ISSN: 1405-3195
agrocien@colpos.mx
Colegio de Postgraduados
Mxico
Domnguez Viveros, Joel; Nez Domnguez, Rafael; Ramrez Valverde, Rodolfo; Ruiz Flores, Agustn
Evaluacin gentica de variables de crecimiento en bovinos tropicarne: I. Seleccin de modelos
Agrociencia, vol. 37, nm. 4, julio-agosto, 2003, pp. 323-335
Colegio de Postgraduados
Texcoco, Mxico
RESUMEN
ABSTRACT
directo y materno, la covarianza entre stos y el ambiente permanente de la vaca. Posteriormente, se suprimi uno de estos efectos
a la vez, finalizando con el modelo que slo incluy el efecto
gentico directo. La comparacin de modelos se realiz con la
prueba de proporcin de verosimilitudes. Adicionalmente, se compararon los parmetros genticos obtenidos con los modelos y se
estimated among predicted sire breeding values with the full and
the other models. The best model depended on the studied trait.
The best models considered maternal and direct genetic effects
for BW, WW and YW, plus the covariance among them for BW.
For WYG and W18MG the most appropriate model included only
the direct genetic effect and for 18MW the direct genetic plus the
maternal permanent environmental effects. The differences in the
directo ms el de ambiente permanente de la vaca. Las diferencias en los estimadores de los parmetros genticos utilizando los
diferentes modelos, podran resultar en cambios en la
jerarquizacin de los animales. Los valores de r entre los valores
genticos predichos con el modelo completo y el seleccionado variaron de 0.95 a 0.99. Se recomienda seleccionar el modelo ms
adecuado previamente a la evaluacin gentica de los bovinos.
INTRODUCTION
324
INTRODUCCIN
MATERIALES Y MTODOS
Caractersticas de la informacin
325
crecimiento con base en el peso vivo a diferentes edades. En los libros de grados de pureza slo se registran hembras, mientras que en
los de pureza de raza se registran machos y hembras. El nmero de
sementales que produjeron cras 1/2, 3/4, 7/8, 15/16 y 31/32 Tropicarne
fueron 25, 57, 64, 75 y 54, respectivamente.
Los sistemas de produccin son tpicos de las regiones tropicales: Alimentacin con base en pastoreo de praderas de Guinea (Panicum
maximun) y Estrella de frica (Cynodon plectostachyus), empadre
durante todo el ao (con una asignacin de 25 a 30 hembras por semental), con tendencia a concentrarse de julio a agosto, y de febrero a
Selection of the model with best fit to the variation of the traits
was carried out using several sub-models. The initial complete
univariate animal model was:
Variables estudiadas
Traits studied
Statistical analyses
y Xb Zg Mm Wp e
Anlisis estadstico
Para seleccionar el modelo con mejor ajuste a la variacin de las
variables estudiadas, se evaluaron varios submodelos a partir del modelo animal univariado siguiente:
y Xb Zg Mm Wp e
donde y es el vector de registros de comportamiento para cada variable de crecimiento; b es el vector de efectos fijos, incluyendo los grupos contemporneos y las covariables lineal y cuadrtica de edad de
la vaca y proporcin de genes Tropicarne, adems de la covariable
lineal de peso al destete para GDA y GD18M; X es la matriz de incidencia que asocia b con y; g es el vector de valores genticos aditivos
directos; Z es la matriz de incidencia que asocia g con y; m es el
vector de valores genticos aditivos maternos; M es la matriz de incidencia que asocia m con y; p es el vector de efectos de ambiente permanente de la vaca; W es la matriz de incidencia que asocia p con y; y
e es el vector de efectos residuales. Los grupos contemporneos se
formaron combinando los efectos de ao y poca de nacimiento, rancho de origen y sexo de la cra, con un mnimo de cuatro observaciones por grupo, con base en estudios previos (Domnguez et al., 2003).
