Natural Product Chemistry PDF

KIMIA BAHAN ALAM
Disusun oleh:
Hendig Winarno
UNIVERSITAS PANCASILA
PROGRAM PASCA SARJANA
PROGRAM STUDI ILMU KEFARMASIAN
2010
UP-S2-NPC-Hendig Winarno
KIMIA BAHAN ALAM

Segala aspek kimia dari senyawa yang berasal dari sumber hayati
dan nabati (hewan, tanaman, mikroorganisme).
Semua organisme perlu melakukan transformasi dan interkonversi
berbagai senyawa organik yang memungkinkan dirinya untuk hidup,
tumbuh, dan berkembang biak.
Organisme memerlukan:
- energi dalam bentuk ATP
- suplai building blocks untuk membangun jaringan
Untuk keperluan tersebut diperlukan suatu reaksi kimia yang
umumnya dimediasi oleh enzim yang mempunyai jaringan
terintegrasi, yang secara umum dikenal dengan intermediary
metabolism.
Beberapa senyawa yang penting bagi kehidupan adalah:
- Karbohidrat
- Lemak
- Protein
- Asam nukleat
* Karbohidrat
* Protein
* Asam nukleat
* Lemak
: polimer dari unit gula

: polimer dari asam amino
: tersusun dari nukleotida
: senyawa tunggal
Organisme: mempunyai kapasitas yang sangat luas dalam

mensintesis dan mentransformasi senyawa kimia.
tanaman sangat efisien mensintesis senyawa anorganik
melalui fotosintesis,
hewan dan mikroorganisme memenuhi kebutuhan
kalorinya dari tumbuhan.
Karakteristik suatu makluk hidup dalam memodifikasi atau
mensintesis karbohidrat, protein, asam nukleat, dan lemak secara
esensi diketahui merupakan peristiwa yang terjadi pada hampir
semua makluk hidup, dan disebut metabolime primer.
Protein akan disintesis dari asam amino yang sesuai; dan

kebutuhan thd protein bervariasi untuk setiap organisme.
Umumnya organisme hanya dapat mensintesis asam amino
tertentu yang dibutuhkan untuk sintesis protien. Asam amino yang
tidak disintesis merupakan asam amino esensial dan harus
diambil dari sumber eksternal.
Metabolit sekunder
Selain primary metabolic pathways, organisme juga melakukan

metabolisme yang berhubungan dengan senyawa yang lebih
terbatas di alam. Proses ini disebut metabolisme sekunder, dan
senyawa yang terlibat dalam proses metabolisme ini disebut
metabolit sekunder.
Senyawa metabolit sekunder (misalnya flavonoid, terpenoid,
steroid, alkaloid) ditemukan hanya ditemukan pada organisme

spesifik, kelompok organisme tertentu, atau spesies tertentu.
Metabolit sekunder tidak diproduksi pada setiap kondisi, dan
banyak senyawa belum diketahui kegunaannya bagi organisme
(dirinya sendiri).
Beberapa yang telah diketahui:

- Senyawa bersifat toksik: mempertahankan diri thd predator.
- senyawa atraktan volatil: untuk merangsang sesamanya

atau spesies lainnya.
- Zat warna: untuk menyesuaikan dengan musim.
Berbagai senyawa metabolit sekunder banyak yang merupakan

senyawa bioaktif secara farmakologis.
metabolit
primer
primary
grey
area
metabolit
sekunder
biochemistry
metabolic
secondary
metabolic
natural products
chemistry
BUILDING BLOCK
Building Block
metabolit sekuder
yg diturunkan dari
metabolit primer
Building Block yang penting digunakan dalam biosintesis metabolit

sekuder diturunkan dari senyawa-antara
acetate pathway
- acetyl coenzyme A
shikimate pathway
- shikimic acid
mevalonate pathway
- mevalonic acid
acetyl-coA: dibentuk dari asam piruvat yang merupakan hasil

dekarboksilasi pada glycolitic pathway.
acetyl-coA juga diproduksi dari b-oksidasi asam lemak, dan
secara reverse asam lemak disintesis dari acetyl-coA.
Metabolit
sekunder
berupa
fenol,
prostaglandin,
beberapa
antibiotik, dan beberapa asam lemak diturunkan dari metabolisme

primer-sekunder.
Shikimic acid dihasilkan dari phosphoenolpyruvate yang
merupakan senyawa-antara pada glycolytic pathway.

Erythose-4-P dari glucose-6-P
Shikimate pathway juga menghasilkan fenol, derifat asam
sinamat, lignan, dan alkaloid.
Mevalonic acid dihasilkan dari acetyl-coA
Mevalonate pathway-Channel acetate merupakan seri terpisah.
Mevalonate pathway bertanggungjawab pada seri biosintesis
yang menghasilkan berbagai senyawa terpenoid dan steroid.
Selain acetyl-coA, shikimic acid, dan mevalonic acid, sintesis

bahan alam juga sering dibangun dari building block berdasar
asam amino.
Peptida, protein, alkaloid, dan berbagai senyawa antibiotik
diturunkan dari asam amino.
Fenilalanin, tirosin, dan triptopan disintesis dari shikimic acid
pathway.
Ornithine (bukan asam amino protein) yang merupakan
prekursor dari alkaloid, disintesis dari KREBS cycle.
Berbagai jenis senyawa bahan alam disintesis dengan
mengkombinasikan berbagai bhn dr acetyl, shikimate, dan
mevalonate pathways.
Berikut beberapa building block (BB) yang secara rutin
digunakan :
10
: BB paling sederhana, tdr dr atom

C tunggal, biasanya dlm bntk
gugus metil, sering berikatan dng
O, N, dan jarang dng C.
: terdiri dari 2 atom C,

sumber acetyl-CoA,
rantai alkil pnjng, fenol
(Mevalonate)
11
12
pyrrolidine
piperidine
Ke-8 BB tersebut di atas merupakan dasar

dari berbagai struktur senyawa bahan alam
13
Contoh senyawa yg merup. kombinasi dari bbrp B. Block
14
MEKANISME KONSTRUKSI
Sintesis seny. bahan alam dikatalisasi oleh enzim
Enzim: - Molekul protein yg memfasilitasi modifikasi kimia dari
substrat berdasar sifat ikatan yg spesifik melalui
kombinasi gugus fungsi yg ada pada asam amino.
- Mengkatalisasi reaksi secara tak terduga.
- Langkahnya dapat dilacak berdasarkan prinsip dan
mekanisme reaksi kimia biasa.
- Berperan secara lebih efisien dan lebih cepat dibanding
reaksi transformasi biasa, meskipun pada kondisi reaksi
yang minimum.
Kofaktor NAD+ (nicotinamide adenine dinucleotide)
PLP (pyridoxal phosphate)
HSCoA
juga berperan
dlm reaksi
transformasi
15
REAKSI ALKILSI: Substitusi Nukleofilik (SN)
(a) formation of SAM
Bld Block C1 dari L-Met masuk ke ATP secara SN

SAM
Dengan adanya muatan (+) pada S, -CH3 merupakan leaving
group yang baik
16
NUKLEOFIL
Terjadinya reaksi SN2 menghasilkan O-CH3 dan N-CH3 linkages
Metilasi karbon juga dpt dilakukan thd o- atau p-fenol, atau posisi di
sebelah C=O
17
DMAPP yang mengandung isoprene (BB C5) merpk. alkilating agent.

