Godine 1826. ukinut je kliki, a 1832. i zvorniki sandak.
Njihova teritorija prikljuena je
bosanskom sandaku, pa je tako bosanski ejalet u posljednjem deceniju svog postojanja bio sveden na dva sandaka bosanski i hercegovaki. Kako su opet u ovo doba bosanski namjesnici uz bosanski ejalet redovno dobijali i hercegovaki sandak kao arpaluk, to je ve tada praktino postojala samo jedna jedinstvena jedinica ejalet bosanski. U vezi sa provoenjem opih reformi u Osmanskom Carstvu morale su biti sprovedene i izvjesne reforme i u pogledu administrativnog ureenja i uprave provincije. Otpor bosanskih janjiara i feudalaca protiv reformi prouzrokovao je da su se one ovdje poele prooditi tek kada je uguena buna Husein-kapetana Gradaeviaia (1831-1832). Da bi to vae razbila snage otpora protiv centralne vlasti i zadovoljili svoga privrenika Ali pau Rizvanbegovia, Osmanlije su hercegovaki sandak 1833. g., izdvoji iz bosanskog ejaleta i pretvorili ga u poseban ejalet koji je bio nezavisan od Bosne, i povjerili ga Ali pai. Tako su preostala dva sandaka bosanskog ejaleta pretvorena u dva zasebna ejaleta: bosanski i hercegovaki. Uvoenje administrativnih reformi u Osmanskom Carstvu, proklamovano hatierifom od Gilhane 1839. godine, provedeno je u Bosni i Hercegovini postepeno. Jo 1835. godine ukinute su kapetanije i njihovi vojni redovi jenli-kuli, a prvodena je i nova administrativna podjela zemlje na muselimluke, koji su odgovarali srezovima, i teritorijalno se podudarali sa kadilucima. Na elo pojedinih muselimluka doli su muselimi ili muteselimi, koje je postavljao i otputao valija po svojoj nadlenosti. Oni nisu imali nikakve vojne nego samo civilnu vlast u svojim srezovima. Tako je ostalo sve do Latasovih vremena (1850-1852). Kad je skrio i posljednje snage bosanskih feudalaca (1851), Omer-paa je izvrio temeljitu reorganizaciju politike uprave u Bosni i Hercegovini. On je izmijenio sve administrativne nazive, koji su podsjeali na klasino doba osmanskog feudalizma, i zamjenio ih novim terminima. Oba ejaleta, bosanski i hercegovaki, bili su podijeljeni na kajmakamluke(okruja) i mudirluke (srezove). Po toj reorganizaciji bosanski ejalet se dijelio na est kajmakamluka: sarajevski, travniki, banjaluki, bihaki, zvorniki i novopazarski, a hercegovaki na tri: mostarski, trebinjski i pljevaljiski. Kajmakamluci su nazvani po imenima svojih sjedita odnosno glavnih gradova u tim kajmakamlucima. Jedino su kajmakamluci zvorniki i novopazarski dobili nazive po imenima starih istoimenih sandaka, premda su im sjedita bila u drugim mjestima. Novi Pazar je bio glavno mjesto istoimenog kajmakamluka, a sjedite mu je bilo u Sjenici. Sjedite zvornikog kajmakamluka bilo je u Donjoj Tuzli. Pojedini kajmakamluci dijelili su se na mudirluke, tako da je bosanski ejalet imao 44., a hercegovaki 16. mudirluka pa su prema tome oba ejaleta imala 9 kajmakamluka i 60 mudirluka. Ukidanjem sandaka, kadiluka i vojvodaluka kao administrativnih jedinica izgubile su skoro potpuno svoj znaaj i nahije kao teritorijalne i administrativne jedinice. Naziv nahija ne oznaava vie svaku staru srednjovjekovnu upu niti nahiju starijeg osmanskog feudalnog doba, nego samo ispostavu mudirluka obrazovanu iskljuivo na principima nove administracije bez ikakva obzira na ranije stanje. Zato je tih nahija bilo relativno sasvim malo, samo u nekim mudirlucima. Po toj podjeli u svim mudirlucima bosanskog ejaleta bilo je svega 19., a u hercegovakom samo jedna nahija.
