Rekayasa Genetika untuk Deteksi Gen Mutasi

Finta Lidanang
Mahasiswi Fakultas Kedokteran Universitas Kristen Krida Wacana
Alamat Korespondensi Jl.Arjuna Utara No.6 Jakarta Barat 11510

Abstrak : Seiring dengan perkembangan zaman, teknologi pun terus berkembang, terutama
di bidang biologi.Salah satu teknologi yang sangat berpengaruh besar adalah rekayasa
genetika.Teknik dari rekayasa genetika ini memiliki banyak sekali jenis-jenisnya seperti PCR
yaitu teknik untuk mensintesis DNA secara eksponen dan secara in vitro, Sequencing yaitu
teknik mengetahui suatu urutan dari basa nitrogen, Southern blotting yaitu suatu teknik untuk
menguji dua buah sampel DNA untuk mengetahui cocok atau tidak dan Enzim restriksi yaitu
suatu teknik untuk memotong atau menghubungkan DNA.Dengan semua teknik-teknik dari
beberapa rekayasa genetika ini membawa dampak yang sangat besar dalam kehidupan
manusia.Salah satu manfaatnya seperti yang kita bahas dalam skenario adalah untuk
mengetahui apakah dalam suatu gen terjadi mutasi.
Kata kunci : rekayasa gen deteksi mutasi.
Abstract : Along with the times, technology continues to grow, especially in the field of
biology.One of them is a highly influential technology is engineered genetic.Technic of
genetic engineering has a lot of the types such as PCR is a technique to synthesize DNA
exponentially and in vitro , Sequencing is a technique to know the sequence of nitrogenous
bases, Southern blotting is a technique to test two samples of DNA to determine appropriate
or not and restriction enzyme is a technique to bypass or connect DNA.With all the
techniques of genetic engineering brings some enormous impact in the lives of the
benefits.Like as we discuss in this scenario is to determine whether a mutation in a genes.
Key words : enggineered genetic detected mutation.
Pendahuluan
Seiring

dengan

perkembangan

zaman,

teknologi

di

bidang

biologi

pun

terus

berkembang.Salah satu perkembangan dari biologi yang sangat berpengaruh besar dalam
kehidupan manusia terutama kesehatan adalah rekayasa genetika.Rekayasa genetika adalah

tindakan yang di sengaja untuk memodifikasi DNA (substansi kimiawi dalam kromosom
yang bertanggung jawab atas pewarisan sifat).Dalam arti luas, Tettamanzi melukiskannya
sebagai bentuk-bentuk manipulasi dan pergantian tatanan gen dari organisme hidup.1
Dapat dikatakan bahwa tahun 1953 adalah tanggal kelahiran genetika baru.Tahun itu adalah
tahun di mana Francis H.C. Crick dan Jonas D. Watson memperkenalkan model struktural
dan fungsional dari DNA.Dari sinilah dimulai sejarah molekul diwariskan kepada
keturunan-keturunan dari pasien tersebut.1 Semenjak itu teknologi dari rekayasa genetika
teruslah berkembang secara bertahap dan mempengaruhi kemajuan dalam bidang
kesehatan.Rekayasa genetika ini terbagi menjadi beberapa metode yang juga berbeda-beda
manfaatnya setiap rekayasa genetika.Di dalam tinjauan pustaka ini saya akan mencoba
membahas beberapa teknik dari rekayasa genetika tersebut dan bagaimana hasilnya dalam
kehidupan kita.Dengan tujuan dan harapan untuk menambah wawasan kita dalam teknologi
rekayasa genetika.1
Seperti yang terdapat di skenario D dimana terjadi suatu proses rekayasa genetika yang di
awali dengan merestriksi suatu sekuens DNA dan lebih lanjut dilakukan suatu proses
Southern blotting untuk mendeteksi apakah terjadi suatu mutasi dalam janin tersebut atau
tidak.
Rekayasa Genetika atau DNA Rekombinan
Rekayasa genetika mengacu pada berbagai macam prosedur pengubahan mekanisme
informasi genetik secara sengaja.Seorang ahli biologi menjadi insinyur dan merekonstruksi
molekul DNA atau keseluruhan genom (seluruh rangkaian gen) di dalam nukleus dengan
tujuan untuk mengobati penyakit-penyakit genetik spesifik ataupun memperoleh pemahaman
yang lebih baik mengenai apartus genetik.2
Prosedur-prosedur DNA rekombinan (penjalinan gen, gen,gene splicing) adalah contoh
rekayasa genetika yang paling dikenal.DNA dari organisme asing, biasanya merupakan
spesies yang benar-benar berbeda, diintroduksi dan diintegrasi dengan genom organisme
tertentu.Genom hibrid yang baru pun diperoleh dengan karakteristik-karakteristik organisme
penyumbang DNA diekspresikan pada organisme penerima.2
DNA rekombinan biasanya meliputi tahap-tahap seperti berikut.Pertama DNA dari organisme
diekstraksi, dipotong dengan enzim restriksi endonuklease, disambung (ligasi) dengan DNA
vektor sehingga membentuk molekul DNA rekombinan (DNA donor tersisipkan pada DNA

