Anda di halaman 1dari 12

RESUME:

REGULASI KERJA GEN PADA PROKARIOT

Pengendalian ekspresi genetik (regulasi kerja gen) merupakan aspek yang


sangat penting bagi jasad hidup termasuk prokariot. Gardner dkk (1991)
menyebutkan bahwa prokariot melakukan regulasi gen tertentu dalam rangka
merespon sinyal-sinyal lingkungan. Dalam mempelajari mekanisme pengendalian
ekspresi genetik pada prokariot, organisme yang paling banyak digunakan adalah
E.coli. Bakteri ini memiliki >3000 gen yang berbeda dan sekarang genom jasad
ini telah selesai dipetakan dan diketahui urutan nukleotidanya secara lengkap
(Yuwono, 2008).
Tidak semua gen pada genom E.coli diaktifkan pada saat yang bersamaan
karena keadaan ini akan menguras energi seluler dan selanjutnya menghambat
pertumbuhan sel (Yuwono, 2008; Corebima, 2002). Karenanya menghentikan
ekspresi gen yang produknya sedang tidak dibutuhkan merupakan cara yang
efisien untuk menghemat energi sel. Ekspresi gen sendiri dapat diregulasi pada
berbagai tingkatan, misalnya transkripsi, pemrosesan RNAd, translasi, atau fungsi
enzim. Namun khusus organisme prokariotik regulasi yang sering ditemukan
adalah pada tingkat transkripsi (Corebima, 2002).
Pada organisme prokariot ada 2 jenis mekanisme regulasi ekspresi gen.
Pertama adalah ekspresi gen secara konstitutif, yaitu gen yang selalu
diekspresikan dalam keadaan apapun (Yuwono, 2008). Contoh ekspresi konstitutif
adalah pada ekspresi gen-gen RNAr, gen-gen protein ribosom dan gen RNAt
(Corebima, 2002), yakni gen yang bertanggungjawab terhadap metabolisme dasar,
misalnya metabolisme energi atau sintesis komponen-komponen seluler (Yuwono,
2008). Dan yang kedua adalah mekanisme regulasi induktif , yaitu gen yang
hanya diekspresikan pada kondisi lingkungan tertentu atau ada proses induksi
(Yuwono, 2008). Sedangkan menurut Corebima (2002), terkait dengan regulasi
transkripsi pada prokariot, mekanisme regulasi dapat dikelompokkan menjadi 2
kategori. Pertama, mekanisme gen yang di-turn on-turn off. Hal ini dilakukan
sebagai respon terhadap perubahan lingkungan. Pada prokariot yang sering
1

terekspos langsung dengan lingkungan yang seringa berubah-ubah, mekanisme ini


memiliki peranan yang sangat penting. Kedua, jalur ekspresi gen terprogram.
Pada mekanisme kedua ini, ekspresi dari satu perangkat gen merangsang
peningkatan transkripsi pada unit/perangkat gen berikutnya secara berurutan
(terprogram). Dari data yang ditemukan, urutan tersebut bersifat siklik. Misalnya
diamati pada infeksi virus, langkah pengaktifan gen-gen tertentu pada satu sel
yang telah terinfeksi hingga sel bakteri tersebut lisis, serupa dengan langkah
pengaktifan gen-gen pada sel lainnya yang mengalami infeksi baru.
Model Operon
Proses regulasi induksi dan represi ekspresi gen terjadi dalam lingkup
fungsional perangkat gen yang disebut mekanisme model operon. Operon adalah
unit lengkap ekspresi gen yang terletak berdampingan, terdiri dari gen struktural,
urut-urutan operator, serta promoter (Corebima, 2002). Yuwono (2008)
mendefinisikan operon sebagai gen struktural yang diekspresikan secara bersamasama dengan menggunakan satu promoter yang sama. Pada prokariot memang
seluruh gen struktural yang menjadi bagian dari satu operon ditranskripsikan
bersama sehingga hasil RNAd-nya disebut polygenic mRNA atau policystronic
mRNA (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Oleh Gardner dkk (1991) gen-gen
struktural tersebut dikatakan coordinately expressed (Corebima, 2002). Contoh
model operon dapat dilihat pada Gambar 1.
Transkripsi satu atau seperangkat gen struktural pengkode polipeptida
yang berdekatan berdampingan diregulasi oleh 2 elemen pengontrol, yaitu gen
regulator/gen represor dan operator. Gen regulator mengkode suatu protein yang
disebut represor. Represor nantinya akan berikatan dengan operator. Ikatan antara
operator dengan represor menyebabkan RNA polimerase tidak dapat berikatan
dengan tapak promoter sehingga gen struktural tidak dapat diekspresikan
(ditranskripsikan). Regulasi transkripsi dimana kerja represor menghentikan
transkripsi gen-gen struktural disebut sebagai negative control system. Sednagkan
pada positive control system, kerja produk gen regulator justru mendorong
berlangsungnya proses transkripsi gen-gen struktural.