Diphosphate (PP) pada DMAPP merupakan leaving group yang baik.
Pada kondisi tertentu, DMAPP mula2 membentuk stabilisasi
resonansi karbokation alilik, sehingga mengikuti mekanisme SN1.
18
REAKSI ALKILASI: Adisi Elektrofilik
Sebagai alkilating agent DMAPP dapat digunakan untuk mengalkilasi nukleofil.

Gabungan beberapa isoprene melalui mekanisme adisi elektrofilik
menghasilkan terpenoid dan steroid.
Karbokation alilik bereaksi dng IPP via mekanisme adisi elektrofilik.
19
(b) generation of carbocation
(c) discharge of carbocation
20
WAGNER-MEERWEIN Rearrangements
Derivat terpenoid dan steroid alam hanya dapat dibangun dari

isoprene (C5) jika penyusunan ulang terjadi selama biosintesis.
Proses penyusunan ulang secara eksperimen selalu melibatkan
senyawa-antara karbokation (carbocation intermediate) dengan
mekanisme SN1 (kadang-kadang juga E1).
Penyusunan ulang tipe 1,2 shift dari hidrida, metil, atau alkil. 1,3shift atau lebih kadang juga terjadi.
Pergeseran seperti tsb dinamakan WAGNER-MEERWEIN
REARRANGEMENTS.
21
Beberapa contoh lain Wagner-Meerwein rearrangements
22
Aldol and Claisen Reactions

(Sangat penting dalam elaborasi senyawa metabolit primer & sekunder)
Pada langkah 1, hidrogen ditarik oleh basa dari a-karbon

membentuk karbanion yang merupakan reagen nukleofil.
Karbanion yang terbentuk dapat mengalami stabilisasi resonansi
menjadi anion enolat.

23
Langkah 2, karbanion menyerang gugus karbonil

Langkah 3, leaving group lepas (Claisen condensation), atau
protonasi (aldol condensation).
b-ketoester;
b-hydroxy acid;
24
Dalam banyak kasus, reaksi biokimia melibatkan ester CoA,

mis. acetyl-CoA yg merup. tioester dr asam asetat.
tioester merupakan leaving group lebih

baik dibanding O-ester, shg lebih reaktif
pada reaksi Aldol maupun Claisen.
25
Contoh reaksi Claisen :

konversi acetyl-CoA mjd malonyl-CoA melalui reaksi karboksilasi
dengan CO2 (sbg HCO3-)mengg. ATP dan coenzim biotin.
26
Contoh reaksi Claisen :

konversi acetyl-CoA dan malonyl-CoA menjadi acetoacetyl-CoA
b-ketoester
Prinsip reaksi Claisen :

aktivasi a-karbon oleh gugus karboksil
27
Dalam reaksi kimia organik, sintesis acetoacetilacetate

berdasarkan reaksi Claisen adalah sbb:
28
Reverse Aldol & Reverse Claisen Reactions

Kedua reaksi reverse tersebut, meskipun jarang dijumpai tetapi
terjadi pd senyawa bahan alam, mis. degradasi asam lemak.
FAD
adenine
flavin
ribose P P ribitol
b-oksidasi merupakan pemutusan asam

lemak dimana unit C2 sebagai acetyl-CoA
lepas, shg rantai C asam lemak berkurang 2.
29
Schiff Base Formation and Mannich Reaction

(a) Schiff Base Formation
Pembentukan ikatan C-N sering dilakukan melalui reaksi kondensasi antara
amina dng aldehid/keton. Mekanismenya adlh adisi nukleofilik dilanjutkan dng
eliminasi H2O menghasilkan imine (Schiff base).
30
Proses sebaliknya juga dapat terjadi, yaitu hidrolisis imine

menjadi amine dan aldehid/keton.
31
Ion iminium yg terbentuk dlm reaksi a) dpt bereaksi lebih lanjut

dng karbanion (nukleofil) yg dikenal dng reaksi Mannich.
Reaksi Mannich merupakan bagian dlm reaksi biosintesis
alkaloid.
32
Transamination
Merupakan perubahan gugus amino (pada asam amino)
menjadi gugus keto acid.
Merupakan reaksi penambahan N kepada asam amino, atau
sebaliknya menghilangkan N dari asam amino.
Aminasi secara reduksi

dr 2-oxoglutaric acid
menjadi L-Glu
(Krebs cycle; sheet no.7-8)
33
Pasangan glutamic acid/2-oxoglutaric acid, merupakan

molekul donor/acceptor untuk gugus amino.
34
Adanya Co-PLP akan

mengubah glutamic
acid mnjd keto acid,
dng mekanisme brkt:
35
Decarboxylation Reactions
Dekarboksilasi, penghilangan gugus karboksil (COO)
merupakan salah satu reaksi yang sering berlangsung dalam
biosintesis asam amino.
BB C6C2N dan indole.C2N diturunkan dari asam amino

melalui penghilangan gugus karboksil.
Dekarboksilasi juga tergantung pada PLP dan pembentukan
basa Schiff.
Mekanisme reaksinya mirip transaminasi. Jika pada
transaminasi terjadi penhilangan hidrogen pada a-karbon,
pada dekarboksilasi terjadi penghilangan karboksil.

36
(a) amino acids
37
(b) b-keto acids

b-keto acids yang labil terhadap panas mudah mengalami
dekarboksilasi in vitro melalui mekanisme siklisasi.
ortho-fenolic acid mengalami dekarboksilasi baik in vitro maupun in vivo

menghasilkan fenol.
38
para-fenolic acid juga mengalami dekarboksilasi tanpa melalui

mekanisme siklisasi.
39
TPP merup. coenzyme mengandng cincin thiazole yg memp.