Po toj reorganizaciji administrativna podjela Bosanskog ejaleta na kajmakamluke, mudirluke i
nahije izgledala je ovako: I Sarajevski kajmakamluk dijelio se na mudirluke: 1 Sarajevo, 2 Fojnica sa nahijama: Busovaa i Kreevo, 3 Neretva, 4 Visoko sa nahijom Vare i 5 Rogatica. II Travniki kajmakamluk dijelio se na mudirluke: 1 Travnik, 2 Livno, 3 Glamo, 4 Rama (Prozor), 5 Zenica, 6 Skoplje (Akhisar), 7 Jezero i 8 Jajce. III Banjaluki kajmakamluk dijelio se na mudirluke: 1 Banja Luka (Sa Prnjavorom i Kobaom), 2 Derventa (sa Brodom), 3 Teanj (sa Zepem i Dobojom) i 4 Gradika. IV Bihaki kajmakamluk imao je mudirluke: 1 Biha, 2 Novosel ili Kulen-Vakuf, 3 Ostroac ili Cazin, 4 Krupa (s Buimom), 5 Stari Majdan, 6 Prijedor, 7 Kozarac, 8 Dubica, 9 Klju i 10 Novi. V Zvorniki kajmakamluk dijelio se na mudirluke: 1 Donja Tuzla, 2 Graanica, 3 Gradaac (s Modriom), 4 Brko, 5 Bijeljina (s Janjom), 6 Zvomik, 7 Bire, 8 Srebrenica, 9 Kladanj (s Olovom) i 10 Maglaj. . VI Novopazarski kajmakamluk dijelio se na mudirluke: 1 Novi Pazar (s Mitrovicom i Banjskom), 2 Viegrad, 3 Sjenica, 4 Akovo (Bijelo Polje s Bihorom), 5 Trgovite (s Roajem) i 6 Nova Varo. Hercegovaki ejalet bio je podijeljen na kajmakamluke, mudirluke i nahije ovako: I Mostarski kajmakamluk dijelio se na mudirluke: 1 Mostar (s Blagajem), 2 Duvno, 3 Ljubuki, 4 Konjic, 5 Poitelj, 6 Stolac, 7 Foa, 8 Gacko, 9 Bilea i 10 Niki, II Trebinjski kajmakamluk imao je tri mudirluka: 1 Trebinje, 2 Ljubinje i 3 Korjenii. III Pljevaljski kajmakamluk dijelio se na mudirluke: 1 Pljevlja, 2 Kolain i 3 Prijepoje. Takvo ureenje nekadanjeg bosanskog ejaleta ostalo je sve do 1865. g. kada je donesena uredba o ureenju bosanskog vilajeta tzv. Bosna vilayet nizamnamesi. Te reforme u Bosni je sprovodio Topal erif Osman pae , posljednji osmanski namjesnik u Bosni od znaaja. On je imenovan bosanskim valijom 23.1.1861. god. U Sarajevo je doao 18.2. iste godine, i tu ostao do 25.5.1869. god. Drugim lanom Uredbe o ureenju bosanskog vilajeta osnovan je od ranija dva ejaleta, bosanskog, i hercegovakog, jedan bosanski vilajet kao jedinstvena administrativna pokrajina. Na elu tog vilajeta nalazio se jedan valija ili valipaa (guverner) koga je imenovala centralna vlast, ali on vie nije mogao da sasvim samovoljno upravlja zemljom. Njegova prava i dunosti bila su taksativno utvrena vilajetskom uredbom. Otada u upravi zemlje ima nekog udjela i graanstvo preko zastupnika koje je samo biralo, ali je izborno pravo bilo ogranieno vrlo visokim cenzusom, tako da je itava provincija, mogla da izabere svega 28 poslanika u Vilajetsko vijee koje se sastojalo jedanput godinje. Sudstvo nije vie bilo iskljuivo u rukama kadija, jer su pored erijatskih, uvedeni i graanski sudovi. Ova je uredba izdana 7. 11. 1864. god., a porovedena je u Bosni 1865., i 1866. godine. Tom uredbom su kajmakamluci u bosanskom vilajetu pretvoreni u istoimene live ili sandake. Trebinjski i mostarci kajmakamluci ranijeg hercegovakog ejaleta sjedinjeni su u jedan, hercegovaki sandak ili livu sa sjeditem u Mostaru, dok je pljevaljski kajmakamluk
tada izdvojen iz Hercegovine i prikljuen novopazarskom sandaku, kome je sjedite i dalje
