Anda di halaman 1dari 3

Perkembangan terbaru biologi molekuler tanaman : dari dogma sentral, epigenetik hingga cabang ilmu ribogenomik

Kecepatan penelitian terkait biologi molekuler pada tanaman telah berkembang sedemikian pesat. Dogma sentral biologi semakin dilengkapi dengan informasi terbaru terkait epigenetik yang mencakup regulasi RNA mikro (miRNA) dan RNA untai panjang (lncRNA). Regulasi RNA yang kompleks telah melahirkan cabang ilmu biologi molekuler baru yang bernama Ribogenomik yang berperan penting dalam setiap usaha pemahaman genotip dan fenotip.

Sebagai salah satu cabang ilmu biologi, kemajuan penelitian dan teknologi informasi telah membantu perkembangan pesat dari biologi molekuler. Sejak dicetuskan pada tahun 1958 dan dipublikasikan di Nature pada tahun 1970 oleh Francis Crick, dogma sentral biologi telah menjadi acuan dari pemahaman proses pembacaan materi genetik menjadi protein yang berperan di setiap tahap metabolisme pada tubuh suatu organisme eukariotik [1]. Pertama, dogma tersebut menjelaskan proses pembentukan asam ribonukleat (RNA) dari asam deoksiribonukleat (DNA) melalui proses transkripsi. Pada proses ini, informasi genetik di dalam DNA dialihkan ke RNA. Kedua, RNA dengan kode genetik yang diterima dari DNA membentuk protein melalui proses translasi [2].

Pada masanya, dogma sentral biologi tersebut tidak mencakup proses metilasi DNA hingga modifikasi protein pasca translasi. Pada tahun 1993, RNA mikro atau yang lazim disingkat miRNA ditemukan [3]. RNA mikro merupakan molekul RNA yang tidak mengkode protein dan berukuran 21-24 nukleotida. Sebuah teori mengatakan bahwa RNA mikro dikode oleh gen pre-miRNA yang berada di daerah intergenik DNA yaitu intron pada hewan. Sedangkan pada tanaman, gen yang mengkode RNA mikro tersebut terletak pada DNA yang ditranskrip oleh RNA Poly-II dan membentuk prekursor primer panjang dari miRNA (pri-miRNAs) [4,5]. RNA mikro tersebut berperan menghambat ekspresi gen target melalui regulasi pasca transkripsi [6]. Penemuan ini merevolusi paradigma tentang regulasi gen pada organisme eukariotik dan memunculkan pemahaman epigenetik. Epigenetik dapat dimaknai sebagai studi tentang perubahan ekspresi gen yang diturunkan namun tidak disandi oleh perubahan sekuens DNA yang terkait. Pada tanaman perkebunan, fenomena variasi somaklonal pada kultur jaringan kelapa sawit (Elaeis guineensis) merupakan salah satu contoh dari epigenetik yang hingga saat ini belum dapat diatasi [7].

Studi epigenetik tidak hanya meliputi RNA mikro namun juga beberapa jenis RNA kecil (small RNA, sRNA) seperti Short interfering RNA (siRNAs), Tiny noncoding RNA (tncRNA), dan small modulatory RNA (smRNA) [8]. Sebagian besar dari jenis RNA kecil tersebut telah diketahui fungsinya. Sebagai contoh, pada tanaman karet (Hevea brasiliensis), RNA kecil telah diidentifikasi [9] dan diprediksi memiliki peran penting dalam respon terhadap penyakit kering alur sadap (KAS) [10]. Studi dan pemahaman mendalam terhadap regulasi RNA kecil ini terhadap gen-gen target terkait merupakan faktor penting dalam usaha mengatasi penyakit KAS pada tanaman karet tersebut.

Tidak hanya itu saja, pada tahun 2007, pengetahuan tentang dunia RNA ditambah dengan ditemukannya jenis RNA baru yang dinamakan long noncoding RNAs atau RNA untai panjang yang tidak mengkode protein (lncRNAs) [11]. Penemuan RNA untai panjang dengan ukuran lebih dari 200 nukleotida ini secara dramatis merubah paradigma tentang regulasi

transkripsi dari gen. Jenis molekul RNA baru ini terlibat dalam berbagai proses regulasi metabolisme, perkembangan dan kondisi stres pada tanaman. Namun mekanisme detil terkait hal tersebut masih perlu digali melalui penelitian [12]. Penelitian terkait lncRNAs pada tanaman pun masih terbatas pada Arabidopsis thaliana, Zea mays, Triticum aestivum, dan Oryza sativa [13]. Uniknya, pada fungsi-fungsi tertentu seperti respon terhadap stres, RNA untai panjang ini tidak conserved di antara beberapa spesies tanaman dan menjadi ciri khas dari tanaman gandum (Triticum aestivum) [14].