H bersifat asam, shg mampu menghasilkan karbanion.
Pyruvic
acid
Pyruvic acid
acetaldehyde
40
Pyruvic acid
acetyl-CoA
41
Oxidation and Reduction Reactions

Metabolit sekunder seringkali disintesis atau dimodifikasi melalui
reaksi oksidasi-reduksi.
Proses reaksi diklasifikasikan berdasarkan jenis enzim dan
mekanisme yang terjadi.
Dehydrogenases
Melepaskan 2 atom hidrogen dari substrat kepada coenzim
penerima yg sesuai. Sistem koenzim umumnya berhubungan
dengan gugus fungsi dalam substrat yang dioksidasi.
Jika oksidasi berlangsung spt. skema

di samping, maka nukleotida piridin
(NAD+ atau NADP+) merupakan
penerima hidrogen yang baik.
42
Sbg.ion hidrida
ditransfer ke enzim Sbg. H+ dilepas
ke medium
Proses reaksi dapat balik

(reduksi).
NAD+ sering digunakan dalam
reaksi oksidasi;
NADPH
sering
digunakan
dalam reaksi reduksi.
43
Jika proses oksidasi merupakan dehidrogenasi pada alkana

(-CH2-CH2-CH=CH-), maka nukleotida flavin, misalnya flavin
adenine dinucleotide (FAD) atau flavin mononucleotide (FMN)
merupakan penerima hidrogen yang baik.
44
Mekanisme oksidasi-reduksi menggunakan FAD/FMN:
Proses reaksi ini dapat balik, sehingga FADH2/FMNH2 dapat

digunakan untuk proses reduksi.
Proses reduksi juga sering menggunakan NADPH.
45
Oxidases
Melepaskan atom hidrogen dari substrat kepada molekul
oksigen atau H2O2 menghasilkan molekul H2O.
Oksidase menggunakan H2O2 disebut peroksidase.
Oksidase quinol
menjadi quinon:
(o-cresol)
(p-cresol)
46
Mono-oxygenases
Oksigenase mengkatalisis adisi atom oksigen kepada substrat
secara langsung dari molekul O2.
Jika 1 atom O yang ditambahkan
mono-oksigenase, 1 atom
sisanya bereaksi dengan hidrogen dari donor (misal: NADH,
NADPH, vit C) menjadi H2O.
Jika 2 atom O yang ditambahkan
di-oksigenase
47
Hidroksilasi aromatik dikatalisis oleh mono-oksigenase

(termasuk sistem cytochrome 450) dan melibatkan senyawaantara aren oxide (epoxide).
Jika epoxide terbuka, hidrogen yang terikat pada C yang
terhidrolisasi akan migrasi ke karbon sebelah.
NIH shift: hydride migration as

mentioned above, observed by
National Institute of Health,
Bethesda, USA.
*
*
*
48
Pembentukan senyawa siklik

derivat metilendioksi
Siklisasi secara oksidasi o-hidroksi metoksi benzena juga melibatkan

mono-oksigenase yang tergantung pada cytochrome P-450.
Enzim menghidroksilasi O-CH3 menjadi senyawa-antara hemiasetal
formaldehid.
Senyawa-antara ini akan membentuk siklik melalui mekanisme ionik
methylenedioxy bridge.
49
Dioxygenases
Memasukkan 2 atom oksigen pada substrat.
Biasanya terjadi pemutusan ikatan, termasuk cincin aromatik.
Berikut beberapa contoh reaksi dioxygenase thd senyawa alkena,
benzena, dan katekol.
Pemutusan ikatan
C=C di antara -OH
Pemutusan ikatan
C=C di sebelah -OH
50
Dioxygenase juga dapat terjadi dengan menggunakan 2 substrat

penerima, misalnya 2-oxoglutaric acid dan alkana (R-H) seperti
contoh berikut:
Dioxygenase seperti di atas juga diperlukan sebagai kofaktor Fe++

untuk menghasilkan enzyme-bound iron-oxygen complex, dan
vitamin C untuk mereduksi kompleks lebih lanjut.
51
Amine oxydases
Transformasi amina menjadi aldehid (disebut amine oxidases)
yang juga merupakan oksidasi ezimatik sering terjadi pada
metabolic pathways.
Dibedakan menjadi: monoamine oxydases dan diamine oxydases.
52
Baeyer-Villiger oxydases
Merupakan oksidasi keton oleh peracid menghasilkan ester.
Prosesnya melibatkan migrasi gugus alkil dari keton.
Proses secara biokimia reaksi emzimatik yang tergantung pada
FAD atau cytochrome P-450 memerlukan NADPH dan O2.
53
Phenolic oxydative coupling

Berbagai senyawa bhn alam dihasilkan dari kopling 2 atau lebih
sistem fenol melalui reaksi radikal.

Reaksi
dapat
dilakukan
oleh
enzim
oxydase
(temasuk
peroksidase, laccase) yng merupakan penghasil radikal.

Enzim lain yang mengkatalisis phenolic oxydative coupling adalah
protein
yang
tergantung
pada
Cytochrome
P-450,
dan
memerlukan kofaktor NADPH dan O2, meskipun tidak ada oksigen

yang dibawa oleh substrat.
Contoh reaksi kopling dari fenol adalah sbb:
54
55
Glycosylation reactions
Glikosida dan polisakarida memerlukan suatu proses untuk
mengikat unit gula melalui ikatan atom yang sesuai sehingga
terbentuk glikosida atau polisakarida yang lebih panjang.
Ikatan umumnya melalui oksigen, meskipun dapat juga terjadi
melalui N-, S-, dan C-glikosida.
(a) O-glucosylation
a-linkage
UDP = uridine diphosphate
56
(b) Hydrolysis of glycoside
Glikosida dapat dihidrolisis menggunakan specific hydrolitic

enzyme, seperti juga hidrolisis menggunakan katalisator asam.
O-, N-, dan Smudah dihidrolisis oleh asam.
Cstabil thd asam.
Contoh enzim yang dapat

menghidrolisis glikosida:
a-glucosidase
b-glucosidase
b-galactosidase
a-glucoside
b-glucoside
b-galactoside, etc.
57
(c) C- Glucosylation
Ikatan C-glikosida dpt terjadi jika menggunakan C-nukleofilk yg
sesuai, misalnya seny. aromatik yang diaktivasi oleh gugus fenol.
nukleofil
58
Beberapa Vitamin yg Berhubungan dgn Mekanisme Konstruksi

Vitamin B1 (thiamine)
Struktur: pyrimidinylmethylthiazolin.
Larut dlm air.
Banyak tdpt pd makanan, sereal,
kacang2an, telur, yeast, sayuran.
Kekurangan B1 menyebabkan beri-beri, kekacauan sistem syaraf,
kurang nafsu makan, merasa kelelahan, dan lemah otot.
Diproduksi secara sintesis.
Stabil thd larutan asam, tetapi terdekomposisi pada pH > 5, dan
sebagian terdekomposisi selama dimasak.
Thiamin diphosphate merupakan coenzim untuk pyruvate
dehydrogenase sbg katalisator oksidatif dekarboksilasi pyruvate
menjadi acetyl-CoA (sheet no.41)
59
Vit B2 (riboflavin)
Struktur: cincin isoalloxazin
berikatan dng D-ribitol
Larut dlm air.
Banyak tdpt pd mknn, hati, ginjal, telur,
daging, sayuran segar, yeast
Kekurangan B2 menyebabkan gangguan
pada mata dan kulit.
Diproduksi secara sintesis, atau fermentasi menggunakan jamur
menyerupai yeast: Eremothecium ashbyii dan Ashbyia gossypii
Stabil thd larutan asam, tidak terdekomposisi selama dimasak,
tetapi sensitif thd cahaya/sinar.
Riboflavin adlh komponen FMN dan FAD yg merup. coenzyme
berperan pd reaksi redoks (shett no. 44-45).
Berbagai enzim kunci mengandung riboflavin berperan dalam
metabolic pathways.
60
Vit B5 (pantothenic acid)
Larut dlm air.