Los primeros y segundos momentos son:
E y Xb, E g 0, E m 0, E p E e 0, and
g "# A
m
A
Var #
p#
0
! e #$ ! 0
2
g
A gm
gm
A 2m
IV 2p
"#
##
0 #
I #$
0
0
2
N e
326
E y Xb, E g 0, E m 0, E p E e 0, y
g "# A
m
A
Var #
p#
0
! e #$ ! 0
2
g
A gm
gm
A 2m
IV 2p
"#
0 #
#
0 #
I #$
2
N e
significantly (p<0.05) improved the fit to data for each trait. Table 1
shows the (co)variance components and parameter estimates obtained
with each model.
The statistical analyses were performed using the MTDFREML
(multivariate derivative free restricted maximum likelihood, Boldman
et al., 1995) program. This program contains a set of subroutines to
estimate (co)variance components of random effects, through restricted
maximum likelihood (REML) without use of derivatives. After
reaching convergence, the program obtains solutions for the mixed
Cuadro 1. Estructura de los componentes de (co)varianza y parmetros estimados con cada modelo.
Table 1. Structure of (co)variance components and parameter estimates obtained with each model.
Modelo
8 2g
2m
gm
8 2p
2e
hg2
hm2
rgm
c2
DMCP
DMC
DMP
DM
DP
D
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
'
2g = varianza del efecto gentico aditivo directo; 2m = varianza del efecto gentico aditivo materno; gm = covarianza entre efectos genticos
aditivos directo y materno; 8 2p = varianza del efecto materno de ambiente permanente; 2e = varianza residual.
2
h2
g = ndice de herencia de efectos genticos directos; hm = ndice de herencia de efectos genticos maternos; rgm = correlacin entre efectos
genticos aditivos directo y materno; c 2 = proporcin de la varianza fenotpica debida a la varianza de efectos maternos de ambiente permanente.
Efectos considerados en el modelo: D = efecto gentico aditivo directo; M = efecto gentico aditivo materno; C = covarianza entre los efectos
genticos aditivos directo y materno; P = efecto materno de ambiente permanente.
breeding values with the complete model were estimated for 20% of
the best sires ranked according to each model.
RESULTADOS Y DISCUSIN
En el Cuadro 2 se presentan las pruebas de proporcin de verosimilitudes de los contrastes entre los modelos estudiados para las variables analizadas.
Para PN, la inclusin del efecto materno de ambiente
permanente al modelo con los efectos genticos aditivos
directo y materno, y la covarianza entre stos no contribuy (p>0.89) a explicar la variabilidad entre registros.
La inclusin de la covarianza entre los efectos genticos
Cuadro 2. Prueba de proporcin de verosimilitudes
327
Probabilidad J2 log Li log Li, X # L de los contrastes entre los modelos estu
2
1
diados para las variables de peso al nacimiento (PN), al destete (PD), al ao (PA) y a los 18 meses (P18M), y ganancia total del
destete al ao (GDA) y del destete a los 18 meses de edad (GD18M).
,
Table 2. Likelihood ratio test Probabillity 2 log Li log Li X21#
L
and 18 months (P18M), and total weight gain from weaning to one year (GDA) and from weaning to 18 months (GD18M).
Contraste
DMCP vs DMC
PN
PD
P>0.89
P>0.41
PA
P>0.32
P18M
GDA
GD18M
Hiptesis
P<0.05
P>0.41
P>0.13
8 2p =0
DMCP vs DMP
P<0.02
P>0.25
P>0.27
P>0.33
P>0.37
P>0.98
gm =0
DMC vs DM
P<0.02
P>0.22
P>0.29
P>0.40
P>0.33
P>0.69
gm =0
DMP vs DM
P>0.62
P>0.37
P>0.35
P>0.05
P>0.37
P>0.12
8 2p =0
DMP vs DP
P>0.88
P<0.01
P<0.02
P>0.92
P>0.99
P>0.98
2m =0
DM vs D
P>0.67
P<0.01
P<0.01
P>0.10
P>0.98
P>0.99
2m =0
DP vs D
P>0.52
P<0.01
P<0.01
P<0.01
P>0.37
P>0.12
8 2p =0
Efectos considerados en el modelo: D = efecto gentico aditivo directo; M = efecto gentico aditivo materno; C = covarianza entre los efectos
genticos aditivos directo y materno; P = efecto materno de ambiente permanente.