Gambar 1. Salah satu contoh model operon pada E. coli (sumber:


http://images.google.co.id/imgres?
imgurl=http://liin88.files.wordpress.com/2008/09/lacoperon1.gif&imgrefurl=http://liin88.wordpress.com/2008/09/26/apa-ituoperon/&usg=__bduCGSLKjqLlV3NdFm_ptmijzio=&h=499&w=500&sz=22&hl
=id&start=1&um=1&tbnid=_EqT6omOTQGqLM:&tbnh=130&tbnw=130&prev=
/images%3Fq%3Doperon%2Blac%26hl%3Did%26sa%3DX%26um%3D1)
Pengikatan represor-operator ditentukan oleh keberadaan molekul efektor,
seperti misalnya gula dan asam amino. Molekul efektor yang mengaktifkan suatu
ekspresi gen disebut sebagai induser. Model ini terjadi pada model operon
induksi. Induksi adalah proses dimana ekspresi gen diaktifkan sebagai respon
terhadap keberadaan/kehadiran suatu zat dalam lingkungan. Gen-gen yang
ekspresinya diregulasi menggunakan model ini disebut gen-gen inducible dan
produknya, jika berupa enzim, disebut sebagai enzim inducible. (catatan: Pada
regulasi induksi ini, yang diinduksi adalah reaksi transkripsi gen-gen pengkode
enzim yang dibutuhkan pada proses katabolisme sehingga mengubah laju sintesis
enzim, bukan mengubah aktivitas molekul enzim yang sudah ada).
Molekul efektor yang menekan ekspresi suatu gen disebut sebagai
repressor (Yuwono, 2008), atau untuk membedakannya dengan protein repressor,
Corebima (2002) menyebutnya sebagai co-repressor. Model ini terjadi pada
3

model operon represi. Represi adalah proses dimana ekspresi gen dinonaktifkan
sebagai respon terhadap keberadaan/kehadiran suatu zat dalam lingkungan.
Contohnya pada regulasi enzim pembentuk asam amino triptofan yang dapat
disintesis sendiri oleh bakteri. Sintesis asam amino ini akan dihentikan apabila
jumlah triptofan dalam sel banyak. Enzim-enzim yang bekerja dalam jalur
anabolik seringkali mengalami regulasi represi. Namun pengertian regulasi represi
jangan dibaurkan dengan feedback-inhibition karena dalam hal ini bukan aktivitas
enzim yang dibicarakan melainkan kecepatan sintesisnya.
Perbedaan antara operon induksi dan operon represi dapat dilihat dari
ikatan represor-efektor dengan operator. Pada operon induksi, represor hanya
dapat berikatan dengan operator tanpa efektor. Sehingga keberadaan efektor, akan
menghalangi pengikatan represor pada operator. Akibatnya, operator yang bebas
ini memungkinkan RNA polimerase berikatan pada tapak promoter dan akhirnya
mentranskripsi gen struktural. Sedangkan pada operon represi, represor hanya
dapat berikatan dengan ooperator apabila berikatan dengan efektor. Akibatnya
keberadaan efektor memungkinkan pengikatan represor pada operator. Operator
yang tidak bebas, akan menghalangi RNA polimerase berikatan pada tapak
promoter dan akhirnya transkripsi gen struktural akan berhenti. Regulasi
transkripsi, baik induksi maupun represi pada mekanisme model operon bersifat
negative control system, karena represor yang menempel pada operator
menghentikan transkripsi.
Regulasi Transkripsi Induksi
Salah satu contoh regulasi transkripsi yang bersifat induksi adalah
mekanisme lactose operon (lac operon). Struktur lac operon terdiri dari promoter,
satu operator dan 3 gen struktural: gen z (pengkode -galaktosidase), y (pengkode
-galaktosidase permease), dan (pengkode -galaktosidase transasetilase). galaktosidase permeaseberfungsi untuk memompa laktosa ke dalam sel, laktosa
selanjutnya dipecah menggunakan enzim -galaktosidase menjadi glukosa dan
galaktosa. Peran -galaktosidase transasetilase belum diketahui. Gen regulator
berupa gen i, yang mengkode represor seukuran 360 asam amino (Corebima,
2002).