Banyak tdpt pada yeast, hati, sereal.
Jarang sekali orang kekurangan B5, karena hampir semua
makakan mengandung vit B5.
Penting di dalam metabolisme sbg bagian dari struktur CoA (sheet
no. 25),
merupakan molekul esensial untuk metabolisme karbohidrat,
lemak, dan protein.
Vit B5 secara spesifik terlibat dalam tanggungjawab enzim untuk
sintesis asam lemak dan beberapa peptida.
61
Vitamin B6
Meliputi 3 buah derivat piridin, yaitu pyridoxine (pyridoxol),

pyridoxal, dan pyridoxamine, serta adanya 5-phosphate pada
ketiga seny. tsb.

Larut dlm air.
Pyridoxine predominan dalam tumbuhan, sedang pyridoxal, dan
pyridoxamine banyak tdpt pada jaringan hewan.
62
Daging, salmon, kacang2an (nuts), kentang, pisang, dan sereal

merupakan sumber utama. Aktivitas vitamin dalam proporsi yang
tinggi akan hilang selama dimasak.
Kekurangan B6 umumnya diakibatkan oleh mal-absorpsi, atau
dipicu oleh efek obat. Gejala kekurangan B6 mirip dengan
kekurangan B3 dan B2; termasuk luka pada mata, mulut, dan
hidung; dan perubahan syaraf. Pyridoxine sintetik digunakan
sebagai suplemen.
Pyridoxal 5-phosphate merup. Koenzim pada berbagai enzim,
terutama enzim unt metabolisme asam amino, misalnya dalam
transaminasi (sheet no. 33) dan dekarboksilasi (sheet no. 36).
Produksi neurotransmitter g-aminobutyric acid (GABA) dari asam
glutamat merupakan reaksi penting yang tergantung pada
pyridoxal.
63
Vit B12 (cobalamin)

Struktur kompleks berdasar cincin corrin yg mirip dng cincin
porphyrin pd haem, klorofil, dan cytochrome; mempunyai 2 cincin
pyrrole yg terikat secara langsung.
Atom pusatnya adalah cobalt (Co), sedang haem dan cytochrom

adalah besi (Fe), klorofil adalah magnesium (Mg).
4 dari 6 koordinatnya berikatan dengan N-corrin, 1 dengan
dimetilbenzimidazol moiety, dan 1 dengan bervariasi gugus,
misalnya CN, OH, H2O, NO2, Me.
Bentuk coenzim yang aktif secara fisiologi adalah coenzyme B12.
Coenzyme B12 merup. cofactor untuk metabolic rearrangements,
misalnya konversi CoA menjadi succinyl-CoA dalam oksidasi
asam lemak dengan jumlah atom karbon gasal, untuk metilasi,
misalnya biosintesis methionine.
64
65
Vitamin H (biotin)
Larut dlm air.
Banyak tddt pada telur, hati, ginjal,
yeast, sereal, susu.
Kekuranga biotin menyeabkandermatitis dan rambut rontok.
Berfungsi sebagai carboxyl carrier, binding CO2 via carbamate
link, yang akan didonorkan pada reaksi carboxilase, misalnya
karboksilasi acetyl-CoA menjadi malonyl-CoA (sheet no. 28),

propionyl-CoA menjadi methylmalonyl-CoA, pyruvate menjadi
oxaloacetate selama gluconeogenesis.
66
THE ACETATE PATHWAY:

FATTY ACIDS and POLYKETIDES
POLYKETIDES merupakan bagian dari bahan alam yang
digolongkan sebagai dasar biosintetik murni.
Merupakan derivat rantai poli-b-keto, terbentuk dengan ikatan unit
asam asetat (C2) melalui reaksi kondensasi.
n CH3CO2H
[CH2CO]n
Yang termasuk Poliketida adalah:

- fatty acids
- polyacetilenes
- prostaglandins
- macrolide antibiotics
- aromatic compounds such as anthraquinones and tetracyclines
67
Garis Besar Biosintesis A. Lemak & Seny. Turunan Aromatik

CH3COOH
asam asetat
+ CO2
COOH
CH2
asam malonat
COOH
oksidasi
CH3COCH2COOH
asam asetoasetat
reduksi
oksidasi
CH3COCH2COCH2COOH
oksidasi
CH3CH2CH2COOH
R-COCH2COCH2COCH2COOH
oksidasi
poliketida
CH3CH2CH2COCH2COOH
reduksi
CH3CH2CH2CH2COOH
oksidasi
reduksi
CH3(CH2)nCOOH
asam lemak
(1)
(2)
HO
HO
COR
OH
COOH
OH
OH
OH
floroglusinol type
orsinol type
68
Pembentukan rantai poli-b-keto diperkirakan merupakan seri

reaksi Claisen (sheet no. 26-28)., termasuk reaksi balik b-oksidasi
unt metabolisme asam lemak (sheet no. 29).
2 mol acetyl-CoA akan bereaksi membentuk acetoacetyl-CoA
melalui reaksi Claisen, dan pengulangan reaksi akan
menghasilkan poli-b-keto ester.
Biosintesis asam lemak dimulai dari karboksilasi acetyl-CoA

membentuk malonyl-CoA yang melibatkan ATP, CO2 (sbg HCO3-)
dan coenzyme biotin sebagai pembawa CO2 (lht. sheet no. 27-28).
69
70
SATURATED FATTY ACIDS