vektor).Lalu DNA rekombinan ini dimasukkan ke dalam sel inang.Permasukan DNA ke

dalam el bakteri (E.Coli) dinamakan transformasi.Ketiga, sel bakteri yang membawa DNA
rekombinan

(transforman)

dipisahkan

(diseleksi)

dari

sel

yang

tidak

membawa

vektor.Kemudian sel-el ini diidentifikasi dan dikarakterisasi terhadap sel transforman yang
membawa DNA yang diinginkan.Keempat jika diperlukan DNA rekombinan dapat di
manipilasi ehingga gena yang dibawa itu dapat terekpresi menghasilakn protein dalam jumlah
banyak.3
Walaupun teknologi DNA rekombinan berkembang dari penemuan pada biologi molekular
virus, bakteri, dan plasmid, dasar pengetahuan yang membuat teknologi DNA rekombinan
berkembang dari pemahaman strultur dan fungsi DNA.3
Enzim Restriksi
Pengklonan gen dan rekayasa genetika telah dimungkinkan oleh penemuan enzim yang bisa
memotong molekul DNA pada lokasi-lokasi spesifik yang jumlahnya terbatas.Enzim ini,
disebut enzim restriksi, ditemukan dalam bakteri pada akhir tahun 1960-an.Di alam, enzim
ini melindungi bakteri terhadap bakteri terhadap DNA yang menyelinap dari organisme lain,
seperti virus atau sel bakteri lain.Enzim-enzim ini bekerja dengan memotong-motong DNA
asing, suatu proses yang disebut restriksi.Sebagian besar enzim restriksi ini sangat spesifik,
mengenali urutan nukleutida pendek dalam molekul DNA dan memotong pada titik tertentu
di dalam urutan ini.Sel bakteri ini melindumgi DNA-nya sendiri dari restriksi dengan
menambahkan gugus metil(--CH3) pada adenin atau sitosin di dalam urutan yang dikenali
oleh enzim restriksi tersebut.Ratusan enzim restriksi telah diidentifikasi dan diisolasi, dan
banyak yang telah tersedia secara komersial.4
Enzim restriksi memotong ikatan fosfodiester kovalen pada kedua untai, sering dalam bentuk
menyerupai tangga, karena urutan target biasanya muncul (dengan sendirinya) berkali-kali
dalam molekul DNA yang panjang, suatu enzim akan membuat banyak potongan.Salinan
molekul DNA selalu menghasilkan serangkaian fragmen retriksi yang sama apabila
dipaparkan dengan enzim itu.Dengan kata lain, enzim restriksi memotong molekul DNA
dengan cara yang dapat direproduksi.Fragmen restriksi itu berupa fragmen DNA untai-ganda
dengan edikitnya atu ujung untai-tunggal, yang di sebut ujung lengket.Tonjolan pendek ini
akan membentuk pasangan basa yang berikatan-hidrogen dengan komplementernya yang
berupa bentangan unti-tunggal dari molekul DNA lain yang dipotong oleh enzim yang
sama.Gabungan yang dibentuk dengan cara ini hanya sedikit ikatan hidrogen yang

menyatukan fragmen-fragmen itu.Akan tetapi, penggabungan DNA ini dapat dibuat

permanen dengan enzim DNA ligase, yang menyegel untai itu dengan mengkatalisis
pembentukan ikatan fosfodiester.4

