Anda di halaman 1dari 2

Modul 1.

Pengenalan Website Bioinformatika


16 September 2014
Pengenalan NCBI (Gene Bank)
1. Pada browser Anda buka alamat berikut, www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Pada kotak query ketik kata Actin, lalu klik *Search+
a. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh?
b. Berapa jumlah DATA Nucleotida yang Anda peroleh?
c. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang Anda peroleh?
3. Klik link hasil DATA [Pubmed]
4. Scroll ke bawah, cari box [Search Details]
d. Bagaimana entrez menginterpretasikan query actin yang Anda masukkan untuk data Pubmed
ini?
5. Scroll ke atas sampai bagian menu search. Pada tombol pull-down, ganti opsi PubMed
menjadi opsi MeSH (Medical Subject Heading), lalu klik *Search
e. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh sekarang?
f. Berbedakah dengan jumlah DATA awal?
6. Scroll ke bawah, lihat box [Search Details]
g. Bagaimana entrez menginterpretasikan query actin Anda sekarang?
7. Kembali ke halaman muka NCBI (klik logo [NCBI] di sudut kiri atas)
8. Pada pull-down menu search pilih opsi Nucleotide
9. Pada kotak search ketik kata actin, lalu klik *Search+
h. Berapa entry yang muncul?
10. Buka pada tab baru entry yang pertama (klik Nomor Akses yang di-highlight pada entry yang
kelima)
i. Berasal dari organisme apakah entry nukleotida tersebut? Berapa pasang basa sekuen nukleotida
pada entry tersebut?
11. Kembali ke halaman muka NCBI
12. Pada pull-down menu Search pilih opsi Taxonomy pada kotak query ketik Penaeus, klik
[Search]
j. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang muncul?
13. Buka pada tab baru, opsi nucleotida
k. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang ada pada genus Penaeus?
14. Buka pada tab baru, opsi protein
l. Berapakah jumlah DATA Protein yang ada pada genus Penaeus?
15. Kembali ke halaman muka NCBI
16. Pada pull-down menu Search pilih Nucleotida, pada kotak query ketik Penaeus, lalu klik
[Search]
m. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang diperoleh?

17. Klik tab *Limit+, pilih Fields Organism, Molecule mRNA, lalu klik *Search+
18. Cari box [Search Details]
n. Tulis kembali query yang tertulis pada kotak tersebut!
19. Klik tab [Advanced Search]
20. Pilih AND, pada pull-down menu pilih Title, ketik GIH di kotak isian sebelahnya, lalu klik
[Search]
o. Berapa jumlah DATA yang muncul? Apakah judul hasil subjek pertama?

Pengenalan Website Bioinformatika Protein


A. Expasy
1. Buka www.uniprot.org
2. Search in: (UniprotKB) dengan query Vp28
a. Ada berapa jumlah data yang muncul?
3. Buka pada tab baru salah satu entry (klik Nomor Akses yang di-highlight pada entry yang
pertama)
b. Tuliskan Accesion Number yang tercantum!
c. Tuliskan nama protein tersebut!
d. Apa Gen Name dari protein tersebut?
e. Berasal dari organisme apakah protein tersebut?
B. PDB
1. Buka www.pdb.org
2. Pada search engine, ketik RNAse III, klik tombol kaca pembesar
a. Ada berapa jumlah data structure hits yang muncul?
b. Klik tab Citations, Sebutkan judul jurnal pada urutan pertama!
c. Berapa nomor ID protein dari jurnal di atas?
3. Klik nomor ID protein artikel tersebut
d. Apa nama molekul tersebut dan berapa panjangnya?
e. Metode apa yang digunakan untuk mendapat gambar molekul tersebut?