Inducer dalam lac operon adalah allolactose, derivat laktosa karena


pengaruh enzim -galaktosidase. Enzim ini berada dalam lingkungan sel, karena
sejumlah kecil molekul produk gen struktural z, y, dan disintesis dalam kondisi
operon belum terinduksi pada tingkat aktivitas enzim yang rendah sehingga selalu
berada di lingkungan. Inducer akan mengikat represor, sehingga represor tidak
dapat berikatan dengan operator, sehingga membuka tapak promoter untuk
ditempeli

oleh

RNA polimerase

dan

akibatnya

gen

struktural

dapat

ditranskripsikan. (lihat gambar 2 dan 3)

Gambar 2. Mekanisme lac operon (sumber:


http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c8.18x4a.lac.operon.jpg)

Gambar 3. Induksi lac operon (sumber:


http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/images/induction.gif)

Keberadaan gen i, operator dan promoter diketahui melalui ditemukannya


mutan-mutan yang diisolasi dalam daerah-daerh itu. Mutasi yang terjadi pada
daerah gen regulator (i) dan operator (o) seringkali berakibat pada sintesis enzimenzim katabolisme laktose secara terus menerus, yakni pada mutan tipe genotipe
i+ocz+y+a+/i+o+z-y-a-. Setelah diselidiki dan dibandingkan dengan mutan pada i (i-),
ternyata mutasi pada i- tidak menyebabkan perubahan. Sehingga oc-lah (mutan
operator) yang diduga menimbulkan ekspresi gen struktural yang konstitutif. Dari
fenomena itu kesimpulan yang diambil adalah bahwa gen i mengkode produk
yang mampu berdifusi mempengaruhi ekspresi gen-gen struktural dan operator
merupakan tapak pengikatan (represor) dan sama sekali tidak menghasilkan
produk. Mutan lainnya adalah mutan i-d yang menyebabkan represor yang
dihasilkannya tidak mampu

berikatan dengan operator, dan mutan is yang

menyebabkan lac operon menjadi tidak inducible. Sementara itu mutasi promoter
tidak mengubah potensi lac operon untuk terinduksi, namun mengubah tingkat
ekspresi gen saat terinduksi dan tidak terinduksi. Promoter lac memiliki 2
komponen: tapak pengikatan RNA polimerase, dan tapak pengikatan protein CAP.
Kontrol positif lac operon oleh CAP dan cAMP.
Glukosa merupakan sumber energi utama sel bakteri. Bila ada glukosa,
maka tidak terjadi operon lac atau operon ara, dll. Disebut represi katabolit atau
efek glukosa. Represi katabolit terjadi melalui kontrol positif transkripsi oleh
suatu protein regulator CAP (catabolite activator protein) dan molekul cAMP
(cyclic AMP). CAP juga dapat disebut sebagi protein repressor cAMP. Kompleks
CAP dan cAMp (efektor) berikatan pada tapak di daerah promoter lac. CAP hanya
dapat berikatan pada tapak apabila ada cAMP. cAMP merupakan molekul yang
sensitif terhadap glukosa. Kadar glukosa yang tinggi akan menurunkan
konsentrasi cAMP. Dengan demikian cAMP akan banyak terdapat pada sel yang
kekurangan glukosa. cAMP yang berikatan CAP dan kemudian mengikat pada
tapak promoter berperan sebagai positive control system untuk lac operon.