328
329
maternal
heritability estimates for BW obtained
with the selected model (DMC) were 0.120.07 and
0.100.05. Addition of the covariance between direct and
maternal genetic effects (C) into the model containing
the direct (D) and maternal (M) genetic effects was
necessary (p<0.02, Table 2). The estimates for 8 2g and
8 2m were close to zero when this covariance was not
considered in the model, whereas in the models that
included the covariance, the estimates of 8 2g and 8 2m
increased considerably. This indicates a sub-estimation
of the genetic parameters and a likely negative effect when
important random effects are ignored. On the other hand,
the estimates for the complete and the selected models
were similar. Therefore, substantial changes in the
prediction of breeding values using any of these models
are not expected. However, the selected model is simpler,
and therefore, its computational demand will be lower
and with better precision when estimating (co)variance
components.
The hg2 for BW estimated in this study with the
selected model is lower than those obtained by other
authors (Meyer, 1992; Waldron et al., 1993 for beef cattle;
Robinson, 1996), for crosses of Bos taurusBos indicus
under tropical environments (Mackinnon et al., 1991;
Meyer, 1992), and the values used in the national genetic
evaluation programs for beef cattle in the United States
(BIF, 1996). This difference is probably due to differences
in genetic structure, management of the animals, and
selection among the populations. Regarding to hm2 , the
estimates obtained in the current study were similar to
those reported by Meyer (1992), BIF (1996) and
Robinson (1996).
Estimates of hg2 and hm2 with the selected model
were 0.080.04 and 0.140.04 for WW, and 0.170.05
and 0.110.04 for YW. The variation in the magnitude
of these estimates obtained with other models, suggests
sub- and over-estimation of the parameters when a
random effect is ignored or included. This supports the
importance of model selection prior to the genetic
evaluation of animals.
Estimates of hg2 for WW and YW published by other
authors (Mackinnon et al., 1991); Meyer, 1992;
Robinson, 1996) for beef cattle, were higher than the
estimates obtained in this study with the selected model
and to those used in the national genetic evaluation of
beef cattle in the United States (BIF, 1996). Estimates of
hm2 for WW and YW published in other studies, are
330
Cuadro 3. Estimadores de componentes de (co)varianza (kg2) y de parmetros, de acuerdo con los modelos estudiados para las variables de peso al nacimiento, al destete, al ao y a los 18 meses, y ganancia de peso del destete al ao y del destete a los 18 meses
de edad.
Table 3. Estimates of (co)variance components (kg2) and genetic parameters, from the studied models for weights at birth, weaning,
yearling and 18 months, and total weight gain from weaning to one year and from weaning to 18 months of age.
8 2g
Peso al nacimiento
DMCP
0.371
DMC
0.373
DMP
0.019
DM
0.019
DP
0.022
D
0.026
Peso al destete
DMCP
50.29
DMC
49.33
DMP
36.60
DM
35.42
DP
52.79
D
85.38
Peso al ao
DMCP
DMC
DMP
DM
DP
D
149.59
143.13
116.17
113.36
142.09
170.60
DP
282.79
D
303.96
2m
gm
8 2p
2e
hg2
0.321
0.337
0.008
0.024
0.334
0.341
0.017
2.835
2.844
3.086
3.126
3.085
3.142
0.12 0.07
0.12 0.07
0.01 0.02
0.01 0.02
0.01 0.02
0.01 0.02
0.10
0.10
0.00
0.01
343.73
349.51
353.15
359.81
346.12
372.39
0.11 0.06
0.11 0.06
0.08 0.04
0.08 0.04
0.12 0.05
0.19 0.05
0.15
0.18
0.10
0.14
468.37
481.58
488.08
499.14
481.29
514.92
0.22 0.08
0.21 0.08
0.17 0.05
0.17 0.05
0.21 0.05
0.25 0.05
0.11
0.14
0.08
0.11
671.29