Biosintesis asam lemak (fatty acids) dikatalisasi oleh enzim fatty
acid synthase.
Dalam hewan, terdapat protein multifungsi yang mengandung
seluruh aktivitas katalitik yg diperlukan, sedangkan bakteri dan
tanaman menggunakan sekumpulan enzim yg terpisah.
Acetyl-CoA
dan
malonyl-CoA
tidak
termasuk
dlm
langkah
kondensasi, tetapi pertama dikonversi menjadi tiol ester oleh acyl

carrier protein (ACP).
Reaksi Claisen akan menghasilkan cetoacetyl-ACP yang
selanjutnya direduksi secara setereospesifik menjadi b-hidroksi
ester dengan melibatkan NADPH.
Eliminasi H2O dilanjutkan reduksi mengg. NADPH menghasilkan
acyl-ACP dengan atom karbon menjadi bertambah 2, ---- dst.
71
Sheet 28
S-ACP
72
Kombinasi/reaksi 1 unit asetat pemula dengan 7 unit malonat akan

menghasilkan asam lemak C16, asam stearat.
- 1 unit asetat + 7 unit malonat = asam palmitat (C16)
- 1 unit asetat + 8 unit malonat = asam stearat (C18), dst
Berdasarkan mekanisme reaksi tersebut, maka asam lemak yang

terbentuk pastilah rantai lurus dengan jumlah atom C genap.
Asam lemak dengan atom C gasal jarang ada di alam, dan berasal
dari bahan awal yg berbeda, misal asam propionat (C3), atau terjadi
karena hilangnya 1 atom C dari asam lemak dengan atom C
genap.
C16 dan C18 merupakan asam lemak paling banyak trdpt di alam
Pada Tabel 1 berikut disajikan asam lemak jenuh alami yang
mengandung atom C genap, dari C4 sampai C30.
73
Tabel 1. Asam lemak jenuh yang terdapat di alam
74
Asam lemak terutama ditemukan sbg ester dari gliserol dlm bentuk
trigliserida.
Senyawa seperti tsb disebut lemak atau minyak (fats or oils),
tergantung bentuknya, padat/cair dlm temperatur ruang.
Isomer sering terbentuk, dan hanya salah

satu pasangan isomer tdpt di alam.
75
Diasil ester dr gliserol 3-fosfat disebut juga asam fosfatidik, dan

merupakan dasar dr struktur fosfolipid.
Fosfolipid merup. komponen penting membran sel, dan krn.

mempunyai bagian polar dan non polar maka bersifat spt. detergen.
Fosfolipid dpt juga membentuk liposom, yg berpotensi sbg drug
delivery systems.
76
Platelet-activating factor (PAF) yang mirip dengan fosfatidilkolin

merup. salah satu fosfolipid alam yang penting.
Melalui PAF, mengendalikan ikatan eter thd alkohol lemak rantai

panjang (biasanya heksadekanol) dibandingkan thd ikatan ester.
PAF mengaktivasi blood plateles dan memberikan kontribusi thd
berbagai efek biologis (trombosis, reaksi imflamasi, dan alergi).
Reduksi asam lemak menghasilkan alkohol rantai panjang yg juga
merup gambaran dlm natural waxes.
Ini merup campuran kompleks ester dr asam lemak rantai panjang
(C20-C24) dengan monohydric alcohol rantai panjang atau sterol.
77
UNSATURATED FATTY ACIDS

Lemak hewan berisi gliserida asam lemak jenuh, cenderung padat.
Lemak nabati dan ikan terutma berisi ester asam lemak tak jenuh,
dan cenderung bersifat cair (oily).
Beberapa asam lemak tak jenuh disajikan pada Tabel 2 berikut.
Ikatan rangkap banyak terjadi pada posisi 9, tetapi juga terjadi pada
posisi lain.
Arti dari keterangan pada Tabel
Jumlah atom C
posisi ikatan rangkap
Abbreviations: 18:2 (9c,12t)
Jumlah ikatan rangkap
stereokimia ikt rangkap

c=cis=Z; t=trans=E
78
Tabel 2. Asam lemak tak jenuh yang terdapat di alam
79
Polyunsaturated fatty acids cenderung mempunyai ikatan rangkap

tidak terkonjugasi, merupakan pengulangan dari (CH=CHCH2)n
Stereokimia ikatan rangkap umumnya Z (cis).
Lemak dan minyak merupakan cadangan energi bagi sebagaian
besar organisme, dan akan digunakan dalam metabolisme oksidatif
jika diperlukan.
Berbagai minyak yang diproduksi secara komersial sebagai foods,
toiletries, medicinals, and pharmaceutical formulations aids
disajikan terpisah pada Tabel 3.2 (Copy).
Unsaturated fatty acids dihasilkan melalui lebih dari 1 rute
biosintesis, tetapi banyak organisme melalui desaturasi asam
alkanoat.
Berikut disajikan rute biosintesis asam lemak tak jenuh.
80
Rute biosintesis asam lemak

tak jenuh dlm hewan/fungi
dan tanaman
Essential
fatty acids
(EFA)
(bersambung)
81
(sambungan)
w-3
(beneficial to health)
w-3
(beneficial to health)
(dehidrogenasi)
82
Asam linoleat & as. a-linolenat banyak tdpt pada berbagai tanaman.
Dalam tubuh, asam linoleat akan dikonversi menjadi g-linolenat
yang merupakan prekursor sintesis prostaglandin.
Konversi tsb sering dihambat oleh kondisi yang buruk dalam tubuh,
sehingga sintesis prostaglandin (yg diperlukan) menjadi terganggu.
Makanan suplemen sumber g-linolenat: i.e. evening primrose oil dari
Oenothera biennis (Onagraceae), Borago offinalis (Boraginaceae).
Ricinoleic acid, derivat 12-hidroksi asam oleat, merpkan as. lemak
mayor pada castor oil plant (Ricinus communis; Euphorbiaceae)
(Sbg domestic purgative, cream base)

(dlm Zn salt
fungistatic preparation)
83
ACETYLENIC FATTY ACIDS

Acetylenic fatty acids (AFA) banyak ditemukan di alam dan merup.
produk desaturasi olefinic fatty acids.
Banyak ditemukan pada tanaman Compositae, Umbelliferae,
Basidiomycetes (fungi).
Sangat tidak stabil, beberapa diantaranya bersifat eksplosif.
Molekul dengan triple bond terkonjugasi.
Memiliki serapan UV yg karakteristik.
Dalam skema berikut, asam oleat (dlm bentuk tiol ester) merupakan
prekursor crepenynic acid dan dehydrocrepenynic acid.
Pemendekan rantai C melalui b-oxydation pathway (sheet no. 31)
84
Contoh Biosintesis Acetylenic FA: dehydromatricaria acid
proses
desaturasi
(bersambung)
85
(sambungan)
(4x)
(triple bond)
86
Beberapa Contoh Acetylenic FA:
: Isolat water hemlock (Cicuta virosa; Umbelliferae)

(cemara beracun)
Isolat hemlock water dropwort (Oenanthe crocata; Umbelliferae)
Cicutoxin & oenanthotoxin:

Toksik thd hewan, menyebabkan tahan muntah dan tahan
kekejangan.
Pencemaran thd akar tanaman dpt menyebabkan keracunan fatal.
87
Beberapa Contoh Acetylenic FA (lanjutan):
Menyebabkab dermatitis
jika dipegang.
Isolat Falcaria vulgaris, Oenantha crocata (Umbelliferae),
Hedera helix (Araliaceae), dan beberapa tanaman lain.
Anti jamur
Isolat broad bean (Vicia faba; Leguminosae)
Furan system diduga berasal dari conjugate diyne.