PCR
Reaksi rantai polimerase (PCR- polymerae chain restriction) merupakan suatu metode untuk
membuat salinan egmen spesifik dari suatu DNA plasmid atau DNA faga dan seluruhnya
dilakukan in vitro.Materi awal untuk PCR adalah suatu larutan DNA untai-ganda yang
mengandung urutan nukleotida yang ditargetkan untuk disalin.Saintis menambahkan jenis
DNA polimerase yang resisten panas(yang mengkatalitis reaksi), suatu pasokan yang terdiri
dari keempat nukleotida (untuk disusun menjadi DNA baru), dan prmer.Primer ini dibutuhkan
agar DNA polimerase dapat memulai sintei DNA.Primer yang digunakan dalam PCR ini
merupakan molekul DNA untai-tunggal sintetik yang pendek,primer ini komplementer
terhadap ujung-ujung DNA target sehingga menentukan segmen DNA tertentu yang akan
diperkuat.4
Tahapan terjadinya PCR adalah pertamaDNA di panaskan secara singkat untuk memisahkan
untainya dan kemudian didinginkan untuk membiarkan primer berikatan dengan ujung-ujung
urutan target melalui ikatan hidrogen, satu primer pada setiap untai.Kemudian DNA
polimerase menambahkan nukleotida pada ujung 3 primer, dengan menggunakan untai DNA
yang lebih panjang sebagai cetakannya.Dalam waktu kira-kira 5 menit urutan DNA target
yang panjangnta bisa mencapai seratus

pasangan basa telah digandakan.Larutan ini

kemudian dipanskan lagi, memulai siklus pemisahan untai yang lain, pengikatan primer, dan
sintesis DNA.Siklu ini berjalan beruang-ulang hingga urutan target telah terduplikasi
berulang kali.Sampai kira-kira 20 siklus, hampir semua molekul DNA yang di hasilakn akan
terdiri atas urutan target yang tepat.4
Ada batasan praktis untuk jumlah salinan yang dapat dibuat, yang sering dipaksakan oleh
akumulasi

kesalahan

dalam

salinan-salinan

DNA (versi

mutasi

in

vitro).Untuk

mempersiapkan jumlah segmen DNA yang lebih banyak, PCR dapat diikuti dengan
pengklonan DNA dalam sel.4

Southern Blotting
Prosedur berikut ini megkombinasi lima teknik laboratorium, dan memungkinkan para
peneliti untuk dapat mendeteksi dan menganalisis urutan DNA tertentu.Dasar pendeteksian
urutan spesifik ini adalah hibridisasi asam nuklear.Hasilnya dapat menunjukkan tidak hanya
apakah urutan tertentu itu ada dalam sampel yang berbeda,tetapi juga jumlah urutan tersebut
di dalam suatu genom dan ukuran fragmen restriksi yang mengandungnya.Dengan cara ini
akan memungkinkan untuk membandingkan DNA dari individu atau bahkan spesies yang
berbeda.4
Teknik blotting adalah teknik pemindahan molekul DNA, RNA, atau protein yang berbeda
pada membran tersebut kemudia dianalisis lebih lanjut, misalnya dengan metode hibridisasi
atau dengan antibodi.5
Karena kekuatan selektif dari hibridisasi asam nukleat, materi awal untuk analisis dapat
berupa seluruh genom organismenya.Panjang DNA yang berlebihan ini akan menghasilkan
begitu banyak fragmen restriksi, sehingga jika semuanya ingin ditampakkan (dengan
pewarnaan misalnya), akan tampak sebagai suatu noda dalam elektroforesis gel dan bukannya
suatu pita yang terpisah.Sebaliknya, hanya pita DNA yang diinginkan saja yang akan tampak
sebagai suatu pita yang terpisah.Sebaliknya, hanya pita DNA yang diinginkan saja yang
ditampakkan dengan menggnakan probe berlabel, Probe ini terdiri atas banyak salinan dari
potongan DNA untai-tunggal yang berlabel radioaktif (atau berfluorens) yang akan
berhibridisasi (pasangan basa) dengan DNA yang diinginkan.Sebelum hibridisasi, DNA yang
akan diuji dipindahkan dengan aksi kapiler (blotting) dari gel ke penumpu padat, selembar
kertas nitroselulosa atau nilon.Seluruh prosedur hibridisasi dikenal sebagai Southern blotting,
di ambil dari nama E.M. Southern yang mengembangkan prosedur hibridisasi ini pada tahun
1975.Sensitivitas hibridisasi ini dapat diatur untuk mendeteksi hanya urutas yang benar-benar
komplementer dengan probe ataupun untuk mendeteksi urutan serupa (homolog).4
Dalam prosedur serupa yang diberi nama Northern blotting mRNA (molekul utuh dan
bukannya fragmen) digunakan sebagai subjek analisis hibridisasi.Biasanya tujuannya untuk
menentukan apakah gen tertentu telah di transkripsi dan berapa banyak mRNA yang
ada.Northern blotting telah menjadi pendorong penelitian pada pengontrolan ekspresi gen.4

