Anda di halaman 1dari 2

GenBank

Database sekuen DNA GenBank dibentuk dan didistribusikan NCBI melalui staff NCBI yang ahli di bidang biologi
molekuler. Database berasal dari sekuen yang diberikan oleh laboratorium individual. Selain itu NCBI juga
senantiasa melakukan pertukaran data dengan European Molecular Biology Laboratory (EMBL) dan DNA
Database of Japan (DDJB) sebagai anggota dari International Nucleotide Sequence Database
Collaboration (INSDC) sehingga data dalam GenBank selalu baru dan mencakup dunia secara luas. Paten dan
merk dagang memungkinkan inkorporasi data sekuen yang dipatenkan.
Beberapa menu lain yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central,
Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.

BLAST
Blast adalah program pencarian kesamaan sekuen yang dikembangkan NCBI dan merupakan alat untuk
mengindentifikasi gen dan fitur genetik. BLASt dapat mengeksekusi pencarian sekuen melawan seluruh
database DNA dalam waktu kurang dari 15 detik. BLAST didasarkan pada gagasan persen-kesamaan antara
urutan, model statistik dari distribusi mendapatkan urutan nukleotida yang diberikan oleh kebetulan. Jika dua
urutan nukleotida menunjukkan kesamaan gelar yang mereka bisa, sesuai dengan model statistik, digunakan
oleh seorang peneliti untuk menyimpulkan urutan homolog. Model statistik yang berbeda ada untuk urutan
protein. NCBI menawarkan berbagai BLAST berbasis alat untuk menganalisis berbagai jenis data. Selain
menggunakan BLAST untuk mendukung sebuah kesimpulan tentang homologi antara dua urutan, adalah
mungkin untuk BLAST urutan query terhadap genom manusia atau genom mouse untuk mencari sekuens
homolog.
NCBI juga memiliki alat analisis data meliputi Elektronik-PCR, yang menempatkan urutannya pada urutan situs
terpopuler, dan BLAST-Link (Blink), yang menunjukkan keberpihakan BLAST protein untuk setiap urutan protein
yang ditemukan dalam Entrez. Melalui website NCBI seorang peneliti dapat mengakses begitu banyak alat
analisi yang berkaitan dengan biologi molekuler. Selain itu NCBI juga memiliki daftar lengkap non lengkap yang
juga berhubungan dengan biologi molekuler. Sebuah daftar lengkap non-alat meliputi: OrfFinder (untuk
membuka-membaca frame), RefSeq, UniGene, SNP Database (untuk single-nukleotida polimorfisme), Human
Genome Sequencing, MapViewer Manusia (untuk melihat draft dari proyek genom manusia), Ekspresi gen
Omnibus, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) (katalog penyakit genetik manusia), Database Modeling
Molekuler (MMDB) yang merupakan database protein 3D struktur, dan Conserved Domains Database (CDD).
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu:
1.

Nucleotide BLAST (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database
sekuen nukleotida

2.

protein BLAST (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database
sekuen protein

3.

BLASTx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated
nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein

4.

tBLASTn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

5.

tBLASTx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida

Software tambahan yang disediakan oleh NCBI adalah: Open Reading Frame Finder (ORF Finder), Electronic
PCR, dan software pengajuan sekuen, Sequin dan Banklt. Semua database dan software NCBI tersedia dari
WWW atau melalui FTP. NCBI juga memiliki server email yang menyediakan jalur alternatif untuk mengakses
database