Sayangnya, penelitian terkait RNA untai panjang tersebut belum dirintis pada tanaman perkebunan. Akan tetapi, besar kemungkinan bahwa subyek tersebut akan segera digali mengingat uniknya karakter yang dimiliki RNA untai panjang tersebut. Terlebih RNA untai panjang tersebut berperan dalam regulasi epigenetik melalui mekanisme yang berbeda dengan RNA mikro [15]. Idealnya, sebagai contoh, pemahaman akan regulasi RNA untai panjang pada tanaman kelapa sawit akan mampu mengungkap rahasia dibalik variasi somaklonal yang telah diungkapkan diatas.

dibalik variasi somaklonal yang telah diungkapkan diatas. Gambar 1 . Pemandangan skematis dari genotip menuju fenotip

Gambar 1. Pemandangan skematis dari genotip menuju fenotip dengan mempertimbangan ribogenomik [16].

Perkembangan riset tiada henti yang mengungkap kemajuan pengetahuan tentang RNA tersebut membuat sekelompok peneliti dari Beijing Institute of Genomics (BIG) mengangkat cabang ilmu biologi molekuler baru yang disebut ribogenomik [16]. Ribogenomik adalah ilmu yang mempelajari tentang segala jenis molekul RNA dan bagaimana sel mengatur sistem kerja mereka. Sehingga pada masa sekarang ini, dalam usaha memahami regulasi dari genomik menuju fenotip, peneliti diharapkan mempertimbangkan segala aspek dari RNA yang mengkode protein yaitu RNA messenger (mRNA), dan RNA yang tidak mengkode

www.ibriec.org | Maret 2014 | 2(2), 11-13

Riza Arief Putranto Peneliti BPBPI

protein seperti RNA kecil yang didalamnya terkandung RNA mikro (miRNA), serta RNA untai panjang (lncRNAs) (Gambar 1).

Sumber pustaka

1. Crick F (1970) Central Dogma of Molecular Biology. Nature 227: 561-563.

2. Leavitt SA (2010) Deciphering the Genetic Code: Marshall Nirenberg. Office of NIH History.

3. Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V (1993) The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell 75: 843-854.

4. Vazquez F, Legrand S, Windels D (2010) The biosynthetic pathways and biological scopes of plant small RNAs. Trends in plant science 15: 337-345.

5. Bielewicz D, Kalak M, Kalyna M, Windels D, Barta A, et al. (2013) Introns of plant pri

miRNAs enhance miRNA biogenesis. 622-628 p.

6. Chen K, Rajewsky N (2007) The evolution of gene regulation by transcription factors and microRNAs. Nat Rev Genet 8: 93-103.

7. Morcillo F, Gagneur C, Adam Hln, Richaud Fdr, Singh R, et al. (2006) Somaclonal variation in micropropagated oil palm. Characterization of two novel genes with enhanced expression in epigenetically abnormal cell lines and in response to auxin. Tree Physiology 26: 585-594.

8. Kim VN (2005) Small RNAs: Classification, Biogenesis, and Function. Mol Cells 19: 1-

15.

9. Gébelin V, Argout X, Engchuan W, Pitollat B, Duan C, et al. (2012) Identification of novel microRNAs in Hevea brasiliensis and computational prediction of their targets.

BMC Plant Biol 12: 18.

10. Gébelin V, Leclercq J, Kuswanhadi, Argout X, Chaidamsari T, et al. (2013) The small RNA profile in latex from Hevea brasiliensis trees is affected by tapping panel dryness. Tree Physiology 33: 1084-1098.

11. Kapranov P, Cheng J, Dike S, Nix DA, Duttagupta R, et al. (2007) RNA Maps Reveal New RNA Classes and a Possible Function for Pervasive Transcription. Science 316:

1484-1488.

12. Kim E-D, Sung S (2012) Long noncoding RNA: unveiling hidden layer of gene regulatory networks. Trends in plant science 17: 16-21.

13. Zhang Y-C, Chen Y-Q (2013) Long noncoding RNAs: New regulators in plant development. Biochemical and Biophysical Research Communications 436: 111-

114.

14. Xin M, Wang Y, Yao Y, Song N, Hu Z, et al. (2011) Identification and characterization of wheat long non-protein coding RNAs responsive to powdery mildew infection and heat stress by using microarray analysis and SBS sequencing. BMC Plant Biology 11: 61.

15. Heo J, Lee Y-S, Sung S (2013) Epigenetic regulation by long noncoding RNAs in plants.

Chromosome Research 21: 685-693.

16. Wu J, Xiao J, Zhang Z, Wang X, Hu S, et al. (2014) Ribogenomics: the Science and Knowledge of RNA. Genomics, Proteomics & Bioinformatics 12: 57-63.