730.28
643.79
705.49
642.05
715.56
0.22 0.08
0.19 0.07
0.27 0.07
0.22 0.07
0.28 0.07
0.30 0.06
0.01
0.05
0.01
0.09
342.22
348.83
350.57
358.87
350.42
358.92
0.13 0.06
0.13 0.06
0.10 0.04
0.10 0.04
0.10 0.04
0.10 0.04
0.02
0.03
0.00
0.00
582.22
621.87
582.08
618.46
582.19
618.12
0.17 0.08
0.16 0.07
0.17 0.06
0.18 0.06
0.17 0.06
0.18 0.05
0.00
0.00
0.00
0.00
0.053
0.060
66.03
82.14
47.52
61.84
21.04
22.99
16.32
17.30
52.13
72.01
94.11
54.29
72.83
32.18
32.08
26.34
24.02
56.61
5.75
48.66
5.99
86.52
35.66
43.48
12.78
14.02
DMC
53.71
13.15
DMP
39.13
0.001
DM
41.71
0.004
DP
39.19
D
41.72
Ganancia de peso del destete a los 18 meses
DMCP
129.88
0.003
0.533
DMC
121.41
0.777
9.713
DMP
129.19
0.004
DM
136.29
0.001
DP
129.31
D
136.60
80.83
90.70
93.51
11.35
10.72
10.82
43.23
43.29
43.13
hm2
0.06
0.05
0.02
0.02
rgm
c2
0.97 0.11
0.96 0.10
0.01 0.04
0.02 0.03
0.02 0.03
0.06
0.05
0.05
0.04
0.37 0.06
0.36 0.24
0.04 0.04
0.04 0.04
0.12 0.03
0.05
0.05
0.04
0.04
0.31 0.24
0.28 0.22
0.04 0.04
0.04 0.04
0.08 0.04
0.05
0.05
0.04
0.05
1.00 4.95
0.45 0.60
0.08 0.05
0.09 0.05
0.09 0.04
0.04
0.04
0.02
0.02
0.64 0.45
0.53 0.33
0.03 0.03
0.03 0.03
0.03 0.03
0.05
0.04
0.04
0.03
0.93 NE
1.00 NE
0.06 0.05
0.06 0.05
0.06 0.05
2
82
g = varianza del efecto gentico aditivo directo; m = varianza del efecto gentico aditivo materno; gm = covarianza entre efectos genticos
aditivos directo y materno; 2p = varianza del efecto materno de ambiente permanente; 2e = varianza residual.
2
h2
g = ndice de herencia de efectos genticos directos; hm = ndice de herencia de efectos genticos maternos; rgm = correlacin entre
efectos genticos aditivos directo y materno; c 2 = proporcin de la varianza fenotpica debida a la varianza de efectos maternos de ambiente
permanente.
Efectos considerados en el modelo: D = efecto gentico aditivo directo; M = efecto gentico aditivo materno; C = covarianza entre los efectos
genticos aditivos directo y materno; P = efecto materno de ambiente permanente.
Mejor modelo.
No estimable.
331
332
En general, estos estimadores son similares a los obtenidos con los otros modelos utilizados. La posible ventaja
observada en el presente estudio es la substancial simplificacin al utilizar un modelo que considera slo el
efecto gentico aditivo directo. Bennett y Gregory (1996)
evaluaron la GDA de nueve razas puras y tres sintticas
con un modelo similar al seleccionado, y reportaron valores superiores a los obtenidos en este estudio. Sin embargo, el intervalo entre los valores de los estimadores
(0.08 a 0.36) para las diferentes razas utilizados en los
programas de evaluaciones genticas de bovinos para
carne de los Estados Unidos de Amrica (BIF, 1996) incluye los valores del presente trabajo.
De acuerdo con los modelos seleccionados para las
variables analizadas, la inclusin de la covarianza entre
efectos genticos aditivos directo y materno slo fue importante para PN, y su efecto fue disminuyendo a medida que la variable era medida ms tarde en la vida del
bovino. Los estimadores de 8 gm fueron altos y negativos para PN, PD y PA; consecuentemente, los estimadores de rgm fueron altos y negativos. El comportamiento
de estos estimadores indica un antagonismo entre los
efectos genticos directos para crecimiento del becerro
con los efectos genticos de la vaca para la produccin
de leche (Ferraz et al., 2001). Niveles altos de crecimiento
corporal de las hembras pueden restringir el desarrollo
de la glndula mamaria, afectando su habilidad materna
futura (Waldron et al., 1993). Este posible antagonismo
gentico ha sido observado por Robinson (1996),
Berweger et al. (1999) y Ferraz et al. (2000).