C
C C C
88
BRANCHED-CHAIN FATTY ACIDS

Asam lemak rantai lurus banyak di alam, tetapi asam lemak rantai
cabang ditemukan hanya sedikit, pada hewan mamalia, misalnya
lemak wool, lemak mentega.
Juga merupakan konstituen asam lemak yang karakteristik sbg
pelapis lipid pada beberapa bacilli.
Berikut contoh biosintesis asam lemak cabang: corynomycolic acid

dari Corinebacterium sp. yang merupupakan penggabungan 2 unit
asam palmitat.
89
Contoh lain biosintesis asam lemak cabang: tetramethyldecanoic

acid dari propionyl-CoA (C3 BB) dengan Acetyl-CoA.
Ditemukan dlm preen gland wax dr angsa (Anser anser)
Langkah 1: konversi propionyl-CoA menjadi methylmalonyl-CoA

melalui karboksilasi (lihat sheet no 28).
Langkah 2: methylmalonyl-CoA bereaksi dng acetyl-CoA dengan
pengulangan 4 kali.
90
Metilasi C-10
10
tuberculostearic acid
Contoh lain: melalui

mekanisme C-alkilasi
sterculic acid
dlm minyak biji Sterculia foetida (Sterculiaceae)
Ditemukan dalam
Bacillus tuberculosis
malvalic acid
dlm minyak biji kapas Gossypium sp (Sterculiaceae)
Berbahaya bagi manusia, menghambat reproduksi
91
Chaulmoogric acid, ditemukan dalam chaulmoogra oil.

Bersifat bakterisidal kuat thd infeksi lepra yg diakibatkan oleh
Micobacterium leprae.
92
PROSTAGLANDINS
Prostagladins: asam lemak C20 dengan cincin siklopentan.
Pertama kali diisolasi dari sperma yag pada mulanya diduga disekresi oleh kelenjar prostat.
Banyak ditemukan pada jaringan binatang dengan jumlah sedikit.
7C
5C
8C
93
Mempunyai efek parmakologi yang luas pada manusia dan

hewan, misalnya kontraksi dan relaksasi otot uterus, sistem
kardiovaskular, sistem usus, dan bronchial tissue.
Selain itu mungkin juga menghambat sekresi gastric acid,

mengontrol tekanan darah dan suppress blood platelet
aggregation.
Beberapa efek tersebut sesuai dengan aksi protaglandin sebagai
second mesanger, dlsb.
94
Mekanisme biosintesis PGE2 dari arachidonic acid
diradikal
PGE2
(bersambung)
95
(sambungan)
Sintesis PGE1 dan PGE3 identik dng rute di

UP-S2-NPC-Hendig Winarno atas menggunakan bhn dasar yg sesuai
96
Prostanoic acid
Prostanoic acid: merupupakan skeleton dasar prostaglandin

Derivat sistem secara kolektif disebut prostanoids.
Eicosanoids juga digunakan untuk sebutan prostaglandins,
thromboxanes, leukotrienes, yg terbentuk dari asam lemak C20
(eicosanoic acids)
Berikut
disajikan
semi-systematic
nomenclature
prostaglandins, berdasar 5-membered ring.
dari
97
98
THROMBOXANES
Diisolasi dari blood platelets
TXA2 sangat tidak stabil dan segera bereaksi dengan nukleofil
menghasilkan TXB2
TXA2 menunjukkan bioaktivitas tinggi, sedangkan TXB2 kurang
menunjukkan bioaktivitas.
Konversi dari PGH2
99
100
LEUKOTRIENES
Disintesis dari arachidonic acid. Pertama kali diisolasi dari
leukosit.
Leukotrienes termasuk di dalam proses inflamasi dan respon
alergi.
(bersambung)
101
(sambungan)
Reaksi
antigen-antibodi
dapat
melepaskan senyawa seperti histamine,
bahan yang disebut slow reacting
substance of anaphylaxis (SRSA) dan
merupakan campuran LTC4, LTD4, dan
LTE4. Pelepasan histamine menyebabkan
102
demam, asma, dsb.
ALUR ISOLASI SENYAWA BAHAN ALAM

Dukun
(pakar)
Tradisional
(Etnobotani
)
Daftar
Pustaka
Pendukung
lainnya
Koleksi
(Pengumpulan sampel)
Pengeringan
Penyimpanan
Kosmetika
Pestisida
Simplisia
(Hewan, tumbuhan, mikroorganisme)
Obat
Jamu, dll
103
Simplisia
Seleksi pelarut
Maserasi/Perkolasi/Refluks/Distilasi
uap
Crude Extract/Gubal
Partisi solven
Fraksionasi
Pemurnian Lanjut:
P-TLC, CC, P-HPLC,
Rekristalisasi
104
Penentuan Struktur Kimia
Identifikasi
Struktur Kimia
Titik Leleh
KLT (minimal 3 jenis sistem pelarut)
KCKT (internal std; eksternal std)
Kromatografi Gas
UV
IR
RMI (proton dan karbon)
SM
Elusidasi
Struktur Kimia
HR-FABMS (BM, Formula)

LR-EIMS (BM, Ion fragmen)
Ultra Violet, Infra Merah
RMI 1 Dimensi
1H (ppm; J; integral)
13C (ppm; INEPT/DEPT)
RMI 2 dimensi
(1H-1H COSY, HMQC, HMBC,
NOESY, TOCSY,
INADEQUATE,
HOHAHA,)
Optical Rotary Dispersion
(CD; ORD; Cotton effect)
X-Ray Crystallography
105
Struktur Kimia
1. Karbohidrat (Mono, Oligo, Polisakarida)
2. Asetogenin (Flavonoid, Lipida, Lignan, Kuinon)
3. Isoprenoid (Steroid, Karotenoid, Terpenoid)

4. Senyawa Nitrogen (Alkaloid, Asam amino, Protein,
Asam nukleat, Porfirin, Pteridin)
5. Glikosida
106
BIOAKTIVITAS ASAM LEMAK

YANG DIISOLASI DARI BEBERAPA TANAMAN
Seperti telah dibahas pada diskusi sebelumnya, berbagai asam
lemak yang merupakan hasil biosintesis tanaman maupun hewan,
baik berbentuk saturated, unsaturated, branched and acetylenic
fatty acids memiliki berbagai aktivitas biologi yang berguna bagi
manusia.
Berikut disajikan berberapa contoh asam lemak hasil isolasi dan
hasil uji bioaktivitasnya.
107
NOVEL ACETYLENIC ACIDS FROM THE ROOT

BARK OF PARAMACROLOBIUM CAERULEUM:
Inhibitors of HMG-CoA Reductase
Patil A.D., et al., J. Nat. Prod., 52(1), 1989, 153-161
Salah satu penyebab kematian di negara barat adalah penyakit

pembuluh koroner, dan ini berhubungan secara langsung antara
kekacauan dan penyimpangan kolesterol plasma.
Total kolesterol di dalam tubuh dihitung for by de novo synthesis di
dalam liver dan usus.