bilo u Sjenici. Tako je sav bosanski viilajet bio sastavljen od sedam sandaka ili liva, kojima su na elu i dalje bili kajmakami koji su imali zvanina sjedita u sjeditima ranijeg kajmakamluka. Tako je ova vilajetska uredba, donekle, ponovo restaurirala bosanski ejalet iz vremena prije reforama bar u pogledu njegovog teritorijalnog opsega i niih adminstrativnih jedinica. Svaki sandak ili liva dijelio se na vie kaza u koje su opet pretvoreni raniji mudirluci, ali su na elu kaza ostali mudiri sa sjeditem u glavnom mjestu pojedinih kaza. Ta podjela izgledala je ovako: 1. Sarajevski sandak(liva) dijelio se na sedam kaza, i to: Sarajevo, Fojnica, Visoko, Kladanj, Rogatica, Viegrad, ajnie. 2. Zvorniki sandak dijelio se na kaze: Donja Tuzla, Gradaac, Brko, Bijeljina, Zvornik, Srebrenica, Vlasenica, Maglaj, Graanica. 3. Travniki Livno
sandak bio je podijeljen na kaze: Travnik, Jajce, Prusac, Glamo, Duvno i
4. Banjaluki sandak imao je kaze: Derventa, Teanj, epe, Banjaluka, Gradika.
5. Bihaki sandak dijelio se na kae: Biha, Petrovac, Ostroac, Kostajnica, Stari Majdan, Prijedor, Krupa i Klju. 6. Hercegovaki sandak dijelio se na kaze: Mostar, Nevesinje, Trebinje, Stolac, Bilea, Niki, Gacko, Foa, Konjic, Ljubuki i Piva. 7. Novopazarski sandak imao je kaze: Novi Pazar, Sjenica, Pljevlja (Taslida), Nova Varo, Prijepolje, Bijelo Polje, Mitrovica, Berane, Kolain i Trgovite. Iako je vilajetska uredba bosanskog vilajeta ostala na snazi sve do 1878. god., ipak su u toku posljednjih dvanaest godina osmanske uprave u Bosni vrene mnoge manje promjene u pogledu njegovog ureenja, pa i u pogledu teritorijalnog sastava. Sarajevskim kajmakamlukom upravljao je sam valija bosanskog vilajeta, kao to je i bosanski beglerbeg upravljao bosanskim sandakom. Kao to se u bosanskom ejaletu bosanski sandak zvao Paa-sanak, tako se sada sarajevski sandak zvao centralnim sandakom. On je u poetku imao posebnog kajmakama, odnosno mutesarifa. U junu 1867. god. donesena je odluka da se kajmakami pojedinih sandaka, odnosno liva zovu mutesarifi, kako su se nezvanino esto nazivali i sandakbezi i pojedinih sandaka jo od XVII stoljea. U februaru iste godine ukinuto je zvanje kajmakama, odnosno mutesarifa sarajevskog ili centralnog sandaka, a on je podvrgnut pod direktnu upravu valija, kao to je bilo do 1865. god., ali je u julu 1869. g. to zvanje ponovo uvedeno, i u novembru 1871. god. opet ukinuto, a godinu kasnije ponovo uvedeno. Mnogo znaajnija promjena izvrena je u julu 1872. god. Kada je iz bosanskog vilajeta izdvojen novopazarski sandak, kome je prikljuen niki sandak iz rumelijskog vilijata i od toga obrazovan poseban novopazarski vilajet, ali je to ubrzo izmijenjeno i povraeno ranije stanje). Meutim, 2. februara 1877. god. novopazarski sandak je definitivno izdvojen iz bosanskog i prikljuen novoosnovanom kosovskom vilajetu.
U novembru 1875. god. za vrijeme harcegovakog ustanka, pretvoren je gataki kadiluk u
istoimeni sandak. Od toga sandaka i ostataka nekadanjeg hercegovakog sandaka obrazovan je u decembru iste godine poseban hercegovaki vilajet, ali je 2. februara 1877. god. ukinuto i uspostavljeno je stanje iz predustanikih vremena. Sve te i druge promjene vrene su po nalogu Porte. Tako se bosanski vilajet pred okupaciju 1878. god. sastojao od est okruja sa znatnijim izmjenama granica, naziva i broja srezova.