Anda di halaman 1dari 2

Modul 1. Pengenalan Website Bioinformatika 16 September 2014

Pengenalan NCBI (Gene Bank)

1.

Pada browser Anda buka alamat berikut, www.ncbi.nlm.nih.gov

2.

Pada kotak query ketik kata “Actin”, lalu klik *Search+

a.

Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh?

b.

Berapa jumlah DATA Nucleotida yang Anda peroleh?

c.

Berapa jumlah DATA Taxonomy yang Anda peroleh?

3.

Klik link hasil DATA [Pubmed]

4.

Scroll ke bawah, cari box [Search Details]

d.

Bagaimana entrez menginterpretasikan query “ actin” yang Anda masukkan untuk data Pubmed

ini?

5. Scroll ke atas sampai bagian menu search. Pada tombol pull-down, ganti opsi “PubMed”

menjadi opsi “MeSH” (Medical Subject Heading), lalu klik *Search

e.

Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh sekarang?

f.

Berbedakah dengan jumlah DATA awal?

6.

Scroll ke bawah, lihat box [Search Details]

g. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “ actin” Anda sekarang?

7.

Kembali ke halaman muka NCBI (klik logo [NCBI] di sudut kiri atas)

8.

Pada pull-down menu “search” pilih opsi “Nucleotide”

9.

Pada kotak search ketik kata “actin”, lalu klik *Search+

h.

Berapa entry yang muncul?

10. Buka pada tab baru entry yang pertama (klik Nomor Akses yang di-highlight pada entry yang

kelima)

i. Berasal dari organisme apakah entry nukleotida tersebut? Berapa pasang basa sekuen nukleotida pada entry tersebut?

11. Kembali ke halaman muka NCBI

12. Pada pull-down menu “Search” pilih opsi “Taxonomy” pada kotak query ketik “Penaeus”, klik

[Search]

j. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang muncul?

13. Buka pada tab baru, opsi “nucleotida”

k. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang ada pada genus Penaeus?

14. Buka pada tab baru, opsi “protein”

l. Berapakah jumlah DATA Protein yang ada pada genus Penaeus?

15. Kembali ke halaman muka NCBI

16. Pada pull-down menu “Search” pilih “Nucleotida”, pada kotak query ketik “Penaeus”, lalu klik

[Search] m. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang diperoleh?

17. Klik tab *Limit+, pilih Fields “Organism”, Molecule “mRNA”, lalu klik *Search+

18. Cari box [Search Details]

n. Tulis kembali query yang tertulis pada kotak tersebut!

19. Klik tab [Advanced Search]

20. Pilih “AND”, pada pull-down menu pilih “Title”, ketik “GIH” di kotak isian sebelahnya, lalu klik

[Search]

o. Berapa jumlah DATA yang muncul? Apakah judul hasil subjek pertama?

Pengenalan Website Bioinformatika Protein

A.

Expasy

1.

Buka www.uniprot.org

2.

Search in: (UniprotKB) dengan query “Vp28”

a.

Ada berapa jumlah data yang muncul?

3.

Buka pada tab baru salah satu entry (klik Nomor Akses yang di-highlight pada entry yang

pertama)

b.

Tuliskan Accesion Number yang tercantum!

c.

Tuliskan nama protein tersebut!

d.

Apa Gen Name dari protein tersebut?

e.

Berasal dari organisme apakah protein tersebut?

B.

PDB

1.

Buka www.pdb.org

2.

Pada search engine, ketik “ RNAse III”, klik tombol “kaca pembesar”

a.

Ada berapa jumlah data “structure hits” yang muncul?

b.

Klik tab “Citations”, Sebutkan judul jurnal pada urutan pertama!

c.

Berapa nomor ID protein dari jurnal di atas?

3.

Klik nomor ID protein artikel tersebut

d.

Apa nama molekul tersebut dan berapa panjangnya?

e.

Metode apa yang digunakan untuk mendapat gambar molekul tersebut?