Pencarian obat untuk mengontrol biosintesis kolesterol terus
berlanjut untuk mengatur tingkat kolesterol plasma.
Salah satu langkah dalam biosintesis kolesterol adalah reduksi 3hydroxy-3-methylglutaryl-CoA (HMG-CoA) menjadi mevalonate.
108
HO
H3C
HO
COOH
O
HMG-CoA reductase
H3C
COOH
OH
S CoA
Mevalonic acid
HMG-CoA
HARUS
DIHAMBAT
Konversi HMG-CoA menjadi asam mevalonat dikatalisasi oleh

enzim HMG-CoA reductase.
Oleh karena itu inhibisi terhadap kerja enzim HMG-CoA reductase
merupakan langkah yang tepat.
109
Penemuan mevastatin (=compactin) yg dihasilkan oleh Penicilium

citrinum dan Penicilium brevicompactum, dan lovastatin
(=monacolin K) yg dihasilkan oleh Monascus ruber dan Aspergillus
terreus sebagai inhibitor enzim HMG-CoA reductase merupakan
penemuan sepektakuler.
R=H ;
mevastatin
R= Me ; lovastatin
Patil A.D., et al. telah mengisolasi 11 senyawa asam lemak dari

tanaman Paramacrolobium caeruleum yang sebelumnya
disekrining dari 600 ekstrak tanaman menggunakan a bioassaydirected screen dengan enzim yg diisolasi dari liver tikus.
110
Skema isolasi asam lemak dari Paramacrolobium caeruleum

root bark
(400 gr)
percolated with n-hexane
hexane extract
(2.2 gr)
CC
(RP-18, 40g); H2O:MeCN (2:8)
F-1
F-2
F-3
F-4
F-5
F-6
F-7
F-8
PREPARATIVE TLC
RP-HPLC (RP-18, H2O-MeCN 1:4)
1
111 mg 712 mg
12 mg
25 mg
5
15 mg
6
137 mg
7
6 mg
8
23 mg
10
11
45 mg
17 mg
19 mg
111
Ke-11 senyawa asam lemak tersebut mempunyai struktur sebagai

berikut:
18
18
Stearic acid, Octadecanoic acid
COOH
(1)
COOH
(2)
COOH
(3)
COOH
(4)
COOH
(5)
9
Oleic acid, (Z)-9-Octadecenoic acid
18
18
18
9
9-Octadecyenoic
acid
9-Octadecynoic acid
7
9
(Z)-7-Octadecen-9-ynoic acid
9 7
(E)-7-Octadecen-9-ynoic acid
112
(6)
COOH
7,9-Octadecadiynoic acid
(7)
COOH
7,9-Tetradecadiynoic acid
18
14
COOH
(8)
(Z)-5-Octadecen-7,9-diynoic acid
18
(9)
COOH
(E)-5-Octadecen-7,9-diynoic acid
18
COOH
(10)
O
18
3-(1,3-dodecadiynyl)-6-oxiranebutanoic acid
OR'
COOH
18
(11)
R'=H, 6-hydroxy-7,9-octadecadiynoic acid

113
Elusidasi struktur kimia ke-11 senyawa didasarkan pada data

spektrometri LR-EIMS, HR-EIMS, IR, UV, 1H-NMR, 13C-NMR,
DEPT, dan H-H COSY.
Uji Bioaktivitas
Uji aktivitas inhibisi senyawa isolat thd HMG-Reductase (HMGR)
dilakukan menggunakan enzim HMGR yang diambil dari manusia
berdasarkan metode dalam Alberts, dkk (Proc. Natl. Acd. Sci.
U.S.A., 77, 1980, 3957) dan Edwards, dkk (J. Lipid Res., 20
(1979) 40).
Konsentrasi HMG-CoA, NADPH, dan enzim berturut-turut adalah
10 mM, 200 mM, dan 20 mM.
Sampel isolat dilarutkan dengan 0,1N NaOH dengan konsentrasi 5
mg/ml. Pengenceran dilakukan dng 10 mM K-fosfat, pH 7,2
114
Hasil Uji Bioaktivitas

ISOLATE
IC50
mg/ml
octadecanoic acid (1)
mM
no inhibition
(Z)-9-octadecenoic acid (2)
no inhibition
9-octadecynoic acid (3)
1.5
(Z)-7-octadecen-9-ynoic acid (4)
0.9
(E)-7-octadecen-9-ynoic acid (5)
0.6
7-9-octadecadiynoic acid (6)
1.5
7-9-tetradecadiynoic acid (7)
0.6
(Z)-5-octadecen-7,9-diynoic acid (8)
0.4
1.5
(E)-5-octadecen-7,9-diynoic acid (9)
0.15
0.5
3-(1,3 dodecadiynyl)-6-oxyranebutanoic acid (9)
1.5
6-hydroxy-7,9-octadeca-7,9-diynoic acid (11)
2.0
Kesimpulan: AFA pertama yg dilaporkan berpotensi

sbg inhibitor HMGR
115
C18 UNSATURATED FATTY ACIDS FROM

INDONESIAN MEDICINAL PLANT SCURRULA
ATROPURPUREA (B.L.) DANS. (Loranthaceae):
Inhibitors of MM1 Cancer Cells Invasion
Hendig Winarno, Part of Ph. D Dissertation, Fukuyama Univ., 2003
Masing-masing Mhs (3 orang) presentasi tugas

dari paper/jurnal tentang bioaktivitas asam lemak
@ 30 menit
116
AROMATIC POLYKETIDES
Dalam biosintesis asam lemak, reduksi yg terjadi setelah pada setiap
langkah kondensasi akan menghasilkan rantai hidrokarbon.
Tidak adanya proses reduksi, menyebabkan poli b-ketoester yang
terbentuk memerlukan stabilisasi pada bagian enzimnya hingga
panjang rantai yang diinginkan terbentuk sempurna. Dalam proses
tersebut dapat juga terjadi siklisasi atau reaksi lainnya.
Poli b-ketoester merupakan senyawa yang sangat reaktif, berbagai
kemungkinan reaksi dapat terjadi, misalnya reaksi Claisen atau aldol,
yang ditentukan oleh enzim dan oleh bagaimana substrat mengalami
tekukan.
Methylene (CH2) yang diapit oleh 2 karbonil (C=O) teraktivasi,
membentuk karbanion (-CH)/enolat dan reaksi lanjut dengan keton
atau gugus karbonil dari ester (-COO-) yang secara alami cenderung
membentuk strain-free six-membered ring.
117
Siklisasi fenol sederhana

