa
nitrogen (purin dan pirimidin), gula pentosa/senyawa gula karbon-5, dan gugus fosfat. Perbedaan
tipe asam nukleat dapat ditemukan di jenis gula pada rantainya (contohnya, DNA terdiri dari 2
deoksiribosa). Juga, jenis basa nitrogen yang mungkin ada di asam nukleat juga bisa berbeda:
adenin, sitosin, dan guanin bisa ada di RNA dan DNA, timin hanya pada DNA, dan urasil hanya
pada RNA.