Sequencing
Metode untuk menentukan urutan nukleotida dari molekul DNA ini melibatkan pensintetisan
in vitro untai DNA yang komplementer terhadap salah satu untai DNA yang edang
diurutkan.Metode ini didasarkan pada pemasukan secara random nukleotida termodifikasi,
yaitu dideoksiribonukleotida yang mengakhiri rantai DNA yang sedang tumbuh karena
nukleotida ini tidak memiliki 2-OH maupun 3-OH yang diperlukan untuk pelekatan
nukleotidaberikutnya.Untai DNA yang diintesis mencerminkan semua kemungkinan posisi
nukleotida dideoksi dan kemudian akhirnya keseluruhan urutan DNA.Molekul DNA yang
diurutkan merupakan fragmen restriksi yang diklon, umumnya beberapa ratus nukleotida
panjangnya.4
Sebagian besar pekerjaan pengurutan DNA sekarang telah diotomatisasi.Sebagai pilihan lain
selain pelabelan fragmen dengan primer radioaktif, mesin pengurut baru menggunakan
pewarna berfluoren untuk memberi label dideoksiribonukleotida, satu warna intuk masingmasing dari keempat reaksi dilakukan dalam atu tabung tunggal, ujung dideoksi dari untai
DNA produk-reaksi dapat dibedakan melalui fluorensensinya.4
Tahapannya adalah pertama penyiapan salah satu fragmen DNA yang dibagi ke dalam empat
bagian, dan setiap bagian diinkubasi dengan semua bahan yang diperlukan untuk intesis untai
komplementer suatu primer berlabel (yang dibuat berpasangan basa dengan ujung 3 yang
diketahui dari cetakan), DNA polimerase, dan keempat deoksiribonukleotida trifofat.Di
samping itu setiap campuran reaksimengandung salah satu dari keempat nukleotida yang
berbeda dalam bentuk dideoksi hasil modifikasi.Sintesis untai baru dimulai pada primer dan
berlanjut hingga dideoksiribonukleotida dimasukkan yang mencegah sintesis lebih
lanjut.Dideoksinukleotida diselipkan begitu serig secara random, sebagai ganti ekuivalensi
normalnya.Akhirnya di hasilakn serangkaian untai radioaktif yang berbeda-beda.Yang
ditunjukan di sini hanya campuran reaksi dengan ddGTP.Lalu untai DNA baru dalam setiap
campuran reaksi dipisahkan dengan elektroforesis pada gel polakrilamida, yang dapat
memisahkan untai-untai bahkan yang hanya mempunyai perbedaan sekecil sebuah nukleotida
panjangnya.Dan etelah itu autoradiograf dibuat.Urutan dari untai hasil sintesis baru dapat
dibaca langsung dari pita-pita pada autoradiografnya dan urutan untai cetakan aslinya dapat
disimpulkan.Dalam contoh ini karena fragmen terpanjang berakhir dengan ddG, G haruslah
merupakan basa terakhir dalam untai DNA baru tersebut.Fragmen sepanjang kedua berakhir
dengan ddA, yang berarti bahwa A merupakan basa yang kedua yang terkhir dan seterusnya.4

Daftar Pustaka
1. Chang W. Bioetika. Yogyakarta: Penerbit Kanisius; 2009. h.22.
2. Fried GH,Hademenos GJ,Safitri A, penyunting. Biologi. Ed. 2. Jakarta: Penerbit
Erlangga; 2006. h.88
3. Sudjadi. Bioteknologi kesehatan. Yogyakarta: Penerbit Kanisius; 2008. h.43.
4. Campbell NA,Reece JB. Biologi. Ed. 5. Jakarta: Erlangga; 2002. h.396.
5. Yuwono T. Biologi molekular. Jakarta: Penerbit Erlangga; 2008. h.37.