La magnitud de la varianza de efectos maternos de
ambiente permanente, como proporcin de la varianza
fenotpica (c2) fue pequea (1 a 2%) para PN y menor a
la publicada en estudios en diferentes razas de bovinos
para carne (Meyer, 1992; Waldron et al., 1993; Robinson,
1996). Los estimadores de c2 para PD y PA con los modelos DMCP y DMP fueron iguales (0.04H0.04); sin
embargo, el valor de este estimador se increment con el
modelo DP (0.12H0.03 para PD y 0.08H0.04 para PA),
indicando una sobrestimacin al no incluir los efectos
genticos maternos. Los estimadores de c2 para PD y PA
del presente estudio, estn dentro del rango de los publicados por otros autores (Meyer, 1992; Waldron et al.,
1993; Robinson, 1996) en bovinos para carne. Los estimadores de c2 en P18M, GDA y GD18M (0.090.05,
0.030.03 y 0.060.05) permanecieron constantes a travs de los modelos evaluados.
Los resultados obtenidos en la estimacin de parmetros utilizando diferentes modelos sugieren que, para
algunas variables, las diferencias en algunos de los estimadores de los parmetros podran resultar en cambios en la jerarquizacin del valor gentico predicho de
los bovinos. Lo anterior enfatiza la importancia de utilizar estimadores de parmetros genticos confiables y
333
CONCLUSIONS
For the genetic evaluation of Tropicarne cattle, the
most appropriate model was different for each of the
growth traits. For birth weight, the model should include
direct and maternal genetic effects, and their covariance;
for weaning and yearling weight, direct and maternal
genetic effects need to be included; and for weight at 18
months of age, the direct genetic and maternal permanent
environmental effects are required. For weight gains from
weaning to one year and from weaning to 18 months of
age, the model should only include the direct genetic
effect.
The differences in genetic parameter estimates and
possible changes in ranking of the animals, when using
different models, suggest the advantage of selecting the
Cuadro 4. Estimadores de los coeficientes de correlacin (r) de rango entre los valores genticos (directos y maternos) de los sementales,
predichos con el modelo completo y los predichos con los otros modelos analizados para cada variable, y medias ( x , kg) de los
valores genticos predichos con el modelo completo, del 20% de los mejores sementales ordenados de acuerdo con cada modelo
evaluado.
Table 4. Estimates of rank correlation (r) between direct and maternal breeding values of sires predicted with the complete and each of
the other models for the traits studied, and means ( x , kg) of breeding values predicted with the complete model, for the 20% of
best sires ranked with each of the models.
PN
Modelos
DMCP
D
DM
DP
DMC
DMP
DMCP
DM
DMC
DMP
PD
0.48
0.53
0.49
0.99
0.50
0.35
0.15
0.18
0.18
0.35
0.18
0.45
0.99
0.45
0.31
0.16
0.31
0.17
PA
x
P18M
x
0.83
0.96
0.88
0.99
0.96
6.00
5.64
5.91
5.64
6.00
5.91
0.95
0.99
0.95
4.36
4.11
4.33
4.11
GDA
x
16.71
16.64
16.64
16.70
16.70
16.70
0.98
0.98
0.98
0.99
0.98
GD18M
x
7.05
6.94
6.94
6.96
7.05
6.96
0.99
0.99
0.99
0.99
0.99
10.66
10.64
10.64
10.66
10.64
10.66
PN = peso al nacimiento; PD = peso al destete; PA = peso al ao; P18M = peso a los 18 meses de edad; GDA = ganancia de peso del destete al
ao de edad; GD18M = ganancia de peso del destete a los 18 meses de edad.