Regulasi Transkripsi Represi


Contoh sistem regulasi transkripsi represi pada bakteri adalah tryptophan
operon (trp operon). Operon ini berukuran 7010 bp. Terdiri dari regulator (trp
R) yang terletak relatif jauh dari operon trp, promoter 1 (p1) dan gen struktural.
Terdapat 5 jenis gen struktural: trp E, trp D, trp C, trp B, dan trp A. Seluruh
daerah operator trp terletak dalam daerah promoter 1. Daerah promoter i menjorok
masuk ke dalam daerah trp L sejauh 18 bp. Selain p1, terdapat pula promoter yang
lebih lemah disebut p2 pada ujung distal trp D dari arah operator 1. Kerja p2
meningkatkan sedikit basal transkripsi konstitutif trp C, trp B dan trp A. Pada
sistem operon ini juga ditemukan 2 urutan terminasi transkripsi (t dan t) yang
terletak di hilir trp A; dan adanya daerah dalam trp i yang disebut attenuator ()
yang menjalankan suatu tingkat kontrol kedua tahap ekspresi operon trp.
Pada saat tidak ada triptofan (co-repressor), maka repressor tidak dapat
berikatan dengan operator, akibatnya promoter bebas untuk ditempeli oleh RNA
polimerase dan selanjutnya terjadi transkripsi gen-gen struktural. Kondisi ini
berkebalikan bila ada triptofan yang akan berikatan dengan represor, sehingga
represor dapat menempel pada operator.
Laju transkripsi trp saat tidak ada trp 70 kali lebih tinggi dibanding laju
transkripsi saat ada trp. Yang lebih menarik, pada mutan trp R yang tidak dapat
membuat represor, laju transkripsi juga dapat berkurang (lebih rendah 10 kali
dengan penambahan trp ke dalam medium). Hal ini diduga berkaitan dengan
tingkat regulasi ekspresi operon trp yang ke-2 yang disebut attenuasi. Attenuasi
terjadi karena terminasi transkripsi yang diperantarai trp di daerah trp L (leader
RNAd) operon. Terminasi transkripsi operon trp yang prematur ini terjadi bila ada
tRNAtrp yang sudah bermuatan trp. Terminasi ini mengakibatkan hasil transkripsi
urut-urutan leader hanya sepanjang 10 nukleotida.
Daerah attuenuator memiliki suatu urutan pasangan nukleotida yang secara
esensial identik dengan sinyal terminasi transkripsi yang ditemukan di ujung
kebanyakan operon bakteri, termasuk operon trp. Sinyal ini mengandung
palindrom yang kaya GC dan diikuti oleh beberapa pasang basa AT. Transkrip
sinyal terminasi ini menghasilkan sebuah RNA (nascent) yang berpotensi
membentuk suatu struktur jepit rambut, sehingga proses transkripsi akan berhenti.

Urutan RNAd (kodon) polipeptida penyusun enzim sintesis trp yang akan
ditranlasikan terdiri dari urutan asam-asam amino dan kemudian stop kodon. Pada
saat tidak ada trp, ribosom akan berhenti sejenak pada kodon pengkode trp
sehingga memberi kesempatan bagi terbentuknya perpasangan basa antara urutan
leader di posisi nukleotida 74-75 dan 118-119 yang mencegah terbacanya stop
kodon dan menghalangi pembentukan struktur jepit rambut. Sedangkan bila ada
trp, maka ribosom tidak berhenti menunggu RNAt pembawa trp, sehingga stop
kodon (UGA) terbaca dan transkripsi menjadi berhenti.

Gambar 4 . struktur trp operon pada E.coli memperlihatkan fungsi attenuator (sumber:
http://www.mcat45.com/images/trp-operon-mcat.gif)

Gambar

5.

Peranan

attenuasi

pada

regulasi

trp

operon

(sumber:

http://www.ndsu.nodak.edu/instruct/mcclean/plsc431/prokaryo/trp.gif)

Regulasi Kompleks Operon Ara


8

Protein regulator utama dari operon ara memperlihatkan efek regulasi


negatif maupun positif terhadap transkripsi gen-gen struktural operon ara. Operon
ara mengandung 3 gen struktural (ara D, ara A dan ara B). Promoter terletak pada
posisi 3 setelah ara B dan disebut sebagai P BAD. Gen regulator berupa ara C yang
menghasilkan protein regulator (operon ara C). Untuk mensintesis ini diperlukan
promoter Pc. Promoter ini terletak bersisian dengan PBAD. Proses transkripsi
berlangsung bersamaan pada arah yang berlawanan.
Protein ara C berfungsi sebagai represor transkripsi gen-gen struktural ara
B, ara A dan ara D dari promoter PBAD pada saat tidak ada arabinosa. Dan
sebaliknya protein tersebut juga bertindak sebagai regulator positif (aktivator)
terhadap promoter PBAD

bila ada arabinosa dan cAMP. Induksi operon ara

bergantung pada 2 protein yaitu araC dan CAP. Tapak pengikatan kedua protein
berada dalam araI, yang terletak di antara ke-3 gen struktural.