Poli b-ketoester dibentuk dari 4 buah unit asetat (1 asetat sbg
starter + 3 malonat untuk memperpajang rantai).
Senyawa tsb dapat mengalami penekukan sedikitnya dengan 2
cara, yaitu A yang akan menghasilkan orsellinic acid dan dan B
yang akan menghasilkan phloracetophenone.
poly b-ketoester
bersambung
bersambung
118
sambungan
alkohol
tertier
sambungan
alkene
CoA/ACP
119
6-methylsalicylic acid, merup metabolit dari Penicilium patulum. Berbeda

dengan orsellinic acid tiadanya 4-OH.
orsellinic acid
HO
CO2H
OH
(ELIMINATION)
6-methylsalicylic
acid
120
Penekukan rantai poliketida dapat dipelajari menggunakan penanda isotop,

misalnya 14C (ditentukan mengg. b-counter) atau 13C (ditentukan dengan
NMR).
SEnz
O
?
Alternariol: diproduksi
oleh Alternaria tenuis
121
Antrakuinon
Berbagai derivat antrakuinon diturunkan dari acetate pathway .

Endocrocin (dihasilkan oleh Penicillin dan Aspergillus fungi):
tekukan poliketida
dari 8 x C2
122
sambungan
endocrocin
islandicin
dihslkan oleh
Penicillium islandicum
emodin
Emodin merup. metabolit Penicillium sp.,

Rhamnus sp., Rumex sp.
123
Terjadinya modifikasi struktur senyawa berdasarkan poliketida

ditentukan oleh 2 step penting, yaitu:
1. oksigen hilang sebelum mengalami penekukan, dan siklisasi

poliketida dipisahkan dari enzim yang dimediasi oleh komponen
reduktase enzim sebelum reaksi siklisasi.
2. Reaksi transformasi, misalnya dekarboksilasi, O-metilasi,
oksidasi lebih lanjut lanjut dari metil menjadi karbonil terjadi
setelah reaksi siklisasi.
124
Starter groups selain Acetate
C6C3
Umumnya mudah
lepas pd presiklisasi
125
Contoh lain
starter group
yg bukan asetat
Adalah C6:
heksanoat CoA
yg digunakan
sebagai starter
AFLATOXIN,
senyawa toksik yg
diproduksi oleh
Aspergillus flavus.
Aflatoksin (banyak
tdt pd kacangkacangan) diduga
penyebab kanker
liver
126
Tetracycline
Tetracycline merup.
antibiotic bersepektrum luas.
Diprod. oleh Streptomyces.
Biosintesis dr starter group
malonamyl-CoA
127
Tetracycline
128
Doxorubicin
(Adriamycin)
obat antikanker
(inhibitory
activity on DNA
topoisomerase)
Starter:
propionyl CoA
129

Natural Product Chemistry PDF

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Natural Product Chemistry PDF

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

KIMIA BAHAN ALAM

KIMIA BAHAN ALAM

: polimer dari unit gula

Organisme: mempunyai kapasitas yang sangat luas dalam

Protein akan disintesis dari asam amino yang sesuai; dan

Selain primary metabolic pathways, organisme juga melakukan

Senyawa metabolit sekunder (misalnya flavonoid, terpenoid,

steroid, alkaloid) ditemukan hanya ditemukan pada organisme

Beberapa yang telah diketahui:

- senyawa atraktan volatil: untuk merangsang sesamanya

Berbagai senyawa metabolit sekunder banyak yang merupakan

Building Block yang penting digunakan dalam biosintesis metabolit

acetyl-coA: dibentuk dari asam piruvat yang merupakan hasil

antibiotik, dan beberapa asam lemak diturunkan dari metabolisme

Shikimic acid dihasilkan dari phosphoenolpyruvate yang

merupakan senyawa-antara pada glycolytic pathway.

Selain acetyl-coA, shikimic acid, dan mevalonic acid, sintesis

: BB paling sederhana, tdr dr atom

: terdiri dari 2 atom C,

Ke-8 BB tersebut di atas merupakan dasar

Contoh senyawa yg merup. kombinasi dari bbrp B. Block

REAKSI ALKILSI: Substitusi Nukleofilik (SN)

(a) formation of SAM

Bld Block C1 dari L-Met masuk ke ATP secara SN

Terjadinya reaksi SN2 menghasilkan O-CH3 dan N-CH3 linkages

DMAPP yang mengandung isoprene (BB C5) merpk. alkilating agent.

REAKSI ALKILASI: Adisi Elektrofilik

Sebagai alkilating agent DMAPP dapat digunakan untuk mengalkilasi nukleofil.

(b) generation of carbocation

(c) discharge of carbocation

Derivat terpenoid dan steroid alam hanya dapat dibangun dari

Beberapa contoh lain Wagner-Meerwein rearrangements

Aldol and Claisen Reactions

Pada langkah 1, hidrogen ditarik oleh basa dari a-karbon

menjadi anion enolat.

Langkah 2, karbanion menyerang gugus karbonil

Dalam banyak kasus, reaksi biokimia melibatkan ester CoA,

tioester merupakan leaving group lebih

Contoh reaksi Claisen :

Contoh reaksi Claisen :

Prinsip reaksi Claisen :

Dalam reaksi kimia organik, sintesis acetoacetilacetate

Reverse Aldol & Reverse Claisen Reactions

b-oksidasi merupakan pemutusan asam

Schiff Base Formation and Mannich Reaction

Proses sebaliknya juga dapat terjadi, yaitu hidrolisis imine

Ion iminium yg terbentuk dlm reaksi a) dpt bereaksi lebih lanjut

Aminasi secara reduksi

Pasangan glutamic acid/2-oxoglutaric acid, merupakan

Adanya Co-PLP akan

BB C6C2N dan indole.C2N diturunkan dari asam amino

pada dekarboksilasi terjadi penghilangan karboksil.

(a) amino acids

(b) b-keto acids

ortho-fenolic acid mengalami dekarboksilasi baik in vitro maupun in vivo

para-fenolic acid juga mengalami dekarboksilasi tanpa melalui

TPP merup. coenzyme mengandng cincin thiazole yg memp.

Oxidation and Reduction Reactions

Jika oksidasi berlangsung spt. skema

Proses reaksi dapat balik

Jika proses oksidasi merupakan dehidrogenasi pada alkana

Mekanisme oksidasi-reduksi menggunakan FAD/FMN:

Proses reaksi ini dapat balik, sehingga FADH2/FMNH2 dapat