Efectos considerados en los modelos: D = efecto gentico aditivo directo; M = efecto gentico aditivo materno; C = covarianza entre efectos
genticos aditivos directo y materno; P = efecto materno de ambiente permanente.
Modelo seleccionado.
334
CONCLUSIONES
Para la evaluacin gentica de los bovinos Tropicarne
en estudio, el modelo ms apropiado fue diferente en las
variables de crecimiento consideradas. Para peso al nacimiento, el modelo debe incluir los efectos genticos
aditivos directo y materno, ms la covarianza entre ellos;
para peso al destete y peso al ao, es suficiente la inclusin de los efectos genticos aditivos directo y materno;
mientras que para peso a los 18 meses de edad se debe
considerar el efecto gentico directo y el de ambiente
permanente, y para las ganancias de peso del destete al
ao y del destete a los 18 meses el modelo debe incluir
slo el efecto aditivo directo.
Las diferencias en los estimadores de los parmetros
genticos y los posibles cambios en la jerarquizacin de
los animales al utilizar los diferentes modelos para algunas variables, sugieren la ventaja de seleccionar el modelo ms apropiado como una prctica rutinaria, previo
a la evaluacin gentica.
AGRADECIMIENTOS
Al Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologa por el apoyo brindado al primer autor para la realizacin de sus estudios de Posgrado.
A la Asociacin Mexicana de Criadores de Ganado Tropicarne
por facilitar la informacin de su base de datos genealgicos y productivos para el presente estudio.
LITERATURA CITADA
Bennett, G. L., and K. E. Gregory. 1996. Genetic (co)variances among
birth weight, 200-day weight, and postweaning gain in
composites and parental breeds of beef cattle. J. Anim. Sci. 74:
2598-2611.
Berweger, B., M., J. Moll, and N. Knzi. 1999. Comparison of models
to estimate maternal effects for weaning weight of Swiss Angus
cattle fitting a sire x herd interaction as an additional random
effect. Livestock Produc. Sci. 60: 203-208.
Bidanel, J. P. 1998. Benefits and limits of increasingly sophisticated
models for genetic evaluation: the example of pig breeding. In:
Proceedings 6th World Congress on Genetics Applied to Livestock
Production. Armidale, Australia. 25: 577-584.
BIF. 1996. Guidelines for Uniform Beef Improvement Program (7th
Ed). Beef Improvement Federation. Colby, KS. 161 p.
Boldman, K. G., L. A. Kriese, L. D. Van Vleck, C. P. Van Tassell, and
S. D. Kachman. 1995. A manual for use of MTDFREML. A set
of programs to obtain estimates of variances and covariances
(Draft). USDA, ARS. 114 p.
Cabrera M., E., A. del V. Carnero, B. Lobo R. y R. Gunski J. 2001.
Efecto de la incorporacin de la covarianza gentica directa-materna en el anlisis de caractersticas de crecimiento en la raza
Nelore. Livestock Research for Rural Development. 13(3) 2001
(http://www.cipav.org.co/lrrd/lrrd12/1/cabr133.htm).
Crump, R. E., C. S. Haley, R. Thompson, and J. Mercer. 1997. Individual animal model estimates of genetic parameters for performance test traits of male and female Landrace pigs tested in a
commercial nucleus herd. Animal Science. 65: 275-283.
Domnguez V., J., R. Nez D., R. Ramrez V. y A. Ruz F. 2003.
Influencias ambientales e ndice de constancia para caractersticas de crecimiento en ganado bovino Tropicarne. Tcnica Pecuaria en Mxico. 41(1): 1-18.
Ferraz, J. B. S., and J. P. Eler. 2000. Choice of animal models for
estimation of genetic parameters of reproductive, growth and
slaughter traits of Californian and New Zealand rabbits raised
under tropical conditions. Livestock Research for Rural
Development. 12(2) 2000 (http://www.cipav.org.co/lrrd/lrrd12/2/
ferr122b.htm).
Ferraz, J. B. S., J. P. Eler, and P. M. T. Ribeiro. 2000. Genetic study of
Santa Gertrudis cattle in Brazil. Livestock Research for Rural
335