Gambar 6. model operon ara (letak gen-gen) (sumber: http://images.google.co.id/imgres?


imgurl=http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/images/ARA_Operon2.GIF&imgrefurl=http://
www.mun.ca/biochem/courses/3107/Topics/Ara_operon.html&usg=__oEpm2H2909qcrWeyaVIm
S4sLEu8=&h=123&w=309&sz=2&hl=id&start=3&um=1&tbnid=wH7xbgpegYK7zM:&tbnh=47
&tbnw=117&prev=/images%3Fq%3Dara%2Boperon%26hl%3Did%26sa%3DX%26um%3D1 )

Pada tapak pengikatan protein araC terdapat tapak lain yang disebut araO2
(operator 2) yang berfungsi mengontrol transkripsi gen regulator araC yang
dimulai dari PBAD. Sehingga teori yang diterima saat ini adalah protein araC harus
berikatan pada tapak ara1 maupun tapak araO2. Apabila protein araC berikatan
dengan tapak ara1 dan araO2, maka terjadi induksi, sebaliknya maka RNA
polimerase tidak dapat berikatan dengan promoter (represi).

Gambar ekspresi ara operon: (a) saat arabinose tidak ada, menyebabkan protein araC berikatan
pada O2 dan araI, mengakibatkan struktur lengkung DNA dan P BAD tidak dapat ditempeli RNA
polimerase; (2) saat arabinosa tinggi, arabinosa berikatan pada araC dan mengubahnya secara
alosterik menginduksinya untuk melekat pada araI. Jika glukosa tidak ada, maka CAP menempati
tapaknya, membantu memecah loop DNA dan membantu araC berikatan dengan araI (sumber:
http://images.google.co.id/imgres?
imgurl=http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/images/ARA_Operon2.GIF&imgrefurl=http://
www.mun.ca/biochem/courses/3107/Topics/Ara_operon.html&usg=__oEpm2H2909qcrWeyaVIm
S4sLEu8=&h=123&w=309&sz=2&hl=id&start=3&um=1&tbnid=wH7xbgpegYK7zM:&tbnh=47
&tbnw=117&prev=/images%3Fq%3Dara%2Boperon%26hl%3Did%26sa%3DX%26um%3D1 )

Represi Profage Lambda selama Lisogeni


Selama lisogeni, gen-gen pengkode produk yang terlibat pada daur litik
akan direpresi. Hal ini dikelola oleh sirkulasi represor-operator-promoter yang
mirip dengan sistem operon pada bakteri. Gen OR akan berikatan dengan 2
operator transkripsi, yaitu OL (arah transkripsi ke kiri) dan OR (arah transkripsi
ke kanan). Kedua operator daerahnya bertumpang tindih dengan promoter.
Adanya represor yang berikatan dengan operator menghalangi terjadinya
transkripsi, karena RNA polimerase tidak dapat berikatan dengan promoter. Pada
fase inilah virus mengalami daur lisogenik.

10

Urut-urutan sementara Ekspresi Gen selama infeksi Fag


Regulasi ekspresi gen selama siklus hidup litik fag bakteri berbda dengan
regulasi switch on-off yang reversibel pada bakteri. Gen-gen virus diekspresikan
mengikuti urutan terprogram secara genetik yang analog dengan urutan ekspresi
gen terprogram pada makhluk hidup tingkat tinggi.
Mekanismenya secara umum adalah: perangkat gen fage, disebut gen-gen
awal, ditranskripsikan segera setelah infeksi. Produknya menghambat ekspresi
gen awal, namun memicu ekspresi gen-gen yang berikutnya. Ekspresi gen yang
berurutan ini dikontrol dengan cara memodifikasi spesifitas promoter RNA
polimerase melalui sintesis sebuah RNA polimerase baru atau melalui
penambahan RNA polimerase sel inang yang diinduksi fage.
Pada fage T7: gen awal ditranskripsi oleh RNA polimerase E.coli RNA
polimerase T7 mentranskripsi seluruh gen T7 yang mengkode protein
struktural T7, lisozim, dll)
Pada fage Bacillus subtilis SP01: gen awal SP01 ditranskripsi oleh RNA
polimerase B. subtilis polipeptida yang berikatan dengan RNA polimerase
inang dan mengubah spesifitasnya sehingga dapat digunakan untuk mentraskripsi
gen tengah SP01 polipeptida yang berikatan dengan RNA polimerase inang dan
mengubah spesifitasnya sehingga dapat digunakan untuk mentraskripsi gen akhir
SP01
Pada fage T4: seperti pola ekspresi fage B. subtilis SP01, namun modifikasi
RNApolimerase inang yang lebih kompleks.

11

Daftar Rujukan
Corebima, A. D. 2002. Genetika Diktat kuliah. Jurusan Biologi. Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Malang: Universitas Negeri
Malang.
Gardner, E.J., Simmons, M.J. and Snustad, D.P. 1991. Principles of Genetics. 8th
ed. John Wiley & Sons: New York.
Yuwono, T. 2008. Biologi Molekular. Penerbit Erlangga: Jakarta.

12